4QFOA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with met-leu
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 160
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfoA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfoA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfoA02
5M2VA 3CI8A 1Y3PA 1A8FA 3K4UA 5ICTA 4JSDA 5TPAA 3RUMA 3IL1B 2OZZA 2DWJA 4ZE9A 3MUQA 3FIRA 4NF8B 3UK4A 3CFXA 2H5YA 1OLAA 4EF1A 3C35A 5JK4A 2PT1A 1S7YA 2A5TB 4DXCA 1XC1A 2IEEA 5ITOA 3H6WA 1H45A 2O84X 3H6TA 1H3DA 3E3KA 1DOTA 1MY2A 1LFIA 4M4GA 2GFEA 3JZJA 3DP4A 4OXVA 1B3HA 5CM6A 1GGGA 1AIVA 2OWSA 5KZTA 2I6EA 2X7PA 4LVQA 1BKAA 1Y4CA 3UGWA 3VDFA 2THIA 4F3BA 3MZ9A 3M8UA 1EH3A 4IO4A 3K6VA 4ZZEA 1JW4A 4R9FA 4R6YA 5KCJB 1A7LA 1HSLA 2F6GA 1XVYA 3T9XB 5I59A 5BWJA 4PFUA 3CFLA 2XX9A 1UIVA 4EUOA 1TWYA 4RNSA 3O6GA 1HSEA 3PUVE 4H5GA 3ZKKA 3HSTA 2XD2A 1B5HA 2ZXTA 5DEXB 4ELOA 1QKBA 4ZE8A 5FTHA 1RKMA 2ABHA 1YCJA 4GFRA 2UVIA 3PMVA 4YKKA 3T9VA 4XIGQ 1IQ7A 2Y84A 3VVFA 3BKIB 3K6UA 4L17A 3TUSA 3RGYA 1NKXA 3Q28A 2DE2A 1B5JA 1IXHA 1B40A 5H8SA 5KCJA 2HAUA 1B5IA 2M8CA 3O6PA 2RF1A 3EPEA 5FHMA 1MXVA 4GLIA 3SDFA 5AA4B 1R9LA 3O6IA 2RCBA 3C33A 4TOZA 3OOAA 2F7AA 3OXNA 3CHGA 1PDAA 3CSBA 1EZOA 2B4LA 4G77A 3KGCA 4X48A 3FASA 3W15C 4X9TA 4DZ1A 1FTOA 3WAEA 4NE4A 2DQVA 3ZSFA 2HEUA 4OWDA 4LZ8A 1WDNA 3Q25A 3K1PA 4R2BA 1SDXA 3PAMA 1ZMGA 3MVYA 5FHOA 5KDTB 4DXUA 1NMUA 1POY1 1Q1KA 4QFLA 3O2AA 3KN8A 3FV2A 3TTRA 2QS2A 3PUYE 2H25A 5AA4A 3S9LC 4PFYA 1B7ZA 1DSNA 4MLQA 1IXGA 3CSGA 4H6DA 4ESXA 5CBSA 3V89B 2CZLA 2O6AA 1WODA 3KJTA 2Q8JA 2QPQA 2I49A 4LP2B 5ITPA 4U21A 3G3IA 3QUJA 4R75A 1AOVA 2KLFA 3BBRA 2NWJA 1P1OA 3MC2A 3E9XA 2XX8A 3R26A 4ZS9A 3TTNA 1HSJA 2PYYA 2I48A 4WEPA 4GF8A 3MW0A 1H76A 1QJMA 5AA2A 4R72A 5KDTA 4EXKA 2VP1A 2VOZA 1II5A 1MXUA 3DRGA 4HCWA 1MH4A 5TU0A 4IY6A 5I56A 2UVGA 4KCDA 1N3XA 1UIUA 4JWXA 3IB2A 1NL5A 4G8HA 1N76A 3O6HA 5AA3A 1CE2A 3VLWA 4OEUA 4HTGA 4RA1A 3THIA 3FUZA 1US5A 2QS1A 4OERA 3VE1B 2ZMBA 4X1BA 4F19A 1FW0A 1LB9A 2DWIA 4H5FA 4KYDA 2ONKE 1LLSA 1YPNA 4DDDA 5H8HB 1XHYA 1O63A 1LGBC 2P0SA 4OYVA 4DCYA 3FTOA 2Z8DA 2XX7A 1P99A 4LUBA 4H67A 4ELRA 1N04A 1TFAA 3IOWA 4QFKA 3C4MA 2Z22A 3G3KA 5K2XA 2DSFA 3TTLA 1FQCA 4PQJA 2HZKA 3FXQA 4WEDA 4NEDA 5J1DA 1TT1A 5H8QB 3B6TA 2DOJA 1SVXB 1AH5A 2QS4A 3K00A 4R9GA 4WXJA 1B2HA 2Y7RA 4G8MA 1NFTA 2QRYA 2CMOA 3WAFA 3VFJA 2Q2CA 3GLBA 4NF4B 4N07A 3DRJA 3TDJA 4I9DA 3S9NC 3UIFA 2F7CA 4U4XA 2RKMA 5TP9A 4ZECA 3Q27A 2RC8A 3CG3A 3W9WA 4F3PA 4KPTA 1EU8A 4XXUA 4ISUA 1XOCA 2WOKA 3KZGA 4YKIA 3SERA 1URSA 3RYAA 3JYRA 5LOMA 1J1NA 3ECRA 1SBPA 1OVBA 1B4ZA 5H8QA 2F97A 4H8IA 4F31B 3RYBA 3M3KA 4NTLA 3M3LA 3R7XA 2GHBA 2UYFA 5I58A 2YLNA 3FJMA 3VLVA 4NF4A 3LBSA 3VXBA 3H4ZA 1MQHA 1SYHA 4LQ2A 3RT6B 1MXYA 1Q35A 4GL8A 1NNTA 1FTLA 1FQFA 2HXWA 1USYE 4FEBA 3G3GA 2HAVA 3OO7A 5HPQA 5I2NB 3TCHA 4QF9A 2AIXA 2ANJA 3TCFA 4OZ9A 1DMBA 2Y7IA 3LSLA 1XT8A 4G68A 5AA1A 2F7BA 3UP9A 4H0WA 3U94A 4I62A 4TLLB 1AL3A 4KD5A 3HHGA 2X7QA 2F5XA 1JVXA 2V84A 3PPQA 5DYHA 4OMBA 1VFDA 3TQLA 1NNFA 5ISUA 2I4CA 4ZZAA 1B3FA 1M5EA 3H3GA 3UORA 2VD2A 3OEKA 1M5BA 4H65A 3DRKA 1KWHA 3RTFB 2QMWA 4I8CA 1QW0A 3MAMA 2VHAA 4YKPA 4ZEIA 3CG1A 3I3VA 2P2AA 1BIYA 4DLDA 3LSXA 1NNKA 1LSTA 2V3TA 2PT2A 2OLBA 1POTA 4MFIA 2XXVA 2XXQA 4KR5A 4MLVA 1PBQA 3G3HA 1N7XA 4C1TA 5K2YA 1FTKA 4NWDA 4U22A 3UN6A 4ESWA 3H6VA 4K3FA 5I2KB 1QUKA 3HV1A 3OEMA 3TQWA 4FE8A 2OK2A 3CFZA 4NF8A 3MVXA 4JWOA 5AA2D 3USDA 2A5TA 3G7WA 4AB5A 3U93A 1DTZA 1JETA 1JW1A 1MDP1 2R71A 4KYSA 2WKYA 3TEPA 1PEBA 4EQ9A 3MJNA 1MRPA 4ELQA 4G4PA 4Q30B 4Q8RA 1SD3A 1B7HA 2XXPA 1M5CA 3SEWA 3MP1A 2Q9TA 3U72A 4GRKA 4RPNA 2PMSA 4H8JA 2GRVA 5I2KA 4YKJA 1LAFE 1R1NA 5B7DA 3B6QA 4NMYA 1MPCA 2B3BA 3B6WA 4OHNA 2REGA 3ZKLA 1FTJA 1VSOA 3DP8A 2DP8A 3FVGA 2ESNA 5JTYB 1QULA 5DEXA 5CMKA 3T96B 2DXYA 1SI0A 1WVJA 3EHUA 4RK2A 3I5OA 2V3QA 3RPWA 4IGTA 1DPEA 4FATA 2HCAA 3C9HA 5A5XB 1B3GA 4YMAA 1Y1MA 4BDOA 4F1VA 3C32A 4NF5B 5FHNA 5H8NB 4C0RA 3QIMA 4UACA 2Y7PA 1LAHE 4OENA 3LUYA 4H1XA 2I3VA 4F39A 1MQDA 4G8NA 3R6UA 3PMXA 2BJJX 1P1QA 4QRZA 5IKBA 3C34A 3VXCA 1SW2A 4POXA 3DELB 2I0CA 4P0IA 1MG1A 4F1UA 2I3WA 3O66A 1GTKA 1RYOA 1N84A 3T9HB 5JTYA 3BFUA 3I6VA 1B05A 2Y7WA 3EHSA 4FEDA 3A3UA 2B65A 4TLMB 2H9BA 3V5AA 2ONSA 2QS3A 5H8NA 1MPBA 4JSOA 4OFOA 3IB1A 2DWHA 2ZYNA 3KSJA 4FAJA 1MDQA 4G2ZA 4YICA 5EYFA 2YJPA 3K1MA 4O3BA 3KSXA 4U23A 3DRFA 4F1YA 2GH9A 3L6GA 3IO6A 5HBCA 1P1UA 1IUDA 1UTBB 3PPOA 3FVKA 3RNNA 3MPLA 4YU0A 3ILUB 1ZJLA 3CVGA 2W7YA 5I57B 1D9YA 4ND9A 1PB7A 1MXZA 1B0LA 1DTGA 2XXRA 4PETA 1US4A 4OFJA 1YAEA 3VLUA 1IEJA 4F22A 1LFHA 3HO7A 1OLCA 3MP8A 1PC3A 1YTVA 5L9OA 3O28A 2OJTA 1ATGA 3FXUA 1A55A 2DE3A 3TAJA 1O7TA 1H44A 1DPPA 2LAOA 2FA7A 4F2OA 2D5WA 3ODBA 3HCQA 4QFNA 1MY1A 4JDFA 4QSDA 4FORA 1NH8A 1P1NA 4I1DA 3SKPA 1SI1A 1UQWA 2H99A 2DVZA 1ELJA 3UA8A 3Q26A 4P0GA 1MS7A 2Q2AA 3GBBA 2PX1A 3QYTA 3SESA 1I69A 3V83A 4RJZA 4JB7A 3OO6A 3A09A 3D4CA 2ONRA 2V3UA 3AXFA 3OO9A 4ECFA 1FQBA 4NF6B 1GV8A 3PV0E 3K0VA 4KHZE 2QMXA 2XD3A 4Z7EA 4KI0E 1XS5A 4FIMA 4O3AA 1TFDA 4PE5B 3TZAA 4OEVA 3PPPA 4U1ZA 3KN7A 3MPKA 4IGRA 1B3EA 4UA8A 4P11A 2RC9A 5ICQA 3MP6A 4OESA 4ONYA 3IR1A 3LSWA 4R6KA 3D4GA 1LAGE 1OQHA 2OCUA 3E13X 3QAXA 2FYIA 1PBPA 3HHFA 1MPDA 1Z7NE 3DM0A 3RTWB 5F1QA 1ZKBA 5H8HA 3FJGA 3CRBA 1LAXA 1LBBA 1SYIA 4Q5TA 1N3WA 2E1SA 2XXYA 1EZPA 3GZGA 2O7UA 4GWOA 1UTHB 2HFBA 3S4UA 2R6GE 1URDA 1Y4TA 2VGQA 5JEIA 4IY5A 4NF6A 1B3LA 2I0BA 4BDQA 1ANFA 2H98A 2Z23A 1LFGA 1N7WA 2G93A 3PPRA 1MQGA 3FGSA 4OTEA 2ZNUA 2XXIA 3CR9A 2E0SA 3H03A 3IAZA 4YB6A 5CMCA 1OMPA 1USYH 1NH7A 3SEYA 3SETA 3PUXE 3FXRA 4XKPA 1MM6A 1Z7ME 4POWA 3G3JA 4OETA 3O97A 3OMBA 3ILTB 2UVHA 3IORA 4HCYA 2WOLA 1H43A 2B4MA 3Q29A 1ZBMA 3KN3A 1B52A 3MVZA 4YB7A 2OWTA 1CB6A 3DP6A 1MXXA 3N26A 5CI5A 4R2FA 4TQUQ 4WKMA 3EN3A 4Q0CA 3KOSA 3QSLA 2O7IA 1PB8A 3KG2A 1VE4A 2NOOA 3N6TA 3RN8A 1S50A 3H7MA 4N6PA 2F35A 1B1HA 5I2NA 2G29A 4YB5A 2O1LA 4XKRA 2UXAA 4LQ5A 2XXTA 5I59B 3G3FA 5FTIA 3MZ1A 4F18A 4YMBA 4R73A 1D9VA 1LCTA 1SW1A 1Y9UA 2PVUA 1MY0A 2ZYOA 1QUJA 1FTMA 1Y1ZA 3EQ1A 3IO4A 3U1OA 2O1MA 3IX1A 3KBRA 3F11A 2IA4A 4RY1A 4LONB 2XXXA 1FQAA 2ZYMA 3RY3A 2AYSA 2PBWA 5IAIA 4KYEA 4XTCQ 1B4HA 4FECA 1ZU0A 2AL5A 5L9SA 2VD3A 4LZ7A 5EHSA 1N0TA 3OSRA 2RC7A 4QSCA 3KJ7A 4EF2A 1URGA 3GXAA 3TPAA 3C31A 3CIJA 5CRYA 1OQGA 2XXHA 3T93B 1B7UA 1XVXA 4HS7A 1Y3QA 1MY3A 5H8FB 3W9VA 3T66A 1FCKA 2ZNTA 2Q89A 2XXUA 2P1SA 1IITA 3B7DA 4XKQA 1I6AA 3MWBA 1JEVA 3PU5A 4EXLA 1LCFA 3K02A 4YZZA 1I6BA 4MH5A 3FATA 3TMGA 4GL0A 1PB9A 1A8EA 4DIGA 2ZNSA 2HZLA 2ZYKA 3IOUA 5CMMA 2YPNA 2V25A 2O51A 2B3FA 4JXIA 3SEVA 3VV5A 3QXMA 4IO5A 2XXWA 1EZ9A 4RXLA 1NNPA 3OD7A 1GVCA 4GOTA 1JEUA 4IO6A 2DWAA 5B70A 1LBCA 3RQTA 4GVOA 1JW5A 2F78A 1IXCA 1QVSA 4ZEBA 2I4BA 1O64A 3TELA 5H8FA 4THIA 1B9JA 4PFWA 3KOTA 3FZVA 5BUUA 3L6HA 3QUFA 2UVJA 4E0XA 5DTBA 1ZLQA 4QFOA 1OVTA 2A5SA 3MQ9A 1ZIUA 2DVCA 2Q88A 3JV9A 4U1OA 2XHDA 1F9BA 1B46A 4BDNA 3ZS6A 2DS9A 4M1VA 4EQBA 2RCAA 4BDRA 3MBPA 2QL3A 2NVUB 4O3CA 4QFPA 3EF7A 5CMBA 3K2DA 4GXAA 5AA2B 3VVDA 4EQ7A 1ZTYA 3RT8A 3S9EA 1D3KA 1D4NA 2F8DA 1BLFA 5A5XA 4X1DA 5I56B 3O9PA 2RINA 4NF5A 3DLNA 5I84A 2NUVA 3LC8A 5DT6A 4DE8A 1RYXA 3GBAA 1TXFA 2ALUA 4LA9A 3K1NA 2I58A 3OSQA 2X26A 1T0KA 2HQ0A 1JQFA 1FQDA 3EHTA 4ZEDA 4RYAA 3K01A 3MVWA 5DVFA 2Z8EA 1JVYA 3T22A 4IO7A 1A40A 3KEIA 4JWYA 1SW4A 4KFQA 3IJOB 3IJXB 3LSFB 2O68A 4GQOA 4GXSB 4LATA 1M5FA 4U4SA 3FVNA 3TFLA 5DVIA 3FV1A 5HM4B 1MM7A 1SQYA 2D3IA 1I6QA 3BFTA 4QSEA 5L9MA 3S2VA 3IK6B 4OVJA 4RPOA 5EHMA 4F2QA 4MBPA 3OO8A 4C1UA 1Y20A 4PP0A 5CBRA 3KFMA 3O29A 4HW8A 2QJEA 2Y7KA 1QUIA 4R6HA 1MY4A 3T9UA 3TTMA 2F6PA 1S9TA 2Z8FA 3K6WA 1B1XA 1UTBA 3QK6A 4IO3A 1FQEA 1AMFA 3PUWE 1BTJA 2AL4A 2REJA 3IOTA 2DE4A 4FJPA 4XKNA 3P7IA 3TCGA 1BP5A 5I57A 3C36A 3RLFE 5TP9B 1VFEA 4F3SA 1VR5A 2GHAA 4GIZA 4G68C 1R9QA 1R6ZA 2QSXA 4AQ4A 4BDLA 1MXWA 4EDPA 3PD8A 4LZ5A 1GR2A 3V8XB 3M3FA 3PD9A 3LVUA 3IB0A 3TKDA 2F36A 4U2RA 2FNCA 1MQJA 1LB8A 4RK9A 4ZEFA 1QKAA 3VVEA 2O69A 3HN0A 1B32A 5I58B 4N13A 5F7VA 4QHQA 5ELVA 3U92A 2DXRA 5CC2A 4KCCA 3H06B 2H4IA 3FVOA 4ZEKA 4YAHX 4E0WA 4AB6A 2OBGA 2D21A 2WOPA 4DXBA 3A3CA 1L5TA 5AE4A 2R9JA 3E4RA 1Y3NA 3SEUA 1A99A 3H6UA 4G68B 3DRIA 4KQPA 4NWCA 1MH3A 5L8DA 3DRHA 3PMWA 3HPIA 1OIBA 4R74A 1B6HA 3TTKA 1MQIA 5DVJA 4F3GA 2NXOA 4OFLA 3OENA 4IB2A 1P1WA 3OELA 4F29A 1IXIA 2F34A 4ELPA 5TPAB 4OQOA 3U8QA 4Z0IA 4DCXA 1M5DA 4BDMA 4MF3A 1B0HA 4BLAA 3TODA 4PFTA 3MZBA 3S9MC 4ZDMA 1A54A 4IO2A 2V93A 1B51A 1UTHA 4JBZA 1IIWA 3PUZE 3PPNA 1IZ1A 3N94A 2UYEA 3TYHA 3IOVA 1B58A 1JNFA 3SEXA 3N6UA 1SW5A 3ONMA 2DYXA 3FD3A 3K6XA 3PGFA 3N5LA 3FJ7A 3LR1A 4GD5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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