4QFPA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with val-thr
Total Genus 160
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
160
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 160
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qfpA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qfpA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qfpA02
3G3KA 3PD8A 4BDOA 4ZEDA 4I8CA 4YMBA 1MXWA 2WKYA 2XXIA 3PUZE 2I4CA 1MH3A 1UTHB 1YCJA 4F39A 1SQYA 3V89B 4F3PA 2ZNTA 2Q8JA 3CG3A 1ZIUA 3UA8A 4YZZA 3F11A 3HHGA 4Z0IA 1B5JA 3TFLA 3FV1A 4LP2B 1LFGA 1N04A 4YB6A 4OEUA 5CBSA 2F78A 4NEDA 4R73A 4R72A 4MFIA 4R9GA 4L17A 3C4MA 3MVXA 1LAXA 3KGCA 2Y7IA 3WAEA 4U1ZA 3KN8A 1LAFE 4LQ2A 2DE3A 4HCWA 5ITOA 2VD2A 2F6PA 3DELB 4OXVA 1AH5A 3N6UA 5CMKA 4QSDA 3SETA 3VVFA 2O1LA 4BLAA 1N7XA 3LSXA 2UYFA 4NF6B 5CRYA 5EYFA 3TYHA 3IOVA 2NXOA 3T66A 4JWOA 4ZDMA 3HO7A 3ZKLA 3O28A 3KZGA 4DZ1A 5I2KA 3OEMA 2HAUA 1VR5A 4HW8A 2QPQA 1GGGA 1POY1 2Z23A 1WDNA 4ND9A 3G3FA 3DM0A 3G3GA 1N76A 2ZMBA 1MY4A 1MM6A 4DCXA 3MUQA 2Z22A 3CFLA 2OWSA 5I2NB 3C36A 3OO6A 3WAFA 3KSXA 3UIFA 4POXA 3TTMA 3HCQA 4XTCQ 4DXBA 5AE4A 1M5DA 4RK9A 1B32A 3O9PA 3DP6A 4WEPA 4P0IA 3G7WA 3FVOA 3MPKA 1O64A 3L6GA 4ZS9A 2X7PA 3H6VA 1P1WA 1SW5A 2R71A 1LLSA 3IL1B 2XD2A 2R9JA 3T96B 2D3IA 2M8CA 4YKIA 3MZBA 3MP6A 2DE2A 4P11A 1SW4A 4G8MA 4X9TA 3LSFB 3O6HA 1EZ9A 2VHAA 2V25A 1B7HA 3KBRA 3RT8A 4MLQA 3C34A 3RTFB 3QAXA 3FGSA 1ELJA 3MP1A 4IGRA 4FIMA 2UVHA 2XXYA 5I56B 5JEIA 3IO6A 1SI1A 2OZZA 3OXNA 4F3GA 3PUYE 3IB0A 3TDJA 1MDQA 1YTVA 4U4XA 4H67A 4OESA 5K2XA 2QMXA 3KJTA 1PBQA 3JYRA 1I6BA 1ZU0A 5KDTB 1OLAA 2V3TA 1BP5A 4U21A 4WXJA 4IO4A 4JBZA 2ZNUA 4GXSB 4YB7A 4DXCA 4EXKA 4QHQA 4YKPA 2NOOA 5DYHA 2VD3A 4YU0A 2DSFA 1EZPA 3FJGA 1B6HA 1OLCA 2F7AA 3SERA 3MWBA 3MJNA 1NFTA 5TPAA 3C9HA 3VVDA 1AMFA 5FTHA 4H8IA 1MY1A 4KFQA 5I59B 4M4GA 5AA3A 2F6GA 4MH5A 1PEBA 4BDNA 2XXUA 2WOKA 1A7LA 1B3HA 2OCUA 2XXXA 3KEIA 3OSQA 2AIXA 2FA7A 2XD3A 4NTLA 3IR1A 1IUDA 4LONB 1B1HA 2I48A 4THIA 4GLIA 3N5LA 2ONRA 2E1SA 2O51A 4Q30B 3CVGA 1A8FA 1XS5A 3MAMA 4GQOA 2O1MA 2ONKE 3TTLA 2UYEA 2DXRA 3G3HA 5ELVA 3B6QA 2I0CA 1WODA 1MQGA 1PB7A 3LR1A 3HV1A 2PT1A 2XHDA 2X26A 4GFRA 5L9SA 3FJMA 1LGBC 3RGYA 1YAEA 3ODBA 3TZAA 1Q35A 4LQ5A 4QF9A 3OO7A 5AA4B 3IX1A 4ZE9A 1AIVA 3OSRA 4FEBA 2V3QA 5I84A 1B3EA 2RC7A 1S9TA 2UXAA 3R7XA 4R9FA 5KCJA 1JNFA 1LAGE 1QULA 3PPOA 4OERA 4KQPA 1URDA 3RYBA 4G8HA 4XKRA 1B52A 4BDMA 3K1PA 4H8JA 3EHSA 5I57A 1Y9UA 4NE4A 4DCYA 4ESWA 4KYSA 3Q25A 1S7YA 4H6DA 3DLNA 5L8DA 2GFEA 4ZZEA 1R1NA 1PDAA 3LSLA 3TQLA 2PVUA 2E0SA 4F22A 3VLVA 2XX7A 1TXFA 4NF4A 5H8HB 2HFBA 3PPPA 1H44A 2RCAA 5H8FA 3SEVA 5B7DA 1Y4CA 4QFOA 3ILTB 3RNNA 2H99A 3Q28A 1BIYA 4FORA 3N6TA 4F1YA 4ZEIA 2CZLA 4NF8B 4F18A 1R6ZA 4JXIA 3IOUA 2V84A 5CI5A 4U23A 3FXRA 1UIUA 1DPEA 4OTEA 4XKPA 3SDFA 3FVGA 1ZKBA 4LZ5A 2WOLA 4PFTA 1R9QA 1SYHA 3OMBA 4N13A 1T0KA 3GBBA 1JEUA 4YKJA 1MM7A 4QFKA 3S2VA 3MQ9A 4WKMA 2I4BA 1B0HA 4IY5A 5I58A 2Q9TA 3USDA 3DP4A 2QRYA 4AQ4A 1XHYA 1P1NA 3U93A 3PGFA 2AL4A 4JSDA 1ZLQA 3DRIA 3TCFA 3UK4A 4LZ8A 4RYAA 3O66A 3MVYA 1URSA 3PMWA 3PV0E 4UA8A 4G77A 3RYAA 1NNKA 3OOAA 1M5EA 3FZVA 1GTKA 4H1XA 3JV9A 1ZTYA 3T9XB 1I6AA 3MPLA 4OHNA 4Z7EA 4H5GA 1JVXA 4OVJA 4RA1A 4DIGA 5JTYA 1ZMGA 4KCCA 5AA1A 3OENA 4JDFA 4F31B 3TODA 4GF8A 2ZXTA 2RINA 3VFJA 1B7UA 1IXIA 4IO6A 5TPAB 4PE5B 2BJJX 2XXQA 2Y7PA 3QSLA 2F97A 1DOTA 3PAMA 1H76A 4QRZA 1MPBA 3QK6A 1PB8A 3U72A 5ICQA 1B05A 3A3CA 5H8QB 1VFDA 2F35A 5B70A 3BBRA 3HHFA 4F1UA 3ZSFA 4ZECA 3FTOA 3VLWA 4DDDA 3VV5A 1NH8A 1QW0A 2UVJA 3TPAA 5JK4A 4ISUA 3D4CA 5TP9B 3PUVE 1Y3QA 1OQGA 2H5YA 2I3WA 3DRFA 4G68A 1MQJA 5FTIA 5ITPA 1TFDA 3N94A 1EZOA 1AL3A 1LFIA 1PC3A 2XXWA 1N0TA 4IB2A 3MP8A 3E4RA 4PP0A 3EHTA 3W15C 1Y1ZA 2XXTA 1A8EA 2RCBA 2Z8DA 2DYXA 4JB7A 2HZLA 4IO2A 2GRVA 1B5HA 4NF5A 2H25A 3KN7A 1FTLA 1MXVA 3K1MA 3BKIB 3O97A 4X1DA 2Q2CA 1UIVA 3KFMA 1SYIA 3H6WA 2DP8A 3IORA 4F1VA 4KYEA 4HTGA 5DVJA 1NNTA 4IO5A 1IEJA 4FEDA 4OEVA 4F19A 3U94A 3IOTA 5K2YA 3MVWA 4YMAA 2F36A 4MBPA 3KN3A 4Q5TA 1URGA 2G29A 1B40A 3MC2A 2IEEA 2I6EA 2OLBA 1M5CA 2QS1A 3DRKA 3M3LA 5BWJA 2B65A 3P7IA 2Y7KA 1MY0A 4E0WA 1FQBA 3S9MC 1LAHE 2O69A 2XX8A 2PMSA 2OBGA 5A5XA 2XXVA 3S9NC 1SBPA 4FJPA 2RF1A 5FHNA 1J1NA 2F34A 2B3BA 4UACA 1ATGA 1FCKA 3B7DA 4EQBA 4KCDA 3CHGA 1S50A 5EHSA 5DEXA 3K2DA 2REJA 3K00A 2DOJA 4XKNA 4F29A 3CSBA 4GL0A 3A09A 4G8NA 1FTKA 1UTHA 3M8UA 2H98A 5FHMA 3RQTA 3VXCA 2W7YA 4U2RA 1P1QA 3DRGA 5AA2B 1ZBMA 2Q89A 5L9OA 1MXXA 3TELA 3MVZA 1GV8A 1OMPA 2RC8A 3GXAA 2DE4A 4AB5A 3I5OA 3KSJA 2ZYOA 4TQUQ 1N7WA 1N3WA 4IGTA 5H8NA 3FVKA 1D9YA 1M5BA 3H4ZA 3UORA 3IB2A 5DVFA 3H03A 3K01A 3RTWB 2AYSA 1MQHA 2O68A 3QXMA 1TWYA 5BUUA 4EQ7A 1MQIA 3LC8A 1QUIA 2D5WA 4LVQA 4NF6A 4I62A 3H6TA 4K3FA 3EF7A 3QIMA 1RYOA 2HZKA 2REGA 2P1SA 3FVNA 3A3UA 4O3BA 5HBCA 3ILUB 3H06B 4RJZA 3EN3A 1II5A 2F7CA 1POTA 3S9EA 4KHZE 4NMYA 3TTRA 3VVEA 4FATA 4ZEKA 1FQEA 3CRBA 4FECA 4KPTA 1TT1A 3SKPA 1HSJA 1MPDA 2DVCA 1D4NA 4RPOA 2G93A 4G4PA 4PQJA 4XKQA 1IZ1A 1SW1A 1QUKA 1NNFA 3QUFA 4OWDA 3FUZA 5CMCA 4HCYA 2O6AA 1XC1A 4EF1A 2ABHA 4PFUA 1FW0A 5FHOA 3AXFA 5LOMA 1DTGA 4U22A 3FV2A 1QJMA 2O7UA 3CFZA 1IQ7A 1O7TA 1JW1A 3HPIA 3KOSA 1CB6A 3SEXA 4BDRA 4G68C 3SESA 5I2KB 1B3GA 1QKBA 4AB6A 3UGWA 4GWOA 1A55A 4OFOA 2KLFA 3MW0A 2DWJA 3T9UA 1FTMA 5H8SA 1A54A 2VGQA 2QSXA 4C1TA 5I56A 3E13X 2GHAA 4EF2A 2HEUA 1LBBA 2ZNSA 4NWCA 3Q27A 1B3FA 3PUWE 1NKXA 1BKAA 1B46A 3BFTA 3SEYA 2YPNA 4EQ9A 4LUBA 1B1XA 2XXRA 2HQ0A 4POWA 3TKDA 1PB9A 3TTNA 4DXUA 3G3JA 2UVGA 4ECFA 1LSTA 3KOTA 4EDPA 3K0VA 4H0WA 3E3KA 2UVIA 4YAHX 3MZ9A 3Q26A 1B9JA 1MQDA 1B5IA 2I58A 3T9HB 3B6WA 2QJEA 3GBAA 1D9VA 2GH9A 1XT8A 2AL5A 5I59A 2ALUA 3SEUA 1SW2A 1VFEA 4JWXA 2PT2A 2ZYKA 1H43A 4XXUA 4C1UA 4N6PA 1VE4A 1B51A 4R74A 3VXBA 4G2ZA 2B4LA 2Z8EA 2DWHA 2YLNA 2IA4A 5CM6A 1Y3NA 2Q2AA 4ELOA 1QUJA 1FQFA 3LSWA 4QFNA 4R2FA 3FATA 4OFJA 2O84X 3C32A 3E9XA 2F7BA 1O63A 1OVTA 2V93A 3FJ7A 1AOVA 4DLDA 3LVUA 2I3VA 4GOTA 2OWTA 3LBSA 2HAVA 2PBWA 4BDLA 4OYVA 5KZTA 3B6TA 3UN6A 4GVOA 1WVJA 2B4MA 1LBCA 1BTJA 1MY3A 3CG1A 3O2AA 2P0SA 1GVCA 2VOZA 3K6UA 3O6IA 2DXYA 2NVUB 3I6VA 3T22A 1CE2A 2F5XA 1QVSA 3EPEA 3H6UA 3FD3A 3K6WA 2PYYA 3I3VA 5H8NB 3RT6B 5AA4A 3S9LC 4QSCA 4XIGQ 3MBPA 2A5TA 4JSOA 2ONSA 3BFUA 4ELQA 4O3AA 4BDQA 3QUJA 5AA2D 3S4UA 2DQVA 3RPWA 3OO8A 1B58A 2Y84A 1N3XA 1PBPA 1XVXA 4OENA 4OMBA 2VP1A 1NL5A 3Q29A 4RPNA 3U8QA 5DVIA 1US5A 1IXCA 3FXUA 5EHMA 1JQFA 2O7IA 3R6UA 1MG1A 2I49A 4RK2A 4U1OA 3IO4A 2DWIA 2B3FA 1F9BA 4DE8A 2LAOA 5J1DA 1Y20A 1Z7NE 3TMGA 1B2HA 1DTZA 4OQOA 4IO7A 5H8HA 4I9DA 1FTOA 2QMWA 1B4ZA 1RYXA 1MXYA 1TFAA 3V5AA 1IIWA 1Y1MA 5M2VA 5F1QA 4KYDA 5KCJB 1LFHA 2YJPA 3IJXB 4H5FA 3H3GA 1HSEA 4KR5A 4NF8A 2ZYNA 2XXHA 4EXLA 3FIRA 2RKMA 2H4IA 4GIZA 4F3BA 2PX1A 2HXWA 5I57B 3SEWA 3QYTA 1USYE 3UP9A 1UTBA 3KJ7A 4OFLA 1R9LA 1OQHA 1SVXB 2V3UA 1NH7A 2QS4A 3W9WA 3H7MA 3N26A 3CFXA 4H65A 4KI0E 3TEPA 5CC2A 4EUOA 3DP8A 1DSNA 2F8DA 4YKKA 4MF3A 4NF4B 1VSOA 3O6PA 1MXZA 4F2OA 1XVYA 3FXQA 4IY6A 1JEVA 3TQWA 5H8FB 1OIBA 3IB1A 3HSTA 2Y7WA 4PFYA 4ZZAA 3W9VA 3G3IA 1LB8A 3ZS6A 1IXGA 1BLFA 3LUYA 1IITA 4GL8A 5ISUA 3K6VA 4R6KA 1SI0A 1ZJLA 1I6QA 3L6HA 4HS7A 3M3KA 4PETA 2R6GE 4ZEFA 4QFPA 1USYH 2X7QA 1MRPA 3ECRA 3TCGA 3TTKA 1FQCA 2DVZA 4RNSA 3KG2A 3PPNA 4LATA 5HPQA 2D21A 5I58B 1H3DA 3ONMA 1SD3A 4LZ7A 3IK6B 2ANJA 1LB9A 2P2AA 1IXHA 1RKMA 4P0GA 1A40A 2FNCA 2H9BA 3D4GA 2OK2A 2XXPA 4ELRA 5H8QA 1EU8A 3GZGA 3PPQA 4JWYA 4ZE8A 4ZEBA 3GLBA 3CIJA 4LA9A 1MPCA 1N84A 3CSGA 4F2QA 5CBRA 2CMOA 1JVYA 1UQWA 1NMUA 4GXAA 3EHUA 4ONYA 3DRJA 4GD5A 1LCTA 1MXUA 3R26A 5TP9A 1MS7A 2Y7RA 4YB5A 2HCAA 5IAIA 3OO9A 1P1OA 1Q1KA 5JTYB 1FTJA 1I69A 5HM4B 3V8XB 2NWJA 3U92A 5IKBA 3C35A 1MDP1 2Z8FA 1P99A 2ZYMA 5I2NA 4F3SA 1MH4A 3VDFA 4R75A 2ESNA 3THIA 3O6GA 2THIA 3IJOB 4FE8A 3PUXE 3VE1B 3K02A 4Q0CA 3T9VA 1B0LA 5ICTA 3O29A 4OZ9A 5TU0A 4QSEA 4PFWA 2A5TB 1FQDA 2Q88A 3CR9A 4R6HA 1H45A 3RUMA 1M5FA 4X48A 4Q8RA 1B3LA 5DTBA 1XOCA 2DWAA 3U1OA 4G68B 4C0RA 2QL3A 4X1BA 4O3CA 1GR2A 3K6XA 3PD9A 3V83A 3M3FA 2RC9A 3IAZA 3EQ1A 4OETA 3TCHA 1JW5A 4RXLA 5L9MA 2QS3A 3PMVA 1FQAA 1L5TA 4WEDA 5F7VA 1US4A 1B7ZA 1LCFA 1Y3PA 1NNPA 4GRKA 3OELA 4FAJA 3K4UA 4TLMB 3IOWA 3PMXA 5DT6A 3RY3A 1Y4TA 4R6YA 2OJTA 4I1DA 4E0XA 1DMBA 4NF5B 4QFLA 1YPNA 2FYIA 3TAJA 5KDTA 3PU5A 4ELPA 1A99A 3FASA 1QKAA 2XX9A 3CI8A 2A5SA 3OD7A 4KD5A 2WOPA 3ZKKA 3DRHA 4U4SA 3C31A 1EH3A 3C33A 4MLVA 5AA2A 5CMBA 1ANFA 1KWHA 4ESXA 4TOZA 1OVBA 4TLLB 3K1NA 2NUVA 3OEKA 4YICA 1JW4A 1UTBB 2GHBA 2DS9A 1P1UA 4RY1A 2I0BA 1Z7ME 4R2BA 4N07A 4IO3A 1D3KA 5A5XB 5CMMA 2QS2A 3TUSA 3RN8A 1JETA 4NWDA 3HN0A 3T93B 3MZ1A 3PPRA 1SDXA 1DPPA 3RLFE 1HSLA 5DEXB 4M1VA 3JZJA 1MY2A 1B4HA 3VLUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3KA 3PD8A 4BDOA 4ZEDA 4I8CA 4YMBA 1MXWA 2WKYA 2XXIA 3PUZE 2I4CA 2F3DA 5DW8A 1MH3A 1UTHB 1YCJA 4F39A 1SQYA 2WX9A 3V89B 4F3PA 2ZNTA 2Q8JA 3CG3A 1ZIUA 2GQ1A 3UA8A 4YZZA 3F11A 4O8MA 3HHGA 4Z0IA 1B5JA 3TFLA 3FV1A 4LP2B 2HXRA 1LFGA 1N04A 4YB6A 4OEUA 5CBSA 2F78A 4NEDA 4R73A 4R72A 4MFIA 4R9GA 4JVDA 4L17A 1NV6A 1RDXA 3C4MA 3MVXA 1LAXA 2CZKA 3KGCA 2Y7IA 3WAEA 4U1ZA 3KN8A 1FPJA 1LAFE 1IMCA 4LQ2A 2DE3A 4HCWA 5ITOA 2VD2A 2F6PA 3DELB 5I7IA 4OXVA 1AH5A 3N6UA 5CMKA 4QSDA 1FBPA 4PC9A 4P1EA 3SETA 3VVFA 2O1LA 4N6KA 3SZPA 4GX3A 4BLAA 1N7XA 3LSXA 2WYPA 2UYFA 4NF6B 5CRYA 3LV0A 5EYFA 3TYHA 3IOVA 2NXOA 3T66A 4JWOA 4ZDMA 3HO7A 3ZKLA 3O28A 3KZGA 3BIHA 4DZ1A 5I2KA 3OEMA 4PCDA 2HAUA 1VR5A 4HW8A 2QPQA 1GGGA 4O7MA 1POY1 2Z23A 1WDNA 4ND9A 3G3FA 3DM0A 3G3GA 1N76A 2ZMBA 1MY4A 1MM6A 4DCXA 3MUQA 2Z22A 3CFLA 2OWSA 1NUWA 3C36A 5I2NB 3OO6A 3WAFA 3KSXA 3RPLB 3UIFA 4POXA 3TTMA 1FRPA 3HCQA 4XTCQ 4DXBA 5AE4A 4PTKA 1M5DA 4RK9A 1B32A 3O9PA 3DP6A 4WEPA 4P0IA 3G7WA 3FVOA 3MPKA 1O64A 3L6GA 4ZS9A 1IMBA 2X7PA 3H6VA 1P1WA 1SW5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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