4XKPA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and bhi medium supernatant)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
total genus 168
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkpA01
3TELA 1Z7ME 1NKXA 1FTLA 4ECFA 5IKBA 3S9EA 2B3FA 4U4XA 1FTMA 2HQ0A 3KOTA 4UA8A 1DPEA 3PD9A 2ANJA 4LONB 3H6VA 1TWYA 3ONMA 2GH9A 3FV2A 3TTNA 3MZBA 1IXGA 4ZEFA 1JVXA 3FVGA 1N04A 1ANFA 1GVCA 3LSLA 4IO3A 4ONYA 1I6AA 5KCJB 4YU0A 1GR2A 4DE8A 2HAUA 1LFGA 1EU8A 5TU0A 5I2NA 3TUSA 3W15C 5AA4B 4HCYA 4AB6A 5KCJA 1OQGA 1PB9A 3S2VA 4DDDA 5H8FA 1T0KA 2Y7PA 1R6ZA 4YAHX 4YB7A 3UK4A 1LCFA 4IGTA 5AA4A 2PVUA 3Q27A 3O6GA 4U21A 3V5AA 3UN6A 1B1HA 3RTFB 3K2DA 4THIA 3PD8A 1SYIA 5CI5A 4RA1A 3K6VA 5BUUA 4P0IA 3OO7A 3RLFE 2XXIA 3T66A 5DVJA 3K01A 4AB5A 4ZECA 5JTYA 3OO8A 3K4UA 2RCBA 3EHSA 2V3TA 3VVDA 1YCJA 3UGWA 4GFRA 1FQEA 1ZKBA 4OEUA 4N6PA 2R6GE 2AIXA 1RYXA 5F7VA 1Z7NE 4QHQA 1URSA 3BBRA 1USYE 3SEVA 1LBBA 4H0WA 5AE4A 1B32A 2Q2CA 4F1UA 1JW1A 2ZNUA 2O69A 3TTRA 4P0GA 3EHUA 1Q1KA 3TCHA 2OJTA 1CB6A 4R2BA 4OENA 1B7UA 3C34A 4KYDA 1EH3A 1H43A 1H76A 2IEEA 3TTKA 2NVUB 3SEUA 3I5OA 1Q35A 4MBPA 4POWA 5ICTA 3TMGA 1H45A 1Y1MA 2DVCA 2O84X 3CVGA 4ELRA 1Y4TA 3C4MA 3T9HB 1I6BA 3CHGA 3EPEA 3QIMA 4PFUA 2X7QA 1NFTA 1B3LA 1EZ9A 4F1VA 3SERA 4QF9A 4C1UA 1B3HA 2DXYA 3KFMA 4FECA 4OESA 2ONSA 3VDFA 4NF6B 4KQPA 3C35A 3KN3A 1ELJA 3PUWE 4OFLA 1LCTA 2F7BA 1MG1A 4PFYA 1FQCA 1B51A 2DVZA 4F3BA 1A7LA 3S9LC 2DP8A 4R74A 1QKAA 2HXWA 4E0XA 3CSGA 1MXXA 4NWDA 3OO9A 2HEUA 1UTHB 1A54A 2CMOA 3EF7A 1QJMA 4OFJA 1MS7A 5HM4B 2R9JA 3MVWA 1JW4A 3FUZA 4FORA 4BDNA 3FXQA 4U1ZA 3K00A 2Y7RA 3MC2A 3E4RA 2DWHA 1B05A 3TTMA 3MVZA 1P1NA 3PUXE 4LVQA 3D4GA 5I59A 4ESXA 4R75A 3H7MA 1UQWA 5M2VA 4NEDA 1LSTA 1MQIA 4NTLA 1M5BA 4EF2A 3G3GA 4IB2A 2ZYNA 2D5WA 4YKJA 5I57A 5I2KB 2I4BA 4XXUA 1SW1A 4MH5A 1Y3PA 3Q26A 5AA2B 1Y3NA 3LC8A 3OSQA 3DP4A 3CI8A 2O7UA 3CFXA 4PE5B 5CBRA 2F8DA 5ISUA 4QRZA 3IK6B 1MY4A 3TPAA 3N26A 3ECRA 3N6UA 3VLWA 2D21A 3ZKLA 3PPNA 1B0HA 1B4HA 4ELPA 1MRPA 5F1QA 3O6HA 3IO4A 1Y4CA 1N7WA 4ZEIA 2RC8A 1NNKA 1D9VA 1A40A 2I4CA 3PMXA 1ZIUA 2DS9A 3U94A 5L9OA 2P0SA 2ZYMA 4C0RA 5EHMA 5A5XA 2GRVA 4POXA 3CIJA 5CRYA 1USYH 5K2XA 1VR5A 4NF8B 1WDNA 4H5GA 2XD2A 3LVUA 3RNNA 3CFZA 4XKRA 1B58A 3PPQA 3MW0A 3LUYA 1MQGA 1AOVA 1B3GA 3U1OA 2XXQA 1B46A 5DVFA 1SW2A 1MM6A 1UTBB 2F78A 3FZVA 4OYVA 4DXUA 2QRYA 1LFHA 1MXUA 1I6QA 2XXVA 3H6TA 2WKYA 4KCDA 1DTGA 1GTKA 2V3UA 3DM0A 3PU5A 3KN8A 4OEVA 3A09A 2VHAA 3KZGA 2V3QA 2XX9A 1MPCA 4R6YA 3GBAA 2WOPA 4XIGQ 4H6DA 4LP2B 1I69A 4ELOA 1ZLQA 1H44A 4R6HA 3RPWA 2DXRA 5DT6A 3HN0A 1JEUA 1TXFA 3K02A 3JV9A 3O9PA 1P1OA 4NF4A 1UIVA 1PB7A 4LA9A 2V93A 3OD7A 1DOTA 1ZU0A 2VGQA 3GXAA 4PETA 3SESA 3FJ7A 3GLBA 4YZZA 3G3HA 4U2RA 1MH4A 4JSOA 4NF5A 3CRBA 3H6WA 5CMKA 2ALUA 3UA8A 4GVOA 1BP5A 2ZXTA 4EF1A 4YKKA 4LQ2A 4FEBA 4Q0CA 4DXBA 3B6TA 1DMBA 4DLDA 1DSNA 2NWJA 1B7ZA 1P1WA 4Q8RA 2G93A 5I56B 3VXBA 2DQVA 1FCKA 2ZMBA 4ND9A 1URGA 4QSCA 2Z23A 3O6IA 4DIGA 2UXAA 4QFKA 1N3XA 2YPNA 1MQDA 1JETA 5I56A 1D4NA 1BIYA 2DWIA 1M5FA 1DTZA 3GZGA 3TCFA 4F2QA 4GXSB 3IOVA 1QW0A 5H8SA 4LZ7A 1WODA 3QK6A 1OLAA 4YKPA 3F11A 2XXYA 5TPAB 1TT1A 2ZYOA 1JQFA 4ESWA 4R9GA 2REGA 2A5TB 5CMMA 1IIWA 1LGBC 3KGCA 3Q29A 4NE4A 2ABHA 1D9YA 1SI0A 4QSDA 4ZZEA 4KI0E 4ZS9A 1SD3A 3HHGA 3S9MC 1ZJLA 3SEYA 4BDLA 2PX1A 4RNSA 3PPOA 4ZZAA 4R73A 2OWSA 4IO4A 3E3KA 1B7HA 5DEXB 2RC7A 3VV5A 3WAEA 5CC2A 1YTVA 3ILUB 1XOCA 1MY1A 4Z0IA 1NNFA 1N7XA 1GV8A 4YB5A 3KOSA 4F3PA 4NMYA 1NL5A 1II5A 4KYSA 2O68A 4H8JA 4G77A 3VVEA 1IZ1A 4U23A 3DELB 2VD2A 1FQAA 2QS2A 3R6UA 3IOTA 2HZLA 4F2OA 2DE2A 1NMUA 3T9VA 1MPDA 3M3KA 1CE2A 4FAJA 2A5SA 4F1YA 3HPIA 4K3FA 3IO6A 1FTOA 4DZ1A 5ELVA 1RYOA 5ICQA 1OIBA 2F36A 2OLBA 3DRHA 3TAJA 2E0SA 1HSJA 2QPQA 4XKPA 1LAGE 4R6KA 1LLSA 1SYHA 3TDJA 3A3CA 1SBPA 3G7WA 3V89B 3SKPA 1QUIA 1NH7A 1VSOA 4FATA 4IO5A 4EQBA 3PPPA 3IAZA 1QULA 1OVTA 2XXTA 4NWCA 3RYBA 1N84A 3PUVE 2QL3A 3T22A 4E0WA 4DXCA 4OVJA 5I58B 4F18A 4XKQA 3MVXA 5IAIA 2E1SA 2Y7WA 2YLNA 2D3IA 2F7CA 3OMBA 3VFJA 3LSWA 4GF8A 1FTKA 2I58A 2XXUA 4KR5A 1US5A 2RF1A 5H8QB 3D4CA 1B52A 1MXWA 5LOMA 3OEKA 3K6XA 5EYFA 4I1DA 1L5TA 2ZNSA 2DE4A 4U4SA 4NF6A 3KN7A 1B6HA 1M5EA 4IO6A 2R71A 1O7TA 2F35A 3FXRA 1IQ7A 1XS5A 2CZLA 1ATGA 2B3BA 2H25A 2UYEA 1B2HA 2OK2A 4GXAA 3RUMA 4OXVA 5TP9B 4O3AA 1D3KA 4GL0A 3N94A 2H4IA 4Z7EA 5H8HB 3QYTA 1NH8A 3EHTA 4OQOA 2WOKA 5BWJA 3RT6B 1QUJA 1UTHA 2QSXA 3DRFA 3ZS6A 1P99A 1MH3A 4PQJA 2H9BA 4OETA 1QUKA 4FEDA 2Z8FA 3MPKA 3OEMA 3Q25A 4HCWA 2BJJX 5AA3A 1GGGA 1N76A 2I6EA 1FTJA 2HZKA 4R72A 1YAEA 3PMWA 2VOZA 3VXCA 2G29A 2GHAA 1NNTA 3S4UA 1MQHA 2F5XA 2ESNA 4HW8A 4X1BA 3G3IA 4F3GA 3V8XB 4G68C 3QUFA 4QFLA 3TZAA 2AL5A 4LQ5A 3I3VA 1SW4A 2Y7IA 4PFWA 2I0CA 3FGSA 3USDA 5CMCA 1Y1ZA 3IL1B 1P1UA 5DTBA 2FNCA 4F3SA 1B5HA 5K2YA 5I2KA 4WXJA 4BDRA 5AA2A 3C32A 3C9HA 2Q9TA 3DRIA 2Z8EA 2QMXA 4R9FA 3B6QA 2F6GA 4LZ8A 4F39A 1LAXA 2XX8A 4EUOA 4KPTA 4L17A 5H8NB 3IR1A 2XXPA 1LB9A 3R7XA 4I62A 5AA2D 3MBPA 4M1VA 3GBBA 3RN8A 3QSLA 4JDFA 3T93B 4KYEA 3MVYA 3FVOA 1HSEA 1PBPA 4ISUA 3M3LA 1TFAA 2DSFA 4I8CA 3IOWA 2VP1A 5HPQA 1PC3A 2H98A 2I49A 4KHZE 2ONKE 1B3EA 3KJ7A 1H3DA 4I9DA 4MFIA 1S7YA 2QJEA 5FTHA 1OMPA 2NUVA 1B1XA 5CBSA 3CR9A 4JB7A 4NF8A 4GRKA 4KD5A 1ZBMA 3H06B 1AL3A 4TLMB 2B4MA 2OCUA 5KDTB 3VVFA 3TQWA 4MLVA 1BLFA 2F97A 1IEJA 2O6AA 1UTBA 2Z8DA 3W9WA 2RINA 2DYXA 3LSFB 2F34A 4GOTA 1IXCA 2B65A 4ZEDA 3G3KA 3FVNA 3SDFA 3RTWB 4H5FA 3LR1A 2OZZA 5DVIA 1B4ZA 3FTOA 4OTEA 2ZNTA 2ZYKA 3T96B 4BLAA 1XC1A 4KFQA 4WEPA 1LAFE 4ZEKA 3T9XB 2HFBA 1S9TA 4P11A 3L6HA 3IB1A 1NNPA 3ZKKA 5FHNA 3MPLA 2O51A 1MXVA 3IOUA 4X9TA 5ITOA 4F31B 3IB2A 3RGYA 3MP8A 1OLCA 4EQ7A 2RC9A 2LAOA 3PUYE 2XX7A 3CG1A 4F29A 1SW5A 1PDAA 3FIRA 5ITPA 4QSEA 5L9SA 1MXZA 3TCGA 4IY5A 5KZTA 4IO2A 4QFPA 2P1SA 1SDXA 5FHOA 1KWHA 3FJMA 4HTGA 5HBCA 2IA4A 1B0LA 3IB0A 1B9JA 2UYFA 5CM6A 1EZOA 4GL8A 2F6PA 3SETA 3M3FA 3H03A 1BKAA 3OSRA 3HSTA 5JK4A 3DP6A 4OHNA 2P2AA 3KSXA 3FASA 1FQFA 1US4A 3VE1B 4GWOA 3KSJA 3S9NC 3H3GA 2DWAA 5I2NB 2V84A 3O66A 4RK2A 5TPAA 2VD3A 3MJNA 3ODBA 4TQUQ 3FXUA 4FIMA 3TQLA 4IY6A 5H8FB 2A5TA 2M8CA 4GD5A 2RCAA 3FVKA 3HCQA 2DWJA 2UVJA 1P1QA 4XTCQ 4RJZA 4O3CA 4DCXA 3KJTA 3FV1A 2PBWA 4H8IA 4YMAA 1PB8A 4OWDA 1O63A 3K6WA 4JSDA 2XXRA 3B7DA 4G2ZA 3VLUA 3PUZE 4ZDMA 5DEXA 4MF3A 4EXKA 2ONRA 1JW5A 3K1NA 5JTYB 1A99A 1MDP1 3W9VA 3TYHA 2XHDA 4TOZA 3LSXA 3CSBA 2I3VA 1S50A 1OVBA 4YICA 4H65A 1VE4A 1M5CA 3G3FA 4ELQA 3JYRA 2QMWA 4AQ4A 5I84A 3DRGA 3K1MA 5CMBA 3U93A 2Y7KA 3U72A 5AA1A 3VLVA 1IXIA 4G8NA 2THIA 1AIVA 3PV0E 3PPRA 1MY2A 1B40A 4Q5TA 3TKDA 3H6UA 1MDQA 2PT1A 3G3JA 5EHSA 4GLIA 4WEDA 3OOAA 5FTIA 4ZE8A 4C1TA 4XKNA 3ZSFA 3BFTA 3WAFA 4X1DA 2XXXA 4RXLA 4QFNA 3DP8A 1ZMGA 3SEWA 3HV1A 1FQBA 1OQHA 3C36A 4U22A 2OBGA 4JBZA 3TEPA 5J1DA 4R2FA 4O3BA 3U92A 1B5JA 4EQ9A 3MP6A 1R1NA 4ZEBA 3T9UA 5I58A 1LBCA 1Y20A 3RYAA 1IITA 4RPNA 2H5YA 1SQYA 3A3UA 1POY1 2REJA 1MM7A 4YB6A 4G8HA 2FYIA 3IJOB 3UIFA 2Z22A 5H8QA 3O6PA 4IGRA 1XHYA 3BFUA 1WVJA 4OFOA 2AYSA 3CFLA 2KLFA 2HCAA 2X26A 4M4GA 4YMBA 3RT8A 3MZ1A 3RQTA 4H67A 1MPBA 2XXWA 3UORA 2W7YA 3IX1A 3O2AA 3OENA 4IO7A 3AXFA 2XD3A 3QUJA 3K0VA 3EQ1A 4HS7A 5TP9A 1B3FA 5H8HA 3MZ9A 3U8QA 3DRJA 4JWOA 1IUDA 1M5DA 3N6TA 3O97A 3E9XA 4OZ9A 3RY3A 3FD3A 5FHMA 5I59B 4Q30B 1JVYA 3ILTB 3IORA 2Q2AA 4N07A 1UIUA 3OELA 3TODA 4LATA 2B4LA 1R9QA 1PBQA 2HAVA 3PAMA 3MUQA 3HO7A 4TLLB 2I48A 3KEIA 1PEBA 3O28A 1FW0A 3TFLA 1DPPA 5I57B 3HHFA 2UVHA 2DOJA 4KCCA 4N13A 4YKIA 3B6WA 3BKIB 2AL4A 1MY0A 4G68B 1VFEA 4UACA 3MQ9A 3IJXB 2PYYA 3OO6A 1QKBA 3UP9A 1R9LA 2X7PA 2I3WA 2QS1A 1J1NA 4G68A 4RY1A 3L6GA 1XT8A 1Y3QA 2WOLA 3FATA 3V83A 1POTA 4MLQA 3DLNA 2YJPA 4BDOA 4FE8A 2I0BA 3FJGA 2QS3A 1A8EA 4PP0A 3E13X 3H4ZA 4U1OA 3TTLA 5A5XB 3LBSA 3MWBA 4JWXA 4WKMA 1QVSA 2O1LA 5H8NA 3P7IA 3O29A 1FQDA 3C31A 4G4PA 2NOOA 4ZE9A 3PMVA 1XVXA 1VFDA 2XXHA 3JZJA 2Q88A 2PMSA 1BTJA 2QS4A 3M8UA 4EXLA 1RKMA 3K6UA 3THIA 1N3WA 2Y84A 3EN3A 1SVXB 1A8FA 4BDQA 1JEVA 1URDA 1A55A 3QAXA 4F19A 4FJPA 1F9BA 3I6VA 5L8DA 2V25A 4PFTA 5B7DA 4RYAA 4F22A 2GFEA 4RK9A 4LZ5A 1HSLA 2H99A 5KDTA 2O1MA 1O64A 2Q8JA 4G8MA 3PGFA 3QXMA 1MY3A 2Q89A 4OERA 1TFDA 1AMFA 3MAMA 1LFIA 4NF4B 1N0TA 2OWTA 2F7AA 4LUBA 4BDMA 4OMBA 3R26A 4X48A 4RPOA 5DYHA 3KBRA 1XVYA 4NF5B 2NXOA 4H1XA 3MP1A 1EZPA 5JEIA 3OXNA 1LB8A 5L9MA 1SI1A 2FA7A 1MXYA 4GQOA 2RKMA 4JXIA 2GHBA 1MQJA 1IXHA 4DCYA 1LAHE 3CG3A 3K1PA 1JNFA 2O7IA 1B5IA 1ZTYA 2DE3A 2PT2A 3Q28A 1YPNA 3KG2A 3SEXA 4GIZA 2UVIA 4JWYA 1Y9UA 3DRKA 2UVGA 3N5LA 4EDPA 4QFOA 1AH5A 3C33A 5B70A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TELA 1Z7ME 1NKXA 1FPKA 1FTLA 4ECFA 5IKBA 3S9EA 2B3FA 4U4XA 4PAFA 1FTMA 2HQ0A 3KOTA 4UA8A 1DPEA 3PD9A 2ANJA 4LONB 2PFYA 3H6VA 1TWYA 3ONMA 2GH9A 1NV0A 3FV2A 4OA4A 3TTNA 3MZBA 1IXGA 4ZEFA 1JVXA 3FVGA 1N04A 5IZ3A 1ANFA 1GVCA 3LSLA 4IO3A 4ONYA 1I6AA 5KCJB 4YU0A 1GR2A 2HAUA 4DE8A 1LFGA 3FBPA 1EU8A 1SPIA 5TU0A 5I2NA 3TUSA 3W15C 5AA4B 4HCYA 4AB6A 3E79A 5KCJA 1OQGA 1PB9A 3S2VA 4DDDA 1FBCA 5H8FA 3PTYA 1T0KA 2Y7PA 1R6ZA 4YAHX 4YB7A 3UK4A 1LCFA 4IGTA 5AA4A 2Y5KA 2CZHA 2PVUA 3Q27A 3O6GA 4PTKA 4U21A 3SZPA 3V5AA 3UN6A 1B1HA 3RTFB 2XXKA 3K2DA 4THIA 3PD8A 1SYIA 5CI5A 4RA1A 3K6VA 4I3YA 5BUUA 4P0IA 3OO7A 3RLFE 2XXIA 4OANA 3T66A 5DVJA 3K01A 4AB5A 5ET6A 1INPA 4ZECA 5JTYA 3OO8A 3K4UA 3T0JA 2RCBA 3EHSA 1FTAA 2V3TA 3VVDA 4O94A 1YCJA 3ROJA 3UGWA 4GFRA 1FQEA 1ZKBA 4OEUA 4N6PA 1RDZA 2CZKA 2VPNA 1DBZA 2R6GE 2AIXA 5DW8A 1RYXA 5F7VA 1Z7NE 4QHQA 1URSA 3BBRA 1USYE 3SEVA 1LBBA 2Q74A 4H0WA 5AE4A 1B32A 2Q2CA 4F1UA 5J16A 1JW1A 2ZNUA 3B50A 2O69A 4P9KA 3TTRA 4P0GA 3EHUA 1Q1KA 3TCHA 2OJTA 1CB6A 4R2BA 4OENA 1B7UA 3C34A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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