4ZE8A

Pbp acca from a. tumefaciens c58
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
491
structure length
491
Chain Sequence
ERRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 147
structure length 491
sequence length 491
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ze8A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ze8A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ze8A02
3B6QA 3CFZA 3H6VA 1MXVA 4F3GA 3DRJA 2O7UA 4R6YA 2O7IA 1S9TA 4THIA 2ZMBA 4GXSB 4N13A 2V3TA 4JSOA 4RY1A 4H8IA 3P7IA 3VXBA 4MLQA 4BDNA 5FHOA 3SEUA 3KFMA 4H8JA 1N04A 4RK2A 4ZEKA 2F6PA 4KCDA 4XTCQ 2F8DA 3VVEA 4EDPA 1UIUA 3MZ1A 2A5TA 2OZZA 5AA2D 5DYHA 4F2OA 4IGTA 3LSFB 2I3VA 4KCCA 2E1SA 4RJZA 5HM4B 1B7UA 1YCJA 2Q89A 4HCYA 4G68A 4OXVA 5AA4B 2OWTA 2F35A 3ONMA 5ISUA 1EZ9A 2IEEA 1B51A 3S9EA 2GHBA 1SW4A 3PUWE 3B6WA 1FQBA 4F31B 4Q5TA 1H43A 3PMVA 3QYTA 1FQEA 4X1DA 1A55A 4GLIA 1MQDA 4RA1A 1FTLA 4NMYA 2ABHA 1QUJA 3IO6A 1IXIA 3IORA 2R71A 3C33A 1SQYA 4NF4A 4ECFA 2DQVA 4FECA 3Q27A 4LP2B 3KJTA 3MVWA 2DWIA 4R2FA 2RC7A 3RGYA 3OO9A 4OYVA 1PBPA 1DPEA 1AL3A 4R72A 3LVUA 1MY2A 4PFWA 2DP8A 1O63A 1XVYA 1FTOA 4NF8B 4YU0A 5H8QB 4PFUA 3OD7A 4LONB 1MS7A 4PFYA 4GRKA 2Y7RA 4FEBA 4HCWA 2I6EA 4DDDA 3IO4A 2CMOA 1BLFA 1B5JA 2B4MA 4TLMB 3IB0A 3QK6A 5I58B 1GR2A 2H4IA 4EF1A 2VD2A 1PB8A 1UTBA 3PPNA 1FCKA 4LZ5A 1DSNA 1I6QA 5KDTA 3FVNA 3EHSA 1B5IA 3DELB 5CMBA 4YKKA 3IJXB 3IOWA 4FE8A 4GWOA 3TDJA 1IXGA 2XXVA 5K2XA 1Z7NE 4DCYA 2ONSA 1MY0A 3U72A 5EHSA 4O3AA 4KPTA 4LZ8A 4YMBA 3RYBA 4X1BA 2VD3A 4ISUA 4MFIA 1OLCA 2HZLA 2DOJA 3EPEA 4EQ9A 1HSJA 1GTKA 4JBZA 3UP9A 4OETA 4PFTA 1NNKA 4I1DA 4ZECA 3MAMA 1Y4TA 1N76A 3VVFA 1OVBA 3T96B 3PGFA 1I6AA 4LQ2A 4ZZEA 2AIXA 2UYEA 4PQJA 4NWDA 3MW0A 3FJGA 2QPQA 3T9XB 5CMCA 4OEUA 4GOTA 2Q9TA 1QKAA 4F1UA 4OERA 4ZEIA 2DWAA 2R6GE 5ITPA 1P1NA 2RC8A 3OO8A 3PUVE 1WODA 3DRGA 1VE4A 1ZLQA 3SEWA 4DIGA 1NNPA 4O3BA 3CG1A 1M5CA 1EU8A 1SD3A 2PX1A 4ZDMA 1N7WA 2QS1A 1URGA 3RTWB 2WOKA 1B3LA 4GVOA 3SEVA 1EH3A 2A5SA 2Y7KA 5ICTA 2KLFA 2D21A 4OESA 3L6GA 3H4ZA 3K6WA 3GBAA 2AL5A 4GF8A 2FNCA 4AB5A 1OIBA 1BIYA 5FTIA 4QFOA 3EHUA 5DTBA 2XX9A 2E0SA 4F2QA 3KN8A 4OTEA 3CHGA 5F7VA 3QAXA 2ONKE 3FIRA 4RPNA 2VHAA 1Y1MA 3DRIA 1JEVA 1H76A 3H6UA 2O84X 3OO7A 4U4XA 3MPKA 1MH3A 3EHTA 1LAGE 1R9QA 2R9JA 3TTNA 3KSJA 3D4CA 5H8SA 3RY3A 2A5TB 4IO7A 2ZNTA 3VDFA 5B7DA 3HHGA 2Z8EA 3A3UA 3E13X 4BDMA 3TPAA 3KN7A 1D3KA 3D4GA 4G68B 4FATA 3IAZA 4ELQA 4QFKA 5ELVA 4LZ7A 2H9BA 1SW1A 1SW5A 1NNTA 1ZIUA 4LATA 3TELA 3K00A 3VLVA 4L17A 2RF1A 1MM7A 1POY1 3S4UA 3I6VA 2B3FA 3PPOA 3CFXA 4GIZA 1M5BA 1M5EA 2NOOA 5CRYA 4ESXA 4HTGA 4EXKA 3N6TA 2V25A 2ZYNA 2F36A 1IIWA 1B3HA 2I0BA 3RLFE 1DOTA 3G3JA 3ILTB 4NF4B 3C32A 2O68A 2I4CA 3IB1A 3H03A 3JZJA 2D5WA 4BDLA 1A7LA 1AIVA 3TCHA 3R7XA 3TZAA 2DWHA 3B6TA 3FVKA 2PYYA 5CC2A 4OMBA 1US4A 5DVFA 1DTGA 1MQIA 4U22A 1LBBA 2GH9A 4QSCA 1LGBC 2Q2CA 4OENA 3FVGA 1AMFA 3TCFA 1JW1A 3WAFA 3QSLA 3V89B 3G7WA 2ESNA 5FHMA 1SVXB 4YKJA 1XC1A 2XXWA 2HAUA 3QXMA 4QHQA 5M2VA 1TFAA 4HS7A 1Y3PA 2X7QA 4F22A 3N5LA 3IL1B 1RKMA 3PAMA 3FUZA 3RT8A 3SDFA 3C36A 3K0VA 4ZE8A 3M8UA 3FASA 4P0GA 1DMBA 3RQTA 1IUDA 1N3XA 4Q30B 2Z22A 3IJOB 3ODBA 1B1XA 1JVYA 1QW0A 4R9GA 1XS5A 3FJ7A 4OFJA 2UVIA 4U21A 4FJPA 4F1VA 1FTMA 4YMAA 3HPIA 2O51A 3VE1B 3MZ9A 4QFPA 1JW5A 1YPNA 1JNFA 1TXFA 1R9LA 3DRHA 3B7DA 4DXBA 3DP8A 3S9MC 1HSLA 1KWHA 4E0WA 4ELPA 3Q28A 4YZZA 1IEJA 3EQ1A 1MPCA 5ICQA 1D9VA 4QFNA 1A8FA 2Q88A 1MH4A 4MF3A 4KD5A 4U1ZA 1MM6A 5CI5A 4YAHX 3BFTA 1OVTA 2YLNA 3KOTA 3O97A 1US5A 2OJTA 4RK9A 4QSDA 3U92A 4DE8A 3JYRA 4H1XA 3USDA 4LA9A 4GFRA 4IB2A 2ZNUA 1LSTA 1D9YA 1P99A 4LQ5A 1LB8A 4GD5A 3GBBA 3IR1A 2Q8JA 4XXUA 2XD2A 1ZJLA 3N94A 4XIGQ 2D3IA 5H8HA 1MY1A 5AA1A 5I57A 1R6ZA 3G3IA 1B1HA 3UORA 3VV5A 2P1SA 1ZBMA 4I62A 2GFEA 3CRBA 5ITOA 2HFBA 3VLWA 2DYXA 4NE4A 2YPNA 3SERA 3C31A 3FV2A 5H8NB 1POTA 3K01A 3DP6A 4G8MA 3IOVA 4OHNA 1FQAA 4MH5A 3VVDA 4KYEA 4AQ4A 4NF6A 3I5OA 3CR9A 1PB9A 1LFHA 1LBCA 4C0RA 1JVXA 2DWJA 3KGCA 3CSGA 4H67A 1NL5A 2M8CA 4POXA 4YB6A 3MC2A 4H6DA 3H3GA 4YB5A 5L9OA 3SESA 4IO3A 3JV9A 4IGRA 1QULA 2P0SA 2Y84A 3QUJA 1AH5A 2G93A 5DEXA 1OMPA 2XXUA 3MP1A 3TCGA 4TQUQ 2O1LA 4K3FA 3TAJA 3K6VA 3VFJA 3ZSFA 5CM6A 3FXRA 3K6UA 2ALUA 3OSQA 4U4SA 3ZKKA 1P1UA 5TU0A 4RNSA 3HCQA 4IO2A 4JWXA 3LR1A 2H99A 1ZKBA 4OEVA 3BKIB 2Z8DA 1UIVA 3O66A 1MPDA 2GHAA 1B9JA 3TUSA 2Q2AA 1F9BA 3MPLA 3R6UA 3G3GA 3IOTA 2X7PA 1Q1KA 3W9VA 4ZEDA 4EUOA 4OVJA 5HPQA 4POWA 3GLBA 2DSFA 4UA8A 1QVSA 3S9LC 1XOCA 3RNNA 4IO4A 4YICA 2UXAA 5HBCA 2VOZA 4UACA 3PU5A 2NVUB 3SEYA 3C34A 4XKQA 1LAFE 2O69A 3DRKA 1TFDA 1Y9UA 2H25A 1CB6A 4IO6A 2QS4A 2F6GA 1JETA 2RKMA 4MLVA 3MVYA 1B32A 3ZKLA 1OLAA 3CG3A 4F18A 1B2HA 2F7CA 2Z8FA 2RCAA 2QMXA 3O6GA 3MJNA 5I2NA 2PT2A 4Q8RA 3M3FA 4ZZAA 3O2AA 3C35A 2QMWA 3GZGA 5DVIA 1BKAA 1LFGA 1I6BA 3MP8A 1FTKA 3KJ7A 3QUFA 1GGGA 3OEMA 1AOVA 4WEPA 1M5DA 2I58A 1USYH 4I8CA 2F97A 4KR5A 2UVGA 3H06B 1ANFA 1B4HA 3MUQA 1ATGA 3KZGA 3W9WA 3OMBA 4X48A 3C4MA 1RYOA 3N26A 3Q29A 4Q0CA 5H8NA 2HXWA 2I49A 3ECRA 2DXYA 5K2YA 4PP0A 3I3VA 4R6HA 3FTOA 1B05A 5I56A 4XKRA 4ND9A 3IK6B 3UN6A 2XXHA 2HAVA 4P11A 1O7TA 3OSRA 2PVUA 5JK4A 4RXLA 1MXYA 4C1TA 4EXLA 2PT1A 1YTVA 3T9HB 4DLDA 1OQHA 1DTZA 2F7BA 3U94A 3UK4A 4KFQA 2DVZA 4PE5B 4F29A 1P1OA 3MZBA 3O6IA 1PBQA 5H8HB 2DVCA 2WOLA 5I57B 1NNFA 4QFLA 1B52A 1MDP1 4XKNA 3M3KA 2I4BA 3PMXA 4ZEBA 2BJJX 2XHDA 4RYAA 3K4UA 5TP9A 3ZS6A 5EYFA 4F39A 5JTYA 2NUVA 4KHZE 1Z7ME 4OWDA 1UQWA 1LLSA 2UYFA 3TFLA 3RUMA 5I2KA 2XXRA 3T93B 4NEDA 1H3DA 4NF6B 2O6AA 2ONRA 3UIFA 1H44A 1IQ7A 2ZYKA 3K2DA 3CI8A 2OCUA 4H0WA 2XXIA 1B4ZA 3V5AA 4JXIA 3PPRA 1B6HA 3RYAA 2DE3A 1B3GA 4G2ZA 3KN3A 1MXZA 1A54A 1N7XA 3WAEA 5DEXB 1A99A 1IZ1A 2HEUA 3UGWA 1A40A 1QUKA 1H45A 3BFUA 3FV1A 1B7ZA 1MDQA 2DS9A 3MVZA 5AA2A 4F3BA 2RINA 3HO7A 4F3SA 4ZE9A 3PD9A 1SW2A 4G68C 5A5XA 5TPAA 1MQGA 1Y3NA 1URDA 3OENA 1ZMGA 2DE2A 3IB2A 3O28A 3PUZE 3K02A 5JEIA 1MRPA 1J1NA 2XXXA 4XKPA 4YKIA 1WVJA 3VLUA 2VP1A 2WOPA 1IXHA 2I48A 2B65A 1VSOA 1Y20A 4JWOA 4YKPA 1P1QA 4FIMA 5B70A 3KG2A 1YAEA 3K1NA 4OZ9A 4WEDA 1GV8A 1N84A 3SETA 4ELRA 3U93A 2F5XA 3U1OA 2I3WA 4R75A 2XXPA 5IAIA 2QS2A 2OLBA 3CIJA 2YJPA 1JW4A 1Y4CA 1FTJA 3CSBA 4EQ7A 3DP4A 4G8HA 1NH8A 1M5FA 3M3LA 3TTLA 3O6PA 3OXNA 4KI0E 1S50A 5I2NB 4ELOA 4KQPA 4DXUA 5L9MA 1R1NA 2OK2A 4ONYA 3RPWA 4U23A 1Y3QA 3Q26A 1NMUA 4ESWA 3FXUA 4BLAA 2REJA 1XT8A 2AL4A 3KSXA 1SYHA 3T9UA 1TT1A 1D4NA 3ILUB 4QF9A 1O64A 4DZ1A 1URSA 3OELA 3SEXA 4KYSA 2G29A 2H98A 4Z0IA 2ANJA 3TODA 1B58A 3FATA 4H5GA 1NH7A 3F11A 3FZVA 3T66A 3G3FA 2CZLA 5I84A 1LCFA 1BP5A 3PPQA 4R73A 1XHYA 2RC9A 2XXTA 1PC3A 1NFTA 4OFLA 1FW0A 2QRYA 4LVQA 5I56B 4NWCA 4G8NA 3DLNA 4Z7EA 1B3FA 4YB7A 3OO6A 4FAJA 3DM0A 4AB6A 4OFOA 4F1YA 1I69A 2THIA 5I59A 4I9DA 5CMMA 1VFDA 2Z23A 3FXQA 4GXAA 1DPPA 2AYSA 1HSEA 4NF5B 3EF7A 1JEUA 3CFLA 5L9SA 3MWBA 2QS3A 3DRFA 1JQFA 1SBPA 3LUYA 1FQFA 1OQGA 1PEBA 1VFEA 1S7YA 2FYIA 4BDOA 4NTLA 4DXCA 1IITA 5LOMA 3N6UA 3U8QA 3FJMA 1LAHE 5TP9B 4FEDA 2Y7WA 2I0CA 1LCTA 4BDRA 4JWYA 3PD8A 5JTYB 4E0XA 3O9PA 1XVXA 3BBRA 5I2KB 1QJMA 5EHMA 3IX1A 1BTJA 3TKDA 3KOSA 3E4RA 5KCJA 1UTHA 5DVJA 5H8FB 2OWSA 5DT6A 1SDXA 3LBSA 3PV0E 5AA3A 3Q25A 3IOUA 2WKYA 5CBRA 4WXJA 3LSWA 1ELJA 3L6HA 2LAOA 2O1MA 1ZTYA 4GL8A 3HHFA 3LC8A 4X9TA 4G77A 3S9NC 1VR5A 4GL0A 3MVXA 4M4GA 3V83A 1B40A 5CBSA 1PB7A 1MG1A 3R26A 2B4LA 3HN0A 2HCAA 3PUYE 5AA2B 4G4PA 2Y7IA 5FHNA 1LB9A 3AXFA 3V8XB 2X26A 5A5XB 4U2RA 5TPAB 1T0KA 4ZEFA 1USYE 1B3EA 1L5TA 5BWJA 2ZYOA 3A3CA 2ZYMA 3C9HA 1LAXA 3HV1A 2XD3A 2ZNSA 4DCXA 1MXUA 2QL3A 3O6HA 4N6PA 1PDAA 5AA4A 2FA7A 4QSEA 3K1PA 1B46A 1WDNA 3MP6A 3T9VA 2V84A 4MBPA 2V3UA 4P0IA 3RT6B 1QUIA 2F34A 5IKBA 2VGQA 1FQDA 4IY6A 5FTHA 3CVGA 3MQ9A 3TMGA 4IO5A 1N3WA 1SI0A 3OOAA 2XX7A 3G3HA 4NF5A 3SKPA 2RCBA 1GVCA 3UA8A 2GRVA 4LUBA 1LFIA 3TQWA 1A8EA 1MQHA 4F3PA 3TTRA 2NWJA 4NF8A 2V3QA 4OQOA 5H8QA 1EZOA 5CMKA 4WKMA 3THIA 3QIMA 4RPOA 4JSDA 1FQCA 5KZTA 5J1DA 1P1WA 5I58A 4EQBA 4GQOA 1N0TA 4R6KA 2HZKA 4O3CA 5BUUA 4JB7A 2F78A 3A09A 2DE4A 3TTKA 1MQJA 3W15C 3H6WA 5H8FA 2IA4A 2NXOA 3RN8A 2B3BA 4F19A 2OBGA 1CE2A 3H6TA 1SI1A 1B5HA 2DXRA 3E3KA 5I59B 3FD3A 3MBPA 3TQLA 2HQ0A 4IY5A 3KEIA 2ZXTA 3K6XA 3K1MA 4QRZA 2XXYA 1B7HA 4HW8A 1II5A 3PUXE 1B0HA 4EF2A 2H5YA 1MXXA 3OEKA 1IXCA 3TEPA 2F7AA 4R74A 3TYHA 3VXCA 2UVJA 3HSTA 1ZU0A 4KYDA 2P2AA 1RYXA 1MY4A 3FGSA 3LSLA 4BDQA 1TWYA 4N07A 2PMSA 1EZPA 4FORA 2PBWA 1UTBB 4JDFA 5KDTB 5F1QA 1MXWA 4R9FA 5KCJB 1UTHB 2Y7PA 3T22A 1MY3A 2V93A 4ZS9A 2XXQA 1QKBA 3LSXA 4TLLB 4R2BA 3S2VA 4PETA 3EN3A 3H7MA 1B0LA 3GXAA 3TTMA 5AE4A 1NKXA 3PPPA 4TOZA 4H5FA 4M1VA 3KBRA 1Y1ZA 2XX8A 3E9XA 2QJEA 3FVOA 4H65A 2REGA 1SYIA 3O29A 1Q35A 2UVHA 3G3KA 2QSXA 5L8DA 4C1UA 3PMWA 4U1OA 2W7YA 1MPBA 3RTFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6QA 3CFZA 3H6VA 1MXVA 4F3GA 4GWUA 3DRJA 4PAKA 2O7UA 4R6YA 4MNIA 2O7IA 1S9TA 4THIA 2ZMBA 4GXSB 4N13A 2V3TA 4JSOA 4RY1A 4H8IA 3P7IA 3VXBA 4MLQA 4BDNA 5FHOA 4MHFA 3SEUA 3KFMA 4H8JA 1N04A 1FBDA 4RK2A 4ZEKA 2F6PA 4KCDA 4GWZA 4XTCQ 2F8DA 3VVEA 4EDPA 4P1LA 1UIUA 3MZ1A 2A5TA 2OZZA 5AA2D 5DYHA 4F2OA 4IGTA 2PFZA 3LSFB 2I3VA 4KCCA 2E1SA 4RJZA 1NUYA 4HE1A 5HM4B 1B7UA 1YCJA 2Q89A 4HCYA 4G68A 4OXVA 5AA4B 2OWTA 2F35A 3ONMA 5IZZA 5ISUA 1EZ9A 2IEEA 1B51A 3S9EA 2GHBA 1SW4A 3PUWE 3B6WA 1CNQA 1FQBA 4F31B 4Q5TA 1H43A 3PMVA 3QYTA 1FQEA 2HXRA 4X1DA 1A55A 4GLIA 3ROJA 1FBFA 1MQDA 4RA1A 1FPEA 1FTLA 4NMYA 1LBYA 2ABHA 1QUJA 5I7IA 2WYKA 3IO6A 4N81A 2CZKA 1IXIA 3IORA 2R71A 3C33A 1SQYA 4NF4A 4ECFA 2DQVA 4FECA 3Q27A 4LP2B 2CZIA 3MVWA 3KJTA 2DWIA 4R2FA 3KC1A 2RC7A 4NF0A 3RGYA 3OO9A 4OYVA 4N4UA 1PBPA 1DPEA 4G61A 1AL3A 4R72A 3LVUA 1MY2A 4PFWA 2DP8A 1O63A 1XVYA 1FTOA 4NF8B 3RPLA 4YU0A 5H8QB 4PFUA 3OD7A 4LONB 1MS7A 4PFYA 2QVUA 4GRKA 2Y7RA 4FEBA 4HCWA 2I6EA 4DDDA 3IO4A 2CMOA 1BLFA 1B5JA 2B4MA 1LBWA 4TLMB 3IB0A 3QK6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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