4ZE9A

Se-pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 144
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4ze9A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ze9A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4ze9A02
2D21A 1LB8A 2G29A 1A99A 5B70A 2QS3A 4F22A 3O97A 3HV1A 1DSNA 1GVCA 5CMMA 1IEJA 5DTBA 1FTJA 4OHNA 3MVWA 5H8FA 3E3KA 5FTHA 3KOSA 3U72A 2XXRA 4IO6A 5ELVA 1XHYA 3U1OA 1NKXA 3C36A 4QFLA 3HHGA 3E13X 3R26A 2UVGA 2HQ0A 4RA1A 1SD3A 4G2ZA 1Y4TA 4OMBA 4PFYA 2AYSA 1MG1A 5AA2D 2AL5A 5JK4A 5ITOA 1O7TA 3VVEA 1FQAA 4O3AA 1B32A 4L17A 1P1QA 4RJZA 2PX1A 4QFKA 2V3UA 5TPAA 1XOCA 1RYXA 3TFLA 4NWDA 1MQDA 4MLQA 5JTYB 2OCUA 4EQ7A 2PYYA 1VFDA 3UIFA 4HCWA 4GL0A 3LSXA 1HSJA 5DVFA 3G3IA 2Q2AA 3BKIB 1MQHA 2QJEA 1B3EA 3QSLA 2V93A 3VVDA 3FTOA 3BFTA 4IY6A 3M8UA 1MPBA 4Z7EA 3O2AA 4TQUQ 4F3SA 2NUVA 3TYHA 1BKAA 1H3DA 2REJA 3V5AA 4IO7A 1MH3A 5H8QB 4ECFA 1B5HA 3MVXA 1ZTYA 1GGGA 1JVYA 2LAOA 1B0LA 3LVUA 2UVIA 1DPEA 2QL3A 3MBPA 1B6HA 2I3WA 1OQGA 1Y3QA 1IXCA 2F7AA 2GFEA 3SEWA 4EUOA 4PQJA 3R7XA 5AA4A 3H03A 2B3BA 4PE5B 1B7ZA 1WVJA 4DE8A 3KBRA 1SI0A 2H99A 3FGSA 2Q88A 1Y1MA 1MXYA 3K01A 5FHOA 2R6GE 3H6UA 1LFGA 1M5FA 2THIA 3MUQA 1B4HA 4FECA 3O6IA 4HW8A 4H1XA 5I58B 4P0IA 4BDMA 4E0XA 3G3KA 4IO4A 3OSRA 1YCJA 3OD7A 3C33A 3DP4A 2DE4A 2RC7A 3SEVA 4C1TA 1QUIA 1N7WA 1DPPA 2OWSA 3DRKA 2QMXA 2B65A 3OEMA 1D9YA 1H45A 3H6TA 4R74A 1DMBA 5FHMA 2UVHA 4KFQA 3WAFA 3MP6A 5FTIA 1RYOA 1QJMA 1LSTA 3G7WA 4JDFA 1OIBA 3QXMA 4G8MA 3SETA 4H8JA 4H67A 1BIYA 4NWCA 3KG2A 3O6GA 1IUDA 2Z8EA 3KSJA 3IR1A 5AE4A 1FTOA 2HCAA 4I1DA 2M8CA 1LAGE 4QSDA 4R2BA 2Q8JA 1M5DA 4IO3A 3RLFE 1B3GA 3Q25A 4YKKA 4LQ2A 3FXUA 2QRYA 2I58A 4WEPA 3IAZA 4NF4B 1MDQA 3O66A 3IOUA 2D3IA 3MAMA 4KI0E 4QFPA 4RPOA 3K6UA 1M5CA 1ELJA 4R75A 2O69A 1LCFA 1N0TA 1LBBA 1S9TA 1UTHA 1M5BA 3Q27A 4IGTA 4NTLA 1QVSA 3CSGA 4H65A 3OXNA 4G77A 5DT6A 4RNSA 2A5TB 1QKBA 1SW5A 4IGRA 3B7DA 3N94A 1SVXB 3CFLA 1TWYA 1VR5A 3RYBA 4U21A 2WOLA 4N07A 4F19A 1MQGA 2H9BA 4XKNA 3K6XA 1Z7NE 1PEBA 5A5XB 3IL1B 2Q2CA 4THIA 1NH8A 1D4NA 3C9HA 3OOAA 3OO6A 1XC1A 3CHGA 3O29A 3KOTA 3IK6B 2O68A 3JYRA 4U4XA 1B9JA 4YU0A 3HO7A 2QPQA 1JVXA 4ND9A 5I56B 4LA9A 4RYAA 3CG3A 4N13A 2O7UA 5DEXB 1QUKA 4YKIA 3U93A 2R9JA 5ICQA 3I6VA 2YPNA 3PD8A 3FV1A 4P0GA 4GF8A 3RGYA 2DWJA 3IO6A 5CBRA 2DS9A 3FUZA 2O1LA 1AOVA 2DSFA 2DOJA 1P1OA 2XX8A 3QUFA 2OWTA 2REGA 1MPDA 4BDQA 5CI5A 4JB7A 1SW1A 1A7LA 3OO7A 3T66A 2DE3A 4FATA 4HCYA 5AA2A 2A5SA 1NNKA 5B7DA 5CRYA 4WXJA 1BP5A 5HBCA 3C35A 5I57B 1AH5A 1Y20A 1D9VA 2ZNUA 4U2RA 3KJ7A 5H8QA 1FW0A 1LLSA 4F1UA 3VLVA 3VDFA 5AA3A 4KD5A 3OENA 3CFZA 1TFAA 5H8NA 3TAJA 3GLBA 4XTCQ 5K2YA 3IOWA 4Z0IA 1BLFA 2Q89A 5CMCA 4H0WA 4R72A 3IORA 4WKMA 5JEIA 3USDA 4R6YA 3TPAA 3W15C 3WAEA 2GHAA 4IO2A 2ABHA 2W7YA 5I59B 1DOTA 4KYEA 1SYIA 3MZBA 1RKMA 2F35A 4POXA 1NH7A 4X48A 1JEUA 4IY5A 2Y7KA 3ZKKA 1QULA 3ECRA 1B4ZA 2F36A 3MZ9A 3FXRA 2F34A 3UORA 4BDOA 3C4MA 2CZLA 2G93A 2E1SA 2D5WA 2B4LA 4JSDA 3RYAA 3BFUA 2B4MA 1ZBMA 4MLVA 3OEKA 1R6ZA 1GR2A 4LZ5A 3AXFA 2KLFA 1PB9A 1NL5A 4NF6B 1Y9UA 1SI1A 2X7PA 3CFXA 3PUWE 3DELB 1KWHA 4KQPA 5AA1A 1N3XA 2XD3A 4ZECA 4GQOA 3TTMA 1OVBA 5KDTA 3ODBA 2NVUB 1B7HA 2HZLA 1QUJA 4QRZA 1POTA 1N7XA 4JBZA 3IJOB 3TQLA 4RPNA 4XKQA 3PMWA 2DWIA 4F31B 3CG1A 5J1DA 1OLAA 5I84A 4R73A 3FJMA 2X26A 4R9FA 3A09A 1AIVA 2ZYNA 3C34A 4NF4A 5M2VA 1MY4A 4QHQA 4UA8A 1UQWA 3FV2A 3TCFA 2P2AA 4N6PA 4PETA 4KYDA 1UTBB 3H06B 4PFUA 2VOZA 3K1PA 3EQ1A 4M4GA 3S9MC 1B3LA 5CC2A 3JV9A 3U94A 3K02A 1WODA 1NNFA 1B58A 1ZLQA 1IZ1A 3PD9A 3OMBA 4FAJA 1PB8A 3DM0A 2F78A 3S9NC 2HFBA 3RY3A 5TP9A 2ONKE 4GFRA 4GD5A 3N26A 3RQTA 2ZMBA 3KJTA 5I2KB 5A5XA 2FYIA 5HM4B 2XXHA 2UXAA 1AMFA 4LP2B 2Z8DA 4NF5A 3THIA 4ZEDA 1USYH 3S9EA 1O63A 1AL3A 5I2NB 4Q8RA 2H5YA 1P99A 4HTGA 4H8IA 4RY1A 5H8HB 1TXFA 2P0SA 1FQCA 5DEXA 3H6WA 3QK6A 4YMBA 4F1YA 4ZDMA 4XKRA 4BDLA 2IEEA 3PPPA 2NXOA 4G68A 4F2OA 1S50A 1S7YA 4FEBA 2ZNSA 5KCJB 1I6BA 4OERA 4MFIA 2Y7WA 1USYE 1IXIA 1Q35A 4ELRA 3KN8A 2F8DA 3RNNA 4OZ9A 5H8SA 3FJGA 4ZE9A 3B6TA 1MXZA 4MH5A 4O3BA 4KHZE 2I0BA 3VXBA 4Q5TA 4OXVA 5I57A 3D4GA 3PUZE 3FATA 1PBQA 3N6TA 2HAUA 4QF9A 3DRFA 1R9QA 4LZ8A 4ZEIA 3GBAA 3RPWA 1EU8A 1CE2A 4JWXA 3G3HA 5TU0A 2I4BA 2WKYA 2XD2A 1H43A 3T22A 4ONYA 4DCXA 4U22A 3T96B 2DYXA 4F39A 1B51A 3IO4A 4LVQA 1FTKA 4KCCA 3K2DA 3S2VA 2XXWA 4YB5A 3QIMA 4O3CA 3MJNA 4DXBA 4HS7A 5I59A 4YKJA 1EZ9A 1I69A 3F11A 4OVJA 3LR1A 2RC9A 5HPQA 1JW1A 2ESNA 3VLUA 4POWA 1A40A 1B3HA 4DXCA 1IXGA 5H8FB 2OBGA 4ISUA 2HAVA 1Y3NA 3TELA 3E4RA 2HXWA 3HCQA 1B2HA 2WOPA 2CMOA 1TFDA 3TKDA 4XKPA 4NF8A 1P1WA 2O1MA 4ZS9A 3VFJA 4Q0CA 3PUVE 1SYHA 2RCBA 2DVZA 2Z8FA 1VE4A 1B52A 2XX9A 3VV5A 3VXCA 1SDXA 4NF6A 2FNCA 4YICA 3MQ9A 4AQ4A 1I6QA 3E9XA 4ZZEA 2OZZA 1A8FA 5TPAB 1PDAA 1T0KA 3MVYA 4GWOA 2PT1A 3SDFA 3EHSA 5KZTA 3FASA 4LUBA 2V3TA 1Z7ME 1LCTA 1MXVA 2NOOA 3Q28A 4EF1A 4DDDA 1QKAA 4G8HA 3GBBA 4XXUA 1LGBC 2DQVA 4QFNA 3T93B 1I6AA 3IB2A 3CRBA 2UYEA 3W9WA 1II5A 3S9LC 3PUXE 5ICTA 4DLDA 2BJJX 2XXYA 5EHMA 3PU5A 3T9HB 1B1HA 1XT8A 3IOVA 3UK4A 4FEDA 2ONRA 3RN8A 3ZSFA 1US4A 1MY2A 3KFMA 3B6QA 4P11A 3PPOA 1J1NA 2Y7PA 3EN3A 2F6PA 3LSWA 1M5EA 2O51A 4DZ1A 3C31A 4KR5A 1UIUA 2O84X 1NNPA 5JTYA 5AA4B 5EHSA 1N84A 1XS5A 3O28A 3L6GA 1FQBA 3DP6A 4U1ZA 2F7CA 3CIJA 2V25A 4WEDA 3H4ZA 3KN7A 3GZGA 1FTMA 2DXYA 1Y1ZA 3M3FA 3OO8A 3ILUB 2UVJA 4UACA 2AL4A 1B3FA 4F18A 1FTLA 4R2FA 3PV0E 4EDPA 3TCGA 2VD3A 4YB6A 3K0VA 3QAXA 4OYVA 5CBSA 4OFOA 4NE4A 3FJ7A 1B46A 2VD2A 3M3KA 3EF7A 4MBPA 2B3FA 2I3VA 1URDA 2XXPA 4YB7A 1EZOA 3SESA 2HZKA 5ISUA 4GL8A 1MY0A 1YPNA 3MP1A 4GLIA 3T9VA 3OELA 3N6UA 2XXXA 2GH9A 2ZNTA 3OSQA 4OEUA 3PGFA 1N76A 1JW4A 1P1UA 2OJTA 3PAMA 4GVOA 3RT8A 1YTVA 1TT1A 1O64A 1ATGA 2HEUA 4LQ5A 2DVCA 4ELQA 3VE1B 4X1DA 4NEDA 2O7IA 3LC8A 5I58A 1Y4CA 4BDNA 4AB6A 3SEXA 4I8CA 3K1MA 3TODA 4EQ9A 4H5GA 2VGQA 5DVIA 4DXUA 3DRIA 1XVXA 4GXAA 4GIZA 5EYFA 1DTZA 1UTHB 1B0HA 3FVGA 1MPCA 2PVUA 3UP9A 1LAXA 4JWOA 3QYTA 1MRPA 1IIWA 2V84A 2ZYKA 3K00A 3SEYA 3H7MA 3TDJA 4K3FA 4FIMA 4E0WA 3MW0A 1SQYA 2I48A 1NNTA 5BUUA 2RF1A 4YMAA 4QSCA 1PC3A 1L5TA 4F29A 4OETA 3PPQA 1H76A 3FXQA 3PUYE 4JXIA 4YZZA 4RK2A 5IKBA 3DRGA 5DVJA 4MF3A 3PPNA 1QW0A 2ZYMA 4EXKA 3Q29A 4OESA 1SBPA 1HSLA 2NWJA 3ILTB 2QS1A 2A5TA 4GRKA 3RTFB 1ZU0A 2XXUA 1UIVA 4ZE8A 4I9DA 1FQFA 5L9OA 1N3WA 1ZKBA 1JW5A 4OEVA 2I0CA 2XX7A 1B1XA 4LZ7A 2ANJA 2DE2A 4X9TA 1VFEA 3T9XB 2F5XA 1B40A 4ELOA 3BBRA 3KZGA 5AA2B 4QSEA 1NFTA 3LSFB 2XXVA 3LSLA 4BLAA 2DWAA 4F3GA 4JWYA 3G3JA 3H6VA 5I56A 1FQEA 1Y3PA 4C1UA 3H3GA 4YKPA 1ZJLA 1P1NA 4OWDA 3V8XB 1JEVA 2V3QA 5H8NB 1OMPA 4F2QA 1EZPA 1MXXA 2YJPA 3QUJA 4F1VA 4XIGQ 4G68C 3GXAA 2IA4A 3FZVA 3TMGA 2RKMA 4ESWA 2ALUA 4GOTA 3MWBA 1MQJA 1LFIA 3JZJA 4YAHX 4DCYA 5CMKA 5F1QA 3RUMA 2F97A 3TEPA 2Z22A 4R6KA 3VVFA 3ZS6A 2ONSA 4OTEA 1XVYA 4G4PA 3U8QA 1FQDA 1MDP1 3DRJA 2Y7RA 2VP1A 2E0SA 1PBPA 5IAIA 4OENA 3EHUA 4G8NA 4R9GA 3LUYA 4QFOA 1SW2A 1F9BA 4C0RA 2DXRA 1NMUA 4I62A 5CM6A 3HSTA 3K1NA 4ZEFA 1A55A 2QSXA 2RC8A 3DLNA 2I49A 4FJPA 4LONB 4IO5A 4OQOA 3MZ1A 2I6EA 5FHNA 3RTWB 3TCHA 5KDTB 1VSOA 2XXIA 4EQBA 2QMWA 1HSEA 2RCAA 2XHDA 2Y7IA 3EPEA 2F7BA 2WOKA 2I4CA 3V83A 3K6VA 1SW4A 2Q9TA 3I5OA 4PFTA 4FORA 2DP8A 4X1BA 3M3LA 3FD3A 3SKPA 3K6WA 3KN3A 3P7IA 1OVTA 5L9MA 5ITPA 1OLCA 3IOTA 2QS4A 3CI8A 1MY1A 3DP8A 1H44A 1US5A 4EF2A 1MH4A 2FA7A 2GRVA 4PFWA 1IXHA 4GXSB 4KPTA 2OLBA 3KSXA 3KEIA 4KCDA 2GHBA 3FVOA 1MQIA 2YLNA 1Q1KA 1WDNA 4OFJA 2P1SA 1ZMGA 3OO9A 1LBCA 4EXLA 1JNFA 4H5FA 1A54A 3TZAA 5BWJA 1MS7A 3R6UA 4Q30B 4M1VA 3IB0A 4DIGA 4TOZA 5TP9B 4ZEBA 1JQFA 3C32A 5L9SA 5CMBA 3W9VA 3IJXB 1URGA 5K2XA 1A8EA 3FVKA 4RXLA 3TTLA 4NF5B 3T9UA 5DYHA 3IB1A 3PMXA 2H25A 3CR9A 3B6WA 1IITA 1GV8A 1UTBA 3O9PA 3O6HA 2H98A 4RK9A 3TUSA 3U92A 1MY3A 4F3PA 2PT2A 4ESXA 3PPRA 1B05A 4ZZAA 2F6GA 1ZIUA 4ZEKA 1URSA 3MPLA 4G68B 3I3VA 4AB5A 1B5IA 2XXQA 4JSOA 1B7UA 3HPIA 4TLLB 3SEUA 3FIRA 3TTNA 3UN6A 1MXWA 4OFLA 5I2KA 3O6PA 3L6HA 1FCKA 4FE8A 1R1NA 4U4SA 3SERA 3UA8A 2AIXA 3Q26A 1D3KA 2RINA 2VHAA 5I2NA 1MXUA 1OQHA 4LATA 4NMYA 5L8DA 3LBSA 5H8HA 3D4CA 1LB9A 3FVNA 3MVZA 1LAHE 2PMSA 1GTKA 1DTGA 3UGWA 1MM7A 3TQWA 3G3GA 2DWHA 3CSBA 4TLMB 1JETA 4R6HA 4U23A 5KCJA 3K4UA 2H4IA 3CVGA 3A3UA 1R9LA 2R71A 3G3FA 4U1OA 2X7QA 3MC2A 3TTRA 3IX1A 3TTKA 4F3BA 1N04A 2Z23A 3S4UA 2XXTA 2Y84A 3N5LA 2PBWA 5F7VA 1ANFA 3PMVA 2QS2A 2OK2A 3RT6B 4BDRA 3MP8A 3ZKLA 2ZXTA 2ZYOA 3HHFA 3HN0A 4NF8B 4H6DA 4PP0A 3A3CA 2O6AA 4IB2A 4KYSA 3MPKA 1LAFE 1PB7A 1MM6A 1B5JA 2UYFA 4ELPA 1POY1 1YAEA 1CB6A 3V89B 1EH3A 1IQ7A 1BTJA 3EHTA 5LOMA 3VLWA 3ONMA 3KGCA 3DRHA 1LFHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D21A 1LB8A 2G29A 1A99A 5B70A 2QS3A 4F22A 3O97A 3HV1A 1DSNA 1GVCA 1FBPA 2WEFA 5CMMA 1IEJA 5DTBA 1FTJA 3EKIA 4OHNA 3MVWA 5H8FA 1LBWA 4GWWA 3E3KA 5FTHA 3KOSA 3U72A 2XXRA 4IO6A 5ELVA 1XHYA 3U1OA 1IMCA 1NKXA 1NUWA 3C36A 4QFLA 3HHGA 3E13X 3R26A 2UVGA 1FPFA 2HQ0A 4RA1A 1SD3A 4G2ZA 1Y4TA 4OMBA 4PFYA 2AYSA 1MG1A 2FHYA 5AA2D 2AL5A 5JK4A 2FIEA 5ITOA 1O7TA 3VVEA 4HE2A 1FQAA 4O3AA 1B32A 4L17A 1P1QA 4RJZA 2PX1A 3KBZA 4QFKA 2V3UA 5TPAA 1XOCA 1RYXA 3TFLA 4NWDA 1MQDA 4OVSA 1CNQA 4MLQA 5JTYB 4PF6A 2OCUA 4EQ7A 2PYYA 1VFDA 3UIFA 4HCWA 4GL0A 3LSXA 4OVPA 1HSJA 1IMBA 5DVFA 3G3IA 2Q2AA 3BKIB 1MQHA 2QJEA 4PC9A 1FPDA 1B3EA 3QSLA 2V93A 3VVDA 3FTOA 3BFTA 4IY6A 3M8UA 3MYUA 1MPBA 4Z7EA 3O2AA 4TQUQ 4F3SA 1YYZA 2NUVA 3E78A 3TYHA 1BKAA 1H3DA 2REJA 3V5AA 4IO7A 1MH3A 4N6KA 5H8QB 4ECFA 1B5HA 3MVXA 1ZTYA 1GGGA 1JVYA 2LAOA 1B0LA 5ET5A 3LVUA 2UVIA 1DPEA 2QL3A 3MBPA 1BK4A 1B6HA 2I3WA 1OQGA 1Y3QA 4NAPA 1IXCA 2F7AA 2GFEA 3SEWA 4EUOA 3IFAA 4PQJA 3R7XA 5AA4A 3H03A 2B3BA 4PE5B 1B7ZA 1WVJA 4DE8A 3KBRA 1SI0A 2H99A 3FGSA 2Q88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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