4ZEBA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine a
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 157
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zebA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zebA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zebA02
5CMKA 4ND9A 3PD9A 2XXUA 3FJGA 2PYYA 1B4HA 4BDRA 1SI0A 1LAHE 1FTLA 3TTKA 1LAFE 1QULA 5FTIA 1F9BA 2GRVA 5I2KB 4ESXA 3PUWE 1RKMA 3K6UA 1SD3A 1N0TA 1P99A 4O3AA 5ISUA 5TU0A 2R6GE 1URGA 1B7HA 2NOOA 3TFLA 3MZBA 1MPDA 2ZYMA 3O28A 5ITOA 1LLSA 4IY6A 2O6AA 1N04A 3V89B 3G7WA 1A55A 3PU5A 4G8HA 4U4XA 3UGWA 2PBWA 1H44A 3F11A 5BWJA 4HCYA 1MXVA 4RJZA 3GLBA 5I2KA 3CIJA 3IK6B 3TKDA 5A5XB 4OVJA 4F39A 3T22A 2E0SA 2WOKA 3TPAA 4IO2A 3QUFA 3GBBA 5CC2A 3MP8A 2QL3A 1MPCA 1TFDA 5IKBA 1MY0A 3H6UA 3LC8A 4H1XA 4GQOA 4G2ZA 1S7YA 2DSFA 2F97A 2Q89A 1B46A 1CB6A 3WAFA 5H8FB 3TZAA 2ZNTA 1SQYA 3SEXA 3PGFA 1SYHA 4WXJA 3FJMA 4JWXA 1MXWA 2XXYA 3QAXA 1P1QA 3O66A 2ZYOA 4N07A 4ZZEA 4P0IA 1Y4TA 1ZMGA 3A3CA 3PAMA 5I2NA 1R9QA 2V3UA 4YKKA 3FXQA 4R73A 1URDA 1CE2A 2I0CA 5H8FA 1OQGA 3KG2A 4F3SA 1KWHA 1FQCA 4HW8A 2RCAA 5CM6A 3E13X 3DP4A 4GFRA 2FYIA 4LQ2A 4HCWA 4NEDA 4OETA 4NTLA 3Q29A 3K02A 1Y20A 3T96B 3MPKA 1N84A 1N7WA 3HCQA 4LVQA 1XOCA 4P0GA 2F6PA 1EH3A 1N3XA 5ITPA 2AL4A 1YAEA 2I4CA 4NF6B 1FTMA 3DRGA 1OMPA 2XXTA 3U93A 1IUDA 2G93A 1QJMA 5H8SA 5BUUA 3QYTA 1M5FA 3C33A 3USDA 1BP5A 3DP6A 1JEUA 3M3LA 4IY5A 3H4ZA 2UXAA 4DZ1A 3VDFA 2O68A 4GF8A 1OQHA 1ZKBA 3I5OA 2OBGA 4YKJA 2Y7RA 4DXUA 2WOPA 4H8IA 3T9VA 4NF6A 2AL5A 3KN8A 4DXBA 3DLNA 4JWOA 2V84A 1D9VA 4RYAA 4OXVA 2XHDA 2QMWA 2ANJA 1HSLA 3UIFA 2B3BA 2Z8DA 3TTMA 2XXXA 3AXFA 1PC3A 1QUIA 3QK6A 3MUQA 1A40A 1H76A 1MG1A 3DELB 4Z0IA 4OHNA 4XKRA 2Z22A 4IGRA 1IXGA 3JV9A 1OLAA 3H3GA 1XT8A 1N76A 4U23A 2XXRA 4MFIA 1LAGE 3IJOB 4KYEA 3S2VA 5DVJA 2GFEA 2O7UA 1LSTA 3KSXA 1LB8A 4FIMA 3VVDA 1NH7A 4TLLB 2NXOA 3LVUA 5DVFA 1QW0A 4YMAA 1D9YA 3ZS6A 4FEBA 4GVOA 1AH5A 3IOUA 4X48A 3TCGA 4GXSB 5JK4A 2YLNA 4JSDA 4X1BA 1XHYA 2THIA 3O97A 2B3FA 2QRYA 3UK4A 3RUMA 1I6AA 5CMBA 3M3FA 2XXVA 3FGSA 3ILTB 4JDFA 3IB1A 1B52A 3PD8A 4BDLA 2I3WA 3H03A 3O2AA 5TP9B 1NMUA 1UTHB 1AOVA 4PFWA 4ELRA 1N3WA 4WEDA 5AA2A 1GVCA 3PPOA 3RTWB 2XD3A 4JWYA 1IXIA 4I8CA 4YB6A 4QFPA 1PBPA 4F29A 3M8UA 4PFYA 1IITA 3KGCA 3MBPA 2DE2A 2DE4A 4X9TA 4OQOA 4OYVA 2YJPA 3MVZA 4N6PA 3C34A 3RNNA 3PUXE 4R6HA 1II5A 1BTJA 4OZ9A 1B32A 1B7UA 4TQUQ 5TP9A 1UTHA 2I0BA 3CR9A 2RKMA 3PV0E 3FXRA 4BDQA 1VSOA 1XVXA 1NNFA 1S9TA 2F8DA 3M3KA 2X7QA 3OXNA 1H45A 3H6WA 1QUJA 1Q1KA 1LBCA 4NE4A 2DQVA 3DRIA 2F7AA 3K4UA 1POY1 3I3VA 3TCHA 3KN3A 4F31B 3KEIA 3HPIA 3KN7A 3TTRA 4QSCA 4THIA 4XIGQ 4YU0A 3T93B 1B6HA 3JYRA 2DYXA 3VLVA 5L8DA 4DCXA 2H98A 3OOAA 1PEBA 4EDPA 1T0KA 1Y9UA 4F1UA 3MP1A 1B3LA 4ZS9A 3CFXA 2ZYNA 1DSNA 2O69A 3R6UA 4R2BA 3MVXA 2Y7IA 2O1LA 2FNCA 2NVUB 4UACA 1FTOA 3IAZA 1DPPA 4UA8A 3PPQA 1MY4A 1A54A 1M5BA 1QKBA 3SKPA 2ZMBA 3MPLA 1M5CA 3S9NC 3E3KA 3MP6A 1FCKA 1GR2A 4JB7A 2PT2A 1JNFA 3EQ1A 1NL5A 4G8NA 4QHQA 3SETA 1Y3PA 1US4A 4ZEFA 3GZGA 3ZSFA 5CMCA 2DOJA 3C9HA 4KI0E 3V5AA 4IO6A 1FQBA 2QS2A 1MY2A 3SEYA 2XX8A 4ZEIA 4IO5A 2XD2A 4HTGA 3TCFA 3G3KA 3IO6A 4YAHX 3N94A 1PB9A 3PUVE 3IB0A 1AMFA 1OLCA 1LBBA 2XXHA 5EYFA 5H8HB 1J1NA 2ONSA 1VFDA 2OK2A 2PT1A 2A5TB 3MAMA 4KQPA 5KCJB 4F3GA 1PDAA 3EPEA 4QSEA 4IO7A 5CMMA 2NUVA 3H7MA 3KOTA 5TPAB 1ANFA 3SDFA 4RPNA 4DXCA 5I84A 2OWTA 3RYBA 5H8HA 3G3FA 1FQEA 5KZTA 3RTFB 3VFJA 3E9XA 3FXUA 3G3GA 1SVXB 1MY1A 2OZZA 4M4GA 2A5TA 2CZLA 5KCJA 3FTOA 1M5EA 4IGTA 4YZZA 4BDMA 4YKIA 1B0HA 3MZ9A 5A5XA 1SW2A 2DE3A 1GV8A 2DWIA 3OSRA 2WKYA 4R9GA 2DWHA 5TPAA 2F7BA 1JEVA 3MZ1A 1MXXA 1IEJA 2GHBA 1DOTA 3TEPA 3ODBA 4QFOA 3FVGA 3H06B 3T9XB 3ILUB 1NNPA 3FVKA 1B5JA 5F1QA 2IEEA 3LUYA 4C0RA 1IQ7A 4BLAA 2OWSA 1OIBA 2XX7A 3C31A 3FVOA 2PMSA 3W9WA 1PBQA 3N6UA 4L17A 3TMGA 3OENA 1P1UA 4ZEBA 1UIUA 3IO4A 3FJ7A 4O3BA 2ESNA 1Y3QA 3Q27A 1YPNA 4R6YA 4F3BA 3CFZA 1FTJA 5K2YA 1FTKA 3O6GA 2DWJA 4F1YA 3ONMA 2P0SA 3FZVA 1PB7A 5DTBA 1IXCA 4LUBA 1EU8A 3PMWA 1IIWA 1B40A 4KYSA 5I58B 4RXLA 2XXWA 2I3VA 3LSWA 1RYXA 4KHZE 4KYDA 5CI5A 2I48A 1YTVA 2DP8A 2Y84A 1DTZA 3HV1A 3DRHA 2DS9A 4KCCA 2R71A 1MM7A 1MQJA 1I6QA 2P2AA 2D21A 3PUYE 2REJA 4R72A 1B3FA 1B2HA 3KZGA 3TYHA 5I58A 2X7PA 1O63A 4ELOA 1R9LA 2PVUA 3FUZA 2I49A 4FE8A 3V8XB 4H0WA 4I1DA 5JTYB 1R6ZA 1RYOA 1B51A 4H65A 4YMBA 3B6QA 3G3JA 3FV1A 3HHFA 3V83A 1SBPA 2HZLA 2GH9A 3TELA 4E0XA 1B1XA 1P1WA 3K1PA 3QUJA 3TUSA 2FA7A 4QFLA 2QS1A 2RC8A 4FATA 2V93A 4GD5A 4EF1A 1DPEA 2KLFA 2H25A 2O84X 2HEUA 1B9JA 2Q2AA 3U92A 3K2DA 2OLBA 2DVZA 4R74A 5JTYA 3KOSA 2HCAA 2Y7WA 4OEVA 4EXKA 3U8QA 2ZNUA 3K1MA 3TODA 1ZU0A 4XTCQ 1B5HA 3MW0A 3I6VA 2I58A 3GBAA 1PB8A 3MQ9A 1ZIUA 2I4BA 4K3FA 1O64A 1DTGA 2UYEA 4GL8A 3RYAA 4KCDA 4Z7EA 1S50A 4PE5B 4QSDA 2AYSA 4ZEKA 3B6TA 1SW4A 4NF5B 1ZJLA 4IO3A 3T9HB 5B70A 5KDTB 3THIA 3PUZE 1Y4CA 1ELJA 4E0WA 1Y1ZA 4PFTA 3SEVA 4XKPA 1B4ZA 4QRZA 1DMBA 1VE4A 1B3EA 1XS5A 3PPPA 3EF7A 3GXAA 1MS7A 1AL3A 2XXPA 1ZBMA 4POWA 1D3KA 5FTHA 3CG3A 1MQDA 4DLDA 3BBRA 4F1VA 1A8FA 4H5GA 1B1HA 4NF5A 1H3DA 1B0LA 3S9LC 1JW5A 5KDTA 1NFTA 1JQFA 4KR5A 1MH4A 3O6IA 4U21A 2RCBA 1LFHA 4DE8A 4PETA 5M2VA 3JZJA 3FASA 1FQDA 2DXYA 2REGA 1ATGA 3D4GA 4DCYA 1ZTYA 3IJXB 2Z8FA 4OFJA 1Z7ME 3L6GA 4YKPA 2RINA 1N7XA 4LP2B 3DRFA 4MH5A 3LBSA 2H5YA 1UQWA 3CI8A 5FHMA 3OEKA 2RC7A 3DRJA 4JBZA 1B5IA 4RK2A 2A5SA 2B65A 5DT6A 3O9PA 5DEXB 2O1MA 4ZEDA 1A99A 1MDQA 1SI1A 3HN0A 2DXRA 3K00A 3S9EA 3W9VA 4EQBA 1GGGA 4U1OA 2QS4A 3EN3A 5HM4B 2AIXA 1FW0A 2HQ0A 1SW5A 2QS3A 4QF9A 2W7YA 3DM0A 3A09A 2D5WA 4IB2A 4FECA 4OENA 3CG1A 2M8CA 5DEXA 4I62A 5AA3A 2LAOA 4NWCA 1P1NA 4PQJA 3KBRA 2UVIA 4ECFA 1TXFA 3R26A 4FORA 4C1TA 3RQTA 3BKIB 2P1SA 3QSLA 4LZ8A 1WVJA 1Z7NE 4U22A 3TQWA 1UTBB 4N13A 4BDNA 2PX1A 3OO7A 2VP1A 1URSA 5I59B 5CBRA 3DP8A 3B6WA 3ZKLA 4OFOA 4G8MA 1POTA 2E1SA 2I6EA 1MPBA 4RNSA 3LR1A 1MXUA 2VD3A 2GHAA 4R9FA 2IA4A 3IX1A 1JW1A 3MWBA 3OO9A 1UIVA 2RF1A 1WDNA 4LQ5A 4AQ4A 1MQHA 2OCUA 4BDOA 4G77A 1UTBA 4ZECA 3VVEA 2UYFA 2D3IA 4I9DA 4H67A 2H9BA 3C36A 2B4MA 1YCJA 3ECRA 3K6XA 3C35A 4ESWA 5I59A 4G68C 2O51A 3LSXA 4KPTA 1B05A 1LGBC 4EQ7A 4R2FA 4XXUA 4F2QA 4LATA 4ZE8A 2Q9TA 5FHOA 1MY3A 3UORA 3TDJA 4FEDA 4NF4B 2HXWA 4OEUA 3RY3A 4ONYA 2QMXA 2UVJA 4QFKA 4F19A 3IR1A 1LCTA 3A3UA 3OD7A 1LFIA 1SDXA 4RA1A 3IOWA 3VE1B 4OTEA 1I69A 4FAJA 1QUKA 2Q2CA 1MH3A 2F35A 3HO7A 4NF4A 3U72A 3T66A 3TAJA 4H6DA 1MXYA 4GWOA 5K2XA 2QPQA 2XX9A 4U2RA 5ELVA 5EHMA 4EUOA 5I2NB 1LCFA 3G3IA 3TTLA 3U94A 3K6WA 1LB9A 3C4MA 3MVYA 3S9MC 3S4UA 3TQLA 2F6GA 3O6PA 4JSOA 4X1DA 3W15C 3HSTA 4PP0A 4Q0CA 1B7ZA 1IXHA 3O6HA 4PFUA 3UN6A 3HHGA 4TLMB 3RN8A 3TTNA 4H8JA 2Z23A 4H5FA 4LA9A 1NH8A 5F7VA 4NF8B 4FJPA 2F78A 4GL0A 2F7CA 2ALUA 1H43A 1L5TA 1R1NA 5AA4B 3K1NA 3E4RA 2ZYKA 2ZXTA 2CMOA 4O3CA 4U4SA 4GOTA 4WEPA 3QXMA 2VGQA 2HZKA 1O7TA 3VXCA 2F5XA 3RPWA 2NWJA 3B7DA 1I6BA 5AA1A 3DRKA 1AIVA 3Q25A 5CRYA 4F18A 4NF8A 3N6TA 2H99A 4YICA 4AB5A 5AA4A 3LSFB 3MVWA 1LAXA 3D4CA 3VV5A 2Z8EA 1XVYA 1LFGA 2VOZA 1USYH 4U1ZA 4R6KA 1JETA 1TWYA 4OMBA 4GRKA 2Q88A 5B7DA 1Y3NA 2UVGA 2UVHA 3OELA 1MQIA 5ICTA 3KJ7A 4TOZA 4OWDA 3RGYA 5I56B 1FQFA 2OJTA 3R7XA 3CSGA 4ELPA 1B58A 3FATA 1NNKA 1TFAA 2F36A 3H6VA 4RPOA 4LZ7A 3CFLA 3SESA 1MM6A 2DWAA 2ABHA 1US5A 2XXIA 3CVGA 3ZKKA 2Q8JA 4RK9A 4GXAA 1MRPA 2X26A 3MC2A 1OVTA 4EF2A 2VD2A 2QJEA 3EHTA 5I56A 1QKAA 2R9JA 3RLFE 4DDDA 2QSXA 4ELQA 4LONB 4P11A 5L9MA 1SYIA 4XKQA 3EHUA 3VXBA 1NNTA 3IL1B 1EZOA 4G68B 5IAIA 3EHSA 3N26A 1NKXA 3P7IA 4MLQA 3OSQA 1QVSA 3VLWA 1MDP1 5DVIA 2ONKE 1Q35A 3OMBA 3N5LA 5AA2B 2HAVA 5DYHA 4EXLA 5AE4A 2B4LA 2V3TA 1D4NA 2ZNSA 3FV2A 4NMYA 4G68A 3C32A 4KFQA 3IB2A 2YPNA 4IO4A 4Q5TA 1MXZA 4DIGA 3G3HA 1B3HA 4ZE9A 1BLFA 3K0VA 4F2OA 2G29A 2HAUA 4G4PA 3RT6B 5JEIA 2ONRA 5HPQA 4XKNA 2V3QA 1IZ1A 4C1UA 2O7IA 3SERA 3Q26A 3FIRA 4POXA 3KJTA 5EHSA 4GLIA 1P1OA 2HFBA 5AA2D 5L9OA 5ICQA 2WOLA 3SEWA 4OERA 4KD5A 3LSLA 1BIYA 1EZ9A 1VFEA 4YB7A 3VLUA 3OEMA 1ZLQA 4MF3A 5J1DA 2V25A 4MBPA 3FVNA 3UP9A 3T9UA 3SEUA 3PMXA 5LOMA 1SW1A 1A8EA 4QFNA 3PPNA 4HS7A 3RT8A 3IOVA 3MJNA 4OFLA 1USYE 3FD3A 4YB5A 1FQAA 1MQGA 2H4IA 4EQ9A 5H8NB 3H6TA 3OO6A 2F34A 1WODA 4ISUA 3O29A 1XC1A 1VR5A 5I57B 4JXIA 1JVYA 4M1VA 4WKMA 4F22A 4Q8RA 2BJJX 1M5DA 1JVXA 4R75A 2VHAA 3CHGA 4ZDMA 5H8QB 2Y7PA 5HBCA 4OESA 1B3GA 3BFTA 4NWDA 2RC9A 3CSBA 3Q28A 3U1OA 1HSJA 3PMVA 3QIMA 5H8NA 3CRBA 4LZ5A 4GIZA 5L9SA 4Q30B 1GTKA 2Y7KA 5CBSA 3VVFA 5I57A 1BKAA 3OO8A 3KFMA 3PPRA 1TT1A 1HSEA 1A7LA 3IOTA 1Y1MA 2XXQA 1EZPA 3IORA 3UA8A 1OVBA 1JW4A 3WAEA 3BFUA 5FHNA 3K01A 5H8QA 4ZZAA 3K6VA 4F3PA 3KSJA 4AB6A 4RY1A 4MLVA 3L6HA 2DVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PFBA 5CMKA 4ND9A 3PD9A 2XXUA 3FJGA 2PYYA 1B4HA 1K9YA 4BDRA 1SI0A 1LAHE 4N17A 1FTLA 3TTKA 1LAFE 1QULA 5FTIA 1F9BA 2GRVA 2XXKA 5I2KB 4ESXA 1KA1A 3PUWE 1RKMA 3K6UA 1SD3A 2XA5A 1N0TA 1P99A 1LBVA 4O3AA 5ISUA 5TU0A 2R6GE 1URGA 1B7HA 2NOOA 3TFLA 3MZBA 1MPDA 2ZYMA 3O28A 5ITOA 1LLSA 4IY6A 2O6AA 1N04A 3V89B 3G7WA 1A55A 3PU5A 4G8HA 4PAIA 4U4XA 4PDDA 3UGWA 2PBWA 1H44A 3F11A 5BWJA 1FJ9A 4HCYA 1MXVA 4RJZA 3GLBA 5I2KA 3CIJA 3IK6B 3TKDA 5A5XB 4OVJA 4O7MA 4F39A 3T22A 4MJOA 2E0SA 2WOKA 3HFUA 4PE3A 3TPAA 4IO2A 3QUFA 3GBBA 5CC2A 3MP8A 4OVRA 2QL3A 1MPCA 1TFDA 5IKBA 1MY0A 2XWVA 3H6UA 3LC8A 4H1XA 4GQOA 4G2ZA 1S7YA 1RDXA 2DSFA 2F97A 2Q89A 1B46A 1CB6A 3WAFA 5H8FB 3TZAA 2ZNTA 1SQYA 3SEXA 2QVVA 3PGFA 1SYHA 4HE1A 4WXJA 3FJMA 4JWXA 1MXWA 2XXYA 3QAXA 1P1QA 3O66A 2ZYOA 4N07A 4ZZEA 4P0IA 1Y4TA 5EQ8A 1ZMGA 3A3CA 3PAMA 5I2NA 1R9QA 2V3UA 1FPDA 4YKKA 3FXQA 4R73A 1URDA 1CE2A 2I0CA 2XWIA 5H8FA 1OQGA 4XFEA 3KG2A 4F3SA 1KWHA 1FQCA 4HW8A 2RCAA 5CM6A 3E13X 3DP4A 4GFRA 2FYIA 4LQ2A 4HCWA 4NEDA 4OETA 4NTLA 3Q29A 2PFYA 3K02A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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