4ZECA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocin 84
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 152
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zecA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zecA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zecA02
1ATGA 4DCXA 3TYHA 2B4LA 1TT1A 1H44A 3IOWA 4PP0A 4RK2A 3RY3A 3H4ZA 4NTLA 3VLUA 3K1NA 2ZNSA 4QFLA 2XXVA 1UIVA 4KHZE 1RKMA 1LAFE 1ZMGA 1B2HA 2V3QA 5AE4A 4YKIA 5L9OA 1H3DA 1P99A 3GBAA 1QVSA 3N6UA 5AA1A 1UIUA 1Y4CA 5FTIA 3W9VA 3UORA 1Y3PA 3DP4A 5KDTA 4FEDA 2QSXA 4OEUA 1D3KA 4R6YA 5H8QA 4WEDA 3M3LA 3V89B 4NF8A 4QFOA 2Z8EA 3OSQA 5AA4A 4LQ5A 1JVXA 4ZE8A 1B5IA 3VLWA 4NE4A 3MP1A 3T9XB 3FUZA 3VXBA 4KCCA 1JW1A 2V3TA 3DP8A 4F31B 2F5XA 3N26A 1B4ZA 3CIJA 3QIMA 3TQLA 2XXPA 1FTOA 3HN0A 3MC2A 3K4UA 3KSJA 4IY5A 4BDMA 1NNPA 3ONMA 1B5JA 3KN7A 1LFHA 1N84A 5CRYA 4EF1A 1M5FA 1N3XA 3FXUA 3OXNA 3RTFB 2R6GE 3U8QA 3I6VA 4MFIA 5EHMA 3R26A 5AA2D 3O6HA 2KLFA 4G8MA 4ONYA 1IXIA 3C31A 3M8UA 5J1DA 1SW4A 2I49A 3ODBA 1SW2A 2VHAA 2RKMA 4PFWA 1OIBA 1XC1A 2ZYNA 4YMAA 1BLFA 4R6KA 2DWIA 2Y7PA 3MPLA 3BFTA 1N7WA 1NMUA 5H8HB 4RNSA 3U93A 4H0WA 3SEUA 5H8NB 1I6BA 2XD2A 1IXGA 3FJ7A 1O63A 2V25A 1B46A 3QYTA 4I62A 3TEPA 2RF1A 3RT8A 2YLNA 3VVEA 3ZS6A 1UTBB 4GIZA 2B3FA 2NXOA 1Y9UA 5JTYB 5AA3A 4DXBA 4NEDA 1SW1A 2B65A 4XTCQ 1MRPA 3PPQA 3QAXA 3PD9A 2O69A 3IL1B 3TCGA 3T9UA 5H8SA 1BP5A 1I69A 3USDA 2Q8JA 2DOJA 4ZEKA 1DPPA 4QSEA 1IXHA 4EDPA 2OWTA 4RXLA 3DRHA 4G68B 2XXIA 1D9VA 1MM6A 3PPRA 1H43A 4KD5A 2GRVA 3RGYA 2Y7IA 3FV2A 3IB1A 3CRBA 4XKRA 4OZ9A 4OERA 4RK9A 5EYFA 2UYEA 4OFJA 2PMSA 2O7UA 3JYRA 4YICA 1SQYA 4JXIA 3FZVA 4OMBA 3OELA 3MP6A 2HEUA 1JETA 4YKPA 1B9JA 3MW0A 4Q8RA 4R9FA 1NL5A 2F97A 2OBGA 4N07A 1LSTA 1NFTA 4TOZA 2Q2AA 3LBSA 3O66A 4OVJA 3TAJA 2WOLA 4N13A 2A5SA 5I2KB 3SETA 2D21A 4LZ7A 3DELB 2THIA 3JZJA 4GRKA 5HM4B 3CVGA 2GHBA 4DXCA 3IX1A 3VE1B 3OO9A 1IUDA 2QMXA 1Y4TA 1B52A 1MH4A 4NF6B 4U4SA 2RCAA 4RPNA 1Y3QA 1QUJA 3RLFE 5H8HA 1DSNA 2NOOA 2X7QA 3O9PA 4JWOA 5H8NA 3H03A 2Y7KA 3W15C 3RQTA 1MDP1 4JDFA 5K2YA 1UTBA 2HAVA 4NF5A 1ELJA 1N7XA 2PT2A 2G93A 5IKBA 1Y3NA 4ZEDA 1B4HA 1EU8A 1MQJA 3ZSFA 5JTYA 2UVJA 1MY0A 3MQ9A 1LBBA 4X1BA 3KOTA 3LVUA 2UVHA 2QS1A 3TELA 1BTJA 1NNTA 1PEBA 3LSWA 1OMPA 3HSTA 2Q89A 1NNFA 5H8FB 3MZ1A 4AB5A 1SDXA 4R9GA 2DE4A 3OO7A 3PUVE 3MAMA 1B40A 1YCJA 1S7YA 2DWJA 1L5TA 4PFUA 4G68A 1PBQA 3OOAA 4P0GA 4GD5A 3VLVA 5JEIA 3QUFA 1Q1KA 4YB7A 3V8XB 3U94A 5AA2A 2FA7A 3UGWA 4QSCA 1CB6A 1H45A 3BFUA 1XOCA 1IITA 1Y1ZA 1MQDA 4KQPA 5L9MA 5ITOA 5CBRA 1PC3A 2I48A 1QUKA 4F22A 5BWJA 3VDFA 3UIFA 5IAIA 2FNCA 5DVIA 1FQBA 5ICTA 2F35A 1DMBA 3H7MA 2F78A 4WKMA 2WOKA 4JSDA 2V93A 2XHDA 5I2KA 4G2ZA 2NVUB 5CM6A 2RC8A 3LSLA 4KYEA 1SYIA 2YPNA 4OXVA 3MVWA 5I57B 1A7LA 1MS7A 3K6XA 4NF6A 4F1UA 1A54A 3IORA 1GGGA 2DP8A 1CE2A 4R6HA 3MBPA 4Z0IA 1A8FA 3HV1A 4OFLA 3H06B 5CMKA 3HPIA 3FATA 1TXFA 2FYIA 1LAHE 4ZECA 4YKJA 2H98A 2Y7WA 2PBWA 1JEUA 4KR5A 3V5AA 4HW8A 1YPNA 2DVZA 1AH5A 1USYE 5EHSA 4QSDA 2QL3A 4KCDA 3A3CA 4WEPA 1TFAA 4PETA 4QFKA 4ND9A 3W9WA 1ZTYA 2XXHA 1US4A 2ZMBA 3EPEA 4R2BA 1HSJA 4GL8A 1QKBA 5H8FA 1A8EA 1QW0A 3TFLA 3DRIA 3TTLA 3TZAA 1POY1 4EF2A 5I59B 2REGA 3FASA 3O6IA 2B3BA 3LUYA 4MF3A 1MDQA 4LONB 1XT8A 4F1VA 5KZTA 2G29A 3UA8A 3K6UA 3C9HA 5FTHA 3DLNA 3M3FA 1LGBC 1JW4A 2REJA 1P1NA 4MLVA 2M8CA 5DEXA 3CI8A 3KBRA 5F1QA 2VD2A 4YU0A 1ZLQA 3BBRA 4PQJA 1JVYA 4IGTA 2I4BA 1B05A 4OTEA 3TTKA 1M5BA 3IK6B 4E0XA 1P1OA 1FQFA 4BDNA 1TWYA 2HXWA 4H8IA 1MQGA 4BDRA 1M5CA 5I2NB 2HFBA 1MY2A 3DRJA 5I57A 1RYOA 3JV9A 2P1SA 4E0WA 3EQ1A 1B1HA 4I9DA 4RY1A 1B7ZA 4POXA 3RPWA 1O7TA 4OESA 4GF8A 4BDQA 3R7XA 3PMWA 3PV0E 4PFTA 3QK6A 4TLMB 2ONSA 3IB2A 1R6ZA 1VFEA 2PX1A 1RYXA 3O2AA 2HCAA 1N0TA 4ZDMA 3S9MC 2CMOA 4GWOA 4R73A 2XXYA 3FTOA 4OETA 5ITPA 2NWJA 3E9XA 4RA1A 3GXAA 3IB0A 3FVNA 3RNNA 1SBPA 3IR1A 3EF7A 4GVOA 3RUMA 2Y7RA 3FXQA 4LQ2A 3T9HB 4P0IA 2F36A 4M4GA 5TPAB 4DXUA 2HQ0A 1JNFA 1D9YA 4WXJA 3PGFA 4F3SA 5I59A 3OMBA 1P1UA 4H5FA 3TKDA 2Q2CA 1AL3A 3K00A 4NF5B 1LFIA 2DE3A 1QUIA 1MY1A 4HS7A 5I84A 4ESWA 1MY3A 3CFLA 1T0KA 3TTNA 4FEBA 1M5EA 1GVCA 1LAGE 1EZOA 1TFDA 3QSLA 2OK2A 4FJPA 4ELPA 3UP9A 4JBZA 3K2DA 4KYDA 3VV5A 1MG1A 3KN8A 4H8JA 1IXCA 1VFDA 2BJJX 4BDOA 1SD3A 1BIYA 4HCYA 4F3PA 1MPBA 3O29A 5L8DA 3CSGA 3KJ7A 1EZ9A 3MVXA 4O3CA 3KZGA 4MH5A 1URDA 3RT6B 1B3FA 3C35A 2DVCA 3PMVA 5AA2B 3ILTB 2HZKA 3Q28A 3DRFA 5I2NA 1Q35A 4JWXA 4Z7EA 1PDAA 3C33A 4C0RA 3VVFA 4IO6A 1FQEA 1PB8A 4F39A 1LBCA 4U1OA 3DRKA 3B7DA 4KYSA 4ZS9A 4BLAA 4RPOA 1PBPA 2DE2A 5CMCA 1Y1MA 3G3GA 3IJXB 3OO6A 1N3WA 1UQWA 3CFZA 3IO4A 4ELRA 2ABHA 5DTBA 2XXXA 1SVXB 4QF9A 1NNKA 3MUQA 3GLBA 1PB9A 4R74A 2DXYA 5CMBA 4L17A 2RC9A 1MXUA 4EQBA 2XXWA 2IEEA 4F2QA 1F9BA 4HCWA 4LP2B 4GLIA 1B58A 3N6TA 3MP8A 4H5GA 3A09A 3C36A 5TPAA 4GOTA 4X1DA 3I3VA 3RYBA 3OSRA 3TODA 3B6WA 3IOUA 1IQ7A 4FIMA 3TTMA 4M1VA 1A55A 4OENA 3PUXE 1WODA 2P2AA 1J1NA 4NWDA 2F6GA 1EZPA 4FORA 2W7YA 1VSOA 4GQOA 3KFMA 2QS4A 1B0LA 1IIWA 3CFXA 1FTJA 2E0SA 5DVFA 2RC7A 3QXMA 4U23A 2DSFA 1A40A 3FVKA 2H99A 3OO8A 1ZIUA 2I0CA 4K3FA 1S9TA 3G3FA 3UN6A 4IB2A 4OYVA 2OZZA 3SERA 3DP6A 1I6QA 4EXLA 1NKXA 3H6VA 4ELOA 1DPEA 3ZKKA 3IO6A 1FQCA 2V3UA 5ELVA 2XD3A 3K6VA 3E4RA 2ZYMA 1AMFA 4FECA 3FGSA 1S50A 2O1LA 1UTHB 2UXAA 2OLBA 3F11A 4ZEBA 3MZ9A 1URSA 4FE8A 5DEXB 4XXUA 4DCYA 4C1TA 4F1YA 1QULA 3BKIB 4XIGQ 2DXRA 3PUYE 3ILUB 3A3UA 1AIVA 2PT1A 3N94A 2DS9A 3H3GA 5FHNA 4XKQA 4G4PA 1LCFA 2H9BA 4ELQA 3SDFA 2AIXA 1H76A 3FVGA 4G68C 4DE8A 1B5HA 3FJGA 1POTA 1QJMA 3V83A 4G8HA 5L9SA 3TCHA 2ALUA 3KEIA 3IJOB 2F7CA 4F18A 3TQWA 3U92A 1ZJLA 3PPNA 3VXCA 3CR9A 3T96B 3K0VA 2AYSA 4ECFA 3G3IA 4DLDA 1SW5A 2O84X 1MXVA 1XVXA 3RN8A 3DRGA 3WAEA 4QFPA 3GBBA 3TPAA 1ZKBA 4Q0CA 2OCUA 1MH3A 3OD7A 4MLQA 4NF4A 2QS2A 1XVYA 3KN3A 1MXYA 5CBSA 3G7WA 2QJEA 4IO3A 3MVZA 1FTMA 2UVGA 4IO2A 3ZKLA 1XHYA 2X26A 2HZLA 4EUOA 4RJZA 3PD8A 2H25A 1LAXA 4H65A 3TMGA 1UTHA 4AB6A 1MM7A 1HSLA 4ZEFA 4QRZA 4R2FA 2R9JA 5F7VA 2VGQA 2QS3A 5JK4A 1B32A 2ZNUA 4OFOA 1HSEA 5FHMA 1BKAA 2RCBA 4U2RA 2B4MA 1B3GA 1AOVA 4JB7A 2V84A 3GZGA 2DQVA 4G77A 1LB9A 3FJMA 1FTLA 3FXRA 5TU0A 4TQUQ 3KJTA 4ZE9A 4O3BA 1USYH 3SKPA 3RTWB 5DYHA 1IEJA 3Q26A 2ANJA 3U72A 3ECRA 4UA8A 1LCTA 4XKNA 3CG3A 3CHGA 2XX8A 2PVUA 1WVJA 4H67A 3LSFB 3Q25A 3S9EA 2P0SA 3VFJA 2ESNA 2Q88A 1B6HA 3EHUA 3EN3A 3E3KA 3Q29A 4U1ZA 4IO5A 1FW0A 4TLLB 3PPOA 3T66A 2A5TA 2H5YA 2GFEA 4I1DA 3B6QA 3T22A 5BUUA 1R1NA 4FAJA 1D4NA 4YB6A 2DWHA 4IO4A 4YZZA 1JW5A 2UVIA 1FQAA 3K1MA 4THIA 3RYAA 4U22A 1B7UA 2XXRA 2YJPA 1II5A 4ESXA 4F29A 3FIRA 1I6AA 2H4IA 1MPCA 1ANFA 4ZZAA 3K1PA 4KFQA 4Q30B 1MXWA 1B51A 1URGA 4R72A 1MQIA 3CG1A 4JSOA 5A5XB 1NH8A 4ZZEA 4Q5TA 1R9LA 1P1WA 1MY4A 2GH9A 2QMWA 3UK4A 4LATA 3G3HA 1GV8A 2XX9A 3MJNA 1GTKA 2IA4A 3IOVA 1QKAA 4DDDA 2O51A 5CMMA 1JQFA 3L6GA 1B7HA 2F34A 1ZU0A 2Z8DA 2F6PA 4AQ4A 2LAOA 4H6DA 3PMXA 5LOMA 4N6PA 3VVDA 2UYFA 3FD3A 1VR5A 1O64A 3HHGA 3S4UA 1N76A 4LVQA 4YB5A 1B3EA 3K01A 4KPTA 3S9NC 3SEXA 4OEVA 4U21A 4EQ9A 3HHFA 2I3VA 3MVYA 4NWCA 2VP1A 3MWBA 4H1XA 1LLSA 2OJTA 2QRYA 4JWYA 4LA9A 4XKPA 4KI0E 3SEYA 1JEVA 4RYAA 4BDLA 4GFRA 3KGCA 4C1UA 4LUBA 4HTGA 4PE5B 5CC2A 1B3LA 3SEWA 4MBPA 4F2OA 5HBCA 4X9TA 5TP9B 1FTKA 3G3JA 3U1OA 1MXXA 3HO7A 3O6GA 1Z7NE 4FATA 2VD3A 1WDNA 4QHQA 4DIGA 4NMYA 1FCKA 2O7IA 3DM0A 5I58B 1PB7A 2NUVA 3PPPA 1DOTA 3PU5A 3OEMA 2CZLA 4U4XA 4O3AA 2VOZA 5I56B 5HPQA 3M3KA 2I3WA 5A5XA 2F8DA 5KCJB 3WAFA 3C32A 2XXQA 4POWA 2DWAA 3LSXA 1SYHA 2ONRA 3C4MA 3H6WA 4F19A 3S9LC 1NH7A 3SESA 4NF4B 3O6PA 3TDJA 2ZYOA 3MPKA 4YAHX 2RINA 1LB8A 1OQHA 1IZ1A 1OLAA 3O28A 3TUSA 4GXAA 3R6UA 1P1QA 4UACA 4PFYA 2PYYA 2Q9TA 2X7PA 5M2VA 1ZBMA 1OVBA 2I0BA 4OQOA 2ZNTA 1OQGA 1Y20A 3MZBA 1Z7ME 1B3HA 1MXZA 1GR2A 3QUJA 1YAEA 4LZ5A 4X48A 3Q27A 2E1SA 2O1MA 2O6AA 3IAZA 3OENA 4R75A 5DT6A 1SI1A 3PAMA 5FHOA 2R71A 3THIA 3OEKA 4G8NA 3K02A 3L6HA 1OLCA 1N04A 3EHTA 4ISUA 2D3IA 4F3BA 2Z23A 3CSBA 2I6EA 2WKYA 3N5LA 4YMBA 3FV1A 2ZXTA 2F7BA 2Z22A 2GHAA 5KDTB 4IGRA 2OWSA 3IOTA 5H8QB 3T9VA 1M5DA 4IY6A 4NF8B 4OWDA 1DTZA 2AL4A 2XXUA 3PUZE 1A99A 1B1XA 5TP9A 4I8CA 5AA4B 1US5A 3SEVA 1R9QA 5ISUA 2F7AA 3EHSA 1EH3A 1FQDA 1OVTA 3G3KA 4P11A 4F3GA 1SI0A 2AL5A 2D5WA 2ZYKA 4GL0A 5I58A 5B7DA 5K2XA 3TTRA 4EQ7A 2XX7A 5CI5A 4YKKA 4IO7A 1VE4A 5ICQA 1DTGA 3KOSA 4LZ8A 3AXFA 3PUWE 3O97A 2A5TB 5I56A 3D4CA 3KSXA 3S2VA 3KG2A 4OHNA 3C34A 5KCJA 3P7IA 5B70A 4EXKA 1YTVA 2HAUA 3LR1A 2QPQA 2Z8FA 3HCQA 4QFNA 1MPDA 3D4GA 2Y84A 2ONKE 1MQHA 3B6TA 2DYXA 2XXTA 3FVOA 4ZEIA 3T93B 3E13X 1KWHA 4DZ1A 1LFGA 4GXSB 3LC8A 3H6TA 1B0HA 2I58A 3I5OA 3H6UA 2WOPA 2O68A 3TCFA 5DVJA 2I4CA 1XS5A 3K6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATGA 4DCXA 3TYHA 1FJ9A 2B4LA 1TT1A 1H44A 2HHMA 3IOWA 4PP0A 4RK2A 3RY3A 3H4ZA 4NTLA 3VLUA 3K1NA 2ZNSA 4QFLA 2XXVA 1UIVA 4KHZE 1RKMA 1LAFE 3FBPA 1ZMGA 1B2HA 2V3QA 5AE4A 4YKIA 5L9OA 1H3DA 1P99A 3GBAA 1QVSA 3N6UA 2QFLA 5AA1A 1UIUA 1Y4CA 5FTIA 3W9VA 3UORA 1Y3PA 3DP4A 5KDTA 4FEDA 2QSXA 4OEUA 1D3KA 1K9ZA 4R6YA 5H8QA 4WEDA 3M3LA 3V89B 4NF8A 4QFOA 2Z8EA 3OSQA 5AA4A 4LQ5A 1JVXA 4ZE8A 1IMDA 1B5IA 3VLWA 4NE4A 3MP1A 3T9XB 3FUZA 3VXBA 4KCCA 1JW1A 2V3TA 3DP8A 4F31B 2F5XA 3N26A 1B4ZA 3CIJA 3QIMA 3TQLA 2XXPA 1FTOA 3HN0A 3MC2A 1G0HA 3K4UA 3KSJA 5EYGA 4IY5A 4BDMA 1NNPA 3ONMA 1B5JA 3KN7A 1LFHA 1N84A 5CRYA 4EF1A 1M5FA 1N3XA 4DI3D 3FXUA 1FBEA 3OXNA 3RTFB 2R6GE 3U8QA 3E79A 3I6VA 4MFIA 5EHMA 3R26A 5AA2D 3O6HA 2KLFA 4G8MA 4ONYA 1IXIA 3C31A 3M8UA 5J1DA 1SW4A 2I49A 3ODBA 1SW2A 2VHAA 2RKMA 4PFWA 1NV3A 1OIBA 1XC1A 2ZYNA 4YMAA 1BLFA 1FPEA 4R6KA 2DWIA 2Y7PA 3MPLA 3BFTA 1N7WA 5EYHA 1NMUA 5H8HB 3U65A 4RNSA 3U93A 4H0WA 3SEUA 5H8NB 1I6BA 2XD2A 1IXGA 3FJ7A 1O63A 2V25A 1B46A 3QYTA 4I62A 5ET7A 3TEPA 2RF1A 3RT8A 2YLNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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