4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
2OBGA 1PB9A 4EXKA 1XS5A 2CZLA 2NXOA 3H6VA 3VVEA 2QL3A 3FV2A 4F19A 4ZE9A 3B6WA 2ALUA 2Y84A 4FECA 3S2VA 3WAFA 3F11A 1QKAA 3U92A 4GXSB 4MFIA 2DE2A 3TUSA 4XIGQ 3G3JA 5KZTA 2H98A 3VDFA 3CVGA 5CMMA 3DRJA 4X1DA 4JWXA 1IIWA 2VD2A 1T0KA 4GRKA 3L6HA 1MQIA 1Q1KA 1M5DA 1MXWA 1QUJA 3C31A 3O28A 4P0IA 2UVGA 4XTCQ 3MC2A 4NTLA 1MY4A 1B4HA 3FTOA 4G8NA 2Y7WA 4JWOA 3FJ7A 3TAJA 1A8FA 3EN3A 4AB6A 3GBBA 1AH5A 1M5BA 1NNKA 2XXQA 2PX1A 4YKKA 3SEVA 1NKXA 4R6KA 3DP8A 2ZYNA 1MDQA 4BDQA 2A5SA 1HSLA 1QUKA 1QJMA 4H6DA 3VLVA 4PQJA 2P0SA 2I3WA 2WKYA 4YB6A 4FORA 4DXCA 2HAVA 1UTBA 4FEDA 3TYHA 2GHAA 1BP5A 4DIGA 3TKDA 2XXXA 3FJGA 2Q2AA 1Y3NA 4POWA 2QSXA 4GIZA 4E0WA 2XXHA 3GBAA 4Q30B 4ISUA 2I0CA 4N07A 3O97A 1MY3A 1LB8A 4H5GA 5F1QA 2OCUA 3UK4A 5JTYA 3V8XB 4GLIA 3K2DA 2F6PA 3QSLA 2DVCA 2Y7PA 2F36A 3RT6B 1URGA 2OK2A 3MPKA 2XXYA 2F35A 1JEUA 2B65A 5DVIA 5TP9B 4NWDA 4OYVA 4BDOA 2V84A 3KOTA 1NH7A 3U93A 4OWDA 3O9PA 2WOPA 1ZU0A 4GVOA 5AA3A 3SDFA 3OO9A 2Q89A 3OSRA 3T93B 4Q8RA 1PB8A 1MY2A 2O68A 3R26A 3DELB 3O6HA 1R6ZA 4PP0A 1WDNA 3LR1A 3VLWA 1O7TA 4ZDMA 1FTMA 1MDP1 4GWOA 3IK6B 1IEJA 4NWCA 3FUZA 1SD3A 4DE8A 4KPTA 5DTBA 3S9MC 2O1LA 4ZZEA 2OJTA 3FASA 3B6QA 3KN8A 1QUIA 4X48A 2RF1A 3M3LA 5CC2A 4F2OA 3K00A 4OENA 3SKPA 1M5FA 3DRKA 3IORA 3GLBA 2YLNA 4DCYA 1RYOA 3MWBA 3IOVA 4TLLB 2O6AA 1MG1A 2Z8FA 3N6UA 1ELJA 1A55A 4LZ8A 2XXRA 4QSDA 5TPAA 4LP2B 5H8FB 3MAMA 1TXFA 2DXYA 3MVWA 2THIA 3PD8A 5F7VA 1B5JA 3IJXB 2IEEA 1H43A 3SEYA 1NMUA 3ZS6A 4IB2A 3HO7A 1KWHA 3RN8A 1A8EA 4JB7A 4AB5A 2Q8JA 2F78A 4JBZA 5HBCA 2HAUA 1MXVA 4PFTA 3T22A 4KR5A 4QRZA 2F7CA 3KN7A 2O1MA 3K01A 4R72A 3K6XA 5M2VA 2AIXA 1B52A 1IXIA 2QMXA 3ZSFA 1VR5A 4H0WA 2Z8DA 3V83A 2F6GA 4FEBA 3DRGA 3OELA 3E13X 1B7UA 1S9TA 3Q29A 3PV0E 3FVNA 3CI8A 1HSEA 2VOZA 4AQ4A 1JW1A 1LBBA 3CFLA 2R6GE 4O3BA 1SYIA 2X7QA 2DXRA 4UA8A 3MZ9A 4OEVA 1MPBA 4L17A 2NVUB 3PMVA 3V5AA 3IOWA 4U21A 2DE3A 2Y7IA 3W9VA 3KG2A 2E1SA 3GZGA 1MXUA 3G7WA 4YICA 4IO2A 4R2FA 4U4XA 1HSJA 4GOTA 4P11A 1MQHA 5FHOA 2XX8A 3VVDA 1SI0A 1LSTA 5EHSA 2PMSA 5I2KA 4LA9A 2UVHA 4X1BA 2RC7A 3IB0A 4FIMA 1NL5A 4EQBA 2I49A 2UVIA 4YU0A 1P1UA 2RCAA 2E0SA 1B0LA 1M5EA 3RQTA 3RGYA 3FIRA 1IXGA 1JW5A 2NUVA 2ZNTA 1R9QA 4RK9A 4GQOA 3BFUA 4U2RA 3MP8A 3KEIA 2RC8A 3MJNA 4H8JA 5L9SA 4ZEDA 1IITA 3MZBA 3PPRA 1JW4A 4OESA 1LFIA 1Y4TA 2ZYMA 1PBQA 3TQWA 1D4NA 3Q25A 1EZOA 5I58A 1CE2A 2ABHA 1R9LA 1JVXA 4GFRA 2YPNA 3FXQA 2I3VA 2I58A 2W7YA 3K02A 4GD5A 2QRYA 1ZMGA 3OO8A 2DWHA 2D5WA 1FW0A 3M3KA 4C1UA 5FTIA 4OEUA 4JXIA 1N3XA 2A5TB 5EHMA 4OERA 2ZXTA 1TWYA 2FA7A 5L8DA 2V93A 4RXLA 2Q88A 3UGWA 5BWJA 5TU0A 1EH3A 3IAZA 1NH8A 3N5LA 5DVFA 1Y1MA 5I84A 5JK4A 1IXHA 2H99A 1OVBA 3KGCA 3CG3A 3JZJA 5H8HA 2OLBA 1USYE 3M8UA 1H45A 4ZS9A 3OSQA 3H7MA 3QIMA 5AA2A 4F2QA 5JEIA 1J1NA 1B40A 4P0GA 1XOCA 1MM6A 1QVSA 1YTVA 3E3KA 3M3FA 4YZZA 1LFGA 4QF9A 4OFJA 3H4ZA 4ZZAA 5I57A 1P1NA 4TQUQ 4LZ7A 1TFDA 5FHNA 4U22A 3CR9A 2M8CA 1FQEA 3TFLA 3H6UA 3K1NA 4LUBA 3SEXA 4NMYA 1UTHB 3TMGA 4TOZA 4I62A 2ONSA 3H06B 5DEXA 3BFTA 1PEBA 1PDAA 4MF3A 4JSOA 4Z0IA 3SETA 5CRYA 1JEVA 5KDTA 3I5OA 3MUQA 4KYDA 1Y3PA 2ZMBA 1I6QA 1RKMA 1GTKA 2WOLA 5I56A 1B7ZA 1EZ9A 1MXYA 3KSXA 1GR2A 1DTZA 5H8NA 4G68B 4R6HA 1MXXA 1N04A 3S9NC 3USDA 4IY5A 5HPQA 3D4CA 2BJJX 2AL4A 1MH3A 2V3UA 3Q26A 3U1OA 5KCJA 3G3GA 5CBRA 3S9EA 4G68C 1I6AA 1O63A 3H6WA 3V89B 3IB2A 3AXFA 4OETA 2UYFA 1FQBA 1RYXA 4ONYA 1D9VA 1M5CA 1B5HA 4GF8A 2PT2A 3VXCA 3KOSA 2YJPA 2F7AA 1B4ZA 3HPIA 3SEWA 4OFLA 3ODBA 4NF6A 2O7UA 1AOVA 2I4CA 1F9BA 4NF8B 2GHBA 5A5XB 3C9HA 5CMCA 3VV5A 1MY0A 1PBPA 1ZBMA 2DYXA 1JVYA 1LFHA 3H3GA 3C35A 4NF4A 2QS1A 4YB7A 3B6TA 4M4GA 4WKMA 1BTJA 2HZLA 3MZ1A 1OQHA 3C33A 2O51A 3JV9A 5I2NB 4BDNA 1OVTA 5L9MA 3PUVE 1BKAA 2HFBA 1TT1A 2XXUA 4RY1A 1MM7A 3O6PA 4R74A 3O6IA 1ZJLA 2QS4A 4HTGA 1YPNA 1NNTA 1H76A 1BLFA 3ZKLA 3OEMA 4RPNA 3FVOA 5H8QA 2XX9A 1NNPA 4F29A 5ICQA 3TCHA 3QYTA 4QFLA 3IO6A 2RKMA 1URSA 5AA2B 3TODA 2REJA 2XXTA 1POTA 2F34A 1B51A 1B1XA 3UORA 2H5YA 1VFDA 1USYH 1LB9A 2XD3A 1N7XA 1ZLQA 1US5A 4XKQA 3HN0A 2VGQA 2OWTA 1XVYA 4MBPA 1LCFA 4FJPA 1D3KA 2QS2A 4YB5A 1FTJA 5DEXB 4IO5A 3JYRA 4RK2A 3MVYA 2WOKA 1Y1ZA 2ZNSA 4R9GA 5KDTB 4X9TA 3TTMA 4NEDA 2H25A 3PPOA 4U23A 3FXUA 1P1WA 2HCAA 4MLQA 4ESXA 2GFEA 1Y9UA 5CM6A 3K6WA 1AL3A 1DTGA 5I56B 4E0XA 1US4A 3KSJA 2NWJA 1NFTA 3QUFA 3FJMA 4ELRA 2I6EA 4OVJA 1N76A 4H5FA 4RYAA 4OZ9A 3U8QA 4U1ZA 3SEUA 1UTBB 3RT8A 3PPNA 3B7DA 4QFNA 3RYBA 2F97A 3VXBA 5H8SA 2B4LA 2KLFA 4EDPA 4KQPA 4POXA 1EZPA 5DVJA 2LAOA 3IOTA 4XXUA 3HHFA 3C34A 3LSFB 4OMBA 5JTYB 3IO4A 1B2HA 2QJEA 3EF7A 1DOTA 3K6VA 4ZECA 1VFEA 4ESWA 1GVCA 2G29A 1ATGA 3G3FA 3U72A 2PBWA 5B70A 3PD9A 2X7PA 4R9FA 3D4GA 1VSOA 3ZKKA 1DPEA 4KI0E 3EHSA 4XKNA 1PC3A 1MRPA 5I59A 4F1UA 2DS9A 2VD3A 3THIA 4BDLA 3PPQA 1IUDA 3FZVA 4RNSA 4K3FA 1LAGE 4QFPA 1ZIUA 1LBCA 1B3LA 4G8HA 3U94A 1FTKA 1R1NA 2XXVA 2DSFA 1N7WA 3CG1A 3DP4A 4WXJA 1A40A 1SQYA 3K1PA 3PAMA 3KBRA 4HCWA 2X26A 3H6TA 1SW5A 5H8QB 4YKJA 3QXMA 3FVGA 3MVXA 3RLFE 2HEUA 4TLMB 1LGBC 3TQLA 2UVJA 3CFXA 4KCDA 3W15C 5AE4A 3MP6A 2DE4A 4G77A 2PVUA 3A3CA 1OLAA 1EU8A 3FXRA 4N13A 2HXWA 3CRBA 3UP9A 4YMAA 3R7XA 1P99A 4PFUA 1MQJA 4EUOA 4PETA 4KYSA 4THIA 3I3VA 3ILUB 3HSTA 3G3IA 5ELVA 1II5A 4XKRA 1URDA 4R73A 2B3FA 2XHDA 5EYFA 4JDFA 5TPAB 2Y7RA 2AL5A 3I6VA 3T66A 1B05A 4OXVA 3EPEA 2OWSA 3OD7A 4LQ5A 3A09A 5AA2D 2Q9TA 2DWAA 3CIJA 1ZKBA 2ZNUA 3T9UA 1JNFA 1IXCA 2VHAA 4C0RA 3VVFA 2Q2CA 1DPPA 3ECRA 4Q5TA 5CI5A 2PYYA 1FTLA 3KN3A 1LLSA 3T96B 3OO6A 4IGRA 1Y3QA 2H4IA 3O29A 4MH5A 3LSLA 2XXWA 2GRVA 4DLDA 4F39A 1JETA 5LOMA 1B3EA 4JSDA 3TEPA 3QK6A 3FATA 3WAEA 1LAXA 2GH9A 3E4RA 5FTHA 2XXPA 3VLUA 3N94A 4KYEA 2DOJA 3RTFB 2D3IA 4O3CA 2RC9A 2V25A 1ZTYA 1SI1A 4GXAA 1FQAA 3Q28A 3PUXE 1B3FA 3MW0A 3C36A 2OZZA 1SBPA 1B6HA 3T9HB 4ZE8A 1I6BA 4ECFA 1B32A 3DRHA 4F1VA 5CMKA 5AA4A 1P1QA 5K2XA 3OMBA 5H8FA 3W9WA 3N6TA 3TCGA 2UYEA 3LUYA 4ZEIA 4F3SA 4HW8A 4U4SA 3SESA 2DWJA 1S7YA 3PUZE 5I2KB 4WEPA 4QFKA 3MVZA 4PFYA 3TTLA 1CB6A 4I9DA 4FAJA 1A7LA 5I59B 1LCTA 2R71A 4HCYA 4IGTA 5IAIA 1Q35A 4KD5A 3MP1A 3VE1B 4DXBA 1GGGA 4YAHX 4Z7EA 2AYSA 4OQOA 4IO6A 1Z7ME 2VP1A 1SW1A 4QSEA 3K1MA 2O69A 4PFWA 1SW2A 3A3UA 4IY6A 5ITPA 4NF5A 4FATA 3GXAA 1B7HA 1DSNA 5ITOA 5K2YA 4DDDA 2ZYKA 1MXZA 5ISUA 2DQVA 3IB1A 3RY3A 5I58B 4YMBA 2IA4A 4BDRA 3PMWA 1QW0A 2I4BA 4LZ5A 1YAEA 3IJOB 3KZGA 4G4PA 5CMBA 1MQDA 3Q27A 5DT6A 1L5TA 2D21A 4QSCA 3FD3A 4LVQA 3S9LC 3LC8A 2ANJA 3OOAA 4EF1A 1JQFA 1MPCA 2UXAA 1OIBA 5CBSA 2P2AA 1AIVA 2B3BA 1N0TA 4I1DA 1SDXA 1OQGA 4KFQA 4R2BA 4G2ZA 4F3BA 1B3GA 5H8HB 2I0BA 4KHZE 1FTOA 4PE5B 3LBSA 4WEDA 1NNFA 3O6GA 3UN6A 3OO7A 1QULA 2F7BA 3TZAA 4YKPA 3MQ9A 3QUJA 3PU5A 2DVZA 5FHMA 1D9YA 3QAXA 3P7IA 4HS7A 2P1SA 4JWYA 4EQ9A 5I57B 3G3KA 2NOOA 3LVUA 3S4UA 2DWIA 3OENA 4R6YA 3DLNA 3PUWE 3OXNA 1MY1A 4DXUA 2QMWA 1FQFA 1PB7A 1DMBA 1MH4A 3K0VA 4EF2A 3EHTA 2A5TA 4ZEFA 1MPDA 2R9JA 1AMFA 4ZEBA 3FVKA 3TELA 3C4MA 3O2AA 4H8IA 2Y7KA 3TTRA 5AA4B 4U1OA 1BIYA 3TTKA 1POY1 2REGA 2QPQA 1YCJA 4DZ1A 3KJ7A 3CFZA 4EXLA 4KCCA 3C32A 3TTNA 1I69A 4GL8A 4QHQA 3SERA 4H1XA 4LONB 3DRIA 4OTEA 3RUMA 4GL0A 2CMOA 5HM4B 5H8NB 4OHNA 1SVXB 3K4UA 1B46A 2F5XA 1B0HA 1H44A 2ONKE 3CHGA 1H3DA 3E9XA 4F3PA 2PT1A 4M1VA 1IZ1A 3LSWA 1QKBA 4XKPA 3TCFA 3DP6A 4UACA 2XX7A 3VFJA 5KCJB 2B4MA 4RJZA 4RA1A 1SYHA 4F18A 1N3WA 4QFOA 2O84X 2HQ0A 3RNNA 4ELQA 4NF5B 1UTHA 2V3QA 2H9BA 4DCXA 3EQ1A 4YKIA 4C1TA 4RPOA 3CSBA 5AA1A 3UIFA 3KFMA 3PUYE 1GV8A 4NF6B 1LAHE 3UA8A 4ZEKA 3KJTA 4N6PA 3TPAA 2F8DA 1N84A 3MPLA 3K6UA 3FGSA 3BBRA 3T9VA 3T9XB 2RCBA 4NF4B 2Z23A 4MLVA 1FQDA 2DP8A 4G8MA 3HCQA 3FV1A 1B9JA 3L6GA 1S50A 2FNCA 1UIUA 3LSXA 4ELOA 4EQ7A 1WVJA 4G68A 3ILTB 3CSGA 1OMPA 5BUUA 2QS3A 3HV1A 1FQCA 1LAFE 4Q0CA 4LQ2A 1Y4CA 1XC1A 1MQGA 3R6UA 3EHUA 1XT8A 4LATA 5B7DA 2ESNA 4H67A 3RYAA 4F22A 5ICTA 1A54A 2XD2A 1B5IA 3PPPA 2O7IA 4I8CA 1P1OA 3MBPA 2XXIA 1Z7NE 3IX1A 3PMXA 3DM0A 1B58A 3G3HA 3DRFA 2FYIA 5L9OA 1A99A 1B1HA 2I48A 4H65A 1SW4A 1O64A 3IL1B 3O66A 1MS7A 3TDJA 3IR1A 4FE8A 2RINA 3BKIB 4F31B 4OFOA 3H03A 1ANFA 5TP9A 1XVXA 1WODA 4NF8A 5A5XA 1B3HA 4IO3A 5DYHA 4NE4A 3N26A 4ND9A 4F1YA 4ELPA 4R75A 1VE4A 5IKBA 4BLAA 3PGFA 1IQ7A 2HZKA 4IO7A 5J1DA 1Y20A 2G93A 2ONRA 3RPWA 3IOUA 4O3AA 1UQWA 3RTWB 2Z8EA 2V3TA 1TFAA 4BDMA 1UIVA 3ONMA 1XHYA 2ZYOA 4IO4A 1OLCA 5I2NA 3HHGA 4F3GA 3OEKA 2Z22A 1FCKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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