4ZEDA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with agrocinopine-3'-o-benzoate
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens (strain c58 / atcc 33970)
total genus 151
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zedA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zedA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zedA02
4LUBA 1LB8A 3EPEA 1Y4CA 3T93B 5BWJA 4IO2A 3O66A 4OFJA 2F97A 4GD5A 2CZLA 3GLBA 5H8NA 3TELA 3IJOB 4UA8A 2RF1A 3S2VA 2RCBA 2O7UA 1O64A 2ZYOA 3CG1A 4AB5A 2G93A 3GZGA 3H6VA 1R6ZA 4OENA 1IITA 3GBBA 1TFAA 3K6WA 2Y7IA 1SW4A 3C33A 1D9YA 3DRFA 1D3KA 5AA3A 5A5XB 5I58A 1FTKA 3K1PA 1JNFA 2I4BA 3PMWA 1JEUA 2IEEA 4KD5A 3VXBA 3KN8A 3VV5A 1MXYA 2IA4A 4XKNA 3OENA 3QXMA 2ANJA 4G2ZA 4RYAA 5JTYB 5EHMA 1EH3A 1B5JA 3PMVA 2DVZA 1NKXA 1NH8A 1P99A 4MFIA 4I1DA 1O63A 1XOCA 3A3CA 4GF8A 4YKJA 4H8JA 2D3IA 3QUFA 4POXA 3IB2A 2Y7PA 4U2RA 1P1NA 2VD3A 5I59B 3FZVA 4R6HA 1NH7A 4DXCA 4HCYA 4YMAA 4RPOA 1ZMGA 1A99A 4GQOA 3EHSA 4MLQA 3TMGA 1PC3A 2XXUA 3GBAA 3LSXA 1LFHA 2O7IA 4R2BA 4E0WA 1MY4A 1QUJA 3JYRA 3FVGA 4RPNA 1GV8A 4NF6A 1P1OA 2V84A 3MJNA 4R2FA 4G77A 2Y7WA 4GFRA 3O28A 1I6QA 3K02A 4R9FA 3SEUA 3K4UA 3UA8A 3H4ZA 1BIYA 3KEIA 3DRKA 4F3PA 3QK6A 1M5CA 1LAHE 4ZE8A 5LOMA 2UVHA 1Z7ME 1QW0A 3CRBA 1EZ9A 3MQ9A 5CMCA 3RQTA 1LFIA 4OYVA 3FUZA 4GL8A 4NF5A 3AXFA 1S9TA 3MVXA 3TODA 3C36A 1IQ7A 3V8XB 4EXLA 4ZZEA 2V25A 1LAFE 4RA1A 1B0LA 4P11A 1UTBA 1MQDA 1BTJA 1KWHA 5AA2B 1LCTA 3MBPA 3KOSA 1Y4TA 2B3BA 2RC7A 3S9LC 2F7CA 1H45A 2M8CA 4LZ5A 1JQFA 5ICQA 3TCHA 1MH4A 3ILUB 4R9GA 1OLAA 3FJGA 5I2NA 4R73A 1UTHA 3VE1B 2DE4A 4DIGA 2DVCA 4PFTA 2DOJA 3RUMA 4BDQA 3PV0E 4LONB 3GXAA 4GXSB 3EN3A 1SW1A 1XS5A 4HCWA 1FQDA 2ZNUA 3U1OA 4XKQA 4JB7A 1VR5A 1MH3A 2PT1A 3MP6A 3N5LA 3KOTA 2XHDA 3FJMA 2OZZA 4AQ4A 3VLUA 3DM0A 4KYEA 2ONSA 2THIA 1TT1A 5FTIA 4P0IA 4IO7A 4U21A 1MY1A 3LR1A 4MLVA 2ONKE 1D4NA 2XD2A 3MC2A 4H5FA 4RK2A 1AMFA 3IB1A 2XXPA 4QFOA 1SD3A 2GFEA 3T9XB 3HV1A 3PGFA 1Q1KA 1D9VA 5CRYA 3KSJA 5DTBA 1B58A 4ESXA 2YJPA 3OOAA 5CMBA 1LAGE 2I4CA 3U93A 2XD3A 2GRVA 4EXKA 3PD9A 5A5XA 4Q8RA 2V3UA 3USDA 1I6AA 3IOWA 2REJA 4U4SA 4R6KA 2Q8JA 1YCJA 1QJMA 2OLBA 4BDLA 4BDRA 2QL3A 1ZLQA 3MVYA 3VDFA 1VE4A 5JTYA 4EDPA 1S7YA 4ZEBA 1ATGA 3UP9A 3ZKKA 2GH9A 3N26A 1MXVA 1FTJA 1IXCA 2DQVA 3KN3A 4F3GA 5KZTA 3IJXB 4RK9A 5FTHA 5M2VA 1WODA 3E9XA 3KJTA 3PAMA 4ZECA 5JK4A 5KCJA 2NUVA 4U22A 1LSTA 3LBSA 5I59A 2OBGA 3CFXA 1IUDA 3K1MA 3C4MA 5IKBA 4I8CA 2HEUA 1QULA 5CBSA 2F6PA 4O3CA 3OO9A 3PUVE 2F78A 3TUSA 3UIFA 4KCCA 3FGSA 1B32A 2ABHA 3OD7A 2QS1A 1J1NA 4MH5A 1B5HA 3V89B 3IORA 3PPOA 4FEDA 5J1DA 1MPBA 4EUOA 1YTVA 4OFLA 4IGRA 4F1YA 3B6TA 2X7QA 4NF4A 4OESA 1B0HA 2E0SA 5DVFA 2NXOA 1Y1ZA 2I48A 3FV1A 3M8UA 1OQGA 2GHBA 2HZKA 5DVIA 3HCQA 5FHNA 2A5TB 3EQ1A 1QKAA 1B3HA 1URSA 4K3FA 3N6TA 2QRYA 1TWYA 2XX9A 4F3SA 1B2HA 5AA2A 1MPDA 3M3KA 2DWIA 1LLSA 3I6VA 3OSQA 1A54A 2V3QA 1S50A 3BFUA 4DCXA 4ZEFA 2O84X 2XXXA 1SW5A 1NL5A 2XXRA 4C1TA 3LC8A 2DXYA 1N0TA 4NF8B 4F39A 3VLVA 1XVYA 2VP1A 5L9MA 3K6UA 4F2OA 5ITPA 3I5OA 4FE8A 2H99A 2AIXA 3HPIA 4F29A 4IY6A 1MXXA 3SEWA 4NMYA 3OSRA 3WAEA 2W7YA 3R6UA 4JWXA 3S4UA 3VFJA 3MUQA 1WVJA 5FHMA 3UN6A 2WKYA 1P1WA 3C9HA 2OK2A 5ELVA 5HPQA 2I0CA 1SYHA 3E13X 2HXWA 1QUIA 5H8HB 1N84A 1MQIA 1Y9UA 1NNPA 3FVOA 4G8MA 3CFZA 4DXBA 4ZS9A 2DP8A 3RGYA 4KYSA 3H7MA 4QRZA 3O6GA 4ELOA 4LZ8A 1N3XA 1MY3A 1B52A 5CM6A 1UIUA 4TQUQ 4ZDMA 3RPWA 3Q27A 1N3WA 3E3KA 1QUKA 4X1BA 2H25A 3IL1B 5HBCA 3H6WA 3C34A 4DDDA 3FTOA 4YAHX 4ZEIA 2F8DA 5KDTB 1URDA 4PFWA 4OMBA 1M5EA 2UYEA 3U72A 4F1UA 2DE3A 3D4GA 3H6TA 2PX1A 4DE8A 4PFUA 4GLIA 4FORA 3L6GA 4N13A 3DP8A 1PB9A 1IXHA 2Y7RA 2O68A 4NTLA 3RTWB 2OWTA 3IX1A 3OO7A 3U94A 1MY2A 1ZJLA 2A5SA 1HSJA 5FHOA 2B4LA 3ZSFA 4ECFA 4U4XA 4ZZAA 3TPAA 4MBPA 4O3AA 3K6XA 4WEDA 3C32A 2HAUA 3VVFA 4JBZA 3A09A 2KLFA 3RT6B 3V5AA 4JWOA 3MZ1A 3U8QA 4H0WA 1Y20A 1ELJA 4X48A 3KG2A 2NWJA 4NEDA 3CVGA 1FQCA 4FAJA 1PEBA 3FASA 1N7WA 3SDFA 2QPQA 3SKPA 1PDAA 4OEUA 4HTGA 4H65A 3G3GA 1DTZA 1US5A 1B51A 3K00A 1JETA 2AYSA 4MF3A 2XXIA 2YLNA 1JW1A 2PVUA 2XXVA 2HZLA 3VVDA 1Q35A 3PPQA 1OVTA 4PQJA 4RXLA 5EHSA 2V3TA 1B6HA 5F1QA 4YB5A 5JEIA 1JVXA 4P0GA 1EU8A 1GTKA 4THIA 4DXUA 3K6VA 3U92A 1YPNA 3UGWA 3N94A 5L8DA 3Q25A 4POWA 3IB0A 3T96B 2G29A 3CI8A 4GIZA 5AA4A 5H8QB 4U1ZA 2I49A 3PUZE 4NWCA 1PBPA 4G68B 3TTKA 4OEVA 3ZKLA 3DRJA 1JVYA 2UXAA 3O6IA 3M3FA 1B3FA 1N76A 4XXUA 3EHUA 1SQYA 4R6YA 2XX7A 1F9BA 5L9OA 1MDQA 4EQ7A 4JSDA 2X7PA 1XC1A 3PMXA 3RYBA 5H8HA 1US4A 4ZEKA 2HAVA 1AH5A 1USYH 4C0RA 1SVXB 2XXWA 1QKBA 2XXYA 4ESWA 4DCYA 5DEXB 1IXGA 5CMKA 1MM7A 4NE4A 3PPPA 2PBWA 1AIVA 1LBBA 4TOZA 4BDMA 2LAOA 1L5TA 2QS2A 4GXAA 2WOPA 2XXQA 5EYFA 4KPTA 1OVBA 2R6GE 1Y3NA 1B46A 3LSWA 1A8FA 3QYTA 2Y84A 5KDTA 1WDNA 4YB7A 3KGCA 1ZTYA 3B7DA 3CR9A 2F7AA 3IR1A 5CMMA 2XXHA 4JXIA 3THIA 2B3FA 3DRGA 4YB6A 2I58A 5ITOA 2F35A 3L6HA 3TTNA 4LQ5A 4PFYA 4EF1A 4H8IA 1IZ1A 4JDFA 2RC8A 4WKMA 2Y7KA 4Q30B 3H6UA 2OJTA 3MVWA 4M4GA 1HSLA 2ZYNA 2VD2A 1VFEA 3FD3A 3KJ7A 3TQWA 1I6BA 3G3IA 5AA2D 3TDJA 1ANFA 2UVGA 3LUYA 4KHZE 3W9WA 3Q28A 3C31A 3TKDA 4ZE9A 4ELQA 1XT8A 4F19A 2O51A 1GR2A 4TLMB 4QSCA 1OQHA 5H8SA 2UYFA 2UVIA 1PBQA 1XVXA 4M1VA 1B3LA 2F7BA 4GWOA 4G68C 1B05A 1UIVA 1DOTA 3TQLA 4R75A 3SEYA 4KQPA 3B6QA 2NVUB 3SETA 3PPNA 1DPPA 4WEPA 4L17A 1OLCA 1BP5A 2P0SA 1USYE 3T9VA 3ONMA 3ODBA 3DRIA 2ZYMA 2YPNA 2I3VA 2D5WA 1LAXA 3PUXE 4XIGQ 3OELA 2PT2A 1PB8A 4H6DA 4OFOA 1DMBA 3IO6A 1XHYA 1DPEA 5DT6A 2ESNA 4EF2A 1A7LA 1VSOA 5TP9B 3RY3A 1NNKA 4PP0A 5H8QA 2P2AA 3MPLA 4JSOA 2ZXTA 2H98A 4G68A 4LQ2A 1GVCA 5CBRA 2X26A 3FVKA 4G8NA 5TPAB 3S9NC 4HS7A 1JW4A 1TFDA 4GL0A 3WAFA 2PYYA 5I56B 2QJEA 1P1UA 1FQBA 3JZJA 4WXJA 3UK4A 4I9DA 1I69A 3JV9A 5HM4B 5DEXA 1B5IA 4UACA 1MPCA 4XKRA 2Q2CA 3OXNA 2BJJX 3OO8A 4BDNA 1JW5A 1O7TA 2RCAA 1SW2A 3F11A 4PETA 1B7HA 5F7VA 4XTCQ 3T22A 3BKIB 3PUYE 3TYHA 1EZPA 2QMXA 1M5FA 2F6GA 4YKIA 1R9LA 3W9VA 1RYOA 3SESA 5K2YA 1LFGA 3O2AA 1R1NA 4G4PA 2DXRA 4KYDA 3R26A 3S9EA 2F34A 3CG3A 1LCFA 1OMPA 2B65A 1SBPA 4LATA 4JWYA 3IOVA 1A8EA 2Z22A 3K1NA 4KFQA 4N07A 2R71A 2VOZA 4KI0E 1MXZA 2AL5A 4YU0A 3MZ9A 2R9JA 3KN7A 1FTLA 1A40A 1IEJA 3Q26A 4IO3A 4FECA 3O6HA 4IO6A 3G7WA 4QSEA 3MZBA 4DLDA 1IXIA 3IAZA 4OXVA 1FCKA 3MWBA 3QAXA 4RY1A 4C1UA 3PUWE 1FQEA 2DS9A 4GRKA 3FV2A 1JEVA 3H03A 5I84A 3ECRA 4OTEA 4QFPA 1Z7NE 4NWDA 3BBRA 2NOOA 3SERA 1B7ZA 1FQAA 2RC9A 5B70A 3C35A 1H3DA 3MAMA 1FTMA 2DSFA 2O6AA 1IIWA 2H4IA 3N6UA 1NNFA 2Z8EA 3UORA 4TLLB 5KCJB 4O3BA 5H8FB 4QFNA 4H67A 4FIMA 3MP1A 4YZZA 4YMBA 1NMUA 1GGGA 3EF7A 4IO5A 4FATA 2HQ0A 2Q2AA 3HN0A 2PMSA 2FNCA 2Q89A 2F5XA 2A5TA 4R74A 3ILTB 2XXTA 1Y3QA 4G8HA 3B6WA 1ZU0A 3OO6A 2Z23A 2I3WA 3G3HA 2O1LA 4I62A 4LP2B 3RN8A 5I2KB 3FIRA 1H76A 2D21A 2GHAA 4Z0IA 2DWJA 3FXUA 3VLWA 2ONRA 2QS3A 4HW8A 1MM6A 5TP9A 3O9PA 1YAEA 2ALUA 4LVQA 3HO7A 3RYAA 4NF4B 4F3BA 4Q5TA 1NNTA 3FJ7A 4LZ7A 3TAJA 2Z8FA 3RLFE 5I57B 5B7DA 3RT8A 5TPAA 5IAIA 4NF8A 3VXCA 4BDOA 4ND9A 3DP4A 1FQFA 5I56A 4PE5B 2DWHA 1RKMA 2Z8DA 2VHAA 1MG1A 1B3EA 1H44A 3R7XA 4EQ9A 3T66A 3EHTA 1TXFA 1PB7A 4Z7EA 5DYHA 3Q29A 2RKMA 2VGQA 1SYIA 3K01A 3QSLA 4IB2A 3D4CA 1M5BA 2OWSA 3DLNA 3TZAA 1SDXA 2WOLA 3CHGA 3H06B 1RYXA 3LSLA 5TU0A 5L9SA 2QS4A 3VVEA 1II5A 1P1QA 3RNNA 2FA7A 2ZNTA 4QSDA 4F31B 1H43A 4ONYA 2ZMBA 3OEKA 3H3GA 3KFMA 4IO4A 3OEMA 3SEXA 2CMOA 1AL3A 1MXUA 1AOVA 4AB6A 2F36A 5AE4A 1SI1A 3IOUA 3IK6B 1FW0A 4KR5A 2ZYKA 4ISUA 2FYIA 3LVUA 3DP6A 2I0BA 5ISUA 3TTLA 3CSGA 3TEPA 4QHQA 4X1DA 4Q0CA 1NFTA 4XKPA 2B4MA 2DWAA 4YKPA 1FTOA 2P1SA 1ZBMA 3FVNA 1B4HA 3CIJA 3PPRA 5CI5A 4ELPA 2WOKA 4OVJA 3KSXA 1ZKBA 3MP8A 4U1OA 5H8NB 1B4ZA 2E1SA 4F18A 4H1XA 2ZNSA 3PD8A 1B1HA 3CSBA 1CB6A 3TCFA 4KCDA 1BKAA 3QUJA 1B40A 3T9UA 3I3VA 4X9TA 4LA9A 1B3GA 3DELB 3A3UA 4RJZA 3G3FA 3KBRA 1DTGA 4QF9A 1POTA 2AL4A 3G3KA 4H5GA 5CC2A 2DE2A 1MDP1 5I58B 1A55A 1MQGA 3S9MC 1MQHA 1Y1MA 1QVSA 3LSFB 5H8FA 3W15C 4FJPA 2O69A 2RINA 4F22A 2HCAA 4OZ9A 1R9QA 1MXWA 4DZ1A 4OETA 4RNSA 1SI0A 1BLFA 3TFLA 1B1XA 3T9HB 4E0XA 2QMWA 2V93A 4EQBA 4N6PA 4ZEDA 1HSEA 3O6PA 5I2KA 4R72A 3MPKA 3DRHA 3ZS6A 1Y3PA 1LBCA 3E4RA 3CFLA 4QFKA 3HHFA 4OQOA 4OWDA 4IGTA 3RTFB 1EZOA 2I6EA 3MW0A 1DSNA 1MQJA 1VFDA 1UQWA 1LGBC 4NF6B 1POY1 2O1MA 3TCGA 2DYXA 4OERA 5I57A 5ICTA 1CE2A 4YKKA 1MRPA 3HSTA 3IO4A 3O97A 3G3JA 4ELRA 1OIBA 3FXQA 1MY0A 3TTMA 3M3LA 5BUUA 5DVJA 4F1VA 4F2QA 1N04A 2Q88A 1MS7A 3IOTA 4NF5B 3K2DA 4GVOA 3HHGA 2QSXA 4QFLA 4YICA 4U23A 3OMBA 2H5YA 3FXRA 3TTRA 1ZIUA 1UTBB 2OCUA 2XX8A 1URGA 1B7UA 3K0VA 2Q9TA 3BFTA 4FEBA 1LB9A 3V83A 3KZGA 4GOTA 1B9JA 5AA4B 5K2XA 3SEVA 3QIMA 5AA1A 5I2NB 3FATA 2UVJA 2REGA 4BLAA 1M5DA 4IY5A 1UTHB 4OHNA 1N7XA 3MVZA 2H9BA 3P7IA 3O29A 2HFBA 3PU5A 1T0KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LUBA 1LB8A 3EPEA 1Y4CA 2OX3A 4PBQA 3T93B 5BWJA 4IO2A 3O66A 4OFJA 2F97A 4GD5A 2CZLA 3GLBA 5H8NA 3TELA 3IJOB 4UA8A 2RF1A 3S2VA 2RCBA 2O7UA 1O64A 2ZYOA 3CG1A 4AB5A 1FPLA 2G93A 3GZGA 3H6VA 1R6ZA 4OENA 1IITA 3GBBA 1TFAA 3K6WA 2Y7IA 1SW4A 3C33A 1D9YA 3DRFA 1D3KA 4LN5A 5AA3A 2XWVA 5A5XB 5I58A 1FTKA 3K1PA 1JNFA 2I4BA 3PMWA 1JEUA 2IEEA 4KD5A 3VXBA 3KN8A 3VV5A 1MXYA 2IA4A 4XKNA 3OENA 3QXMA 2ANJA 1FBFA 4G2ZA 4RYAA 5JTYB 5EHMA 1EH3A 1B5JA 3PMVA 2DVZA 1NKXA 1NH8A 1P99A 2F3DA 4MFIA 4I1DA 1O63A 1XOCA 3A3CA 4GF8A 4YKJA 4H8JA 2D3IA 3QUFA 4POXA 3IB2A 2Y7PA 4U2RA 5IM2A 1P1NA 2CZKA 2VD3A 5I59B 3FZVA 4R6HA 1NH7A 4DXCA 4HCYA 4YMAA 4RPOA 1ZMGA 1A99A 4GQOA 3EHSA 4MLQA 3TMGA 1FPDA 1PC3A 2XXUA 3GBAA 3LSXA 3EKIA 1LFHA 2O7IA 4R2BA 4E0WA 1MY4A 1QUJA 3JYRA 3FVGA 4RPNA 1GV8A 4NF6A 4KXPA 1P1OA 2V84A 3MJNA 4R2FA 4P56A 4G77A 2Y7WA 2Y5KA 1NV1A 4GFRA 3O28A 1I6QA 3K02A 4R9FA 3K4UA 3SEUA 3UA8A 3H4ZA 1BIYA 3KEIA 3DRKA 4F3PA 3QK6A 1M5CA 1LAHE 4XF5A 4ZE8A 5LOMA 2UVHA 3RPLA 5I3SA 1NI9A 1Z7ME 1QW0A 3CRBA 1EZ9A 3MQ9A 5CMCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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