4ZEKA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with l-arabinose-2-isopropylphosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule keywords ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE BINDING PROTEIN (AGROCINOPINES A
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zekA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zekA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zekA02
3MZ9A 3O6IA 5I2KA 1UQWA 3IB1A 4IY6A 4OESA 1MXZA 3SEWA 1LAXA 3K4UA 1A55A 1KWHA 2GHBA 4YAHX 4LVQA 2LAOA 4N6PA 3IO4A 4DDDA 3MUQA 2O51A 3RYAA 4PE5B 1JETA 3F11A 4NF6A 1DPPA 3O6PA 3MBPA 3T22A 2Y7WA 4PFWA 3VVDA 5FHNA 1XVXA 1H76A 1Y9UA 5ICTA 3S9LC 4NE4A 4R6YA 4YZZA 2PT1A 3MZ1A 3FXUA 2O1LA 2CZLA 4DXBA 2A5SA 1PB7A 4ELRA 5L9SA 3GBAA 4C1TA 3MVWA 4R2FA 1AH5A 4RPOA 4BDLA 1N3XA 1MXVA 2QS4A 4ONYA 1NH7A 4ZE8A 3M3KA 3O28A 3ILUB 3MAMA 4EF2A 1LBCA 4PETA 2GFEA 3RUMA 1FCKA 4JSOA 3PMWA 1N84A 1SDXA 2DQVA 3L6HA 3PPPA 1M5DA 3MPKA 5H8HB 2DWHA 2HZKA 4G77A 1OIBA 1AL3A 1MQJA 1B7HA 3SKPA 4EQ9A 4LONB 3SEUA 1FQCA 4NF4A 1MDQA 4O3BA 3T96B 2HFBA 3LBSA 2A5TB 5H8SA 1FTOA 1XOCA 3VLWA 2AIXA 1MH3A 1MXXA 3KOSA 4U1ZA 5A5XB 3I3VA 1B5HA 3CFXA 2ALUA 4YKJA 5I57A 3TEPA 3E3KA 1N3WA 1QUJA 2ONRA 4FEBA 1HSLA 2ZNTA 1QULA 3QAXA 4YB5A 4C0RA 3RGYA 1UIUA 3C33A 2DS9A 4GXAA 3VVFA 4H0WA 4XXUA 3KN8A 1URSA 3FASA 1A54A 4ISUA 4NEDA 4IO5A 1POY1 5H8QA 3UGWA 4FECA 1TFDA 2DXYA 1URDA 4I9DA 1GV8A 5ICQA 2R9JA 2F35A 1A7LA 3H03A 1AOVA 2XXXA 2QL3A 1I6AA 3B6QA 2WOKA 3IK6B 3VXBA 3KJTA 2RCBA 3A3UA 3LSLA 1Y20A 3VV5A 3IOVA 1B46A 4R9GA 1D4NA 5DT6A 2DYXA 1N7XA 4GLIA 3TMGA 1B7ZA 4LZ8A 3DRHA 1O7TA 3IJOB 3DP8A 2QPQA 4RY1A 3K01A 1PBPA 2ZXTA 2Y7RA 5CMMA 1UTBB 1HSEA 2I49A 1ZU0A 1BKAA 2QJEA 5AA1A 3VLUA 1XC1A 4PQJA 2Q2CA 3TDJA 2AL4A 3SDFA 4YB7A 2VGQA 5JK4A 1GTKA 4X1DA 1B1XA 3AXFA 4PFUA 3TELA 3U1OA 4ZE9A 4NF5B 2NVUB 3LUYA 4H8JA 4QFOA 4F39A 5CBRA 5I58B 2Q89A 3KBRA 4ZEBA 3V89B 3MPLA 2X7QA 4DXCA 5ISUA 4JWOA 3IORA 3K6UA 3EHUA 2O7IA 5TP9B 4U23A 4QSEA 2QS3A 4OZ9A 3PUYE 3N6TA 5IAIA 1MY0A 4TLLB 1MQDA 5JEIA 5KDTB 2PYYA 1ZJLA 5FTHA 2RC7A 4ND9A 1BLFA 2DWJA 1QVSA 5JTYB 5FHMA 2H9BA 2Y7PA 3O9PA 4F1YA 1EZOA 4U21A 5J1DA 1LLSA 1ANFA 2PVUA 4KCDA 3K6WA 4ELQA 1I6BA 5CBSA 2OZZA 4WKMA 2BJJX 4MBPA 2PT2A 3OO6A 1MM6A 3Q26A 4GL8A 1JW4A 2F78A 1JVXA 1ZLQA 5DEXB 4F3PA 5AA2B 1NNKA 4BLAA 1B0LA 5A5XA 4R2BA 2F97A 3DRFA 3UIFA 2XXYA 2UVGA 2D5WA 1JW5A 3TUSA 4GOTA 2OWTA 3TQWA 4GXSB 1WVJA 5FTIA 3RLFE 5LOMA 4XKQA 3K1PA 5TPAB 1LAHE 1DSNA 3DRIA 2THIA 3C9HA 4IO6A 2DOJA 3HCQA 3T9UA 5M2VA 1SW4A 1B4HA 1FTMA 1B4ZA 1A99A 1XS5A 1FQEA 1USYH 3V5AA 1LSTA 3OD7A 4Q30B 5DTBA 1LB8A 2HAVA 4AB6A 3HPIA 4H65A 3VXCA 1NFTA 5AA2D 2V25A 1ZBMA 1B51A 4OQOA 4U1OA 1RKMA 2F7CA 1S7YA 3TTNA 5HM4B 4THIA 3O6GA 3HN0A 4TOZA 3KEIA 3KN7A 5K2YA 4OXVA 1B32A 2HZLA 1NNFA 3TZAA 4R9FA 4IO2A 4EXLA 1M5FA 1MM7A 4R6HA 1JQFA 4JBZA 1UTBA 3HHFA 4EXKA 3VE1B 1MS7A 1Y3NA 2Y84A 4GRKA 3CSBA 3K2DA 5CMKA 3I6VA 4NF8B 1MQGA 4NWCA 4NF5A 5F7VA 1FQDA 1FQBA 2M8CA 3C35A 4DE8A 4P11A 2Q88A 3RTWB 5I58A 3Q25A 3MQ9A 1UTHB 1MXYA 1J1NA 2Q9TA 5TP9A 3ODBA 1Q1KA 1JEVA 2B4LA 4GFRA 3BKIB 1R6ZA 3CG3A 4G4PA 4MLQA 1I69A 3SERA 1EZPA 4QRZA 3LSFB 3E13X 4BDNA 3DP4A 1QUIA 2DE2A 5F1QA 4OTEA 3ZKLA 3FJ7A 3PPOA 2B3BA 3B6WA 1FQAA 1GGGA 4POWA 3EN3A 2H98A 4N07A 3MVYA 1LCFA 2Y7KA 2PMSA 3KSXA 3GLBA 3C31A 1US5A 3O97A 3N26A 2XXUA 2B65A 4E0XA 1JEUA 3MVZA 3TTMA 3CSGA 4PFYA 3UN6A 1IEJA 1NL5A 2IEEA 3LVUA 2O68A 5CMCA 3MWBA 4YU0A 2V3TA 2NXOA 5DEXA 1II5A 2DWIA 4H6DA 4MFIA 1SW5A 4MH5A 2O7UA 2QMXA 3MJNA 3DRJA 2XD3A 2XX9A 4AB5A 2QSXA 1P1WA 2V3QA 4OFOA 4NTLA 2ZYOA 5TPAA 1EH3A 5CI5A 2E0SA 1MQIA 4GIZA 2Z8EA 4H8IA 3H6UA 3UP9A 3RPWA 4GL0A 3USDA 3JV9A 3N5LA 5FHOA 4EF1A 1P99A 2VP1A 4KFQA 4R74A 3PAMA 1P1NA 4O3CA 1B3FA 2H25A 2F7BA 4X48A 5BUUA 3OSRA 3OO7A 3FVKA 3RTFB 2ESNA 4YB6A 4ZEIA 3VVEA 2HEUA 3GZGA 1ATGA 3T9HB 1N0TA 1P1QA 2WOLA 2YLNA 1M5BA 2GRVA 1IZ1A 2UYFA 3TCHA 3C4MA 4O3AA 2DVZA 2I0CA 4HTGA 2R71A 2W7YA 3H3GA 3PUVE 3DRKA 3EF7A 4IO7A 5KCJB 3LC8A 1JNFA 5I56B 4JSDA 1B3GA 3PMXA 3R6UA 1MQHA 1P1OA 3RY3A 4TQUQ 1VFEA 5DVFA 4QSCA 4FATA 4OERA 2XXHA 1M5CA 1UTHA 1N7WA 3RT8A 1L5TA 1PDAA 3K0VA 1F9BA 1ZIUA 5EYFA 4POXA 1MY4A 2Z23A 4KYDA 3G3HA 3IO6A 1Q35A 4QFKA 1LCTA 1AMFA 3EHTA 1Y4CA 4F31B 3TTRA 3TAJA 2REGA 5AA4B 3CIJA 1QW0A 2AYSA 2ZYMA 4DZ1A 2DP8A 4ZZEA 4EQ7A 1SQYA 2I3VA 5EHSA 4LZ7A 3O2AA 2QS1A 4P0GA 1N76A 4HS7A 3PD9A 4Q0CA 4KHZE 2OK2A 3PUWE 5ELVA 3IAZA 3TKDA 4OENA 1S50A 5L9MA 2DWAA 4KYEA 4RJZA 3CR9A 4IB2A 3ZS6A 1B3EA 2XXQA 4MLVA 4LQ5A 1YCJA 3FXRA 3IOUA 1B5IA 4NWDA 4OEVA 3S4UA 1XHYA 4EDPA 3O66A 3BFTA 1B9JA 3IOTA 2V93A 1NNPA 3H6WA 5AA3A 3OEKA 4FORA 1BTJA 4GD5A 3K6XA 1B52A 4F1VA 1D9YA 4F3GA 4R72A 2ONSA 1OLAA 4H5FA 3L6GA 1SYIA 3S9EA 3OSQA 4DCXA 2I4BA 3CRBA 4ELOA 1R9QA 3FJMA 5H8HA 5L8DA 3T9XB 2GH9A 3TODA 3E9XA 3QUJA 3EQ1A 2I6EA 4GVOA 4KD5A 3FXQA 2OBGA 2D21A 3FV2A 2E1SA 3H7MA 5H8FB 1MH4A 3TTKA 1LAFE 3BBRA 3VLVA 2XXWA 3MP1A 1YTVA 3LSXA 2A5TA 3LSWA 4YMBA 3K02A 1FTJA 3CHGA 2D3IA 1B58A 3D4CA 3S2VA 4F22A 5H8NB 2F36A 1QKBA 3ONMA 4XIGQ 3FD3A 2F6PA 3G7WA 4G8NA 1WDNA 1TT1A 4JB7A 2XD2A 3RT6B 4ZZAA 3H06B 1JW1A 4R75A 1I6QA 4KCCA 3KFMA 1S9TA 3FV1A 3FIRA 1HSJA 5KCJA 3C36A 4M1VA 1LFGA 1Y3QA 2ZNSA 1B0HA 2O69A 3W9VA 4R6KA 1WODA 4I8CA 2I58A 1IXCA 3V8XB 4JWYA 4F3BA 2X7PA 3RN8A 5I84A 4KI0E 3QXMA 2F8DA 1B5JA 3RQTA 3FTOA 1OVTA 3SESA 4WEDA 2ZYNA 4OVJA 1Y4TA 3BFUA 3QK6A 5HPQA 1DPEA 5DVIA 3T9VA 4PFTA 4NF4B 1B05A 5CM6A 1MPBA 2XHDA 1D9VA 4G8MA 1MG1A 2RKMA 1SYHA 3T93B 1R9LA 3K1MA 3ECRA 3QIMA 4H1XA 3D4GA 1NH8A 2DVCA 1DOTA 3ZKKA 5DYHA 4F18A 4OYVA 5I57B 3MP8A 4G2ZA 1VE4A 1AIVA 2XXPA 3OEMA 2V3UA 3UK4A 1P1UA 1O63A 2YPNA 4X9TA 3G3JA 1B6HA 4OFJA 3OOAA 3VDFA 1RYOA 1Z7ME 2I48A 2Q8JA 4ZDMA 4QFNA 1VFDA 1PBQA 4ZECA 1MPDA 4H67A 1SW1A 3N6UA 4ELPA 3M3LA 3U93A 4EQBA 4YKIA 3WAEA 4F2OA 3FATA 1OLCA 4ZS9A 3TYHA 2ZNUA 3FGSA 2DXRA 3CFLA 5KDTA 3FJGA 1MPCA 1SI0A 3VFJA 4RA1A 4QF9A 4FJPA 3THIA 5JTYA 5CC2A 3FUZA 4FIMA 2FYIA 3TFLA 4RNSA 3CI8A 2X26A 1LFIA 3U94A 3IJXB 1IQ7A 1A40A 2NUVA 4OWDA 3RNNA 3H4ZA 3OO9A 4YKPA 4BDOA 2H5YA 2XXVA 5I59B 2QS2A 1JVYA 4DXUA 4QSDA 4LP2B 2B4MA 3HO7A 1Z7NE 4F19A 5H8FA 1LGBC 1B3HA 2I3WA 4PP0A 1ZTYA 3TPAA 5AA2A 4UACA 4KYSA 3KGCA 1A8FA 5H8NA 5L9OA 4QFPA 4QFLA 2WKYA 1EZ9A 2Y7IA 4HCWA 3C32A 4JDFA 2VD3A 4TLMB 3U8QA 2VD2A 3OENA 1RYXA 2PBWA 4K3FA 1MY3A 2FA7A 3GXAA 1EU8A 3QSLA 4JWXA 1ZKBA 2HAUA 2IA4A 2P2AA 4BDRA 5DVJA 3WAFA 1TFAA 1YPNA 3HSTA 4I1DA 2DE3A 1FTLA 3FVGA 1CE2A 1H3DA 1PB8A 2F7AA 2F5XA 3DELB 3T66A 1MDP1 2RCAA 1H43A 4F2QA 1XT8A 3OO8A 2XXTA 4LUBA 3KJ7A 3C34A 3FZVA 3RYBA 3B7DA 1H45A 4L17A 2ANJA 1ZMGA 4I62A 4F1UA 1T0KA 4U4XA 4LATA 4Z0IA 1ELJA 1MY2A 1GVCA 2XXIA 3IOWA 4OETA 4LZ5A 1MXWA 1XVYA 4RK9A 1NKXA 3S9NC 2KLFA 1URGA 2OWSA 1LAGE 4BDMA 1QUKA 2NOOA 4NF8A 1B1HA 3U92A 1CB6A 4HW8A 4YMAA 1B2HA 1SW2A 3G3IA 1Y3PA 1FTKA 1USYE 4IGTA 1IUDA 2HQ0A 2O1MA 4UA8A 5CRYA 3ILTB 3IR1A 3PU5A 2UXAA 2VHAA 3Q27A 4XKRA 1OQHA 4XKPA 4YKKA 5I2NB 1Y1MA 3U72A 2O6AA 2RF1A 4IGRA 1LFHA 3DP6A 2QMWA 3ZSFA 2XX7A 2H4IA 1LB9A 3TCGA 4JXIA 3PPNA 2NWJA 3R7XA 1YAEA 1H44A 1Y1ZA 4MF3A 1IITA 1BIYA 4ZEFA 3PPQA 3IX1A 4G68B 4WEPA 3O29A 4LQ2A 1OMPA 2Z8DA 4AQ4A 2I0BA 5I59A 3QYTA 4M4GA 5CMBA 3PPRA 4OMBA 1VSOA 3JYRA 2UVJA 1US4A 1IXIA 3KG2A 5B7DA 2REJA 4FE8A 3PMVA 3R26A 2DSFA 3K6VA 3O6HA 1PB9A 2ONKE 1B40A 2RINA 4EUOA 4IY5A 2F34A 2Q2AA 4P0IA 4X1BA 5TU0A 1MRPA 2R6GE 2P0SA 4DCYA 1SI1A 3FVOA 3UORA 4ESWA 4BDQA 4GWOA 2ABHA 1UIVA 4RYAA 3DRGA 3CFZA 5ITOA 3B6TA 2I4CA 2YJPA 1POTA 3Q28A 2OCUA 5BWJA 3KN3A 5AE4A 1BP5A 3EHSA 4F29A 3V83A 2AL5A 1LBBA 5I2KB 4OEUA 1IXHA 3MP6A 2HXWA 4KPTA 3HHGA 1IXGA 4G8HA 3G3KA 3A3CA 2G29A 4KQPA 2VOZA 3PGFA 2UVIA 2Z22A 4F3SA 1B3LA 1TXFA 2O84X 3DM0A 3H6VA 4U4SA 1OVBA 1B7UA 2CMOA 2ZYKA 4NF6B 1TWYA 3OELA 1PC3A 4GQOA 4U2RA 1N04A 2V84A 1GR2A 3JZJA 2XXRA 3MZBA 3FVNA 4Q5TA 2G93A 2UYEA 3UA8A 3H6TA 4U22A 4ECFA 3KOTA 1SVXB 1QKAA 2PX1A 4NMYA 2RC8A 2GHAA 4YICA 3SEVA 1D3KA 4FAJA 2H99A 4E0WA 5I56A 3LR1A 4RPNA 3PUXE 3IB2A 3OXNA 3SEXA 4G68C 3OMBA 5IKBA 3TCFA 3PD8A 1O64A 3MC2A 3TQLA 4DIGA 5K2XA 2Z8FA 1MXUA 1SBPA 4QHQA 1IIWA 3S9MC 5HBCA 3MW0A 3K1NA 3IL1B 2UVHA 3TTLA 4C1UA 1VR5A 4FEDA 5EHMA 5I2NA 4KR5A 4XKNA 4ZEKA 4LA9A 2WOPA 3M8UA 1DTGA 2QRYA 2OJTA 4IO4A 5AA4A 1QJMA 1DMBA 2FNCA 3W9WA 1MY1A 3MVXA 1R1NA 4H5GA 4DLDA 4ESXA 3K00A 3CVGA 3E4RA 4ZEDA 4RK2A 4Q8RA 5KZTA 3N94A 4HCYA 4XTCQ 4G68A 2RC9A 1FW0A 1OQGA 3QUFA 1SD3A 2F6GA 1FQFA 3A09A 3SEYA 3SETA 3CG1A 3G3FA 1NNTA 3PUZE 3PV0E 2HCAA 4R73A 3Q29A 4OFLA 4Z7EA 4GF8A 1A8EA 3G3GA 2P1SA 4WXJA 5H8QB 3EPEA 2XX8A 1DTZA 1PEBA 4IO3A 2OLBA 3P7IA 5ITPA 3GBBA 3KZGA 1M5EA 3I5OA 3M3FA 3IB0A 3W15C 1NMUA 4OHNA 3KSJA 4RXLA 3HV1A 4N13A 2ZMBA 3DLNA 5B70A 2B3FA 2DE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KQZA 5I5PA 3MZ9A 3O6IA 5I2KA 1UQWA 3IB1A 4IY6A 4OESA 1MXZA 3SEWA 1LAXA 3K4UA 1A55A 1KWHA 2GHBA 4YAHX 4LVQA 2LAOA 4N6PA 3IO4A 4DDDA 3MUQA 2O51A 3RYAA 4PE5B 1JETA 3F11A 4NF6A 1DPPA 1FPBA 3O6PA 1NV5A 3MBPA 3T22A 2Y7WA 4PFWA 3VVDA 5FHNA 1XVXA 1H76A 1Y9UA 5ICTA 1K9YA 5IZ1A 3S9LC 4NE4A 1NV0A 4R6YA 4YZZA 1IMAA 2PT1A 3MZ1A 3FXUA 4MNPA 4PDDA 2O1LA 2CZLA 4DXBA 2A5SA 1PB7A 4ELRA 5L9SA 3GBAA 4C1TA 5IZ3A 3MVWA 4R2FA 1AH5A 4RPOA 4BDLA 1N3XA 1MXVA 2QS4A 4ONYA 1NH7A 4ZE8A 4JVIA 3M3KA 2KR0A 3O28A 3ILUB 1FSAA 3MAMA 4EF2A 1LBCA 4PETA 2GFEA 3RUMA 1FCKA 2HHMA 4JSOA 3PMWA 4G61A 1N84A 1SDXA 2DQVA 3L6HA 3PPPA 4GWXA 1M5DA 3MPKA 5H8HB 2DWHA 2HZKA 4G77A 1OIBA 1AL3A 1MQJA 1B7HA 3SKPA 4EQ9A 4LONB 3SEUA 1FPIA 1FQCA 4NF4A 4GWWA 2BJIA 1MDQA 4O3BA 3T96B 2HFBA 3LBSA 5IGAA 2A5TB 5H8SA 1FTOA 1XOCA 4PDHA 3VLWA 2AIXA 1MH3A 4QXDA 1MXXA 3KOSA 4U1ZA 5A5XB 3I3VA 1B5HA 3CFXA 2ALUA 4YKJA 5I57A 3TEPA 3E3KA 1N3WA 3LUZA 1QUJA 2ONRA 4FEBA 1HSLA 2ZNTA 1QULA 3QAXA 4DI3D 4YB5A 4C0RA 3RGYA 1UIUA 3C33A 2DS9A 4XF5A 4GXAA 3VVFA 4H0WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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