5L8DA

X-ray structure of nika from escherichia coli in complex with ru(bis(pyrzol-1-yl)acetate scorpionate)(co)2cl
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Efficient conversion of alkenes to chlorohydrins by a Ru-based artificial enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 163
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5l8dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l8dA01
1B5JA 4YKJA 4NWCA 2NUVA 2RCAA 2F5XA 4O3AA 4EQBA 5B70A 3OEKA 3FXQA 2O6AA 3IOUA 4IY5A 1MQGA 1DPEA 3KOTA 3KSXA 4G77A 3OD7A 1B58A 2UVJA 3O6GA 5H8HB 4GVOA 1N84A 4RK2A 3K6XA 3V5AA 3TCGA 1P1NA 5FHMA 2XXPA 3WAFA 3RNNA 3TAJA 5AA4B 3MZBA 1JVYA 3JV9A 4LA9A 1MPBA 3VVEA 1SYHA 1QKBA 4NF4A 1B40A 2WOPA 2DS9A 1LB8A 4KFQA 3SETA 4U2RA 3ECRA 4ZS9A 1O7TA 1QVSA 3ZS6A 2NWJA 5H8QB 3TUSA 1NH7A 2ONSA 3S9MC 5A5XB 4C0RA 3Q25A 1D3KA 1JW5A 3H6WA 3DLNA 2XXTA 3F11A 4PP0A 5HM4B 4XTCQ 3DRGA 1P99A 3K02A 2ANJA 1Q1KA 3KN8A 2QMWA 1LGBC 3ILTB 3CHGA 1UTBB 1MQHA 5IAIA 4LQ2A 1R6ZA 1ZMGA 1A54A 1URDA 1UTHA 3A3UA 4LP2B 4OFOA 3QSLA 1QULA 1ZLQA 4WEPA 5FTHA 5CM6A 3CR9A 2XX9A 3K6VA 2P2AA 3KOSA 3PPNA 1EZ9A 2YLNA 5F1QA 2O7IA 4FJPA 5DVFA 4YU0A 1MPCA 4RA1A 1ZKBA 4AQ4A 1AOVA 3KBRA 3MAMA 2Y7IA 3HPIA 4BDQA 4IO3A 1JQFA 4DLDA 1Y3QA 3KN7A 1GVCA 2AYSA 1LFHA 4RYAA 5CC2A 4ZEKA 5ITOA 3RTFB 4JB7A 1QUIA 4G68C 3AXFA 5JTYB 3O2AA 1N76A 2H25A 2HAVA 4FATA 1PBPA 1LBBA 3TFLA 1IEJA 4TQUQ 4E0WA 4XXUA 2O51A 3U72A 3TTNA 3TPAA 5ICQA 3FZVA 1DTGA 4RY1A 2VOZA 4GRKA 3HO7A 4DCYA 2DWHA 1MY4A 1Y4TA 4NF5B 4BDRA 4F2QA 4HW8A 2VD3A 4OFJA 2O1MA 1Y4CA 4ZECA 1GTKA 3EHSA 4F19A 3TELA 4GFRA 2Z8FA 3E3KA 2F7CA 1B5HA 2DE4A 1PEBA 1XOCA 1JW4A 3TTRA 5CBSA 1M5EA 4G8NA 1MQDA 3QUJA 4ELQA 3ONMA 5DYHA 3EPEA 2XD3A 1B6HA 3TZAA 1B5IA 3OXNA 1Y3PA 2Y7PA 1N3WA 3U92A 2Y7RA 1MY1A 3S9LC 3V89B 1NH8A 4YKPA 5TU0A 4OZ9A 3VE1B 3IORA 4R6YA 4DXCA 4F1YA 3IL1B 1TWYA 3TCHA 4LZ7A 3HHFA 1UQWA 3SEUA 1MXYA 2DSFA 1ATGA 3UP9A 4F3GA 1PDAA 2RC8A 2FNCA 2QSXA 2AL5A 3S9NC 3DRKA 1MXWA 3MVXA 1L5TA 2PX1A 2B4LA 4RPOA 3M8UA 2V3UA 4JWOA 5AA2B 5B7DA 1SQYA 1GGGA 1XVYA 2F36A 4KD5A 4R9GA 1I6AA 2PBWA 2R71A 4FIMA 3K2DA 3EHUA 2RC7A 3IB0A 1IXGA 3ILUB 2Q2CA 5H8FB 2H99A 4RNSA 3TQWA 2PT2A 5I58A 2DOJA 3B6TA 5TP9A 1B3LA 4P0GA 3DRJA 3VVDA 4F1VA 1SW2A 2Y84A 3T96B 2O69A 4H8IA 3H06B 4HCYA 1OQHA 2V3TA 4OEVA 1PBQA 1BLFA 3RGYA 3S9EA 5FHNA 4HTGA 1VSOA 1N0TA 5KDTB 2RF1A 2UXAA 5I59A 1M5FA 2VP1A 3PU5A 2A5TB 2KLFA 4THIA 3RT8A 3TEPA 4TLLB 4HS7A 4LZ5A 1UIVA 3LC8A 2VGQA 5I2KA 5L9SA 1DMBA 3QUFA 1ELJA 4TLMB 3KFMA 2H9BA 2DE2A 1DOTA 1EU8A 1MG1A 4H6DA 3H6TA 2Z23A 4QSDA 1URGA 1HSEA 2F6GA 4I62A 3DRHA 4FE8A 2ZNSA 1MPDA 1FW0A 1ZIUA 2H5YA 4LONB 2I4CA 2REJA 2CZLA 1B1XA 1LAHE 4ZE8A 4R6KA 3VV5A 1B05A 1NFTA 4R6HA 4JXIA 4ND9A 3OO7A 5AA1A 4G8MA 1MQIA 3KZGA 2P1SA 3IX1A 3PUXE 2QL3A 2E0SA 2QPQA 3LSFB 1IXHA 3KEIA 2PT1A 1DSNA 1LSTA 4MFIA 3K00A 3T9UA 3FVGA 3W9VA 4GLIA 5ITPA 1MH3A 1TXFA 4R73A 3G3HA 4NEDA 1D9VA 3RQTA 4EF2A 3TYHA 3O66A 5LOMA 3CI8A 3E9XA 2QS3A 3JZJA 4GXSB 4BLAA 1LAXA 1MQJA 1GV8A 1A8EA 2V84A 5I56B 2RKMA 1WODA 4N6PA 1I6QA 2AIXA 3HSTA 4F1UA 2ABHA 4R2FA 3IOWA 1R9QA 3MC2A 2I3VA 4TOZA 2LAOA 2DXYA 4GL8A 1LCTA 3SEVA 2R6GE 3I3VA 3VVFA 4HCWA 2UYFA 1NKXA 1P1OA 3TTKA 3C35A 4OYVA 1Y20A 1RYOA 4LZ8A 4EQ9A 3T66A 3S4UA 3K1NA 2XXXA 4QF9A 4YB7A 4WXJA 2I0BA 3K1MA 4DDDA 4LVQA 2RC9A 1BKAA 4KHZE 3OSRA 4H8JA 2Q8JA 3MZ9A 4ZEDA 2QS2A 4G68A 3PUZE 3HV1A 1RYXA 2OBGA 3IJXB 4PFYA 3FV1A 2GFEA 4U23A 3TKDA 4RXLA 1FCKA 4Q30B 4F18A 2O68A 4LUBA 3PMWA 5EHSA 4IO2A 3MVWA 2ONRA 5H8NB 2IEEA 1QUJA 2HQ0A 1LAGE 2V3QA 3Q27A 1SW5A 2DVZA 1MXUA 3H7MA 2OWTA 3H03A 1MY2A 3PPPA 5AA3A 4DCXA 2IA4A 2O84X 1URSA 3BKIB 3BFUA 1JNFA 5FTIA 1N7WA 3D4GA 3FVKA 4H67A 3T22A 3CFXA 4IO7A 3TODA 3SEWA 3Q28A 3T93B 3FJ7A 1MS7A 2GRVA 1RKMA 3TQLA 4O3BA 4R72A 3G7WA 4IO6A 2H98A 5DEXA 4N07A 4QFPA 1MXZA 4MLQA 4NF8B 4R2BA 4IB2A 5I57A 1QW0A 4RK9A 4OENA 4C1TA 1POTA 3CG1A 3V83A 4R9FA 1MH4A 2PYYA 4C1UA 2W7YA 4FEBA 3M3KA 2ZYOA 3O29A 1MDP1 4F31B 1LFGA 1H43A 3B7DA 1B9JA 3RTWB 3O97A 5TPAA 4NF6B 3MZ1A 1IZ1A 3N6UA 3SKPA 2B3BA 4IGTA 1LAFE 3DM0A 3R7XA 2GHBA 1US5A 5I2NA 2WOLA 3LUYA 4YMAA 2BJJX 5ISUA 3PPOA 3C31A 4Z7EA 1I6BA 5L8DA 1OMPA 4GOTA 1VFEA 4PFUA 1IIWA 1B3HA 1H76A 4YZZA 4I1DA 1LCFA 4H1XA 3E13X 2AL4A 4O3CA 5K2XA 3K6WA 2H4IA 3BFTA 4R75A 5ICTA 1Y3NA 2WKYA 4GL0A 1AIVA 2ZYKA 3B6WA 1B3EA 2G93A 4LATA 4X1DA 2DVCA 4JDFA 1DTZA 3IK6B 2ZXTA 3HCQA 3FTOA 3GBAA 5KZTA 3VXCA 3I5OA 2UVHA 2V25A 3K4UA 1Z7NE 5H8HA 2OCUA 3EHTA 1A7LA 5DVIA 3H6VA 2F34A 4KYDA 4ZZAA 3IB2A 4JSDA 3IOVA 2VHAA 5KCJB 1SW1A 1NNTA 4H5FA 3C34A 3CG3A 2NXOA 1QKAA 1I69A 1JEVA 5AE4A 4EDPA 4H65A 5JEIA 2O7UA 2Q9TA 5BUUA 3FVOA 4BDMA 3QYTA 4JWXA 3O6HA 5FHOA 4YAHX 3OEMA 3M3LA 3EQ1A 2XXHA 3QXMA 1LB9A 4QFKA 1O64A 2DQVA 2XX7A 3MPKA 1B46A 1FQDA 1XS5A 1FTKA 5EYFA 5H8QA 2DWIA 5A5XA 2D21A 1PB8A 2Q89A 3PUWE 1GR2A 4QFOA 1A99A 2Y7KA 3G3GA 3C32A 3C4MA 1MXVA 1UTBA 3C36A 3IR1A 4H5GA 2GHAA 3R6UA 3FJMA 2HZLA 1M5BA 4ELRA 3OOAA 3ZKLA 2DWJA 4GQOA 2OK2A 2B4MA 4F3SA 3RLFE 1MDQA 1MY0A 1HSLA 2PMSA 4GF8A 4OQOA 4YB5A 1R1NA 2QMXA 4U1ZA 2I58A 3VLWA 3EF7A 3SDFA 4NF4B 1US4A 1A40A 4P0IA 3QK6A 4PQJA 1PB9A 3GLBA 4YKKA 4ELPA 2X26A 2UVIA 2HXWA 3MP6A 5JTYA 3FD3A 1B51A 3VLVA 3VLUA 3KJ7A 2M8CA 1OVBA 1FQEA 5J1DA 4IO4A 3U8QA 3V8XB 3E4RA 3TDJA 3FXUA 2RINA 3HHGA 3IO6A 3TCFA 4FORA 3IB1A 3MP1A 4NF5A 5CMMA 4Q8RA 4ZEIA 1UTHB 2UYEA 1YTVA 1OLAA 1CB6A 4Q5TA 3FATA 3FVNA 3FASA 1B7HA 4OHNA 1ZU0A 1IITA 3G3IA 5IKBA 4EXKA 3C9HA 2ZNTA 4WEDA 1VR5A 3GBBA 4GD5A 4ISUA 3UK4A 1FTMA 1B2HA 3TMGA 5H8SA 1EZPA 2CMOA 1CE2A 4OXVA 1Y1ZA 1M5CA 3FUZA 3FIRA 1H45A 5CMKA 2XXRA 3H3GA 2G29A 1KWHA 4JSOA 1S7YA 1SDXA 2ZNUA 4R74A 3MUQA 4Z0IA 3DP4A 3OO8A 5AA2D 1OIBA 4KCDA 1SVXB 2E1SA 5K2YA 1SBPA 1UIUA 1F9BA 4GXAA 1VFDA 3PD9A 3MWBA 1MXXA 4QSCA 2ZYNA 3CFLA 4PFWA 3CRBA 1NNKA 5BWJA 2OJTA 4ZDMA 1P1WA 3N94A 5AA2A 3LVUA 3MW0A 1D9YA 1Y9UA 1AL3A 1O63A 2NOOA 3H6UA 3CSBA 5H8FA 1S9TA 4Q0CA 3M3FA 3RYAA 4DZ1A 1H44A 4PFTA 2GH9A 4QRZA 3FXRA 1BP5A 2OWSA 2XXWA 3A09A 3CIJA 2DP8A 3PAMA 4KCCA 2NVUB 2OZZA 2I48A 2DXRA 2ESNA 4DE8A 4YB6A 3SESA 1OQGA 1NNPA 2HAUA 4ELOA 5KDTA 3LSLA 4G2ZA 1B7ZA 2FYIA 3TTMA 2A5TA 5CMBA 3PD8A 1EH3A 4XKRA 3T9XB 4PETA 4F29A 3Q29A 1MY3A 3LSXA 2YPNA 4MF3A 3O9PA 3IJOB 3A3CA 4ZE9A 1B1HA 4BDLA 1YCJA 3RPWA 4DIGA 4I9DA 4YKIA 1P1QA 4OEUA 2V93A 1SYIA 1AH5A 3GXAA 3MPLA 1TFDA 3MJNA 4FAJA 4IO5A 2R9JA 2ZMBA 3BBRA 4QFLA 2OLBA 4KR5A 4OTEA 1XVXA 1N3XA 2A5SA 3K0VA 3MBPA 4MLVA 2X7QA 1A8FA 3O6IA 3LSWA 1XT8A 3G3JA 3G3KA 3PUVE 5I58B 3LBSA 3MVZA 1ZBMA 5TP9B 1PB7A 4K3FA 3VXBA 2VD2A 3T9HB 4KPTA 1HSJA 3G3FA 1YAEA 2I4BA 4FEDA 3PPRA 4ZZEA 4PE5B 2XHDA 3FGSA 4U4SA 5HPQA 3DRIA 1Y1MA 1AMFA 3KN3A 4IGRA 3UIFA 3LR1A 3RY3A 2XXYA 4P11A 3PPQA 4NE4A 4KI0E 3K6UA 2Z8EA 4DXUA 2I3WA 3CFZA 5I59B 1B0HA 3KJTA 1MM7A 4XIGQ 3N5LA 4POWA 3PUYE 1TFAA 3FV2A 4POXA 4F3BA 1SD3A 3ZSFA 5I2KB 3O28A 3P7IA 2XXQA 4U4XA 4GWOA 2REGA 4ECFA 1JEUA 3THIA 2F7AA 1B3GA 5I56A 2I6EA 4ZEBA 3U93A 3KSJA 4U21A 5HBCA 4XKNA 1USYH 4IY6A 1PC3A 1B0LA 3RT6B 3MQ9A 3N6TA 1YPNA 4YMBA 1QJMA 2XXVA 3S2VA 2HFBA 2ALUA 1EZOA 3MVYA 4FECA 1WDNA 4ZEFA 4ONYA 4U1OA 3RYBA 4QSEA 3TTLA 2QS4A 1B3FA 1JW1A 2RCBA 2FA7A 5CRYA 4GIZA 3VDFA 2F6PA 3I6VA 1ZTYA 2F97A 3B6QA 1WVJA 2B65A 3UGWA 5JK4A 5AA4A 3ZKKA 1XHYA 4E0XA 1LLSA 4G4PA 2PVUA 4QHQA 2D5WA 4U22A 2I0CA 2WOKA 1J1NA 2THIA 4KYEA 3C33A 4F22A 3N26A 5H8NA 4QFNA 1IXIA 5M2VA 2B3FA 4OVJA 4OWDA 3O6PA 3K01A 2Z8DA 3IO4A 3PMVA 5CI5A 3CVGA 3KGCA 5DTBA 3OO9A 2QJEA 4YICA 1T0KA 5CMCA 1D4NA 4XKQA 4EQ7A 4OFLA 2Z22A 1LBCA 3IAZA 4EUOA 2DYXA 4NWDA 4OERA 1XC1A 4I8CA 3GZGA 3FJGA 2HCAA 3U1OA 3RUMA 3OENA 3QIMA 4XKPA 4WKMA 1FTOA 3DELB 4JWYA 4NF8A 4RJZA 2Y7WA 3R26A 5CBRA 3DRFA 4G68B 4ESXA 4JBZA 4NMYA 1ZJLA 2I49A 2O1LA 3EN3A 1FQCA 1FTJA 5EHMA 2QRYA 5L9MA 3PV0E 1ANFA 2XX8A 3ODBA 5I84A 3SEYA 2XXIA 1JETA 3UORA 1S50A 4NF6A 1Q35A 4ESWA 3W15C 3UN6A 2DE3A 2ZYMA 1R9LA 3Q26A 4RPNA 4F2OA 4KYSA 3U94A 1BIYA 2DWAA 3W9WA 1A55A 1SW4A 2ONKE 3OMBA 1NL5A 1N04A 4EF1A 3OELA 4OESA 3DP6A 1N7XA 4AB5A 3H4ZA 3OO6A 1H3DA 3VFJA 1NNFA 1SI1A 1B32A 4M4GA 3HN0A 4EXLA 1OVTA 4OETA 1FQBA 1BTJA 4X1BA 1NMUA 1M5DA 2F35A 4DXBA 2D3IA 4M1VA 2X7PA 4UACA 3KG2A 1MRPA 3D4CA 4NTLA 1SI0A 1DPPA 4G8HA 4N13A 1IQ7A 2HEUA 4H0WA 5DEXB 2Q2AA 2F78A 1USYE 3SEXA 3IOTA 5DT6A 4X48A 4L17A 5I57B 2F7BA 3JYRA 3OSQA 3K1PA 1B4HA 4UA8A 1FQFA 1B52A 5ELVA 1B4ZA 1LFIA 3T9VA 1QUKA 2HZKA 4OMBA 3SERA 1B7UA 2P0SA 1P1UA 2QS1A 4BDNA 5F7VA 3USDA 5DVJA 5KCJA 1Z7ME 1IXCA 1JVXA 1FQAA 5TPAB 4MH5A 3WAEA 4LQ5A 4AB6A 1FTLA 2Q88A 2F8DA 4X9TA 1VE4A 5I2NB 1OLCA 2XD2A 1II5A 1TT1A 3PGFA 3RN8A 3CSGA 3UA8A 1IUDA 4F39A 2UVGA 3L6GA 3L6HA 1MM6A 4KQPA 1POY1 3QAXA 5L9OA 4MBPA 4F3PA 2YJPA 4BDOA 3PMXA 2XXUA 3MP8A 3DP8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B5JA 4YKJA 1AWBA 1FBFA 4NWCA 2NUVA 2RCAA 2F5XA 4O3AA 4EQBA 1FBHA 5B70A 4NN3A 3OEKA 3FXQA 2O6AA 3IOUA 4IY5A 1MQGA 1DPEA 3KOTA 3KSXA 4G77A 1NV4A 3OD7A 1B58A 2UVJA 3O6GA 5H8HB 4GVOA 1N84A 5J16A 4RK2A 3K6XA 3V5AA 3TCGA 1P1NA 5FHMA 2XXPA 3WAFA 3RNNA 3TAJA 5AA4B 3MZBA 1JVYA 3JV9A 4LA9A 1MPBA 3VVEA 4O94A 1SYHA 1QKBA 4NF4A 1B40A 2WOPA 2DS9A 2OWZA 4N6KA 1LB8A 4KFQA 3SETA 4U2RA 2VT5A 3ECRA 4ZS9A 1O7TA 1QVSA 3ZS6A 2XWVA 1EYKA 2NWJA 5H8QB 3TUSA 2PFYA 1NH7A 2ONSA 3S9MC 5A5XB 4C0RA 1QGXA 3Q25A 1D3KA 1JW5A 3H6WA 3DLNA 2XXTA 3F11A 4PF8A 4PP0A 5HM4B 4XTCQ 3DRGA 1P99A 3K02A 2ANJA 1Q1KA 3KN8A 2QMWA 1LGBC 4PBQA 3ILTB 3CHGA 1UTBB 1MQHA 5IAIA 4LQ2A 1R6ZA 1ZMGA 1A54A 1URDA 1UTHA 3A3UA 4LP2B 4OFOA 3QSLA 1QULA 1ZLQA 1KA1A 4WEPA 5FTHA 2VPNA 5CM6A 1DBZA 3CR9A 2XX9A 3K6VA 2P2AA 3KOSA 3PPNA 1NUYA 1EZ9A 2YLNA 1KA0A 5F1QA 2O7IA 4FJPA 5DVFA 4YU0A 3U65A 1MPCA 4RA1A 1ZKBA 4AQ4A 1AOVA 3KBRA 1FBDA 3MAMA 2Y7IA 3HPIA 4BDQA 4IO3A 1JQFA 4DLDA 1Y3QA 3KN7A 1GVCA 2AYSA 1LFHA 4OVPA 4RYAA 5CC2A 4ZEKA 5ITOA 3RTFB 4JB7A 1QUIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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