5L8DA

X-ray structure of nika from escherichia coli in complex with ru(bis(pyrzol-1-yl)acetate scorpionate)(co)2cl
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
APDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Efficient conversion of alkenes to chlorohydrins by a Ru-based artificial enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
total genus 163
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5l8dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l8dA01
3U93A 2HCAA 2VP1A 4QFOA 3M3KA 5HPQA 1I6AA 2YPNA 1SYHA 1RYXA 1USYH 2DSFA 1D9VA 3TYHA 3O29A 3M3FA 3E4RA 1S9TA 3JV9A 2XXVA 2NUVA 3MC2A 4ELOA 4NF5B 1LAXA 1HSLA 3R26A 3PMWA 2O7IA 1TFDA 4DXCA 1IXIA 3MJNA 1DPEA 3M8UA 3PUWE 5F1QA 3LUYA 4RXLA 3TKDA 3R7XA 2ZNTA 1P1WA 3FJ7A 3TAJA 2QPQA 1NNFA 4ESXA 3K6UA 4QSEA 4H5FA 4R6YA 3GXAA 1JETA 4OERA 3ZKKA 5KDTB 5IKBA 3OSQA 3KZGA 3JZJA 5H8FA 4GRKA 3FJGA 2Q2CA 2P2AA 4KYDA 1O7TA 4M1VA 3VE1B 4MBPA 4X1DA 2Z8EA 1IUDA 4G8HA 4OQOA 1MQGA 1OVTA 1YPNA 4DLDA 2QL3A 3LBSA 3K2DA 3HSTA 3OOAA 3A09A 4F3GA 3MUQA 2RC8A 1B3GA 5LOMA 4QFKA 1ATGA 5H8NA 4YMBA 3PUXE 1B46A 4IY5A 2V84A 4YU0A 1II5A 5CM6A 4F39A 4NF5A 4GLIA 4GXSB 1MPDA 4YKIA 2ABHA 3K1MA 2XXWA 2IEEA 1XVXA 1YAEA 5I2KA 5H8HA 2QRYA 2F35A 2XD3A 4BDNA 1B1HA 2XX7A 5I59B 2Y7RA 1ZJLA 4ECFA 4FATA 5JK4A 1LFGA 1URGA 3K0VA 4O3CA 3H6WA 3H4ZA 5L8DA 1VSOA 3PPPA 4F29A 5KDTA 2NVUB 4ELPA 1OQGA 1PDAA 3FIRA 4ZE8A 1BLFA 3QSLA 3FGSA 3N26A 4F18A 3DRIA 1UQWA 2V3UA 3D4GA 5TPAB 3UIFA 1BTJA 2I3VA 4R75A 3IJOB 4FORA 1LAFE 3USDA 1R6ZA 4DDDA 2O7UA 3MQ9A 4RNSA 4MF3A 1MXUA 3LSWA 2QJEA 4BDOA 2DVZA 2RCBA 1LCTA 2XXIA 4KYEA 1OQHA 1DSNA 1B4ZA 1DTZA 3FASA 2WOLA 2UVIA 3T9XB 4FAJA 2GH9A 2XXUA 1NH8A 2H4IA 2QS1A 2O69A 3SESA 3KOSA 3IB1A 2UXAA 2PT1A 5L9SA 3KN7A 4EXLA 1FQDA 3C9HA 3T9UA 3QIMA 3UGWA 1QW0A 4NEDA 3T66A 4KI0E 4GL0A 4IO5A 4DIGA 2F8DA 2HXWA 3SEVA 2ALUA 5B70A 2Y7PA 4NWDA 3MZ9A 1US5A 5I56A 4HW8A 2XXTA 5I59A 5F7VA 1MM6A 4G2ZA 4QSDA 4X48A 4DCYA 3VXCA 4JSDA 2PBWA 3H03A 4H67A 3G3JA 1D9YA 4KR5A 1LB9A 4FJPA 1MS7A 2B3BA 3KOTA 2ZYNA 4KPTA 3EHSA 3AXFA 1GGGA 2KLFA 3T9VA 5AA4B 1ZIUA 3TTNA 5TPAA 3QAXA 4OETA 5I58B 3C4MA 1VFEA 1XHYA 3DP4A 4U4SA 1QUJA 3H6VA 4LQ2A 5KCJB 4H0WA 1UTHB 3MPKA 4H1XA 3EPEA 4G4PA 4N6PA 1SW5A 3FVOA 5DVFA 1A8FA 3O6GA 2ZNUA 5L9MA 4R9FA 1MXWA 2G29A 3S4UA 4NMYA 2Z8FA 3V8XB 5EHSA 3T22A 4BDLA 4KQPA 3FUZA 1S50A 5CBSA 1SBPA 1IXHA 1B32A 1B9JA 2I0CA 1B7UA 3VLVA 3O97A 1NNPA 3IOUA 3DELB 4IO6A 3TUSA 1MY1A 1XVYA 1XOCA 2ZMBA 4F1VA 1MPCA 1R9QA 4I9DA 3ZSFA 3RYAA 2XXQA 3VDFA 5BUUA 1FCKA 3TTRA 1RKMA 1IITA 2H9BA 3VFJA 2OLBA 2Y84A 1ZLQA 2XD2A 4M4GA 4HS7A 3FD3A 4QF9A 3IK6B 1DPPA 3IO6A 3OO8A 4GD5A 5AA4A 1IZ1A 1I6QA 3K4UA 4P11A 4YKKA 5KCJA 4N13A 3ILTB 1UTHA 4LP2B 3G3FA 4H65A 4DXBA 3L6GA 3I5OA 3IB0A 4ONYA 3U8QA 2DXRA 3IAZA 3V5AA 3IJXB 1OLAA 3K1NA 4MLQA 3EF7A 4TLLB 1PC3A 3T93B 5H8QB 4OFLA 3QUFA 2W7YA 1LFHA 3OELA 1JNFA 5JTYA 1N7WA 1BKAA 4YB5A 1HSEA 1BP5A 3CG3A 3RY3A 3QXMA 3SDFA 3TCFA 5TU0A 3A3UA 2H99A 2QS3A 3OENA 3SETA 4F19A 3W15C 2REGA 3C33A 4ELRA 4OVJA 3WAEA 4PFWA 3CG1A 1LBCA 1GR2A 4GWOA 1TT1A 4U21A 2G93A 1A40A 2OK2A 1QJMA 1NKXA 4XKNA 4IO3A 1MH3A 1VFDA 3HO7A 3QYTA 2ZYMA 4RYAA 4QSCA 2O68A 3IR1A 4U23A 3PPOA 1GV8A 4L17A 1N0TA 3RNNA 1MXYA 3OMBA 5DVIA 1PEBA 3FVNA 3FTOA 3K6WA 5H8NB 1N3XA 2F78A 3RQTA 5IAIA 1O63A 4ND9A 3KSJA 1R9LA 1IEJA 1H3DA 5CMKA 3SKPA 2R6GE 3G3IA 4K3FA 4ZEKA 5I2KB 2F36A 5H8HB 4G8NA 5FHNA 3PGFA 3ZKLA 4PFYA 3DRFA 1MQIA 3EN3A 2XX8A 5H8QA 1SYIA 2O51A 4R2BA 3E3KA 4TQUQ 3HN0A 4XKRA 4C1UA 1N84A 3PUZE 2GHAA 2RF1A 2Z8DA 4ZS9A 3OEKA 4EQ7A 2OCUA 3FATA 4JB7A 3VXBA 1I69A 4R72A 2CMOA 2I4CA 4OYVA 1AH5A 1VE4A 3KGCA 5CMCA 3MVYA 1N04A 3KN3A 4OHNA 3KJ7A 1SVXB 2IA4A 3S2VA 2BJJX 3TEPA 2M8CA 3IB2A 1UTBB 4O3BA 5DTBA 1WDNA 2YJPA 4N07A 1US4A 4E0WA 1XT8A 3TODA 1LFIA 3TTMA 4DE8A 4ZDMA 3Q29A 2O6AA 1QUIA 1SW1A 2O84X 1MRPA 3CR9A 5FHMA 4U1ZA 3CFXA 1Q35A 4LA9A 4WEDA 3S9LC 2I3WA 4ZZAA 5K2YA 1Y4CA 3UP9A 4F3BA 3DRJA 3PD9A 1Z7NE 5CMMA 3K01A 1MY3A 5I56B 1M5BA 1B40A 3VV5A 2UYFA 1FQBA 2GHBA 2GFEA 2RC7A 4G8MA 1EZOA 3U72A 4U2RA 3TCGA 3FXUA 4LVQA 4IGTA 1Y3NA 1DOTA 3RN8A 4MFIA 3IO4A 3BFTA 1D3KA 1I6BA 3DRGA 3O6PA 1XC1A 4UA8A 4YMAA 3N94A 4F3SA 2ZNSA 1FQEA 1QKBA 3K6VA 1WVJA 4U22A 1B2HA 1B5IA 1MY4A 3HV1A 4G77A 2QMXA 3TTLA 3E13X 2Y7WA 1UTBA 4FECA 1ZKBA 4JSOA 3VLUA 3CI8A 2WOPA 4HCWA 1M5EA 3CSBA 3PU5A 4IO2A 5ICQA 4LQ5A 2DWHA 1R1NA 2VGQA 4XXUA 2DS9A 4YICA 5AA2B 2DP8A 3IOWA 1FTLA 1OMPA 3TQWA 1Y1ZA 4I62A 4H8IA 4KFQA 1MXVA 2FA7A 4QHQA 4H8JA 4Z0IA 1IXCA 3VVFA 2RCAA 2RKMA 3O28A 3GBBA 4F31B 3CIJA 5DYHA 2OBGA 2F7CA 5CC2A 3ZS6A 3C32A 1EZ9A 2XXPA 1S7YA 3O2AA 1FTMA 2DVCA 2D21A 4C0RA 3CFZA 1XS5A 4EF1A 1A55A 2ONRA 2FYIA 3B6WA 2DXYA 2QS2A 1PB7A 1MDQA 4BLAA 2UYEA 3G3KA 3PMVA 1Y1MA 3SEWA 4ZZEA 1IXGA 3FJMA 5CBRA 2DE4A 4RY1A 4WKMA 3PPQA 2WOKA 4O3AA 4H6DA 1ZBMA 1L5TA 1ANFA 2XX9A 4GIZA 4R6HA 2P0SA 3GZGA 2DE3A 1MY2A 3TPAA 3N6UA 4R9GA 4LZ5A 3CSGA 4YAHX 3DLNA 5ELVA 3U1OA 2QS4A 3RT6B 5DVJA 4YB7A 4FE8A 1LBBA 4LUBA 5CMBA 3H7MA 3V89B 2Y7IA 5I57B 4NF4B 4R2FA 3C31A 3OO7A 3TTKA 5AA2A 3B6QA 2THIA 3H6TA 3UORA 1DMBA 4KD5A 1LLSA 4RK9A 5JTYB 1FQFA 1QULA 1VR5A 1NFTA 2FNCA 4KHZE 3EHUA 2CZLA 3WAFA 1A8EA 3KEIA 5FTIA 1N76A 4YKJA 1MH4A 4F1UA 2YLNA 3RTWB 3F11A 3KFMA 1H45A 3BBRA 3VLWA 1Y9UA 2RC9A 1Q1KA 5H8SA 1QVSA 3MVZA 1MQJA 3MZBA 3Q25A 2B3FA 2PYYA 1M5CA 2HFBA 1P99A 2H98A 4R74A 3IORA 2D3IA 5AE4A 1Y3QA 4OESA 1FW0A 3R6UA 4RK2A 4GFRA 3FVKA 1JVYA 4OEVA 4DXUA 3LSXA 4KCDA 3O9PA 1MXZA 4P0IA 4WEPA 4C1TA 2DE2A 3DP8A 4X9TA 4ZECA 2QMWA 3PUYE 4ZEBA 3MP1A 1NH7A 3D4CA 4JXIA 4KCCA 3K00A 4JBZA 3V83A 2OJTA 1LSTA 5I57A 1B52A 4NF4A 1B05A 2A5TA 2AIXA 1KWHA 5DEXA 3RLFE 5JEIA 1MM7A 4ELQA 1FTJA 3MW0A 4F1YA 1EH3A 1B0HA 1RYOA 3SEXA 1A7LA 5ITPA 2H5YA 5CI5A 1ZTYA 1B3HA 2I48A 3PPNA 1B3EA 1SW2A 3C36A 4H5GA 3ILUB 3C35A 4GQOA 1POY1 4DCXA 3HHFA 4FEBA 1B0LA 3FXQA 4Q30B 2P1SA 4GL8A 4EF2A 3CHGA 2I49A 4BDMA 2AYSA 4EQBA 3KBRA 3O66A 4OENA 4ZEIA 4OFJA 4NF8B 5M2VA 2ANJA 3HCQA 4THIA 3LVUA 3OD7A 1AOVA 3MVWA 4NWCA 1B4HA 3DM0A 1FQAA 1ELJA 1PB9A 3MPLA 3TDJA 2OZZA 2VD3A 4F22A 1O64A 3GLBA 4G68C 4POXA 3KJTA 4LZ8A 4KYSA 3P7IA 4IO4A 1HSJA 3JYRA 1OVBA 3SERA 4RA1A 4PETA 3L6HA 3MP8A 1P1NA 1B5JA 4GOTA 2F5XA 2ZYKA 1B1XA 5AA3A 3W9WA 4YB6A 2V93A 2F34A 2OWSA 4OWDA 1Y20A 2DOJA 2DWJA 2XXHA 1IQ7A 3MVXA 5L9OA 1B7ZA 4ZEFA 3OXNA 3HHGA 4FIMA 2PT2A 2I4BA 4E0XA 2UVGA 4GXAA 1P1UA 2R71A 2E0SA 4MLVA 1D4NA 2F97A 2NXOA 4NF8A 2XXYA 4R6KA 4U1OA 2Q8JA 3LSFB 5HM4B 3K6XA 1ZMGA 1JQFA 2AL4A 4LZ7A 1B7HA 4XIGQ 3G3HA 1URDA 2QSXA 2RINA 3TELA 1URSA 2F6GA 3OO9A 3ODBA 1CB6A 5HBCA 3G7WA 1A54A 3M3LA 3B7DA 4XKPA 4LATA 4LONB 4BDRA 4EDPA 4JWYA 2ZXTA 1POTA 4FEDA 1TFAA 3MAMA 5DT6A 1F9BA 4R73A 2HZLA 2Q89A 3I3VA 4U4XA 4EQ9A 2B65A 4QRZA 3S9EA 1A99A 3E9XA 5ISUA 4YZZA 3TCHA 2DWAA 2O1MA 3FXRA 4GVOA 3IOTA 3KSXA 2I58A 4HCYA 2D5WA 4PFTA 1MXXA 1LCFA 1WODA 1UIUA 4F2OA 3B6TA 1FTOA 3W9VA 2I6EA 2DQVA 1B58A 3DRKA 1H76A 4NTLA 3SEUA 2XXRA 3K1PA 2HQ0A 3SEYA 1JVXA 3BKIB 3FVGA 1AIVA 4XKQA 1YTVA 3RTFB 4X1BA 4RPOA 3FZVA 1TXFA 5FTHA 3K02A 1ZU0A 3H06B 4OFOA 1LB8A 4NF6B 5J1DA 3LSLA 4IGRA 4IB2A 4JWXA 3PAMA 4YKPA 3TZAA 4F2QA 1GTKA 1B3FA 4IO7A 3VVDA 4EXKA 5I84A 4TOZA 3H3GA 2UVJA 2ONSA 5AA1A 2NOOA 1AL3A 4Q0CA 2R9JA 4OXVA 3C34A 1MQHA 3FV2A 3PPRA 3KG2A 3N6TA 3MP6A 2X7QA 3QK6A 2PMSA 2VOZA 4JWOA 1NMUA 4OMBA 3ECRA 2Q2AA 5TP9B 3FV1A 1JW5A 1YCJA 1AMFA 3UK4A 2Q9TA 1PB8A 1B3LA 1JW4A 3S9NC 4ZE9A 4ESWA 3UN6A 2PX1A 4Z7EA 2XXXA 2GRVA 1SI1A 4XTCQ 2O1LA 1JEUA 1MDP1 2ZYOA 5I2NB 2HEUA 3MBPA 3LR1A 1PBPA 3VVEA 1MQDA 4P0GA 2NWJA 1FTKA 2F6PA 5AA2D 1USYE 2X7PA 1MPBA 3OEMA 2UVHA 4AB5A 4NE4A 1P1QA 1M5DA 3CVGA 1OLCA 3O6HA 3S9MC 1DTGA 1NNKA 3THIA 1EU8A 1PBQA 1FQCA 3KN8A 5A5XB 4PE5B 4NF6A 3MZ1A 2H25A 3RT8A 4PFUA 1LAHE 3PUVE 5ITOA 2A5TB 1M5FA 4I8CA 3H6UA 2Z22A 3N5LA 1MG1A 3IL1B 5DEXB 4OEUA 5BWJA 2DWIA 3GBAA 1NL5A 4Q5TA 3O6IA 2A5SA 3BFUA 2Z23A 1QKAA 1B6HA 5CRYA 3LC8A 3PD8A 3U94A 3G3GA 1P1OA 2ESNA 4F3PA 1B51A 4DZ1A 4IY6A 2V3TA 3OSRA 4OZ9A 1Y3PA 1SDXA 2AL5A 3RYBA 2B4MA 3TMGA 4RJZA 1CE2A 2HZKA 2Q88A 1Y4TA 2I0BA 3Q28A 5TP9A 4OTEA 2B4LA 4Q8RA 1J1NA 5B7DA 4TLMB 1LGBC 3Q27A 2HAUA 3TQLA 2Y7KA 3DP6A 1LAGE 4EUOA 4G68B 5I2NA 3PMXA 1SW4A 4WXJA 1MY0A 1H44A 2E1SA 3DRHA 3T96B 1SQYA 2ONKE 1UIVA 1N7XA 4ISUA 5I58A 5ICTA 1GVCA 1H43A 3CRBA 4ZEDA 4QFLA 3UA8A 3IOVA 5A5XA 4QFNA 5K2XA 3Q26A 1Z7ME 4BDQA 2F7BA 2V3QA 1TWYA 5EHMA 2XHDA 4MH5A 1EZPA 4PQJA 2VD2A 4RPNA 1IIWA 1OIBA 2PVUA 4AQ4A 1QUKA 1JW1A 2DYXA 2OWTA 3T9HB 2V25A 1SD3A 2VHAA 3A3CA 2HAVA 3EQ1A 3RGYA 4POWA 3U92A 4I1DA 3HPIA 1JEVA 4GF8A 3OO6A 1N3WA 5KZTA 5H8FB 5EYFA 3RUMA 1NNTA 3RPWA 3EHTA 1T0KA 1SI0A 2WKYA 3ONMA 4AB6A 2X26A 1BIYA 4PP0A 4UACA 3QUJA 3PV0E 4JDFA 3I6VA 4QFPA 4HTGA 3IX1A 4G68A 3TFLA 3MWBA 2LAOA 2REJA 3CFLA 2F7AA 1B5HA 5FHOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3U93A 2HCAA 2VP1A 4QFOA 3M3KA 5HPQA 1I6AA 2YPNA 2ZZVA 1SYHA 1EYJA 1RYXA 1USYH 2DSFA 1D9VA 3TYHA 3O29A 3M3FA 3E4RA 1S9TA 3JV9A 2XXVA 2NUVA 3MC2A 4ELOA 4DI4B 4NF5B 1LAXA 1HSLA 3R26A 4P1LA 3PMWA 2O7IA 1TFDA 4DXCA 1FBDA 4GWWA 1IXIA 3MJNA 1DPEA 3M8UA 3PUWE 5F1QA 3LUYA 4RXLA 3TKDA 3R7XA 2ZNTA 1P1WA 3FJ7A 3TAJA 2QPQA 1NNFA 1FPKA 4ESXA 3K6UA 3U65A 4QSEA 4H5FA 4R6YA 3GXAA 5EYGA 1JETA 4OERA 3ZKKA 5KDTB 5IKBA 3OSQA 3KZGA 5ET5A 3JZJA 5H8FA 4GRKA 3FJGA 2Q2CA 2P2AA 4KYDA 2XWIA 1O7TA 4M1VA 3VE1B 4MIJA 4MBPA 4X1DA 2Z8EA 1IUDA 4G8HA 4OQOA 1MQGA 5A5LA 1OVTA 1YPNA 4DLDA 2QL3A 3LBSA 3K2DA 3HSTA 1FBEA 3OOAA 3A09A 4G61A 2HHMA 4F3GA 3MUQA 4MHFA 2RC8A 1B3GA 4PGNA 5LOMA 1FBGA 4QFKA 4OVQA 1ATGA 5H8NA 4YMBA 3PUXE 1B46A 2QFLA 4GWUA 5IZZA 4IY5A 2V84A 4YU0A 1II5A 5CM6A 4F39A 4NF5A 2Q74A 4GLIA 4GXSB 1MPDA 4GWYA 2VT5A 4YKIA 2ABHA 3K1MA 2XXWA 2IEEA 1XVXA 1YAEA 5I2KA 2F3BA 2DDKA 5H8HA 2QRYA 2F35A 2XD3A 4BDNA 1B1HA 2XX7A 5I59B 2Y7RA 4OVPA 1ZJLA 4ECFA 4FATA 5JK4A 1LFGA 1URGA 3K0VA 4O3CA 3H6WA 4MMPA 5ESYA 3H4ZA 4OANA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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