5HM4B

Crystal structure of oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.0 a resolution
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Mannoside ABC transport system, sugar-binding protein
publication title Periplasmic Binding Protein Dimer Has a Second Allosteric Event Tied to Ligand Binding.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 181
structure length 540
sequence length 540
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5hm4B03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hm4B01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5hm4B02
4R74A 3K1NA 2DWHA 4LVQA 5CBRA 2BJJX 5H8NA 1IXCA 2V3UA 1KWHA 5JTYA 1MY0A 4ZZAA 1XT8A 3MQ9A 2AL4A 1NL5A 3FVKA 4N6PA 4H8IA 5H8QA 1XC1A 3FTOA 1RKMA 3LVUA 4IO5A 4BDOA 5I2NB 5AA4A 5FTHA 3G3JA 4GWOA 1PB9A 3G3HA 3PV0E 3U8QA 4RK2A 3UGWA 2O84X 4H67A 1B9JA 2ONRA 1LAXA 5F7VA 3OEKA 2PMSA 4R9FA 1QUIA 2WOPA 4OFLA 3JZJA 3THIA 3ZKKA 2NXOA 3V83A 1XOCA 3TMGA 2PVUA 2QMXA 2QJEA 3R6UA 1ANFA 1UIUA 1EZ9A 3W9WA 3DRIA 5AA2A 4XXUA 1MDQA 3EHSA 3OOAA 1LGBC 2IEEA 3ONMA 2FYIA 3TZAA 4ZEDA 3TKDA 1SD3A 3MC2A 3KFMA 1MDP1 4Q30B 4BDQA 1SYIA 4Z0IA 3M3LA 3EF7A 4WEPA 2D3IA 2XXVA 1FTJA 3O97A 3G7WA 3KG2A 3H6WA 3IOTA 1H43A 4YZZA 4OXVA 1ZTYA 2ONKE 1MY3A 1IQ7A 3DRFA 3OMBA 4R2FA 2GRVA 5L9OA 1BTJA 3FVOA 1TT1A 3UORA 4XKQA 1A99A 1JW1A 2F5XA 3CRBA 4F1VA 1FTLA 3TCHA 2D5WA 3DELB 1MS7A 1SW5A 4NTLA 4EF2A 2VGQA 3CIJA 1H76A 2H25A 1I69A 1N84A 4IGRA 2OZZA 2XX7A 1SI0A 1QVSA 5TP9A 1Y3PA 3BBRA 4OHNA 2V3QA 4OEVA 3TCGA 3MAMA 1F9BA 1ZLQA 2H4IA 4U2RA 1HSEA 2HZKA 3SEVA 4O3CA 5AE4A 1NNTA 3PUVE 4H6DA 3CFZA 1EZOA 4YMAA 4YKJA 2Z8DA 3FVNA 2M8CA 3AXFA 3MZ1A 4XKRA 3O6PA 3PMXA 4IO2A 4M4GA 4GF8A 5L9SA 3L6GA 4F3SA 5DEXB 3T9HB 2F8DA 2Q8JA 3MP8A 2DP8A 1B3GA 4KFQA 3H6UA 1NFTA 4KCDA 3RTWB 3CFLA 2VP1A 5HM4B 2DE3A 4PE5B 1NNKA 5CM6A 1POY1 3U92A 4ISUA 2F97A 2Z8EA 3PU5A 3SKPA 1DOTA 3MBPA 3OO9A 1S50A 1PBPA 3PUYE 5ICQA 4EQ9A 1A8EA 1QULA 4HTGA 4MF3A 3EQ1A 2RC9A 2O7IA 4GXAA 3OO6A 2XXUA 2I3WA 3FGSA 4PETA 1VFEA 3K6UA 1FCKA 1US4A 3ZSFA 1HSLA 2OK2A 3C31A 2QS2A 5TPAB 4OENA 2HFBA 4ELPA 1GTKA 1LCFA 3TEPA 2O51A 2WOKA 3T9XB 5J1DA 2PBWA 4F1UA 1MQDA 4F3PA 1N04A 3IJOB 3T22A 2A5TA 3IJXB 4U22A 4PP0A 2E1SA 5FHMA 1RYXA 1B46A 5FTIA 4NF4B 4GL0A 1FQAA 3HHGA 4U4SA 3SDFA 1SW4A 3VLUA 4XKPA 2Q89A 3PPPA 1YPNA 2F7CA 2PYYA 1MXZA 3IX1A 5H8FA 2IA4A 2OWSA 1MH3A 3O29A 3PMWA 4LZ8A 3FZVA 3FJ7A 2DE2A 4C1UA 5I58A 3RYAA 2QMWA 4QRZA 2CMOA 4LZ5A 5AA3A 1VFDA 3N5LA 3L6HA 2Z22A 1WODA 2WOLA 4F39A 4X1BA 3JYRA 4IGTA 4FECA 3PPNA 2GHAA 4ELRA 4G8HA 1GGGA 4OERA 2ZMBA 1B5JA 4POXA 3VXCA 1OQGA 3K02A 3K6VA 3TTMA 3LSFB 4ELOA 1D4NA 4RK9A 1B40A 5ISUA 3K2DA 2UVIA 3D4CA 3N94A 3C9HA 1B51A 1DSNA 1LAHE 5BWJA 3MJNA 4F3GA 4FORA 4R72A 2P2AA 4H5GA 4WKMA 1MXUA 3O2AA 3O6IA 1T0KA 4NF8A 5I2KB 4LQ2A 4WEDA 2XXQA 3ODBA 5DYHA 1PEBA 1SBPA 3MZBA 1M5FA 2OJTA 1JQFA 2F7BA 2I58A 4QFLA 2VOZA 3PMVA 3QAXA 4F31B 3IOUA 4G77A 2RF1A 1USYH 1B58A 4U21A 2QSXA 1JETA 3TTKA 3MVZA 3HV1A 2O6AA 2FNCA 1M5DA 3LUYA 3O6GA 3KN3A 1B4ZA 3Q29A 1MXWA 1QKBA 3LBSA 1Q1KA 1QUJA 3FD3A 2ONSA 2G29A 3S2VA 4FEBA 4GQOA 1QKAA 2GFEA 4GVOA 3EN3A 3M3FA 3DRGA 4RJZA 3FJMA 3K6XA 3OO8A 5L8DA 4TQUQ 1EH3A 1JW4A 3DP4A 3C32A 4LONB 4R75A 1ZKBA 1B7UA 4YKPA 2Z23A 4NF5B 2AYSA 3O28A 2RC8A 3VDFA 3FATA 1MQIA 2AIXA 3D4GA 3PPQA 1ELJA 2RCAA 1LAGE 3KGCA 3KBRA 2F6PA 4JDFA 1M5EA 4MBPA 3Q27A 1P99A 1A55A 1H3DA 4PFUA 3ZS6A 2O68A 3H03A 1I6BA 2H5YA 1LB9A 2A5SA 3DRJA 3IAZA 5FHNA 2B4MA 1D9YA 3MVYA 3SEXA 4RPOA 3RPWA 3RUMA 1FW0A 3R26A 3P7IA 1MXVA 1NNPA 1URDA 1SVXB 4BDNA 1M5CA 2Y7KA 2RKMA 1FQDA 3KSXA 2ZNSA 1VSOA 4QFKA 1HSJA 3IOWA 3ECRA 1BP5A 3MWBA 1ZIUA 3ILUB 1Y3QA 5CRYA 5I59A 1P1NA 1BIYA 4P11A 1B32A 1LFGA 1Y20A 5EYFA 1O7TA 4OWDA 4XIGQ 4KHZE 4E0XA 2XXWA 3G3KA 3CG1A 1B1XA 1UTBA 1LAFE 2V25A 2UXAA 4QFNA 5H8HB 2HAVA 3RN8A 4TLMB 2PX1A 1II5A 4YB6A 3FXQA 4YU0A 1B0HA 1QW0A 5CI5A 3QYTA 4NWDA 4C1TA 5CBSA 4QFOA 2DSFA 5CMBA 3B6TA 3A09A 2ZNUA 1NKXA 3O9PA 4EXLA 4HCYA 3M8UA 5B70A 3HPIA 3W15C 4PQJA 3W9VA 3DRKA 4ZZEA 3T9VA 2R6GE 3OO7A 1LFHA 2QPQA 5BUUA 3FUZA 2W7YA 1B3HA 3HHFA 2H9BA 3MP1A 4F18A 4BLAA 3TYHA 2QRYA 4G68B 2Q9TA 4U1OA 3M3KA 4ZE8A 1NH8A 4Z7EA 1B1HA 3TUSA 2B65A 3EHUA 1O63A 3OXNA 4GD5A 4OQOA 5B7DA 1MY4A 1JVXA 1ZMGA 4GXSB 4ESWA 4WXJA 2DXYA 1LCTA 1B7HA 3OSQA 5CMKA 3K6WA 3S9NC 4NF6B 1GVCA 1MY1A 3MPLA 1R1NA 1TFAA 3GBBA 4ONYA 4RXLA 3S9LC 1S9TA 2X26A 3K0VA 5TP9B 1CE2A 2F34A 4LATA 4X1DA 5DEXA 4OFOA 1DTZA 2V84A 4LP2B 1NMUA 2DWIA 4RPNA 4QF9A 4KPTA 4GFRA 3BFUA 4EQBA 2VD3A 4BDLA 1URSA 2H98A 1QJMA 1B3LA 5A5XA 5LOMA 1DPEA 3SEWA 3R7XA 4GRKA 3HN0A 2F35A 3IO6A 2OWTA 4THIA 1MXXA 2O1MA 3PGFA 3FV1A 3KZGA 4JWYA 5CMMA 5IAIA 3JV9A 5ELVA 1H45A 1N7WA 3HCQA 2THIA 3F11A 4AQ4A 4OFJA 5DT6A 1WDNA 3H6TA 5L9MA 3S4UA 3S9MC 3LSLA 3MP6A 1MPDA 1FQCA 4FAJA 1OLAA 3KJTA 1AIVA 3FASA 4PFYA 3IR1A 5HPQA 4LUBA 2ZYMA 3SEUA 1Z7NE 4H0WA 4U23A 3SERA 3V89B 2R9JA 1LBCA 4NF4A 1R6ZA 1B2HA 1P1QA 3KN8A 3DM0A 3T93B 4H8JA 4KYSA 2B4LA 1A8FA 2P1SA 5AA1A 1SW1A 1I6QA 2A5TB 4EXKA 3CSBA 4ZS9A 1FQBA 4IB2A 1ZJLA 4G4PA 4ZEFA 2I4BA 1IXIA 2PT2A 2XX8A 4GOTA 3IO4A 1MQJA 2DE4A 2X7PA 5EHSA 1MG1A 2WKYA 3G3FA 2Y84A 3OEMA 2QS1A 3KJ7A 4G2ZA 1B3FA 5I56B 3SESA 1O64A 1B3EA 2Y7PA 4F19A 5I58B 4XTCQ 3K1MA 4ZE9A 1CB6A 4E0WA 2OLBA 4Q5TA 4OETA 1MQHA 3Q25A 3FXUA 4Q0CA 3GXAA 5ICTA 3OD7A 4C0RA 2Z8FA 2DWJA 4NWCA 3N6TA 5I57B 4X48A 3RYBA 1B0LA 1M5BA 2O1LA 3DP8A 3H4ZA 1AOVA 4YMBA 4UA8A 1MM7A 5DVJA 1YAEA 2UYFA 2RCBA 3RGYA 3IB2A 2V3TA 4ZEIA 1TWYA 5DVIA 2DYXA 4U1ZA 1FQEA 1UTHB 2XXTA 3TELA 5TU0A 1AH5A 3V5AA 4HS7A 1SI1A 2ZYNA 1IUDA 2E0SA 4KD5A 1XVYA 3U94A 1WVJA 3PPOA 3QUJA 2HQ0A 4JB7A 3VLWA 2I0CA 4NF8B 3VE1B 3PD9A 3UN6A 4N07A 5KDTB 4JBZA 1JEVA 4LA9A 1YCJA 4ELQA 1MPBA 5DTBA 2NVUB 1N0TA 1Y1MA 5KCJB 3G3GA 2XXHA 3V8XB 3FV2A 2Y7WA 2OCUA 2XD3A 1N3WA 3DRHA 3LSWA 3UK4A 4PFWA 3DLNA 4I62A 3PPRA 2NUVA 4OEUA 3PD8A 4ZEBA 3RLFE 3RT8A 3FIRA 4I8CA 1OVTA 2RINA 3MVXA 3HSTA 4YICA 4NF5A 3B6WA 3PUXE 4KYEA 3E9XA 3PUWE 1SDXA 5H8SA 1N76A 1TFDA 1A7LA 2Q88A 1IEJA 2DOJA 4BDMA 4FATA 5JK4A 1EZPA 3QSLA 5K2YA 1D9VA 3TTLA 2R71A 4ND9A 2Q2AA 4IO7A 3O6HA 1R9LA 3OENA 4JSDA 1PB8A 1S7YA 1P1WA 2B3FA 4KI0E 4GIZA 4DXBA 4RA1A 4ZDMA 3U1OA 5I2NA 1B05A 1OLCA 3KN7A 4O3BA 4JWOA 5H8NB 4IO3A 4ZECA 4EDPA 5JTYB 3SETA 3TTRA 4LQ5A 1UIVA 1NH7A 4DDDA 4F3BA 4OVJA 4IO4A 1VE4A 4M1VA 3I3VA 5H8QB 4O3AA 1JVYA 2XD2A 2I4CA 4G8NA 4H1XA 3UA8A 4MH5A 3T66A 3G3IA 2Y7RA 4I9DA 3RNNA 4JSOA 5AA4B 3IB0A 3IORA 3MVWA 5KZTA 4FIMA 3K00A 1OMPA 3A3CA 3C33A 4QFPA 3T96B 1SW2A 5I84A 2ZNTA 1IXHA 4JXIA 1ZBMA 2DXRA 5I59B 2Q2CA 2Y7IA 5H8HA 3K4UA 2GHBA 2I6EA 4NE4A 3VVEA 3WAEA 1TXFA 1ZU0A 5EHMA 1B6HA 2B3BA 1IXGA 3BFTA 1MQGA 1DPPA 3TCFA 2UVJA 2UYEA 2NWJA 5AA2B 1B4HA 1UTBB 3VLVA 2ZXTA 4R6YA 3TDJA 3RT6B 2P0SA 4RYAA 1P1OA 4OTEA 3VVDA 1H44A 1AMFA 4BDRA 3S9EA 4LZ7A 2NOOA 3B6QA 1D3KA 1MH4A 1EU8A 4UACA 1MRPA 5ITOA 4QSEA 1URGA 1XHYA 2KLFA 4FE8A 2YPNA 4RNSA 4RY1A 3UIFA 3A3UA 4G68A 3MPKA 5CC2A 1YTVA 4OZ9A 4NEDA 2ANJA 1LB8A 2XXRA 3TQWA 4G68C 4HCWA 3CI8A 1ATGA 1Y3NA 4ESXA 3C35A 1MY2A 3FJGA 3K1PA 4EQ7A 1P1UA 4R73A 2ALUA 1USYE 4NF6A 3PAMA 1FTOA 2UVGA 1Q35A 3KOSA 4YB5A 3H06B 2QS3A 4HW8A 2O7UA 3I6VA 1SYHA 3WAFA 4YKIA 2H99A 1MXYA 1PB7A 4Q8RA 1L5TA 3I5OA 4QHQA 4MFIA 2HCAA 3FVGA 4R9GA 3KSJA 1RYOA 2D21A 1POTA 1LBBA 2DWAA 2DVCA 2RC7A 2O69A 4NMYA 4R2BA 4DCXA 4FEDA 3H6VA 1JW5A 1XS5A 3GLBA 1DMBA 2XX9A 2DS9A 3VFJA 3TQLA 5HBCA 3N26A 1B52A 3QXMA 1J1NA 4F29A 3C34A 2ZYOA 2XHDA 5A5XB 3RQTA 4GL8A 4ZEKA 3RY3A 2V93A 5TPAA 3Q28A 4G8MA 3UP9A 1B5HA 4KCCA 3EHTA 3DP6A 3Q26A 3GBAA 2FA7A 3E13X 3T9UA 3IB1A 1BKAA 1IIWA 2DVZA 3ILTB 3U93A 1Y1ZA 1LLSA 4DXCA 4OYVA 3CSGA 4FJPA 2F78A 1FQFA 3ZKLA 4TLLB 4KQPA 4R6HA 1B5IA 1I6AA 2YJPA 4X9TA 4YB7A 2CZLA 4I1DA 3E3KA 1AL3A 4OMBA 1LSTA 3U72A 3FXRA 1OVBA 4DE8A 4N13A 1VR5A 2I0BA 2REJA 1OIBA 1IITA 2UVHA 1PDAA 4AB5A 2VD2A 3TAJA 3TPAA 2LAOA 1GV8A 2HZLA 3TTNA 1PBQA 3N6UA 5I56A 3H3GA 5H8FB 3CR9A 3K01A 2ABHA 1GR2A 1A54A 4EUOA 2QS4A 4F2OA 4P0IA 2HXWA 2ZYKA 5M2VA 5ITPA 3BKIB 1JNFA 2HAUA 2QL3A 5JEIA 4PFTA 5I57A 1NNFA 5K2XA 4ECFA 1JEUA 3IL1B 3VV5A 1A40A 1MPCA 5DVFA 4EF1A 3CG3A 1FTMA 3VVFA 3H7MA 4H65A 2G93A 3OSRA 3QIMA 3TODA 3MZ9A 1N7XA 4DXUA 1OQHA 1PC3A 1UTHA 5CMCA 4YKKA 5IKBA 3IOVA 4DCYA 5I2KA 2I49A 2GH9A 3VXBA 4DIGA 1Z7ME 3QUFA 4P0GA 3SEYA 2F36A 4MLQA 3B7DA 2XXIA 2F6GA 4YAHX 3C4MA 3KEIA 4POWA 4DZ1A 3OELA 4H5FA 2VHAA 4QSCA 4IY5A 5KDTA 4GLIA 3PUZE 4KR5A 3QK6A 2YLNA 5KCJA 4R6KA 3CVGA 4F2QA 1Y4TA 3MUQA 3LR1A 3IK6B 2PT1A 1FTKA 2AL5A 1XVXA 5AA2D 3C36A 5FHOA 3EPEA 1SQYA 3HO7A 2X7QA 3MW0A 2F7AA 1UQWA 1R9QA 1DTGA 4OESA 2I48A 4XKNA 2ESNA 4DLDA 2XXYA 2XXPA 1LFIA 3LSXA 1MM6A 3CHGA 1N3XA 1QUKA 3GZGA 4KYDA 2I3VA 1B7ZA 1Y9UA 4L17A 4K3FA 4IY6A 2REGA 4JWXA 5F1QA 1BLFA 3TFLA 4TOZA 2HEUA 3CFXA 4IO6A 3KOTA 3LC8A 4AB6A 4U4XA 1IZ1A 3O66A 4QSDA 3RTFB 3USDA 1Y4CA 2OBGA 2XXXA 2DQVA 4F22A 1US5A 4MLVA 4F1YA 3E4RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R74A 3K1NA 2DWHA 4LVQA 5CBRA 2BJJX 5H8NA 1IXCA 2V3UA 1KWHA 4P8BA 5JTYA 1MY0A 4ZZAA 1XT8A 3MQ9A 2AL4A 1NL5A 3FVKA 4N6PA 4H8IA 1KA0A 5H8QA 1XC1A 3FTOA 1RKMA 3LVUA 4IO5A 4BDOA 1IMFA 5I2NB 5AA4A 5FTHA 3G3JA 5I7IA 4GWOA 1PB9A 3G3HA 3PV0E 3U8QA 4RK2A 3UGWA 3A29A 2O84X 4H67A 2XWOA 1B9JA 2ONRA 1LAXA 5F7VA 3OEKA 2PMSA 4R9FA 1QUIA 4GWXA 2WOPA 4OFLA 4O7MA 3JZJA 3THIA 3ZKKA 2NXOA 3V83A 1XOCA 3TMGA 2PVUA 2QMXA 2QJEA 1IMDA 3R6UA 1ANFA 1UIUA 1EZ9A 3W9WA 3DRIA 5AA2A 4PFIA 4XXUA 1MDQA 3EHSA 3OOAA 1LGBC 2IEEA 3ONMA 2FYIA 3TZAA 4ZEDA 3E78A 2FHYA 2CZIA 3TKDA 1SD3A 3MC2A 3KFMA 1MDP1 4Q30B 4BDQA 1SYIA 4Z0IA 5I3SA 3M3LA 3EF7A 4WEPA 2D3IA 2XXVA 4O7IA 1FTJA 3O97A 3G7WA 3KG2A 1K9ZA 3H6WA 3IOTA 4PBHA 1H43A 4YZZA 4OXVA 1ZTYA 2ONKE 1MY3A 1IQ7A 3DRFA 3KBZA 3OMBA 4R2FA 2GRVA 5L9OA 2XWVA 1BTJA 3FVOA 5FBPA 5EQ8A 1TT1A 3UORA 4XKQA 1A99A 1JW1A 1NV4A 2F5XA 3CRBA 4F1VA 1FTLA 3TCHA 2D5WA 4DI4B 4MJOA 3DELB 1MS7A 1SW5A 4NTLA 4EF2A 2VGQA 1FRPA 3CIJA 1H76A 2H25A 4PF8A 1I69A 2WX9A 1N84A 4MEVA 4N6KA 4IGRA 2OZZA 2XX7A 1SI0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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