5ICQA

Methanobactin periplasmic binding protein
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
575
structure length
568
Chain Sequence
SHGLAMHGAPQLPKDFDHFPYADPAAKKGGRLRVGLPGTFDSLNPFNVTAAQGLVGNVFQGLMARSQDEPFTLYPLIAQSIDIDPARTRVTFHLDPRAHFSDGKPITAEDVLFSFDLLKAKGRPQQRIAYGLVKSATAPDPHRVAYDLTGVGDRELPLILAIMPVLPKHALDVERFSDATLAKPLGSGPYVVADVQAGARLLLKRDPNYWGADIPSQRGFYNFDEIDLQYFRDGNSLFEAFKAGLIDYRDETSTTRWSTGYDFPALRDGRMARESLKNENPKGLNGFVFNTRRALFKDARLREAFGMMFDFEWVNANYYAGLYTRTKSFFDESELSSSGRGASEKERALLAPWPDAVRAEILEGEWRPPVSDDRDMARRALDLLAAAGCRVDGDRLMKDGEPFSFEIMVKDRDQERLALAYASSLARIGVEVRVRLVDEVQYQRRRQKFDFDMMIGQYVASASPGNEQRMRWSSATANQESSFNLAGAASPAIDGMISALLSARSQEDFVTAVRAYDRVLLSGFYVVPLFHASEQWIAHSTDIVRPERSPRYGSPIFGPTLESWWRKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Methanobactin transport machinery.
pubmed doi rcsb
molecule tags Periplasmic binding protein
source organism Methylocystis parvus obbp
molecule keywords Methylocystis parvus OBBP MbnE
total genus 186
structure length 568
sequence length 575
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5icqA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5icqA01
4XTCQ 2OCUA 4ZEDA 3FATA 3IX1A 3FD3A 2UYFA 5K2YA 3S9LC 3TCHA 3K6VA 3CIJA 2F34A 2F7AA 4P0GA 4QHQA 3IOTA 1LFHA 2REGA 5I56B 4KYDA 3W9WA 3Q28A 3MWBA 3TUSA 3VE1B 1KWHA 3RNNA 3C34A 3MZ9A 1CE2A 3ZKKA 3FZVA 4XKPA 1AIVA 3RGYA 3CFZA 3IK6B 1N3WA 3FV2A 5CBRA 4ESWA 3K2DA 3U94A 5TP9B 1SD3A 4BDQA 1MQHA 2M8CA 1VE4A 2OBGA 4F22A 1YCJA 4EQBA 1LFGA 3KJTA 5I2KA 3LUYA 1A8EA 1NKXA 3JYRA 2ANJA 1JEVA 4LQ2A 4ZS9A 1URDA 3MPKA 4GXSB 3H4ZA 2Z8DA 3LVUA 3CG1A 3MVZA 1GV8A 3E9XA 2XXVA 1M5CA 3FVGA 4JSDA 1B5IA 2RCAA 1B3EA 1GGGA 4QRZA 4ZZEA 4JXIA 3PPRA 3PUZE 1HSEA 4O3CA 2E0SA 3G3KA 2DE2A 2Q89A 2IA4A 2QJEA 4DXUA 4GWOA 4IGRA 2V84A 3S2VA 5I58B 2DQVA 1LBCA 4ESXA 2CZLA 1DMBA 1EU8A 4OFOA 1JW5A 4DXBA 4ELPA 3IB2A 1RKMA 3H7MA 1B2HA 3HO7A 1B3FA 4AB6A 1B9JA 3ILUB 2XX7A 3FUZA 3H6WA 4POWA 3MJNA 4DDDA 5I59A 2F6PA 4RY1A 4Z0IA 4QFPA 1TFDA 3VVDA 1XHYA 5I2NA 3MZBA 2CMOA 3L6GA 4GIZA 4O3AA 1MG1A 4RPNA 4MH5A 4KPTA 1O7TA 3KJ7A 4FAJA 5BWJA 3UA8A 5B7DA 2NWJA 3TQLA 5JEIA 3TELA 5DVJA 3VVEA 1MXZA 2H25A 3OO9A 4C1UA 3SEWA 2D5WA 3UK4A 5I57B 4YB7A 3EQ1A 2XXYA 1R9QA 4IO3A 3O9PA 3BFTA 2QMXA 4U21A 1B3HA 3T9VA 1MXWA 3Q27A 5KDTB 5H8HB 4QFLA 4GXAA 5CRYA 3DRIA 3CI8A 4OEUA 5ITOA 4JWYA 3LSXA 3QXMA 1Y3PA 1D4NA 3FIRA 2QS1A 1N7XA 3T96B 1MM7A 2G93A 4FORA 4NE4A 3V5AA 3H03A 4THIA 1EZPA 2I0BA 1BKAA 4IO7A 2FYIA 1BLFA 4OVJA 4FJPA 1Y4CA 1MQJA 1FTOA 1SW4A 2H98A 4U4XA 3LBSA 4LQ5A 1DSNA 2ZYNA 1MY0A 4DZ1A 2F6GA 5EHMA 4G8MA 3UN6A 3K00A 5JTYB 4JDFA 1DPEA 4U1OA 4OENA 5FHNA 1TXFA 3UGWA 4F2OA 1A8FA 2I58A 1IXGA 1MM6A 2XXUA 4R6KA 4PP0A 3V83A 4FEBA 3Q25A 3RPWA 5TPAB 2Q9TA 4EXLA 4EQ9A 5H8SA 3SESA 1LCTA 3PUXE 1N84A 4Q5TA 4PFYA 3VLVA 3IAZA 4YB5A 1SQYA 3FVKA 1B51A 2VGQA 4WEDA 4ZDMA 4ZEFA 3PAMA 1M5EA 2XD2A 3G3GA 4NF6A 3IOVA 1FQFA 1GTKA 4H65A 4KYSA 1BIYA 3CHGA 5KCJA 1PEBA 2HZKA 1OIBA 1Y3QA 3TTKA 1SI0A 3O6GA 2X7QA 4TLMB 4LZ5A 3TCGA 1O64A 1F9BA 3B6QA 2B3BA 4BLAA 1SI1A 1T0KA 2GH9A 3A09A 5FHMA 2DP8A 4TOZA 2V93A 4G68B 1A54A 1Y1ZA 3PMXA 1JVYA 1H3DA 3C32A 3IOUA 1A55A 4ZECA 2ABHA 4Q8RA 2DSFA 3OEKA 3OENA 3D4GA 1MDP1 1R6ZA 3Q26A 4H6DA 1XS5A 2DE4A 3G3IA 4LP2B 3U1OA 3USDA 2I4BA 2ZNSA 2XHDA 5IKBA 4U1ZA 4YMBA 4OYVA 2VOZA 4YMAA 4BDMA 1OQHA 4P0IA 4OESA 1N04A 3KSXA 1ELJA 2VD2A 1B7ZA 1TWYA 2RCBA 3KGCA 3VXCA 4MF3A 1N7WA 5AA2A 3TPAA 1FQBA 4Z7EA 3IO4A 3S9EA 1WDNA 1QULA 4OZ9A 3LSLA 3OO7A 2GHAA 5KZTA 1JEUA 2I48A 5IAIA 3M3LA 1YTVA 4R9FA 1B7HA 4FECA 2XXHA 1B5JA 3PMWA 4F3SA 1MH4A 4H67A 4TLLB 1MDQA 1LB9A 3K01A 1Z7ME 4FIMA 4QSCA 3LR1A 4DIGA 5H8NA 2FNCA 3C31A 1VFEA 1B32A 1B4HA 4NF8A 5A5XA 4GLIA 2HAVA 3RTWB 3T66A 4EDPA 3RT6B 2B65A 3RUMA 3KG2A 2Y7PA 4EF2A 3RTFB 1LLSA 4F1VA 3W9VA 3E4RA 1IEJA 1NNKA 1YPNA 1N0TA 4NWCA 1Q35A 1AH5A 4JBZA 3OXNA 1N3XA 3FJ7A 3KN8A 2F7CA 2YPNA 3AXFA 1MY2A 1IZ1A 2G29A 5L9MA 3CR9A 3U93A 4U22A 2DE3A 4PE5B 4KD5A 2FA7A 3KOSA 4UACA 3KN7A 1USYH 3SEVA 3M3FA 3N6TA 4GL8A 3FVOA 5TP9A 1P99A 3Q29A 4LATA 4BDNA 4Q30B 4YU0A 2RC9A 4PFUA 5H8QA 1BP5A 2F7BA 1RYXA 4GL0A 1IXCA 3TAJA 3TYHA 2RF1A 2F5XA 4HCYA 3LC8A 1FQCA 1A99A 4X1DA 1CB6A 4H0WA 3CSBA 4QF9A 3I3VA 3OSRA 1H45A 2DOJA 4MLVA 1UQWA 4R6HA 2ZYKA 2DVCA 3K0VA 1IITA 2P2AA 1XOCA 3O28A 2Y7KA 2UVIA 3S9NC 1B52A 1ANFA 1EZOA 1QUJA 3G7WA 2Q2AA 3MUQA 4PETA 1SYIA 4IO4A 1VFDA 1SW2A 3SEUA 1SVXB 1MS7A 1H44A 5AA1A 3MC2A 4FATA 2HQ0A 5I58A 4FE8A 5HM4B 2GRVA 3TZAA 2NOOA 5AE4A 1P1OA 3H6UA 1URGA 4PFTA 2O7UA 2E1SA 2Q88A 3CRBA 4P11A 1LBBA 4IGTA 3R7XA 2Q8JA 2ZNTA 3K4UA 3U72A 3U92A 4H5FA 3OSQA 4GVOA 4G8HA 4OHNA 1JETA 3HCQA 1URSA 3R26A 1QVSA 3G3HA 2QSXA 1Y3NA 4EUOA 3O66A 2XXXA 1PDAA 3V89B 1ZU0A 3GLBA 1UTBB 3OD7A 4RK2A 1LAGE 1B1XA 3DRHA 1FW0A 3IJOB 1OMPA 1FQAA 3KFMA 3ODBA 3C33A 4RK9A 2VD3A 1D9YA 1QW0A 4XKQA 3DP8A 2XXQA 3H3GA 5H8HA 3PUWE 5DTBA 2O1LA 4LA9A 1MXVA 2RC7A 4F1YA 2P1SA 2I6EA 4PQJA 4GD5A 1R1NA 4C0RA 3TEPA 3W15C 3QYTA 1RYOA 4KCDA 1I69A 4YKKA 5CMCA 4ISUA 1Q1KA 3MBPA 5I59B 1M5DA 5B70A 3QUFA 2HFBA 3EHTA 4OMBA 3CFLA 2ZXTA 4U2RA 1PB8A 3DLNA 1B3LA 1S7YA 4X9TA 3MP8A 3QIMA 3RT8A 4I62A 1FTJA 2XXWA 2PBWA 4KYEA 2ZYOA 4YKPA 4AQ4A 3N6UA 4O3BA 1EH3A 4AB5A 3TTNA 5DEXA 3TMGA 1Y9UA 4JB7A 3KEIA 3K6WA 5TPAA 4ZEKA 1USYE 3G3JA 3IB1A 2UYEA 2W7YA 4QFOA 1US4A 3RY3A 4ZEIA 2OJTA 1FQDA 3I5OA 4POXA 4RXLA 5HBCA 3S9MC 4ZZAA 3B6WA 3G3FA 4KR5A 4EXKA 1P1UA 1HSLA 3K1PA 1JW4A 1MQDA 1LB8A 3QUJA 3EN3A 4K3FA 1UIVA 1A7LA 1TT1A 1POTA 3OOAA 5AA4B 4XXUA 2O1MA 2AL5A 3MQ9A 3HSTA 1MPBA 3O97A 3O6PA 4NF5B 4G68A 4R9GA 3T93B 5CI5A 3ECRA 4OFJA 3HHFA 3HHGA 4DXCA 3IORA 1LAFE 1LSTA 3DRKA 4ND9A 3PPOA 4ZE9A 5AA3A 3KOTA 1B7UA 3K1MA 1MXUA 1I6BA 3PV0E 3MP6A 1QUIA 1JW1A 2ONKE 4GFRA 4L17A 1XVYA 1DTGA 3TFLA 2I3VA 3V8XB 2DXRA 4OTEA 1LAXA 2DS9A 1MRPA 2A5TB 4NF6B 4G4PA 2B4MA 2Z8EA 1MPDA 2QPQA 4R6YA 4RPOA 2H5YA 1SDXA 4GRKA 5HPQA 4IY5A 4QSEA 2F8DA 5ITPA 4R2FA 5L9OA 4RA1A 2HEUA 4YKIA 4QSDA 3DRJA 4OWDA 2VHAA 5TU0A 1NNFA 3PD8A 1B1HA 3O6HA 5EHSA 3B6TA 4R2BA 4EF1A 3SKPA 5LOMA 3O29A 3VFJA 2XX8A 3GBAA 4KQPA 4ELOA 4QFKA 4YZZA 3TDJA 1OVTA 1IQ7A 3C35A 4I8CA 3DELB 1ATGA 3C9HA 1NL5A 3FJGA 3PPNA 2O69A 2GHBA 3EHSA 3I6VA 4NF4B 3K6UA 5AA2D 2B3FA 4F31B 2H9BA 4UA8A 1SW1A 3DP4A 4DCYA 4NTLA 1FTLA 3FXRA 2ALUA 3OO8A 1ZLQA 4DE8A 2X7PA 4WXJA 4LUBA 4FEDA 1PB9A 4F2QA 3N26A 2RINA 1BTJA 3MP1A 2Z22A 3MAMA 3TTRA 4ELRA 2ESNA 4XKNA 3K6XA 5I56A 5CMBA 3T9HB 4E0WA 3FJMA 3PMVA 3ILTB 4JWXA 1I6AA 3F11A 3SERA 1JNFA 1XC1A 3L6HA 3SEYA 2RKMA 5H8NB 1DOTA 1M5BA 1B40A 4X1BA 5H8FB 2IEEA 2NVUB 3GZGA 4R75A 2OWTA 3A3CA 4NF8B 2DWIA 3BBRA 2R71A 1FTMA 2DVZA 1UTHB 4G8NA 4KFQA 4OERA 4R72A 1AL3A 1Y1MA 4H8JA 4F3BA 3KN3A 1L5TA 2ZNUA 4G68C 2DYXA 2OK2A 2UVHA 4KI0E 3H06B 1NH7A 3QK6A 2F78A 2PT2A 1VR5A 3TTMA 1N76A 1DPPA 1Y4TA 4HTGA 3CVGA 3MVWA 3WAEA 2XXRA 4OQOA 1PB7A 1A40A 4NEDA 3O2AA 4HS7A 1OLCA 3S4UA 2H4IA 4GOTA 4DCXA 2R9JA 4BDLA 3DRFA 1MPCA 3ZSFA 3MZ1A 5FTIA 4N07A 3C36A 3IO6A 4IO5A 3T9XB 3CG3A 1IXHA 1EZ9A 4KHZE 2AL4A 5DT6A 1B58A 3R6UA 5H8QB 5ICQA 3TODA 2GFEA 3VDFA 3CSGA 2D21A 3RQTA 4JWOA 4ZEBA 4XKRA 1P1WA 5L9SA 2OZZA 5J1DA 4F3GA 3VVFA 2Z8FA 3PGFA 1UTBA 2OLBA 4IO2A 3T9UA 2WOPA 4U4SA 2R6GE 5L8DA 2H99A 3WAFA 4YKJA 2PVUA 5DVIA 3FGSA 2BJJX 3FV1A 5I2KB 3HN0A 4NMYA 1QKAA 1MH3A 2F35A 2DWAA 4M1VA 3LSFB 3KBRA 4I1DA 1R9LA 1B0LA 5I57A 2HCAA 2DWHA 2UVGA 3A3UA 2THIA 5ICTA 4MBPA 1LCFA 3BFUA 1FTKA 4JSOA 3ONMA 2AYSA 5KDTA 5FTHA 4IY6A 4XIGQ 1B05A 4IO6A 3DP6A 4H1XA 1MQGA 4OETA 4GF8A 2HXWA 3MPLA 2YJPA 1QJMA 3E13X 3IB0A 4ELQA 2QL3A 2DXYA 2WOKA 3JV9A 5CMKA 4M4GA 1HSJA 1WVJA 4HCWA 2F36A 5K2XA 3T22A 5DVFA 3D4CA 3TCFA 3O6IA 5I2NB 4GQOA 4LZ7A 3EHUA 1MY4A 1ZJLA 2ONSA 5F7VA 1IXIA 2B4LA 3K02A 2ONRA 3H6VA 3CFXA 1Y20A 4E0XA 3MVYA 2QS3A 3H6TA 1SYHA 4H5GA 2XXTA 5JTYA 1B0HA 2F97A 1JQFA 4F29A 3BKIB 3GXAA 3FXQA 4LVQA 3FTOA 4WEPA 1POY1 2A5SA 3FXUA 4RNSA 4R73A 4X48A 4LONB 2UXAA 3N94A 3PUYE 2O84X 3MVXA 1AMFA 1XT8A 2HZLA 2ZYMA 4DLDA 1SW5A 1DTZA 1PC3A 4R74A 4WKMA 1MXXA 4YB6A 3FASA 2Z23A 3IJXB 2PYYA 1NNPA 1TFAA 5AA4A 2DWJA 4F1UA 1SBPA 3E3KA 2HAUA 4IB2A 3SEXA 2PX1A 1OLAA 3THIA 1QUKA 4NF5A 3PPPA 5DEXB 1D3KA 2Y7RA 2Q2CA 2RC8A 3SETA 1B3GA 3K1NA 2V3QA 2OWSA 5CMMA 1NMUA 3KSJA 2NXOA 4MLQA 1I6QA 4KCCA 1PBPA 1P1NA 2O7IA 5CM6A 3OMBA 1ZTYA 3C4MA 1ZBMA 2O68A 4YICA 3RYBA 1B6HA 5M2VA 4BDRA 4F19A 3TTLA 3UP9A 3HPIA 3OO6A 3EPEA 3RLFE 4OEVA 5CC2A 2A5TA 1B46A 4F3PA 1LFIA 3U8QA 3DM0A 5F1QA 5JK4A 4LZ8A 2I4CA 2KLFA 2WOLA 1LGBC 2O51A 4ONYA 3TQWA 4ECFA 5EYFA 1MXYA 3KZGA 4RYAA 3QAXA 3N5LA 5FHOA 2NUVA 3MW0A 4H8IA 3TKDA 1QKBA 1GVCA 5CBSA 4MFIA 2V3TA 3GBBA 1NNTA 5KCJB 5ELVA 3UIFA 2PMSA 2V25A 1UIUA 3IL1B 1JVXA 1S50A 4HW8A 4NWDA 2D3IA 3LSWA 4F18A 2V3UA 4TQUQ 1II5A 5DYHA 3JZJA 2REJA 3VLUA 1GR2A 2I49A 4G2ZA 4QFNA 3IR1A 4I9DA 1OQGA 3SDFA 4NF4A 1IIWA 1IUDA 4C1TA 4ZE8A 1XVXA 1LAHE 1FCKA 2Y7IA 4OXVA 3ZS6A 1MY3A 2QRYA 2PT1A 4YAHX 5I84A 1MY1A 3VXBA 1OVBA 2LAOA 1M5FA 3P7IA 3RN8A 2AIXA 2XXPA 4N6PA 3QSLA 1YAEA 2I3WA 1WODA 3PPQA 1ZKBA 4PFWA 2VP1A 2XD3A 4G77A 1J1NA 4Q0CA 1P1QA 4U23A 3VLWA 4EQ7A 3M8UA 3RYAA 3EF7A 2QS2A 1NH8A 1NFTA 1VSOA 3M3KA 3HV1A 2I0CA 5AA2B 3B7DA 1O63A 2O6AA 1AOVA 4N13A 1ZIUA 5BUUA 5H8FA 3VV5A 2X26A 1MQIA 4RJZA 2ZMBA 4F39A 3PUVE 3FVNA 4BDOA 1S9TA 1UTHA 1PBQA 2Y7WA 1B4ZA 3DRGA 4OFLA 3OEMA 2XX9A 3OELA 2Y84A 2XXIA 5ISUA 1ZMGA 1D9VA 1H43A 2QS4A 2YLNA 2WKYA 2UVJA 2P0SA 1FQEA 1H76A 3IOWA 1Z7NE 2QMWA 3ZKLA 3PD9A 3UORA 1US5A 1B5HA 5A5XB 3PU5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XTCQ 5IZ3B 2OCUA 2VPNA 4ZEDA 3FATA 3IX1A 2FIEA 3FD3A 2UYFA 5K2YA 4MNIA 3S9LC 2PFZA 3TCHA 3K6VA 3U65A 3CIJA 3B50A 2F34A 2F7AA 2OX3A 4P0GA 4QHQA 5IZZA 3IOTA 1LFHA 2F3DA 2REGA 4MNCA 5I56B 4KYDA 2HHMA 3W9WA 3Q28A 1FPIA 3MWBA 3TUSA 3VE1B 1KWHA 3RNNA 3C34A 3MZ9A 3A29A 4GWXA 1CE2A 3ZKKA 3FZVA 4XKPA 1AIVA 3RGYA 1FPDA 3CFZA 3IK6B 1N3WA 3FV2A 5CBRA 4ESWA 1RDYA 3K2DA 3U94A 5TP9B 1SD3A 4LN5A 4PDHA 4BDQA 1MQHA 2M8CA 3BIHA 1VE4A 1FBPA 2OBGA 4F22A 1YCJA 4EQBA 1LFGA 1KA0A 3KJTA 5I2KA 3LUYA 1A8EA 1NKXA 3JYRA 4OVTA 2ANJA 1JEVA 4LQ2A 4ZS9A 1RDZA 1URDA 3MPKA 4GXSB 3H4ZA 2Z8DA 3LVUA 3CG1A 4X04A 3MVZA 1GV8A 3E9XA 2XXVA 1M5CA 3FVGA 4JSDA 1B5IA 2RCAA 1B3EA 1GGGA 4QRZA 4N6KA 4ZZEA 4JXIA 3PPRA 3PUZE 1HSEA 4O3CA 2E0SA 3G3KA 2DE2A 2Q89A 2IA4A 2QJEA 4DXUA 4GWOA 4IGRA 2V84A 3S2VA 4PAKA 3MSTA 5I58B 2DQVA 1LBCA 4ESXA 2CZLA 1DMBA 1EU8A 4OFOA 3RPLA 1JW5A 4DXBA 4ELPA 3IB2A 1RKMA 3H7MA 1B2HA 3HO7A 1B3FA 4AB6A 1B9JA 5I7IA 3ILUB 2XX7A 3FUZA 3H6WA 4POWA 3MJNA 4DDDA 5I59A 2F6PA 4RY1A 4Z0IA 4QFPA 1TFDA 3VVDA 1XHYA 5I2NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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