5ISUA

2.2 angstrom crystal structure of abc transporter substrate binding protein ctap (lmo0135) from listeria monocytogenes.
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
488
structure length
488
Chain Sequence
KDGGSLIIGVTGDPEVINPNYASDRVTLTIQQAVYAPLFWEVDGKPALAKSLDISDDNLTYTVKLKDGLTWHDGKPLTADDVVFTVNSILDTKQNSPNRGNFVFDDKPVKVEAVDDTTVKFTLPTVAPAFENTIKTFFPIPKHIFEGVENIEKSDKNKNPIGSGPYKFVEYKTGEYVSLERFNDYFDGKPKLDKVTFRITKDQNAANLALQNGEINLKSIQPSDRNKVEKASAVNIITYPENRLSYATFNENQPALKSKELRQALSYALDREEIIDAAYGSDEYAKPASSFLTENTKYFTDKVETYDQDIAKAKKLVKESGFDTSQKLTVYYLNNSKSQESIALYLQQQYKEIGVTLDLKPTDPNALSNITLDRKNADYSIALNGYIMGNDPDAYKSLYLSDAPYNYSNYHNKDLDALWEKGAVTADDKERQEIYEKIQNTIADDAVIYPISYDNAVLALDSRYGGQKAATPQPVTMFRDLSKLYLTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title 2.2 Angstrom Crystal Structure of ABC Transporter Substrate Binding Protein CtaP (Lmo0135) from Listeria monocytogenes.
rcsb
molecule keywords Lmo0135 protein
molecule tags Transport protein
source organism Listeria monocytogenes egd-e
total genus 169
structure length 488
sequence length 488
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5isuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5isuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5isuA02
5DT6A 2WOPA 1QJMA 3EHUA 1TT1A 3OO6A 1QULA 5CMCA 2IEEA 5I57A 3C35A 1OVBA 3PPPA 1SW5A 1R1NA 5CBRA 4H6DA 4YU0A 1B7UA 3MP1A 1Y3PA 2M8CA 2H5YA 1BP5A 3TELA 4ELQA 1MXYA 2OBGA 1ANFA 4EF2A 3O28A 1R6ZA 4RXLA 1NMUA 3PU5A 1Y1ZA 3ECRA 2RKMA 3H03A 4ZS9A 4M4GA 3IX1A 1US4A 4NE4A 4Q30B 1B3FA 4YB7A 2AYSA 3ZKKA 1LFGA 2HZKA 2HAUA 3LSLA 3AXFA 3LSWA 3RGYA 2ZYKA 1SW1A 2REGA 4I62A 3VLUA 4JWOA 3MPLA 1NL5A 5DTBA 2R71A 2PMSA 4H67A 3G3HA 3CIJA 4BLAA 2ONSA 1B0LA 3U94A 1MPDA 4BDQA 3OO7A 4OZ9A 3RY3A 1BKAA 3K01A 1IXHA 4FE8A 4GD5A 1M5FA 5JTYB 5H8SA 5B70A 5A5XB 5H8QA 1PDAA 5DVJA 4IO6A 2HQ0A 1URSA 3EQ1A 1LSTA 3O9PA 5EHSA 5AA2A 1JW1A 4DLDA 4R6YA 3KBRA 2V3UA 4OESA 2G29A 5TP9A 3CFZA 1LCFA 3FD3A 3T9XB 4HCYA 3PD8A 2UVJA 1B3LA 1TFAA 4DIGA 5K2YA 5KZTA 2PYYA 5KCJA 2AL4A 1ZJLA 5CMKA 1FQCA 3IOUA 3FJMA 1FTLA 1AMFA 3FJGA 1PB8A 4TLLB 3QSLA 2YPNA 3L6GA 3MBPA 4XKPA 3TQWA 3I3VA 4RPOA 3K1PA 3SEYA 3FIRA 4LP2B 4Z7EA 1B5JA 1FTOA 4AB6A 3IOTA 2F34A 1SI1A 4LZ8A 1LGBC 4TOZA 1A40A 4OEUA 1B51A 1MH3A 4G8MA 4HW8A 3D4CA 4NF4B 5I2NA 1B0HA 3MP8A 1MG1A 1MH4A 3K0VA 1BTJA 4XKRA 2UVHA 3SEXA 1T0KA 2CZLA 4LQ2A 4MLQA 1WODA 4FEDA 2REJA 1N3XA 3MQ9A 3VVDA 1JNFA 4ELRA 4YKPA 3V5AA 1DMBA 4DCYA 5FHNA 2DWJA 3DELB 4U23A 4C1TA 3PMWA 4NF6B 3WAFA 4ECFA 2VHAA 4RA1A 3IB1A 4H0WA 2VP1A 1FCKA 1POTA 1M5CA 4JWYA 4H8JA 2Z8FA 3PUVE 3T93B 1PB7A 1DOTA 2YJPA 1S50A 2O7UA 1JVYA 3PPQA 4YMBA 2P2AA 2ZNTA 1OMPA 1MXUA 3VLWA 5CBSA 5AA3A 2UXAA 2ZYNA 3OSQA 4FATA 3UORA 3VXCA 3IOVA 2XX9A 2Q89A 3FV1A 2V3TA 2F78A 4E0WA 4K3FA 3QIMA 4U1ZA 2DWIA 2ZYMA 3OXNA 4DZ1A 3V83A 4KR5A 2QL3A 3K6XA 4QSDA 2Y7RA 1Y3QA 4R75A 2PVUA 2RF1A 4KYDA 3FJ7A 2H99A 2I49A 1QUKA 3DRKA 4IY5A 4Q8RA 1GGGA 3TFLA 1QKAA 1FTJA 3G3FA 1A8FA 2D3IA 3SKPA 5IKBA 1XS5A 4EDPA 3TMGA 4ELPA 2XXXA 5H8NB 1UTBA 1HSEA 4R6HA 4FORA 1MXWA 3H4ZA 2O1LA 1FTKA 2D5WA 3U72A 3HHFA 1B7HA 4THIA 4MLVA 3TDJA 2VD2A 4KQPA 3W9WA 1N7WA 1PBQA 3N26A 4QHQA 1NNPA 3TCFA 2AL5A 4KFQA 4LVQA 2O68A 2V25A 4XIGQ 3TYHA 3IORA 2CMOA 1IQ7A 2I3VA 5AA1A 1DTGA 1HSJA 4GXAA 3IB0A 3B6TA 3H6UA 3GZGA 1LBBA 2OJTA 4OYVA 4LZ5A 2X26A 2DE2A 1DPPA 4DE8A 4G8HA 4QSEA 3KOSA 3K6WA 4ZEKA 3DM0A 2XXWA 3TTNA 2OZZA 1NH7A 3SESA 4N07A 4JSDA 1H3DA 1NH8A 3EPEA 1PEBA 3MPKA 2H4IA 5DVFA 3U92A 5B7DA 3CFXA 1II5A 3RQTA 1MRPA 3EHSA 4LZ7A 4QFPA 4GF8A 3UP9A 2QS2A 5TPAA 4DXBA 4G4PA 1TFDA 3IOWA 4IGTA 4XTCQ 4H5GA 1UTHB 3GBBA 5H8FA 2OCUA 5I59A 3O6GA 3RYBA 2DE3A 5TP9B 3C9HA 3PUYE 3IK6B 5CRYA 2F5XA 3BKIB 3FXUA 1UIUA 3FXRA 5I58A 1VSOA 3TZAA 3SEUA 1A99A 4NF8B 3M3FA 1LAHE 4F39A 5ICQA 3T9UA 5LOMA 3T22A 4G68A 4E0XA 1I6QA 4UACA 4X9TA 3KSJA 3O29A 3S9NC 5I2KB 1B1XA 2YLNA 3S4UA 3VXBA 1SD3A 1ZBMA 3CFLA 3TEPA 3RT8A 3M8UA 4GOTA 2NXOA 4H65A 3QYTA 4MFIA 4OHNA 3KGCA 4F3GA 2THIA 4GQOA 3OELA 3D4GA 2H25A 3U1OA 3RLFE 3JYRA 1EZPA 3B7DA 3MP6A 1B3HA 3TQLA 1I6AA 2Y7IA 4WKMA 1POY1 5DEXB 4HTGA 1DPEA 2Y7WA 4ZZEA 5ITPA 5KDTA 3G3IA 4G2ZA 3N5LA 5HBCA 2V84A 3HV1A 4R2FA 3M3KA 4AQ4A 5DVIA 5FHOA 4NF5A 3UK4A 1JW4A 2UYEA 2UVIA 1MY3A 1P1QA 2R9JA 2I3WA 3C4MA 4OENA 1MDP1 5ELVA 3HO7A 3FASA 3G7WA 3H06B 1TXFA 3CSGA 3Q29A 3OEKA 2DE4A 4NWCA 3BFUA 2XD2A 5BUUA 4G77A 5I56A 4F1YA 1NNKA 1P1WA 1J1NA 2DSFA 1A55A 1US5A 3OEMA 4X1DA 5ISUA 5DYHA 5FTHA 2QS1A 4RJZA 2F6GA 3ILUB 1M5EA 4F2OA 2Y7KA 4BDNA 1URDA 4EXLA 3RPWA 1ZU0A 1B3GA 1XC1A 4PQJA 1JETA 3DP4A 2XD3A 1A7LA 3FZVA 3HHGA 5AA4A 2DOJA 3MVYA 4U4XA 1FQEA 1JQFA 3S9MC 2WOLA 4ND9A 3FVGA 4QSCA 3FUZA 2NWJA 1MQIA 1QVSA 3LBSA 4TLMB 1IUDA 4NEDA 1GVCA 3UA8A 3Q27A 1GTKA 2Y7PA 3TPAA 3MWBA 2DYXA 2ZNSA 1MQDA 5FHMA 4NWDA 3DRJA 3LVUA 4O3AA 1SW2A 4PFWA 2RC9A 4ESXA 3PUWE 1Z7NE 1H44A 3QUFA 1ELJA 1CE2A 3FV2A 1ZKBA 2A5TA 4PFUA 2Q8JA 4QFLA 2ZMBA 5FTIA 2DP8A 5CC2A 3KG2A 3U8QA 2OWTA 4IO3A 5F7VA 3K1NA 4I9DA 4ZE9A 4C0RA 4H1XA 5JEIA 3OOAA 3KJTA 1AIVA 1A54A 1N04A 1MPBA 1B5IA 3Q28A 4KD5A 4Z0IA 1MDQA 3DP6A 5L9OA 3HSTA 3IO4A 3C36A 4PFYA 4RY1A 2FA7A 3QAXA 3SERA 3G3GA 4ESWA 3OO9A 1FW0A 2P1SA 4KYSA 1MY0A 1YPNA 2O6AA 1XOCA 1QUJA 1IXGA 3C32A 3MVXA 3TAJA 3VE1B 2F35A 4IO4A 4DXUA 2GHAA 3DRFA 2QPQA 2RCBA 3O66A 3CSBA 4XKNA 2ESNA 1RYOA 1MXVA 5TU0A 2I6EA 4GL0A 4MF3A 2XXPA 3ZS6A 4YMAA 2PT2A 4F1VA 3RT6B 1EZ9A 2HAVA 3KJ7A 2ZNUA 4F3SA 4IGRA 3MVZA 3KZGA 1B9JA 4OVJA 1R9LA 1N76A 5H8FB 2I4BA 5AE4A 2WKYA 1D3KA 4JXIA 1D9YA 2OK2A 1B7ZA 4ONYA 2O69A 1MQHA 1B5HA 3T9HB 2XXQA 3Q25A 1RYXA 4I8CA 4OFOA 2DVZA 1N3WA 1L5TA 4YZZA 4LONB 3CHGA 1Q35A 4XKQA 3F11A 2Q9TA 3FVOA 5L9SA 1ZMGA 4R72A 4GWOA 4F1UA 3MZ1A 4U2RA 4OERA 1B58A 2FNCA 1B40A 5IAIA 3SETA 3DRGA 1URGA 4Q0CA 5JTYA 4OEVA 1H45A 1USYE 1SW4A 3A3CA 2B65A 3CRBA 3VVFA 1YCJA 4WEDA 2ZXTA 3A09A 4C1UA 2Z23A 3CR9A 2QS4A 4GIZA 1MY4A 3RN8A 2B4LA 1O63A 1ZIUA 2XXVA 1Z7ME 4EUOA 1XVXA 5I57B 1SQYA 4F3PA 1LB9A 4OFLA 4PP0A 3S9EA 1IZ1A 1LAGE 3O6PA 3CG3A 3S9LC 1HSLA 1LLSA 4PETA 2QSXA 3JZJA 1H76A 2RC8A 1IXCA 3TTLA 3PMVA 5L8DA 2OWSA 4NF5B 2H9BA 3H3GA 2AIXA 4ZDMA 4FECA 4YICA 3H7MA 1SYHA 2F7BA 1P1NA 4TQUQ 2HXWA 3A3UA 1B4ZA 3GLBA 5I56B 2DQVA 3TTKA 3B6QA 2FYIA 1ATGA 1FQBA 5K2XA 3H6VA 2Q88A 2XXYA 4NF4A 1B6HA 5JK4A 3C33A 4YB6A 4F29A 1MXZA 1NNTA 2RCAA 4MH5A 4GRKA 1Y9UA 5BWJA 3W9VA 2D21A 1JEVA 3ILTB 3K00A 1Q1KA 2W7YA 1LAFE 3PUXE 3RTWB 3O6IA 3IAZA 4I1DA 3OMBA 2BJJX 3KEIA 3OSRA 1LCTA 4ZZAA 2XXUA 4MBPA 5H8QB 3OO8A 4NF6A 4QRZA 2XX8A 4X1BA 3O97A 2XXRA 4O3CA 4QFKA 1GV8A 5AA2B 3LSXA 2F8DA 2Z8DA 2A5SA 1LAXA 1EZOA 2HCAA 2PBWA 1NFTA 3PGFA 2Z22A 3IO6A 2F7CA 1OLCA 4PFTA 1YTVA 3TCGA 4H8IA 2I0CA 3R26A 4QF9A 3V89B 4R9FA 5KCJB 3R6UA 1Y3NA 1LFHA 1F9BA 3MZBA 4F3BA 3UGWA 3IB2A 3EHTA 3VVEA 3K2DA 4BDMA 2Q2CA 4OFJA 2QMXA 3KN7A 3RTFB 1D4NA 4F19A 1MM6A 5F1QA 3PAMA 1SDXA 3PD9A 1MXXA 4ZECA 4YAHX 4RK2A 4POWA 2ONRA 3I6VA 2DVCA 3PMXA 2XHDA 4R74A 3VV5A 4ZEDA 4OXVA 5I2NB 2F36A 4JSOA 1M5DA 3KN8A 1S9TA 5H8HA 4NMYA 4QFOA 4R6KA 2I58A 1AOVA 2GHBA 5H8NA 1JW5A 1GR2A 4F31B 4G8NA 1B46A 3KSXA 5EHMA 3H6WA 1ZTYA 3GXAA 1SBPA 3K4UA 2HEUA 4G68C 1P99A 4ZEIA 1FQFA 2QMWA 4H5FA 3N6UA 3ODBA 3MW0A 3MUQA 3O2AA 3SDFA 1H43A 4IY6A 3CI8A 1SVXB 4OETA 3DP8A 4WXJA 4IO7A 4FEBA 1PBPA 4R9GA 3C31A 1FQAA 4KHZE 2ZYOA 3BBRA 2PX1A 3OD7A 3CVGA 4GFRA 2DWAA 4GXSB 4OWDA 4RPNA 3BFTA 3MAMA 2UYFA 4AB5A 5CMMA 2E1SA 3HN0A 2B3BA 4NTLA 3K6UA 3IJOB 1RKMA 3W15C 4N13A 4F2QA 2IA4A 3TUSA 1B4HA 3MC2A 1XVYA 1B32A 3C34A 5CM6A 2QJEA 4JB7A 3QUJA 1EH3A 2VD3A 3KFMA 1KWHA 4HS7A 2NOOA 3PPRA 3E4RA 4IB2A 4YKIA 3T9VA 1LBCA 2B3FA 2O51A 3ZSFA 4IO5A 4JDFA 2V3QA 1B3EA 4OMBA 3FATA 1Y20A 1UTHA 2O84X 1MY2A 4EF1A 3L6HA 1VFEA 1I6BA 2X7PA 4LQ5A 3SEVA 5J1DA 4GL8A 4KCDA 1LFIA 1UTBB 1YAEA 1QKBA 1OVTA 3TTMA 4EQBA 4KCCA 5AA2D 4FIMA 4GLIA 1N7XA 4JBZA 3CG1A 2DWHA 4NF8A 4R73A 2H98A 3FXQA 4LATA 1FTMA 3RUMA 4RYAA 3MJNA 4DCXA 1B52A 4ZE8A 3H6TA 3SEWA 3U93A 3HPIA 2F6PA 5I2KA 4U4SA 4KPTA 3IJXB 1Y1MA 3LUYA 4F18A 2VOZA 1JEUA 1P1UA 3USDA 3I5OA 2OLBA 1OLAA 2E0SA 3WAEA 3E3KA 4EQ7A 3IR1A 5DEXA 3R7XA 3Q26A 1Y4CA 3T96B 2HZLA 2HFBA 3VFJA 4POXA 2X7QA 1AH5A 3FVNA 1B2HA 2B4MA 5M2VA 1P1OA 5ICTA 2RC7A 5CMBA 1OQGA 1EU8A 4U22A 4L17A 3FGSA 4U21A 2XXIA 4M1VA 3TODA 5TPAB 2O7IA 1BLFA 1DTZA 5CI5A 4Q5TA 2LAOA 3GBAA 4YB5A 2P0SA 3RYAA 1MPCA 1DSNA 5I59B 2QS3A 1USYH 1MY1A 1FQDA 2R6GE 4U1OA 2ONKE 3EN3A 1AL3A 1UQWA 2PT1A 2Y84A 1WVJA 3DRHA 5I58B 1O64A 2XX7A 2NUVA 1A8EA 2Z8EA 4WEPA 3UIFA 1I69A 1IITA 1XHYA 4BDRA 4P0IA 3ZKLA 2GFEA 4G68B 3P7IA 4BDOA 1M5BA 4O3BA 1IXIA 2I48A 3LC8A 3TCHA 1TWYA 4N6PA 2ALUA 3ONMA 3JV9A 4FJPA 4OQOA 5A5XA 1IIWA 2F97A 2ANJA 1BIYA 3MVWA 4YKJA 3UN6A 1N0TA 1D9VA 3K6VA 1NNFA 4YKKA 3LR1A 1R9QA 4F22A 3E9XA 4ELOA 3K1MA 1MS7A 4EXKA 2O1MA 5KDTB 3EF7A 2DS9A 5H8HB 4IO2A 4PE5B 1UIVA 3PUZE 4BDLA 3HCQA 3N94A 1QW0A 4FAJA 1VR5A 1OIBA 1MQJA 1VFDA 2WOKA 2KLFA 4ZEFA 3FVKA 3QK6A 3TTRA 5EYFA 2GH9A 3T66A 5HM4B 3TKDA 1IEJA 3QXMA 3M3LA 4R2BA 1OQHA 2I0BA 4JWXA 3THIA 3OENA 1JVXA 3K02A 4X48A 2Q2AA 4EQ9A 3V8XB 1B05A 1SYIA 1ZLQA 4QFNA 3LSFB 2VGQA 5AA4B 5ITOA 3KN3A 1NKXA 1PB9A 3E13X 2RINA 3PPNA 5HPQA 4KI0E 2ABHA 3VLVA 1N84A 1MQGA 3G3KA 1O7TA 2XXHA 2V93A 3B6WA 3DLNA 3KOTA 2G93A 4RNSA 1Y4TA 3S2VA 4P0GA 3FTOA 1XT8A 2QRYA 2F7AA 1PC3A 3N6TA 2I4CA 3DRIA 1VE4A 3MZ9A 2A5TB 3PV0E 1B1HA 4HCWA 1QUIA 3PPOA 2XXTA 4P11A 1SI0A 4ZEBA 4OTEA 1MM7A 4KYEA 1WDNA 4UA8A 1LB8A 4ISUA 2UVGA 5L9MA 3RNNA 4DDDA 4LUBA 4GVOA 3G3JA 2NVUB 3VDFA 1S7YA 4DXCA 1CB6A 3IL1B 4RK9A 3O6HA 2GRVA 5I84A 4LA9A 2DXRA 4XXUA 2DXYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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