The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
164
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structure length |
162
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Chain Sequence |
AYTDESGLSELVNAAGEKLQDLELMGQKNAVRDFFKELIADSGKVAYGESQVRANLEINSVDVLLLSEDLRAERVTTKCSVCGYENKWTRRWKPPAPAAGNCPKCGSSLEVTDVTDIVDEFSELADKSNAKVVFVSTDFDEGSQLMNAFGGIAAILRYNTGV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray crystal structure of C-terminal domain of Peptide Chain Release Factor from Methanosarcina mazei.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Methanosarcina mazei
|
| molecule keywords |
Peptide chain release factor subunit 1
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| total genus |
48
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| structure length |
162
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| sequence length |
164
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-08-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03465 | eRF1_3 | eRF1 domain 3 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WPS A; 3CG6 A; 5GAN K; 3CCV F; 5FLX M; 1KD1 H; 3TNU B; 5AVU B; 1MUU A; 5AW9 B; 3CCM F; 5AW3 B; 3CCE F; 3HE5 B; 1YHQ F; 1VQ8 F; 2IPP A; 3M9H A; 3MGN A; 3TK1 A; 1W40 A; 3O85 A; 3NMD A; 1KC8 H; 3OAK A; 3G71 F; 3HTK A; 1YJW F; 1VQ5 F; 5AW8 B; 2AIF A; 1VQN F; 3A2A A; 5A2Q M; 5APX A; 3NVK E; 3J7A R; 5G4U C; 3RA6 A; 1FOS E; 2Q5U A; 1E7K A; 1ZWZ A; 3VTP C; 5G4V C; 3NK7 A; 2WTY A; 2OTL F; 1DH3 A; 2QI2 A; 5GAP K; 2H7H A; 2Z5H A; 1GZ0 A; 1MFZ A; 1X7O A; 1K8A H; 2LBW A; 1VQL F; 1SDS A; 3FFM A; 1GK6 A; 3VMZ A; 1HUC A; 1YYC A; 4I6M C; 3TYY A; 2YO3 A; 3CCJ F; 3V5B A; 3M91 A; 3VI6 A; 3RA5 A; 1CI6 B; 4AYC A; 1G2C B; 1JNM A; 3J80 M; 2R32 A; 3CPW F; 3N4Y A; 1QVG F; 3PAF A; 3V7Q A; 2C9N Y; 3LWP C; 2Z5I A; 3AGK A; 3MD0 A; 3B8E B; 3M0A A; 3CCL F; 1J2J B; 5AW6 B; 3WXM B; 4M3L A; 2BO1 A; 3HJW C; 3CME F; 3NK6 A; 5APW A; 1MV8 A; 3HAX D; 3ON1 A; 3HE4 A; 3CPQ A; 2ZXE B; 1M1K H; 1CK2 A; 1W42 A; 3O8Z A; 4X3M A; 1YIT F; 1YJ9 F; 4LCK A; 4C46 A; 3KDP B; 4GT1 A; 3N4Z A; 3CXC F; 3LIE A; 1GO1 A; 3NMU C; 2C9L Y; 2HVY D; 4RES B; 1JUN A; 4JYC A; 5AW7 B; 4JYB A; 4X3L A; 1H89 A; 1CSB A; 4DZO A; 1VQ4 F; 5AVV B; 2OHW A; 3I56 F; 2YNY A; 5IT9 M; 4EOT A; 2JJL A; 1YIJ F; 3OBW A; 4B86 A; 5AW0 B; 1W2B F; 1YI2 F; 3M06 A; 2QM7 A; 3VMY A; 3VYI A; 2P67 A; 4C7N B; 1A02 J; 1H8A A; 3CC2 F; 2KTV A; 2VGN A; 2E43 A; 2Q3I A; 1A02 F; 1HBW A; 2WT7 B; 4NUT A; 1VQ7 F; 5APY A; 1X8Y A; 1PXW A; 5DCV A; 2CZW A; 3P32 A; 3JAM M; 1VQO F; 1S9K E; 1H88 A; 3TNU A; 3CD6 F; 5AVZ B; 5AW5 B; 3KQG A; 2Q7C A; 1XBI A; 3HE5 A; 2LBX A; 2WPR A; 2KG4 A; 1GO0 A; 3A3Y B; 1N8R H; 3E20 B; 1M90 H; 4BY9 D; 1QVF F; 2W27 A; 3I5C A; 1S72 F; 4BW0 B; 2R5D A; 1W41 A; 1OWA A; 2R5B A; 1VQM F; 3CCU F; 2P2U A; 1KQS F; 1IPA A; 1IO4 A; 1GZL A; 5AVW B; 3VMX A; 5GIO C; 5CMZ A; 3NXS A; 3I55 F; 3LWR C; 5AVS B; 3CC4 F; 3A5T A; 2KP8 A; 5AVX B; 3M9B A; 5AVY B; 4AUW A; 3J81 M; 3CCQ F; 3NVI B; 1T2K D; 1SP4 A; 1JJ2 F; 5AW1 B; 2QM8 A; 3JCM M; 5AW2 B; 3P8M C; 2R3C A; 3E1Y A; 1GD2 E; 2I6D A; 5APT A; 1K9M H; 4AQR D; 1T2K C; 5EO3 A; 3LWO C; 2QEX F; 1VQ6 F; 3SIU A; 1CI6 A; 3LID A; 2KTU A; 5APS A; 5APU A; 5AVQ B; 1VQK F; 1X7P A; 3OBY A; 4KHX A; 1GU4 A; 3V7E A; 5AVR B; 4LC1 A; 2WWW A; 1RA4 A; 3LFO A; 2JNB A; 1Q81 H; 1S9K D; 2P7J A; 5APV A; 1H7M A; 2XZR A; 3UIA A; 3LWV C; 3L35 A; 1HWT C; 4GKG A; 1X52 A; 1NJI H; 1FOS F; 1YJN F; 3VN0 A; 4HYT B; 2ALE A; 5GIN C; 2N9B A; 3IR9 A; 2YO2 A; 1HJB A; 1FAV A; 1GK4 A; 3CMA F; 1W3E X; 3GYQ A; 5FJ4 C; 1T0K B; 3NFQ A; 5EWR A; 4I2L C; 2OTJ F; 3T97 A; 1DT9 A; 4C4W C; 2FC3 A; 1KQL A; 3L37 A; 4C7N A; 3SWF A; 2VGM A; 2QA4 F; 3MCA B; 3SIV A; 2WPQ A; 1RLG A; 2VRS A; 3HE4 B; 1NMU B; 2WT7 A; 1CN7 A; 3L36 A; 3P7K A; 1Q7Y H; 1Q82 H; 3VMF B; 5AW4 B; 2OZB A; 2XV5 A; 5AVT B; 3CC7 F; 1GU5 A; 1CZQ A; 2WAL A; 1K73 H; 1NWQ A; 3LWQ C; 3CCS F; 2BAS A; 1NAF A; 3NTN A; 3OW2 F; 1VQP F; 1OXZ A; 4XE5 B; 3G4S F; 2ZFC A; 3G6E F; 1Q86 H; 2W6A A; 3CCR F; 5GIP C; 3V4W A; 5APQ A; 3V4Q A; 4TZZ A; 1SLQ A; 2XU6 A; 3M0D A; 2E42 A; 3PLA C; 1VQ9 F; 1GTW A; 3A7O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W5F A; 3AE9 C; 1X22 A; 1BCC J; 3G6E P; 1PP9 G; 3H1H G; 5AVU B; 4YXD C; 1JY3 O; 1VPC A; 5AW9 B; 2OYH C; 3H1I D; 3PJS K; 4TUY A; 3CCM F; 1KOR A; 2PRR A; 3CCR P; 4H0L C; 2E76 C; 1YHQ F; 1LT9 C; 2I6R A; 1VQ8 F; 1W40 A; 1AQ5 A; 3NMD A; 2FGY A; 3QWO C; 1YJW F; 1RE3 A; 1SFC A; 2MJZ A; 1SQB E; 4ZOL B; 2BTU A; 5BMV B; 1FNJ A; 1GMJ A; 1LTJ A; 5JH7 B; 5MN4 A; 1GL2 C; 1KN7 A; 4PD4 E; 1ZWZ A; 2J5U A; 2KLV A; 2A06 G; 3CCM P; 3NK7 A; 3TGU D; 1DH3 A; 2AMT A; 5GAP K; 2OTK E; 1YHQ P; 3HD7 C; 1VQ8 P; 1G1I A; 4W80 A; 1X7O A; 2P58 A; 1HVV A; 2LBW A; 4PD4 I; 1SQV K; 2Q1X A; 1YJW P; 1NTK J; 1SDS A; 3FFM A; 4ZKP A; 2QJP C; 3A0B E; 1GK6 A; 2FYU G; 3VYU C; 2HS4 A; 1HUC A; 1KQG B; 1YYC A; 1TUB B; 1AVY A; 2RHH A; 3JAR B; 1L0N J; 3V5B A; 3M91 A; 1U43 A; 1ZV8 A; 2QJY B; 3RA5 A; 1IZN B; 2LXC B; 4AYC A; 3LME A; 1JNM A; 3J80 M; 1PGQ A; 3VO8 A; 1USD A; 3PAF A; 2YYE A; 3C8V A; 5GTI H; 2C9N Y; 3LWP C; 2O1J A; 1JO5 A; 4LLH A; 3AGK A; 3H1K D; 3AE7 C; 1S1C X; 2OTM A; 2C0X A; 2WPV B; 3CCL F; 4UB8 E; 1IC2 A; 3L71 G; 3WXM B; 4C82 A; 4M3L A; 4PV1 B; 2GM4 A; 3IKE A; 3RYI A; 3P8C D; 5APW A; 3RGU A; 2A45 I; 4L75 A; 2WSE J; 3JCU E; 3CPQ A; 3S06 A; 1Z56 A; 1IV3 A; 1M1K H; 1CK2 A; 1YIT F; 4O4H B; 3CI9 A; 1SQB K; 4GT1 A; 3H1L G; 5KX5 B; 4U3J A; 4BVS A; 1R1M A; 3L72 D; 3RE3 A; 2ZVY A; 2QSI A; 2JWA A; 1GO1 A; 2IAF A; 1RF1 B; 4H0L D; 1SQX E; 3CCL P; 2E76 D; 3V2N A; 1ZME C; 1LGH B; 4JYC A; 1BGY G; 3RL0 B; 1IK7 A; 1VQ4 F; 2W90 A; 5CCH D; 3L73 D; 3RL0 D; 3KIZ A; 3RYH A; 5KAI H; 4IFM A; 4EI8 A; 1BE3 E; 2L5G B; 4EOT A; 3L70 G; 1KIL A; 3U1A A; 1YIT P; 1KB9 E; 3OBW A; 1OFC X; 1ZN5 A; 5KJ7 A; 1W2B F; 5LA6 B; 1PFI A; 1YI2 F; 2O01 J; 1PPJ D; 2CPS A; 2P67 A; 3B5N B; 1XRG A; 1JY3 N; 4YJ3 B; 3AEF C; 1N7S C; 5CA1 B; 3B5N D; 1KB9 I; 4O2B A; 3V2Q A; 5JQG B; 1FE6 A; 2BTQ B; 3MHV A; 3WU2 H; 1A02 F; 3V6I A; 1HBW A; 1S3J A; 4NUT A; 3VP9 A; 1VQ7 F; 2PAJ A; 5KAF E; 1K04 A; 3D01 A; 2KXP B; 1OVV A; 1PXW A; 1VQ4 P; 3MCQ A; 3DC2 A; 3RBX A; 3N2K A; 3CD6 F; 2O1K A; 1YI2 P; 1W2E A; 2KG4 A; 2KSE A; 2UYN A; 1YQ3 C; 2N1T B; 1M90 H; 1SQV D; 3M4S A; 3I5C A; 2WSC J; 2N1T D; 4ZOL A; 2YXR B; 2AXC A; 5BMV A; 1VQ7 P; 2P2U A; 1KQS F; 1LTG C; 1IV4 A; 2IQQ A; 3BRT B; 4D6T G; 3KXD A; 5GTH E; 3HUS C; 2UYP A; 2HX0 A; 1HGZ A; 3CD6 P; 1SQX K; 1VDF A; 5AVS B; 1E79 H; 3WGK A; 2M0B A; 3F0F A; 1SQQ J; 3M9B A; 3NVI B; 1T2K D; 1M90 Q; 3OJA B; 2AXT H; 3GF3 A; 3E1R A; 2QM8 A; 5AW2 B; 1HH0 A; 1KNK A; 4RQO A; 5CJ0 A; 4KJM A; 4AQR D; 1UFY A; 4X20 B; 5EO3 A; 1OAP A; 3JAR A; 2QEX F; 3TF5 A; 1VQ6 F; 1LT1 A; 3G3Z A; 3AE6 C; 4LNU B; 2RKL A; 5HXZ A; 5HY2 A; 3BCC D; 1SQB D; 3CX5 E; 2PMP A; 4EI9 A; 1J1D C; 4KHX A; 2IYP A; 5HY4 A; 2Z1T A; 4ZHY B; 3H32 B; 4LC1 A; 1QEX A; 1NH4 A; 3LFO A; 5IJ0 B; 3F0E A; 3IEQ A; 2JNB A; 4PD4 D; 3AE8 C; 1U40 A; 2PGD A; 3AEG C; 1L0L E; 4B46 A; 5APV A; 1OZH A; 3RK3 E; 2QTP A; 3T97 B; 2QEX P; 1VQ6 P; 2ZJS E; 1SFC C; 2HP3 A; 5HP7 A; 2H8E A; 5C8Y B; 3L35 A; 5C39 A; 1HWT C; 1NQ3 A; 3BVH A; 3FD5 A; 3II6 A; 1LTJ C; 1CW5 A; 3VN0 A; 5IJ9 B; 1ZRT E; 2K9Y A; 4BVQ A; 4ASW A; 4ZI7 A; 5KLV J; 3L75 E; 3W67 A; 2CHS A; 2QJK B; 2H89 C; 4I7Z C; 1HJB A; 1XV2 A; 1RHZ B; 3N2G B; 1L4A B; 3WUT A; 2E74 B; 4GOE A; 3H1I E; 2QRX A; 1H0T A; 5FJ4 C; 1Z5W A; 1AFO A; 3CWB J; 3RYF B; 1L4A D; 2OTJ F; 2E74 D; 2NPS C; 4EB6 B; 3IEW A; 1NO4 A; 3IAO A; 3HKB B; 4BWN A; 1SS1 A; 5CA1 A; 3KYQ A; 3SIV A; 1SQX G; 3F6M A; 5JQG A; 2VRS A; 3GW6 A; 3GHG C; 2GVI A; 2FYN C; 1NMU B; 1T6A A; 3KZI H; 3P7K A; 3VOA A; 3L74 J; 4JPZ B; 1JM0 A; 2XV5 A; 1N2D C; 2G9I A; 3ERN A; 4H44 B; 3TGU E; 1QD9 A; 1ZR4 A; 2I1J A; 2OTJ P; 4A7P A; 3IF4 A; 3I3F A; 2UYK A; 4H44 D; 2VAP A; 1L0L K; 2BAS A; 2FXO A; 1RQU A; 2L26 A; 3NTN A; 5TIS E; 1BE3 D; 5J2T A; 3L7Q A; 1OXZ A; 1NTZ J; 2SPZ A; 2IZ1 A; 2ZOD A; 2AXT E; 1KB9 D; 2YIU C; 1NTM E; 3MQW A; 2D2C C; 2FY8 A; 1IFN A; 1WMK A; 1IFP A; 3EOR A; 1JMM A; 2KYV A; 1VHA A; 1WT6 A; 1PF5 A; 4KT0 J; 3JVH A; 4RKU J; 2W6A A; 1X0T A; 1R5L A; 1EDI A; 4WWI A; 2R6R 1; 3RK3 C; 3H1K E; 3JSV C; 5KLV G; 3RBZ A; 1VQ9 F; 2WSE H; 1GTW A; 4MN4 C; 2WPS A; 3P8C E; 5FLX M; 1ZLL A; 1KD1 H; 1EQ7 A; 3SFE C; 1MUU A; 2YKQ A; 4X20 A; 1PZQ A; 5AW3 B; 3F0D A; 3CCE F; 4BXL A; 1NHL A; 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2C9L Y; 2HVY D; 1W59 A; 3L75 D; 4WBA A; 5AW7 B; 1ZXG A; 3L71 J; 4X3L A; 1CLI A; 2ZT9 B; 2O01 N; 3N2K B; 1TVK B; 3Q5P A; 2OHW A; 2ZT9 D; 5EAZ A; 2YNY A; 1NU1 D; 2R75 1; 5IT9 M; 2UYN B; 3OA7 A; 2JJL A; 1EDL A; 2HS3 A; 3LDT A; 5H2F E; 1YIJ F; 1RF1 C; 4B86 A; 3H1J G; 5AW0 B; 1LTI C; 3H1L J; 4L73 A; 3VMY A; 5CCH C; 1JD1 A; 3RL0 C; 3BCC E; 3VYI A; 4C7N B; 3TGU G; 4JQ0 D; 4Z1M H; 1GX1 A; 3CC2 F; 2KTV A; 2E43 A; 1ZR2 A; 2BEQ D; 2Q3I A; 1BGY J; 2WT7 B; 5LYJ B; 1EDK A; 1X8Y A; 2GA1 A; 2IBZ I; 3MZW B; 5CBN A; 1JY8 A; 3EFF K; 3P32 A; 1VQO F; 3B5N C; 3L70 J; 1KQS O; 1W5E A; 1YIJ P; 1FNK A; 1NTK K; 3KQG A; 2FFD B; 2R44 A; 1QLE D; 3JAW A; 2HPC B; 3IKF A; 3BAS A; 3E20 B; 1IFI A; 2KS1 A; 4BT3 A; 5LXT A; 1QVF F; 3CC2 P; 1LTT C; 1NTM D; 2W27 A; 3KJK A; 2R5D A; 3H1K G; 1W41 A; 2R5B A; 5BU5 A; 2YMK A; 4OWF A; 1IPA A; 1GZL A; 1GDT A; 3CXH H; 5AVW B; 1VQO P; 5KKZ B; 3DDN A; 5LP6 A; 3SSU A; 3VMX A; 3IFM A; 2HP0 B; 5JCO C; 4EIJ A; 5GIO C; 2N1T C; 5CMZ A; 3AE1 C; 3HKC B; 3A5T A; 3WGN A; 2LXB A; 3S9O A; 2ZF8 A; 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