4IAP | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	GRYLQGYLLKKRRVDNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYVDQGFKKRFFTLDFRYGTLSYYLNDHNQTCRGEIVISLSSVSANKKDKIIIIDSGMEVWVLKATTKENWQSWVDALQTCFD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of osh3 reveals a conserved mode of phosphoinositide binding in oxysterol-binding proteins pubmed doi rcsb
molecule tags	Lipid binding protein/ hydrorase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords	Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-bind
total genus	76
structure length	256
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4iapA02
2.30.29.30	Mainly Beta	Roll	PH-domain like	Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)	4iapA01

3KZ1A 2F32A 232LA 3C81A 1C6FA 1QUDA 1L28A 2Q9EA 3HTGA 3ULBA 1T8FA 178LA 1L25A 239LA 1L93A 1G0JA 214LA 3CXBB 4I7NA 1LYEA 3CIKA 1CV5A 1L90A 2CUUA 1L01A 4I7JA 103LA 2E2XA 5J3QA 2RB0X 3QBVB 1KNIA 2J0KA 1L86A 1L47A 258LA 1CTWA 1L89A 4Y94A 3NSUA 3SB9A 1C6TA 2D9XA 1L64A 1QT7A 2MFQA 4EKRA 1L91A 3FM8C 5JHHA 3NYAA 3HUKA 3K2RA 3PVUA 4HB2B 2Q9DA 165LA 1L40A 1P7SA 140LA 1QTCA 1WI1A 198LA 4WJ7A 4ARLA 1QUOA 3F5RA 2OE9X 1OWYA 1J0WA 1CV1A 254LA 1XR0B 1Z87A 118LA 5C16A 4LZMA 4KHAA 4CHJA 148LE 215LA 3GUOA 3X23A 2B6ZA 2DA0A 2N23A 1L73A 1SSYA 1PQDA 1PFJA 4A5KA 166LA 167LA 2ANVA 1SHCA 1L74A 1MKEA 1DYBA 187LA 1NTVA 1C6DA 1D2WA 156LA 196LA 1KI1B 1NU2A 1V88A 1DYFA 3RZEA 3MDBC 5EFXA 1LW9A 2H7DA 4GMVA 2YF0A 4F7UP 4CHMA 4OO9A 227LA 1KY1A 1L35A 1SWZA 3TO1A 114LA 5JLJB 2CY4A 109LA 1EPYA 3HT9A 219LA 3SBAA 3WYFB 1L41A 1OY2A 2ROVA 3SYXA 2YS3A 3ZVRA 1UNPA 201LA 2RBSA 1L63A 1GC7A 4KHOA 1ISNA 2LKOA 2YVCA 2CRFA 1QS9A 139LA 1LB1A 3CDTA 1EVHA 110LA 3HH6A 2LCBA 1CU0A 4ARJA 1ZC4B 1V61A 1ZVRA 3ODXA 104LA 1U5DA 1W1DA 1LW3A 3FI5A 2CODA 1P3NA 174LA 1QT5A 1MPHA 3L2XA 1C69A 2DKQA 4W57A 2B6TA 149LA 3C8SA 2OTXA 4K81A 1X05A 5LONB 3HT7A 213LA 1WJMA 3AJ4A 1EGXA 1L16A 152LA 146LA 1FHWA 1L75A 1L0JA 1GC6A 2DHKA 1T8AA 1L06A 2Q13A 1CU3A 1CU2A 1G0QA 4I7LA 3SV1A 2O7AA 2OU8A 2AL6A 5D3YA 5D27A 197LA 2RBPA 2DHJA 1Q67A 1L60A 4HAYB 4GN1A 1PLSA 2G35A 4D0NB 2K2UA 1V5MA 1L29A 2DN6A 1XCGA 1ZSQA 161LA 4A6FB 2LYDA 1QTBA 3SB8A 1EF1A 1DYAA 237LA 1G0PA 120LA 1T97A 1MK9B 1AWEA 3UONA 3FEHA 4IAPA 2VKIA 180LA 2Y8GA 1M7RA 1P5CA 1L19A 1TLAA 2NTHA 3GUJA 1PQKA 155LA 1C61A 2HUKA 1SSWA 2UZSA 2RSGA 4EJNA 164LA 3UZTA 243LA 5HE0A 5C5BB 3DXEA 2XQNM 1C6CA 2I1KA 1L81A 4YX7C 1PQMA 2LOZA 2RVBB 1K5GB 1U5EA 5L81A 4HDQA 206LA 4I7RA 1SX2A 5DHAB 1XJUA 217LA 183LA 4A6HA 1LYGA 1C67A 1L04A 252LA 3RUNA 5DHFB 4CYEA 1KZGA 168LA 2RBOA 3SB6A 1L96A 1C6PA 1U29A 2DLWA 2VRWB 1L80A 3ODOA 3HTBA 1LGWA 3HUQA 2CAYA 1L14A 1ZC3B 1DYGA 4K5YA 5C79A 247LA 2NMBA 4EPFA 1X1FA 1W1GA 4EKPA 3V5WA 2L2IA 1C6HA 3G3VA 3GUMA 4GRVA 172LA 1DDMA 1C63A 251LA 2I1JA 1KS3A 3HT6A 2MDXA 1C64A 1PQJA 1FB8A 4I7KA 200LA 4I7TA 1CV0A 1OV5A 2B75A 3C83A 2DYNA 111LA 1WGQA 1L61A 1PQIA 1D3JA 1L77A 1D3MA 1OVKA 1NI2A 2K2JA 3DN4A 1L24A 1ZYTA 4K17A 1G0GA 1QSQA 2D9WA 3SNHA 2RGNB 3SN6R 1L65A 2O79A 4TYZA 3DXCA 1P37A 1TQZA 3PSCA 5HE1A 3HK0A 2DHIA 2J0JA 2M38A 2PZ1A 4GPTB 4KVGB 1LYJA 4DKLA 2D11A 3V2WA 1L58A 4ARPA 1X11A 3HW2B 1CV4A 3KRXA 4NY0A 3HH4A 1QC6A 1H10A 102LA 195LA 1D3NA 2ROZB 4WSFA 157LA 245LA 1WJ1A 1L0KA 3BINA 1GG3A 1L55A 1L62A 151LA 3MPXA 1C68A 4HAXB 241LA 4LDLA 1L99A 1UEFA 3F9LA 1FHXA 3A8PA 2Z0PA 2F2QA 1T8GA 4YONA 5DI9B 3LJUX 4ARQA 2KUPA 4S0WA 1EAZA 1XX0A 1L54A 2V76A 1RRPB 1C62A 1P2LA 3G3XA 2UVMA 190LA 184LA 2RBNA 1RJ2A 188LA 4MT7A 224LA 4DBBA 5KQ1A 5JHGA 3F0WA 3DN0A 3NY9A 1L32A 1J19A 2HUMA 4C0AA 4PNKA 108LA 1LI3A 128LA 234LA 1L13A 4EJ4A 3OE6A 119LA 2EMTA 3SB7A 4L6EA 255LA 1LI2A 218LA 220LA 5J3TA 2B74A 1UNQA 3A8QA 1XODA 2RB1X 1TJ6A 210LA 2COAA 4PK0A 257LA 127LA 2ELAA 2Z0OA 1U5GA 2FJLA 1QQGA 1CV3A 1L68A 1WG7A 3M1IB 2RAYX 3N7CA 5C6RA 1G0KA 4PJZA 4MK0A 1T6HA 142LA 3ML4A 2GCJA 2UZRA 1XD4A 2ANXA 3IVFA 2RB2X 1H4RA 1K5DB 1OYUA 1C66A 1QT8A 233LA 1QT3A 3DMXA 1C6AA 1QTZA 1P5TA 199LA 1L97A 222LA 2RUKB 2KCJA 1LYHA 1LWGA 1OVHA 1IRSA 4A6KA 1LLHA 4W51A 1L70A 1L50A 2B70A 3D8FA 3D4SA 3FSSA 2I5CA 192LA 2BCJA 130LA 3PZDA 1G1WA 3C7WA 2HULA 5LZMA 3C80A 1C6NA 1FGZA 2EC1A 185LA 1LYFA 4EKQA 1L20A 1L84A 1C6QA 112LA 1L05A 4WVFB 3HH5A 1MIXA 2F47A 4BBKA 3VOQA 235LA 1CX7A 169LA 1QUHA 3HH3A 4I7PA 4E97A 2RLOA 2YS5A 1V89A 1OVJA 2DKPA 181LA 1L10A 4ARMA 2K00A 1C60A 4XWXA 1L56A 2R09A 2ADZA 5KQ4A 2B6YA 1W1HA 4HB0B 5DIFB 4K2PA 2RH1A 3GYPA 1BAKA 1U5FA 1MK7B 2Z6BA 3HTDA 1P6SA 3DN2A 3QIJA 3HU9A 1C6IA 4I7QA 2Z0QA 2O4WA 1L92A 1FAOA 4HB3B 1L22A 1L36A 1CV6A 262LA 2B6XA 4W59A 4W53A 1DBHA 1NTYA 2EJ8A 4Z2MB 1L09A 3L64A 3TVVA 1L33A 246LA 3QAKA 1L44A 1SWYA 2L78A 3T06A 3KRWA 1CUPA 4EPIA 107LA 191LA 1L85A 4HAUB 4NSWA 2P0FA 3PG7A 3SO6A 1I6SA 1CVKA 1DDWA 2YT1A 1LGXA 126LA 189LA 1DYDA 2RBQA 2RNRB 158LA 256LA 1Y5OA 4W58A 4GXBA 2MWNB 2HE7A 3GUKA 1E5WA 1KW5A 3CDVA 2P8VA 2YSZA 1L94A 1QTHA 182LA 1B6IA 226LA 1QUGA 4I7MA 3OE9A 4Z2NA 1L79A 176LA 1M7EA 3DXDA 170LA 141LA 4MY6A 1OQNA 138LA 2B7XA 2LZMA 1L67A 1BTNA 3G3WA 4GZUA 159LA 3V2YA 2IGCA 1KW7A 6LZMA 2JP2A 205LA 1CX6A 4P7IA 2B6WA 145LA 1LPYA 1XJTA 5J3YA 1LGUA 2A4TA 3DN3A 1QTVA 1G1VA 1B55A 3AU4A 1CU6A 1CU5A 240LA 4K2OA 4LDEA 1L42A 1D2YA 4GMXB 3HQCA 2J59M 2OTYX 4ZRIA 160LA 2QKMA 3ODWA 2P0DA 225LA 1WVHA 4GBRB 2IFSA 1P64A 4HAWB 150LA 2M14A 2X18A 5CLLB 1P6YA 1KY0A 250LA 4ZPUA 3HWLA 209LA 4YXAC 2QB0B 2COCA 1QT6A 4HHVA 5LOPB 2COFA 248LA 5D3XA 1U2BA 4IFSA 5CLQB 1L11A 249LA 2D4QA 2J0MA 2D9ZA 5GOWB 1D9WA 4W56A 1L83A 1OMWA 3C8RA 2CY5A 115LA 3KY9A 1L95A 2Y8FA 3TCAA 4F7HA 1PMSA 2NTGA 4H8SA 1WGUA 3ODUA 163LA 2GS0A 3P7ZA 1KZ7A 1L52A 1D3FA 4HAZB 5HE3A 3DNAA 1G0MA 2YS1A 2QARC 238LA 3HDEA 1X86A 5KCVA 3C8QA 1V5PA 3O96A 1K28A 1V5UA 1UPQA 216LA 4HB4B 4DX90 5FI1A 1L48A 3DKEX 2B72A 244LA 2R0DA 4HDOA 1L82A 1L27A 1L51A 1QS5A 1ZWNA 2AEHA 113LA 223LA 4DJHA 242LA 3HUAA 2OE7X 5D3WA 1L59A 229LA 4W55A 4A6FA 2MKRA 1L45A 1ZM0A 1DROA 1FHOA 1JTMA 4KAXB 3TW1A 3DMVA 1L98A 123LA 259LA 1L69A 2RAZX 1L53A 221LA 3PBLA 3D8EA 5DH9B 2OEAX 3U8ZA 1OWZA 2D9YA 253LA 4DXAB 1PQOA 2OU9A 3TFMA 3PDSA 2YRYA 3SUZA 1L87A 4I7OA 2DFKA 3WA0A 3OANA 1L71A 1SX7A 1MAIA 1QT4A 2Y7BA 1LI6A 5C5BA 1LYDA 1MIZB 3HU8A 1DYEA 1C6JA 1UNRA 1SGHA 2W2XD 1WTHA 1BWNA 173LA 1P3RA 2D10A 231LA 4W54A 3G9WA 4IOYX 1L31A 1G07A 1C65A 1L57A 1C6MA 2OE4X 3DN1A 1L23A 3LZMA 3VW7A 137LA 2ZPYA 3QWMA 162LA 3C7ZA 3PVLA 1P46A 3GYOA 3GULA 5I14A 1L34A 4ARQB 2W2XC 1L66A 5HE2A 3DN8A 1L43A 3FADA 4DX8A 1NHBA 3ZDTA 1L00A 4EKSA 230LA 3GUIA 177LA 2LG1A 2H7EA 4ZRKA 1AQCA 4TKNA 3CDOA 4DAJA 3PVWA 4W52A 5JP4A 4HATB 1L26A 211LA 236LA 1I2HA 2LC9A 2QKLA 1ZURA 4EKUA 1L08A 1LYIA 3CDQA 1L72A 129LA 2NZ8B 1L17A 1C6GA 1QTDA 4PQ0A 1JTNA 4B6HA 1L88A 5D3VA 1CUQA 4HAVB 3KSYA 1L18A 3ULCA 3JR6A 175LA 1QSBA 212LA 4LDOA 4AQNA 2P0HA 2GCLA 147LA 1LWKA 1L07A 4I7SA 3DMZA 1XEPA 1N3HA 2I5FA 1P36A 2KGXB 2VSZA 3P6AA 3RCPA 1L76A 1L15A 1UPRA 1L03A 1X1GA 1L49A 2IYBA 1L39A 143LA 2EMSA 1TXDA 3GUPA 7LZMA 4EXMA 1DDVA 1FGYA 3C7YA 1L38A 3FA0A 2LOXA 3HTFA 2LULA 228LA 2W2WA 4YXCA 1JQUA 1C6BA 1L21A 261LA 1C6EA 4KHBB 1FOEA 1L46A 1I7AA 1L12A 2DX1A 2OU0X 3D8DA 1Y19B 5FI0A 1DYCA 3U7DA 3F8VA 1L30A 260LA 2DYQA 2GJYA 3OE8A 2L1CA 3NY8A 2OTZX 2DTCA 1XKEA 1C6KA 171LA 122LA 2DX5A 1OV7A 2ELBA 2YT0A 3GUNA 2HTHB 3VIAA 144LA 1P2RA 4ZRJA 4YL8A 2D2QA 3SBBC 3SB5A 2RBRA 1L37A 1G0LA 3C82A 2OQBA 1P56A 4EMOA 2N0YA 125LA 3DN6A 3HT8A 4ARMB 131LA 2D9VA 1G06A 1C6LA 1U27A 3CDRA 3AU5A 3HDFA 3PP2A 1DYNA 1BTKA 3BJIA 2B73A 186LA 1L02A 3EMLA 3A98B 3PEGA 4F7GA 3OE0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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1HFZA 4H9EA 3M18B 4GRVA 3BKHA 5EBHA 251LA 3HT6A 4I7TA 1WGQA 1D3JA 2HEDA 1NHEA 3DN4A 3WH1A 1UACY 4TYZA 1YAOA 2J0JA 4GPTB 5I2MA 4KVGB 3V2WA 1L58A 1LHHA 1O23A 1GF7A 102LA 4NSHA 2YBIA 1GBWA 2ROZB 1GBOA 3M3UA 1L0KA 4DWXA 1C68A 1JKBA 241LA 4ETAA 1L99A 3F9LA 4S0WA 1EAZA 4N9RA 2MEBA 5C6IA 1RRPB 1C62A 1GFHA 2UVMA 1JTOL 1RJ2A 4H91A 3N9AA 4DBBA 1LZEA 1UCOA 5KQ1A 1REXA 4MCKA 3F0WA 1LJGA 4C0AA 2WARA 2BQAA 234LA 4OW1A 3GXKA 1H87A 3OE6A 2EMTA 1TEWA 3AZ4A 2H9KA 1GB6A 1GE4A 1BB3A 1HELA 5J3TA 3A8QA 1VDSA 2ZIJA 2ELAA 5DL9A 1GFVA 1U5GA 1B7PA 1AKIA 1WG7A 5C6RA 4PJZA 4PGJB 233LA 1QDTA 4KL7A 199LA 1L97A 4H94A 4N1EI 2KCJA 1LYHA 1LWGA 1IRSA 5FCPA 4Z41A 1YQVY 1L70A 1L50A 4OWCA 3D8FA 3FSSA 1AT5A 1LZRA 1G1WA 3C7WA 5KXKA 3W6FA 3C80A 4DC4A 185LA 1L20A 1L84A 3HH5A 4NFVA 4BBKA 2LYOA 1OVJA 181LA 4ARMA 1C60A 5KQ4A 2B6YA 1DPWA 1MK7B 2Z6BA 3A8ZA 4G49A 3DN2A 1L22A 1L36A 4Z2MB 2ZNWY 4NHSA 5IHGA 1YIKA 3IJVA 3RZ4A 3T06A 4EPIA 2C8OA 191LA 3TXFA 2RBQA 256LA 1Y5OA 4J7VA 2P8VA 1L94A 3IWRA 182LA 4BADA 4L41A 176LA 3DXDA 1OQNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KZ1 A;  2F32 A;  232L A;  3C81 A;  1C6F A;  1QUD A;  1L28 A;  2Q9E A;  3HTG A;  3ULB A;  1T8F A;  178L A;  1L25 A;  239L A;  1L93 A;  1G0J A;  214L A;  3CXB B;  4I7N A;  1LYE A;  3CIK A;  1CV5 A;  1L90 A;  2CUU A;  1L01 A;  4I7J A;  103L A;  2E2X A;  5J3Q A;  2RB0 X;  3QBV B;  1KNI A;  2J0K A;  1L86 A;  1L47 A;  258L A;  1CTW A;  1L89 A;  4Y94 A;  3NSU A;  3SB9 A;  1C6T A;  2D9X A;  1L64 A;  1QT7 A;  2MFQ A;  4EKR A;  1L91 A;  3FM8 C;  5JHH A;  3NYA A;  3HUK A;  3K2R A;  3PVU A;  4HB2 B;  2Q9D A;  165L A;  1L40 A;  1P7S A;  140L A;  1QTC A;  1WI1 A;  198L A;  4WJ7 A;  4ARL A;  1QUO A;  3F5R A;  2OE9 X;  1OWY A;  1J0W A;  1CV1 A;  254L A;  1XR0 B;  1Z87 A;  118L A;  5C16 A;  4LZM A;  4KHA A;  4CHJ A;  148L E;  215L A;  3GUO A;  3X23 A;  2B6Z A;  2DA0 A;  2N23 A;  1L73 A;  1SSY A;  1PQD A;  1PFJ A;  4A5K A;  166L A;  167L A;  2ANV A;  1SHC A;  1L74 A;  1MKE A;  1DYB A;  187L A;  1NTV A;  1C6D A;  1D2W A;  156L A;  196L A;  1KI1 B;  1NU2 A;  1V88 A;  1DYF A;  3RZE A;  3MDB C;  5EFX A;  1LW9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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