4IAPA

Crystal structure of ph domain of osh3 from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 76

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
GRYLQGYLLKKRRVDNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYVDQGFKKRFFTLDFRYGTLSYYLNDHNQTCRGEIVISLSSVSANKKDKIIIIDSGMEVWVLKATTKENWQSWVDALQTCFD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (223-231)EMPTYUpdating...
connected with : NaN
molecule tags Lipid binding protein/ hydrorase
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of osh3 reveals a conserved mode of phosphoinositide binding in oxysterol-binding proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-bind
total genus 76
structure length 256
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4iapA02
2.30.29.30 Mainly Beta Roll PH-domain like Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) 4iapA01
2B6ZA 4I7NA 2DKQA 2ROVA 2LOZA 1CTWA 3PVWA 130LA 2YRYA 1LYJA 2UVMA 4OO9A 2M14A 4W55A 4YL8A 3TFMA 3VOQA 2DFKA 2KCJA 227LA 1DBHA 1L67A 1L14A 1QT5A 2B73A 251LA 2I5CA 1QT7A 5C5BB 4HAXB 217LA 3TO1A 4D0NB 1L62A 1LGUA 2I1KA 1P6SA 3RUNA 2PZ1A 1C6DA 1TLAA 3OE9A 2P0DA 1G0LA 1QTBA 189LA 168LA 2BCJA 1MIXA 4GMXB 2KGXB 1LYDA 2QB0B 4EKSA 4MT7A 3DNAA 2Q13A 4WJ7A 2OE4X 3GUPA 1XJTA 1C6PA 2ELBA 3CIKA 5D3YA 190LA 1C6HA 1PQKA 2HULA 2K00A 2YSZA 4EXMA 4GBRB 160LA 1L33A 3DKEX 3HQCA 4ZRJA 3DN0A 3HTFA 180LA 4TYZA 4YONA 1L10A 3C80A 1D3MA 1LI3A 1KS3A 1L93A 1QT8A 1KZ7A 156LA 164LA 2ELAA 205LA 2O4WA 2CY5A 4I7JA 4XWXA 3V5WA 2N0YA 1L82A 3GUKA 165LA 123LA 1OVHA 1P46A 245LA 1CU0A 3G9WA 4HHVA 4DBBA 238LA 206LA 2COFA 1CX6A 3C7YA 4W57A 1D3FA 1W1DA 2ROZB 1XCGA 1MK7B 1L47A 249LA 2RBRA 1L56A 243LA 1MIZB 3V2WA 220LA 162LA 3FADA 2CODA 5DI9B 1LI2A 3GUIA 2QKMA 1L64A 181LA 3RZEA 2COAA 1B6IA 5JP4A 1C65A 170LA 257LA 3D8FA 3HTDA 231LA 3HDEA 1GC6A 4F7HA 1ZWNA 1UPRA 1QTVA 1U27A 3ODXA 1V5PA 2NTGA 1KW7A 3HH5A 1QT4A 2CAYA 191LA 1DDMA 262LA 138LA 1LYIA 4HATB 2Q9EA 1SWZA 1CV3A 3TCAA 1KY1A 1LGWA 3JR6A 4MY6A 2B7XA 1NTYA 1DDVA 1L63A 4HB0B 4ARLA 4EPIA 1DYNA 3SYXA 1FGZA 3VW7A 1XD4A 5EFXA 1L37A 2DTCA 157LA 2YF0A 1JTMA 2D9WA 1QUDA 1L73A 1EAZA 1DROA 3MPXA 1C6KA 3M1IB 4I7QA 3HH4A 4W58A 1L95A 1C6CA 2D11A 1L25A 2RBSA 1W1HA 2RBNA 1U5DA 1B55A 1ZURA 1L11A 2Q9DA 233LA 1G1WA 1L85A 139LA 1PQDA 1J0WA 2VRWB 1L92A 4KVGB 161LA 1XJUA 4KHAA 108LA 1SGHA 2B6XA 1X11A 2DX1A 2DYQA 5C79A 1C6LA 1OVJA 1QSQA 115LA 1T8FA 2B70A 3G3XA 3FSSA 4HAVB 2DX5A 2ZPYA 3PP2A 1L09A 1WJ1A 5D27A 1L87A 4CYEA 1C61A 1P3RA 1UNPA 2DN6A 2IGCA 2P0HA 4NSWA 3L64A 1L60A 1PFJA 5J3YA 1L0KA 1FHWA 144LA 1L52A 3NYAA 1L32A 1L69A 2W2WA 1L03A 3HT6A 113LA 1P56A 1LB1A 195LA 4I7TA 1ZSQA 2H7EA 2OU8A 4HAWB 182LA 222LA 5DH9B 1L91A 1L21A 2OU9A 3HUKA 3HDFA 1T8GA 3SB7A 1D9WA 1D3JA 215LA 3LZMA 175LA 2NMBA 2RLOA 3BJIA 253LA 2K2JA 1CU6A 5J3QA 258LA 2DLWA 110LA 4EKQA 3WA0A 1D2YA 2F2QA 2JP2A 210LA 1L31A 5D3WA 5HE0A 246LA 1UNQA 1QT3A 4W56A 1EVHA 4HAYB 4MK0A 1L65A 2B74A 1L61A 2RBQA 4HAZB 1DYGA 1C6EA 1DYFA 2EJ8A 212LA 1OMWA 1L44A 4E97A 1L48A 2P0FA 1L80A 4Z2NA 2LYDA 1L42A 1L58A 4W52A 4W53A 1DDWA 3QAKA 4GMVA 4NY0A 3F9LA 3KRXA 2LCBA 125LA 5HE3A 1I2HA 2RB0X 2RAZX 1IRSA 1ISNA 1NTVA 3ZVRA 2L2IA 2A4TA 4PQ0A 1KY0A 1L72A 1WG7A 185LA 1V5UA 1LLHA 141LA 102LA 1P2LA 2LG1A 234LA 1U5GA 214LA 4GN1A 1LYGA 3DMVA 1RRPB 2OQBA 3SBBC 1C6MA 259LA 2D2QA 2IFSA 2L1CA 1QUOA 213LA 5LONB 1C6AA 1U29A 2Y8FA 1SSWA 2DHIA 1OYUA 1PQIA 3BINA 3UZTA 1ZM0A 1XX0A 2CRFA 1V88A 3U7DA 1RJ2A 2R09A 4W59A 3G3VA 172LA 2NTHA 2O7AA 1X05A 1I7AA 2MDXA 5C5BA 2HUMA 4DJHA 5C6RA 3U8ZA 3ML4A 3PBLA 4IAPA 241LA 1L30A 3CDRA 1L79A 2DHKA 3C83A 5JHGA 3PDSA 3SV1A 2J59M 3DN6A 2OE7X 1L49A 1XR0B 1SWYA 1L12A 197LA 2Y8GA 3LJUX 3KZ1A 4GZUA 1MPHA 4W51A 1M7RA 1LPYA 2YS1A 3AU5A 4ARMB 1X1GA 4CHMA 1P7SA 4EJNA 3C8QA 1JQUA 1NU2A 122LA 4EKUA 1DYBA 3DN3A 3HTGA 4C0AA 4A6FB 1I6SA 4K17A 5J3TA 196LA 2YT0A 1FHXA 3HW2B 3GUNA 1C67A 1L20A 1QT6A 3PEGA 4A5KA 1L01A 137LA 3CDOA 4DX8A 1L66A 1H4RA 1P5TA 2GJYA 1DYAA 1L15A 3VIAA 4IOYX 5DHAB 1L54A 211LA 1TJ6A 4ARQB 2N23A 2VKIA 5JHHA 4PJZA 4I7MA 4H8SA 1CX7A 1P2RA 1LW9A 2EMSA 2MKRA 2YS5A 1LYEA 1L05A 1L70A 1L02A 1V61A 2RSGA 1L90A 5D3XA 107LA 1CV6A 1BTNA 5DIFB 1L08A 1L0JA 1QUGA 1L22A 2O79A 3V2YA 255LA 1CVKA 5I14A 4F7UP 147LA 1NHBA 2RNRB 1ZC3B 1L27A 1G0PA 3SBAA 2HUKA 3GUJA 1PLSA 2KUPA 3AJ4A 1L88A 4WSFA 250LA 2D4QA 1N3HA 2IYBA 2CUUA 3GYOA 1BTKA 4S0WA 1LI6A 1L98A 4I7SA 3UONA 4DX90 216LA 1CU5A 150LA 1G07A 2B75A 176LA 1G0QA 1L38A 1X86A 111LA 2RAYX 2K2UA 3SB6A 3QIJA 109LA 3SB8A 4LDLA 3PZDA 1C6GA 3DN1A 4EKPA 1L86A 145LA 224LA 3WYFB 235LA 158LA 1L17A 3CXBB 5HE2A 3P7ZA 3TVVA 3ZDTA 1QS5A 2B6WA 3K2RA 3PVLA 1U5FA 1LWGA 1WVHA 1L55A 1QS9A 3OANA 131LA 3PSCA 3GYPA 4EKRA 2F47A 187LA 2J0KA 1L96A 1C6FA 1QTHA 4I7RA 4W54A 1FOEA 1L04A 1L99A 1OQNA 3C8RA 4I7LA 1L84A 1C63A 1TXDA 1C6JA 3HK0A 1CUPA 174LA 247LA 2Y7BA 1LYFA 3SNHA 1C6IA 4HDOA 192LA 1OV7A 225LA 1H10A 1L40A 1SHCA 1J19A 1Z87A 3HU9A 3RCPA 2DA0A 171LA 2DKPA 4KAXB 209LA 2Z0OA 1L35A 169LA 2QARC 2GCJA 4ZRKA 5FI1A 2VSZA 4F7GA 1L97A 1L29A 1LW3A 1SX2A 3FI5A 118LA 4EPFA 1JTNA 3D4SA 3NSUA 4K2PA 1L07A 146LA 1L94A 3GUOA 2CY4A 4EJ4A 1UEFA 2J0JA 7LZMA 4ARPA 3C7ZA 3HH3A 3OE6A 3N7CA 1UNRA 1AQCA 177LA 4Y94A 1C66A 237LA 3HUQA 152LA 2OTYX 1Q67A 2G35A 2R0DA 1QTDA 1OY2A 1L77A 1QSBA 1WI1A 2FJLA 3A8PA 244LA 1U5EA 1L75A 3HT7A 4TKNA 4HAUB 183LA 3NY9A 2EC1A 199LA 2W2XC 4YXAC 1DYEA 2Z0PA 2MWNB 1G0MA 1WGQA 2COCA 3MDBC 228LA 1L53A 2QKLA 163LA 3G3WA 1PQMA 3QBVB 2P8VA 2UZRA 2DYNA 1C60A 260LA 4HB4B 1CU3A 1C6NA 2E2XA 2X18A 1L36A 148LE 2LZMA 2OU0X 2LKOA 4GXBA 1XKEA 219LA 2OE9X 3O96A 5KCVA 2RBPA 1C68A 2AEHA 1G0JA 3ODOA 4GPTB 1LYHA 1L34A 2ANXA 2B6TA 1KZGA 2GCLA 3P6AA 3ODUA 2HE7A 155LA 1CV5A 1D3NA 239LA 1L41A 2B72A 2D9XA 1NI2A 1P5CA 126LA 2YT1A 3X23A 1L50A 1L00A 3HWLA 159LA 4Z2MB 2M38A 3ODWA 3HU8A 3FA0A 2D9YA 3F8VA 5C16A 1L76A 3DXCA 1DYCA 4P7IA 1LGXA 1E5WA 186LA 256LA 3PG7A 1CV1A 1FAOA 4K2OA 1C6QA 221LA 3AU4A 230LA 218LA 4LZMA 1G1VA 2LC9A 4I7OA 3T06A 2LOXA 140LA 4ARMA 1L16A 5CLLB 1C62A 3PVUA 143LA 166LA 223LA 128LA 5L81A 3KRWA 4A6FA 3FEHA 1GG3A 1G0KA 4HDQA 4IFSA 4WVFB 1L26A 3A98B 5GOWB 4A6KA 3EMLA 1Y5OA 4ARJA 5JLJB 173LA 3SN6R 112LA 236LA 3ULBA 4BBKA 1P37A 1P6YA 1FB8A 3DMZA 3A8QA 1V89A 1M7EA 1WGUA 3NY8A 1CUQA 3DXEA 2L78A 4I7PA 1ZYTA 4ARQA 2D9ZA 2HTHB 1T97A 3KY9A 2D9VA 1L59A 5CLQB 3L2XA 1DYDA 4K81A 120LA 5KQ1A 2I1JA 1XODA 3DN4A 1MAIA 4L6EA 2RB1X 4DKLA 2OTXA 1L83A 2F32A 3OE8A 4ZRIA 1BAKA 3DXDA 1L45A 1OV5A 3GULA 5DHFB 1PQJA 1UPQA 3HTBA 3CDQA 4KHBB 3GUMA 1EPYA 1SX7A 2RH1A 1QC6A 1L51A 1L18A 3DN2A 4YXCA 1KW5A 1L46A 184LA 1MK9B 4AQNA 3C8SA 1GC7A 2RGNB 2OTZX 2AL6A 1T6HA 1OVKA 226LA 2Z6BA 1QTZA 4LDEA 1K28A 2OEAX 2YS3A 1U2BA 3DMXA 1T8AA 2LULA 5LOPB 4K5YA 1P36A 1L06A 1L39A 3KSYA 2EMTA 1P64A 4A6HA 119LA 1L71A 1C64A 4B6HA 1OWZA 5FI0A 5KQ4A 1CU2A 1AWEA 1V5MA 4PK0A 1EGXA 1W1GA 1C6TA 2H7DA 242LA 1ZC4B 151LA 2W2XD 4CHJA 2MFQA 1L23A 248LA 6LZMA 1C6BA 1EF1A 3SUZA 4EMOA 1QUHA 1K5GB 2V76A 1X1FA 1CV0A 1L43A 3F5RA 3HH6A 3SO6A 3ULCA 4ZPUA 104LA 3C82A 2GS0A 1G0GA 1L74A 232LA 1QQGA 178LA 4YX7C 1FHOA 1L89A 129LA 5LZMA 1MKEA 3QWMA 1L57A 1C69A 198LA 4I7KA 1WTHA 142LA 103LA 1P3NA 127LA 1L68A 3C81A 1PMSA 4HB2B 1QTCA 5D3VA 3HUAA 1KNIA 1G06A 3SB9A 261LA 2UZSA 3D8EA 3DN8A 188LA 240LA 4HB3B 1L13A 252LA 3C7WA 4DXAB 1XEPA 3SB5A 3IVFA 1KI1B 2Z0QA 2NZ8B 1BWNA 200LA 114LA 4KHOA 1D2WA 1SSYA 3OE0A 2D10A 2XQNM 2J0MA 5HE1A 201LA 1L28A 1PQOA 2ANVA 1LWKA 2B6YA 4PNKA 4GRVA 1L19A 3CDTA 3CDVA 2YVCA 1FGYA 1WJMA 2RBOA 1L81A 3HT8A 254LA 1Y19B 1TQZA 149LA 1ZVRA 1K5DB 1L24A 2ADZA 4DAJA 2I5FA 4LDOA 3FM8C 2RUKB 3HT9A 167LA 2DHJA 3D8DA 2RB2X 229LA 3F0WA 1CV4A 3TW1A 2RVBB 1OWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B6Z A;  4I7N A;  2DKQ A;  2ROV A;  2LOZ A;  1CTW A;  3PVW A;  130L A;  2YRY A;  1LYJ A;  2UVM A;  4OO9 A;  2M14 A;  4W55 A;  4YL8 A;  3TFM A;  3VOQ A;  2DFK A;  2KCJ A;  227L A;  1DBH A;  1L67 A;  1L14 A;  1QT5 A;  2B73 A;  251L A;  2I5C A;  1QT7 A;  5C5B B;  4HAX B;  217L A;  3TO1 A;  4D0N B;  1L62 A;  1LGU A;  2I1K A;  1P6S A;  3RUN A;  2PZ1 A;  1C6D A;  1TLA A;  3OE9 A;  2P0D A;  1G0L A;  1QTB A;  189L A;  168L A;  2BCJ A;  1MIX A;  4GMX B;  2KGX B;  1LYD A;  2QB0 B;  4EKS A;  4MT7 A;  3DNA A;  2Q13 A;  4WJ7 A;  2OE4 X;  3GUP A;  1XJT A;  1C6P A;  2ELB A;  3CIK A;  5D3Y A;  190L A;  1C6H A;  1PQK A;  2HUL A;  2K00 A;  2YSZ A;  4EXM A;  4GBR B;  160L A;  1L33 A;  3DKE X;  3HQC A;  4ZRJ A;  3DN0 A;  3HTF A;  180L A;  4TYZ A;  4YON A;  1L10 A;  3C80 A;  1D3M A;  1LI3 A;  1KS3 A;  1L93 A;  1QT8 A;  1KZ7 A;  156L A;  164L A;  2ELA A;  205L A;  2O4W A;  2CY5 A;  4I7J A;  4XWX A;  3V5W A;  2N0Y A;  1L82 A;  3GUK A;  165L A;  123L A;  1OVH A;  1P46 A;  245L A;  1CU0 A;  3G9W A;  4HHV A;  4DBB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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