4IAP | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	GRYLQGYLLKKRRVDNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYVDQGFKKRFFTLDFRYGTLSYYLNDHNQTCRGEIVISLSSVSANKKDKIIIIDSGMEVWVLKATTKENWQSWVDALQTCFD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of osh3 reveals a conserved mode of phosphoinositide binding in oxysterol-binding proteins pubmed doi rcsb
molecule tags	Lipid binding protein/ hydrorase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords	Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-bind
total genus	76
structure length	256
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4iapA02
2.30.29.30	Mainly Beta	Roll	PH-domain like	Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)	4iapA01

1L67A 2LOZA 1G0LA 2DYQA 1LLHA 1FHWA 151LA 198LA 253LA 1L28A 3ULCA 1L20A 5FI1A 3HH6A 110LA 1UEFA 2IFSA 2B70A 2V76A 3ODXA 1L99A 3DNAA 4HB3B 111LA 4K17A 188LA 184LA 1SWYA 5CLLB 4W59A 1L74A 2DHIA 4KHBB 2DHKA 4PNKA 3KSYA 3A98B 4DAJA 109LA 1L09A 1K5GB 2BCJA 1CU5A 2B6TA 2RBSA 1ZYTA 2K2UA 2D11A 1OMWA 3OE9A 2Q13A 2M14A 3GUJA 1OV5A 1L88A 1T8GA 3HT9A 212LA 3HTDA 1QC6A 1I7AA 1L98A 1C6LA 3RZEA 3FA0A 131LA 1G1WA 2LULA 201LA 4DX8A 2OTYX 1L48A 1MIZB 1C6NA 3DN3A 2K2JA 102LA 3D4SA 1PQOA 3ODUA 3QAKA 3UONA 2OU9A 2B6XA 2RB0X 3GUIA 4MT7A 3HT8A 4I7RA 2H7DA 1XR0B 3NSUA 1ZM0A 1L44A 1PQIA 4GMVA 159LA 249LA 2ANXA 4ARJA 2QKLA 3KRXA 5KQ4A 1CU6A 1XJUA 1NHBA 5J3QA 4EKSA 1ZC4B 3D8DA 3DN1A 2L78A 2MFQA 3P6AA 5LZMA 1L87A 1DYNA 1L29A 2UZSA 1L86A 1G0GA 3HU8A 1QUGA 3VW7A 3G3VA 1WG7A 1L36A 2B6WA 3FADA 1P6SA 257LA 2CODA 155LA 2O7AA 4HAXB 3SBBC 3D8EA 1T97A 1L06A 3DMZA 2I5CA 4L6EA 162LA 5I14A 175LA 1W1HA 4EJNA 4EKPA 3O96A 1L16A 2HUMA 3PG7A 5J3TA 2O4WA 3VOQA 1RRPB 146LA 4YONA 246LA 2RAYX 1L17A 2RUKB 1WVHA 1QSBA 4S0WA 182LA 1P2RA 1G1VA 1L92A 1IRSA 1FGYA 1KZGA 4DJHA 4Y94A 3SUZA 3NY8A 1XCGA 2OEAX 248LA 1CU2A 3G9WA 231LA 2Q9DA 2QB0B 1QTHA 4ZRIA 4CHJA 4W58A 1WGUA 107LA 2GCJA 5J3YA 3L64A 1C6JA 1GG3A 161LA 1L11A 1MK7B 2W2XD 3C83A 1L12A 1WTHA 1L70A 3K2RA 3DN4A 1NTVA 2N0YA 1DROA 205LA 2ROVA 1TJ6A 2UZRA 3QBVB 1MKEA 4I7TA 2RLOA 3HUQA 4PJZA 3BINA 3X23A 2ZPYA 1L60A 1AQCA 1U5FA 1LWGA 3A8PA 210LA 4CHMA 1V89A 1GC7A 2LG1A 250LA 3C81A 2CY4A 1PFJA 242LA 5LOPB 167LA 217LA 112LA 141LA 3TFMA 2NTGA 186LA 1L58A 1SSYA 5HE0A 4EXMA 2UVMA 5CLQB 258LA 2K00A 1L62A 2HUKA 3FEHA 4W55A 197LA 125LA 119LA 1ZURA 3TCAA 1C67A 3NYAA 2RGNB 2I1JA 3GUPA 3KRWA 1C6MA 1EPYA 1E5WA 1QT6A 1WGQA 240LA 3ZVRA 1I6SA 191LA 1L19A 2J0MA 4EKUA 2NTHA 1OYUA 1UNQA 2LCBA 1TXDA 1L14A 3CDQA 1XKEA 237LA 3PBLA 3FSSA 5D3VA 5DHFB 1DYFA 1L03A 1L64A 251LA 177LA 1TLAA 2LZMA 4XWXA 1XODA 4I7QA 3C7WA 3JR6A 4F7HA 1CTWA 1L45A 1L73A 238LA 1CV5A 2DFKA 7LZMA 1XEPA 1L15A 1LYIA 1Q67A 1LYDA 1C60A 176LA 2RBOA 3GUOA 3DN8A 2J0JA 1UPRA 5JP4A 1L93A 2AEHA 4HATB 1J0WA 4IAPA 4AQNA 1QTVA 156LA 1X1GA 2D9VA 3SB9A 1V5UA 1RJ2A 3ODOA 4K81A 1CU3A 1L26A 4CYEA 2YF0A 1I2HA 2EC1A 1SX7A 4EKQA 181LA 224LA 6LZMA 2RNRB 4GN1A 219LA 221LA 1WI1A 1L90A 1P36A 3CDRA 4MK0A 2W2XC 1CV4A 2P0DA 1L89A 2CY5A 1PMSA 2OTXA 1C62A 1L50A 1L61A 2D9XA 1L83A 1L77A 2ANVA 3HWLA 1LYHA 1UNPA 1KW5A 2R0DA 3WYFB 1L96A 2VKIA 1G0PA 4I7SA 1QT8A 1UNRA 1DYEA 1B55A 256LA 187LA 1X86A 1D3NA 206LA 128LA 1PQKA 4A6FB 1SWZA 2N23A 1M7EA 3SV1A 174LA 3SB5A 5JLJB 259LA 3HQCA 3C7ZA 172LA 1D9WA 1U29A 173LA 2Z0PA 225LA 1W1DA 2ADZA 4K2PA 143LA 2KCJA 1SX2A 1CX6A 1L65A 1L80A 1FHOA 1L18A 122LA 1OVJA 1QTDA 3QIJA 1LPYA 2JP2A 3ODWA 4TKNA 2OE7X 2MKRA 1L0KA 2YS5A 3GUMA 3EMLA 3PVLA 1X1FA 1DBHA 2NMBA 166LA 127LA 4WVFB 1C6PA 4P7IA 2OE4X 4LZMA 2Y7BA 1PQDA 1ISNA 3PZDA 4EMOA 1C69A 2F2QA 3C8RA 230LA 1G0QA 3CDOA 104LA 1L51A 3GUNA 1H10A 1X11A 113LA 218LA 2E2XA 3MPXA 1P3RA 2AL6A 4H8SA 3GUKA 1OWZA 1QTZA 1G0JA 4GBRB 170LA 168LA 1QT7A 2YSZA 1G07A 2A4TA 4W51A 2DLWA 211LA 1LI2A 5FI0A 4A6HA 147LA 4ZPUA 2D9YA 1BWNA 5DIFB 4HAVB 2J0KA 2IGCA 1L57A 3RCPA 4E97A 3HH4A 2CRFA 2Z0QA 1L47A 5KCVA 2B6ZA 1QUDA 4YL8A 1P5CA 4MY6A 5D3YA 1H4RA 1L25A 3DKEX 3HUAA 1L63A 1L95A 4KVGB 213LA 4OO9A 2DTCA 138LA 2OTZX 1L39A 120LA 1KZ7A 2DN6A 2YT1A 1OY2A 4GPTB 3LJUX 4HAYB 4B6HA 1EAZA 2D9ZA 1C6QA 4I7LA 226LA 1CV1A 4A6FA 1L32A 163LA 2COCA 1QTBA 1C61A 1ZWNA 1L27A 1P2LA 2Z6BA 3HU9A 3HTFA 3PVUA 1OVKA 3OE8A 2DHJA 1DDVA 4NSWA 1V61A 196LA 3AU4A 5LONB 2D4QA 1OVHA 3C7YA 3HTGA 2D2QA 4C0AA 5DI9B 1CUQA 1OWYA 3C80A 1NTYA 2P0HA 262LA 1DYGA 152LA 5EFXA 3SNHA 214LA 4W56A 1L41A 1FAOA 1Y19B 2HTHB 3AJ4A 3D8FA 3ML4A 3PVWA 234LA 1XD4A 4EPFA 1CU0A 3F5RA 1L91A 1G06A 1QT4A 3DN0A 1CV6A 3HDFA 4ARQB 2DA0A 2ELBA 5C5BB 1D3JA 232LA 239LA 2RBQA 2EMSA 4A6KA 1KNIA 3F9LA 1V5MA 4KAXB 1LYFA 1KS3A 2QARC 1L30A 4W54A 1P5TA 2KGXB 3VIAA 3P7ZA 114LA 3HH3A 129LA 1LGUA 223LA 126LA 1T8FA 1UPQA 4PQ0A 1C65A 178LA 1NI2A 2EMTA 1LW3A 3G3WA 1C6AA 3OE0A 3C8QA 1K5DB 2O79A 1U5GA 1T6HA 244LA 118LA 1L31A 2CUUA 5JHGA 3SB8A 1WJMA 2F47A 115LA 2DKPA 1SSWA 2RAZX 2FJLA 4KHOA 103LA 1W1GA 165LA 245LA 1PLSA 192LA 1CVKA 4DXAB 1ZVRA 1QS9A 1L43A 229LA 1N3HA 1L42A 2VSZA 1C6IA 3U8ZA 1KW7A 3PDSA 145LA 1D2WA 3HT6A 2J59M 1LWKA 149LA 4HAZB 4K2OA 3F0WA 2NZ8B 185LA 1FHXA 2B7XA 3SB7A 1C6GA 1SHCA 4HAUB 1L37A 3DMVA 3SBAA 2Y8FA 199LA 4TYZA 2HULA 2LOXA 1L94A 4GZUA 5C79A 1LI3A 1C68A 1L04A 3M1IB 227LA 3HUKA 189LA 1SGHA 4YXCA 1L21A 1L56A 3FI5A 2B72A 1L72A 1L23A 169LA 1KY1A 1V88A 164LA 1G0MA 1X05A 3DXEA 1L71A 2OU0X 4HB2B 1OV7A 3PP2A 4ARMB 1DDMA 2MWNB 1KI1B 4WJ7A 1EGXA 190LA 3CDVA 2RVBB 2YT0A 1QQGA 3DN2A 1L22A 2Y8GA 5C5BA 252LA 4ARQA 235LA 2VRWB 2DX1A 3KZ1A 4W52A 5C16A 2D9WA 1PQJA 2M38A 2RB1X 150LA 243LA 3LZMA 1Y5OA 3V5WA 3V2YA 2B73A 2RBPA 241LA 3HT7A 1L10A 3IVFA 3OE6A 1JQUA 1C6CA 1LGXA 158LA 1EVHA 1C6DA 4Z2NA 1L97A 1QS5A 5JHHA 3FM8C 254LA 5HE1A 1L79A 3T06A 1LB1A 3HH5A 1L08A 5C6RA 4HHVA 1MK9B 2I1KA 4IOYX 5KQ1A 140LA 2X18A 1CV0A 2L2IA 2YS3A 2PZ1A 2RB2X 3GULA 1GC6A 2OQBA 2ROZB 1JTNA 4WSFA 1ZC3B 2GJYA 4I7NA 142LA 233LA 1L68A 1EF1A 2COFA 1CUPA 171LA 2RBRA 4LDOA 2P8VA 3DXDA 160LA 2LKOA 4HDQA 1C6FA 108LA 4LDEA 1DYDA 1G0KA 3L2XA 3HK0A 3TW1A 1AWEA 1ZSQA 4I7MA 2OE9X 1DYCA 1LYJA 1BTNA 5D3WA 1L35A 1LYEA 1P46A 157LA 220LA 4YXAC 2COAA 2R09A 3AU5A 222LA 3G3XA 4GMXB 3OANA 4IFSA 1L38A 5DH9B 4DKLA 2B74A 3HDEA 1L59A 2LC9A 2EJ8A 1MPHA 2GCLA 1L75A 3PEGA 3UZTA 2RH1A 4DBBA 1P64A 1P56A 4ARMA 3GYOA 139LA 1MIXA 1P6YA 2I5FA 4EPIA 1M7RA 4K5YA 1B6IA 1NU2A 1FB8A 2YRYA 3MDBC 2OU8A 1WJ1A 3KY9A 1JTMA 1L81A 1P37A 1L00A 2DX5A 3WA0A 1C6HA 5HE2A 1L07A 2IYBA 1K28A 1L53A 236LA 2QKMA 4GRVA 2B6YA 4HB4B 1MAIA 1L33A 1QT3A 4W57A 3NY9A 255LA 2MDXA 4EJ4A 1BTKA 4EKRA 3SO6A 1U2BA 1L05A 2DYNA 4ZRKA 1L82A 2G35A 1L0JA 1L84A 123LA 5D27A 3C82A 2GS0A 1CV3A 4NY0A 5HE3A 1CX7A 209LA 4F7GA 216LA 3QWMA 2F32A 4YX7C 1C63A 1L24A 2RBNA 200LA 215LA 3CIKA 5D3XA 3TO1A 1L13A 1L66A 3HTBA 1QT5A 1D2YA 1TQZA 1P7SA 3ZDTA 1QUHA 4BBKA 2B75A 1C6TA 4I7JA 1QTCA 4KHAA 3F8VA 1L54A 1P3NA 3PSCA 247LA 4GXBA 4I7KA 3N7CA 1BAKA 195LA 1C64A 1L40A 1LYGA 3GYPA 1J19A 1L34A 3CXBB 5GOWB 1L85A 1FOEA 2H7EA 4D0NB 1LW9A 3A8QA 2D10A 1LGWA 4I7OA 4ARPA 3CDTA 2L1CA 261LA 2W2WA 1C6BA 1XJTA 1FGZA 228LA 2Z0OA 1L55A 4Z2MB 2P0FA 5L81A 1U5DA 3DN6A 2RSGA 1DYAA 130LA 3SB6A 1LI6A 1KY0A 148LE 1L69A 3DXCA 260LA 1QSQA 3SN6R 1QUOA 4ZRJA 2XQNM 1L01A 1Z87A 1D3FA 1L76A 5DHAB 2Q9EA 3SYXA 1L02A 4W53A 4ARLA 2YS1A 2ELAA 4HB0B 1DYBA 1U27A 1OQNA 1V5PA 1C6KA 1C6EA 4HDOA 2YVCA 3U7DA 4DX90 1D3MA 3TVVA 183LA 144LA 3C8SA 2DKQA 2LYDA 3BJIA 1L49A 180LA 3ULBA 1L46A 3V2WA 1L52A 1PQMA 1T8AA 1XX0A 1U5EA 2CAYA 4PK0A 3RUNA 1C66A 4F7UP 4LDLA 3HW2B 2HE7A 2KUPA 1DDWA 3DMXA 4HAWB 4A5KA 137LA 4I7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1LJ3A 1GE1A 1W6ZA 3IJUA 1HERA 1L28A 2Z38A 3ULCA 5LYTA 3HH6A 5FI1A 4IASA 2B70A 4KL7A 2MEDA 4YOPA 111LA 1B7RA 1SWYA 3LYTA 4WLYA 3WU7A 4KHBB 1JHLA 2ZWBA 3A98B 5IRSA 1JSEA 109LA 1L09A 1D0MA 2D11A 1GF7A 1IWUA 3GUJA 1OV5A 212LA 5LVHA 1I7AA 3WW6A 5B05A 1CJ9A 1IORA 2W1YA 4NY5A 1UIHA 154LA 2LULA 1HEPA 2LZ2A 2K2JA 3D4SA 1PQOA 3QAKA 1H6MA 5KXNA 3FE0A 3ULRA 3GUIA 3FVCA 1WQPA 4XJDA 4GMVA 249LA 3W6FA 4EKSA 3DN1A 3P6AA 1DYNA 1G0GA 1WG7A 4UWVA 3FADA 257LA 1JTPL 2O7AA 3WMKA 3D8EA 1T97A 1YKXX 2I5CA 1TBYA 2LHMA 3WVXA 4EJNA 1L16A 5J3TA 1OUAA 3WUAA 3ZEKA 2RUKB 5KXWA 1G1VA 1P2RA 132LA 5DN5A 1HC0A 4Y94A 3SUZA 1GBXA 2Z12A 3W6DA 3A92A 4GN5C 1CU2A 4ZEEA 3CT5A 1BGIA 2QB0B 4W58A 3U12A 1GG3A 4NSIA 1MK7B 3C83A 1N4FA 1L12A 4GNKB 3AGHA 4XJHA 3HIEA 205LA 1TJ6A 1NF5A 2ZPYA 1L60A 3CQLA 1U5FA 1LWGA 210LA 1V89A 2LG1A 2I26L 2F4AA 5HNCA 1PFJA 141LA 2NTGA 1XGUC 2YDGA 3TCAA 5LVGA 2RGNB 3TMUA 4TTDA 1WGQA 1GB0A 1HELA 5LINA 1OYUA 1CNSA 5D3VA 5DHFB 3J6KA 237LA 1L64A 4NGJA 4F7HA 1L73A 1CV5A 1XEPA 176LA 1GD6A 4ML7A 1B5YA 4H8ZA 1LYOA 4AXTA 3SB9A 1CU3A 4CYEA 2YF0A 1I2HA 4QJ3B 2RNRB 181LA 224LA 3P65A 4GN1A 1WI1A 2BQCA 1VDPA 2W2XC 1CV4A 2OTXA 2ANVA 3BKVA 1A4VA 3HWLA 1UNPA 2R0DA 1C46A 1DYEA 256LA 4A6FB 206LA 4ETAA 128LA 2EIZC 1UIBA 5B59A 1M7EA 5I4WA 2Z4DA 172LA 1GF4A 1U29A 2Z0PA 1W1DA 4WG7A 1CJ7A 1SX2A 4WLDA 1V7TA 1L18A 122LA 2YBJA 4TWSA 1QTDA 1HNLA 3QIJA 4TKNA 4DT3A 1L0KA 3GUMA 4XJGA 1SQ2L 3PVLA 1X1FA 4HSIA 127LA 1C6PA 1GEVA 2OE4X 1PQDA 1TEWA 1XEJA 3HSAA 1F6SA 1YANA 218LA 2F2NA 1JJ1A 2AL6A 170LA 168LA 1QT7A 1HENA 2H9KA 1G07A 1QTEA 2A4TA 211LA 5FI0A 1LJEA 4ZPUA 2J0KA 1GFTA 5JENB 3W3EA 3HH4A 2CRFA 1L47A 2B6ZA 4MY6A 4HJYA 1BB6A 3HUAA 4KVGB 4KHBA 2DTCA 2DN6A 2OTZX 3K3TA 2COCA 4J1BA 3HTFA 3PVUA 1BB3A 5APEA 3AU4A 2MEGA 3W6EA 4P2EA 4C0AA 1DYGA 152LA 5EFXA 4WMGA 4W56A 3PVWA 3ML4A 4QXAB 234LA 3LYOA 1XD4A 1CU0A 1MI1A 1G06A 5C5BB 2DA0A 3AJNA 5I54A 3F9LA 1GAYA 4CJ2A 4KAXB 2QARC 1KS3A 2KGXB 1L30A 4W54A 1OUDA 3HH3A 1LGUA 1FLYA 1LZTA 1C6AA 1T6HA 4BS7A 2CUUA 5KKJA 2LYOA 1SSWA 103LA 1CKHA 1W1GA 245LA 1GHLA 4DXAB 1N3HA 2VSZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1L67 A;  2LOZ A;  1G0L A;  2DYQ A;  1LLH A;  1FHW A;  151L A;  198L A;  253L A;  1L28 A;  3ULC A;  1L20 A;  5FI1 A;  3HH6 A;  110L A;  1UEF A;  2IFS A;  2B70 A;  2V76 A;  3ODX A;  1L99 A;  3DNA A;  4HB3 B;  111L A;  4K17 A;  188L A;  184L A;  1SWY A;  5CLL B;  4W59 A;  1L74 A;  2DHI A;  4KHB B;  2DHK A;  4PNK A;  3KSY A;  3A98 B;  4DAJ A;  109L A;  1L09 A;  1K5G B;  2BCJ A;  1CU5 A;  2B6T A;  2RBS A;  1ZYT A;  2K2U A;  2D11 A;  1OMW A;  3OE9 A;  2Q13 A;  2M14 A;  3GUJ A;  1OV5 A;  1L88 A;  1T8G A;  3HT9 A;  212L A;  3HTD A;  1QC6 A;  1I7A A;  1L98 A;  1C6L A;  3RZE A;  3FA0 A;  131L A;  1G1W A;  2LUL A;  201L A;  4DX8 A;  2OTY X;  1L48 A;  1MIZ B;  1C6N A;  3DN3 A;  2K2J A;  102L A;  3D4S A;  1PQO A;  3ODU A;  3QAK A;  3UON A;  2OU9 A;  2B6X A;  2RB0 X;  3GUI A;  4MT7 A;  3HT8 A;  4I7R A;  2H7D A;  1XR0 B;  3NSU A;  1ZM0 A;  1L44 A;  1PQI A;  4GMV A;  159L A;  249L A;  2ANX A;  4ARJ A;  2QKL A;  3KRX A;  5KQ4 A;  1CU6 A;  1XJU A;  1NHB A;  5J3Q A;  4EKS A;  1ZC4 B;  3D8D A;  3DN1 A;  2L78 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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