4IAP | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	GRYLQGYLLKKRRVDNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYVDQGFKKRFFTLDFRYGTLSYYLNDHNQTCRGEIVISLSSVSANKKDKIIIIDSGMEVWVLKATTKENWQSWVDALQTCFD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of osh3 reveals a conserved mode of phosphoinositide binding in oxysterol-binding proteins pubmed doi rcsb
molecule keywords	Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-bind
molecule tags	Lipid binding protein/ hydrorase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	76
structure length	256
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4iapA02
2.30.29.30	Mainly Beta	Roll	PH-domain like	Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)	4iapA01

4NY0A 1PQJA 169LA 4Z2NA 2IGCA 3UONA 2AEHA 5JHGA 2MKRA 1EF1A 2W2XC 3DXCA 255LA 1XJUA 2VKIA 1P36A 1UPRA 166LA 2ROZB 4WVFB 5FI0A 1CU2A 3DMXA 1ZM0A 1L0KA 3NSUA 1L64A 1L60A 4GZUA 5L81A 1L03A 1CX6A 1SSWA 122LA 1U5EA 3PVWA 1N3HA 2YS3A 3OANA 1CV3A 1NU2A 2D10A 3AU4A 2ADZA 4YONA 1L95A 254LA 3PDSA 1TXDA 2DX1A 2I1KA 195LA 3JR6A 1L56A 2GCLA 4WJ7A 3C83A 4HB3B 1Y19B 1C6KA 4I7OA 1CV6A 1UNPA 1JTNA 1BTKA 2IYBA 4EXMA 3F9LA 2K2JA 3C7ZA 1CU0A 1L59A 1QSQA 5LZMA 2W2WA 1W1DA 4MT7A 1V88A 4KHOA 1FGZA 2XQNM 2P0DA 3A8PA 4LDOA 4CHMA 1K5GB 5J3YA 1UNQA 1C6JA 5DIFB 108LA 2D4QA 3HT6A 4K81A 3L64A 1RJ2A 201LA 1DYNA 2G35A 3CIKA 2ANXA 2OE7X 3CDRA 1H4RA 1PQDA 1XKEA 1L30A 1LYFA 1GG3A 1M7RA 1ZYTA 1L50A 1XX0A 2RBSA 2M14A 1DYFA 3NY9A 1C61A 205LA 4F7UP 3AU5A 5DI9B 1CX7A 1L74A 2MDXA 233LA 4CYEA 3VW7A 3HQCA 3DXDA 2VRWB 1C62A 1AQCA 250LA 138LA 1P46A 2VSZA 3N7CA 198LA 1MPHA 3PVUA 4IOYX 1LGXA 3C7YA 1G1VA 1MIXA 219LA 2PZ1A 230LA 2O79A 1QUGA 1I6SA 4K17A 3KZ1A 3T06A 1QT8A 1L53A 3KRXA 2B72A 162LA 1G0MA 3LZMA 2EJ8A 2I5CA 2LCBA 4GMVA 1DYCA 1JTMA 1NTYA 4YL8A 119LA 1LWGA 4K2PA 1GC7A 200LA 3GUIA 3VOQA 1KZ7A 2YF0A 1KI1B 183LA 3D8FA 3ZDTA 4W52A 126LA 3DN8A 3GUKA 3HWLA 197LA 4ZRJA 3CDTA 3CDQA 1L28A 160LA 1C6DA 1L13A 1C6EA 1XEPA 4HDOA 1L69A 2B74A 2B6TA 1L71A 4EKSA 1L99A 3C8SA 1FHOA 3WYFB 2RBQA 1L66A 3DMVA 1L05A 2P0FA 3PG7A 231LA 1TJ6A 2DKPA 4PJZA 158LA 3D4SA 125LA 3HW2B 1V5UA 1KS3A 2DHJA 3TW1A 1QTVA 3MPXA 1QTZA 2OU8A 4I7JA 1WVHA 2YRYA 4L6EA 4ZPUA 4PK0A 3G9WA 3KRWA 1K5DB 2RSGA 1L77A 2Y7BA 1LI6A 1L14A 4ARPA 1UNRA 4ARQB 1C60A 1CV4A 1OV7A 2Q9DA 1KW5A 2COFA 3DXEA 1MK7B 1P2RA 232LA 1CUQA 1L42A 1L88A 4PNKA 171LA 1QSBA 1MKEA 189LA 4HAVB 4TKNA 3SV1A 212LA 1L18A 1V5MA 1C6PA 165LA 237LA 2YT1A 1H10A 1L76A 1OY2A 2MFQA 1U27A 161LA 215LA 243LA 1L22A 2KCJA 3GUMA 2D9WA 2Q13A 220LA 2H7EA 3PVLA 152LA 1L02A 3OE0A 1FAOA 1U5GA 1X05A 3LJUX 1L67A 4MK0A 4TYZA 1DYGA 1XCGA 3C81A 3G3VA 2RB1X 2OTZX 1L29A 3NYAA 1WG7A 3PP2A 206LA 259LA 2QARC 2YT0A 5KQ4A 3FA0A 1L19A 2OTYX 3HTBA 2D9XA 2DFKA 1ZURA 2OTXA 4A6KA 2L78A 1UEFA 1L57A 173LA 1L24A 3DN1A 2R0DA 1GC6A 3PZDA 2LG1A 225LA 3ULCA 3F5RA 2Y8FA 2J0MA 1C63A 113LA 1ZWNA 2Z0QA 4KAXB 4A6FB 3G3XA 2EMTA 260LA 234LA 2YS5A 1LB1A 4KVGB 4HAWB 4W54A 1MIZB 2YS1A 1DYBA 3HT8A 1C69A 3DN3A 3DMZA 2Z0OA 3DN6A 1QT5A 2D9YA 1C68A 2J0KA 4HAXB 1L36A 242LA 3CDOA 4K5YA 2HE7A 3FADA 1T8GA 2QKMA 211LA 5CLLB 2DLWA 1C6IA 104LA 1L45A 140LA 1ZSQA 1L46A 3SB9A 2P8VA 5EFXA 4YXCA 4DX8A 170LA 1L97A 131LA 1G0KA 1QTBA 1L72A 209LA 248LA 257LA 261LA 4W53A 1I2HA 4HAYB 1L80A 4PQ0A 1L96A 2RH1A 3PSCA 1LYGA 120LA 1L70A 3HTFA 2CODA 1EVHA 1L35A 3L2XA 4W56A 2NZ8B 118LA 3P6AA 2B75A 4EJ4A 240LA 1LW3A 1CTWA 1QC6A 187LA 1LYHA 150LA 1U5FA 3V5WA 1OWYA 245LA 1QT7A 2J0JA 4AQNA 2CAYA 1L09A 1C6NA 2AL6A 3VIAA 128LA 1V61A 1L12A 137LA 223LA 1DDVA 2RBNA 3P7ZA 5LOPB 3AJ4A 182LA 1XODA 4DBBA 2RAYX 2B6WA 1L89A 151LA 2NTGA 2J59M 1D3NA 1L33A 3TVVA 4DX90 1L0JA 1WJMA 3FSSA 4W58A 3DN4A 2ROVA 1V5PA 1CV5A 3HDFA 172LA 256LA 4OO9A 1P3RA 1DYAA 1PFJA 4GXBA 4HDQA 5KCVA 1P56A 4A5KA 1PQKA 1T8AA 123LA 5D3XA 3HTDA 3DKEX 238LA 1C6BA 216LA 180LA 1L10A 2DN6A 3M1IB 1L00A 5HE2A 2P0HA 1OMWA 2CY5A 196LA 1ISNA 1X11A 1ZVRA 2EMSA 1U2BA 1L90A 1LPYA 1L52A 1LWKA 3HDEA 3SBAA 181LA 4HATB 217LA 3SO6A 1L38A 1SGHA 2DYNA 1U29A 1KZGA 5JP4A 1Q67A 2V76A 4EKPA 2KUPA 1LYIA 4YXAC 4DKLA 1G0LA 2RUKB 1P6SA 4B6HA 4LZMA 1L06A 149LA 1BTNA 5LONB 1RRPB 4I7MA 3U8ZA 5HE0A 7LZMA 5KQ1A 3C82A 1E5WA 130LA 5C16A 4P7IA 3PBLA 4HB4B 1L34A 1P64A 1T6HA 168LA 218LA 1P5TA 2ELAA 3GULA 2MWNB 4E97A 4ZRIA 163LA 4HHVA 175LA 2B6ZA 1P2LA 1L37A 4ARJA 3QWMA 2GS0A 1JQUA 228LA 2LOXA 1L94A 3EMLA 2F2QA 2Q9EA 5DH9B 2OE4X 3UZTA 5D3YA 186LA 1J0WA 115LA 1UPQA 1L63A 4EMOA 1CV0A 1L23A 1L98A 1OV5A 3SB7A 1OVJA 2ZPYA 192LA 1L15A 2RAZX 4MY6A 1G0QA 2ELBA 3F0WA 1QTCA 2D2QA 3KSYA 1NI2A 3DN0A 1BAKA 4F7GA 1FB8A 1L20A 191LA 1L85A 1IRSA 5DHFB 1D9WA 3HUQA 103LA 3HT9A 3ODWA 1P5CA 3TCAA 1X86A 1OQNA 1D3FA 159LA 3TFMA 1CU6A 1C6TA 1TQZA 1C6QA 2LKOA 2DTCA 1LLHA 3ULBA 109LA 2K2UA 3QBVB 1QUOA 2Y8GA 5D27A 2W2XD 1QTDA 2D9ZA 1L62A 1L26A 3SYXA 4I7KA 1P6YA 1C64A 2DHIA 2RVBB 1L07A 4W57A 1SX7A 221LA 1C6MA 1L31A 2B6YA 3KY9A 1L51A 1OVKA 145LA 146LA 3U7DA 5C5BA 1X1FA 1L48A 110LA 252LA 4CHJA 155LA 4I7SA 2X18A 2YVCA 1P3NA 213LA 4ARMA 3BINA 129LA 4IAPA 3G3WA 1M7EA 5C6RA 3HH6A 1NHBA 4I7RA 1K28A 2IFSA 1LW9A 2RB2X 143LA 1XR0B 4I7LA 1KY0A 1LGUA 190LA 1U5DA 1KNIA 2RBOA 3ODOA 1C6GA 1C6AA 2B73A 1X1GA 4K2OA 2M38A 1C66A 1L43A 5HE3A 1DBHA 5FI1A 4EKUA 1LYEA 5J3QA 4IFSA 3FI5A 1B55A 3SBBC 3ZVRA 2LOZA 4HB0B 1L44A 2ANVA 3SB6A 4W51A 262LA 112LA 2OEAX 1TLAA 1D2WA 1L75A 1L01A 1L21A 1QS5A 1QT4A 3C7WA 1G06A 4C0AA 3OE8A 3HH3A 1L54A 3V2YA 1WTHA 174LA 1G07A 3GUPA 2L2IA 4GMXB 2I1JA 4A6FA 3F8VA 2DKQA 2I5FA 4EPFA 1ZC4B 3QIJA 244LA 1W1HA 1G0GA 1PQOA 1C6CA 1C67A 1L39A 4DJHA 6LZMA 2RB0X 2QB0B 1KY1A 1L16A 1L11A 251LA 1OWZA 2OU0X 3C8QA 1Y5OA 239LA 5I14A 1FHWA 1MK9B 2UZRA 4S0WA 4EJNA 1G0PA 4D0NB 3C8RA 2R09A 4A6HA 5C79A 156LA 2EC1A 1T97A 2UZSA 2COAA 3ML4A 5DHAB 1B6IA 3HUAA 1LYDA 2D11A 224LA 1L61A 258LA 4KHBB 1L87A 1L58A 1MAIA 5GOWB 2B70A 4W59A 4HAZB 4HAUB 3X23A 2F47A 4Z2MB 1L41A 3RCPA 1P7SA 4LDEA 241LA 1XJTA 1FHXA 3HH5A 1LGWA 4NSWA 5D3WA 4WSFA 184LA 4I7PA 1L93A 4KHAA 1C6FA 2N0YA 3GUNA 199LA 2DA0A 4I7QA 2QKLA 5JHHA 4EKQA 1T8FA 2CY4A 4W55A 4I7TA 1WGUA 1CUPA 1L79A 4EKRA 3IVFA 1LYJA 3WA0A 3ODUA 1QTHA 2RBRA 1PMSA 4ARLA 3D8DA 2NMBA 3QAKA 2K00A 1L17A 2CRFA 247LA 3HU9A 1NTVA 1KW7A 1L49A 3GYPA 3OE6A 167LA 3GUJA 4BBKA 1BWNA 1QUHA 1SSYA 3FEHA 1D3JA 3K2RA 139LA 1OVHA 1XD4A 2B6XA 3HU8A 1L32A 1L40A 3OE9A 1EAZA 1WGQA 2N23A 2DHKA 222LA 5J3TA 3ODXA 1L68A 3HH4A 3CDVA 3A98B 2HUKA 1SWZA 4XWXA 2H7DA 4I7NA 2Z0PA 1CU5A 1DDMA 2F32A 2RBPA 1SWYA 235LA 141LA 2O7AA 1PLSA 3HK0A 1L65A 3DN2A 3HTGA 3FM8C 164LA 1C65A 148LE 1PQIA 246LA 127LA 3HUKA 3SN6R 2LYDA 2OQBA 2DYQA 3TO1A 1ZC3B 1DDWA 157LA 2HUMA 229LA 236LA 4YX7C 1QQGA 1L27A 2COCA 4GRVA 2OE9X 3DNAA 1CVKA 1L04A 1LI3A 1SX2A 2Z6BA 1D2YA 4GBRB 3BJIA 1L82A 3GUOA 2JP2A 5JLJB 1C6HA 4ZRKA 4DXAB 1QUDA 4EPIA 2B7XA 1CV1A 2HULA 3RZEA 1WJ1A 2UVMA 1L81A 2NTHA 1D3MA 4H8SA 1FOEA 185LA 1FGYA 1L83A 1P37A 1G0JA 1L86A 4DAJA 2E2XA 2KGXB 1CU3A 2GCJA 2LULA 3RUNA 1DYDA 2YSZA 3CXBB 142LA 1L84A 1QT3A 4LDLA 1J19A 4Y94A 3PEGA 2RGNB 4GPTB 1DYEA 5C5BB 249LA 2GJYA 5D3VA 2BCJA 3HT7A 3NY8A 3SNHA 3V2WA 1EGXA 177LA 1G1WA 178LA 227LA 1L08A 1QT6A 214LA 2LC9A 4ARMB 1W1GA 1Z87A 4ARQA 2LZMA 1LI2A 114LA 107LA 226LA 2OU9A 1QS9A 1C6LA 253LA 2HTHB 3MDBC 1AWEA 2RNRB 3O96A 1L25A 2RLOA 2DX5A 1OYUA 3SUZA 2A4TA 1L55A 4F7HA 1L91A 3D8EA 5HE1A 2CUUA 2O4WA 2FJLA 1DROA 1L47A 2D9VA 147LA 3SB8A 1EPYA 1V89A 1WI1A 4HB2B 111LA 1PQMA 1SHCA 5CLQB 176LA 4GN1A 3GYOA 1L92A 102LA 1I7AA 2L1CA 3C80A 210LA 1L73A 144LA 3SB5A 188LA 3A8QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1PQJA 169LA 2IGCA 2ZYCA 2MKRA 2BPUA 4LT3A 3LYTA 4NHPA 1P36A 1UPRA 5APFA 1L64A 3WVYA 1B2KA 3OANA 1BWHA 3QNGA 2MEAA 1L95A 5T3FA 1CJ8A 1TXDA 3TXBA 2I1KA 195LA 3JR6A 4WMGA 4I7OA 1UNPA 2DKVA 2IYBA 3C7ZA 1CU0A 1QSQA 5B06A 5LZMA 4MT7A 5KXKA 2DQGY 1FGZA 1LSFA 3A8PA 4LDOA 2YDGA 1GDWA 4WM2A 108LA 2D4QA 3L64A 1DYNA 1GE2A 5KKIA 2OE7X 3CDRA 4G9SA 1YAMA 1XKEA 1LYFA 2HUBA 3W6DA 3WW6A 1XX0A 2M14A 1C61A 1YKYX 4RLNA 4XJFA 5LYZA 1LHMA 1QUSA 1CX7A 1L74A 1HEWA 1LYZA 1YIKA 2VRWB 4GOUA 1LSZA 2VSZA 1TDYA 1G1VA 1DPWA 4H9EA 2PZ1A 1LMCA 1L53A 2LCBA 1NTYA 4K2PA 200LA 1T6VL 1FLUA 126LA 4TSCA 197LA 4X3BA 6LYZA 1LCNA 1C6DA 4KXIA 1GF7A 1LHKA 3A34A 1GB2A 5HMJA 1L66A 2P0FA 1JHLA 1AZFA 2DKPA 2BQFA 4UWNA 125LA 1Z55A 3TW1A 3WUMA 1UC0A 4YEOA 5L9JA 3G9WA 2LYZA 4B4JA 1BB5A 1GFAA 2Q9DA 1H6MA 3DXEA 1CUQA 189LA 3SV1A 2GUMA 4I8SA 237LA 4IJ4A 2CJLA 4B49A 2FJUB 3BKHA 4N8ZA 4XN6A 161LA 243LA 3A67Y 2KCJA 3GUMA 1F10A 220LA 2Z4DA 1FAOA 1HSXA 5LVHA 4ZEEA 2HU1A 1P2CC 1LZ1A 3NYAA 1WG7A 1OUHA 5I4YA 2YT0A 3FA0A 1NBYC 2OTXA 4A6KA 1D9UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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