4IAP | Genus

Total Genus 76

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	76
sequence length	256
structure length	256
Chain Sequence	GRYLQGYLLKKRRVDNIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYVDQGFKKRFFTLDFRYGTLSYYLNDHNQTCRGEIVISLSSVSANKKDKIIIIDSGMEVWVLKATTKENWQSWVDALQTCFD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lipid binding protein/ hydrorase
molecule keywords	Oxysterol-binding protein homolog 3,Endolysin,Oxysterol-bind
publication title	Structure of osh3 reveals a conserved mode of phosphoinositide binding in oxysterol-binding proteins pubmed doi rcsb
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	76
structure length	256
sequence length	256
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2012-12-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00959	Phage_lysozyme	Phage lysozyme

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	4iapA02
2.30.29.30	Mainly Beta	Roll	PH-domain like	Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)	4iapA01

4I7TA 1QT5A 1WJ1A 2YSZA 3OE9A 1KZ7A 138LA 218LA 2RAZX 120LA 173LA 2HUKA 1L60A 3SB7A 150LA 1CV5A 2QKLA 115LA 191LA 3GUPA 2Z0QA 3BJIA 126LA 3CDTA 4HAZB 1D3MA 155LA 2O4WA 5JP4A 2FJLA 156LA 199LA 4ARLA 4AQNA 228LA 2LULA 1OWZA 1L02A 3QBVB 1L72A 2RBPA 1P64A 181LA 4W51A 3OE8A 4EPIA 196LA 3CDRA 1D9WA 3UONA 3MPXA 4Z2MB 3FA0A 3GUOA 2B6WA 4ZRIA 5FI1A 4HHVA 2IGCA 2ADZA 1L15A 1G0GA 4W55A 2K00A 2D9XA 148LE 1EF1A 2YS5A 1L20A 2I5FA 1L14A 1QSBA 3L64A 1RRPB 1W1DA 1XR0B 2CODA 4HB4B 1WG7A 1L22A 3DN6A 1FGZA 3PSCA 4XWXA 4Z2NA 3FADA 3NY8A 2YT0A 162LA 1P2RA 1L34A 1LW3A 3HW2B 253LA 3CIKA 1SGHA 4WVFB 5D27A 1CU3A 2DYNA 151LA 2OE4X 3DXDA 3IVFA 130LA 119LA 1ZC4B 5D3YA 190LA 1LYDA 123LA 1L91A 252LA 3C8QA 4I7LA 1GC6A 1I7AA 1T8FA 1LB1A 2G35A 1DYAA 1CU2A 3EMLA 1C60A 2D9ZA 145LA 2AL6A 227LA 200LA 1NI2A 4YXAC 1PFJA 2RGNB 1KW7A 230LA 197LA 192LA 239LA 4IFSA 1L81A 3HUKA 1QC6A 4I7JA 3ZDTA 1L85A 248LA 1WGUA 4OO9A 226LA 2GJYA 1FHXA 2XQNM 186LA 185LA 211LA 2OU8A 1WJMA 201LA 122LA 1L71A 3T06A 3OANA 180LA 1OVJA 1DYCA 1P37A 2UVMA 3AU4A 1DYGA 4F7HA 1FOEA 1C69A 198LA 5EFXA 1QUGA 2RH1A 103LA 2RBSA 1QTZA 4GXBA 3ULBA 4EKPA 5GOWB 141LA 3RZEA 4HB0B 3X23A 4HAVB 1L50A 1MK7B 2R09A 1SHCA 3TCAA 1L05A 1D3JA 1T97A 1P6SA 3AJ4A 3CDVA 113LA 4CYEA 206LA 2B73A 2ANXA 4EKRA 4K2PA 2X18A 159LA 243LA 1G0QA 2OTYX 1DYBA 4CHMA 4ZRJA 2DHKA 3FI5A 3N7CA 3HQCA 3C7YA 1C6BA 3CDOA 109LA 2L2IA 1L47A 1L80A 1L37A 1L97A 1QTBA 209LA 2HUMA 3DMVA 3GUNA 2E2XA 1TLAA 2JP2A 1C6HA 4NY0A 2CRFA 1P2LA 1C68A 2A4TA 2B6ZA 1JTMA 1QTHA 3D8EA 2F32A 1LYHA 1L26A 1ZYTA 3PVLA 4NSWA 1L19A 237LA 1L61A 1B6IA 143LA 1LGWA 1QT3A 256LA 236LA 1BTKA 2P8VA 3SO6A 1QT4A 1L98A 2DHJA 2RBQA 4WSFA 2VKIA 118LA 4LDOA 3HH4A 1DROA 2B6YA 4GBRB 2J0JA 4DX8A 189LA 4KVGB 2GCLA 2MDXA 2NTHA 1JQUA 4LZMA 2Q9DA 102LA 3HH6A 187LA 215LA 2Z0PA 4HAWB 3HTFA 1DYEA 1P6YA 4HAUB 1G0JA 5C16A 1E5WA 1GG3A 1L86A 2B70A 129LA 250LA 3U8ZA 2HULA 1C6FA 188LA 1P5CA 1L99A 1DDWA 2K2JA 5DIFB 4LDEA 4W59A 1BWNA 3L2XA 140LA 2Z0OA 171LA 4ZPUA 222LA 1LI2A 4F7GA 1C6IA 2KGXB 4MY6A 262LA 5J3YA 3HT8A 1C6TA 1QT6A 3DN3A 1UPRA 1L87A 1C6NA 3DMZA 4HB2B 3CXBB 2D10A 3PP2A 4K5YA 258LA 1C6CA 5DI9B 3LJUX 1MIXA 1PQDA 1I2HA 1L40A 1L88A 4A6KA 1BTNA 2OQBA 3GYPA 1SX7A 213LA 4EKUA 1C6PA 2DA0A 1ZSQA 4W52A 1AWEA 4I7RA 1KY1A 1Q67A 4HDOA 157LA 220LA 3HH5A 4A6FA 2QB0B 3DN2A 158LA 1V89A 1EVHA 1V88A 1L58A 1G06A 3HTBA 3TVVA 1L55A 5C5BA 3C83A 221LA 127LA 3WA0A 1OY2A 1G0MA 1XJTA 4K17A 3A98B 4I7NA 177LA 2YS1A 1X86A 3HT7A 3JR6A 152LA 2QARC 1L16A 1L03A 3M1IB 260LA 4B6HA 1C6JA 1P7SA 1DYDA 3WYFB 1L30A 2OE7X 1L56A 4HAXB 4Y94A 4DXAB 2Y8FA 3SBBC 1X1FA 2J59M 2YS3A 4EXMA 1LGUA 4I7MA 5KQ4A 3FSSA 3KRXA 1KY0A 254LA 4EJNA 3HUQA 1X11A 111LA 3HU8A 4IOYX 1WGQA 1LW9A 2OU9A 3C8SA 4DKLA 1L48A 257LA 3U7DA 4I7QA 1ZURA 3DN0A 3NSUA 104LA 2YVCA 4DJHA 3D8FA 1L42A 3HK0A 3PVWA 3D8DA 1D2WA 1CU0A 2CY4A 3GUIA 3V5WA 2B72A 2Q9EA 3A8PA 4I7SA 1U2BA 1X05A 1WVHA 1DDVA 1I6SA 195LA 1KNIA 2RB1X 1L12A 1C67A 2UZSA 5C6RA 3PDSA 2I1JA 1J19A 3ODWA 5DH9B 1Z87A 217LA 1QUOA 4CHJA 2RLOA 2O79A 1XEPA 1LGXA 3ODUA 2ELBA 1L09A 1XD4A 3FEHA 1U5FA 1U5EA 2EMSA 2VRWB 5HE1A 4A6FB 1V5PA 170LA 1L70A 4ZRKA 5C5BB 3TW1A 1L96A 1XKEA 4GN1A 231LA 2L78A 3HWLA 3SN6R 1Y19B 2UZRA 2CY5A 1QT7A 241LA 1L54A 2Z6BA 5D3WA 3ML4A 3CDQA 4W54A 2ZPYA 1C64A 1ZM0A 1L64A 3HUAA 261LA 2COFA 5DHAB 3ULCA 1L82A 2B74A 1LYFA 1CV6A 184LA 4ARMA 1ISNA 3K2RA 1ZWNA 4HDQA 3SB9A 3DNAA 4ARQA 165LA 3SBAA 4A6HA 1L90A 4WJ7A 2EC1A 4A5KA 2RSGA 3C7ZA 3QIJA 3HDFA 2ELAA 3GUMA 1C62A 1L67A 2D9VA 3KSYA 3F5RA 5HE0A 2KCJA 1H10A 1L73A 3D4SA 4S0WA 1UPQA 1P36A 1QTDA 146LA 2ANVA 1FAOA 1FB8A 3MDBC 4DAJA 5DHFB 232LA 247LA 1MAIA 2DX5A 2P0HA 1G0KA 1L92A 4GZUA 1NHBA 110LA 1L93A 214LA 1QSQA 1OV5A 3FM8C 1L84A 1L94A 205LA 2M14A 2NMBA 1CX7A 5JLJB 216LA 1V61A 2J0KA 1OYUA 3A8QA 3O96A 1QUHA 4KHBB 3ODXA 2GS0A 251LA 147LA 1L11A 1T6HA 212LA 1AQCA 245LA 3DXCA 3P7ZA 4KAXB 1SX2A 183LA 1L31A 1K28A 1PQOA 5D3VA 1C6MA 1L21A 1QS9A 178LA 7LZMA 4GMXB 1C6LA 1LPYA 3C82A 2F2QA 2OTXA 1L04A 233LA 142LA 3PEGA 1T8AA 128LA 1L53A 219LA 1L83A 1M7EA 4I7KA 2CUUA 3GULA 2D9WA 2MWNB 2GCJA 3TO1A 1OWYA 1LWGA 2V76A 4L6EA 1L89A 3NYAA 1L75A 4TKNA 5KCVA 3KRWA 2OE9X 1L95A 1OV7A 3DN8A 2LZMA 3HDEA 1U27A 1CV0A 1WI1A 2DFKA 4YL8A 3C80A 3ZVRA 3UZTA 3PBLA 3F0WA 5CLQB 3SYXA 1QT8A 1L25A 2DLWA 169LA 2NZ8B 4EPFA 1GC7A 4YONA 1L0KA 175LA 1K5DB 2RB0X 1RJ2A 3C81A 2EJ8A 1LYJA 3G9WA 1QS5A 2MKRA 2LYDA 1L24A 224LA 1D2YA 1EGXA 3C8RA 2AEHA 2OTZX 1LYIA 1N3HA 1SWYA 2N23A 2F47A 1C6QA 2RUKB 5CLLB 5JHHA 1SSWA 1FGYA 1L32A 4W58A 4E97A 4W53A 2P0FA 2D11A 3AU5A 1FHOA 255LA 3LZMA 1L44A 3QAKA 1BAKA 2COAA 4K2OA 1L07A 1P5TA 4C0AA 3SB5A 1KZGA 3HT6A 137LA 174LA 1LWKA 2R0DA 1L08A 1OVKA 1TQZA 2VSZA 2PZ1A 1CUQA 4PQ0A 3GYOA 1UNQA 1UNPA 1QQGA 4DX90 1L36A 1C61A 2IFSA 2LKOA 4GMVA 1CV3A 4K81A 1CUPA 1QTCA 1G0PA 2W2WA 4ARPA 3HH3A 131LA 1DYFA 1DYNA 2K2UA 1D3FA 1CU6A 1L65A 1L57A 2CAYA 1C63A 1L41A 1LLHA 1C6DA 1QUDA 2B6TA 4GRVA 2I1KA 168LA 2DKPA 3PG7A 1KS3A 242LA 1QTVA 259LA 5L81A 3C7WA 1L06A 1L52A 1PMSA 1L69A 4H8SA 1C6GA 2D2QA 5J3TA 172LA 1L66A 1CX6A 3DKEX 1L10A 1L49A 3VW7A 3PZDA 5HE3A 2P0DA 3F8VA 1TJ6A 2HE7A 2OEAX 1L28A 2I5CA 4I7OA 1P46A 3DN4A 1EAZA 4EKSA 1CV1A 235LA 2YT1A 1L0JA 167LA 3TFMA 1CV4A 1P56A 2DN6A 2COCA 1L27A 2BCJA 1CVKA 1UEFA 1Y5OA 2J0MA 3VIAA 1H4RA 3OE0A 1W1GA 1CTWA 1PQMA 1W1HA 4PNKA 5FI0A 1L23A 2RAYX 1JTNA 3DN1A 3HTGA 1L76A 3KZ1A 2H7DA 3SUZA 112LA 2B7XA 4HB3B 1DDMA 3OE6A 2D9YA 1L29A 1FHWA 139LA 3KY9A 125LA 160LA 3DXEA 2LG1A 2OU0X 1G0LA 4YXCA 1U5DA 1L68A 6LZMA 1V5MA 2RVBB 1CU5A 4D0NB 4EKQA 1ZVRA 2DYQA 5JHGA 2Q13A 4PJZA 1V5UA 3GUJA 1L13A 1EPYA 1T8GA 1PQKA 1MPHA 1P3NA 4EJ4A 166LA 4KHAA 107LA 1PQIA 2W2XC 2RBOA 2Y7BA 3NY9A 2RBNA 3G3VA 163LA 3G3WA 1NTVA 1NTYA 2LCBA 4LDLA 1L63A 2YRYA 3BINA 3P6AA 1L33A 1KI1B 1NU2A 2MFQA 2B75A 4TYZA 149LA 1L74A 2Y8GA 4P7IA 2DKQA 1MKEA 2DHIA 3PVUA 1LYEA 4F7UP 4MK0A 4KHOA 1OMWA 4DBBA 182LA 1L39A 1C6EA 1LYGA 1G07A 1WTHA 238LA 108LA 3RUNA 2D4QA 4GPTB 2KUPA 1L00A 249LA 1L45A 1C6AA 1SSYA 1DBHA 3DMXA 3G3XA 2RNRB 4HATB 1XCGA 2DX1A 4EMOA 1B55A 3HU9A 161LA 1L51A 164LA 1U5GA 1LI6A 1MK9B 5LONB 1U29A 1XX0A 2LOXA 1G1WA 1PLSA 1LI3A 2ROZB 1C66A 2LOZA 1PQJA 3RCPA 1C6KA 2DTCA 5KQ1A 1XODA 210LA 1XJUA 234LA 1P3RA 1X1GA 2RBRA 2N0YA 3SV1A 5LZMA 4ARMB 3GUKA 2H7EA 4ARQB 5D3XA 3SNHA 5C79A 2IYBA 2LC9A 4IAPA 1L46A 3V2YA 246LA 3SB6A 1D3NA 144LA 1TXDA 1ZC3B 2L1CA 1OVHA 223LA 4W56A 4W57A 4ARJA 2QKMA 3HT9A 5HE2A 1L59A 1KW5A 1L77A 1L79A 244LA 229LA 3F9LA 176LA 4HAYB 5LOPB 3V2WA 1L17A 1MIZB 1SWZA 5J3QA 3VOQA 2M38A 4BBKA 2NTGA 4YX7C 2O7AA 1IRSA 1K5GB 1C65A 1OQNA 4MT7A 114LA 1UNRA 2RB2X 1L18A 1L38A 2ROVA 4PK0A 3SB8A 3ODOA 3HTDA 1L62A 2B6XA 2EMTA 240LA 1J0WA 3QWMA 5I14A 1M7RA 2HTHB 1L43A 4I7PA 2W2XD 2YF0A 1G1VA 1L35A 225LA 1L01A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I7T A;  1QT5 A;  1WJ1 A;  2YSZ A;  3OE9 A;  1KZ7 A;  138L A;  218L A;  2RAZ X;  120L A;  173L A;  2HUK A;  1L60 A;  3SB7 A;  150L A;  1CV5 A;  2QKL A;  115L A;  191L A;  3GUP A;  2Z0Q A;  3BJI A;  126L A;  3CDT A;  4HAZ B;  1D3M A;  155L A;  2O4W A;  5JP4 A;  2FJL A;  156L A;  199L A;  4ARL A;  4AQN A;  228L A;  2LUL A;  1OWZ A;  1L02 A;  3QBV B;  1L72 A;  2RBP A;  1P64 A;  181L A;  4W51 A;  3OE8 A;  4EPI A;  196L A;  3CDR A;  1D9W A;  3UON A;  3MPX A;  4Z2M B;  3FA0 A;  3GUO A;  2B6W A;  4ZRI A;  5FI1 A;  4HHV A;  2IGC A;  2ADZ A;  1L15 A;  1G0G A;  4W55 A;  2K00 A;  2D9X A;  148L E;  1EF1 A;  2YS5 A;  1L20 A;  2I5F A;  1L14 A;  1QSB A;  3L64 A;  1RRP B;  1W1D A;  1XR0 B;  2COD A;  4HB4 B;  1WG7 A;  1L22 A;  3DN6 A;  1FGZ A;  3PSC A;  4XWX A;  4Z2N A;  3FAD A;  3NY8 A;  2YT0 A;  162L A;  1P2R A;  1L34 A;  1LW3 A;  3HW2 B;  253L A;  3CIK A;  1SGH A;  4WVF B;  5D27 A;  1CU3 A;  2DYN A;  151L A;  2OE4 X;  3DXD A;  3IVF A;  130L A;  119L A;  1ZC4 B;  5D3Y A;  190L A;  1LYD A;  123L A;  1L91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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