The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MDRQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Atomic resolution structure of a mutant of the spectrin SH3 domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Metal binding protein
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| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN
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| total genus |
12
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-10-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NM7 A; 4RTY A; 2J06 A; 1AWO A; 2HDA A; 1BB9 A; 1UDL A; 4Z8A A; 2JM8 A; 1U3O A; 2KRM A; 1WI7 A; 2L3Q A; 2M0Y A; 4J9E A; 1X2K A; 1YNZ A; 2JT4 A; 2DE0 X; 1RLQ C; 1AEY A; 2L0A A; 4F16 A; 4JJC A; 1B3Q A; 4A63 B; 1GCP A; 4LUE A; 2AZV A; 1VA7 A; 4K11 A; 2LNH B; 1NYF A; 1JXO A; 1GRI A; 1SSH A; 4CC3 A; 2RQR A; 1WIE A; 1YWO A; 1OV3 A; 3VS5 A; 2JW4 A; 3LH5 A; 2ROL A; 2BTT A; 1K76 A; 2AK5 A; 2K3B A; 2DYB A; 1U5S A; 1QWF A; 3QWX X; 4AFS C; 2L3S A; 2LZ6 B; 1AD5 A; 1AOJ A; 3H41 A; 1HD3 A; 2FPD A; 4Y92 A; 2YUQ A; 1CSK A; 4GLM A; 1NG2 A; 4HCK A; 2EGC A; 1NYG A; 3EG2 A; 4J9D A; 4OMQ A; 2HEQ A; 2DRK A; 1XOV A; 1SRL A; 1ZBJ A; 2AZS A; 2DBM A; 2LCS A; 1E6G A; 4QT7 A; 4KRT A; 2KBT A; 2KR3 A; 1AZG B; 2CUB A; 2QDL A; 3EG3 A; 4WCI A; 2ECZ A; 4JZ4 A; 2JM9 A; 1GL5 A; 4X1V A; 2CT4 A; 1ZUY A; 1PNJ A; 2A28 A; 2CSQ A; 2DIL A; 3PVL A; 2RN8 A; 4J9H A; 3REB B; 2G6F X; 1ZUU A; 2YUN A; 3VS6 A; 2RQU A; 2CH4 A; 2EBP A; 1YWP A; 2DBK A; 2OAW A; 2MOX A; 2H8H A; 4GBQ A; 5GJW B; 2J7I A; 2RQW A; 2PNI A; 4AFZ C; 1HJD A; 5L23 A; 2NWM A; 2BZX A; 3H0I A; 1AWX A; 2FRY A; 1T3L A; 2DL4 A; 2E5K A; 2IIM A; 4JJD A; 4HVV A; 3VS0 A; 2EGE A; 3IQL A; 1WDX A; 2KXC A; 3TSZ A; 2P4R A; 3SEM A; 1NLP C; 1ZLM A; 2LMJ A; 1KFZ A; 2JMC A; 1PWT A; 2DL8 A; 4Z89 A; 2B86 A; 2GTO A; 4JJB A; 2J05 A; 1MV3 A; 1OPK A; 3NMZ C; 3EHR A; 1X27 A; 2RF0 A; 1QWE A; 1KIK A; 1UHF A; 3TSW A; 2KEA A; 4IIO A; 1E6H A; 1X2Q A; 1PKS A; 2GQI A; 1Z9Q A; 2FRW A; 2C0T A; 3EG1 A; 2EYX A; 2JXB A; 3ULR B; 1ZUK A; 4DEY A; 4OMM A; 1CKA A; 2A36 A; 4JZ3 A; 4F14 A; 5IXB A; 1H3H A; 3M0P A; 1MV0 B; 3R6N A; 2KNB B; 1JU5 C; 2VVK A; 1GCQ A; 3I5R A; 2HCK A; 3VRZ A; 3ZL7 C; 5IXF A; 2LJ0 A; 2W0Z A; 3M0R A; 1JO8 A; 2W10 A; 2KRS A; 4LE9 A; 3RBB B; 1WA7 A; 4IIM A; 4ZNX A; 1WX6 A; 1H92 A; 2D0N A; 2C0I A; 3NPF A; 5FW9 A; 4ORZ A; 2D1X A; 1SHF A; 1I1J A; 2J6O A; 1AVZ C; 2YUP A; 1AWW A; 1G2B A; 5IH2 A; 1W1F A; 2XMF A; 4J9B A; 1GBR A; 2NUZ A; 3RNJ A; 4AG2 C; 1X69 A; 2LX7 A; 2FO0 A; 1WXT A; 1M30 A; 1UUE A; 2EKH A; 2LQW A; 2LQN A; 3U23 A; 1WLP B; 4JPB W; 2DJQ A; 5EC7 A; 1KJW A; 1UEC A; 3THK A; 2YT6 A; 2PTK A; 2DF6 A; 1UJY A; 1UGV A; 5FWC A; 1I07 A; 1OEB A; 2A08 A; 1K9A A; 1NEG A; 2EYW A; 2FPE A; 2O88 A; 1UJ0 A; 1YN8 A; 2KXD A; 4RTX A; 2FG0 A; 2FEI A; 1ABO A; 3GBQ A; 2X3W D; 1I0C A; 1IO6 A; 2KT1 A; 4F17 A; 2DLP A; 1PRM C; 2ROT A; 2VKN A; 2D8J A; 1AWJ A; 2DL3 A; 3VS1 A; 1WXB A; 4EIK A; 2OJ2 A; 2EYY A; 2OI3 A; 2EPD A; 2DMO A; 2KYM A; 4E6R A; 1M3A A; 2CUD A; 5I22 A; 1RLP C; 1VYT A; 4J9F A; 1JEG A; 3EG0 A; 1W70 A; 3NHN A; 2DRM A; 1PHT A; 2EW3 A; 4RUG A; 2RNA A; 1G83 A; 3I5S A; 1Y0M A; 1N5Z A; 2YDL A; 3VS3 A; 1GFD A; 3VS4 A; 3M0Q A; 4CC4 B; 2F2W A; 1EFN A; 2V1Q A; 4OMO A; 3FJ5 A; 2YSQ A; 2HSP A; 1LCK A; 2JTE A; 2BZ8 A; 1GBQ A; 1JQQ A; 2CRE A; 5GJV B; 1WYX A; 4J9G A; 2J6F A; 2SRC A; 3NGP A; 3O5Z A; 4M4Z A; 2M51 A; 3REA B; 1W6X A; 1RI9 A; 4AFQ C; 4HVW A; 4RTT A; 2KRN A; 3M0U A; 1X43 A; 2C0O A; 1U06 A; 2CT3 A; 2KYB A; 2L3P A; 4CC7 A; 1T0J A; 3UF4 A; 1QLY A; 1GCQ C; 4OMN A; 2L2P A; 1ABQ A; 2BZY A; 4LN2 A; 3UA7 A; 2RQT A; 4OMP A; 2V1R A; 1V1C A; 2CDT A; 1J3T A; 2O31 A; 2ED1 A; 3EGU A; 2K2M A; 1WXU A; 4RTW A; 2J6K A; 1H8K A; 1VYU A; 2SEM A; 2ABL A; 1X6B A; 1BBZ A; 4J9C A; 4CC2 A; 2O9V A; 4AFU C; 1RUW A; 1E7O A; 4D8K A; 1KSW A; 1TG0 A; 3H0F A; 4R0K A; 2HBW A; 4HVU A; 1CKB A; 1JXM A; 1ZX6 A; 2AKL A; 2CH4 W; 3SHW A; 1YCS B; 4D8D A; 1BU1 A; 1WFW A; 2K6D A; 5I11 A; 4HXJ A; 2O2O A; 3PE0 A; 2KT8 A; 1K1Z A; 1UFF A; 2O9S A; 4RTU A; 4DEX A; 3JV3 A; 1NLO C; 2LJ1 A; 3QWY A; 1TUC A; 3M0S A; 1S1N A; 1SRM A; 1UTI A; 4RTZ A; 2DX1 A; 5ECA A; 3EHQ A; 2KE9 A; 2GBQ A; 3VS7 A; 4FSS A; 2KRO A; 1M3C A; 2EGA A; 4RTV A; 3KFV A; 1FMK A; 1Y57 A; 2X3X D; 2LP5 A; 5FWB A; 2AKK A; 2A37 A; 2RMO A; 2MCN A; 2ENM A; 1YP5 A; 2KGT A; 2PZ1 A; 1K0X A; 1QKX A; 3UA6 A; 3PVQ A; 1NEB A; 1SEM A; 2VWF A; 2ED0 A; 1FYN A; 1B07 A; 2LJ3 A; 3CQT A; 1ZSG A; 4OML A; 1T0H A; 1UG1 A; 1QKW A; 2ESW A; 1QCF A; 2GTJ A; 2EQI A; 1X6G A; 2DVJ A; 3VRY A; 2D8H A; 1M8M A; 1UE9 A; 4AG1 C; 5IHI A; 2EVR A; 1A0N B; 1OOT A; 1M3B A; 1SPK A; 4ESR A; 2JS0 A; 3C0C A; 4LUD A; 1OPL A; 3I9Q A; 4LNP A; 4J9I A; 1VYV A; 2I0N A; 1BK2 A; 2RQV A; 2K9G A; 1PKT A; 1TUD A; 5IHN A; 1Z9Z A; 5HCK A; 1GFC A; 2DM1 A; 1M27 C; 3A98 A; 2F2V A; 2CSI A; 1K4U S; 1AZE A; 2K79 A; 2DA9 A; 3I35 A; 2EYZ A; 2MIO A; 2DL5 A; 5IHK A; 1SHG A; 1UHC A; 2FPF A; 1ARK A; 4Z88 A; 3UAT A; 2F2X A; 3TVT A; 2JS2 A; 3H0H A; 1K0S A; 2K7A A; 2RPN A; 3M0T A; 1HSQ A; 3VS2 A; 2DL7 A; 2YUO A; 2GGR A; 2JMA A; 1T3S A; 2GNC A; 1PRL C; 1MUZ A; 2DNU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Y07 A; 2YRV A; 3X26 B; 3I56 A; 1NM7 A; 3FIF A; 3CXC P; 1P92 A; 1AWO A; 2HDA A; 4C0D B; 2IG0 A; 5KYN A; 1BB9 A; 1KC8 R; 4Z8A A; 1VQP T; 2L3Q A; 4J9E A; 3UDC A; 1YNZ A; 3CCQ Q; 1RLQ C; 4M7D E; 1U1T A; 2AZV A; 1VA7 A; 1VQK Q; 1N6A A; 1YIT Q; 4PK4 A; 2WSE E; 1GRI A; 1SSH A; 2X4J A; 2KQW A; 3HSB A; 2O4X B; 4BI8 B; 1YHQ Q; 2JW4 A; 3GPL A; 3VV0 A; 2ROL A; 1BYM A; 3HP9 A; 2DYB A; 1EX4 A; 1U5S A; 3E9F A; 3QWX X; 4O6J A; 1JJ2 S; 3BY7 A; 2KI7 A; 1ZBX A; 3S6W A; 1AD5 A; 1I5O B; 1AOJ A; 1VQ4 A; 4PLL A; 2YUQ A; 4AT1 B; 1QVF P; 1VQN Q; 4ZTJ A; 2XHC A; 4PNO A; 1CSK A; 1O9S A; 4GLM A; 4M78 B; 4QKU A; 2BKD N; 3LW5 E; 2VXE A; 4XTY A; 1VQL A; 1ZBJ A; 2DBM A; 3CCU T; 4X9C A; 4QT7 A; 2KBT A; 2JTM A; 3FB9 A; 4BAC A; 5D6Y A; 1M2O A; 1GL5 A; 4A54 A; 4FYX B; 1X01 A; 4QQG A; 4ATO A; 2WSC E; 3CCM Q; 3VYH B; 4M75 D; 3CCQ A; 4NOY A; 1VUB A; 1G8X A; 2JVV A; 4FW2 A; 3CCM A; 1ZUU A; 3M54 A; 3UT1 A; 3OYY A; 2EBP A; 1YWP A; 4OF1 A; 2DBK A; 5GAO m; 3OS0 A; 1M8V A; 1M2V B; 2H8H A; 4GBQ A; 2J7I A; 1NZ9 A; 1QCO A; 4HKE A; 2PNI A; 3OYI A; 3ZEH A; 2PQW A; 3EAE A; 3J81 E; 1S72 T; 3X28 B; 5L23 A; 1PD0 A; 2RHZ A; 4P5N A; 4OB3 B; 1PG5 B; 2IIM A; 3MP8 A; 3OW2 S; 5CCA A; 3CMA Q; 6AT1 B; 2KXC A; 2DD4 A; 1VQ7 T; 1OUL A; 1ZLM A; 3WVD B; 3SDZ A; 1PWT A; 4KT0 E; 2B86 A; 5KCH A; 3P8D A; 4M75 B; 1OPK A; 3EHR A; 3TU4 K; 2RHU A; 3CEY A; 1X27 A; 2RF0 A; 4RCC A; 3OW2 A; 1UHF A; 4IIO A; 1E6H A; 1D3B A; 1QQJ A; 1X2Q A; 8AT1 B; 4LDU A; 1Z9Q A; 1VQM Q; 1KD1 R; 2JXB A; 3Q1J A; 3ULR B; 2XDP A; 1CKA A; 1M5Q 1; 1TXQ A; 4M75 F; 5IXB A; 1H3Z A; 4KBM B; 4M77 F; 1MV0 B; 2KNB B; 1ACM B; 4LDX A; 4IUV A; 1K9M R; 2CZ1 B; 4C8Q A; 4KGZ B; 2LQ8 A; 2DJZ A; 4M7A E; 4MDW A; 1UB4 A; 1VQ7 A; 1TH7 A; 2LJ0 A; 2W0Z A; 4JDS A; 4A4K A; 2RI2 A; 5CO7 A; 4ZN3 A; 3CMA T; 1U1S A; 1AHJ B; 3OMG A; 4F7U B; 3MET A; 2C0I A; 3M4G A; 1G2B A; 5IH2 A; 4PFO A; 1W1F A; 4OGE A; 3OSS C; 4RKU E; 3PT9 A; 3RNJ A; 3LWH A; 2LX7 A; 5CQY A; 2LT4 A; 1RAF B; 2QEX Q; 3CPF A; 1VQN A; 2V8K A; 1PSE A; 2LQW A; 2LQN A; 2EAY A; 1WLP B; 3U23 A; 2MF2 A; 3JB9 F; 4J6Y A; 1OEB A; 2EYW A; 3CCQ T; 1YN8 A; 3G1J A; 4X9D A; 1VQ4 T; 1LPL A; 2X3W D; 2EWN A; 1IO6 A; 2DIQ A; 4EMG A; 2ROT A; 4M77 D; 4QVZ A; 3CCU A; 2KYM A; 2LRQ A; 4PJO C; 2DPP B; 2DIG A; 2H3J A; 1VQL T; 1RLP C; 5CR2 A; 3DLL A; 2H3E B; 2FZK B; 3ZBD A; 1MMG A; 4J5Y A; 3INZ A; 1W70 A; 2JOY A; 2RNA A; 3OMC A; 2RHX A; 1G83 A; 1OYX A; 1W2B A; 2RH2 A; 1Y0M A; 3VS3 A; 3CCL T; 4M7D F; 1GFD A; 4M75 E; 4CC4 B; 2XDB A; 4FIB A; 3R6O A; 2DK3 A; 1FXX A; 2ZPI B; 4CI0 C; 4FT2 A; 3CC4 Q; 4IUQ A; 1NJI U; 2JTE A; 3QSU A; 2BZ8 A; 4C8Q D; 1JJ2 A; 1GBQ A; 1Q81 U; 1X6O A; 2D9T A; 2CRE A; 2Y90 A; 2DD5 A; 1VQP A; 4BUG A; 2SRC A; 3CCS T; 3LWI A; 2QTX A; 1IGU A; 3VUZ A; 4RTT A; 2DYI A; 3M55 A; 7AT1 B; 2XDD A; 1T0J A; 1VQ8 A; 4FYV B; 1QLY A; 3M5A A; 3PGG A; 4MZM A; 1GXI E; 1WPY A; 2RJC A; 2EQM A; 1I4K 1; 4ZGE B; 3EH1 A; 4B6M A; 5GAO p; 4L5G A; 4XQ3 A; 3T9N A; 3QJY A; 1RL2 A; 3L2Z A; 2V1R A; 3OYK A; 2V26 A; 4JRK A; 1SSF A; 3G6E A; 3RER A; 3QO3 A; 5KCO A; 1ZA1 B; 2DTO A; 1H8K A; 1VYU A; 2ABL A; 4RCB A; 1X6B A; 1BBZ A; 3I56 T; 3PFS A; 3OB9 A; 4OGC A; 3G4S Q; 4AFU C; 1C0M A; 3CBO A; 4A4G A; 4D8K A; 1YJW A; 1TSF A; 3H0F A; 1OQK A; 2HBW A; 3JB9 H; 1CKB A; 2O01 E; 1VQK T; 2E1H A; 4D8D A; 5GAO q; 4PJO D; 2GFU A; 2EYQ A; 1UFF A; 5CKE A; 3MHX A; 2Z0W A; 1TUC A; 3E19 A; 2QQB A; 1S1N A; 1V29 B; 4RTZ A; 1IGQ A; 2CP0 A; 2RO0 A; 2RHY A; 3G4S T; 4MMK A; 4C92 G; 2KRO A; 3CCJ A; 1M3C A; 1FMK A; 2X3X D; 3OYC A; 4BDY A; 2QA4 T; 3C94 A; 2ENM A; 1YP5 A; 2HQE A; 2KGT A; 4R56 A; 2ZZD A; 2RA2 A; 4ME7 A; 1K0X A; 2QGG A; 2XKO C; 3PVQ A; 1SEM A; 1NEB A; 2LVM A; 1KK7 A; 1B07 A; 3KBG A; 2COY A; 2LJ3 A; 3P8H A; 3CQT A; 4JRQ A; 1ZSG A; 4OML A; 3HPW A; 5A0L A; 3F70 A; 2ESW A; 1QCF A; 2GTJ A; 3FJP A; 2EQI A; 3VRY A; 1D0Y A; 2LX9 A; 1IZ6 A; 2JZ2 A; 4KUL A; 3V8L A; 5IHI A; 1A0N B; 4C0Z A; 1M3B A; 1SPK A; 5HK3 A; 1VQ9 Q; 1D1A A; 4NS5 A; 1YI2 Q; 3I9Q A; 1WHH A; 4EMK C; 4J9I A; 1VYV A; 2YLB A; 1PKT A; 5IHN A; 1RAA B; 5DM7 R; 4GY5 A; 1M27 C; 1RAD B; 3CCV Q; 2F2V A; 3OSV A; 4PJO B; 1K4U S; 5GMK h; 4V2S A; 2E10 A; 1ZA2 B; 1UHC A; 3LLR A; 3DKM A; 1ARK A; 3UAT A; 1M2V A; 4PL6 A; 3RKX A; 1NPP A; 1QMC A; 3QJ6 A; 3OS5 A; 2P84 A; 3NTK A; 1W2B P; 5C6S A; 4PLI A; 2GNC A; 1VQ4 Q; 4M78 D; 2DNU A; 1SF9 A; 3I55 Q; 3V7S A; 1YJ9 T; 4RG2 A; 3FRN A; 4E7J A; 5CKH A; 3EGX B; 2KRM A; 1WI7 A; 4Z02 A; 2X35 A; 3DB3 A; 1C1A A; 2JT4 A; 3FEO A; 2DE0 X; 1AEY A; 3RIR A; 4M7D A; 2HMA A; 2L0A A; 4JJC A; 4F16 A; 1GCP A; 1BKB A; 1WNL A; 4K11 A; 1JXO A; 2QYZ A; 2MMP A; 2DFU A; 3CCE A; 1UGR B; 3VS5 A; 1VQ5 A; 5FRN A; 3SWN C; 1M9S A; 3BE3 A; 1D0Z A; 2I2L A; 4FM4 B; 1QWF A; 3E1S A; 4AFS C; 1WHM A; 1G3S A; 2LT1 A; 4Y92 A; 4BY6 C; 4N4G A; 3MEA A; 4B9X A; 4HCK A; 2EGC A; 1VQM T; 2QEX T; 2DZC A; 2P0Q A; 4F7U F; 3EG2 A; 3MCA B; 4J9D A; 2HEQ A; 2DRK A; 3TEE A; 1SRL A; 3CBM A; 3RMS A; 2QK0 A; 3G6E T; 1K9M C; 2EJ9 A; 4J7I A; 2KR3 A; 1VQL Q; 1AZG B; 5D6W A; 5D7U A; 4R55 A; 5GAN e; 2VXF A; 1KG1 A; 2CGH A; 2ECZ A; 4JZ4 A; 2DKG A; 1PC0 A; 4X1V A; 2CT4 A; 5CIU A; 1PNJ A; 2CSQ A; 2DIL A; 1TOV A; 1K73 R; 3CCS Q; 3QYG B; 4HCZ A; 1Q95 G; 4C0D C; 3EFS A; 3OY9 A; 3CCS A; 1M1G A; 3CD6 T; 2OAW A; 5GJW B; 1S72 Q; 3TQ7 P; 3BW1 A; 4AFZ C; 2NWM A; 2BZX A; 3H0I A; 1KQS S; 4Q5W A; 1W2B S; 1T3L A; 4A4E A; 1WHL A; 2KMT A; 4HVV A; 4DBH A; 2EGE A; 4M75 G; 3IQL A; 1WDX A; 2ZPB B; 3JAM E; 3SEM A; 2LC4 A; 3MEV A; 4Z89 A; 2GTO A; 3NTI A; 1MV3 A; 1R0C B; 3NMZ C; 3MEW A; 1QWE A; 1UEB A; 3TSW A; 2KEA A; 1VQ6 Q; 4KUD K; 3JSC A; 4HCC A; 3JCM g; 1PKS A; 4BB7 A; 1PM3 A; 1G3Y A; 4OMM A; 3E9G A; 4JZ3 A; 2E5Q A; 4M78 E; 5DY9 A; 4M78 A; 2G3R A; 3R6N A; 3CD6 Q; 2K5I A; 2F1L A; 2CS7 A; 4PJM A; 1Y96 B; 3I5R A; 3ZFJ A; 2HKQ B; 1VQN T; 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