The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MDRQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Atomic resolution structure of a mutant of the spectrin SH3 domain.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Metal binding protein
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| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN
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| total genus |
12
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-10-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W70 A; 1BBZ A; 2PNI A; 4EIK A; 2JM9 A; 2EPD A; 2KEA A; 2DX1 A; 4CC7 A; 2LMJ A; 1ABQ A; 2XMF A; 2KE9 A; 1M3B A; 2A28 A; 1FMK A; 2J6O A; 1W6X A; 2DBM A; 1ZX6 A; 2DLP A; 1RUW A; 1QKW A; 2JTE A; 2L0A A; 2MCN A; 2DYB A; 1E6G A; 3VRZ A; 3EG3 A; 4QT7 A; 2PZ1 A; 1PHT A; 1ZUU A; 2KR3 A; 2B86 A; 2RNA A; 1ARK A; 1T0J A; 1U3O A; 3UA6 A; 1VYU A; 2CSI A; 1HD3 A; 2CT3 A; 2YUP A; 4GBQ A; 3QWY A; 5IHI A; 2K79 A; 1T3L A; 2LNH B; 2GNC A; 1JU5 C; 3M0U A; 4HVW A; 3H0I A; 1SSH A; 2EQI A; 2AKK A; 3REB B; 2JS2 A; 1UGV A; 2C0T A; 2AZV A; 3TVT A; 2K7A A; 4A63 B; 1BB9 A; 2J6F A; 1VA7 A; 2RQR A; 1KJW A; 3TSW A; 2LP5 A; 1M30 A; 2L2P A; 1A0N B; 2LJ3 A; 2O2O A; 3VS6 A; 3UA7 A; 2LJ1 A; 2DMO A; 1UJ0 A; 4J9E A; 4RTW A; 4DEY A; 2FRW A; 5HCK A; 1GBR A; 1YCS B; 3I35 A; 4Z88 A; 1K0S A; 1ABO A; 4CC3 A; 4AG1 C; 4RTY A; 3SHW A; 3KFV A; 1SPK A; 1K4U S; 1JO8 A; 4HVV A; 1QLY A; 1WXU A; 2E5K A; 2EKH A; 1WDX A; 2OAW A; 1AWO A; 3U23 A; 2HSP A; 4D8K A; 1RLQ C; 3JV3 A; 2CUB A; 1U06 A; 3UAT A; 3I5S A; 2JXB A; 2CDT A; 1N5Z A; 3IQL A; 5L23 A; 2CRE A; 3VRY A; 1ZUY A; 3VS7 A; 2DRK A; 4J9D A; 2FO0 A; 1PKS A; 2KRN A; 4LNP A; 2KRO A; 1CKA A; 4WCI A; 1SHG A; 3M0Q A; 3I9Q A; 4IIO A; 4J9C A; 3NGP A; 4OMN A; 1TUD A; 2ESW A; 4E6R A; 2L3S A; 4JZ3 A; 2FRY A; 1AOJ A; 1UG1 A; 1WXT A; 2JW4 A; 1M3C A; 2H8H A; 2RN8 A; 2V1R A; 1CKB A; 1JXO A; 2A36 A; 2K3B A; 2YT6 A; 1QKX A; 2I0N A; 2PTK A; 5IXB A; 1MV0 B; 2RQV A; 1I07 A; 1ZSG A; 3O5Z A; 2FPF A; 1BK2 A; 1MV3 A; 3VS4 A; 2VWF A; 1E6H A; 2AZS A; 1PRL C; 2DL3 A; 3EGU A; 1SRM A; 2J06 A; 2NUZ A; 2DE0 X; 4J9I A; 1OEB A; 1WXB A; 2AKL A; 1JEG A; 5ECA A; 2MOX A; 4JPB W; 2CT4 A; 3FJ5 A; 3I5R A; 2L3P A; 1WX6 A; 4OMP A; 2QDL A; 2W0Z A; 4J9F A; 4HVU A; 1JQQ A; 1PWT A; 2VKN A; 3C0C A; 2O9S A; 2DF6 A; 2C0I A; 3NHN A; 3VS0 A; 1K0X A; 2IIM A; 2KT1 A; 4J9H A; 1X69 A; 2O9V A; 2EW3 A; 4X1V A; 2D8H A; 4ORZ A; 2D8J A; 5I11 A; 3SEM A; 2YDL A; 5IH2 A; 2O88 A; 3UF4 A; 1UUE A; 2EYY A; 1AEY A; 3EG2 A; 1AWJ A; 1M8M A; 1M3A A; 1WI7 A; 2LCS A; 1I1J A; 3PVQ A; 2C0O A; 2MIO A; 1V1C A; 3EHQ A; 1U5S A; 2EGE A; 4J9B A; 3VS5 A; 2KXC A; 1ZBJ A; 1B3Q A; 2KNB B; 2F2X A; 2YUO A; 3EG0 A; 4JJD A; 1T3S A; 1OV3 A; 2M0Y A; 1JXM A; 4RTU A; 5IHK A; 1KFZ A; 1OOT A; 2JMA A; 1B07 A; 2EVR A; 1QWF A; 2KYM A; 5FW9 A; 2EGA A; 1K76 A; 1H92 A; 1NLP C; 2OJ2 A; 2LZ6 B; 5GJW B; 4JZ4 A; 2EYW A; 2ENM A; 4LN2 A; 5GJV B; 1UFF A; 2J7I A; 2DNU A; 2K9G A; 1Z9Q A; 3ULR B; 2CH4 W; 1S1N A; 1UEC A; 3M0T A; 2YSQ A; 3A98 A; 1GCQ C; 4AFS C; 4CC2 A; 4OMO A; 4J9G A; 1FYN A; 1M27 C; 1SRL A; 4OMM A; 4AFQ C; 3H0F A; 2P4R A; 1WYX A; 1GRI A; 2GTJ A; 2DL4 A; 2J6K A; 3RBB B; 3M0P A; 1HJD A; 1PRM C; 2LQN A; 4Z8A A; 1MUZ A; 4RTV A; 5FWB A; 3REA B; 2EBP A; 2EGC A; 2LQW A; 2RQW A; 1E7O A; 1NM7 A; 2K6D A; 2VVK A; 1ZUK A; 3QWX X; 2KGT A; 4HCK A; 4JJC A; 2F2W A; 4LUE A; 2D1X A; 1ZLM A; 3H0H A; 2ECZ A; 3THK A; 3TSZ A; 2FPE A; 2DL7 A; 3PE0 A; 1K1Z A; 2GQI A; 1WIE A; 2ED1 A; 2JS0 A; 4IIM A; 1RI9 A; 2BZY A; 4LUD A; 2KRS A; 1QWE A; 2CH4 A; 2YUQ A; 4HXJ A; 5FWC A; 3H41 A; 1X27 A; 4RTX A; 3NMZ C; 2V1Q A; 2DBK A; 2ROT A; 4F14 A; 1GCP A; 2HEQ A; 3RNJ A; 4GLM A; 1K9A A; 5I22 A; 1X6G A; 1QCF A; 2JMC A; 1H3H A; 2GBQ A; 4JJB A; 2CUD A; 2DJQ A; 2KYB A; 1YP5 A; 2F2V A; 2RMO A; 1Y0M A; 1NEB A; 2K2M A; 4FSS A; 4RTT A; 2DA9 A; 3M0R A; 2HBW A; 1GBQ A; 1X6B A; 2G6F X; 3PVL A; 2NWM A; 4RTZ A; 2BZX A; 1UJY A; 3EHR A; 1G2B A; 4OMQ A; 5EC7 A; 3EG1 A; 2RPN A; 3VS3 A; 3R6N A; 2RQU A; 2EYX A; 4LE9 A; 3M0S A; 1YWP A; 1X2K A; 1CSK A; 1AD5 A; 2A08 A; 2J05 A; 2GGR A; 2CSQ A; 4D8D A; 1NYG A; 1WLP B; 2O31 A; 1RLP C; 2JM8 A; 2ED0 A; 2JT4 A; 4Y92 A; 1AVZ C; 3VS2 A; 4K11 A; 2RF0 A; 2X3W D; 2HCK A; 2A37 A; 1PKT A; 1X2Q A; 4AFU C; 1VYV A; 1T0H A; 5IHN A; 3ZL7 C; 1UHC A; 1WFW A; 1G83 A; 1W1F A; 1VYT A; 1UDL A; 1BU1 A; 1EFN A; 2SEM A; 2FEI A; 2X3X D; 1KSW A; 2YUN A; 1I0C A; 1TG0 A; 3VS1 A; 1AWX A; 1SHF A; 1UTI A; 1H8K A; 4RUG A; 4F16 A; 3LH5 A; 1KIK A; 4AG2 C; 2OI3 A; 1J3T A; 4Z89 A; 1TUC A; 4M4Z A; 1NYF A; 1AWW A; 1GCQ A; 2HDA A; 4KRT A; 1UHF A; 2M51 A; 2BTT A; 2GTO A; 4F17 A; 2RQT A; 2KXD A; 2ROL A; 4AFZ C; 2L3Q A; 4DEX A; 1NG2 A; 1AZE A; 1OPL A; 2W10 A; 1PNJ A; 2FG0 A; 3GBQ A; 1YWO A; 3CQT A; 1Z9Z A; 1WA7 A; 1YN8 A; 1HSQ A; 2KT8 A; 1IO6 A; 1LCK A; 2DVJ A; 2SRC A; 1GFD A; 3NPF A; 1YNZ A; 2D0N A; 1XOV A; 2KBT A; 2DM1 A; 2BZ8 A; 4R0K A; 4ZNX A; 1UE9 A; 1Y57 A; 2ABL A; 2KRM A; 2FPD A; 2LX7 A; 1GFC A; 2AK5 A; 4OML A; 2DL5 A; 1SEM A; 2DL8 A; 4CC4 B; 4ESR A; 2DIL A; 1AZG B; 1OPK A; 1GL5 A; 2LJ0 A; 1NLO C; 1X43 A; 1NEG A; 2DRM A; 2EYZ A; 5IXF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BAC A; 2JM9 A; 2KEA A; 1ABQ A; 1M3B A; 1FMK A; 4LD6 A; 1WHH A; 2BUD A; 3DLM A; 2GCX A; 1VQ9 T; 2JTM A; 2LC4 A; 1BI1 A; 3KXT A; 2QTV A; 4PJO C; 4DOW A; 2X4W A; 4PJO B; 1KQS S; 2A3L A; 1PHT A; 2I2L A; 4MDX A; 2G3R A; 3OYH A; 9ATC B; 2DER A; 1U3O A; 8ATC B; 5LJ5 h; 4BI4 A; 5GAN 4; 1VYU A; 2CSI A; 2H3E B; 1I5L A; 1IXD A; 2YUP A; 2YRV A; 4MZP A; 4J6Y A; 1T3L A; 3CBO A; 4C0F A; 1JB0 E; 5L8R E; 1JU5 C; 1M90 C; 4MZM A; 3M0U A; 3QJ6 A; 1ZA1 B; 2AKK A; 3CC2 T; 3REB B; 1UGV A; 1OZ2 A; 3M59 A; 4M77 G; 4C0G A; 1LNX A; 1KD1 U; 1MND A; 3L2R A; 4A63 B; 3JB9 D; 2E6N A; 1VA7 A; 2DTH A; 1JJ2 S; 1MMA A; 2RQR A; 2HL3 A; 1F1B B; 2L2P A; 4D6W A; 2VGM A; 2LJ3 A; 1PD0 A; 1D0Z A; 3VS6 A; 5LL6 S; 4HCC A; 3CCS Q; 2AIR B; 4WF2 A; 4M75 F; 3D7S B; 1WQW A; 5GAO q; 4RTW A; 3CCU A; 3BDU A; 2NUP A; 3I35 A; 1ABO A; 3X26 B; 4XTV A; 1TWB A; 3SHW A; 2FVU A; 1BCM A; 1WJR A; 2ZPF B; 3KFV A; 2M9U A; 2HKQ B; 1K4U S; 1R8O B; 1QQJ A; 5GMK m; 3V7S A; 2BIV A; 2DZC A; 4PFZ A; 1O9S A; 3G1J A; 2HSP A; 4XTZ A; 4E7Z A; 3EFS A; 1WHG A; 4L5G A; 5FRO A; 3PMI A; 4BI8 B; 4JRK A; 1N5Z A; 1N8R R; 2CRE A; 3VS7 A; 3X25 B; 2DRK A; 3HFO A; 1K9M R; 2O01 E; 2DXC A; 1KC8 U; 1KQS A; 4LNP A; 2KRO A; 2RI5 A; 1Q82 C; 2KMT A; 1WJQ A; 4C8Q E; 3NGP A; 4PLL A; 1TS9 A; 3LGL A; 4E6R A; 2FRY A; 1UG1 A; 2DEQ A; 2E3H A; 3OY9 A; 3I55 T; 3ME9 A; 2RN8 A; 3C12 A; 3E1S A; 2V1R A; 2A36 A; 2QA4 T; 2EWN A; 3QJY A; 1QKX A; 3BFM A; 4M78 E; 1MV0 B; 1ZSG A; 3O5Z A; 3VUB A; 1MV3 A; 3OYY A; 3QO3 A; 1M1F A; 2F69 A; 2VYT A; 5GAO r; 4FYY B; 2BE7 D; 2X51 A; 2AZS A; 5KYY A; 2M16 A; 4R55 A; 1SRM A; 4C92 A; 1D1A A; 1OEB A; 1W4S A; 5J3B A; 5ECA A; 2LCC A; 3FJ5 A; 3I5R A; 5FU7 B; 4ANJ A; 1M2O A; 2CZ0 B; 2QDL A; 2QG9 B; 2W0Z A; 4J9F A; 1JQQ A; 2NLU A; 5GAO m; 1PWT A; 5GAO n; 4BD3 A; 3G6E T; 3VYG A; 3MEU A; 4XU2 A; 2O9V A; 2EW3 A; 3GOX A; 2K4Y A; 3J7A F; 2KVQ G; 3VU3 C; 4A54 A; 3QHS A; 4CI0 C; 4Y91 A; 5C0M A; 1AEY A; 1AWJ A; 1WI7 A; 2DFU A; 1HK9 A; 2MIO A; 1V1C A; 2EJ9 A; 1IRE B; 2KXC A; 2E12 A; 2F2X A; 1U1T A; 3EG0 A; 4JJD A; 4PJO F; 2M0Y A; 4RTU A; 3JB9 H; 1LPL A; 3HRU A; 1Y7X A; 2JMA A; 1WNL A; 2XHC A; 2RHI A; 1BI3 A; 1K76 A; 2QGF B; 1H92 A; 1M1G A; 4M7A F; 3SDZ A; 4JZ4 A; 2EYW A; 3G6E A; 2ENM A; 4LN2 A; 3TCJ A; 4TVR A; 4EMK A; 3OYJ A; 3ULR B; 2MAM A; 4CC2 A; 1QMC A; 4OMO A; 4ZN3 A; 1OQK A; 1QVF P; 1M1K U; 1WYX A; 1GRI A; 3G7Z A; 4CRI A; 2GTJ A; 4PJN A; 5GAO l; 5LJ3 g; 2DPP B; 3GPL A; 2QA4 Q; 3VUZ A; 2J6K A; 3RBB B; 3OYB A; 2RJD A; 2V26 A; 2DIQ A; 1PRM C; 1FX7 A; 4KUL A; 3FB9 A; 4C5G A; 1VQM T; 1HXD A; 2XD0 A; 1D3B A; 3CCS T; 4E7I A; 2LQW A; 1I8F A; 4DBR A; 2QEX A; 2VVK A; 4M7D A; 2KGT A; 1VQN Q; 1RI0 A; 3EGX A; 3L1A A; 4LUE A; 2D1X A; 2EQM A; 4BB7 A; 3G71 A; 3H0H A; 2RJF A; 3PE0 A; 1WHL A; 2WSC E; 2GQI A; 1WIE A; 2ED1 A; 5GAM d; 4E7J A; 2EFI A; 2XI9 A; 1VQK Q; 4LUD A; 2CH4 A; 2R5A A; 3H41 A; 5J26 A; 2V1Q A; 3EGD A; 4BDZ A; 4QVZ A; 5DY9 A; 3GNF B; 2MMP A; 5CKD A; 2VAS A; 2ZPH B; 4QKU A; 2JMC A; 2VGN A; 2GBQ A; 4M75 B; 2KYB A; 4WTO B; 3CCS A; 2F2V A; 3UPU A; 3X24 B; 4C8Q B; 1Y0M A; 1K73 U; 1N8R C; 4RTT A; 4DBF A; 1ZA2 B; 2HBW A; 1GBQ A; 3CXC S; 4P5N A; 1VQ9 Q; 4JLI A; 2FYK A; 3EHR A; 4DBH A; 3RER A; 4OMQ A; 1YIJ A; 1D1C A; 3FC3 A; 1N27 A; 2HD0 A; 4XK8 E; 2RQU A; 3C94 A; 4LE9 A; 2HQE A; 3CCU Q; 1NE8 A; 3KUF A; 1D09 B; 2CSQ A; 4D8D A; 3WVE B; 1Q81 U; 5LJ3 d; 4Y92 A; 1AVZ C; 1FWZ A; 4K11 A; 3CXC A; 1PKT A; 4J7F A; 5A2Q E; 4OB2 B; 1RAG B; 1WFW A; 3CCM Q; 1W1F A; 1VYT A; 2X3X D; 1UEB A; 3PTA A; 1AWX A; 1SHF A; 1UTI A; 2FZG B; 4HCZ A; 4RUG A; 5GAM e; 3G6E Q; 2GFU A; 3G4S Q; 2OI3 A; 1J3T A; 4OB0 B; 2DZ9 A; 1BYM A; 4M4Z A; 1GCQ A; 2HDA A; 4C5H A; 1Q86 C; 4N4G A; 2GTO A; 5IN1 A; 4ZTF A; 4IUP A; 1SF9 A; 3NTI A; 2ROL A; 1NG2 A; 1AZE A; 4A4H A; 2W10 A; 4YTL A; 4EMH A; 3CBP A; 3R6O A; 1HSQ A; 3A8H B; 1KK7 A; 1K73 C; 4RMO A; 1GFD A; 2EKO A; 1K8A R; 1ACM B; 2KBT A; 3X28 B; 1Y57 A; 3RMS A; 4IUT A; 2FPD A; 5GAM h; 2WSF E; 3ASK A; 5GAN g; 3E2U A; 2DIL A; 2LCL A; 3VKI A; 2L8D A; 4BDY A; 4EMK C; 2BKD N; 1X43 A; 3X20 B; 5CO7 A; 5GAN 6; 4N4I A; 4M78 F; 5LJ3 e; 1ZQ1 A; 2KQW A; 5CQY A; 1NJI U; 3OSV A; 2EQK A; 1W6X A; 3SWN C; 1ZX6 A; 5HK0 A; 2LQK A; 5GAO p; 4B6M A; 3BDL A; 1VIF A; 4RG2 A; 2L0A A; 2MCN A; 4AT1 B; 2DYB A; 1NPP A; 1E6G A; 4QT7 A; 2JOY A; 1PCX A; 1HYO A; 2PVG B; 2JZ2 A; 2X4X A; 2YLC A; 3JCM X; 1ZUU A; 3UWN A; 4BI3 A; 5D6Y A; 2OTL T; 2B86 A; 1VQM Q; 3UA6 A; 2E70 A; 1Q95 G; 4XU0 A; 3OB9 A; 5KE2 A; 4GBQ A; 3JCM b; 4RCB A; 1M4Z A; 4HVW A; 2DTO A; 1SSH A; 3CC4 Q; 2X35 A; 2XDP A; 2EAY A; 2RJE A; 3JRZ A; 1B7T A; 3TVT A; 4J6X A; 1BB9 A; 2J6F A; 3CPF A; 3UA7 A; 4XQ3 A; 4JS4 A; 2DMO A; 5KYY B; 4PJO E; 3CPW S; 2FRW A; 1VQ5 T; 3QSU A; 2DTI A; 4X9C A; 3E9F A; 4CC3 A; 3CC2 Q; 2QQB A; 4MZT A; 3G71 T; 4RTY A; 5FU7 C; 5CCA A; 1SPK A; 4C8Q D; 1WQ7 A; 2A0F B; 3M54 A; 8AT1 B; 1WXU A; 4PFO A; 4M7D G; 2E5K A; 3HFN A; 3J81 E; 3UAT A; 3WXM B; 3EH1 A; 4OF1 A; 1IHV A; 3CCM A; 3P8B B; 2K2V A; 2FO0 A; 1AHJ B; 2KRN A; 4RCC A; 5EG2 A; 3CCQ T; 4F04 B; 3CCL A; 4WCI A; 1SHG A; 4XU1 A; 2GFA A; 1JBM A; 2RJC A; 3AHU A; 4IIO A; 3HRT A; 3H8Z A; 4J9C A; 1VQO T; 3M58 A; 4OMN A; 3EFO B; 3URG A; 3PGG A; 1YJW T; 4VUB A; 1M3C A; 3VJP A; 5CAI A; 2FZK B; 2YLB A; 4C8Q F; 4JRQ A; 3CCR A; 1CKB A; 2E3I A; 5KYW B; 2PTK A; 3HP9 A; 1YIJ Q; 2D9T A; 1LJO A; 1NJI R; 1BCO A; 3C95 A; 3MP6 A; 4NL2 A; 1VQP T; 2VUB A; 1VQ9 A; 4KUD K; 3I55 Q; 4JUV A; 2RA2 A; 4RKU E; 2ZPE B; 1JJ2 A; 4FIB A; 4O6J A; 4AMC A; 3UT1 A; 3CC2 A; 2DD4 A; 1I81 A; 1UGR B; 2DE0 X; 1WHK A; 1W2B S; 4M7D B; 4OP0 A; 3A8M B; 4J9I A; 2MOX A; 4JPB W; 4X9D A; 2LT4 A; 1K8A U; 2MYS A; 2K5I A; 3EGX B; 2LQ8 A; 1MMG A; 4HVU A; 2COZ A; 4Y28 E; 5DLO A; 1BIA A; 2VKN A; 3C0C A; 2RD1 A; 2C0I A; 1RAI B; 3MPU B; 2DXU A; 4J9H A; 7AT1 B; 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