The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
97
|
structure length |
97
|
Chain Sequence |
b'GSSGSSGTDPGAEELPARIFVALFDYDPLTMSPNPDAAEEELPFKEGQIIKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQSGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
|
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| total genus |
7
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| structure length |
97
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| sequence length |
97
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OOT A; 1SRM A; 1GCQ A; 1ZBJ A; 2F2W A; 1NEB A; 4ESR A; 1M8M A; 3EHQ A; 2EGC A; 1W70 A; 1YNZ A; 2ECZ A; 1WDX A; 3RNJ A; 5HCK A; 2RNA A; 4OMP A; 3EG3 A; 2PZ1 A; 2KXD A; 3SEM A; 2CH4 A; 4Z88 A; 4F17 A; 1K0X A; 1H3H A; 2B86 A; 1U3O A; 3EHR A; 1PKT A; 2JS0 A; 3PVL A; 4FSS A; 4DEX A; 1PHT A; 1IO6 A; 2KNB B; 2DL4 A; 2DX1 A; 1JXM A; 5FWB A; 2C0O A; 2KR3 A; 2YDL A; 2JW4 A; 1NLO C; 3H0F A; 2DBM A; 1KSW A; 5IH2 A; 4JZ4 A; 5IHN A; 1RUW A; 1WI7 A; 1UUE A; 1AD5 A; 3M0R A; 1JEG A; 1UHC A; 2K79 A; 1M3A A; 1GBQ A; 3NPF A; 1ABO A; 1KIK A; 2M51 A; 1QWF A; 2LZ6 B; 2ESW A; 4J9G A; 2YUN A; 1TUD A; 1CKA A; 1A0N B; 2SRC A; 1BK2 A; 1X2Q A; 4RTX A; 5ECA A; 1I0C A; 5IXB A; 4AFZ C; 3THK A; 2XMF A; 5IHI A; 4RTZ A; 3VS1 A; 2K2M A; 4R0K A; 1ZX6 A; 3UA6 A; 2YUO A; 4D8D A; 1QCF A; 2LQN A; 1UHF A; 1T0J A; 2YUP A; 1OPL A; 2KE9 A; 1PNJ A; 3M0S A; 4OMO A; 2DBK A; 4JJB A; 1NYF A; 2KT1 A; 1K76 A; 3NGP A; 2ABL A; 2D0N A; 2EQI A; 1W6X A; 2DA9 A; 4OMM A; 4AFQ C; 1BU1 A; 1E6G A; 2CSQ A; 1YWO A; 2AK5 A; 2YUQ A; 2LJ0 A; 1K9A A; 2J6O A; 2HEQ A; 1SRL A; 2HBW A; 2LJ3 A; 4X1V A; 2K3B A; 3VS5 A; 2A08 A; 4EIK A; 2YSQ A; 1AEY A; 1WFW A; 2GTO A; 2LQW A; 4E6R A; 2O88 A; 1BB9 A; 2DL3 A; 1PRL C; 2G6F X; 1FMK A; 2F2V A; 4LN2 A; 2SEM A; 2DIL A; 2ROT A; 3KFV A; 2CH4 W; 3ZL7 C; 4J9C A; 1NG2 A; 4RTT A; 3RBB B; 2CDT A; 2GGR A; 1Z9Z A; 3UAT A; 4HVU A; 2CRE A; 3VS6 A; 4J9H A; 4ORZ A; 4D8K A; 1X69 A; 3NMZ C; 2LCS A; 5EC7 A; 2VKN A; 1J3T A; 5FW9 A; 1VA7 A; 1BBZ A; 4JPB W; 5GJW B; 3UA7 A; 4J9D A; 1RI9 A; 1Y0M A; 2DL7 A; 3H0I A; 2J05 A; 1HSQ A; 2L3P A; 1QKW A; 1X43 A; 1CSK A; 2EYY A; 2KYM A; 3U23 A; 1ARK A; 1WA7 A; 2X3X D; 1UGV A; 2HSP A; 1YP5 A; 1U06 A; 1NYG A; 3I5S A; 3I5R A; 3R6N A; 2DF6 A; 4J9I A; 2KEA A; 2JS2 A; 2EYW A; 2DL8 A; 3VS4 A; 2RPN A; 1TG0 A; 2MCN A; 2EGA A; 3C0C A; 1T3S A; 3EGU A; 2JM9 A; 4RTU A; 1UG1 A; 2FRW A; 2FRY A; 1ZUU A; 4CC3 A; 5I22 A; 2YT6 A; 3A98 A; 3FJ5 A; 4M4Z A; 3QWX X; 3VS3 A; 1WLP B; 1K1Z A; 4JJC A; 2FO0 A; 2L2P A; 2FPE A; 2MOX A; 2L3Q A; 2GQI A; 1AWX A; 1OEB A; 1KJW A; 1V1C A; 1GL5 A; 2RQV A; 2J6K A; 2J7I A; 2JXB A; 2DJQ A; 2CT4 A; 2DNU A; 3I9Q A; 4IIO A; 3I35 A; 1M3B A; 2GBQ A; 2P4R A; 2DRK A; 1X2K A; 1OV3 A; 1YCS B; 2V1Q A; 2EKH A; 2RF0 A; 4A63 B; 1WXB A; 1SSH A; 2PTK A; 1K4U S; 2A36 A; 4GLM A; 1VYT A; 1UDL A; 1AZG B; 1AVZ C; 2AZS A; 2OJ2 A; 1AWW A; 2DMO A; 1PRM C; 2KT8 A; 1M30 A; 1ZUK A; 1MUZ A; 3QWY A; 1ZLM A; 2JTE A; 2I0N A; 3M0Q A; 2RQU A; 2BTT A; 1PWT A; 1LCK A; 4HCK A; 2IIM A; 2EPD A; 2O9S A; 2CT3 A; 4KRT A; 1WXU A; 1SHG A; 4JZ3 A; 2HCK A; 2J6F A; 1AWO A; 2HDA A; 4J9F A; 4RUG A; 2K9G A; 1NEG A; 2RN8 A; 2LNH B; 2FEI A; 4CC4 B; 1Z9Q A; 2J06 A; 2OI3 A; 2KRM A; 4WCI A; 1WXT A; 2K6D A; 2CSI A; 4J9E A; 1G83 A; 1XOV A; 2A37 A; 3VRY A; 3JV3 A; 1QKX A; 4QT7 A; 2X3W D; 1WX6 A; 3VRZ A; 5L23 A; 2DE0 X; 1UEC A; 2EYX A; 2EW3 A; 4CC2 A; 1B07 A; 3TSW A; 1WYX A; 1NM7 A; 5FWC A; 3VS2 A; 2O2O A; 2KRO A; 5IHK A; 1GRI A; 1UFF A; 2A28 A; 2O31 A; 2O9V A; 3TSZ A; 2EBP A; 1T0H A; 4IIM A; 1JQQ A; 2EGE A; 1ABQ A; 1T3L A; 2RQW A; 2ROL A; 3REA B; 1JO8 A; 2OAW A; 4F14 A; 1GFC A; 3VS7 A; 1Y57 A; 3GBQ A; 2DVJ A; 2ED0 A; 1AWJ A; 2RQR A; 3H41 A; 3EG0 A; 4RTW A; 2JM8 A; 2FPD A; 2JMA A; 4HVV A; 2L0A A; 2L3S A; 2DM1 A; 4CC7 A; 2LMJ A; 3UF4 A; 1U5S A; 1WIE A; 2FG0 A; 2CUB A; 2ENM A; 1AZE A; 2K7A A; 4LUE A; 4OML A; 4DEY A; 4AFS C; 4AG1 C; 2F2X A; 2V1R A; 1H8K A; 1E7O A; 3LH5 A; 4F16 A; 4HVW A; 5I11 A; 1I07 A; 1RLQ C; 1SEM A; 3SHW A; 4OMQ A; 1TUC A; 2D8H A; 2ED1 A; 4OMN A; 2LP5 A; 1MV3 A; 2JT4 A; 1NLP C; 3M0T A; 4J9B A; 2BZX A; 1QWE A; 1CKB A; 1ZUY A; 4HXJ A; 2AZV A; 4LE9 A; 2AKL A; 1UJY A; 3M0U A; 3NHN A; 3H0H A; 1W1F A; 1X6B A; 2GNC A; 1UTI A; 4K11 A; 1VYV A; 2DRM A; 4ZNX A; 4RTV A; 2D8J A; 4LUD A; 1X6G A; 3M0P A; 2AKK A; 1G2B A; 2LJ1 A; 1JXO A; 1E6H A; 3EG2 A; 2RQT A; 3ULR B; 2VWF A; 4JJD A; 1H92 A; 4Z8A A; 1GCQ C; 2E5K A; 2NUZ A; 1AOJ A; 1I1J A; 2W0Z A; 1X27 A; 1S1N A; 1SPK A; 1RLP C; 2DL5 A; 2LX7 A; 2KRN A; 2H8H A; 4Y92 A; 3PVQ A; 2KYB A; 3PE0 A; 1UE9 A; 1OPK A; 1YWP A; 3VS0 A; 2C0I A; 1GCP A; 2GTJ A; 3TVT A; 1UJ0 A; 2CUD A; 1M27 C; 2W10 A; 1JU5 C; 2KBT A; 4AG2 C; 1HJD A; 1YN8 A; 2KGT A; 2BZY A; 2C0T A; 2FPF A; 1VYU A; 1HD3 A; 2EYZ A; 2NWM A; 2MIO A; 3REB B; 2KRS A; 1FYN A; 4RTY A; 3CQT A; 3IQL A; 1ZSG A; 4Z89 A; 2RMO A; 1GBR A; 1SHF A; 2DLP A; 4LNP A; 1GFD A; 1K0S A; 4GBQ A; 1M3C A; 4AFU C; 2QDL A; 2D1X A; 1KFZ A; 1MV0 B; 2PNI A; 1PKS A; 3O5Z A; 1EFN A; 2BZ8 A; 1B3Q A; 3EG1 A; 5GJV B; 2M0Y A; 1QLY A; 2JMC A; 2EVR A; 2KXC A; 1N5Z A; 2DYB A; 2VVK A; 5IXF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PLI A; 2O4X B; 4PJO A; 1LVK A; 4M7D G; 3GIB A; 3MEU A; 1N8R U; 1N8R C; 3CC7 A; 1UEB A; 2Y90 A; 5HCK A; 4OMP A; 1VQM T; 3L1A A; 4QVD A; 3CMA T; 2BE7 D; 1VQK Q; 2KXD A; 2CH4 A; 3CCL A; 2HD0 A; 4BUG A; 2CZ1 B; 3EHR A; 1U3O A; 3OW2 S; 1YJ9 T; 1H3H A; 1Y71 A; 2JS0 A; 3PVL A; 3QII A; 3UDC A; 3C12 A; 2DTI A; 2DL4 A; 1EX4 A; 1PG5 B; 2XG8 D; 2EFI A; 3H0F A; 1KSW A; 1K8A R; 2YXY A; 4N4I A; 4KGX B; 1JEG A; 3S3N A; 1RAD B; 4C0F A; 1OQK A; 2ESW A; 4J9G A; 1TS9 A; 2E64 A; 1TUD A; 1OU8 A; 3EGX B; 2K5F A; 2LCL A; 1X2Q A; 4RTX A; 4XAX B; 5ECA A; 2NUP A; 4AFZ C; 4C8Q E; 3RIR A; 4RTZ A; 5EG2 A; 3I55 T; 3FC3 A; 3UA6 A; 1YI2 Q; 4D8D A; 2YUP A; 1M2V B; 2CP5 A; 3M0S A; 3UWN A; 4C0D C; 1JBM A; 1NYF A; 2KT1 A; 2QEX A; 1AT1 B; 2D0Q B; 4M7D B; 1KD1 C; 4M7A E; 3QYG B; 1K9M R; 3DLM A; 2EQI A; 2DA9 A; 2F69 A; 4M75 D; 2LC4 A; 1KD1 U; 1BU1 A; 1R77 A; 1YWO A; 2AK5 A; 5LJ5 g; 2P0P A; 2J6O A; 4M7A D; 1NJI U; 2HBW A; 2K2V A; 2LJ3 A; 2A08 A; 2DXC A; 2YSQ A; 4QKU A; 1WFW A; 2LQW A; 4E6R A; 5HK3 A; 2G6F X; 1YJN T; 4KGV B; 4E7Z A; 1BKB A; 5FLX E; 1Y96 B; 2R57 A; 3SD4 A; 3KFV A; 1Q7Y U; 4JS5 A; 3QSU A; 1PM3 A; 3QDF A; 1NG2 A; 4O6J A; 4RTT A; 3RBB B; 3VS6 A; 4J9H A; 3MJX A; 4MZM A; 3NMZ C; 2GFA A; 5HK0 A; 1PCX A; 5FW9 A; 1WJR A; 4M77 C; 3DB3 A; 3QZ5 B; 1HK9 A; 1K73 R; 4EMG A; 1X43 A; 1K8A C; 1CSK A; 2EYY A; 1QVF P; 1ARK A; 3CBM A; 1EIF A; 5GAN 2; 3FIF A; 1D09 B; 1I5L A; 5A0D A; 3R6N A; 2DF6 A; 3JCM J; 2A7Y A; 3JCM g; 2YLB A; 2EYW A; 1MMG A; 3GP8 A; 2MCN A; 2AIR B; 3EAE A; 1T3S A; 2HKN A; 4OF1 A; 4RTU A; 1VQM Q; 2FZG B; 3A8L B; 3M54 A; 1MNE A; 2OTL A; 2FRY A; 2H3J A; 1O75 A; 3QWX X; 4M4Z A; 3VS3 A; 1S72 Q; 2YHT A; 1WLP B; 5GMK e; 2EIF A; 2D6F A; 4JJC A; 5LJ5 e; 2LX9 A; 2BIV A; 3VUB A; 1WJS A; 1I8F A; 1M1K U; 3SWN B; 3PFS A; 4A4G A; 1AWX A; 1OEB A; 1KJW A; 2RI2 A; 2JXB A; 2DJQ A; 2CT4 A; 3G71 T; 2K5I A; 3I35 A; 5GAO m; 1M3B A; 2DRK A; 1X2K A; 1YCS B; 2RF0 A; 4E7H A; 1WXB A; 1SSH A; 2CP0 A; 4GLM A; 1VQP Q; 4DBQ A; 1XQH A; 1B34 A; 1AZG B; 4C92 F; 2KT8 A; 1ZUK A; 1MUZ A; 4JS4 A; 2WSC E; 2JTE A; 2QGF B; 2RQU A; 4KH0 B; 5IN1 A; 1FWZ A; 1LPL A; 4C0D B; 2IIM A; 3RMQ A; 4KRT A; 3UT1 A; 2OTL Q; 1VQ6 T; 1EZZ B; 2HDA A; 2K9G A; 2RN8 A; 4HA8 A; 4DBR A; 2D9T A; 4M77 D; 2FEI A; 3V8L A; 4CC4 B; 1Z9Q A; 3OYC A; 4RCB A; 2FYK A; 2CSI A; 1G83 A; 2F1L A; 4FIB A; 4E2F B; 3LW5 E; 2EYX A; 3M4G A; 3E1S A; 3PGG A; 5LJ5 j; 1V76 A; 3H9N A; 3QPH A; 5DY9 A; 4C92 C; 1VQ7 A; 2KRO A; 2RHU A; 3EGD B; 1RAF B; 1WHK A; 1JJ2 A; 2A28 A; 2DO3 A; 2ZZD A; 2O9V A; 5LL6 S; 2QI2 A; 3TSZ A; 1VQP A; 4IIM A; 1TSF A; 4EMK A; 5GAO l; 4IUT A; 1ABQ A; 2ROL A; 2RD1 A; 3CC4 Q; 1OZ3 A; 1Y96 A; 2VXE A; 2DVJ A; 1IXD A; 3PIO A; 4JRP A; 3JAM E; 2RQR A; 2YRV A; 4CRI A; 2JM8 A; 3GLX A; 2FPD A; 2JMA A; 4AMC A; 2P4T A; 4F7U E; 3SFM A; 4RKU E; 3CCV A; 2JTF A; 2DM1 A; 4FYV B; 3UF4 A; 2FG0 A; 3CC7 Q; 2E4H A; 1VOM A; 2PVO B; 3CPF A; 1KQS A; 2DPP B; 2LCC A; 1XJW B; 3VJP A; 5CKB A; 1LNX A; 4M7A B; 2CZ6 B; 4AG1 C; 2XIC A; 1I81 A; 2V1R A; 4EMH A; 5I11 A; 1RLQ C; 5FRM A; 3CCM A; 3CCR Q; 2E6Z A; 2D8H A; 3EFS A; 2ED1 A; 4OMN A; 4PJO C; 2LP5 A; 1MV3 A; 2JT4 A; 4XU2 A; 1TOV A; 3CCE T; 3M0T A; 2BZX A; 3PMI A; 2QEX Q; 3LGF A; 2HQH A; 4LE9 A; 2AKL A; 4FYW B; 2QA4 A; 3OYG A; 1QW1 A; 3KXT A; 1X6B A; 2V26 A; 1S72 T; 3GNF B; 4J8O A; 2CKK A; 4ELY C; 3CCS A; 2D8J A; 3M0P A; 4IUV A; 3OSV A; 4M77 F; 3CMA Q; 2I2L A; 3M5A A; 3ULR B; 1D3B A; 1KK7 A; 4MDW A; 2VUB A; 4J6Y A; 1VQ5 A; 1I1J A; 4RMO A; 3CCL T; 2W0Z A; 4R56 A; 1RAC B; 2EJF A; 1S1N A; 4XTZ A; 4KUD K; 5I2M A; 4HCB A; 2KRN A; 2IPO B; 3TEE A; 2KYB A; 2YRC A; 3MP6 A; 5D6X A; 1YIT A; 2RJE A; 2M02 A; 4A4K A; 1VQ8 Q; 4C92 D; 3MCA B; 5KYW A; 3VS0 A; 3RMS A; 2LTO A; 2KK4 A; 2EQK A; 1VQO T; 1JU5 C; 4AG2 C; 5HY6 A; 4AT1 B; 5CO7 A; 2MIO A; 3REB B; 4KT0 E; 4PJM A; 4RTY A; 3JCM c; 3CCM T; 1ZSG A; 4BDZ A; 4LNP A; 1GFD A; 1NZ9 A; 4BY6 C; 4GBQ A; 3HFN A; 4AFU C; 1SF9 A; 2D1X A; 1KFZ A; 1MV0 B; 4FYY B; 5C0M A; 2DIG A; 3JCM d; 2CP2 A; 1M5Q 1; 5GJV B; 1QLY A; 1WHJ A; 2JMC A; 2EVR A; 2K3X A; 2DYB A; 3MET A; 1OOT A; 1SRM A; 3CCU T; 1GCQ A; 3C4S A; 2ZPE B; 5GAN 3; 4XQ3 A; 4M78 G; 3RNJ A; 2RNA A; 2M9U A; 2K3Y A; 3E19 A; 4M75 A; 3EG3 A; 3KUF A; 2PZ1 A; 4A54 A; 1HXD A; 4C8Q A; 2H3E B; 3BDU A; 3CC7 T; 3HRU A; 4FSS A; 1PHT A; 4C8Q B; 1TWB A; 2ZPH B; 3QHS A; 2DX1 A; 1YJ9 A; 1JXM A; 1OZ2 A; 3CPW A; 1Y7X A; 2YDL A; 2JW4 A; 2DBM A; 3P8B B; 3VYH B; 3OY9 A; 4XTV A; 2X9H A; 4JZ4 A; 2CS7 A; 3TRE A; 5A0L A; 1UUE A; 2F5T X; 1UHC A; 1M3A A; 1GBQ A; 3JB9 J; 4M7D C; 3NTH A; 3ER0 A; 1K8A U; 3I56 T; 2YUN A; 1CKA A; 2ATC B; 1A0N B; 1BK2 A; 1WHH A; 1UGQ B; 1YBY A; 1ZBX A; 4IUQ A; 5J39 A; 1AHJ B; 5IHI A; 4R0K A; 2QQB A; 1ZX6 A; 3L2Z A; 4QQ6 A; 3JB9 F; 2LQN A; 1T0J A; 1PD1 A; 1OPL A; 5HKC A; 1PNJ A; 3OYN A; 5DM7 R; 4OMO A; 2MK5 A; 4JJB A; 1WPY A; 5GAN 8; 3NGP A; 1NPP A; 2FL7 A; 2ABL A; 1VQ9 Q; 2L5Q A; 4LDV A; 2LNV A; 4OMM A; 2OTL T; 1VQ6 Q; 2VC8 A; 2KAF A; 3MPU B; 2LQ8 A; 3CPW P; 5GAN e; 2CSQ A; 5DLQ E; 3PT9 A; 3ZFJ A; 3A8M B; 2JJ9 A; 1VQL Q; 5GAO n; 1K73 C; 1BCM A; 2X4J A; 5CCA A; 1MHN A; 1MMN A; 2DER A; 1M90 R; 1K73 U; 4LD6 A; 4WTO B; 2HKQ B; 1VQN Q; 8AT1 B; 4TVR A; 1PRL C; 5D6Y A; 2QK0 A; 4M78 D; 1FMK A; 4LN2 A; 3MP1 A; 2CH4 W; 1U1S A; 1FMV A; 4LDY A; 3ZL7 C; 3S6W A; 2GGR A; 5GAM h; 1ZHI A; 2CRE A; 3G1J A; 1ZSZ C; 4OB3 B; 4J83 A; 3CD6 Q; 2RJF A; 1J3T A; 3D7S B; 3I55 A; 1VA7 A; 3HP9 A; 1RI9 A; 1YHQ T; 2WSF E; 3RKX A; 4M7D F; 2RHZ A; 5M9O A; 3H8Z A; 2EYQ A; 4PJO G; 3CCV Q; 2PUK B; 2QEX T; 2HSP A; 2XKO C; 2PVD B; 1NYG A; 3GF5 A; 3CXC A; 4EDU A; 3CC2 A; 4J9I A; 2JS2 A; 1YIT Q; 3VS4 A; 2K57 A; 2RPN A; 1TG0 A; 1D0Y A; 2EGA A; 3C0C A; 3OW2 P; 2QXF A; 5CKE A; 2FRW A; 1WJQ A; 4CC3 A; 5I22 A; 4YTL A; 1OI1 A; 3OS5 A; 2RO0 A; 4FT2 A; 1K1Z A; 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