The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
97
|
structure length |
97
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Chain Sequence |
GSSGSSGTDPGAEELPARIFVALFDYDPLTMSPNPDAAEEELPFKEGQIIKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
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| total genus |
7
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| structure length |
97
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| sequence length |
97
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UE9 A; 2J7I A; 1UFF A; 3H0F A; 3TSW A; 1PKT A; 2AKL A; 4RTW A; 2KRS A; 2VKN A; 3NPF A; 1JXO A; 4OMN A; 2W0Z A; 1H92 A; 1B3Q A; 2DIL A; 2DL8 A; 3UA6 A; 1K1Z A; 1WFW A; 1U3O A; 2BZY A; 2E5K A; 3IQL A; 2RPN A; 4OMM A; 1RUW A; 1CSK A; 2RF0 A; 1G83 A; 2L3P A; 2EYZ A; 2LJ0 A; 4HCK A; 3M0R A; 1JQQ A; 4FSS A; 1Y0M A; 2J05 A; 2K7A A; 1UTI A; 1WXU A; 2F2X A; 4J9C A; 1AD5 A; 1I07 A; 1SSH A; 3EG1 A; 4JPB W; 2O31 A; 1TUD A; 4Z89 A; 2KGT A; 2OAW A; 1VYT A; 2CSQ A; 5IHK A; 4CC4 B; 1X2Q A; 2JTE A; 1UG1 A; 3ZL7 C; 5IHN A; 1ABQ A; 1YNZ A; 4K11 A; 4WCI A; 2QDL A; 1NYF A; 2C0O A; 3REB B; 2L3S A; 1NLO C; 1ZSG A; 2O2O A; 3QWY A; 2RQU A; 3EGU A; 1JU5 C; 4LUD A; 1M30 A; 1N5Z A; 2I0N A; 1OOT A; 2YSQ A; 2CUD A; 2X3X D; 1ZBJ A; 1AWX A; 2SRC A; 1X6B A; 1UDL A; 1AWW A; 2YT6 A; 3VRZ A; 1GCP A; 1PRL C; 2JXB A; 1ZX6 A; 1QLY A; 3GBQ A; 2HEQ A; 1CKB A; 4RUG A; 1IO6 A; 4J9D A; 2V1Q A; 1M27 C; 2LQN A; 2DYB A; 1UHF A; 4LN2 A; 5GJW B; 4Y92 A; 2A08 A; 2LJ1 A; 4HXJ A; 2NUZ A; 2EPD A; 4DEY A; 4AFZ C; 2YUP A; 2LQW A; 2D1X A; 2CSI A; 4J9H A; 1YP5 A; 4F17 A; 2DL5 A; 3VS3 A; 4F16 A; 2GNC A; 1U06 A; 2ED1 A; 2GQI A; 2AK5 A; 2LJ3 A; 3H0H A; 1MV3 A; 2ED0 A; 3UA7 A; 1MUZ A; 1GRI A; 2P4R A; 4J9I A; 2K3B A; 1ZLM A; 1TG0 A; 2YUQ A; 1QKX A; 3A98 A; 2JM8 A; 1YN8 A; 2MCN A; 1PHT A; 1B07 A; 1HSQ A; 2EBP A; 2FPD A; 2EVR A; 2H8H A; 2KRN A; 1GL5 A; 1UHC A; 2ROT A; 5HCK A; 1Z9Z A; 2FO0 A; 2X3W D; 2OJ2 A; 1PNJ A; 2JMA A; 3NMZ C; 2K79 A; 2XMF A; 4E6R A; 2J6K A; 3JV3 A; 1PKS A; 2J06 A; 1SHG A; 2A28 A; 3VS0 A; 4ZNX A; 1W70 A; 1AVZ C; 4ORZ A; 4KRT A; 3VS6 A; 2ECZ A; 2DMO A; 1AWO A; 1NLP C; 2BTT A; 3H41 A; 1OEB A; 2LNH B; 1Y57 A; 4AFU C; 1WXB A; 2DRM A; 3UAT A; 1ZUY A; 1AZG B; 2RQW A; 2EGE A; 4J9E A; 2JMC A; 3PVL A; 5FW9 A; 2A36 A; 2CH4 A; 2KYM A; 3PVQ A; 1RLQ C; 3VRY A; 2KRM A; 1LCK A; 2GTJ A; 2VWF A; 1OPK A; 2PNI A; 1VYV A; 2CT3 A; 4CC3 A; 2DL7 A; 2PZ1 A; 3RBB B; 2RQR A; 2DA9 A; 5L23 A; 1MV0 B; 1AEY A; 1WX6 A; 4QT7 A; 1NEG A; 3M0P A; 4IIO A; 4AG1 C; 2KXC A; 1U5S A; 1K76 A; 2F2W A; 5FWC A; 5IHI A; 2RNA A; 2RN8 A; 4IIM A; 2GGR A; 2V1R A; 3VS1 A; 2KEA A; 1G2B A; 5FWB A; 1H3H A; 3REA B; 1KIK A; 1EFN A; 1WDX A; 1UJY A; 1GFC A; 2DLP A; 3SEM A; 2HDA A; 2BZX A; 4OMO A; 3M0Q A; 4OMQ A; 1AOJ A; 2LCS A; 2CRE A; 1WIE A; 2LZ6 B; 2NWM A; 2ENM A; 2LX7 A; 1WA7 A; 1K0X A; 4GLM A; 1WYX A; 5I11 A; 1GBQ A; 2DJQ A; 2KNB B; 4AFQ C; 4EIK A; 2KRO A; 2JM9 A; 4DEX A; 2FRW A; 3VS5 A; 1TUC A; 2DE0 X; 2LMJ A; 1A0N B; 3PE0 A; 4X1V A; 4LUE A; 1UUE A; 2FG0 A; 2DNU A; 1K4U S; 4J9F A; 2FEI A; 4JJB A; 1HJD A; 3KFV A; 5EC7 A; 2DL3 A; 3NHN A; 2DM1 A; 2OI3 A; 2EW3 A; 4Z88 A; 1AZE A; 2L0A A; 2CT4 A; 1FMK A; 1KSW A; 1T3L A; 2KT1 A; 4AFS C; 2YUO A; 1GFD A; 2DL4 A; 1UGV A; 2J6F A; 2RQT A; 1E6H A; 2W10 A; 4JZ3 A; 4M4Z A; 1JEG A; 1ZUU A; 2L3Q A; 2AZV A; 1BK2 A; 3C0C A; 2JT4 A; 1BU1 A; 2FPE A; 2D8J A; 3VS4 A; 2PTK A; 1I1J A; 2D0N A; 2FPF A; 3EG3 A; 1M3C A; 1RLP C; 1X27 A; 2EGA A; 2HCK A; 3EHR A; 4RTU A; 1XOV A; 2ROL A; 1M3A A; 1UJ0 A; 1QKW A; 4RTV A; 2EYX A; 2FRY A; 1SPK A; 3FJ5 A; 1NEB A; 2F2V A; 3TVT A; 1K9A A; 3EG0 A; 1SHF A; 1WLP B; 1QCF A; 4RTY A; 1QWF A; 2YDL A; 5IH2 A; 3THK A; 2MIO A; 1X43 A; 2JS2 A; 3I35 A; 3H0I A; 3EG2 A; 5GJV B; 2HBW A; 4JJC A; 3NGP A; 2KT8 A; 1YCS B; 2KBT A; 1OPL A; 2CUB A; 2ESW A; 2EYW A; 4A63 B; 1RI9 A; 3EHQ A; 5IXF A; 2D8H A; 1JO8 A; 2B86 A; 2EKH A; 2M51 A; 4CC2 A; 2JS0 A; 4D8K A; 1E6G A; 4JZ4 A; 1X2K A; 1ARK A; 1GCQ C; 2RMO A; 3M0T A; 2RQV A; 1UEC A; 4J9G A; 1YWO A; 2BZ8 A; 2C0T A; 1QWE A; 3UF4 A; 2M0Y A; 2GBQ A; 4R0K A; 2CDT A; 1M3B A; 2K9G A; 1NYG A; 3VS2 A; 1Z9Q A; 3TSZ A; 2DVJ A; 2A37 A; 4RTT A; 1K0S A; 2DRK A; 4RTZ A; 1ZUK A; 1W6X A; 1VYU A; 4LNP A; 3LH5 A; 2AZS A; 4GBQ A; 1E7O A; 1M8M A; 2K6D A; 2KR3 A; 2C0I A; 2LP5 A; 2EQI A; 2G6F X; 4F14 A; 4LE9 A; 2K2M A; 3SHW A; 5IXB A; 4OML A; 2KXD A; 4AG2 C; 1T3S A; 3I9Q A; 1H8K A; 4HVU A; 2IIM A; 1OV3 A; 2DBM A; 1GBR A; 2GTO A; 3RNJ A; 1FYN A; 1GCQ A; 1S1N A; 1BBZ A; 3I5S A; 3VS7 A; 5I22 A; 1SRM A; 1ABO A; 1V1C A; 4HVV A; 2DX1 A; 4ESR A; 1BB9 A; 3I5R A; 4Z8A A; 2EGC A; 2YUN A; 2DF6 A; 1T0J A; 2L2P A; 3M0U A; 4OMP A; 2KYB A; 4CC7 A; 1NG2 A; 1SRL A; 3QWX X; 3CQT A; 2EYY A; 3ULR B; 4D8D A; 1J3T A; 3R6N A; 3U23 A; 2MOX A; 1CKA A; 2O9V A; 1HD3 A; 2HSP A; 1AWJ A; 1X69 A; 1WXT A; 1YWP A; 4HVW A; 3M0S A; 5ECA A; 1VA7 A; 1KJW A; 1PWT A; 2ABL A; 1I0C A; 1NM7 A; 4J9B A; 1WI7 A; 1X6G A; 2VVK A; 4JJD A; 1KFZ A; 1JXM A; 2CH4 W; 2O9S A; 2AKK A; 2J6O A; 2KE9 A; 3O5Z A; 4RTX A; 2SEM A; 1W1F A; 1T0H A; 2JW4 A; 1SEM A; 2O88 A; 1PRM C; 2DBK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HNI A; 2J7I A; 3EFO B; 2E41 A; 1UFF A; 3A8M B; 3CEY A; 4O6J A; 3OYE A; 5KYU A; 1QVF A; 1C1A A; 3G71 T; 2M16 A; 3V8K A; 3GNG A; 1H92 A; 1B3Q A; 4HA8 A; 4BB7 A; 3JB9 G; 2MK5 A; 3GP8 A; 4RKU E; 1K9M C; 1OX8 A; 1WFW A; 3CCR T; 4M7A C; 2B8A A; 3PTA A; 3CC4 Q; 1RUW A; 3AT1 B; 2EYQ A; 1G83 A; 2RHU A; 2X9H A; 2L3P A; 1JQQ A; 4M78 E; 4FSS A; 2J05 A; 3QHS A; 1UTI A; 4N0A C; 1VQK Q; 1EIF A; 3EG1 A; 1I07 A; 3H6Z A; 4JPB W; 2O31 A; 2KGT A; 3CXC S; 3I56 A; 5IHK A; 3OYM A; 4II1 A; 1YHQ Q; 3ZL7 C; 3CCM A; 3OBY A; 1LVK A; 2VGN A; 3JAM E; 2L3S A; 1ACM B; 1ZSG A; 2V8J A; 4VUB A; 3CCU T; 4KGZ B; 4FU6 A; 4JS5 A; 4XU3 A; 3OYB A; 5CO7 A; 5GAN g; 4MZP A; 1QQJ A; 1RAA B; 1UDL A; 2YT6 A; 1GCP A; 2QTX A; 5J26 A; 1QLY A; 1V29 B; 3X25 B; 3QKJ A; 5A0L A; 2V1Q A; 2EJG A; 1LPL A; 1ZSZ C; 4ZN3 A; 4PJO B; 1ZA1 B; 5GJW B; 2A08 A; 3EH2 A; 4HCZ A; 4C92 D; 3C12 A; 2EPD A; 3LWH A; 4AFZ C; 1VQ6 T; 2YUP A; 1VQN Q; 2CSI A; 4J9H A; 5CVI A; 3NTK A; 1KC8 C; 4KUL A; 3BFM A; 3DB4 A; 2BKD N; 2GQI A; 5EG2 A; 2AK5 A; 3JCM Q; 1MV3 A; 2KVQ G; 3L2U A; 3C4S A; 3DLL A; 1WHL A; 4ZTJ A; 1M90 C; 2QK0 A; 3CCU Q; 1WHG A; 2QQB A; 3M55 A; 2EVR A; 2RJF A; 2ROT A; 5HCK A; 4M75 G; 1Z9Z A; 4C8Q F; 3CME Q; 4IUP A; 4DBQ A; 2K79 A; 1YI2 T; 3OMG A; 1BI1 A; 3FEO A; 1I5O B; 5CIU A; 1SHG A; 2E6Z A; 1HXD A; 2ECZ A; 2OTJ T; 2QGG A; 4N4I A; 4BI4 A; 2NYS A; 4QVZ A; 4ELY C; 1LOJ A; 5GAO p; 3CBP A; 2V8K A; 3NFC A; 4IUQ A; 4QQ6 A; 2HKQ B; 3UAT A; 1G3Y A; 1N8R R; 3LH0 A; 2YHT A; 2RQW A; 3QDF A; 5CK9 A; 2EGE A; 2V26 A; 1M1K R; 3PVL A; 2MWP A; 1BIB A; 4MML A; 1VQ6 Q; 3MPU B; 1XQH A; 3JB9 I; 4OGE A; 3PVQ A; 2RB6 A; 3VRY A; 4FCY A; 4CC3 A; 5C6S A; 5GAN 8; 2HQH A; 5L23 A; 1WX6 A; 4QT7 A; 1OX9 A; 3CCV Q; 2F5K A; 4MDX A; 5GMK e; 4PJO C; 5GAM e; 1SKU B; 4HT8 A; 2P84 A; 1JJ2 S; 2R5A A; 1K76 A; 3L42 A; 3CD6 A; 4FIB A; 1WJQ A; 3VS1 A; 1YJN T; 1G2B A; 5FWB A; 3REA B; 1YI2 Q; 1KIK A; 4KH1 B; 1OZ2 A; 2DIQ A; 4XTX A; 1HYO A; 2OTJ Q; 2COZ A; 5KYY B; 2PUO B; 3JCM g; 3RKY A; 1Q7Y U; 2A7Y A; 1K0X A; 4GLM A; 1TH7 A; 2DJQ A; 4M75 E; 3EG9 B; 2VUB A; 3V7R A; 2JM9 A; 2CP6 A; 5D6X A; 2RK1 A; 2DXU A; 1A0N B; 4AT1 B; 2QEX T; 2ZPI B; 3PNW C; 5DM7 R; 4QQG A; 2DNU A; 4UC4 A; 1KC8 R; 3INZ A; 4J9F A; 4X9D A; 4C92 F; 3G6E T; 4RG2 A; 1KQ1 A; 3KFV A; 3E2U A; 2KK4 A; 2O01 E; 1M2V B; 2EW3 A; 4OB1 B; 1MND A; 5GAN j; 2PQW A; 1M90 R; 2RK2 A; 3D7S B; 4M77 G; 1KSW A; 4C8Q B; 2YUO A; 1VOM A; 3CMA A; 2DL4 A; 4C0G A; 1G8X A; 2CP3 A; 2R5M A; 2W10 A; 2FYK A; 1YJ9 T; 3M9Q A; 2KSS A; 2E12 A; 3L1A A; 3GIB A; 1BU1 A; 2D8J A; 4A4K A; 2WSE E; 4EMK B; 2D0N A; 2FPF A; 3EG3 A; 2GQV A; 1RLP C; 4M77 A; 2RJE A; 1X27 A; 1Q86 R; 3EHR A; 1M3A A; 1UJ0 A; 2XG8 D; 2XID A; 2FZC B; 1P92 A; 1LNX A; 4QKU A; 3WVE B; 3FJ5 A; 1NEB A; 2QEX Q; 2DEQ A; 3MP1 A; 1K9A A; 3CCJ A; 2JNG A; 2XHC A; 3GF5 A; 1X43 A; 3AHU A; 2X4X A; 2AT1 B; 3JCM c; 2HBW A; 5FRO A; 1N9R A; 3VU3 C; 3NGP A; 2KT8 A; 1YIJ Q; 2L3R A; 2QXF A; 2CP0 A; 5KCH A; 3EHQ A; 2D8H A; 1F1B B; 2B86 A; 3KXT A; 2NLU A; 4CC2 A; 4JZ4 A; 2FZK B; 3HL8 A; 1X2K A; 1ARK A; 3CCE Q; 2CS7 A; 1GCQ C; 3I55 T; 2EIF A; 3CXC A; 2RMO A; 3FIF A; 3M0T A; 2X35 A; 1VQ8 Q; 1YJ9 Q; 4B9W A; 3OSS C; 5GAM f; 4ZGD B; 1Q82 U; 2C0T A; 1XNI A; 3UF4 A; 2XD0 A; 2M0Y A; 3MKD A; 5CKD A; 2E1H A; 3OW2 S; 2VGM A; 3TSZ A; 5KH6 A; 2M1H A; 1B34 A; 1WJS A; 4M77 E; 4C0Z A; 1NBE B; 4M7A G; 3F70 A; 4RTZ A; 3N5B B; 3LH5 A; 9ATC B; 4C8Q C; 1E7O A; 4PFO A; 2YWW A; 1I8F A; 4XTU A; 2LQ8 A; 4C92 B; 2QQA A; 2HBP A; 4F14 A; 1YIT A; 1W2B S; 2DO3 A; 7AT1 B; 4OML A; 1IGQ A; 2JVV A; 4EMK C; 3I9Q A; 2IIM A; 1QVG S; 1OYX A; 4A53 A; 1FYN A; 3FC3 A; 1S1N A; 2CZ1 B; 4OB2 B; 1S72 T; 4ZGE B; 1MMN A; 4M7D G; 3CBM A; 5I22 A; 4DQ2 A; 1ABO A; 4HCC A; 1BB9 A; 3QBY A; 2EGC A; 1Q7Y C; 2DF6 A; 2QA4 T; 1T0J A; 3EGD A; 4ZGJ B; 2K5L A; 4PL6 A; 3CCM Q; 3I55 Q; 3A8G B; 1NG2 A; 1SRL A; 3QWX X; 4D8D A; 2DKG A; 2FL7 A; 3CXC P; 3U23 A; 2MOX A; 4M7D A; 3M57 A; 2XK0 A; 1MGQ A; 2RO0 A; 2MI6 A; 1VQM T; 3OYJ A; 1X69 A; 3S3O A; 1BIA A; 2BE7 D; 3ER0 A; 1VQ4 T; 1PWT A; 4JUV A; 1I0C A; 3OSV A; 1NM7 A; 2VVK A; 4JJD A; 1KFZ A; 2LNV A; 3BY7 A; 2K57 A; 3X20 B; 2J6O A; 3E1S A; 4M78 D; 4DBF A; 4JRQ A; 2RHX A; 2DTO A; 1VQO T; 1Y96 A; 5LJ3 d; 1SEM A; 5HKC A; 1PRM C; 1D1A A; 4ME7 A; 4IUV A; 2COW A; 3M54 A; 2I2L A; 3H0F A; 3TSW A; 1RAF B; 1PKT A; 2AKL A; 2IPO B; 5CKF A; 4RTW A; 4M7A E; 3NPF A; 1JXO A; 5GAO l; 3TU4 K; 5KYN A; 3R6O A; 5L8R E; 2NUT A; 4BY6 B; 2DL8 A; 1N27 A; 5LJ3 g; 2QAZ A; 2FB7 A; 3VJP A; 2E5K A; 3IQL A; 3CCL A; 4OGC A; 4OMM A; 4L6V 5; 2DZC A; 4C92 C; 2EAY A; 2HD0 A; 1TUG B; 2RHZ A; 3M0R A; 4M7D E; 1Y0M A; 5FLX E; 1N6A A; 1RAH B; 1WJR A; 2F2X A; 4J9C A; 1AD5 A; 1JJ2 A; 1TUD A; 2MWO A; 4Z89 A; 3OS0 A; 1VQL A; 2OAW A; 3TQ7 P; 4CC4 B; 4E7S A; 1X2Q A; 3M4G A; 5IHN A; 1VQO Q; 3QG1 A; 1SG5 A; 3JB9 D; 3PT9 A; 2E64 A; 1YNZ A; 1D1C A; 1VIE A; 2P4T A; 2O2O A; 1JBM A; 1SSF A; 3KUF A; 2QGF B; 3CCS A; 1Q82 C; 5GAN e; 5GMK j; 5GAM j; 1ZBX A; 2VB6 A; 2CUD A; 4JRI A; 3G4S T; 2SRC A; 3A5Z B; 4BE0 A; 2QI2 A; 5CQX A; 3GBQ A; 4PJO G; 4FT2 A; 1Q7Y R; 1NJI U; 2GFU A; 3C94 A; 3QJY A; 2WSF E; 1M27 C; 3P8H A; 5GAO q; 2LQN A; 2C06 A; 3CC2 A; 2H3J A; 3MHX A; 3CC4 T; 3CD6 Q; 4M78 A; 2LQW A; 1ZHI A; 3P8B B; 3OYD A; 2E6N A; 2GNC A; 2F69 A; 1JJ2 P; 2ED1 A; 1WHM A; 5GAN 7; 1I5L A; 3CBO A; 2Y90 A; 4LDV A; 2MYS A; 4BY6 C; 1ZA2 B; 1VQK T; 3FJP A; 3WXM B; 3UA7 A; 1MUZ A; 1GRI A; 2AIR B; 2P4R A; 3WVD B; 1YHQ T; 1D09 B; 3OYA A; 3A98 A; 2ZAE A; 2JM8 A; 5GAN 2; 1PHT A; 4DBR A; 1VQ7 T; 2FO0 A; 2OJ2 A; 3CCJ T; 3G4S Q; 1KQ2 A; 5FU6 C; 3CCQ A; 2BUD A; 2A0F B; 4FT4 A; 3J81 E; 2HQX A; 1RAB B; 4ZNX A; 3VS6 A; 4ORZ A; 3RES A; 5D7U A; 3NTH A; 3H41 A; 3CC7 A; 1RAI B; 2R58 A; 4AFU C; 1WXB A; 1KD1 C; 4XU2 A; 1D0Z A; 2OAU A; 1AZG B; 3S6W A; 5GAN h; 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