The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
97
|
structure length |
97
|
Chain Sequence |
b'GSSGSSGTDPGAEELPARIFVALFDYDPLTMSPNPDAAEEELPFKEGQIIKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQSGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
|
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| total genus |
7
|
| structure length |
97
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| sequence length |
97
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OJ2 A; 1YWP A; 1OPK A; 4DEX A; 1GBR A; 4OMQ A; 1JQQ A; 2J7I A; 1UDL A; 1ZX6 A; 2EVR A; 2DL4 A; 3THK A; 3EGU A; 1SHG A; 1X6G A; 2CSI A; 2JMA A; 2RQR A; 4E6R A; 1MV3 A; 2LQN A; 2F2V A; 2DBM A; 4HCK A; 1X69 A; 5IXB A; 2DIL A; 1T0J A; 2H8H A; 1NYF A; 4F14 A; 2O88 A; 4LN2 A; 1X43 A; 1AZE A; 2EGC A; 2X3W D; 2RNA A; 1SSH A; 5FW9 A; 1WLP B; 1GRI A; 3H0H A; 2K6D A; 1BU1 A; 2ABL A; 4HVV A; 3RNJ A; 1H3H A; 2JS0 A; 1OOT A; 2DVJ A; 2KYM A; 2CUB A; 5GJV B; 4ZNX A; 4AG1 C; 1BK2 A; 3VRZ A; 2DX1 A; 5L23 A; 3A98 A; 1GFD A; 1NM7 A; 2BZX A; 1ZBJ A; 1J3T A; 1AWX A; 1TUC A; 2HBW A; 3FJ5 A; 1E6G A; 1ZUU A; 1ARK A; 1PRM C; 1PNJ A; 4RTV A; 2FG0 A; 3UF4 A; 2KBT A; 4GBQ A; 4Z89 A; 1W70 A; 2J05 A; 2C0T A; 4X1V A; 4OML A; 2JM9 A; 1WI7 A; 4AFZ C; 1M3B A; 1MUZ A; 1AWW A; 3I5R A; 1NYG A; 2DL8 A; 1YNZ A; 2KRO A; 2K79 A; 4R0K A; 3NPF A; 1OPL A; 2ECZ A; 2RPN A; 2D1X A; 4JJD A; 1QCF A; 1AWO A; 4JZ4 A; 2DMO A; 4J9D A; 1M30 A; 1QKW A; 1RI9 A; 2A08 A; 2FPE A; 2KT1 A; 3RBB B; 2GBQ A; 1WA7 A; 1CKA A; 1MV0 B; 2DL7 A; 3EG2 A; 3UAT A; 1CKB A; 1YP5 A; 2KEA A; 1UGV A; 1AVZ C; 2LQW A; 2FEI A; 1PKT A; 3EG0 A; 1GFC A; 1QKX A; 2D8J A; 2ROT A; 1NLO C; 3U23 A; 4RUG A; 3I5S A; 2GQI A; 1PRL C; 1YN8 A; 2JS2 A; 1OV3 A; 2LNH B; 3VRY A; 4F17 A; 1M8M A; 4OMO A; 1PHT A; 2MIO A; 2D0N A; 2AZS A; 3O5Z A; 2KXD A; 2HSP A; 2V1R A; 1CSK A; 2A28 A; 2DRM A; 3H41 A; 1JXM A; 1T0H A; 1Y0M A; 2ROL A; 2DM1 A; 1RLQ C; 2JW4 A; 3M0R A; 1WX6 A; 2RF0 A; 2KGT A; 3EHR A; 1M27 C; 2JM8 A; 3NGP A; 1PKS A; 4K11 A; 1WYX A; 2DL3 A; 3VS5 A; 1S1N A; 4RTZ A; 5IHN A; 1SPK A; 1QWE A; 2KRM A; 2YSQ A; 1Z9Z A; 1IO6 A; 2AZV A; 3REA B; 1UUE A; 2I0N A; 2YUO A; 1ZUY A; 1UE9 A; 1AEY A; 1AD5 A; 2ENM A; 2LJ1 A; 1SEM A; 2NWM A; 1K76 A; 2FO0 A; 1NLP C; 1T3S A; 5IXF A; 4HXJ A; 1WFW A; 3VS4 A; 2MCN A; 4J9H A; 2RN8 A; 2CT4 A; 1H8K A; 1ZLM A; 2GGR A; 3VS1 A; 2M51 A; 2L3S A; 2GTJ A; 2LJ3 A; 2EPD A; 3VS6 A; 3EHQ A; 4DEY A; 1FMK A; 3KFV A; 1VYT A; 4RTX A; 1U06 A; 4Y92 A; 1KFZ A; 1UJY A; 2KT8 A; 4RTT A; 2JT4 A; 3UA6 A; 2XMF A; 3NMZ C; 1WDX A; 1SRM A; 2CT3 A; 1UEC A; 2G6F X; 1W1F A; 4RTW A; 2V1Q A; 3SEM A; 1VYV A; 2DL5 A; 1QWF A; 3QWX X; 2M0Y A; 2LJ0 A; 4Z8A A; 3I9Q A; 1ZSG A; 2EGA A; 4J9E A; 4CC3 A; 1B3Q A; 1UHF A; 3CQT A; 1M3C A; 3M0S A; 3PVQ A; 3NHN A; 2JMC A; 1WXU A; 3M0U A; 2DRK A; 2CRE A; 4RTU A; 3LH5 A; 2KE9 A; 2BZ8 A; 1G83 A; 4HVU A; 1TG0 A; 3ULR B; 2J6K A; 2DE0 X; 1GCQ C; 3QWY A; 2B86 A; 2KR3 A; 2YDL A; 2DF6 A; 2O9V A; 3TSZ A; 4OMM A; 1KJW A; 1X2Q A; 1AWJ A; 2ED0 A; 1GCP A; 2PTK A; 3C0C A; 2ED1 A; 1K9A A; 3EG3 A; 2EYW A; 4J9G A; 2DLP A; 2VKN A; 4A63 B; 2K7A A; 4LUE A; 1VA7 A; 1KSW A; 2LZ6 B; 1G2B A; 2EQI A; 2J6O A; 2W10 A; 3JV3 A; 1GBQ A; 2CSQ A; 2KNB B; 5HCK A; 1GL5 A; 3ZL7 C; 5I22 A; 2A37 A; 1X6B A; 1HD3 A; 5FWB A; 1XOV A; 2F2W A; 2X3X D; 2BTT A; 2A36 A; 2FRY A; 5I11 A; 2JTE A; 1QLY A; 1I1J A; 1TUD A; 1JXO A; 4CC4 B; 5IH2 A; 4J9F A; 1JU5 C; 2SEM A; 4J9C A; 4ORZ A; 2YUN A; 2EYZ A; 3VS0 A; 2KYB A; 3GBQ A; 4J9B A; 1UHC A; 1E6H A; 4AFU C; 1GCQ A; 2OI3 A; 2EYX A; 1YCS B; 3H0I A; 4JJC A; 2E5K A; 2QDL A; 4WCI A; 2VVK A; 1N5Z A; 2KXC A; 2EYY A; 2LP5 A; 3M0T A; 4M4Z A; 4QT7 A; 1UTI A; 2FPD A; 1X27 A; 3TVT A; 1OEB A; 1UFF A; 4J9I A; 2YUP A; 2PZ1 A; 1NG2 A; 2MOX A; 1UG1 A; 3VS2 A; 2OAW A; 4F16 A; 4CC7 A; 1A0N B; 4OMP A; 4RTY A; 1W6X A; 4LUD A; 1T3L A; 3VS7 A; 1WIE A; 4LE9 A; 1ZUK A; 4JJB A; 1PWT A; 1I07 A; 2DJQ A; 2C0I A; 2GNC A; 2KRS A; 2L3P A; 2RQT A; 2L0A A; 4HVW A; 2J6F A; 3EG1 A; 1HJD A; 4AG2 C; 4D8K A; 2YT6 A; 2HDA A; 2RQV A; 1HSQ A; 1B07 A; 1V1C A; 2FRW A; 3TSW A; 2J06 A; 4JPB W; 4CC2 A; 2D8H A; 2K3B A; 2KRN A; 1K0X A; 2CH4 A; 1BB9 A; 2EBP A; 2P4R A; 2L3Q A; 5EC7 A; 1RLP C; 2ESW A; 4FSS A; 2O9S A; 1VYU A; 2O31 A; 5IHI A; 3IQL A; 3PE0 A; 1KIK A; 1UJ0 A; 3R6N A; 1I0C A; 4Z88 A; 2DYB A; 3UA7 A; 2DA9 A; 2YUQ A; 2IIM A; 2RQU A; 2LX7 A; 2HCK A; 2CDT A; 1E7O A; 3M0Q A; 1SRL A; 5FWC A; 5GJW B; 2AKK A; 1YWO A; 5IHK A; 2JXB A; 1SHF A; 2BZY A; 1WXB A; 2K9G A; 1JO8 A; 3H0F A; 2RMO A; 3M0P A; 1X2K A; 2EW3 A; 2O2O A; 2CH4 W; 2DBK A; 4IIO A; 1Y57 A; 3REB B; 4OMN A; 1RUW A; 1JEG A; 2DNU A; 2CUD A; 1M3A A; 1ABO A; 5ECA A; 3SHW A; 4EIK A; 1LCK A; 1U3O A; 1AOJ A; 2SRC A; 1WXT A; 2FPF A; 1BBZ A; 2HEQ A; 1K1Z A; 1H92 A; 3VS3 A; 4GLM A; 4ESR A; 1K4U S; 4AFS C; 1Z9Q A; 2AKL A; 2EGE A; 2F2X A; 2C0O A; 2K2M A; 3PVL A; 4LNP A; 1U5S A; 4IIM A; 1NEB A; 1AZG B; 2W0Z A; 1ABQ A; 1K0S A; 2VWF A; 2NUZ A; 1FYN A; 3I35 A; 2RQW A; 2LCS A; 4AFQ C; 4D8D A; 2L2P A; 1NEG A; 2LMJ A; 2EKH A; 2GTO A; 2AK5 A; 1EFN A; 4JZ3 A; 2PNI A; 4KRT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 7AT1 B; 4XU3 A; 1YWP A; 4DEX A; 1GBR A; 4OMQ A; 3JCM d; 5LJ3 g; 3CMA A; 3G6E A; 3MCA B; 2J7I A; 1ZX6 A; 1R0C B; 1QVP A; 2CSI A; 3OS1 A; 2QA4 Q; 3JCM W; 5IXB A; 2DIL A; 2M9U A; 2ZPF B; 1YIJ A; 1XNI A; 1VQ5 Q; 1K73 R; 1EIF A; 2O88 A; 3SWN B; 1AZE A; 2X3W D; 1EX4 A; 1WLP B; 2LNV A; 3H0H A; 4HCZ A; 1VQM Q; 2QK0 A; 1WJS A; 4DBR A; 1OOT A; 4EMG A; 1G3Y A; 3NTH A; 3BY7 A; 2DX1 A; 3CMA Q; 1OZ2 A; 4FSX A; 1YJW T; 1KQS P; 3EFR A; 4C92 C; 3H9N A; 1YIJ Q; 3TCJ A; 1Y07 A; 2HBW A; 2JN0 A; 2ZPG B; 1PNJ A; 2G3R A; 4RTV A; 4FT2 A; 4A54 A; 2X4X A; 3EGX B; 3L2R A; 1G8X A; 1W70 A; 3OBW A; 2NUP B; 4BE2 A; 2C0T A; 4X1V A; 3VUZ A; 1M4Z A; 3RDV A; 5KE2 A; 1MUZ A; 3I5R A; 3QJ6 A; 2DL8 A; 3ZFJ A; 5CO7 A; 1U8R A; 4F7U G; 3KXT A; 4GY5 A; 3T9N A; 2K79 A; 1FXX A; 1YJ9 A; 1OPL A; 1OZ3 A; 4JJD A; 1AWO A; 4XTY A; 4PJO G; 2HKN A; 2ZPH B; 3A8O B; 2GCX A; 2DXC A; 3FB9 A; 2RK1 A; 3LGL A; 1XJW B; 2HZY A; 2K57 A; 5LJ5 g; 1HYO A; 2KMT A; 1K9M R; 3PMT A; 1CKA A; 2DL7 A; 2HNI A; 1UGV A; 3QZ9 B; 1LNX A; 4M7D D; 1QMC A; 3J7A F; 1YFN A; 2MK5 A; 4N4I A; 1PG5 B; 1QKX A; 2L5Q A; 5GAM d; 1BI3 A; 3CCR T; 2D8J A; 1VQN A; 1UGR B; 2GQI A; 5CK9 A; 3VRY A; 2JNG A; 4PJL A; 1M8M A; 3QYG B; 3FLG A; 4LDW A; 3S3O A; 2D0N A; 4M77 A; 3JB9 I; 4QQD A; 4E7I A; 1V29 B; 1SSF A; 5KYW B; 2EYQ A; 3H41 A; 1T0H A; 2MYS A; 2HD0 A; 1I5L A; 2YWW A; 1D1B A; 3M0R A; 2JW4 A; 5GAN 5; 3Q1J A; 4X34 A; 4FL6 A; 4BY6 B; 2RF0 A; 2KGT A; 4JUV A; 2IVW A; 1M27 C; 2JM8 A; 4QVZ A; 3VS5 A; 1S1N A; 4RTZ A; 5KYU A; 5IHN A; 4M77 G; 2CP7 A; 3REA B; 2YUO A; 1ZUY A; 4BI4 A; 2F1L A; 2LVM A; 2L89 A; 2CZ7 B; 3P8B B; 4ZN1 A; 1NLP C; 1ZSZ B; 4JLG A; 5J26 A; 4HXJ A; 2MCN A; 4JS4 A; 4J9H A; 2XIC A; 5GAM f; 4M7D C; 3OYN A; 4M7A D; 1VQ8 Q; 1IRX A; 4M75 E; 4E7J A; 5I2M A; 1ZLM A; 1IHV A; 3VS1 A; 4M77 E; 3CCM T; 1VQ6 A; 5LJ5 d; 1FMK A; 3KFV A; 2DIG A; 5GAO q; 3DB3 A; 4RTX A; 2KSS A; 5FU6 C; 2OTJ A; 3NMZ C; 2CT3 A; 1SRM A; 3HPW A; 1M5Q 1; 1W1F A; 4RTW A; 1ZA2 B; 2XDB A; 3VYH B; 2E6N A; 1VYV A; 2M0Y A; 4D6W A; 3CBP A; 4LD6 A; 3I9Q A; 1ZSG A; 4MDX A; 4CC3 A; 2E3I A; 1KC8 R; 1VQ6 Q; 3FRN A; 3PVQ A; 1YI2 Q; 2JMC A; 5GAN g; 2BZ8 A; 2OTJ Q; 1KQ1 A; 4NOY A; 1TG0 A; 2FZG B; 3OYD A; 1MHN A; 3OMC A; 2DE0 X; 1GCQ C; 5KYN A; 1KJW A; 2JTF A; 4M7A C; 2PTK A; 3RMQ A; 4XTV A; 2RJE A; 2EYW A; 4PJN A; 3A8H B; 4PFP A; 3CC2 A; 2VKN A; 2K7A A; 5IN1 A; 4L6V 5; 2KAF A; 2DER A; 1ZQ1 A; 3CCS T; 1GBQ A; 2KNB B; 4XAX B; 3MKD A; 2EAY A; 4A4H A; 1GL5 A; 3ZL7 C; 2A37 A; 3CCJ T; 1JB0 E; 2EQU A; 4ZGD B; 1HD3 A; 2V8I A; 1QCN A; 5FWB A; 1QVG A; 3QKJ A; 3LWH A; 2F2W A; 3LWI A; 4PFO A; 2A36 A; 3HL8 A; 1TUD A; 2LQK A; 2VXF A; 3X25 B; 4DA4 A; 4E7K A; 5A0D A; 1TWB A; 2FYK A; 1IXD A; 4LD9 K; 2RK2 A; 1BI0 A; 1D3B A; 2EYZ A; 1H3Z A; 3SFM A; 3VS0 A; 4BY6 C; 4ZTJ A; 1S72 T; 3GOX A; 2HL5 C; 2RHX A; 4AFU C; 2EYX A; 3MJX A; 1WJQ A; 1N5Z A; 4J6Y A; 5GAN d; 4N0A C; 2Y90 A; 1JRI A; 2LP5 A; 2QG9 B; 3M0T A; 3JCM b; 1VQK Q; 3PIP A; 1VQ4 T; 4ME7 A; 4FYV B; 4J9I A; 2YUP A; 4KGZ B; 1OX8 A; 4EMK C; 2BKD N; 1UG1 A; 1ZSZ C; 3TRE A; 3M59 A; 4J6W A; 3EAE A; 3ZBD A; 3CPW A; 2HQX A; 1WNL A; 4KUI A; 3DLM A; 1I07 A; 5KYX A; 2KRS A; 2RQT A; 2R58 A; 1P92 A; 3HFN A; 3ME9 A; 2J6F A; 2F5T X; 4D8K A; 2DXU A; 4M78 B; 1RAD B; 1D0X A; 4N4H A; 1PSE A; 1BYM A; 4QQ6 A; 2RO0 A; 2QQS A; 2RQV A; 4XK8 E; 1B07 A; 4CC2 A; 2DYI A; 3RIR A; 1K0X A; 3RMS A; 2ESW A; 5LJ3 e; 3FDR A; 3ER0 A; 5IHI A; 4OB3 B; 1U1S A; 2AIR B; 3OYM A; 1I0C A; 2CGH A; 5GMK l; 4QKU A; 4OB1 B; 2CDT A; 1SRL A; 5GJW B; 2K5F A; 1M9S A; 4M75 F; 4QVD A; 2PUO B; 2AKK A; 2GFU A; 1JJ2 S; 3QXE B; 5IHK A; 2YRC A; 2EQM A; 2KDS A; 3CPW P; 1VQO A; 3M4Y A; 2K9G A; 1KD1 U; 2QQR A; 4B9X A; 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1ZUU A; 1PRM C; 4J83 A; 4M77 C; 3UF4 A; 1TSF A; 2JVV A; 2RB6 A; 4C5E A; 4GBQ A; 3EFO B; 2PU9 B; 2JM9 A; 3CCE Q; 1O75 A; 3OQ5 A; 5KYW A; 1NPP A; 4FW2 A; 1YNZ A; 5J3B A; 1KHI A; 4FIB A; 1JJ2 P; 1VQN T; 3NPF A; 2FHD A; 1Y96 B; 1NBE B; 2D1X A; 1QCF A; 4C92 F; 4J9D A; 2GFA A; 1M30 A; 2EJF A; 3VYG A; 2A08 A; 3JB9 H; 5GAN 6; 1TXQ A; 2FPE A; 2KT1 A; 4TVR A; 1IB8 A; 2DFU A; 1Q82 U; 5CQX A; 2E12 A; 2RA2 A; 4CI0 C; 3EG2 A; 3JB9 F; 2MWO A; 2XHC A; 2KEA A; 4OF1 A; 2D6F A; 2FEI A; 1QVF S; 1PKT A; 3CXC P; 3I55 A; 1GFC A; 4MML A; 2ROT A; 3U23 A; 4RUG A; 1WQW A; 3I5S A; 2JS2 A; 2LNH B; 2DZ9 A; 1VQP Q; 1PHT A; 4XQ3 A; 4NL2 A; 1M2O A; 3O5Z A; 1EZZ B; 2A28 A; 1C0M A; 1Y0M A; 4PLL A; 1KQS A; 1ZBX A; 1WHJ A; 3CCL Q; 5GAO p; 3NGP A; 3I55 Q; 1PKS A; 1WPY A; 2DL3 A; 3UWN A; 1VQ6 T; 2ZPE B; 1YI2 T; 3S6W A; 1SPK A; 3P8H A; 2JTM A; 2YSQ A; 1WHL A; 1VQ9 A; 2WSC E; 2OTJ T; 4M7D B; 1ZA1 B; 1C1A A; 5AT1 B; 2ENM A; 2LJ1 A; 2RD1 A; 3VU3 C; 5FLX E; 5IXF A; 1WFW A; 3GNF B; 2XKO C; 2FVU A; 5FU6 B; 2HMA A; 3EGD B; 1TU0 B; 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