The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'PVWDRTHHAKMATGIGDPQCFKGMAGKSKFNVGDRVRIKDLPDLFYTRTMTYTRGATGTIVRLVYESPAAEDEAFGNEENVEWFYSIVFAQKDLWPEYSDTFANDTLETEIPERYLEKA'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Catalytic Activation of Thiocyanate Hydrolase Involving Metal-Ligated Cysteine Modification
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Thiocyanate hydrolase subunit alpha
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| source organism |
Thiobacillus thioparus
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
27
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| chains with identical sequence |
D, G, J
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| ec nomenclature |
ec
3.5.5.8: Thiocyanate hydrolase. |
| pdb deposition date | 2006-08-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02211 | NHase_beta | Nitrile hydratase beta subunit |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UGP B; 2ZPI B; 3A8M B; 2ZPB B; 3X28 B; 2DD4 A; 2ZCF B; 2WSE E; 1AHJ B; 4L6V 5; 1UGR B; 2ZPE B; 4ZGJ B; 3VYH B; 3LW5 E; 3A8L B; 4XK8 E; 1PSF A; 3QZ5 B; 1UGS B; 3HHT B; 4FM4 B; 4OB2 B; 3X24 B; 2PVG B; 2CZ1 B; 4KT0 E; 1IRE B; 3A8O B; 2ZPG B; 3QYG B; 3QYH B; 2O01 E; 2DXB A; 2QDY B; 2WSC E; 4ZGE B; 1PSE A; 3VYG A; 4ZGD B; 1QP3 A; 3WVE B; 1V29 B; 3A8G B; 1DJ7 B; 2ZZD A; 1JB0 E; 5L8R E; 1QP2 A; 3A8H B; 2CYZ B; 3X20 B; 4OB0 B; 3WVD B; 4RKU E; 3X25 B; 3X26 B; 2CZ0 B; 3QZ9 B; 4OB3 B; 2PVO B; 2AHJ B; 2D0Q B; 2ZPH B; 2PU9 B; 2DD5 A; 2ZPF B; 4Y28 E; 2PUK B; 2PUO B; 4OB1 B; 2DPP B; 3QXE B; 2CZ6 B; 1GXI E; 2PVD B; 2DXC A; 2CZ7 B; 1UGQ B; 2WSF E; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W1F A; 2E3H A; 4YTL A; 4AFZ C; 2E64 A; 3UA6 A; 2DVJ A; 1M1K U; 1EX4 A; 4RTX A; 3ER0 A; 1VQN A; 4JLI A; 2YUP A; 1NLO C; 2DL7 A; 3VS2 A; 1R77 A; 5LJ3 h; 1H8K A; 1SF9 A; 3PMI A; 1WHH A; 5KE3 A; 1M1F A; 4MZM A; 4B9W A; 3PVQ A; 2RHY A; 4RMO A; 1EFN A; 3R6O A; 5EG2 A; 1Z9Q A; 4OGE A; 1E7O A; 3EHQ A; 2XI9 A; 1VIE A; 2O2O A; 3IQL A; 2F69 A; 2FL7 A; 2ZPG B; 1K73 U; 4M78 F; 1TUC A; 4DEY A; 2E5Q A; 1W2B S; 5FU6 B; 2CP2 A; 4A53 A; 2L89 A; 1AWO A; 4KGZ B; 1WZO A; 5FWC A; 4BDY A; 1E6G A; 3C4S A; 3H8Z A; 2JN0 A; 1M8V A; 2X51 A; 1U3O A; 2X4X A; 3OS0 A; 4LDV A; 1KD1 U; 4C5I A; 2VYT A; 3LYI A; 3D7S B; 1M1G A; 3GNF B; 2OJ2 A; 1NM7 A; 4F17 A; 3I56 Q; 2EGA A; 2QQB A; 2HKN A; 5FLX E; 1I07 A; 2KYB A; 2KSS A; 4XU3 A; 3I55 Q; 4C8Q F; 4B9X A; 3UWN A; 5GAN j; 1YI2 Q; 2DL5 A; 4FU6 A; 1B34 B; 3RR6 A; 5CR2 A; 2LCC A; 4ZTF A; 3GOX A; 1KG1 A; 2LCS A; 2RHZ A; 2RB6 A; 4F7U G; 3OY9 A; 4AFU C; 3RUX A; 2OAW A; 4TVR A; 1VQ8 T; 2CZ7 B; 4DA4 A; 1BU1 A; 4RCB A; 1WPY A; 2JTF A; 2GQV A; 1MND A; 3ULR B; 2ESW A; 4L6V 5; 3EFO A; 1QVF S; 3H6Z A; 1D0Y A; 2K9G A; 2K6D A; 3R6N A; 4BY6 B; 4J9E A; 2VVK A; 4EPC A; 1OYX A; 3GLX A; 4IUP A; 2LJ3 A; 2GF7 A; 1YJN A; 1M1K C; 4O5V A; 1YJ9 T; 1M3A A; 1YJW T; 4UC4 A; 1IRE B; 2CUD A; 2D9T A; 1HSQ A; 3CCV A; 3EAE A; 1QWE A; 3ZEH A; 4C8Q A; 3CC4 T; 2GCX A; 3HFO A; 3OYG A; 3CCU T; 2DF6 A; 1IXD A; 2P4R A; 1CKB A; 2EIF A; 3MKD A; 4IUU A; 3DKM A; 1VQ9 A; 2XDP A; 5GAO l; 4HT8 A; 1I1J A; 2Y90 A; 5GAM g; 1Q7Y R; 1SHG A; 2QA4 Q; 4QVD A; 1K73 C; 3SWN C; 2R5A A; 3HFN A; 1M2V A; 2COY A; 1FWZ A; 1DJ7 B; 4NL2 A; 4RG2 A; 2KBT A; 5FRM A; 1VQK Q; 1QP2 A; 2MMP A; 1D1B A; 2XID A; 2D6F A; 1WHJ A; 2KI7 A; 3AT1 B; 2DTH A; 1SEM A; 4HKE A; 1GCQ C; 2A28 A; 3E9G A; 1KD1 C; 5CQX A; 4E2F B; 1ZSG A; 1MMN A; 2V26 A; 3QZ9 B; 5D6X A; 4EIK A; 4M7A G; 4BD3 A; 3UAT A; 5DM7 R; 1RAD B; 3G6E Q; 2DRM A; 1YN8 A; 1YCY A; 2D0N A; 2X35 A; 3EGX B; 1OX8 A; 1TU0 B; 2R57 A; 1VQL T; 1VOM A; 4FL6 A; 1W2B A; 1OZ2 A; 2MAM A; 4JDS A; 3OYN A; 1HJD A; 1I8F A; 2LMJ A; 2PVD B; 2NUZ A; 3JCM J; 3PE0 A; 3JB9 H; 2LX9 A; 3WXM B; 3S3O A; 5GAN 8; 1ZLM A; 4ZTJ A; 4E7S A; 2DFU A; 2COW A; 3LLR A; 2PQW A; 2I0N A; 2WSF E; 1ZA2 B; 3OMG A; 2LJ0 A; 2ZCF B; 2HSP A; 1NZ9 A; 2DL8 A; 3M54 A; 1VA7 A; 1MV3 A; 3JCM d; 4M7A C; 3PMT A; 2HD0 A; 4HVW A; 3QZ5 B; 1VQ4 T; 4BB7 A; 5LJ5 h; 1VQ7 A; 4F7U A; 5FW9 A; 1WJQ A; 3URG A; 2RHI A; 3M56 A; 3QG1 A; 4Z02 A; 4FYW B; 4PFP A; 2FZG B; 3M4G A; 4OP0 A; 2GFA A; 3JB9 I; 3G4S A; 2KK4 A; 3QWX X; 4VUB A; 3C94 A; 3CCQ T; 2HZY A; 1VIF A; 2LNV A; 2A37 A; 1D1C A; 4ZGE B; 1VQ5 Q; 1O75 A; 1HD3 A; 3KUF A; 3SWN A; 1V29 B; 4M77 E; 4JS5 A; 3P8B B; 2MWO A; 4M7D G; 1M8M A; 3QDR B; 3CCE Q; 5LJ3 g; 1KQS P; 2DVE A; 2QEX T; 2DEQ A; 1X6O A; 2P0K A; 1MGQ A; 1FMK A; 2CRE A; 2DL4 A; 1QVF A; 5GAN d; 4V2S A; 3CCR T; 4XTY A; 5FU7 B; 3OA6 A; 1GBQ A; 2RA2 A; 4CC7 A; 4MZP A; 2FZK B; 2PU9 B; 4MZT A; 3FJP A; 4CC4 B; 4M77 B; 2CSQ A; 3EH2 A; 2YDL A; 2RH2 A; 3PVL A; 4RUG A; 1RLQ C; 2VV5 A; 4JZ3 A; 3CMA A; 2D1X A; 3NTH A; 1YIT A; 3ME9 A; 3GF5 A; 3G71 A; 2DTO A; 1NLP C; 5GMK e; 2K2V A; 3PIP A; 2PNI A; 1UGQ B; 3UT1 A; 3CCL Q; 2MF2 A; 3FJ5 A; 1IHV A; 2XU8 A; 1FX7 A; 1VYT A; 3DLL A; 1VQO Q; 3NPF A; 3PFS A; 1WX6 A; 2E6Z A; 4B6M A; 1AVZ C; 4C0G A; 4M7A A; 2E65 A; 3MPU B; 1MMD A; 4DEX A; 1M90 U; 2XG8 D; 1NYF A; 1QKW A; 3EFO B; 2HNI A; 2KVQ G; 1WI7 A; 4Z8A A; 1N5Z A; 3MP1 A; 5GAM j; 1M1K R; 3KFV A; 4J8O A; 2RQU A; 1JJ2 S; 2AKK A; 1D0X A; 1TOV A; 1NEG A; 4AT1 B; 3QWY A; 1VQ6 Q; 2CZ1 B; 1D0Z A; 4QQD A; 5IT9 E; 4M7D F; 2K5I A; 2QTV A; 2VUB A; 1VQM T; 1PKT A; 3A8O B; 5GAO n; 3VUZ A; 4ELZ C; 1QKX A; 3OS2 A; 3OSV A; 3DB4 A; 1NJI U; 4Q5W A; 1XQH A; 2DE0 X; 2VB6 A; 1K73 R; 3RER A; 2XMF A; 3C95 A; 2OTJ Q; 4Z89 A; 4IUV A; 5CKB A; 5KYW B; 4E7Z A; 3VYG A; 4N4G A; 1VYU A; 2DBM A; 3G1J A; 4NL3 A; 3PGG A; 5HK3 A; 4M7A D; 2VKN A; 1LCK A; 1B07 A; 4PJL A; 1M2V B; 3PIO A; 4X9C A; 4M75 G; 2LQN A; 1KD1 R; 3X20 B; 4HXJ A; 2KEA A; 4RTT A; 3I5R A; 4C5E A; 2YLC A; 1G8X A; 2DL3 A; 1RAG B; 1U1S A; 2NYS A; 4FT4 A; 3KXT A; 1X27 A; 2L3P A; 3QDF A; 1GRI A; 3J81 E; 1Q82 U; 1VUB A; 1R0B G; 3MP8 A; 3VS6 A; 2EPD A; 4J6Y A; 4J9F A; 3I56 A; 5KYX A; 4M7D A; 2CP5 A; 3FDR A; 3H0F A; 2QYZ A; 3JV3 A; 4DBH A; 3OMC A; 1Y0M A; 2P0Q A; 3I55 A; 1PNJ A; 2E10 A; 2P4T A; 1YIJ T; 2OTL T; 4F7U E; 1YI2 A; 4XU0 A; 4MML A; 4FYY B; 4BUG A; 3TU4 K; 6AT1 B; 2DRK A; 2RJE A; 2QDL A; 1XOV A; 3A8L B; 4IIO A; 4C5G A; 4L59 A; 4J83 A; 1VQN T; 3L2V A; 1SG5 A; 2E12 A; 2F2X A; 4DQ2 A; 3CCM Q; 2RJF A; 4F7U B; 2FPE A; 1X75 C; 2A08 A; 2RK1 A; 2MPX C; 1JXO A; 3N5B B; 3OYJ A; 1M90 C; 5LJ3 j; 2BZ8 A; 4AFS C; 4M7D D; 3BE3 A; 4M75 F; 4RTY A; 4FIB A; 5FRN A; 3RMQ A; 2VXE A; 1WDX A; 3FRN A; 2FHD A; 4BAC A; 1PG5 B; 2NUT A; 5CKD A; 4OVA A; 2EYX A; 1X2K A; 3QO3 A; 2K3X A; 1OU8 A; 1NJI C; 1W2B P; 3OBY A; 3J7A F; 2F5T X; 2CYZ B; 4E7J A; 3HL8 A; 2DER A; 1O9S A; 5CO7 A; 2K57 A; 2YUQ A; 4HVV A; 3AHU A; 2L2P A; 1QVG S; 4JJD A; 2KQW A; 2QA4 A; 1YBY A; 1ZA1 B; 2MWP A; 4RTV A; 1JJ2 A; 3OYA A; 3L2W A; 1NEB A; 1YJW Q; 5DY9 A; 1Q81 U; 3MHX A; 3P8H A; 4KUI A; 5GAN e; 1VQK A; 4KH1 B; 2YXY A; 3RES A; 2PUO B; 1U5S A; 3CCU Q; 1BK2 A; 3CPW S; 4M7A E; 4M78 G; 3ZFJ A; 2JTE A; 1Q82 C; 5J3B A; 5IXF A; 5GAN 7; 2MOX A; 4OMM A; 4M75 A; 2KXD A; 2QGF B; 3CC7 A; 5GMK l; 3J80 E; 3G6E A; 1VYV A; 2E3I A; 4OMO A; 2CUB A; 3VKI A; 2DEU A; 3UDC A; 2WSE E; 2KRS A; 2LQW A; 5GAM d; 2CGH A; 5M9O A; 3VYH B; 3EFR A; 4M7A B; 4IUR A; 2EQK A; 4J5Y A; 2HEQ A; 2RJD A; 1AWW A; 4M78 C; 1OZ3 A; 4C8Q G; 1QLY A; 2QG9 B; 1YJN T; 2V8K A; 1NPP A; 3CCV T; 1ZUY A; 1QVF P; 2VC8 A; 1S72 Q; 1UHF A; 3QUI A; 3QYH B; 4M75 D; 3VJP A; 1UJY A; 1WXB A; 5IHK A; 1VQ9 T; 1TH7 A; 1PKS A; 3M0T A; 1IGU A; 2XD0 A; 2JVV A; 1Y57 A; 4J7F A; 5GMK h; 2L5Q A; 2ED0 A; 4Y92 A; 2PTK A; 2DIQ A; 3EG3 A; 2EYW A; 1JB0 E; 5L8R E; 4C8Q C; 2F2W A; 2FPF A; 1RUW A; 3OYL A; 3WVD B; 2RJC A; 2KXC A; 3X26 B; 2EWN A; 1VQ5 A; 2FYK A; 3L2Q A; 2AHJ B; 2ENM A; 1VQP T; 4F14 A; 4JPB W; 1WJR A; 1YHQ Q; 1WA7 A; 4IKF A; 9ATC B; 1WHM A; 1ZUK A; 3CCE A; 1UHC A; 1FMV A; 3NFC A; 1IGQ A; 3PT9 A; 1KQ2 A; 2A36 A; 2VAS A; 3QSU A; 1GXI E; 3CXC S; 4NOY A; 1Q81 C; 1OI1 A; 5GJW B; 4AMC A; 5KYX B; 4EMK A; 3SD4 A; 3SEM A; 2EQU A; 2LQ8 A; 2IIM A; 4A4G A; 1D3B A; 2RMO A; 2RO0 A; 2ZPI B; 3CC2 Q; 2DD4 A; 4KGX B; 2GQI A; 5GAO m; 3A1P A; 5CKH A; 1C0M A; 3EGD A; 3LW5 E; 4XK8 E; 3EH1 A; 4WF2 A; 1RAB B; 2EYY A; 3CCR Q; 3BW1 A; 2JW4 A; 4FM4 B; 2L0A A; 3CCL A; 1QVG A; 4OF1 A; 2DET A; 4M78 A; 5LJ3 d; 4F16 A; 1RI9 A; 4PJO G; 1M90 R; 2EQI A; 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