The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
VTLFVALYDYEARTEDDLSFHKGEKFQILNSSEGDWWEARSLTTGETGYIPSNYVAPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallization of and selenomethionine phasing strategy for a SETMAR-DNA complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase/protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Tyrosine-protein kinase Fyn
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| total genus |
13
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2012-04-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BZY A; 2DL4 A; 2YDL A; 4LUD A; 1GRI A; 1ZSG A; 1GFC A; 3I9Q A; 2CSI A; 1M30 A; 1KSW A; 3H0F A; 2DLP A; 2FRY A; 2QDL A; 4JZ3 A; 1NLO C; 2RF0 A; 3M0S A; 2G6F X; 4Y92 A; 2F2V A; 4RUG A; 4Z88 A; 4HXJ A; 3KFV A; 2L3P A; 3M0R A; 1KIK A; 3M0P A; 1IO6 A; 4M4Z A; 2JMA A; 3NHN A; 5L23 A; 2FPD A; 2YUP A; 3I5R A; 2O9V A; 1QKX A; 2KT8 A; 4J9B A; 1X43 A; 2HSP A; 4JJB A; 1VYT A; 1CSK A; 1G83 A; 2A28 A; 1PNJ A; 1J3T A; 1WIE A; 1PKT A; 4HVU A; 5GJW B; 2NUZ A; 2VVK A; 1W6X A; 2AKK A; 1AWO A; 3EGU A; 4HVV A; 4LNP A; 1ARK A; 2DRM A; 3NGP A; 4J9E A; 1UUE A; 4LN2 A; 4RTZ A; 2J6O A; 1ABO A; 2O31 A; 2ROT A; 1AWJ A; 4JJC A; 1PHT A; 2CSQ A; 3VS1 A; 3EHR A; 1GBR A; 1JXM A; 4OMP A; 2PTK A; 3VS0 A; 1XOV A; 2K9G A; 2LCS A; 2K7A A; 1WXB A; 5IXF A; 5FWB A; 2RQR A; 2F2W A; 4AFU C; 1BK2 A; 2L0A A; 4AFQ C; 2YT6 A; 1NEG A; 1ZUK A; 1BBZ A; 1S1N A; 4RTX A; 2LP5 A; 2JTE A; 2KXC A; 2YUQ A; 1SPK A; 1X6B A; 1GL5 A; 3QWX X; 2RN8 A; 3REB B; 1AD5 A; 1Z9Z A; 3ULR B; 1SHF A; 4Z8A A; 2L3Q A; 2KNB B; 1NLP C; 2MCN A; 2DMO A; 1MV0 B; 1W1F A; 2J6F A; 2NWM A; 2P4R A; 2GNC A; 2M51 A; 2ED1 A; 2GQI A; 2IIM A; 1W70 A; 2KGT A; 4J9G A; 3ZL7 C; 2AKL A; 1UG1 A; 2LNH B; 1H92 A; 3VRY A; 2A08 A; 4GLM A; 2KRS A; 3I5S A; 2OI3 A; 2H8H A; 1OPL A; 2CRE A; 1GFD A; 1FYN A; 4RTU A; 2X3W D; 4HCK A; 1K1Z A; 1JXO A; 1AEY A; 4WCI A; 1MV3 A; 2EYZ A; 4J9C A; 2JS2 A; 1MUZ A; 4J9D A; 2EGA A; 2C0O A; 2O2O A; 3VS6 A; 1YN8 A; 1WYX A; 1M8M A; 3UA7 A; 2CH4 A; 4ESR A; 1H3H A; 2KE9 A; 5ECA A; 2HEQ A; 3PVQ A; 2JMC A; 4LE9 A; 2M0Y A; 1SSH A; 2SEM A; 1PWT A; 1FMK A; 1X69 A; 1KFZ A; 2EPD A; 1RLP C; 2RMO A; 1N5Z A; 2CDT A; 1ABQ A; 2CUB A; 1JQQ A; 1K9A A; 2L3S A; 5EC7 A; 3TSZ A; 1NM7 A; 1PRL C; 2ABL A; 1JEG A; 2EGC A; 1U3O A; 2K2M A; 2A36 A; 2W0Z A; 2GBQ A; 3PVL A; 1SRM A; 1CKB A; 1K0S A; 1K0X A; 2KYM A; 4J9I A; 1UEC A; 4HVW A; 1M3B A; 2CT3 A; 2K6D A; 3CQT A; 4LUE A; 4DEY A; 3EHQ A; 1X2K A; 1GCQ C; 3UA6 A; 1AWX A; 1GCQ A; 2FG0 A; 1NYF A; 2C0I A; 2GTJ A; 1AOJ A; 1UE9 A; 2DVJ A; 1ZUU A; 1SEM A; 1YP5 A; 4IIO A; 4K11 A; 1K76 A; 4CC3 A; 2YUN A; 1B07 A; 2DYB A; 3VS7 A; 1QCF A; 2D8H A; 1OOT A; 3EG2 A; 1CKA A; 4RTT A; 1E6H A; 2SRC A; 2J6K A; 3UAT A; 1OPK A; 4F17 A; 2DRK A; 1KJW A; 2ROL A; 3A98 A; 2HDA A; 2KRN A; 1G2B A; 1WFW A; 1Y57 A; 3TSW A; 1UFF A; 2LJ0 A; 3H41 A; 1UHC A; 1HD3 A; 2O88 A; 4KRT A; 1LCK A; 2V1R A; 2OAW A; 1GCP A; 3R6N A; 3QWY A; 3REA B; 2FPE A; 1OV3 A; 2RQU A; 2AK5 A; 4J9H A; 3RNJ A; 2RQV A; 4JZ4 A; 2A37 A; 2EBP A; 1A0N B; 1TUD A; 4RTV A; 2EGE A; 2AZV A; 2J06 A; 1TUC A; 2KYB A; 2DL5 A; 1WX6 A; 3RBB B; 3H0I A; 5HCK A; 2GGR A; 3H0H A; 2DL7 A; 5I11 A; 3EG3 A; 2LJ1 A; 2DJQ A; 4OML A; 4CC7 A; 2E5K A; 4AFZ C; 5IHK A; 1T3L A; 2DE0 X; 1GBQ A; 1I07 A; 4JJD A; 3TVT A; 1QKW A; 2MOX A; 3VS5 A; 2B86 A; 1UHF A; 2F2X A; 1BU1 A; 4AFS C; 2KBT A; 2BZX A; 3SHW A; 3PE0 A; 3C0C A; 1YCS B; 2KRM A; 1HJD A; 2XMF A; 1E6G A; 2RQW A; 2OJ2 A; 2CUD A; 3NPF A; 2JM8 A; 2K3B A; 5IXB A; 1WLP B; 4AG1 C; 3VS4 A; 2KRO A; 2V1Q A; 1VYV A; 2BZ8 A; 1PRM C; 2O9S A; 1WDX A; 4X1V A; 2EYX A; 4FSS A; 2JT4 A; 1X27 A; 3SEM A; 2LZ6 B; 1ZLM A; 5IHI A; 3VS3 A; 1UTI A; 2LQN A; 2RNA A; 1JO8 A; 2RPN A; 1Z9Q A; 3THK A; 2J7I A; 2EW3 A; 3M0U A; 1EFN A; 1QWF A; 4A63 B; 1YWO A; 2DM1 A; 1WI7 A; 4DEX A; 2YSQ A; 2CH4 W; 2DBM A; 4OMN A; 4OMQ A; 4QT7 A; 4RTY A; 1OEB A; 1BB9 A; 2GTO A; 3FJ5 A; 2EKH A; 5IHN A; 1VYU A; 1ZUY A; 2X3X D; 1H8K A; 2EYW A; 1UJ0 A; 4AG2 C; 4CC4 B; 1M3C A; 2PZ1 A; 1TG0 A; 4ZNX A; 1UJY A; 4F14 A; 2ECZ A; 4EIK A; 2DL8 A; 2LX7 A; 3U23 A; 1RI9 A; 2BTT A; 1UGV A; 3NMZ C; 4ORZ A; 4D8D A; 2D1X A; 5FW9 A; 2DL3 A; 2AZS A; 2HCK A; 1ZBJ A; 4E6R A; 1M3A A; 3JV3 A; 4GBQ A; 2KEA A; 2FPF A; 1AZE A; 1X2Q A; 2HBW A; 2DNU A; 2DA9 A; 2PNI A; 3EG0 A; 3VRZ A; 2C0T A; 2DIL A; 3I35 A; 1JU5 C; 3EG1 A; 1I1J A; 2KXD A; 2JW4 A; 2LQW A; 1SRL A; 5GJV B; 2EQI A; 1RUW A; 2DF6 A; 2CT4 A; 1Y0M A; 1B3Q A; 2DBK A; 1PKS A; 1T0H A; 2YUO A; 2J05 A; 1RLQ C; 1NYG A; 3UF4 A; 1ZX6 A; 1YNZ A; 2W10 A; 2LMJ A; 2KR3 A; 2L2P A; 4IIM A; 4R0K A; 1QWE A; 2EYY A; 3O5Z A; 2RQT A; 4D8K A; 2D8J A; 1NEB A; 1U5S A; 5IH2 A; 2JS0 A; 1X6G A; 4JPB W; 1HSQ A; 2FRW A; 2KT1 A; 2DX1 A; 3GBQ A; 4CC2 A; 2FO0 A; 1V1C A; 2VWF A; 3M0T A; 4OMO A; 2EVR A; 1UDL A; 2VKN A; 1NG2 A; 1YWP A; 4J9F A; 4OMM A; 4RTW A; 4Z89 A; 3IQL A; 3M0Q A; 1K4U S; 1U06 A; 2ED0 A; 2JXB A; 2K79 A; 1WXU A; 2D0N A; 1E7O A; 2LJ3 A; 2FEI A; 1QLY A; 1AZG B; 1T0J A; 1WXT A; 5I22 A; 2JM9 A; 1VA7 A; 5FWC A; 2ENM A; 2ESW A; 3VS2 A; 1AWW A; 1AVZ C; 2I0N A; 1I0C A; 2MIO A; 4F16 A; 1WA7 A; 1M27 C; 3LH5 A; 1T3S A; 1SHG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VYT A; 3I55 A; 2YDL A; 7AT1 B; 4M7D C; 1PD1 A; 2CSI A; 2DO3 A; 1M30 A; 4M7D A; 1QQJ A; 4E7S A; 2QDL A; 4JZ3 A; 3TQ7 P; 2X51 A; 3CXC A; 2K5F A; 1QCN A; 3EFO B; 4HXJ A; 2PQW A; 3CBO A; 4P5N A; 4M75 E; 2CP2 A; 1JRI A; 2JOY A; 4FYY B; 1Y7X A; 4M7A C; 2GQV A; 4M7A A; 1IO6 A; 2JMA A; 1FWZ A; 1X6O A; 8AT1 B; 3SB2 A; 1QKX A; 2KT8 A; 4BDY A; 1TS9 A; 2Y90 A; 1QVF S; 2HSE B; 1WQ7 A; 2QQR A; 5FRO A; 3CCM Q; 1J3T A; 3MJX A; 4KBM B; 2NUZ A; 1RAH B; 3A8O B; 4HVV A; 1Q95 G; 2CP6 A; 4DOV A; 4LN2 A; 2J6O A; 5LJ5 d; 3JCM d; 3MEV A; 1ABO A; 2O31 A; 4BY6 C; 2ROT A; 1AWJ A; 4JJC A; 1PHT A; 3VS1 A; 3EHR A; 4OB0 B; 1F1B B; 3CC2 T; 1XOV A; 2PU9 B; 1W4S A; 2K9G A; 2EJ9 A; 1YBY A; 3LGL A; 4IUQ A; 5FWB A; 4AFU C; 4PJO F; 3OYI A; 2YT6 A; 1VQ8 Q; 4RTX A; 2LP5 A; 2JTE A; 2KXC A; 1SPK A; 1PSE A; 4N4G A; 1ZA2 B; 1K8A R; 4XQ3 A; 1K9M U; 1SHF A; 3LWI A; 4FCY A; 3CCE T; 4C8Q G; 1YFN A; 1FMW A; 3CC7 A; 1JB0 E; 2ZPF B; 1MV0 B; 2GNC A; 2XG8 D; 2KGT A; 2P0P A; 3D7S B; 2HKQ B; 1UG1 A; 5FLX E; 1ZHI A; 2MPX C; 2I2L A; 2IG0 A; 5LJ5 f; 1YJN T; 2M1H A; 3JCM h; 2C06 A; 3L2U A; 3OYY A; 3CCS Q; 4J9C A; 4M78 E; 3URG A; 2JS2 A; 5I21 A; 5HKC A; 1G3T A; 2O2O A; 1AT1 B; 3OYB A; 3RMS A; 1ACM B; 1M8M A; 4M77 C; 4Z02 A; 3UA7 A; 2CH4 A; 4M78 B; 1I8F A; 4MDW A; 3PVQ A; 4LE9 A; 2X4W A; 5FRM A; 5AYF A; 4XTW A; 2DIG A; 3CD6 Q; 1BCM A; 1PWT A; 1KFZ A; 1X69 A; 1PSF A; 1UGS B; 1ABQ A; 4FU6 A; 1IGU A; 2O01 E; 1Q7Y C; 1S72 Q; 2HQX A; 4E47 A; 3CME Q; 2IVW A; 1U1S A; 2EGC A; 1U3O A; 2K2M A; 5LJ3 h; 4F7U F; 2GBQ A; 1SRM A; 3M4G A; 1K0S A; 4J9I A; 3TCJ A; 3TRE A; 1QVG A; 1RAA B; 1YIT A; 1M3B A; 5GAM h; 3JCM g; 4C8Q D; 2FG0 A; 1NYF A; 1AOJ A; 1YCY A; 1ZUU A; 3CCJ T; 3UPU A; 4CC3 A; 3I55 Q; 1G5V A; 1K9M R; 1C1A A; 5GAM j; 5CO7 A; 4ZGE B; 1B07 A; 4QVC A; 3VS7 A; 2VXE A; 4RCB A; 1QCF A; 5FU6 C; 1CKA A; 2QAS A; 1E6H A; 2RHI A; 4BUG A; 4AMC A; 1VQL A; 1M1G A; 2COY A; 2DRK A; 3A98 A; 2HDA A; 2K5L A; 1WFW A; 3KXT A; 2MWP A; 3TSW A; 3H41 A; 4M7D E; 2V26 A; 1HD3 A; 2V1R A; 3QXE B; 1GCP A; 1HYO A; 1OV3 A; 3EH2 A; 1K73 C; 5EG2 A; 4DOW A; 2K5I A; 3VYG A; 3ME9 A; 2QA4 A; 4FYW B; 2VGN A; 4M7A E; 1ZBX A; 4EMG A; 5LJ5 e; 5LJ3 g; 2DL5 A; 2GFU A; 3OMG A; 3OW2 A; 5HCK A; 2DL7 A; 5I11 A; 4OVA A; 1BI0 A; 1Y71 A; 5GAM g; 1LNX A; 1TSF A; 4MZM A; 3RKW A; 2QGF B; 4O6J A; 1IRX A; 1G3W A; 3JB9 G; 2K3X A; 1GBQ A; 1TXQ A; 2GFA A; 3C12 A; 3HPW A; 4AFS C; 3VUB A; 2BZX A; 2WSF E; 4Y28 E; 2DD4 A; 3P8B B; 5A2Q E; 1Y96 A; 1E6G A; 4C92 C; 3LW5 E; 5GMK e; 3NPF A; 3OSS C; 4C92 A; 1W2B P; 1TH7 A; 5GAN d; 1IRE B; 1VQP T; 3OYN A; 5IXB A; 4LDW A; 3RKY A; 5KYW B; 3CC7 Q; 1Q81 R; 1YJW T; 1M1K U; 3X20 B; 4BY6 B; 3CC4 A; 3CCQ A; 4BI8 B; 4X1V A; 2EYX A; 1X27 A; 4KUD K; 2LZ6 B; 3RKX A; 3VS3 A; 3RES A; 2LQN A; 1Z9Q A; 2LDM A; 3THK A; 2RI3 A; 3VYH B; 2EW3 A; 1QWF A; 4N4I A; 1YWO A; 2D0Q B; 4LD9 K; 6AT1 B; 3TU4 K; 4QT7 A; 2QG9 B; 4JRP A; 1Q7Y U; 1OEB A; 1PC0 A; 5FU7 C; 3SD4 A; 5IHN A; 1VYU A; 2YHT A; 3GF5 A; 2X3X D; 1I81 A; 5KYX B; 2F5T X; 1UJ0 A; 1TG0 A; 4ZNX A; 2DVE A; 3P8H A; 3DKM A; 1KD1 C; 3I56 A; 1VQ7 A; 4C0G A; 2BUD A; 1YHQ A; 1VQN T; 3CCM T; 2IPO B; 4IUR A; 5GAN 7; 4IUP A; 1TWB A; 2LT4 A; 3CXC S; 5GAN f; 2OAU A; 1KQS P; 4WTO B; 5A0D A; 2DL3 A; 2AZS A; 2HCK A; 2K3Y A; 2HBP A; 1M3A A; 1LOJ A; 4M77 E; 3JB9 D; 1AZE A; 2E5Q A; 2DNU A; 2PNI A; 3CCU A; 4PJO C; 4OP0 A; 3EG0 A; 4FW1 A; 1I1J A; 3HRT A; 3UDC A; 1SRL A; 3MPU B; 1LVK A; 1RUW A; 2DF6 A; 2CT4 A; 5GMK m; 4M77 B; 2DBK A; 2E6N A; 1T0H A; 3RIR A; 1VQ9 A; 4J6W A; 3EFR A; 3V7C A; 2LNV A; 1K73 U; 1ZX6 A; 4OMF B; 2W10 A; 1OYX A; 3QYH B; 2QYZ A; 3OYM A; 4IIM A; 4R0K A; 3T9N A; 2M16 A; 4ZN3 A; 5CKE A; 3EFO A; 3QO3 A; 3CCV T; 2JNG A; 1M1K R; 4JS4 A; 3RR6 A; 2X4Y A; 5IH2 A; 1VQL Q; 4UC4 A; 1SSF A; 1HSQ A; 2KT1 A; 2OX7 A; 2EFI A; 2ZPI B; 4OMO A; 3QG1 A; 2HD0 A; 1D3B B; 4M75 A; 5GAN 6; 4B9X A; 5CQX A; 1JBM A; 2ZPE B; 1OX9 A; 3L2Q A; 4OMM A; 2QA4 Q; 1WQW A; 2DFU A; 4PL6 A; 3OMC A; 2XHC A; 1JJ2 P; 3OSV A; 4C0Z A; 2RA2 A; 1X75 C; 1XNI A; 2K79 A; 2RJD A; 2DAQ A; 1XQH A; 1EZZ B; 2FHD A; 4C8Q F; 1WHJ A; 2RD1 A; 3M55 A; 3QJ6 A; 3SWN B; 2ESW A; 3VS2 A; 1S72 T; 5IN1 A; 1AVZ C; 2FB7 A; 3LH5 A; 4LUD A; 5GAN e; 1GRI A; 1D1C A; 1GFC A; 3I9Q A; 2VC8 A; 4DBH A; 1YI2 T; 1KSW A; 1KD1 U; 2FRY A; 1PG5 B; 2EJG A; 3M0S A; 3OS2 A; 3PIP A; 4B9W A; 5GAO l; 1K73 R; 3CCQ Q; 3OBY A; 1KIK A; 3QSU A; 3BW1 A; 4M4Z A; 3OY9 A; 2YUP A; 3I5R A; 2O9V A; 1X43 A; 2HSP A; 4JJB A; 1CSK A; 1G83 A; 1WIE A; 1PKT A; 3WVD B; 2EQM A; 1QVG S; 4BAC A; 1W6X A; 2BE9 B; 3HL8 A; 1AWO A; 3BY7 A; 4LNP A; 1ARK A; 4J9E A; 1UUE A; 3RMQ A; 4LDX A; 1VIE A; 2LTO A; 2KY9 A; 4M78 C; 4KH1 B; 3I56 Q; 3FJP A; 1VQ7 Q; 4M78 A; 3BDL A; 2R57 A; 1GBR A; 1JXM A; 3GLX A; 1N8R C; 3M58 A; 4OMP A; 2PTK A; 3VS0 A; 2QK0 A; 5J39 A; 1WXB A; 4OB2 B; 4AFQ C; 1NEG A; 1BBZ A; 3FRN A; 1X6B A; 5KYY B; 3QWX X; 3M5A A; 2RN8 A; 4AT1 B; 1M2V B; 3H9N A; 1Z9Z A; 4Z8A A; 2NUP B; 2KNB B; 2CS7 A; 5KYU B; 2QDY B; 1IB8 A; 2XKO C; 1W1F A; 2NWM A; 3R6O A; 1VQ9 Q; 4JS5 A; 1H64 1; 4PJO E; 2QEX T; 3G71 T; 1ZSZ B; 1Y07 A; 4RG2 A; 2A08 A; 3I5S A; 2H8H A; 1OPL A; 4CRI A; 1M90 R; 3F70 A; 5CKD A; 1FYN A; 2X3W D; 4MDX A; 3FB9 A; 3KBG A; 1XJW B; 2DD5 A; 3V8L A; 4PJO B; 4II1 A; 3E2U A; 3VS6 A; 1YN8 A; 1WYX A; 1DJ7 B; 2DPP B; 1RAC B; 2P0K A; 2YWW A; 2KE9 A; 1Q86 C; 3JRZ A; 1WGS A; 3OYE A; 3JB9 F; 4PK4 A; 2E3H A; 2HEQ A; 4BDZ A; 2JMC A; 4A54 A; 2L5Q A; 3PGG A; 2SEM A; 3OQ5 A; 3QDF A; 1OZ2 A; 1RAD B; 3JB9 H; 3JSC A; 1FMK A; 2EPD A; 3NTK A; 2DTO A; 1RLP C; 2RMO A; 2CUB A; 1JQQ A; 2G3R A; 2JN0 A; 5EC7 A; 4JRI A; 2ABL A; 4A4E A; 2F69 A; 3HKS A; 1KHC A; 1VQ4 A; 1RAF B; 2OTJ A; 2XI9 A; 4M7A G; 2EQJ A; 3PMI A; 4O5V A; 1CKB A; 2KYM A; 4E7H A; 2F1L A; 1MMG A; 5I2M A; 2K6D A; 3S3N A; 3JCM X; 3EHQ A; 4JRQ A; 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