The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
95
|
structure length |
95
|
Chain Sequence |
GSSGSSGAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKNDGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Solution structure of the 1st CAP-Gly domain in human CLIP-115/CYLN2
rcsb |
| molecule keywords |
CLIP-115
|
| total genus |
9
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CP0 A; 2QK0 A; 2CP6 A; 1LPL A; 2COY A; 2E4H A; 2HKQ B; 1WHK A; 2MPX C; 1TOV A; 3RDV A; 2COZ A; 1WHJ A; 1WHG A; 1WHM A; 2HQH A; 2HL3 A; 2CP2 A; 3E2U A; 2HL5 C; 1TXQ A; 2E3I A; 2E3H A; 2CP7 A; 2M02 A; 4B6M A; 1IXD A; 2CP5 A; 1WHL A; 3TQ7 P; 1WHH A; 2CP3 A; 2COW A; 2Z0W A; 2HKN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CMA A; 1FMK A; 3QXE B; 2V1Q A; 2M0O A; 5HK3 A; 5GJW B; 4QW2 A; 3CBO A; 4FYW B; 1N9S A; 2HL5 C; 2A0F B; 4XU2 A; 3RKX A; 4B9W A; 2E65 A; 2EYY A; 3EGD A; 3HPW A; 3SB2 A; 4RTV A; 3L2Q A; 5GMK h; 2JOY A; 4JPB W; 3JCM f; 1JEG A; 5KYX B; 1AWW A; 1RAD B; 4D6W A; 5FRM A; 2FRW A; 3ZEH A; 3DB4 A; 2JMA A; 3CCS A; 2QTX A; 3QHS A; 1WHG A; 3BDU A; 3MP1 A; 4Y28 E; 4PLL A; 1JXM A; 3CCU T; 2P0Q A; 4EDU A; 4BDZ A; 2EFI A; 2OTJ T; 3CCM Q; 1KJW A; 3SDZ A; 1K9A A; 2D0N A; 2QQA A; 2EYW A; 1M3B A; 2F5T X; 2CZ7 B; 2OTL Q; 4OB3 B; 3UA7 A; 2VV5 A; 4PL6 A; 1RAG B; 5FRN A; 1X6G A; 2RHY A; 5DLO A; 5GAN e; 2RM4 A; 3EGU A; 5I11 A; 1WPY A; 4Z89 A; 2FB7 A; 5DLQ E; 2JUF A; 1CKA A; 3WVD B; 2HAX A; 4NS5 A; 5GMK m; 2F1L A; 4OMQ A; 4QQG A; 1UHC A; 5I22 A; 5LJ3 f; 2DL3 A; 4FYV B; 2L3P A; 4N4I A; 3E19 A; 2MAM A; 1YJ9 T; 3CME Q; 2L0A A; 4M78 G; 1WGS A; 1VQL Q; 3VS0 A; 4X34 A; 2JVV A; 1VQ6 T; 2XKO C; 5C0M A; 2CKK A; 1W1F A; 2XIC A; 5FU6 B; 4PJO B; 1IZ6 A; 2K79 A; 1R77 A; 3VRZ A; 1VIF A; 2LVM A; 2YWW A; 2QK0 A; 4OGE A; 4MDW A; 1W2B A; 1H64 1; 4DBH A; 2LCS A; 4HT9 A; 2DM1 A; 3M54 A; 3CMA Q; 4V2S A; 3GNG A; 3U23 A; 5GAM f; 3VUB A; 2I2L A; 5I2M A; 3QDR B; 1E6G A; 1DJ7 B; 2E6Z A; 3EAE A; 1NLP C; 1WXB A; 5LJ3 g; 5KYW B; 2XDB A; 2LTO A; 4M75 B; 1G3S A; 1OZ3 A; 2DFU A; 1X01 A; 3OYB A; 2EJ9 A; 2E1H A; 4BD3 A; 1F1B B; 1WJS A; 4XAX B; 1RLP C; 4JRI A; 5I2S A; 4EPC A; 3CCS Q; 1K8A U; 1K0X A; 3TRE A; 4CI0 C; 1K9M R; 4C92 E; 3T9N A; 1C1A A; 3LWI A; 3C12 A; 1SHF A; 2P0K A; 3OS5 A; 2DET A; 1ZSG A; 3FRN A; 4OMF B; 4FL6 A; 2DBK A; 5M9O A; 3LX7 A; 5GAM g; 2BIV A; 4MZP A; 2YRD A; 1AWJ A; 4M7D B; 1TOV A; 2DO3 A; 3IQL A; 2DTH A; 3E9G A; 2LQW A; 1Y7X A; 4KH0 B; 3J81 E; 2JJ9 A; 2XID A; 1RI0 A; 2L8D A; 3UWN A; 2DER A; 2KT8 A; 2YLB A; 4HVW A; 3PNW C; 1M2V A; 1YI2 A; 2C0T A; 5FWC A; 3SEM A; 2HKN A; 3VS5 A; 3ASK A; 2VYT A; 2EQM A; 2RK1 A; 1GCQ C; 2EQI A; 2C0I A; 1S72 T; 4FSS A; 2NYS A; 3REA B; 1G83 A; 4E7H A; 3HKS A; 1K8A C; 2DXU A; 4OMM A; 2HL3 A; 2R57 A; 3O8V A; 1QVG A; 1K73 R; 4ZGD B; 2HQE A; 3RBB B; 1ABQ A; 4BAC A; 4J6W A; 4BE2 A; 4RCB A; 3V8K A; 4HCB A; 4X9D A; 2RO0 A; 2YSQ A; 2K57 A; 3I5R A; 1M3A A; 1YCS B; 1K4U S; 2RQW A; 3UDC A; 1YFN A; 3CQT A; 1PKS A; 1FMW A; 4OML A; 4D8K A; 1OU8 A; 1ABO A; 1G8X A; 1MV0 B; 2DMO A; 4RTT A; 4X9C A; 1J3T A; 4MMK A; 2CT3 A; 3M59 A; 3VYG A; 4AG2 C; 1RAB B; 3M53 A; 5GMK i; 4BI4 A; 4JLI A; 1OQK A; 1QCF A; 5L23 A; 2H3J A; 4C0Z A; 2A3L A; 1RAF B; 1NJI U; 1Q86 U; 3NHN A; 1TS9 A; 3A98 A; 1UB4 A; 2A36 A; 1VQL T; 2KEA A; 4A4H A; 1LCK A; 1VQ7 A; 1ZX6 A; 2J05 A; 2LX9 A; 2FHD A; 1YIJ A; 2GBQ A; 9ATC B; 3VUZ A; 3MPU B; 2JS0 A; 4ZN1 A; 2PVD B; 1M1F A; 3MEW A; 3QG1 A; 4XK8 E; 3VS4 A; 4C8Q C; 3EFR A; 1LPL A; 2LDM A; 4DBR A; 4JJN K; 4M78 E; 3FJ5 A; 1AWX A; 1T3S A; 4BI3 A; 4C0D B; 1KK7 A; 3ZFJ A; 4C92 B; 5GAN f; 3UA6 A; 3PMT A; 2DZC A; 1MMG A; 2MOX A; 5IAY A; 5GAN 7; 5CKB A; 4IUQ A; 2YLC A; 2JTF A; 1YIT A; 1NJI C; 1Q86 C; 2X4Y A; 2KVQ G; 4XTZ A; 3HRT A; 4J9F A; 4D8D A; 5J3B A; 5GAN 8; 2ROT A; 2C0O A; 3ZBD A; 3CCS T; 3PGG A; 1BI1 A; 1PRM C; 2E70 A; 2QTV A; 3EG3 A; 3MHX A; 2PZ1 A; 4EMK C; 2G6F X; 2SRC A; 1WDX A; 3NTH A; 1RLQ C; 2DIL A; 2MI6 A; 4HCZ A; 2OAU A; 3PVL A; 2X4W A; 4XTW A; 2DEQ A; 3LWH A; 2ZPG B; 5GAN g; 1N6A A; 4HCK A; 1M27 C; 2NUT A; 1M90 C; 1X2K A; 4JLG A; 4BY6 C; 2CZ1 B; 2PVG B; 3GBQ A; 3REB B; 3MET A; 2YUQ A; 4QQD A; 4CC3 A; 1X69 A; 1LJO A; 2CP2 A; 1JXO A; 3OS1 A; 2EGC A; 1WJQ A; 2DX1 A; 4AFU C; 2CUD A; 2O88 A; 3H0H A; 1H3H A; 3CCU A; 4OB0 B; 4IIO A; 2OTJ A; 2HDA A; 1K0S A; 4RG2 A; 2DVE A; 3FC3 A; 3HFO A; 3RKY A; 2B8A A; 3EFS A; 2EWN A; 4XU3 A; 2HQX A; 1BIB A; 2E6N A; 1YWP A; 2EKO A; 2BUD A; 3JCM d; 1VQ7 Q; 4X1V A; 1M1K U; 3OBY A; 2DL4 A; 3C94 A; 4F7U G; 2AKL A; 1YIJ Q; 1SF9 A; 4JZ4 A; 3DLM A; 3LLR A; 4BB7 A; 2RHZ A; 1X43 A; 6AT1 B; 2P84 A; 3H0F A; 4A4G A; 4EMK A; 3VRY A; 3M9Q A; 4J7I A; 1Q95 G; 2FPD A; 3V7R A; 1V76 A; 2QYZ A; 4ZGE B; 3QJ6 A; 4JS4 A; 4OP0 A; 1IB8 A; 2EBP A; 3G6E A; 4YTL A; 4C8Q D; 2YRV A; 4M7A B; 3L2W A; 5GAN j; 2Y4X A; 5KCO A; 4M78 B; 1EX4 A; 3GF5 A; 2GFU A; 4N4H A; 1YIT Q; 5EC7 A; 2K5L A; 2MMP A; 4DOW A; 3KFV A; 4E7K A; 3ULR B; 2D0Q B; 2KSS A; 1IRX A; 4ZTJ A; 2D8H A; 2DYI A; 1HD3 A; 4M4Z A; 3G71 A; 2EQJ A; 3SFM A; 2XI9 A; 3M4Y A; 5LJ3 d; 3PT9 A; 2GTJ A; 2KQW A; 3MKD A; 2RHI A; 4B9X A; 1SG5 A; 2YRC A; 2RF0 A; 2YHT A; 3A8M B; 2HSP A; 1Q7Y U; 1JJ2 P; 1U1S A; 2BZ8 A; 1S1N A; 1YI2 T; 5CK9 A; 1W2B S; 3C95 A; 2K3B A; 2DJZ A; 3I9Q A; 3CCU Q; 3RKW A; 3H41 A; 2BZY A; 4VUB A; 3RMS A; 1KG1 A; 1PD1 A; 1FWZ A; 5GAM d; 2OTJ Q; 2NUP A; 3JRZ A; 3PE0 A; 2RHU A; 3L2U A; 2O01 E; 3MCA B; 2DTI A; 1AT1 B; 3M0R A; 4ZN3 A; 1NPP A; 1Z9Z A; 1YCY A; 1D0Y A; 2E41 A; 5GAO n; 1VQ4 T; 3SWN B; 3OW2 P; 1WA7 A; 2PVO B; 5FW9 A; 1KHC A; 1ZSZ C; 2D1X A; 3FLG A; 1RL2 A; 2EQK A; 2YDL A; 1OUL A; 4R0K A; 1JB0 E; 1MMD A; 1S72 A; 2AIR B; 1YJW A; 3CBM A; 4FIB A; 5KYU A; 3KXT A; 2QI2 A; 3LW5 E; 1NBE B; 1Q7Y C; 2Y90 A; 5J39 A; 4PK4 A; 4F17 A; 3OS2 A; 3O5Z A; 4M77 D; 4A4F A; 1MV3 A; 4KGZ B; 3F70 A; 1I8F A; 1O75 A; 3G6E Q; 1QLY A; 2O4X B; 1BBZ A; 1M2O A; 4RG8 A; 3M0Q A; 1QVF P; 2DE0 X; 4QVD A; 5IHN A; 2R58 A; 1IHV A; 2KT1 A; 3RNJ A; 1XTD A; 3NFC A; 1PRL C; 1NM7 A; 1B07 A; 1OEB A; 1KQ1 A; 3QDF A; 2FO0 A; 1O9S A; 3L1A A; 2AZV A; 4ME7 A; 3EG1 A; 3P8H A; 1K1Z A; 2WAC A; 1SKU B; 3CD6 T; 3G71 Q; 2X51 A; 5I21 A; 1MGQ A; 1UGQ B; 1N8R C; 3THK A; 2EPD A; 2XD0 A; 4DOV A; 2M9U A; 2K9G A; 3EFO B; 1QVG S; 1Q81 C; 3CEY A; 1KQS S; 4F7U E; 2DIG A; 1UEC A; 1TH7 A; 2RJE A; 1OX8 A; 2A28 A; 3PFS A; 5KE2 A; 2KR3 A; 2KI7 A; 2LCC A; 4DQ2 A; 1RI9 A; 3AT1 B; 3PTA A; 3G4S T; 2DL7 A; 1WYX A; 2KE9 A; 2RA2 A; 1WXU A; 3CC7 T; 4J9C A; 4NL3 A; 4OMP A; 3QPH A; 2PNI A; 1UUE A; 3X26 B; 3WVE B; 1G3Y A; 3X28 B; 1AEY A; 4AFZ C; 5D6X A; 1H92 A; 5FU6 C; 1NLO C; 3L2R A; 3JCM c; 4PJM A; 3QKJ A; 2KK4 A; 3CCQ A; 4WF2 A; 4QKU A; 1A0N B; 1MND A; 4LDW A; 5LJ5 h; 3VKI A; 1BK2 A; 3TVT A; 1PHT A; 2JNG A; 1VOM A; 1S72 Q; 3OYY A; 3CBP A; 1YJW Q; 3ZL7 C; 3OBW A; 2VVK A; 3X24 B; 2EJF A; 2GF7 A; 5CKH A; 2RJD A; 1UGV A; 2KMT A; 1TU0 B; 2JTM A; 2RI2 A; 3LYI A; 5GAN d; 2B86 A; 4NOY A; 3EGD B; 2EIF A; 2FPF A; 2ENM A; 2QQS A; 3OS0 A; 1UJ0 A; 4JZ3 A; 4ELY C; 5CAI A; 3JAM E; 3JCM g; 4F7U A; 2MYS A; 1JBM A; 4E6R A; 3JSC A; 4C8Q G; 3JCM X; 1IGU A; 4L5G A; 2MWO A; 4M7D C; 5HCK A; 2K7A A; 5ECA A; 2LJ3 A; 2CP6 A; 2NWM A; 2XK0 A; 3FB9 A; 3BE3 A; 1U8R A; 1I1J A; 5GAO q; 2H3E B; 1VQM T; 1K76 A; 2F69 A; 3UF4 A; 3G6E T; 3H6Z A; 2E3H A; 3TCJ A; 1ACM B; 3L42 A; 5GMK e; 2JW4 A; 2BE9 B; 4EMG A; 1SEM A; 5KYN A; 1AD5 A; 5LJ5 e; 8AT1 B; 2QAS A; 4F7U B; 1XNI A; 3M55 A; 5FU7 C; 2L89 A; 1VUB A; 4RUG A; 2VWF A; 4HXJ A; 1OZ2 A; 1TSF A; 1QCN A; 3M56 A; 1NEG A; 3EG9 A; 2FZC B; 4HKE A; 3G71 T; 1VQ5 T; 5FRO A; 4LNP A; 3VS2 A; 5AYF A; 1D1C A; 1VQ8 A; 1NPR A; 3CCQ Q; 1AVZ C; 2L3Q A; 5AT1 B; 5CCA A; 4QVC A; 4IKF A; 4A4K A; 2RK2 A; 4J7F A; 1TUC A; 3VS1 A; 1QKW A; 4PJO D; 2WSE E; 2E10 A; 2ED1 A; 3R6O A; 4ELZ C; 1BI2 A; 5KCH A; 3TQ7 P; 2EVR A; 1GL5 A; 2P4R A; 2IIM A; 3A5Z B; 2HD0 A; 2FYK A; 3NPF A; 3OSV A; 1K73 U; 2ZPB B; 4JS5 A; 2IVW A; 4PFO A; 2DRK A; 4M75 D; 2D9T A; 2KDS A; 4BE0 A; 1R0C B; 4JDS A; 4LD6 A; 1M3C A; 2VGN A; 3KBG A; 4CRI A; 4M77 G; 2RB6 A; 1PCX A; 4J9H A; 3L2V A; 3DLL A; 2ATC B; 2RH2 A; 4DEY A; 1FMV A; 3OYF A; 3SD4 A; 3GNF B; 2K3X A; 1T0H A; 4RTX A; 2GTO A; 4J9D A; 1YJW T; 1B7T A; 4RTW A; 3V7S A; 4FU6 A; 2O2O A; 3M0S A; 3L2Z A; 1WI7 A; 2DL5 A; 1E7O A; 4M7D D; 1KQS A; 5LJ3 j; 2KRN A; 4CC7 A; 3C0C A; 4JJB A; 2VGM A; 1SRL A; 1VQ4 A; 4PFP A; 1CSK A; 2J6F A; 3JCM b; 5GAO r; 1D1B A; 2C06 A; 1YJN T; 2X4X A; 2K4Y A; 1NZ9 A; 1QP3 A; 5GAO p; 1XOV A; 1M2V B; 1OPK A; 3EH1 A; 3P8D A; 3RES A; 1BCO A; 2WSF E; 3HFN A; 4XQ3 A; 1KFZ A; 2QGF B; 3MEA A; 5GAM j; 3J7A F; 3QYH B; 1VQ8 Q; 2CZ0 B; 2KRS A; 4OMN A; 3J80 E; 3OQ5 A; 4DA4 A; 3RMQ A; 1BB9 A; 3Q1J A; 3JCM W; 4C8Q F; 4XTV A; 4C8Q E; 2L3S A; 1OPL A; 4CC2 A; 1PWT A; 2SEM A; 4Z8A A; 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2RMO A; 1BI0 A; 4J9E A; 1GFD A; 1ZUK A; 4ANJ A; 4KUD K; 4A4E A; 4PJO G; 3SWN C; 1VQM A; 4BI8 B; 2RHX A; 3CCR T; 3I55 Q; 2BKD N; 1IHW A; 1VQ8 T; 1PG5 B; 2CH4 W; 1GCP A; 2DF6 A; 4L59 A; 4XTU A; 2EGA A; 1KC8 C; 3G4S Q; 2OJ2 A; 4HVU A; 4II1 A; 1BI3 A; 2JMC A; 2MF2 A; 4O6J A; 4AMC A; 2LT1 A; 1PSE A; 1OU9 A; 4PJN A; 1YWO A; 3BW1 A; 3CC7 Q; 2HQH A; 2QXF A; 4M75 G; 1PC0 A; 2LT4 A; 1M1K C; 1GBR A; 5GAM h; 1ZHI A; 1RAH B; 1VQ5 A; 2E12 A; 2HZY A; 2CS7 A; 4EMK B; 4PKC C; 3OYH A; 3CC4 Q; 1ZUY A; 3PIP A; 2CP0 A; 3EH2 A; 4IUU A; 1IRE B; 4KH1 B; 5GMK j; 2LMJ A; 1JO8 A; 1WHK A; 5GAN 4; 2YXY A; 4M7A D; 4GLM A; 2QEX A; 3QBY A; 4NL2 A; 3QUI A; 1ZA1 B; 3PVQ A; 4OF1 A; 1TXQ A; 4M77 A; 4XU1 A; 4LUD A; 3H0I A; 2RQT A; 2KRO A; 4J6Y A; 4WTO B; 5KYY A; 2YUP A; 2MIO A; 4M7D G; 4L6V 5; 1VQP T; 3JB9 I; 2KRM A; 1PKT A; 1VQ9 A; 1QWF A; 2HMA A; 3C4S A; 4Q5W A; 2BE7 D; 2VAS A; 2DAQ A; 4C5H A; 4N0A C; 1G5V A; 2O31 A; 3FEO A; 5GJV B; 1LVK A; 4FW2 A; 4UC4 A; 3A1P A; 4LDX A; 5GAN 3; 3VS6 A; 1Y07 A; 3CPW A; 1GFC A; 2A37 A; 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