The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
95
|
structure length |
95
|
Chain Sequence |
GSSGSSGAAEVGDDFLGDFVVGERVWVNGVKPGVVQYLGETQFAPGQWAGVVLDDPVGKNDGAVGGVRYFECPALQGIFTRPSKLTRQPSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the 1st CAP-Gly domain in human CLIP-115/CYLN2
rcsb |
| molecule keywords |
CLIP-115
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
9
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WHL A; 1LPL A; 2CP6 A; 2CP0 A; 1TXQ A; 2E3I A; 2HL5 C; 2CP2 A; 1IXD A; 2CP5 A; 1TOV A; 2E3H A; 2QK0 A; 1WHJ A; 2COW A; 2CP7 A; 2Z0W A; 2M02 A; 3E2U A; 2E4H A; 2HL3 A; 2COZ A; 1WHK A; 2HKN A; 2HQH A; 2MPX C; 3RDV A; 1WHM A; 1WHG A; 2CP3 A; 2COY A; 1WHH A; 2HKQ B; 3TQ7 P; 4B6M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DEX A; 1IHV A; 1JU5 C; 1PCX A; 2VXF A; 5HKC A; 2QXF A; 1BK2 A; 2E3H A; 2RI3 A; 2JT4 A; 1D1A A; 4R55 A; 2OTJ T; 3EH1 A; 1QQJ A; 2CYZ B; 2JMA A; 4M77 E; 1QCN A; 3C0C A; 5GAN 6; 3V8J A; 3QO3 A; 1RAG B; 4M77 B; 4N0A A; 3ME9 A; 1QVF P; 1OOT A; 2O4X B; 1OEB A; 3VJP A; 3VS2 A; 4O5V A; 1R0B G; 2XIC A; 3CC7 T; 4J7I A; 3CCL T; 4KT0 E; 3BFM A; 2EIF A; 1G5V A; 1CSK A; 1M3B A; 2RK1 A; 1OUL A; 3FB9 A; 5FU6 C; 1LVK A; 3FIF A; 2AKK A; 2EGA A; 3GF5 A; 5LJ5 e; 5CQX A; 1Y71 A; 4OGE A; 4Z88 A; 3O5Z A; 2QAZ A; 4LUD A; 4KH0 B; 4KUL A; 1CKA A; 2F5T X; 4HVW A; 3TSW A; 1PM3 A; 4E2F B; 3CPW A; 3I9Q A; 3L2R A; 1WXU A; 3D7S B; 4HCK A; 1NBE B; 1M3C A; 2D0Q B; 1NJI C; 4Y91 A; 3QZ5 B; 3OYJ A; 3MET A; 3S3N A; 2E3I A; 4DBH A; 2V1R A; 3RR6 A; 1WJQ A; 4LXC A; 1ZSG A; 1M90 R; 5CK9 A; 3M4Y A; 2NUP B; 2OI3 A; 1G3Y A; 5KCO A; 2RHZ A; 4M7A E; 4HXJ A; 4J9H A; 1FWZ A; 2FVU A; 3UA7 A; 1VQ8 T; 4IKF A; 3FRN A; 2A28 A; 2KE9 A; 2D0N A; 4X1V A; 3MP1 A; 4KUD K; 1E6H A; 2D9T A; 2HMA A; 3GOX A; 2KT8 A; 2A3L A; 3JCM W; 1K0S A; 3CCV A; 1AWO A; 1D3B B; 4L59 A; 3SWN B; 4DA4 A; 3VRZ A; 1UHF A; 2LMJ A; 1QVG S; 4XQ3 A; 3E19 A; 2KRS A; 3OYE A; 1BU1 A; 3TEE A; 2A7Y A; 2LNH B; 1D0Z A; 4R0K A; 2DK3 A; 2QK0 A; 3GIB A; 5GAM h; 4E7S A; 5DM7 R; 2L3R A; 2GBQ A; 2XDD A; 1GCP A; 4OML A; 2A08 A; 4JJC A; 4Q5W A; 4QVD A; 3OW2 S; 4HVV A; 2LDM A; 5LJ3 f; 1YI2 Q; 2CH4 W; 1K73 C; 3GLX A; 2KBT A; 2LC4 A; 2DXB A; 4OB1 B; 2HD0 A; 3ASK A; 2LRQ A; 4XU0 A; 2L3Q A; 5KYU B; 3NTK A; 3G4S A; 2EQK A; 1P92 A; 5CO7 A; 1VQP T; 1Q82 R; 3M56 A; 2YUP A; 3PVQ A; 2CZ7 B; 4OP0 A; 2DTO A; 1B34 A; 2DVJ A; 2FHD A; 3JB9 I; 4JS4 A; 5J39 A; 2HEQ A; 3EG2 A; 2COZ A; 4JUV A; 2X3X D; 1HK9 A; 2JN0 A; 3V7C A; 3QG1 A; 3BY7 A; 2RHI A; 3CCM A; 2AT1 B; 4XU2 A; 4N4H A; 1MUZ A; 3EFS A; 3CCS Q; 1VQO T; 1SRL A; 3OBY A; 1IRE B; 5GAN d; 2QA4 Q; 3VKI A; 1QMC A; 2HNI A; 4XTU A; 1VA7 A; 2COW A; 2WSC E; 2ROT A; 2DJQ A; 3CMA T; 3G4S Q; 2ZPB B; 5CQY A; 1KC8 R; 1MHN A; 1M90 U; 2HBP A; 3M0T A; 4FYW B; 2DE0 X; 3OSV A; 3RBB B; 4M75 G; 4M75 C; 1M3A A; 2KEA A; 2FRY A; 2BZ8 A; 4HKE A; 4PNO A; 4MDW A; 3MJX A; 3PTA A; 3RIR A; 1ARK A; 2ZPG B; 2Z0W A; 1BI1 A; 1Q82 C; 3EAE A; 2X4X A; 2R58 A; 4M78 A; 1KQS S; 3PNW C; 3M54 A; 4XTZ A; 2NYS A; 1VQ7 T; 3MEA A; 2AK5 A; 1VQ6 Q; 3ZBD A; 2DET A; 3UA6 A; 3H0H A; 4MML A; 5GJW B; 2LP5 A; 2FPE A; 4LUE A; 2J6F A; 1BB9 A; 4YTL A; 5CKH A; 2V8J A; 1W2B P; 4X9C A; 1X27 A; 1RAH B; 2NUZ A; 1M1K C; 2JM8 A; 2KT1 A; 4C0G A; 3CXC P; 3L2Q A; 2F5K A; 1WZO A; 4OVA A; 3EH2 A; 2VKN A; 4M75 D; 3NHN A; 4EIK A; 4CI0 C; 1RAC B; 1I1J A; 2DBM A; 2C06 A; 1GRI A; 3MEU A; 5GAN 8; 3F70 A; 1QKX A; 3P8B B; 4EMG A; 3P8D A; 1PD0 A; 1QCO A; 1GXI E; 3OYL A; 4QW2 A; 1T0J A; 4M77 F; 3JRZ A; 4F7U E; 1GCQ C; 3PMI A; 4KRT A; 4HT9 A; 4F7U B; 1ZLM A; 4B9X A; 1EX4 A; 4ZN3 A; 2M9U A; 4HCB A; 1YP5 A; 4A4G A; 1E7O A; 3IQL A; 1VQ5 A; 2LQW A; 1ZSZ A; 2X4Y A; 4OB3 B; 1HD3 A; 3M0Q A; 1TH7 A; 4MZM A; 2EW3 A; 3CD6 A; 3RNJ A; 5EC7 A; 1JXM A; 4C8Q F; 2SEM A; 4HCZ A; 3JCM h; 3QZ9 B; 1KSW A; 4GLM A; 1C1A A; 2DYI A; 4KGV B; 3J7A F; 2E5Q A; 2HSE B; 4BI3 A; 2EJG A; 3CCJ T; 4WTO B; 4IUV A; 1KC8 U; 4J9I A; 1H8K A; 2KRN A; 8ATC B; 1KG1 A; 2CSQ A; 2K57 A; 2AZV A; 2GTJ A; 4OB2 B; 4EMH A; 2FRW A; 2EBP A; 2LX9 A; 3QJ6 A; 3OA6 A; 1YIJ A; 2V1Q A; 2EYZ A; 1KHC A; 2LZ6 B; 2EKO A; 1QWF A; 1IHW A; 1VQ5 Q; 4GBQ A; 3CCE A; 2QDL A; 2O01 E; 4L6V 5; 2F2X A; 2O9V A; 3CCU A; 2DIQ A; 2K2V A; 2DIL A; 3CD6 Q; 3DLM A; 2FEI A; 1QVG A; 3UDC A; 1BIA A; 3TQ7 P; 2K2M A; 5D7U A; 1KD1 R; 2J05 A; 2MMP A; 4EMK C; 2E5K A; 2CDT A; 5KYX A; 1FXX A; 4Y92 A; 3X20 B; 1N5Z A; 1C6V X; 4JLI A; 2FZG B; 1YJN T; 3QDR B; 2DF6 A; 1TUC A; 4ELZ C; 2F2W A; 4C92 A; 3CME Q; 4M7A F; 3NPF A; 2HAX A; 4DBR A; 4JRI A; 1DJ7 B; 2ZPH B; 1VQ9 T; 2WSE E; 5FWC A; 3EG0 A; 2L3S A; 2KR3 A; 1T3L A; 2L2P A; 4QVC A; 1I07 A; 4C8Q C; 3CCE Q; 2O88 A; 3MHX A; 1G3T A; 1VQK Q; 1YJW T; 3E9G A; 2VVK A; 2P0P A; 2DEQ A; 4OMP A; 4LDV A; 1A0N B; 5HK0 A; 1NYG A; 1RAD B; 4RTX A; 3HFO A; 1JQQ A; 1WPY A; 2QDY B; 1UJ0 A; 2R57 A; 2DXC A; 1AWJ A; 2DNU A; 4ZNX A; 5ECA A; 5FLX E; 1MV0 B; 1WQW A; 2CP2 A; 1SKU B; 4RTY A; 3A8H B; 3MKD A; 1ACM B; 4II1 A; 2MWP A; 3CBO A; 2OX7 A; 1UGS B; 3I55 T; 2XKO C; 3TU4 K; 2O2O A; 3PT9 A; 4NL3 A; 4J9C A; 4V2S A; 4J6Y A; 3L2V A; 3JCM Q; 1VQ4 T; 5DLO A; 1C0M A; 2HKQ B; 1Q86 C; 1B3Q A; 3H9N A; 4C8Q D; 2NUT A; 3LX7 A; 2EWN A; 2V26 A; 2BZX A; 1WHL A; 5GMK l; 1EIF A; 4JPB W; 5GAO p; 4M75 E; 1VQN T; 1ZBJ A; 4Z8A A; 4RTV A; 2M02 A; 1YWP A; 4PJO C; 3HRS A; 2SRC A; 4QKU A; 3L2U A; 3EFO B; 1W6X A; 2I2L A; 3G71 Q; 4M7D F; 2ZPE B; 1V29 B; 2RI2 A; 4BDY A; 5A0L A; 2EYW A; 1M9S A; 5LJ3 e; 2NUP A; 1KQS A; 2DRM A; 1WA7 A; 4QT7 A; 1PHT A; 1KD1 U; 2B8A A; 1Q7Y R; 1AVZ C; 2BZY A; 4FYX B; 3RKW A; 3E1S A; 2LVM A; 1YJ9 A; 2LNV A; 4IUR A; 1MV3 A; 2L5Q A; 1NPP A; 1D3B A; 2LJ0 A; 4LDW A; 3VS0 A; 1WFW A; 4C5E A; 1I5L A; 1D1B A; 2LJ1 A; 1ABQ A; 1WI7 A; 2OTL A; 4J83 A; 1D0X A; 4FIB A; 4PJO D; 3RKY A; 3JSC A; 2JZ2 A; 1Y0M A; 1U3O A; 3FJ5 A; 3C12 A; 2KMT A; 2RQT A; 1Y96 B; 1GFC A; 2HCK A; 2D8H A; 1UGQ B; 2EJF A; 2QG9 B; 3CCR Q; 1V76 A; 2L8D A; 4KGZ B; 4JZ3 A; 5CKE A; 2FYK A; 1YJ9 Q; 2RQU A; 4IUT A; 2VGN A; 4DBF A; 5GAM j; 4M7D C; 4O6J A; 4JRQ A; 5GAN f; 2JTE A; 4KGX B; 2NLU A; 1Q7Y C; 4FW2 A; 1Z9Q A; 3N5B B; 4DQ2 A; 1VQL Q; 2L0A A; 3L42 A; 3PMT A; 1UB4 A; 1ZUU A; 3PVL A; 1VOM A; 1BI3 A; 1MMA A; 1K9M R; 3CCV T; 2FG0 A; 5LJ5 d; 2JNG A; 1D0Y A; 4J9E A; 2JM9 A; 2PUO B; 3CPW P; 2KRO A; 2RJC A; 5CR2 A; 2K9G A; 3VV0 A; 1WXT A; 5CVI A; 4HCC A; 1X6O A; 4M7D D; 1NJI R; 1JBM A; 4EMK B; 3CC4 A; 2KY9 A; 3A8G B; 4OF1 A; 2DO3 A; 1S72 Q; 4N0A C; 5GMK e; 2XDB A; 1PKT A; 2J06 A; 4RUG A; 4A4K A; 3PGG A; 2RQW A; 1MNE A; 1PC0 A; 2EJ9 A; 5KYY B; 5I11 A; 3X24 B; 2EPD A; 4C8Q E; 3G4S T; 4C8Q B; 3O8V A; 2XU8 A; 2QEX A; 1OPL A; 2P4R A; 3OYA A; 1BYM A; 3PIO A; 2GF7 A; 1VIF A; 1GBR A; 3LGL A; 2F1L A; 3L2W A; 2JJ9 A; 4BDZ A; 1HJD A; 3GP8 A; 3SDZ A; 3CC4 Q; 2EFI A; 3M59 A; 1UJY A; 3HHT B; 1EZZ B; 3CCM T; 1K9M C; 1OU9 A; 1QW1 A; 3ZFJ A; 2IG0 A; 4FL6 A; 3UWN A; 4PLI A; 4BI8 B; 3REB B; 1YHQ Q; 3JCM d; 4XTW A; 2KI7 A; 2VWF A; 1N9R A; 3X28 B; 4BUG A; 2QEX Q; 2M16 A; 4L5G A; 1WLP B; 2XG8 D; 1K73 R; 2PQW A; 3HRT A; 4F7U A; 3EGD A; 1K76 A; 4XU1 A; 2LJ3 A; 5DLQ E; 4M7A B; 5GAM g; 1W4S A; 5FW9 A; 1B7T A; 1VYT A; 4PJO E; 2YUQ A; 3T9N A; 2DMO A; 4PJO B; 1K9M U; 3CCQ A; 1ABO A; 1OI1 A; 3OYK A; 1VQM A; 1UGR B; 1YN8 A; 4IUP A; 2M0Y A; 1YI2 A; 2PVG B; 1WIE A; 4XTY A; 4JDS A; 5A2Q E; 2YRV A; 2ED1 A; 4XK8 E; 2BKD N; 2QGF B; 1HYO A; 1KJW A; 2A37 A; 3C4S A; 5AYF A; 1XOV A; 1NJI U; 4GLK A; 4JS5 A; 4JRP A; 1W2B S; 3U23 A; 2BUD A; 5FU7 C; 3CXC S; 1QCF A; 2EQJ A; 1WJR A; 4M75 F; 4RMO A; 3HKS A; 3JCM b; 3BDU A; 3CCS A; 4OMQ A; 1T0H A; 3CCQ Q; 1AWW A; 2RPN A; 1ZA1 B; 2QA4 A; 1VQM Q; 3I56 A; 2QTV A; 4FT4 A; 2D8J A; 4N4G A; 2LCL A; 3G6E Q; 3OYD A; 1WGS A; 3TSZ A; 2FPF A; 2DKG A; 2YUN A; 2JTM A; 4Z89 A; 4ORZ A; 1SF9 A; 1N9S A; 3EFR A; 5CIU A; 2MCN A; 2DTH A; 2ZCF B; 1VQ5 T; 3H41 A; 3OB9 A; 1SHF A; 3CC2 Q; 3CD6 T; 3MCA B; 7AT1 B; 1FYN A; 2K6D A; 2P84 A; 4MZP A; 2CSI A; 2CZ1 B; 3RKX A; 1RAF B; 1K8A C; 4P5N A; 3GPL A; 3M0P A; 4M7D E; 3R6O A; 2ESW A; 1NLO C; 3CC7 A; 4M7D B; 4F16 A; 1Y07 A; 3JAM E; 1IZ6 A; 2DA9 A; 2YHT A; 1SG5 A; 2VB6 A; 2LX7 A; 3VS5 A; 5IT9 E; 1M1K R; 1ZBX A; 3I56 Q; 1X6B A; 3OYG A; 2CP7 A; 1M2O A; 1OYX A; 2FZK B; 3H0I A; 1K73 U; 1VQ6 A; 2HQH A; 1YIJ T; 2DXT A; 1IRX A; 4LDY A; 4ZTJ A; 5D6Y A; 3CCE T; 4B6M A; 3URG A; 3CCU T; 4D8K A; 3M0S A; 3OS2 A; 4J8O A; 1JJ2 A; 1NE8 A; 4X34 A; 2XK0 A; 2C0T A; 2LT1 A; 3CC7 Q; 2BIV A; 2JS0 A; 5LJ5 h; 2L3P A; 3CCL Q; 4Z02 A; 3M57 A; 4BE1 A; 4NS5 A; 2P0Q A; 4M78 G; 3X25 B; 1X2Q A; 2DZC A; 4C0F A; 5GAN j; 3BDL A; 4FW1 A; 2QQA A; 2DTI A; 4J6X A; 4D8D A; 4BE0 A; 2GQI A; 5GAM f; 3MP8 A; 2V8K A; 1CKB A; 2HKN A; 2K3X A; 1UE9 A; 4IUQ A; 3THK A; 1S1N A; 4ME7 A; 2ABL A; 2GGR A; 3ER0 A; 3QII A; 4JRK A; 1FMV A; 1LCK A; 2CP6 A; 1BIB A; 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5AT1 B; 5HY6 A; 5GAN g; 2O9S A; 4WF2 A; 1QWE A; 4M77 G; 3QYG B; 4M77 A; 1KQS P; 4MDX A; 3VU3 C; 1TWB A; 4FCY A; 3GBQ A; 2PZ1 A; 2O4X A; 2G3R A; 1UG1 A; 5LJ3 d; 3CMA Q; 4LDX A; 2RJE A; 1MND A; 2DL8 A; 3QKJ A; 4ZN1 A; 5GMK i; 3JB9 J; 1AEY A; 1B07 A; 3G71 A; 1M8M A; 4C92 D; 2A36 A; 3KBG A; 3OYB A; 3QXE B; 2KYB A; 3JB9 D; 4PFP A; 2KRM A; 3JCM f; 2K3B A; 2DL7 A; 5KE3 A; 1WNL A; 3RMS A; 3Q1J A; 2CH4 A; 4E7J A; 1N6A A; 3INZ A; 3OYH A; 4K11 A; 5J26 A; 1E6G A; 2RHX A; 2YLC A; 3I5R A; 3NMZ C; 1J3T A; 1SHG A; 1WXB A; 1VQ7 Q; 4MZT A; 1GBQ A; 1RI0 A; 3LGF A; 2DER A; 3CPW S; 2IPO B; 1AOJ A; 4M75 B; 5FWB A; 1M2V B; 3M9Q A; 4E7Z A; 5L23 A; 3EGU A; 2MF2 A; 5GAN 7; 1IGU A; 1YIT A; 2Y90 A; 2GTO A; 1Q95 G; 2OAU A; 3MP6 A; 1IB8 A; 1H3H A; 2MIO A; 1UDL A; 4M7A A; 2ROL A; 2M51 A; 2XID A; 3QBY A; 1QVF S; 2H8H A; 4OMF B; 3CCR A; 1K9A A; 4PJN A; 3VUZ A; 3CCJ A; 1D1C A; 1U5S A; 1NM7 A; 2CUB A; 4PJL A; 2AHJ B; 4BI4 A; 1YFN A; 1Q86 U; 2QEX T; 3E9F A; 2DL4 A; 2KQW A; 3L2Z A; 3EG3 A; 3HL8 A; 1Y7X A; 3PIP A; 4OMO A; 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