The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
KELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLAAAWSHPQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Rapid purification and crystal structure analysis of a small protein carrying two terminal affinity tags
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
13
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-12-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XOV A; 2DL3 A; 2MIO A; 2JM8 A; 2JTE A; 4HXJ A; 2FPE A; 4Z8A A; 1SRM A; 1SHG A; 1UG1 A; 2AZV A; 2IIM A; 2O2O A; 2GNC A; 2GTO A; 3VRY A; 1Y0M A; 1PKT A; 1G83 A; 4R0K A; 3RNJ A; 1UJ0 A; 1AVZ C; 3EHQ A; 4J9G A; 1W1F A; 1AWO A; 1IO6 A; 2DRK A; 4F17 A; 2RF0 A; 4AFZ C; 2L0A A; 4OMM A; 1PKS A; 1FYN A; 3M0Q A; 2F2X A; 3VS4 A; 2KRN A; 1RI9 A; 2NWM A; 1E6H A; 1I0C A; 4LUD A; 4RTZ A; 1K1Z A; 1V1C A; 2MOX A; 2O9S A; 5HCK A; 2LJ3 A; 1SHF A; 2RQR A; 2GQI A; 1K4U S; 1VYV A; 1AZG B; 4A63 B; 4RTW A; 2J6K A; 1AD5 A; 1YWP A; 1WI7 A; 1ZSG A; 1QWE A; 2AK5 A; 2D8J A; 2B86 A; 2LJ0 A; 1GBR A; 1WXB A; 1QLY A; 2DE0 X; 2KEA A; 1A0N B; 4RTU A; 4LE9 A; 2DL8 A; 5IH2 A; 4E6R A; 2KT8 A; 2OI3 A; 3NHN A; 3C0C A; 3NGP A; 2KXC A; 5I22 A; 5IXF A; 5IXB A; 2JW4 A; 2K2M A; 2LQW A; 1X43 A; 1JEG A; 2ENM A; 2EPD A; 2W10 A; 1NM7 A; 4LUE A; 1PNJ A; 1ZUU A; 2LMJ A; 1SPK A; 3H0I A; 4JJC A; 2OJ2 A; 4AFU C; 2LNH B; 2BTT A; 2JMC A; 2EYY A; 3VS3 A; 3QWX X; 2FRW A; 1RLP C; 1ZUY A; 1MV3 A; 1X6G A; 1OOT A; 2J06 A; 5FWB A; 3EG1 A; 1X6B A; 1UHF A; 2HSP A; 1GCQ C; 2MCN A; 2L3P A; 4CC3 A; 1SSH A; 2L3S A; 4LNP A; 2EVR A; 5ECA A; 3GBQ A; 2LQN A; 2SEM A; 1U5S A; 1X69 A; 5IHI A; 2KXD A; 1K0S A; 2D1X A; 3EG2 A; 2LP5 A; 1UEC A; 4D8K A; 1QKW A; 1BB9 A; 2OAW A; 1QCF A; 4IIO A; 2CT3 A; 2KRS A; 5EC7 A; 3M0P A; 2KRM A; 4RTT A; 2J7I A; 1WX6 A; 1NEG A; 3I5S A; 4JJD A; 2O31 A; 1T3S A; 2CT4 A; 2LJ1 A; 2YDL A; 1I07 A; 2JM9 A; 2W0Z A; 4J9E A; 1TUC A; 2JXB A; 1WDX A; 1Y57 A; 2HDA A; 1SEM A; 3KFV A; 1ZX6 A; 4J9H A; 4OMP A; 1PRM C; 1EFN A; 2FPF A; 1HD3 A; 2D0N A; 4FSS A; 1FMK A; 2YUN A; 1VA7 A; 3I9Q A; 2K3B A; 1AZE A; 1X2K A; 3M0S A; 1U3O A; 1E7O A; 1Z9Q A; 4M4Z A; 4J9F A; 3O5Z A; 3VS6 A; 1LCK A; 1ZBJ A; 1M8M A; 2YUQ A; 1WXT A; 2GTJ A; 2C0O A; 3VS5 A; 1W6X A; 2KT1 A; 5L23 A; 1AWJ A; 2AZS A; 4OML A; 4EIK A; 3UAT A; 2RQV A; 1AEY A; 4DEY A; 1K0X A; 4DEX A; 1OEB A; 1I1J A; 1UJY A; 3EHR A; 3U23 A; 1YN8 A; 2L3Q A; 2O9V A; 2VKN A; 4Y92 A; 1JO8 A; 1CKB A; 2PTK A; 1NG2 A; 2LX7 A; 2RN8 A; 2ROT A; 2A28 A; 4OMO A; 2EYW A; 1KSW A; 3TSW A; 4ORZ A; 1E6G A; 2DL5 A; 4F14 A; 1OV3 A; 3IQL A; 4J9C A; 1KIK A; 2GBQ A; 1GBQ A; 2CSQ A; 4D8D A; 3TSZ A; 1YCS B; 2ABL A; 1WLP B; 2K9G A; 2A36 A; 4OMQ A; 2EKH A; 1NYF A; 1HJD A; 1BU1 A; 3QWY A; 1AWX A; 2PZ1 A; 1JXM A; 2DRM A; 1RLQ C; 1UTI A; 3UA7 A; 2HCK A; 3PVQ A; 4ZNX A; 2LCS A; 2DL4 A; 1UDL A; 2NUZ A; 2K6D A; 2I0N A; 1JU5 C; 1J3T A; 3UF4 A; 3M0T A; 1JQQ A; 1WFW A; 4ESR A; 2H8H A; 1GCP A; 2JT4 A; 4K11 A; 2CSI A; 3SHW A; 2DYB A; 2KNB B; 2SRC A; 2RMO A; 3H41 A; 2BZ8 A; 4HCK A; 4RTV A; 2JMA A; 2DX1 A; 3REA B; 2DMO A; 5FWC A; 1X2Q A; 1GCQ A; 2FRY A; 2KE9 A; 1UFF A; 2BZY A; 3EGU A; 1VYT A; 2EQI A; 1GRI A; 2D8H A; 2X3W D; 2ECZ A; 1K76 A; 2RQU A; 2KRO A; 1ARK A; 2RQT A; 1T0J A; 2FG0 A; 1ABO A; 2BZX A; 3PE0 A; 1AOJ A; 2RPN A; 1WA7 A; 2FPD A; 4OMN A; 1NEB A; 2XMF A; 1OPK A; 2DBM A; 2DJQ A; 1WYX A; 2RNA A; 4Z89 A; 1ZLM A; 4HVW A; 2EW3 A; 4RUG A; 5GJW B; 1W70 A; 1UUE A; 3REB B; 3NPF A; 2EYZ A; 1BK2 A; 2J6O A; 1KJW A; 4QT7 A; 2ESW A; 3ZL7 C; 3JV3 A; 2EGA A; 2C0T A; 1VYU A; 2YT6 A; 2JS2 A; 1U06 A; 2CDT A; 4HVV A; 4J9I A; 5GJV B; 2E5K A; 4CC2 A; 2CH4 A; 1K9A A; 2DF6 A; 1N5Z A; 2DNU A; 2YUO A; 1YP5 A; 2ROL A; 1T3L A; 3RBB B; 2KYM A; 1KFZ A; 1ABQ A; 2CH4 W; 1UE9 A; 4AFS C; 1M3C A; 1NLO C; 1PHT A; 2F2V A; 1PWT A; 4Z88 A; 2P4R A; 1PRL C; 4IIM A; 2YSQ A; 4J9D A; 4CC7 A; 1B3Q A; 2EGC A; 1B07 A; 1AWW A; 1Z9Z A; 2DLP A; 1TG0 A; 3UA6 A; 1T0H A; 1ZUK A; 4KRT A; 1M3A A; 2QDL A; 3H0F A; 3H0H A; 2CRE A; 2LZ6 B; 1M3B A; 1QWF A; 2CUB A; 2A08 A; 4J9B A; 2VVK A; 2ED0 A; 2J05 A; 1UHC A; 1YNZ A; 3VS0 A; 1GL5 A; 2M0Y A; 4JZ4 A; 2DVJ A; 4WCI A; 1HSQ A; 1JXO A; 4JPB W; 3EG3 A; 2K79 A; 4AG1 C; 3PVL A; 3THK A; 1M30 A; 1BBZ A; 4RTX A; 2RQW A; 2KGT A; 4JJB A; 2FEI A; 2G6F X; 1TUD A; 4F16 A; 2KR3 A; 2EBP A; 4RTY A; 4JZ3 A; 2F2W A; 1MV0 B; 2KBT A; 1YWO A; 4GBQ A; 2PNI A; 5I11 A; 1NLP C; 2KYB A; 2CUD A; 3CQT A; 3A98 A; 1S1N A; 1X27 A; 1WIE A; 3VS1 A; 1GFD A; 2DA9 A; 1G2B A; 2X3X D; 2V1R A; 1MUZ A; 2J6F A; 3EG0 A; 3VS2 A; 3VS7 A; 1GFC A; 2DM1 A; 2YUP A; 1WXU A; 2A37 A; 3M0R A; 2DIL A; 4CC4 B; 1RUW A; 2HEQ A; 3SEM A; 1CSK A; 2L2P A; 2AKK A; 3TVT A; 2C0I A; 2EYX A; 1QKX A; 2DL7 A; 2HBW A; 4AFQ C; 1H8K A; 3LH5 A; 2ED1 A; 2EGE A; 1CKA A; 4X1V A; 3VRZ A; 2K7A A; 2AKL A; 1M27 C; 1NYG A; 1H92 A; 2VWF A; 2DBK A; 3I5R A; 3I35 A; 1UGV A; 3FJ5 A; 3M0U A; 3NMZ C; 2V1Q A; 5FW9 A; 5IHK A; 5IHN A; 1SRL A; 4AG2 C; 4GLM A; 4LN2 A; 2M51 A; 2O88 A; 3R6N A; 4HVU A; 2JS0 A; 2GGR A; 3ULR B; 1OPL A; 1H3H A; 2FO0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XOV A; 2MI6 A; 2DL3 A; 1QVF A; 3LX7 A; 2AZV A; 1RAB B; 4KGZ B; 2O2O A; 2GNC A; 2GTO A; 4JJN K; 2NUP B; 3G71 A; 1G83 A; 4R0K A; 2VC8 A; 3RNJ A; 1UJ0 A; 2CZ0 B; 1AVZ C; 4J9G A; 1AWO A; 1IO6 A; 2DKG A; 1HYO A; 2L0A A; 2PUK B; 1KC8 C; 1Q86 U; 4M75 B; 2HL3 A; 2P0P A; 1M2V B; 1WQ7 A; 3ZFJ A; 4OVA A; 3MCA B; 4A4G A; 5HK0 A; 5LJ5 f; 2NWM A; 1ZA2 B; 1VQ5 Q; 1K1Z A; 1FWZ A; 5J39 A; 5KH6 A; 2LJ3 A; 2RQR A; 1K4U S; 1VYV A; 2BIV A; 4C92 E; 2J6K A; 1IRE B; 4TVR A; 1Q7Y C; 3QKJ A; 3I55 Q; 4N4I A; 2LJ0 A; 2QQR A; 2YXY A; 2HAX A; 1WXB A; 2LVM A; 4E7S A; 2E12 A; 2QQS A; 2VAS A; 4RTU A; 2YWW A; 4PJO B; 4BB7 A; 2NUT A; 1N8R U; 4PLI A; 3C0C A; 2Z0W A; 5IXF A; 1X6O A; 2ZPG B; 2K2M A; 3T9N A; 4M7A C; 2LQ8 A; 2ENM A; 4HCZ A; 4E7I A; 1IGQ A; 4C0G A; 1M1K C; 1SPK A; 2RJF A; 3H0I A; 2DTI A; 5D6W A; 4FCY A; 4A4K A; 2YRV A; 4AFU C; 3BDL A; 1QQJ A; 5KCO A; 5DM7 R; 4EMG A; 1WJS A; 2FRW A; 2QEX T; 1ZUY A; 5KYX B; 1OOT A; 2E65 A; 2PVD B; 1JJ2 S; 4FL6 A; 1X6B A; 2HSP A; 4HCB A; 2CP6 A; 2L3P A; 5GAN g; 5KE3 A; 4HCC A; 5LJ3 f; 2L3S A; 4DBF A; 3X24 B; 1VQ8 A; 2M1H A; 3JB9 I; 3JB9 J; 3NTH A; 2SEM A; 1U5S A; 5I2M A; 3I56 A; 5IHI A; 5GAN 5; 1K0S A; 5LJ5 d; 2JVV A; 2D1X A; 4D8K A; 1PSE A; 1UEC A; 1QKW A; 2DTH A; 2EJG A; 1RAA B; 1VQ9 T; 2PVG B; 4BDY A; 4RKU E; 3M0P A; 4RTT A; 1YJN Q; 2J7I A; 2OTJ T; 2XKO C; 3V8K A; 1T3S A; 2KVQ G; 1VQ4 T; 2XI9 A; 2CT4 A; 2V8K A; 3CD6 Q; 4J9E A; 4OP0 A; 3OS1 A; 1SEM A; 3ME9 A; 3M59 A; 4J9H A; 1EFN A; 2KK4 A; 2HBP A; 3CC7 Q; 2D6F A; 1VA7 A; 2Y90 A; 1TXQ A; 3CXC A; 1Q86 C; 4PFO A; 2LTO A; 1E7O A; 1Z9Q A; 1R0B G; 3X26 B; 5CIU A; 1MMD A; 4XTZ A; 3G7Z A; 4PJJ A; 3CCS Q; 2C0O A; 5FRM A; 1W6X A; 4CI0 C; 2KT1 A; 3E9G A; 2DEQ A; 4OML A; 4NL2 A; 1AEY A; 1OUL A; 3FJP A; 2E1H A; 3EGX A; 4B9X A; 2NYS A; 1VQ5 T; 2L3Q A; 2O9V A; 1JO8 A; 1MND A; 2LX7 A; 2E10 A; 4IUU A; 2ROT A; 2XU8 A; 2YLB A; 2MK5 A; 3I55 T; 2ZPI B; 2A28 A; 3CBM A; 4ORZ A; 1E6G A; 1JJ2 A; 3EFR A; 4NOY A; 3OYN A; 4OB3 B; 4J9C A; 3CPF A; 3GNG A; 2GBQ A; 3DB3 A; 2F5T X; 2ABL A; 1WLP B; 1G3W A; 1U8R A; 4JLG A; 4OMQ A; 4ZN1 A; 1HJD A; 3QWY A; 1AWX A; 3CCE Q; 1ZSZ A; 3PIO A; 4M75 A; 3SFM A; 3G6E T; 2R5M A; 5GAO q; 3UA7 A; 2HCK A; 3QJ6 A; 2DL4 A; 2NUZ A; 1J3T A; 1W2B S; 1M8V A; 1JQQ A; 1U1S A; 1WFW A; 5A0L A; 2HKQ B; 1YCY A; 2DTO A; 2H8H A; 1GCP A; 2JT4 A; 3MJX A; 2DYB A; 2SRC A; 2RMO A; 2BZ8 A; 2ZGW A; 2EQU A; 4RTV A; 3L2R A; 3PMT A; 2DMO A; 2NLU A; 1X2Q A; 4PJO A; 1GCQ A; 4ZN3 A; 2LX9 A; 4OF1 A; 1G8X A; 4Y28 E; 3DLL A; 3OYJ A; 2X3W D; 3M4Y A; 1K76 A; 1RAG B; 5GAO n; 2KRO A; 1ARK A; 4ZGD B; 5LJ5 g; 1T0J A; 4BE2 A; 3QSU A; 3RIR A; 3M9Q A; 1YHQ T; 1WA7 A; 3OYK A; 1TS9 A; 1NEB A; 2XMF A; 1QVG P; 1RL2 A; 1EX4 A; 2E70 A; 1TTH B; 3P8B B; 3GP8 A; 2DBM A; 1YJN T; 3WVE B; 2HQH A; 2WSF E; 2LNV A; 2F69 A; 4OMF B; 1C1A A; 4M78 B; 4DBR A; 1UUE A; 3PIP A; 3NPF A; 2EYZ A; 1BK2 A; 4EPC A; 2ESW A; 4C5I A; 4DBQ A; 2C0T A; 1ZBX A; 1EZZ B; 3JCM Q; 1U06 A; 4OB2 B; 1KD1 C; 3FLG A; 3QXE B; 1QVP A; 5GJV B; 3JCM b; 1AHJ B; 2CH4 A; 4FSX A; 3TU4 K; 2DF6 A; 5I21 A; 4OGC A; 1MNE A; 3JCM d; 2YUO A; 4C8Q D; 4E7K A; 2EFI A; 3FIF A; 1T3L A; 3EG9 B; 2KYM A; 1KFZ A; 2RM4 A; 3JCM P; 1PHT A; 2HZY A; 4J9D A; 2A3L A; 4RG8 A; 4NS5 A; 4CC7 A; 4JS5 A; 1Q82 U; 3PFS A; 1B07 A; 2ZZD A; 2DLP A; 4PLL A; 2ZPF B; 3J81 E; 4KRT A; 2QDL A; 1KQS P; 4C92 C; 2CRE A; 2LZ6 B; 1QWF A; 4A53 A; 2A08 A; 2WSE E; 1VQK A; 2JN0 A; 4PK4 A; 2VGM A; 2J05 A; 2EWN A; 1ZA1 B; 2E3I A; 4JPB W; 5GAM j; 3CBO A; 2OTL A; 4R55 A; 2KQW A; 2XK0 A; 3THK A; 3OYC A; 1M30 A; 1BBZ A; 3GPL A; 5EG2 A; 4GLK A; 1MMN A; 2FB7 A; 4MMK A; 1V29 B; 4JJB A; 1UB4 A; 3OYB A; 1OX9 A; 2K3Y A; 3E1S A; 4C0D B; 2L8D A; 3MEW A; 2RA2 A; 2A7Y A; 3OW2 P; 2DXU A; 4PJM A; 7AT1 B; 1N6A A; 1YFN A; 4ME7 A; 1YWO A; 2KBT A; 5I11 A; 3CCE T; 3EFO A; 2RB6 A; 3SWN B; 1S1N A; 4XK8 E; 1OPL A; 2HSE B; 1G2B A; 1VQ6 Q; 4J6W A; 3RKW A; 2J6F A; 2DVE A; 3NTK A; 2YRD A; 4M77 A; 2HD0 A; 1N27 A; 2DM1 A; 4J5Y A; 3CC2 A; 1BI3 A; 5FRO A; 1M5Q 1; 2DIQ A; 1RUW A; 3JCM X; 1PSF A; 4C8Q F; 2EYX A; 4OB0 B; 4C8Q G; 2DL7 A; 4M7D B; 2ED1 A; 3QDF A; 5CKB A; 5CO7 A; 3VRZ A; 1VQP Q; 2AKL A; 1R0C B; 4PNO A; 1H92 A; 1KG1 A; 1LOJ A; 1O9S A; 1VQL A; 2VWF A; 3OYG A; 3I5R A; 3M0U A; 1VQ8 T; 3RMS A; 5IHN A; 3LGL A; 4E7Z A; 4AG2 C; 4GLM A; 1D09 B; 4LN2 A; 3CBP A; 1NJI R; 2O88 A; 2JS0 A; 2L5Q A; 2OAU A; 2GGR A; 2HKN A; 3ULR B; 2FO0 A; 2CP0 A; 2DAQ A; 2HQX A; 2NUT B; 2X51 A; 4A4F A; 2DEU A; 4HXJ A; 4JDS A; 2CS7 A; 1OZ2 A; 4Z8A A; 3ER0 A; 1SRM A; 2IIM A; 2LT4 A; 3VRY A; 2RHX A; 5GAN h; 2L89 A; 1BI2 A; 1K73 R; 1W1F A; 1PC0 A; 4F17 A; 2RF0 A; 4KUD K; 2RH2 A; 4GY5 A; 1PKS A; 4M75 F; 1Q82 C; 3JCM g; 5AT1 B; 4MZT A; 3GIB A; 2F2X A; 3VS4 A; 4J6X A; 2VB6 A; 4EMK C; 2P84 A; 1I0C A; 3VYG A; 4LUD A; 3X28 B; 2O9S A; 5HCK A; 1QCN A; 1AZG B; 4A63 B; 2YRC A; 4M78 A; 5GAM d; 2DE0 X; 2EIF A; 1TSF A; 4PJO F; 1A0N B; 4LE9 A; 2DL8 A; 1NBE B; 1QCO A; 4E6R A; 2KT8 A; 4IKF A; 2MPX C; 1WPY A; 4X9C A; 2DIG A; 2QGF B; 3MPU B; 3UWN A; 4F7U G; 3EG9 A; 1JEG A; 1R77 A; 3CCM Q; 2EPD A; 2COY A; 3BE3 A; 1PNJ A; 2LMJ A; 2QEX Q; 5LL6 S; 2V26 A; 4M7A A; 3G1J A; 2DO3 A; 4JJC A; 1YIJ A; 3HRT A; 2LNH B; 4BD3 A; 5GAN 3; 2K5I A; 2EJF A; 2BTT A; 3G4S Q; 2EYY A; 2QQB A; 3MKD A; 1AT1 B; 2CKK A; 3J80 E; 1TU0 B; 1MV3 A; 1VQO Q; 2RK1 A; 4LDX A; 3EG1 A; 4F04 B; 2YLC A; 3LH0 A; 3OYL A; 2E5Q A; 4LNP A; 3CPW P; 5ECA A; 3GBQ A; 1VQ9 Q; 4II1 A; 4HT8 A; 1K8A R; 2OTJ Q; 1MGQ A; 1SSF A; 2GF7 A; 1PD0 A; 4IIO A; 3NFC A; 3M56 A; 5D7U A; 1NJI U; 3SWN A; 2CZ1 B; 3QYH B; 4JJD A; 4VUB A; 2O31 A; 2R57 A; 4KUL A; 2EQK A; 2JM9 A; 2W0Z A; 3E2U A; 1TUC A; 1WDX A; 5CAI A; 4L6V 5; 2QQA A; 4JRP A; 1ZX6 A; 2OX7 A; 1VQ7 Q; 2BUD A; 1TOV A; 3CCQ Q; 1VQN Q; 4MDW A; 1K73 U; 3I9Q A; 1AZE A; 2K57 A; 3RES A; 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