The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
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sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
MKAARLKFDFQAQSPKELTLQKGDIVYIHKEVDKNWLEGEHHGRLGIFPANYVEVLPLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Solution structure of the first SH3 domain of human vinexin and its interaction with vinculin peptides
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vinexin
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| total genus |
2
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-11-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5L23 A; 3VS7 A; 2J05 A; 1RI9 A; 1WDX A; 2RNA A; 4HVV A; 3TSZ A; 1Z9Q A; 1PNJ A; 2A08 A; 1ZX6 A; 1UG1 A; 2CT3 A; 3M0S A; 4RTV A; 1OPL A; 4AFZ C; 1OPK A; 1J3T A; 5IHN A; 2EKH A; 2AZV A; 3VS4 A; 1GFD A; 1IO6 A; 2KEA A; 4F14 A; 5IXB A; 2I0N A; 2HSP A; 2EYX A; 4QT7 A; 1QKW A; 2AZS A; 1FMK A; 2J6F A; 4RUG A; 2JMA A; 1U06 A; 1BK2 A; 2YUO A; 5ECA A; 2JM8 A; 4OMQ A; 2EGE A; 1W1F A; 2O9V A; 1AWW A; 1RUW A; 1QCF A; 3TVT A; 3EGU A; 3IQL A; 3REA B; 5GJV B; 4OMP A; 3QWY A; 2HCK A; 1WIE A; 3RBB B; 3QWX X; 2EVR A; 1UJ0 A; 4CC2 A; 3TSW A; 2DBK A; 3KFV A; 4LE9 A; 4RTX A; 2CH4 A; 2J06 A; 1X6G A; 1TG0 A; 1S1N A; 3PE0 A; 1ARK A; 2RQU A; 2DL4 A; 1T3L A; 1ZLM A; 4D8K A; 3UA6 A; 2AKL A; 4KRT A; 1UHC A; 1QWF A; 2ROL A; 2YUQ A; 2DLP A; 3I5S A; 3NGP A; 4A63 B; 4Y92 A; 2CH4 W; 3ULR B; 3H0F A; 1VYV A; 2G6F X; 1NEG A; 1M3B A; 2FG0 A; 1X69 A; 3REB B; 1PWT A; 2KT1 A; 5EC7 A; 2FEI A; 2DL5 A; 2DF6 A; 2RQW A; 1AWO A; 4HVU A; 3PVQ A; 2LJ1 A; 3M0P A; 4LN2 A; 2IIM A; 2JM9 A; 4E6R A; 3NPF A; 2YUP A; 2RQV A; 1FYN A; 1ZBJ A; 2FRY A; 2X3W D; 3C0C A; 2K79 A; 4JJD A; 5IH2 A; 2JXB A; 2CUB A; 3CQT A; 2LZ6 B; 2FPE A; 4IIO A; 3VRZ A; 2JTE A; 1HSQ A; 2A28 A; 4HXJ A; 4J9H A; 4J9G A; 2DVJ A; 2RQR A; 1UGV A; 2LJ3 A; 4GBQ A; 4JJC A; 4HCK A; 2OJ2 A; 1WYX A; 1SSH A; 1N5Z A; 3EHR A; 2VVK A; 1OOT A; 2V1R A; 1JU5 C; 2XMF A; 1E6H A; 3VS6 A; 4CC4 B; 1CSK A; 1M3C A; 2L3P A; 4R0K A; 2JS2 A; 3R6N A; 3H0I A; 4ESR A; 2ABL A; 1K0X A; 1K9A A; 5IHI A; 1Y57 A; 2O9S A; 1TUC A; 1WFW A; 4Z88 A; 4JJB A; 2DBM A; 3EHQ A; 1U3O A; 2L3Q A; 5FWB A; 2O2O A; 4Z89 A; 2GGR A; 1PRM C; 2AK5 A; 1I07 A; 4RTT A; 2EBP A; 2QDL A; 1OEB A; 2KGT A; 1G83 A; 2D8H A; 2D1X A; 1E7O A; 2LQN A; 4FSS A; 2PNI A; 1WXT A; 2K9G A; 2LNH B; 2L3S A; 1ZUK A; 5I22 A; 1QWE A; 1UEC A; 2GTO A; 1NLO C; 2KT8 A; 2CT4 A; 4CC7 A; 1PKS A; 3VS2 A; 3VS1 A; 3VS0 A; 1B07 A; 1CKB A; 3NHN A; 1VYU A; 4J9C A; 2OI3 A; 4J9B A; 1A0N B; 2DRM A; 1NM7 A; 5I11 A; 2BZ8 A; 2HDA A; 2W10 A; 4J9D A; 1W6X A; 1NEB A; 2C0T A; 2X3X D; 3EG0 A; 1K0S A; 1NYG A; 1I1J A; 2LJ0 A; 1E6G A; 2OAW A; 4J9E A; 5IHK A; 1PHT A; 2FRW A; 1WI7 A; 2M51 A; 2ECZ A; 2EYW A; 2YDL A; 4EIK A; 2BTT A; 2MOX A; 3O5Z A; 2J6K A; 2JS0 A; 4OMN A; 2J7I A; 2LCS A; 2DMO A; 1T0J A; 2KXD A; 2DJQ A; 1XOV A; 1SEM A; 1BB9 A; 1QLY A; 4RTU A; 3M0T A; 1SHG A; 2ESW A; 1WXU A; 1UJY A; 1EFN A; 3SHW A; 2DL7 A; 1YCS B; 2PZ1 A; 2LP5 A; 2BZY A; 2P4R A; 2PTK A; 4M4Z A; 1T0H A; 2KE9 A; 1JQQ A; 2KRN A; 2L0A A; 2EQI A; 4JPB W; 1X43 A; 1ZSG A; 2LX7 A; 3GBQ A; 2V1Q A; 1HJD A; 2CDT A; 1U5S A; 1VYT A; 1YWO A; 2W0Z A; 2HBW A; 2DL8 A; 2VKN A; 1GRI A; 3THK A; 1JEG A; 1GL5 A; 2K7A A; 1UTI A; 1X2K A; 1GCP A; 2NUZ A; 3I5R A; 4AG2 C; 1Y0M A; 1UE9 A; 2DA9 A; 2KRS A; 3UA7 A; 1TUD A; 1UHF A; 3FJ5 A; 2C0O A; 1KFZ A; 4DEX A; 1M27 C; 3UF4 A; 1M8M A; 4Z8A A; 1YWP A; 4WCI A; 4X1V A; 3UAT A; 2F2V A; 2EYZ A; 2D8J A; 2SEM A; 2CUD A; 1JXM A; 2JW4 A; 1VA7 A; 2K3B A; 1HD3 A; 2FO0 A; 3U23 A; 1AWJ A; 4OML A; 1SPK A; 1YNZ A; 2EYY A; 2J6O A; 4AFQ C; 4GLM A; 3I35 A; 2A36 A; 3M0U A; 4J9F A; 1BU1 A; 2K6D A; 2A37 A; 1G2B A; 4LNP A; 1WX6 A; 2F2W A; 1KIK A; 1AEY A; 1AZG B; 2DRK A; 1V1C A; 2DIL A; 2DYB A; 2YT6 A; 2MCN A; 1M3A A; 1KJW A; 1X27 A; 1ABO A; 4LUD A; 4ORZ A; 3RNJ A; 4ZNX A; 2DL3 A; 4RTZ A; 2FPD A; 2ED0 A; 1AZE A; 1QKX A; 1PRL C; 1GCQ C; 2RPN A; 1T3S A; 2NWM A; 4RTY A; 3VS3 A; 3VS5 A; 2HEQ A; 2MIO A; 1WA7 A; 2RMO A; 3JV3 A; 2GNC A; 2KBT A; 2H8H A; 1H8K A; 2B86 A; 1SRM A; 1KSW A; 3H0H A; 3H41 A; 2DX1 A; 3ZL7 C; 1AVZ C; 2KRO A; 4RTW A; 4JZ4 A; 3M0Q A; 2EW3 A; 5FWC A; 1AD5 A; 1RLP C; 2M0Y A; 2EGC A; 1PKT A; 2KRM A; 1SRL A; 1ZUY A; 5HCK A; 2RF0 A; 1YP5 A; 3SEM A; 1X2Q A; 2GQI A; 1H3H A; 1K4U S; 4IIM A; 4OMM A; 1MV3 A; 2CSQ A; 1ZUU A; 2ENM A; 3EG3 A; 4DEY A; 2L2P A; 2DM1 A; 4AFU C; 3I9Q A; 1SHF A; 1GFC A; 2C0I A; 2KNB B; 4J9I A; 1MUZ A; 5FW9 A; 1W70 A; 2SRC A; 2CRE A; 1RLQ C; 1I0C A; 2VWF A; 1CKA A; 1BBZ A; 2EGA A; 3A98 A; 2GTJ A; 2YSQ A; 2KYM A; 4AG1 C; 1NLP C; 2LMJ A; 5GJW B; 2O31 A; 2JT4 A; 3NMZ C; 2ROT A; 1JXO A; 1K76 A; 2YUN A; 2RN8 A; 4D8D A; 1ABQ A; 1LCK A; 4AFS C; 4CC3 A; 1UUE A; 1Z9Z A; 2RQT A; 2BZX A; 1AWX A; 2F2X A; 4F16 A; 1M30 A; 1UFF A; 1OV3 A; 5IXF A; 1GBQ A; 1K1Z A; 4F17 A; 1WLP B; 1NYF A; 2ED1 A; 2CSI A; 2EPD A; 2DE0 X; 4OMO A; 4JZ3 A; 2K2M A; 3PVL A; 2AKK A; 1AOJ A; 1B3Q A; 2E5K A; 1X6B A; 2D0N A; 3EG2 A; 2GBQ A; 1MV0 B; 2KXC A; 3VRY A; 4K11 A; 2KR3 A; 4LUE A; 2FPF A; 2DNU A; 4HVW A; 1UDL A; 3M0R A; 3LH5 A; 1GCQ A; 2KYB A; 2JMC A; 2LQW A; 2O88 A; 1H92 A; 1GBR A; 1YN8 A; 1WXB A; 3EG1 A; 1NG2 A; 1JO8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J05 A; 5LJ3 g; 4HVV A; 4NL2 A; 3JCM X; 4Q5W A; 2BUD A; 4C92 D; 1PNJ A; 1WQW A; 4J6X A; 4QVC A; 4BD3 A; 2CT3 A; 5CKF A; 1J3T A; 2EKH A; 3CCR T; 1IO6 A; 4A4K A; 5L8R E; 2HSP A; 2A7Y A; 1QKW A; 1FMK A; 1Y71 A; 2JMA A; 2R58 A; 1BK2 A; 1QP2 A; 5LJ5 h; 4OMQ A; 4GY5 A; 5DM7 R; 2O9V A; 1IXD A; 2QK0 A; 1IRE B; 2Y4X A; 2AIR B; 4PJN A; 3HFN A; 5GJV B; 3J80 E; 2DXC A; 2EVR A; 1UJ0 A; 3G71 T; 5EG2 A; 2CKK A; 5CVI A; 2K2V A; 3KFV A; 1X6G A; 1TG0 A; 1S1N A; 1EX4 A; 3RDV A; 3OYA A; 5FRO A; 3QHS A; 1X6O A; 3CD6 Q; 1ARK A; 2DL4 A; 5FLX E; 1KG1 A; 3DKM A; 2E1H A; 5LL6 S; 2R5M A; 2AT1 B; 4ZTF A; 3FIF A; 3M58 A; 2IVW A; 4D8K A; 1NJI U; 1C1A A; 4BUG A; 3HHT B; 2YUQ A; 2ROL A; 4DA4 A; 3CCL T; 3NTH A; 3NGP A; 1HXD A; 3D7S B; 2CH4 W; 3CCQ Q; 1Y96 A; 2P4T A; 3CCM A; 4DOW A; 1NEG A; 2FG0 A; 3KBG A; 1X69 A; 4C92 B; 1VQP Q; 2KT1 A; 3P8H A; 4L59 A; 2DL5 A; 3TQ7 P; 2CZ7 B; 3CC7 T; 4N0A C; 4X34 A; 2IIM A; 1M8V A; 3DLL A; 3URG A; 1K73 U; 2JM9 A; 3NPF A; 3PFS A; 1K8A R; 1FYN A; 1ZBJ A; 3C0C A; 1KD1 U; 1IRX A; 4JJD A; 5IH2 A; 2CUB A; 4J8O A; 2RHZ A; 3VRZ A; 2JTF A; 2A28 A; 3EFO B; 4HXJ A; 4JJC A; 1UGV A; 1BYM A; 3A5Z B; 2OJ2 A; 1SSH A; 1N5Z A; 1OOT A; 3CPF A; 1MMD A; 3OA6 A; 5D7U A; 1QVF S; 3JB9 I; 1M3C A; 4R0K A; 2JS2 A; 5GAN 8; 5I21 A; 2DEQ A; 1K9A A; 2RD1 A; 1W4S A; 3QJY A; 4DOV A; 3A8M B; 3N5B B; 1WFW A; 3SFM A; 4Z88 A; 3CBP A; 2QA4 Q; 3DB4 A; 4OMF B; 1U3O A; 4XK8 E; 3L42 A; 3OYB A; 5GAN 6; 3GNG A; 1PRM C; 2DZ9 A; 2AK5 A; 1RAB B; 4RTT A; 5KCO A; 2EBP A; 2EJG A; 1NBE B; 3CEY A; 1C6V X; 3SWN B; 5GAO r; 1G83 A; 2HQE A; 3CCS A; 2PNI A; 2RJC A; 1WXT A; 2M16 A; 5CO7 A; 1KC8 C; 1BI2 A; 1ZUK A; 4FSX A; 4M7D D; 2KT8 A; 5GMK j; 2CT4 A; 4CC7 A; 4IUV A; 1BI0 A; 3VS2 A; 1YJN Q; 3VS1 A; 1MGQ A; 5C0M A; 3NHN A; 2CP2 A; 1ZHI A; 3BY7 A; 1VYU A; 3G71 A; 3JB9 G; 4FYY B; 1RAG B; 2DRM A; 2QDY B; 4BE1 A; 2EQU A; 2W10 A; 3RES A; 2OTL T; 2X3X D; 4DBF A; 2LJ0 A; 1E6G A; 1I81 A; 1S72 Q; 1TH7 A; 3CCL A; 5KYU B; 3CME T; 2MOX A; 2J7I A; 3PMI A; 2DJQ A; 5CQX A; 4PFO A; 2VC8 A; 3CC7 A; 4RTU A; 2ESW A; 1UJY A; 1EFN A; 1IB8 A; 2K5L A; 3SHW A; 3FJP A; 1PSE A; 2PTK A; 4C92 C; 2P84 A; 1VUB A; 2X51 A; 3HKS A; 3LWI A; 1X43 A; 5GMK i; 3L2V A; 4M7D B; 3GBQ A; 1M5Q 1; 2RI3 A; 5AT1 B; 1HJD A; 1QVG P; 2CDT A; 2RH2 A; 4X9C A; 1K9M R; 1VQK T; 4E7H A; 1XTD A; 3DLM A; 4OB1 B; 2E41 A; 2DL8 A; 2HKN A; 3THK A; 4EMH A; 4RG8 A; 5GAN h; 3OS2 A; 2MI6 A; 1UTI A; 3CBM A; 1SF9 A; 1X2K A; 3EGD A; 1IHV A; 1GCP A; 4AG2 C; 3UA7 A; 4X9D A; 1BKB A; 2NLU A; 2C0O A; 1K8A U; 3V7S A; 4DEX A; 2L89 A; 2RHY A; 2K4Y A; 3QO3 A; 5I2M A; 1G3W A; 4WF2 A; 4E7I A; 5LJ3 e; 4BDY A; 1IGU A; 2F2V A; 5DLO A; 2CUD A; 1WGS A; 4XTW A; 1Q81 C; 1VQL Q; 2FZC B; 5CKD A; 1VQ7 Q; 4OML A; 2NYS A; 4DBR A; 1SPK A; 1YNZ A; 1YJW A; 4GLM A; 3RMS A; 1PC0 A; 2MYS A; 3CC4 T; 2A37 A; 4M77 A; 3OBW A; 1YIJ Q; 1V1C A; 4F7U E; 2YT6 A; 3CBO A; 1KQ2 A; 5A2Q E; 3SWN C; 3EGX A; 4F7U F; 2LT1 A; 2HQH A; 1M90 C; 1X27 A; 1ABO A; 4LUD A; 3EG9 A; 3CXC P; 4M7A E; 1G5V A; 2FPD A; 1GCQ C; 1IZ6 A; 3VYH B; 3MO8 A; 4M7A F; 4PJM A; 3VS3 A; 4A4E A; 2ZCF B; 2LQ8 A; 3G6E T; 1NZ9 A; 2HBP A; 5LJ3 j; 1G3T A; 3OYL A; 2MF2 A; 4EMG A; 4C92 G; 4C8Q A; 2B86 A; 5KYW B; 4M78 D; 4QQD A; 3OY9 A; 1OX9 A; 4M75 D; 1M2V B; 4RG2 A; 4RTW A; 5GAM e; 3CME A; 1RLP C; 2M0Y A; 1RAE B; 1QCO A; 2DD4 A; 1SRL A; 5GMK m; 3CXC A; 1W2B A; 1ZUY A; 1O9S A; 1X2Q A; 2V8K A; 3OB9 A; 2V8I A; 2X4X A; 1MMG A; 1ZUU A; 4DEY A; 2L2P A; 2DM1 A; 2NUP B; 4AFU C; 4O5V A; 5KCH A; 5FW9 A; 2E3H A; 1I0C A; 1BBZ A; 3QJ6 A; 1K73 C; 2GTJ A; 2YSQ A; 2XK0 A; 3X24 B; 3OYE A; 4DQ2 A; 2CP0 A; 2LMJ A; 1VQK A; 5C6S A; 3LX7 A; 1KD1 C; 1U8R A; 2VXF A; 1K76 A; 1ACM B; 3UPU A; 4M7D C; 2RHI A; 3CCR Q; 3SDZ A; 1ABQ A; 1N8R R; 1LCK A; 2RQT A; 5GAM j; 1OQK A; 2F2X A; 4CRI A; 7AT1 B; 2KVQ G; 2QQR A; 2PVG B; 3JCM f; 2ED1 A; 2KI7 A; 3MCA B; 5D6Y A; 4M75 B; 3G71 Q; 1K9M U; 4OVA A; 1JB0 E; 2K2M A; 3PVL A; 4MDW A; 3GF5 A; 2XHC A; 1AOJ A; 1B3Q A; 3CMA Q; 2D0N A; 3EG2 A; 2GBQ A; 3CC4 A; 5KYX B; 1VQ8 Q; 5LJ5 e; 2KXC A; 3VRY A; 2F69 A; 4M7D F; 4PJL A; 2MK5 A; 4JUV A; 4HVW A; 1UDL A; 3M0R A; 3LH5 A; 1JJ2 A; 2NUT A; 2LQW A; 3OYF A; 3UT1 A; 1YHQ T; 1GBR A; 3JB9 D; 1H92 A; 2VXE A; 1I5L A; 3VS7 A; 3QII A; 1RI9 A; 1M2O A; 1WDX A; 2RNA A; 3TSZ A; 4RMO A; 4NS5 A; 2LX9 A; 1FXX A; 3CC7 Q; 3QSU A; 3G6E A; 3CPW S; 1VQM T; 1UG1 A; 3I55 T; 4RTV A; 2QEX T; 1OU9 A; 4OB3 B; 1AT1 B; 2XDP A; 4F14 A; 3HSB A; 4QT7 A; 2AZS A; 5GAN 7; 2JNG A; 4RUG A; 2KAF A; 4MZP A; 3MEU A; 2CZ1 B; 2FVU A; 8ATC B; 2YUO A; 4JS4 A; 4J7I A; 3MEA A; 3TRE A; 2EGE A; 1W1F A; 4A4H A; 5LJ5 j; 3EGU A; 1NJI R; 2HZY A; 3LLR A; 1VQN T; 4PJO E; 2DXB A; 3L2Z A; 3RBB B; 5GAN f; 4PJO F; 2DBK A; 4RTX A; 4IKF A; 2CH4 A; 1MNE A; 2RHU A; 5J39 A; 2RQU A; 2V26 A; 1T3L A; 4E7J A; 1MND A; 1ZLM A; 3P8B B; 3MEV A; 5IAY A; 3NTK A; 1XJW B; 5A0G A; 1PSF A; 5AYF A; 2FZK B; 1UHC A; 5D6X A; 2GF7 A; 2DLP A; 3I5S A; 4A63 B; 2LVM A; 4Y92 A; 1YJ9 Q; 3OS5 A; 3J81 E; 2JTM A; 3REB B; 1PWT A; 1R8O B; 1TWB A; 3PTA A; 5KE2 A; 2GQV A; 5EC7 A; 4C8Q E; 3WVD B; 2EQK A; 4HVU A; 2LJ1 A; 5FU7 B; 4C8Q F; 5KYY B; 4Z02 A; 4E6R A; 2YUP A; 1NPP A; 2FB7 A; 2FRY A; 3M4G A; 1K8A C; 3C94 A; 2C06 A; 4HA8 A; 4JRK A; 3QKJ A; 2LTO A; 2HNI A; 1QMC A; 3C95 A; 2JTE A; 2QAS A; 3J7A F; 4J9H A; 4ZGJ B; 3RKW A; 4GBQ A; 4M78 C; 2YRV A; 2OTL Q; 4O6J A; 4M75 C; 1PG5 B; 2HAX A; 4MZM A; 2DJZ A; 5LJ3 d; 3VS6 A; 2A3L A; 5GAO l; 1CSK A; 3FLG A; 2P0K A; 3RIR A; 1KK7 A; 4XAX B; 1K0X A; 5D6W A; 4M77 G; 5IHI A; 1Y57 A; 1VQ5 Q; 2DBM A; 4PFZ A; 2K3Y A; 1ZSZ B; 3EFS A; 2O2O A; 1D0Z A; 2BE7 D; 3VUB A; 1WHJ A; 2L3R A; 3VV0 A; 4CI0 C; 1YCY A; 3FEO A; 1VQM A; 3I55 A; 3CCV T; 2RM4 A; 2HL5 C; 2DO3 A; 4FIB A; 2QEX A; 2K57 A; 1LNX A; 2OTJ T; 2EFI A; 3G4S Q; 2D1X A; 1KHI A; 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