The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
GSSGSSGGTAVARYNFAARDMRELSLREGDVVRIYSRIGGDQGWWKGETNGRIGWFPSTYVEEEGIQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human protein vav-2
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Protein vav-2
|
| total genus |
7
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CC7 A; 2DJQ A; 3M0U A; 2NUZ A; 4RTY A; 4Z8A A; 1T0J A; 2JM8 A; 1RUW A; 2RPN A; 1M3A A; 1UDL A; 2FEI A; 1QCF A; 1B07 A; 2KE9 A; 3A98 A; 4IIM A; 2CUB A; 1QWE A; 2DYB A; 2GGR A; 4LN2 A; 1E7O A; 2CH4 W; 4RTZ A; 2CSQ A; 5I11 A; 2AKK A; 1I1J A; 2RN8 A; 3NHN A; 2ECZ A; 1AEY A; 1K76 A; 1SEM A; 1T3S A; 2J6F A; 3REA B; 2A36 A; 1IO6 A; 3EG1 A; 1QLY A; 1YCS B; 4OMM A; 3UA7 A; 1E6H A; 2YSQ A; 1YNZ A; 1WXB A; 4AG1 C; 1K0S A; 1WLP B; 4HVV A; 3PE0 A; 3PVQ A; 3VS6 A; 4JJC A; 2DL8 A; 3VRY A; 2LJ0 A; 1NYG A; 2YUP A; 1NYF A; 1WIE A; 1U3O A; 2EGC A; 4RTU A; 1ZX6 A; 5ECA A; 2J05 A; 2EGA A; 2HSP A; 1AOJ A; 5EC7 A; 2O9S A; 2KRO A; 2EYX A; 2JW4 A; 2ENM A; 1G83 A; 2RQV A; 4Z88 A; 1ZUK A; 3TSW A; 1FYN A; 2JMA A; 1M3B A; 2A28 A; 3H41 A; 2KBT A; 1W6X A; 2FPF A; 2VKN A; 1PWT A; 2JTE A; 2W0Z A; 1N5Z A; 1GBR A; 3PVL A; 2M0Y A; 1UJY A; 4DEY A; 5IXF A; 3ZL7 C; 4F17 A; 2MOX A; 4OMO A; 1UGV A; 4OMQ A; 3SHW A; 3NGP A; 4EIK A; 1WXT A; 1MV0 B; 3IQL A; 3VS7 A; 2K6D A; 3TVT A; 2DRM A; 3RBB B; 3I35 A; 1AD5 A; 1I0C A; 2EVR A; 2JS2 A; 2A08 A; 2K9G A; 2AKL A; 2KYB A; 4ESR A; 2QDL A; 4E6R A; 1H92 A; 1AZG B; 2RNA A; 3M0R A; 2L3P A; 2DL5 A; 1HD3 A; 2J6K A; 2L2P A; 1EFN A; 2FG0 A; 1SHF A; 2FPD A; 3M0P A; 1ZSG A; 1WI7 A; 1BK2 A; 2MIO A; 2V1Q A; 4OML A; 2KRM A; 2CT3 A; 1GFC A; 2D1X A; 1PHT A; 3ULR B; 2RQW A; 2ROL A; 2I0N A; 3I5S A; 1VYT A; 2LQN A; 4AFU C; 3EG3 A; 4KRT A; 3SEM A; 1X2K A; 4HVU A; 1OPK A; 2C0T A; 3VS4 A; 2AK5 A; 1QWF A; 3EG0 A; 2FO0 A; 2DL4 A; 3CQT A; 2P4R A; 1AWX A; 1FMK A; 2D8J A; 4JZ4 A; 1W1F A; 4ZNX A; 1K9A A; 5IHN A; 2OJ2 A; 5IHI A; 2YUN A; 4K11 A; 2K79 A; 3LH5 A; 4LUD A; 2D8H A; 4J9I A; 4M4Z A; 4Y92 A; 1AZE A; 4ORZ A; 2B86 A; 5FWC A; 1ZUY A; 1RI9 A; 1ABQ A; 1LCK A; 3FJ5 A; 1PRL C; 1VYU A; 2KRS A; 2X3X D; 1ZLM A; 1TG0 A; 2YUO A; 5I22 A; 3EG2 A; 2PZ1 A; 2YT6 A; 4J9C A; 1GCQ C; 2KYM A; 1NLO C; 2M51 A; 2E5K A; 1J3T A; 1X27 A; 3THK A; 4HXJ A; 2GTO A; 1K0X A; 4CC4 B; 1Z9Q A; 2L0A A; 3QWX X; 2DIL A; 3QWY A; 2LZ6 B; 3O5Z A; 1GL5 A; 4J9H A; 4WCI A; 1AVZ C; 1AWJ A; 2LCS A; 1ZUU A; 2RQT A; 1WXU A; 1WX6 A; 2HBW A; 2LMJ A; 2JXB A; 1WFW A; 2LJ1 A; 1TUD A; 4IIO A; 1H8K A; 1E6G A; 1Y0M A; 1UTI A; 4HVW A; 1JXO A; 2K7A A; 1AWO A; 2BZX A; 2GNC A; 4RTX A; 4RUG A; 3TSZ A; 4CC3 A; 3VRZ A; 2H8H A; 3VS5 A; 1HJD A; 1KJW A; 1G2B A; 2DNU A; 4RTW A; 2C0I A; 2LQW A; 4JZ3 A; 2X3W D; 2RQR A; 2LNH B; 2EBP A; 2JMC A; 3I9Q A; 3NPF A; 1WA7 A; 3GBQ A; 1MV3 A; 4JJB A; 2KGT A; 2CUD A; 2EW3 A; 1PRM C; 2KEA A; 4FSS A; 1NEG A; 1M27 C; 1OEB A; 1YP5 A; 1SPK A; 2DLP A; 2AZS A; 1U06 A; 1JU5 C; 1NM7 A; 1RLQ C; 1NLP C; 4F16 A; 1CSK A; 2HDA A; 2KXC A; 1PKT A; 2O88 A; 3EGU A; 3UA6 A; 1VA7 A; 2L3Q A; 2KXD A; 2BZ8 A; 1YWO A; 2FRW A; 2EPD A; 2KNB B; 2RF0 A; 1PNJ A; 4JJD A; 1GCQ A; 2EGE A; 1JXM A; 2SEM A; 1AWW A; 4F14 A; 2PNI A; 2J6O A; 2EYY A; 2KT1 A; 1ARK A; 1NEB A; 2C0O A; 4LNP A; 4DEX A; 3U23 A; 5FWB A; 4AFQ C; 3C0C A; 1ZBJ A; 2F2W A; 2KT8 A; 2A37 A; 2J7I A; 1Y57 A; 4HCK A; 1JEG A; 2DVJ A; 2ESW A; 4OMP A; 1UEC A; 5HCK A; 2DBK A; 5IHK A; 1M3C A; 3I5R A; 1WYX A; 2XMF A; 4RTV A; 1W70 A; 1CKA A; 3JV3 A; 4R0K A; 4QT7 A; 2SRC A; 1TUC A; 1SSH A; 1YWP A; 2EKH A; 2CT4 A; 2GTJ A; 4LUE A; 1NG2 A; 2CSI A; 2EYZ A; 1UFF A; 4AFZ C; 1HSQ A; 1BU1 A; 1UJ0 A; 1M30 A; 1H3H A; 3KFV A; 2JM9 A; 2DX1 A; 1JQQ A; 1X6G A; 2IIM A; 2MCN A; 3EHQ A; 2RMO A; 1KFZ A; 1BB9 A; 2DF6 A; 2JS0 A; 5FW9 A; 2LX7 A; 1T3L A; 2W10 A; 4D8D A; 3REB B; 2O9V A; 2DM1 A; 1SRL A; 1U5S A; 2GQI A; 1UHF A; 4AG2 C; 1QKW A; 4LE9 A; 1OPL A; 2ROT A; 2LJ3 A; 2EQI A; 4J9D A; 1WDX A; 4A63 B; 2DE0 X; 1UE9 A; 2F2V A; 2CRE A; 1GCP A; 2EYW A; 2CH4 A; 2D0N A; 4GBQ A; 2PTK A; 2AZV A; 2YUQ A; 5IXB A; 1X2Q A; 1Z9Z A; 2O2O A; 1SHG A; 2ED1 A; 4D8K A; 3UF4 A; 1GBQ A; 2K3B A; 1UUE A; 1SRM A; 1UHC A; 2OAW A; 2JT4 A; 5GJW B; 3EHR A; 2CDT A; 2DBM A; 1V1C A; 2DMO A; 1B3Q A; 2L3S A; 2FPE A; 4J9B A; 1S1N A; 1UG1 A; 1VYV A; 1KIK A; 1XOV A; 3M0S A; 2DL7 A; 2K2M A; 3VS1 A; 2VVK A; 4GLM A; 2DL3 A; 2YDL A; 4J9G A; 2KRN A; 1X43 A; 5L23 A; 1RLP C; 4J9E A; 3R6N A; 2VWF A; 1ABO A; 2HCK A; 1K4U S; 1CKB A; 1MUZ A; 1X6B A; 2NWM A; 1I07 A; 3H0F A; 2FRY A; 1T0H A; 2DRK A; 1KSW A; 3RNJ A; 2KR3 A; 2ABL A; 2O31 A; 1OV3 A; 3UAT A; 3H0I A; 1A0N B; 1JO8 A; 2F2X A; 2RQU A; 3M0Q A; 3VS2 A; 2J06 A; 2LP5 A; 1GFD A; 2GBQ A; 1BBZ A; 3VS0 A; 4OMN A; 1K1Z A; 5GJV B; 2OI3 A; 2BZY A; 1PKS A; 1OOT A; 4J9F A; 5IH2 A; 2G6F X; 1YN8 A; 1M8M A; 2HEQ A; 4AFS C; 1GRI A; 1QKX A; 4JPB W; 3M0T A; 2DA9 A; 2ED0 A; 2V1R A; 4RTT A; 4Z89 A; 3VS3 A; 1X69 A; 4X1V A; 4CC2 A; 3NMZ C; 2BTT A; 3H0H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2NUZ A; 4Z8A A; 2KMT A; 1YCY A; 3JRZ A; 1RUW A; 5HY6 A; 4IIM A; 3HKS A; 1M2V A; 2CH4 W; 3OYN A; 1M90 U; 3G71 T; 1ZA1 B; 1ZQ1 A; 2COY A; 2JUF A; 1T3S A; 4X34 A; 3UA7 A; 2YSQ A; 1WXB A; 1BIA A; 2R57 A; 2LQ8 A; 5LJ5 f; 1M1F A; 2AHJ B; 2Z0W A; 1VIF A; 4HVV A; 3PE0 A; 3VS6 A; 1VQ7 T; 5CIU A; 3LWH A; 5I2M A; 3OS1 A; 3G71 A; 3JCM Q; 4XU3 A; 1KQ2 A; 3G6E Q; 4RTU A; 3TQ7 P; 2M0O A; 3L2Q A; 1Q7Y U; 2DKG A; 1WQ7 A; 2HSP A; 5FU7 C; 4C0D B; 1BI2 A; 2DXU A; 3OYG A; 3OW2 S; 4KUI A; 1VQ7 A; 1G83 A; 3GLX A; 2E5Q A; 5KH6 A; 1D1B A; 3RER A; 3J81 E; 5DLQ E; 2FPF A; 2YLC A; 5GAM j; 1YJW T; 2PVO B; 2QA4 T; 2GF7 A; 3EG9 A; 3CCM T; 5CKH A; 5IXF A; 4F17 A; 4OMO A; 1UGV A; 4QKU A; 4EIK A; 5A0L A; 3QZ5 B; 4PJN A; 1VUB A; 4M78 E; 3IQL A; 3QYH B; 3CME T; 3RBB B; 5FRO A; 1RAD B; 4MDW A; 3L2U A; 3CCL T; 1YJW A; 2QA4 A; 2A08 A; 1Q7Y C; 4E7K A; 4HKE A; 3OMC A; 3OY9 A; 4ESR A; 2QDL A; 3CCM A; 4AMC A; 4FCY A; 3CCV Q; 2RNA A; 2L3P A; 1QMC A; 4UC4 A; 3CME A; 3TEE A; 3M57 A; 2CGH A; 2FG0 A; 5FU7 B; 5CCA A; 2FPD A; 4MML A; 3CCL A; 1WI7 A; 2DEQ A; 2MIO A; 2WSF E; 1LNX A; 3RDV A; 1GFC A; 3ULR B; 1YJN T; 2I0N A; 4AFU C; 3EG3 A; 1WHH A; 3SEM A; 4HVU A; 2FZK B; 4BD3 A; 2EJG A; 3LX7 A; 2HKN A; 1Y96 B; 1FMK A; 4L59 A; 1VQN Q; 2COW A; 5GMK j; 3QZ9 B; 4NS5 A; 2OJ2 A; 1YJN A; 2K57 A; 3FIF A; 5CR2 A; 3MEV A; 4A54 A; 4K11 A; 2M1H A; 3EGD B; 3JCM f; 1ACM B; 4Y92 A; 4OMF B; 2CS7 A; 5FWC A; 1ABQ A; 1ZLM A; 2EQU A; 1Y96 A; 2MWO A; 2PZ1 A; 2YT6 A; 2ZPE B; 4HCC A; 3I55 Q; 1M4Z A; 1KQS A; 1YFN A; 3L2R A; 5CKF A; 2XK0 A; 3QWX X; 2DIL A; 1VQ6 A; 1YBY A; 3CC2 T; 4CRI A; 3EGD A; 4R56 A; 1GL5 A; 4E7L A; 1X75 C; 4KGX B; 3FEO A; 1AWJ A; 1OX9 A; 4FYW B; 2OTJ Q; 2RQT A; 3OYB A; 3CD6 T; 1WX6 A; 2HBW A; 4B9X A; 2JXB A; 4C92 D; 3INZ A; 4E7Z A; 1WHJ A; 4RG8 A; 1H8K A; 3JCM X; 1Y0M A; 4HVW A; 1R8O B; 3R6O A; 1M1G A; 3CCU T; 3PMI A; 1QW1 A; 4CC3 A; 5GAO m; 3VRZ A; 3CC2 A; 2DTH A; 4BE0 A; 1IXD A; 3C12 A; 1HJD A; 1HXD A; 1KJW A; 1G2B A; 2DNU A; 3HFO A; 3CD6 A; 2C0I A; 5GAN e; 1VQK T; 2QYZ A; 3VKI A; 2JMC A; 3GBQ A; 3M59 A; 3CCU A; 3CPW P; 4NL2 A; 2KGT A; 3PIO A; 1WHL A; 3HFN A; 3CMA T; 1NEG A; 4J83 A; 2QG9 B; 3TU4 K; 4PFZ A; 2DLP A; 3LGL A; 1VQK A; 1NM7 A; 1NLP C; 4F16 A; 2DPP B; 1F1B B; 2HDA A; 4Y28 E; 3OYF A; 3TCJ A; 3CCR T; 2HZY A; 2K2V A; 4QQ6 A; 1YWO A; 2VB6 A; 3CMA A; 1PNJ A; 1WNL A; 3G71 Q; 2EGE A; 2EFI A; 2SEM A; 2V8K A; 4J6W A; 3VU3 C; 1RAF B; 2KT1 A; 3EFS A; 1NEB A; 2C0O A; 2HQE A; 1UB4 A; 4LD6 A; 4AFQ C; 5FLX E; 3OYI A; 2F2W A; 4M78 C; 3CEY A; 2DTI A; 3CCR A; 3HL8 A; 4A4E A; 2X4W A; 2ESW A; 3X26 B; 3M55 A; 5IHK A; 1Q82 U; 1N6A A; 3VV0 A; 1W70 A; 1VQM T; 3JV3 A; 4QT7 A; 2SRC A; 1TUC A; 5LJ3 g; 1SSH A; 4HT8 A; 3JCM h; 4QVD A; 3CBM A; 2CT4 A; 3E19 A; 2QQR A; 1NG2 A; 2X9H A; 5I2S A; 1WQW A; 2JZ2 A; 2QQS A; 4MDX A; 2IIM A; 4QVZ A; 2E3H A; 2BUD A; 1BB9 A; 2YRD A; 4KGZ B; 1VQM A; 1T3L A; 4D8D A; 4FSX A; 1XNI A; 2O9V A; 1YJW Q; 2DM1 A; 1SRL A; 1U5S A; 2QA4 Q; 5KE2 A; 4AG2 C; 1HK9 A; 1NBE B; 4LE9 A; 3CCM Q; 4J9D A; 4C92 E; 4A63 B; 3HP9 A; 2RJE A; 1VQ5 Q; 2CH4 A; 2YUQ A; 3CME Q; 2F5T X; 3FRN A; 2ED1 A; 3UF4 A; 2E10 A; 1U1T A; 3RKW A; 4M78 B; 2JT4 A; 2DK3 A; 5L8R E; 2MWP A; 1I81 A; 2DBM A; 5HKC A; 4M7D G; 1B3Q A; 2CZ7 B; 2FPE A; 4J9B A; 1VYV A; 4C8Q G; 1KIK A; 8AT1 B; 3VS1 A; 4BE1 A; 4KUL A; 4GLM A; 2DL3 A; 1X6O A; 2PVD B; 1QVF S; 2P0Q A; 1R77 A; 4EDU A; 1X43 A; 4LDY A; 9ATC B; 1RLP C; 1G8X A; 4PJO G; 5CQY A; 1MUZ A; 4M78 A; 3JCM b; 2QQA A; 2JN0 A; 1T0H A; 4HCB A; 1PSF A; 3RNJ A; 4XU2 A; 1YJN Q; 5J3B A; 2ZPG B; 2QI2 A; 3QBY A; 2A3L A; 2ZGW A; 1KK7 A; 3UAT A; 3LW5 E; 1A0N B; 3JB9 D; 3L2V A; 4JUV A; 3PIP A; 3M0Q A; 1FXX A; 2H3J A; 3A5Z B; 2LVM A; 1BBZ A; 2E12 A; 3WVE B; 2OI3 A; 2DET A; 1DJ7 B; 4XTV A; 2BKD N; 5LJ5 e; 2FB7 A; 1YN8 A; 2KK4 A; 1QKX A; 2YHT A; 1JB0 E; 2QDY B; 1VQ6 Q; 2V1R A; 1TOV A; 1VOM A; 3MHX A; 5GAN d; 3Q1J A; 2K5L A; 3QO3 A; 1XTD A; 4C8Q C; 4A53 A; 2FEI A; 1B07 A; 4B9W A; 2FHD A; 3X25 B; 2EWN A; 3A98 A; 3A8M B; 4TVR A; 1QWE A; 4LN2 A; 4RCB A; 5I11 A; 2RB6 A; 3L42 A; 2DXB A; 2RN8 A; 3CC2 Q; 1RAE B; 3REA B; 2A36 A; 4ZGE B; 3CD6 Q; 2P0K A; 1YNZ A; 5KYX B; 5KCO A; 2RHY A; 4IUQ A; 1WLP B; 3M4G A; 5D6Y A; 4JJC A; 3VRY A; 1PC0 A; 4WTO B; 2LJ0 A; 1Q81 R; 3JAM E; 2YUP A; 4XU0 A; 5FU6 B; 1WIE A; 3BDL A; 5ECA A; 1VQK Q; 1Q81 C; 4M7D F; 1AOJ A; 5KE3 A; 5GMK i; 4C8Q F; 1VQO Q; 2ENM A; 4DQ2 A; 1FMV A; 3AHU A; 1WJQ A; 1ZUK A; 4C8Q B; 3TSW A; 2JMA A; 1M3B A; 2RJD A; 3H41 A; 2RK1 A; 3CMA Q; 3TRE A; 4PJO F; 8ATC B; 2JTM A; 2VKN A; 1PWT A; 2W0Z A; 1N5Z A; 4C0Z A; 2NUP B; 3PVL A; 2M0Y A; 1X01 A; 3VUB A; 4BI4 A; 2EKO A; 3SHW A; 4OMQ A; 3NGP A; 1NPP A; 5GAN 2; 3G7Z A; 1WXT A; 1MV0 B; 2AT1 B; 2LNV A; 3QDF A; 1D3B A; 3VS7 A; 4RMO A; 1BIB A; 2K6D A; 3TVT A; 2LT4 A; 4A4K A; 4DBF A; 3BE3 A; 2C06 A; 3RMS A; 4KUD K; 1UGS B; 1I0C A; 2EVR A; 2RD1 A; 3LGF A; 1VQ9 T; 2KYB A; 3MP8 A; 2CZ1 B; 1H92 A; 2NUP A; 4PLL A; 4N4I A; 3J80 E; 3OYL A; 1I4K 1; 2QAZ A; 3JCM e; 3ZEH A; 1ZHI A; 1AHJ B; 1SHF A; 3CXC S; 2ZAE A; 3CCQ Q; 1VQM Q; 3M0P A; 2RHU A; 4BI8 B; 1MHN A; 1NZ9 A; 1VQ9 A; 3N5B B; 4L6V 5; 2CT3 A; 3V8K A; 2LX9 A; 2RQW A; 4BDZ A; 1K8A R; 3UPU A; 1VYT A; 2LQN A; 4XTW A; 4KRT A; 4PNO A; 1W2B S; 2QK0 A; 3GPL A; 3P8D A; 2YXY A; 3EFR A; 2AK5 A; 2EQM A; 2VXE A; 2E64 A; 4C0F A; 2RM4 A; 2FO0 A; 1K8A C; 3CQT A; 4II1 A; 1LOJ A; 1MMN A; 3E9F A; 4C5H A; 4JZ4 A; 2LTO A; 5HK0 A; 1UGQ B; 3S6W A; 1G3S A; 2P84 A; 4FT4 A; 4M75 D; 2DXT A; 4J9I A; 4M4Z A; 2B86 A; 1OUL A; 3FJ5 A; 1PSE A; 2X3X D; 2F5K A; 2YUO A; 5I22 A; 5CKE A; 5LJ5 d; 1KHC A; 1X27 A; 2E70 A; 3EG9 B; 4N4H A; 2WSE E; 4HXJ A; 4F7U E; 2GTO A; 5I21 A; 2LC4 A; 4FYX B; 4M7A D; 2OTL Q; 3QXE B; 3OSV A; 1WJR A; 1JJ2 S; 1G3Y A; 2LZ6 B; 1V29 B; 3O5Z A; 3GOX A; 4J9H A; 3LH0 A; 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