The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
GSSGSSGGTAVARYNFAARDMRELSLREGDVVRIYSRIGGDQGWWKGETNGRIGWFPSTYVEEEGIQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human protein vav-2
rcsb |
| molecule keywords |
Protein vav-2
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
|
| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-04-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K7A A; 5HCK A; 2BZX A; 1WXU A; 1WIE A; 1W6X A; 3VS3 A; 1B3Q A; 1K0S A; 1NLP C; 3NMZ C; 1X69 A; 1K9A A; 2PTK A; 2RNA A; 1M3A A; 2YUQ A; 2NWM A; 4DEY A; 1PWT A; 2A28 A; 4M4Z A; 4J9I A; 2JM8 A; 3PE0 A; 2DF6 A; 3VS6 A; 3EHQ A; 2ROL A; 2L0A A; 1AOJ A; 2HBW A; 2KYM A; 4OMM A; 4CC3 A; 5IHN A; 1SRM A; 2F2W A; 5IH2 A; 2EGE A; 4FSS A; 1IO6 A; 1X43 A; 5FWB A; 4A63 B; 2EKH A; 2A36 A; 2KRS A; 2GNC A; 1K1Z A; 2DM1 A; 1M27 C; 2X3X D; 2JS2 A; 1LCK A; 3EG0 A; 1KFZ A; 2KYB A; 2EYW A; 1M3C A; 2JMA A; 2AK5 A; 2AKL A; 2J6O A; 1RUW A; 1T3S A; 2KXD A; 2K3B A; 4KRT A; 2XMF A; 4D8D A; 2LJ0 A; 1BBZ A; 4K11 A; 2DL7 A; 2A37 A; 1BK2 A; 1XOV A; 1YWP A; 2MOX A; 1RLP C; 1ZLM A; 1E7O A; 2FO0 A; 1GRI A; 1UFF A; 1NEG A; 3NGP A; 4JZ3 A; 3FJ5 A; 1GCQ A; 3M0Q A; 2V1R A; 3IQL A; 3R6N A; 2JW4 A; 4F17 A; 4JPB W; 2ROT A; 1QLY A; 1T3L A; 1JXO A; 2MCN A; 2K6D A; 1GFC A; 1JQQ A; 2EW3 A; 1FMK A; 1ABO A; 1I1J A; 2J7I A; 1SRL A; 4J9E A; 1HD3 A; 2VVK A; 1MV3 A; 1CKB A; 4RUG A; 2K2M A; 1AWW A; 2BZY A; 1YNZ A; 1X2Q A; 1BB9 A; 1WXT A; 1SPK A; 4CC7 A; 3RBB B; 1YP5 A; 2L3Q A; 1ZX6 A; 2CH4 A; 3UAT A; 1SEM A; 1NYF A; 2CUB A; 3I5S A; 2KT1 A; 1YWO A; 5ECA A; 2MIO A; 4AG2 C; 1UJY A; 2OAW A; 1UG1 A; 3PVL A; 2DA9 A; 1M30 A; 1KIK A; 1UGV A; 2O9S A; 3EG2 A; 1K0X A; 3UA6 A; 4HXJ A; 5I22 A; 1GBQ A; 2D8J A; 3VS1 A; 5GJV B; 2CSI A; 2RQU A; 3UF4 A; 4HVU A; 2DBK A; 4R0K A; 2J6K A; 2YUO A; 4LUE A; 3LH5 A; 1FYN A; 1HSQ A; 3VS5 A; 1RLQ C; 2AKK A; 1GL5 A; 1AWX A; 2RQR A; 1N5Z A; 1WI7 A; 4LNP A; 1X6B A; 3VS0 A; 4J9B A; 2IIM A; 3SEM A; 2AZV A; 2DRM A; 3NHN A; 1UE9 A; 2D8H A; 1UDL A; 2FPF A; 2LJ3 A; 4RTV A; 1QKW A; 4GLM A; 2CDT A; 2DL3 A; 1OOT A; 1AD5 A; 1QWE A; 1UTI A; 2NUZ A; 4RTX A; 3I35 A; 2KBT A; 2C0I A; 2OI3 A; 3PVQ A; 4HVV A; 4Z88 A; 3VRZ A; 1QKX A; 1OEB A; 4AFS C; 3M0T A; 1X2K A; 4WCI A; 3UA7 A; 1ZUU A; 2I0N A; 1YCS B; 2K9G A; 1T0J A; 1YN8 A; 2LP5 A; 2P4R A; 1QWF A; 1GBR A; 2KXC A; 2KT8 A; 2EYY A; 1ABQ A; 2CT4 A; 2HEQ A; 4LN2 A; 1WLP B; 1VYU A; 1JO8 A; 2DL5 A; 1WXB A; 2JMC A; 3QWX X; 1PNJ A; 1W70 A; 4X1V A; 3ULR B; 2F2X A; 1KJW A; 2E5K A; 2EGA A; 4RTW A; 1KSW A; 1Y0M A; 2C0T A; 2EYX A; 1JXM A; 1PRM C; 4EIK A; 1PHT A; 3M0P A; 1UHC A; 3H0I A; 1U3O A; 2LQW A; 1AWJ A; 1JU5 C; 2OJ2 A; 2SEM A; 2D1X A; 4J9F A; 2EQI A; 1RI9 A; 3I9Q A; 4Z89 A; 1J3T A; 2RQT A; 1B07 A; 3EGU A; 2O9V A; 1ZSG A; 2A08 A; 2KRN A; 1AZE A; 1NLO C; 2LZ6 B; 1Z9Q A; 3GBQ A; 2V1Q A; 4AFU C; 3O5Z A; 4OMO A; 2LNH B; 1QCF A; 2JXB A; 2J05 A; 4QT7 A; 2LJ1 A; 3A98 A; 3VRY A; 2O2O A; 1NEB A; 3TVT A; 4IIO A; 2RF0 A; 4F14 A; 2D0N A; 1PKT A; 1ZBJ A; 2M0Y A; 3VS4 A; 4F16 A; 2QDL A; 2ED0 A; 3VS7 A; 1SHF A; 2FEI A; 1TUD A; 1BU1 A; 3H41 A; 3REA B; 2FRY A; 4RTY A; 1G83 A; 1G2B A; 2B86 A; 3C0C A; 2DBM A; 2LX7 A; 1WFW A; 1NM7 A; 2H8H A; 2KNB B; 2DLP A; 4J9H A; 2GTO A; 2HDA A; 5L23 A; 1K4U S; 4JJB A; 2DIL A; 1WDX A; 1AZG B; 2W0Z A; 2HCK A; 1VYT A; 2PZ1 A; 2GTJ A; 4AG1 C; 1ARK A; 5IHK A; 2DL8 A; 2ENM A; 2X3W D; 3JV3 A; 3H0F A; 2LMJ A; 3THK A; 3ZL7 C; 1UEC A; 1E6G A; 2W10 A; 2JS0 A; 1MV0 B; 4Y92 A; 2VWF A; 1NYG A; 4ESR A; 2G6F X; 2YSQ A; 1VYV A; 2L2P A; 2JM9 A; 1K76 A; 2JTE A; 2L3S A; 4JJD A; 1NG2 A; 1M3B A; 1AEY A; 1H8K A; 1UJ0 A; 2SRC A; 2DL4 A; 4DEX A; 1PRL C; 3KFV A; 2ESW A; 1I07 A; 1UUE A; 2KR3 A; 1U5S A; 4CC4 B; 2KRM A; 1OPL A; 3EG1 A; 2AZS A; 2ED1 A; 1AVZ C; 5FW9 A; 2KRO A; 4RTU A; 4J9G A; 2DMO A; 2L3P A; 2KEA A; 2HSP A; 2EBP A; 3REB B; 1U06 A; 5IXB A; 2YUP A; 4ZNX A; 2YDL A; 2GGR A; 1GCQ C; 1TUC A; 1W1F A; 1WX6 A; 2FG0 A; 2J06 A; 3QWY A; 3M0R A; 4E6R A; 5IHI A; 4J9D A; 1TG0 A; 1OV3 A; 4AFZ C; 1CKA A; 3SHW A; 4Z8A A; 4D8K A; 2K79 A; 1SSH A; 2C0O A; 2GBQ A; 2RQW A; 2O88 A; 2VKN A; 1PKS A; 1GFD A; 2KGT A; 1T0H A; 1OPK A; 1CSK A; 1E6H A; 2DVJ A; 2FPD A; 4AFQ C; 1ZUY A; 1X6G A; 4JZ4 A; 3TSW A; 4OML A; 2M51 A; 1WYX A; 4JJC A; 1EFN A; 3EHR A; 2YT6 A; 1MUZ A; 2CRE A; 2YUN A; 1Z9Z A; 4RTZ A; 1I0C A; 5FWC A; 2DJQ A; 2PNI A; 1HJD A; 2DYB A; 2RMO A; 1SHG A; 4GBQ A; 4J9C A; 2RQV A; 5IXF A; 2GQI A; 1ZUK A; 2FPE A; 3NPF A; 1UHF A; 1GCP A; 2LQN A; 2EGC A; 1VA7 A; 1H3H A; 2EYZ A; 4OMQ A; 3RNJ A; 2EVR A; 2J6F A; 2JT4 A; 4HCK A; 1AWO A; 2DE0 X; 3H0H A; 2F2V A; 2DX1 A; 2BTT A; 2O31 A; 4OMP A; 2LCS A; 1M8M A; 2ECZ A; 2FRW A; 1JEG A; 4LE9 A; 1Y57 A; 1WA7 A; 4HVW A; 2DNU A; 4LUD A; 3I5R A; 4OMN A; 1X27 A; 2ABL A; 3VS2 A; 3U23 A; 2CUD A; 4IIM A; 5EC7 A; 2DRK A; 3M0S A; 1A0N B; 2EPD A; 3CQT A; 2RPN A; 4CC2 A; 3EG3 A; 3M0U A; 4RTT A; 2RN8 A; 1S1N A; 3TSZ A; 1V1C A; 2KE9 A; 1H92 A; 4ORZ A; 5GJW B; 2CT3 A; 2CSQ A; 2BZ8 A; 2CH4 W; 5I11 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1R0B G; 1MGQ A; 4ZTJ A; 1M2V A; 1WXU A; 5KE3 A; 3V8J A; 4F7U B; 5DM7 R; 3LGL A; 1RAB B; 3CCR T; 1K9A A; 3RKW A; 3QII A; 3EAE A; 2ROL A; 2K3Y A; 1WGS A; 2L0A A; 4J83 A; 1AOJ A; 2HBW A; 2QXF A; 1QP2 A; 2EQJ A; 2X4X A; 1YI2 A; 3QKJ A; 1IRX A; 4CC3 A; 4IUP A; 4UC4 A; 1YIT Q; 2CP5 A; 5CO7 A; 4A63 B; 2VXF A; 3UWN A; 7AT1 B; 1N6A A; 3CC2 A; 4DOV A; 3ZEH A; 2X3X D; 3M5A A; 1VQO Q; 1LCK A; 2RHX A; 2CZ7 B; 2JMA A; 5LJ3 h; 2AK5 A; 5GAM f; 3X26 B; 1M90 C; 5KH6 A; 3L2V A; 2HSE B; 4KRT A; 4D8D A; 1BBZ A; 2Y4Y A; 3BFM A; 1QMC A; 3A8L B; 1VQL T; 2XG8 D; 5FRO A; 3CCE T; 2OAU A; 2L3R A; 1ZBX A; 4BI4 A; 1RLP C; 1ZLM A; 4E47 A; 4PJO A; 1NEG A; 4YTL A; 1QCO A; 3JCM h; 1QVG P; 3Q1J A; 5A2Q E; 2JTM A; 2JW4 A; 2MMP A; 3LW5 E; 1WNL A; 3S3M A; 1EZZ B; 1I81 A; 3LLR A; 5GAO m; 1JQQ A; 5GAN 8; 2HMA A; 3OMC A; 3MCA B; 5L8R E; 4M78 B; 1OU8 A; 1MV3 A; 5GMK l; 1CKB A; 1TTH B; 3OY9 A; 4HCC A; 2BZY A; 4FT4 A; 1YNZ A; 1W2B P; 4ELY C; 1SPK A; 3JB9 J; 2L3Q A; 4PFP A; 3OYC A; 2CH4 A; 4ZGJ B; 2M9U A; 2O4X A; 1SEM A; 1YJW A; 2L5Q A; 2R57 A; 4M7D F; 2XID A; 3FEO A; 4L5G A; 1RAF B; 2MIO A; 2NUP A; 1M90 U; 1M5Q 1; 1UJY A; 1UG1 A; 3PVL A; 1LPL A; 6AT1 B; 3SWN A; 3EG2 A; 1K0X A; 4NL2 A; 2D8J A; 2E5Q A; 1KQ2 A; 2GQV A; 5CVI A; 2QAZ A; 3OSS C; 2BE7 D; 4HVU A; 4M7A D; 1VIE A; 4R0K A; 3CC7 Q; 2RH2 A; 3J7A F; 2K4Y A; 1X75 C; 1YHQ Q; 1YI2 T; 1HSQ A; 1PM3 A; 3VS5 A; 1RLQ C; 5KCH A; 1M2O A; 1AWX A; 4L6V 5; 4JRK A; 3VS0 A; 4J9B A; 2RI2 A; 5KYN A; 4C92 G; 4M75 B; 3CC2 T; 1UE9 A; 4JUV A; 2E64 A; 3QSU A; 5AT1 B; 3MEV A; 5KCO A; 5GAN h; 4WF2 A; 3LX7 A; 4GLM A; 2CDT A; 2DL3 A; 2F5K A; 2DAQ A; 3FJP A; 4IUQ A; 3VRZ A; 4HVV A; 4Z88 A; 4MMK A; 4AFS C; 1X2K A; 2HQH A; 1VQ7 Q; 3HTR A; 3HPW A; 1TOV A; 2F1L A; 1AT1 B; 1YN8 A; 2B8A A; 4XU1 A; 1I8F A; 1KQS P; 3TCJ A; 2CT4 A; 4LN2 A; 2M0O A; 2MYS A; 4XU2 A; 1WLP B; 1I5O B; 4X1V A; 4M77 G; 4BE0 A; 3FRN A; 2RJD A; 1Y0M A; 3M9Q A; 2EJ9 A; 3CCV Q; 4BY6 B; 3OS0 A; 1UHC A; 4C0D C; 1YIJ A; 3HSB A; 1U3O A; 1YJN Q; 1TS9 A; 5KYY B; 2SEM A; 1NZ9 A; 4J9F A; 2LCL A; 4J6X A; 1ZSG A; 2A08 A; 2HQE A; 1NLO C; 2LZ6 B; 1Z9Q A; 4AFU C; 2V1Q A; 3CME Q; 4BE1 A; 4OMO A; 1YJW T; 2ZPE B; 2DET A; 2O2O A; 4FCY A; 4F14 A; 2DK3 A; 2KQW A; 4O5V A; 3CXC A; 2QEX Q; 1ZBJ A; 3OMG A; 1V29 B; 3L2Q A; 3OYL A; 4BUG A; 4F16 A; 1G3W A; 4JRI A; 4PJO F; 3GLX A; 2D0Q B; 2FRY A; 3FDR A; 4M78 D; 4FIB A; 2DLP A; 3WXM B; 3G1J A; 4J9H A; 5CKD A; 3MKD A; 2E6N A; 4C8Q B; 3CCU A; 1OQK A; 1IB8 A; 4M75 E; 1WDX A; 1AZG B; 2EQM A; 4E7Z A; 2HCK A; 3E19 A; 2PZ1 A; 2DIG A; 2H3E B; 2GTJ A; 4AG1 C; 1ARK A; 2DL8 A; 2ENM A; 3JV3 A; 2P84 A; 2LMJ A; 4QW2 A; 1WHJ A; 1VQ6 A; 2RK1 A; 2W10 A; 4V2S A; 3P8H A; 3MET A; 2NYS A; 2R5M A; 4ESR A; 5GAM h; 1RAD B; 2JM9 A; 3OYI A; 1ZA1 B; 1K76 A; 2L3S A; 4E7I A; 4JJD A; 1NG2 A; 2JVV A; 1H8K A; 2SRC A; 1IRE B; 1O9S A; 4KGX B; 2K57 A; 3JCM P; 3D7S B; 1I07 A; 2DD4 A; 1UUE A; 3UT1 A; 1QP3 A; 4M7A F; 1R77 A; 1QVG S; 2L3P A; 3MP1 A; 4M7D C; 5IXB A; 4XTX A; 3RER A; 1GCQ C; 2EAY A; 1IZ6 A; 1WX6 A; 3QWY A; 1WHH A; 2YWW A; 5HK0 A; 2D9T A; 3SHW A; 4M75 D; 5LJ5 d; 1IGQ A; 3PIP A; 4KGZ B; 3M56 A; 1G5V A; 3PFS A; 4XU0 A; 2LRQ A; 4NS5 A; 3L2U A; 2AHJ B; 1GFD A; 1T0H A; 2HAX A; 1YIJ T; 1E6H A; 1CSK A; 3S3O A; 4MDX A; 3QHS A; 1Q81 C; 3EG9 A; 2FZC B; 3G6E Q; 2QTX A; 2RJC A; 4LDX A; 2YT6 A; 4HKE A; 2DXU A; 1YCY A; 2DJQ A; 2RMO A; 3I56 A; 1YJ9 A; 3OS1 A; 2XKO C; 2FPE A; 3EH1 A; 1WQW A; 4OMQ A; 2XK0 A; 1G3T A; 1B34 B; 1WJQ A; 2PVG B; 3CEY A; 2DX1 A; 2AT1 B; 4LE9 A; 4VUB A; 3JB9 F; 1RI0 A; 3HRS A; 5EG2 A; 3VV0 A; 3ASK A; 3OYD A; 4ANJ A; 2DNU A; 3EFO A; 3CCU T; 4LUD A; 2KI7 A; 3I5R A; 3NFC A; 2V8I A; 1BIB A; 2DTI A; 3L2W A; 2CUD A; 3RES A; 2RB6 A; 1A0N B; 2EPD A; 4QQD A; 4CC2 A; 1D1C A; 4IUV A; 1S1N A; 3TSZ A; 5C6S A; 1VQ6 T; 5HK3 A; 1PG5 B; 2KE9 A; 5IAY A; 5GAN e; 5GJW B; 2CSQ A; 2PVO B; 5KYU A; 4PL6 A; 5I11 A; 1YIT A; 1OX9 A; 5HCK A; 4C92 A; 3VYH B; 1W6X A; 3VS3 A; 5GMK i; 1NLP C; 1BI2 A; 3NMZ C; 5DLO A; 4OB0 B; 1VQO A; 3CCM T; 2PTK A; 2CYZ B; 3OYE A; 5CKB A; 2A28 A; 5C0M A; 1KQS S; 1LNX A; 4J9I A; 2JTF A; 2JM8 A; 3UPU A; 4C8Q D; 4RG2 A; 2ZPG B; 1QW1 A; 1S72 Q; 2VC8 A; 1VQK Q; 2F2W A; 4FYY B; 4FSS A; 4F7U G; 3G71 A; 4FW1 A; 1X43 A; 2L8D A; 5FWB A; 5LJ5 j; 3G4S Q; 4M77 A; 4M7D E; 3VUZ A; 2CZ6 B; 2ZPI B; 9ATC B; 2E3H A; 3EG0 A; 2KYB A; 3CCJ Q; 1M3C A; 2ZPB B; 4KT0 E; 3JCM Q; 3HP9 A; 2K3B A; 2KVQ G; 1BK2 A; 3OYY A; 2E12 A; 1YWP A; 2XDD A; 3MPU B; 1IHW A; 4PNO A; 4CI0 C; 2DZ9 A; 5FU6 B; 1GRI A; 4PJO B; 3I56 T; 3FIF A; 3CCE A; 5GMK m; 1MMG A; 3OW2 A; 1YJ9 T; 1GCQ A; 2DEQ A; 4ZN1 A; 3ZFJ A; 1SSF A; 3IQL A; 4ZTF A; 1K8A R; 4JPB W; 5LJ5 g; 3E9F A; 3QBY A; 4M7A C; 5CQX A; 1QLY A; 3X24 B; 1JXO A; 1RAC B; 3CXC S; 2EW3 A; 4EMH A; 4EMK B; 1FMK A; 2WSC E; 2DER A; 3OBW A; 2DKG A; 3HFO A; 4RUG A; 1OZ2 A; 3BE3 A; 4PK4 A; 1C6V X; 4R56 A; 1VQ9 Q; 2QG9 B; 1R8O B; 3OYK A; 1ZHI A; 3HL8 A; 3CC7 A; 1FXX A; 1X2Q A; 2LC4 A; 1BB9 A; 1WXT A; 4CC7 A; 5GAM e; 2RHY A; 2RO0 A; 1YP5 A; 5J26 A; 4JS4 A; 1ZX6 A; 2QI2 A; 4LD9 K; 1Q7Y U; 2OTL Q; 2O4X B; 1YIT T; 5CCA A; 2RM4 A; 1KC8 U; 4B9W A; 5GAN 5; 1WQ7 A; 5FU7 B; 1D0Z A; 1FMV A; 3CCS Q; 4M78 G; 2O9S A; 3SWN B; 1VQO T; 2FZG B; 4HXJ A; 1XJW B; 1ZSZ B; 1M8V A; 4A54 A; 2XIC A; 2RQU A; 3MEA A; 2DBK A; 3OSV A; 3RR6 A; 4TVR A; 2LDM A; 2COY A; 5GMK j; 3KBG A; 3MP6 A; 4QVC A; 1D1B A; 5I2S A; 2X4Y A; 2ZZD A; 3QG1 A; 3JSC A; 2RQR A; 1BI1 A; 4LNP A; 3G71 T; 3SEM A; 3GNF B; 2DRM A; 2QK0 A; 2D8H A; 3CPW A; 1TXQ A; 1MMN A; 2DXB A; 2KY9 A; 3OS5 A; 1QKW A; 5HKC A; 5GAO r; 3QZ5 B; 4LDY A; 1OOT A; 1QWE A; 1UTI A; 4RTX A; 3CCV A; 2KMT A; 4PJO E; 4C92 F; 2RHI A; 2HBP A; 3M0T A; 1I5L A; 3EGX A; 4WCI A; 3RMS A; 1YJN A; 2I0N A; 1YCS B; 1KG1 A; 3GF5 A; 2YXY A; 2K9G A; 1F1B B; 2VAS A; 3CPF A; 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