The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
61
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structure length |
61
|
Chain Sequence |
GSHMTFVALYDYESRTETDLSFKKGERLQIVNNTEGDWWLAHSLTTGQTGYIPSNYVAPSD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
|
| publication title |
Crystal structure of the c-Src-SH3 domain in complex with the high affinity peptide VSL12
rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Protein binding
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| total genus |
16
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| structure length |
61
|
| sequence length |
61
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| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2014-11-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XOV A; 1UE9 A; 2BZX A; 2CH4 W; 4RTW A; 1V1C A; 2DA9 A; 1U3O A; 2G6F X; 1WIE A; 1I07 A; 2KRM A; 2JT4 A; 3NGP A; 2YUO A; 3C0C A; 1W6X A; 2JS0 A; 2HDA A; 2VWF A; 1OV3 A; 3UA6 A; 2HSP A; 2J05 A; 3I35 A; 1AWJ A; 2H8H A; 1S1N A; 1JO8 A; 1PHT A; 1VA7 A; 3H41 A; 1SHG A; 2CUB A; 2PZ1 A; 4HVV A; 1NLP C; 4Y92 A; 1IO6 A; 2DBK A; 4LUE A; 1QKW A; 3I5R A; 2V1Q A; 1YCS B; 1H92 A; 5IHI A; 2K7A A; 2KXD A; 2MIO A; 4QT7 A; 4OMP A; 1NLO C; 2DL8 A; 4FSS A; 4RTZ A; 3UA7 A; 1YWO A; 2LMJ A; 2RNA A; 3VS4 A; 4AFZ C; 1PNJ A; 2KRN A; 4IIO A; 1Y57 A; 2EVR A; 1NYF A; 1AD5 A; 2KRO A; 3M0P A; 2EYZ A; 4RTX A; 2O2O A; 2LZ6 B; 3CQT A; 1AWO A; 1K9A A; 1M3C A; 2VKN A; 3NPF A; 4J9E A; 1T0J A; 1LCK A; 1X43 A; 2GQI A; 2ROT A; 3I5S A; 2DX1 A; 1RUW A; 1UGV A; 1T0H A; 5ECA A; 2JTE A; 1AWW A; 2DL3 A; 2GBQ A; 2L3S A; 3I9Q A; 3IQL A; 4D8K A; 1UEC A; 1Y0M A; 4D8D A; 2KR3 A; 1G2B A; 2A36 A; 3TSW A; 1H8K A; 1YNZ A; 3TVT A; 1ZUK A; 3KFV A; 1B07 A; 1ARK A; 2KXC A; 2JMC A; 2LCS A; 3VS3 A; 1Z9Q A; 4LUD A; 4JPB W; 3H0I A; 2RMO A; 1WXU A; 1UJY A; 2V1R A; 2AZS A; 5I22 A; 4A63 B; 1SRL A; 2CRE A; 1Z9Z A; 4AFS C; 2KT8 A; 2FPD A; 5GJW B; 2LJ3 A; 2DLP A; 3U23 A; 3FJ5 A; 4J9D A; 2DVJ A; 2ROL A; 2L0A A; 3VS1 A; 1BU1 A; 2YT6 A; 1WYX A; 1NG2 A; 4CC2 A; 1NEG A; 4JZ4 A; 1K76 A; 4CC4 B; 4J9C A; 1ZSG A; 1AEY A; 5GJV B; 1PRL C; 2PNI A; 1RI9 A; 1SSH A; 3M0T A; 1VYT A; 4Z8A A; 3VS5 A; 2J06 A; 3EG0 A; 3NMZ C; 4X1V A; 2K3B A; 5IH2 A; 2EGC A; 2KT1 A; 1M8M A; 5L23 A; 1T3S A; 3REB B; 2YSQ A; 2KNB B; 2K6D A; 1GFC A; 1JXM A; 2DBM A; 1QWE A; 1J3T A; 3PVL A; 1M27 C; 2ENM A; 2RN8 A; 5FW9 A; 4HVU A; 2HCK A; 2FG0 A; 1B3Q A; 1AWX A; 1SHF A; 3M0R A; 4CC7 A; 2FPE A; 4EIK A; 1H3H A; 4DEX A; 1UHC A; 2FEI A; 2EGE A; 2DL5 A; 2CSQ A; 1WI7 A; 3JV3 A; 4J9G A; 4LE9 A; 1NM7 A; 4LNP A; 1TUD A; 2SRC A; 5FWB A; 1SRM A; 2LX7 A; 2FO0 A; 1PKT A; 4J9H A; 3THK A; 2BZ8 A; 2QDL A; 2JW4 A; 4OML A; 2RQU A; 2RQW A; 2F2V A; 2EKH A; 4WCI A; 2CUD A; 2DIL A; 4OMO A; 2F2W A; 1UTI A; 1QWF A; 2KGT A; 2EYX A; 2J6O A; 2C0T A; 3O5Z A; 2YUP A; 2YUQ A; 2PTK A; 1HSQ A; 2F2X A; 2C0I A; 4ZNX A; 2M0Y A; 2ABL A; 2JM8 A; 1OOT A; 1AZE A; 1AVZ C; 1OPL A; 1WFW A; 5HCK A; 3VS7 A; 4E6R A; 2EPD A; 3M0Q A; 2AKK A; 2RPN A; 1X2K A; 4RTY A; 2XMF A; 1TUC A; 4DEY A; 1KJW A; 1G83 A; 1X69 A; 1UDL A; 2AK5 A; 2BZY A; 1ZLM A; 2HEQ A; 4K11 A; 2KEA A; 1WDX A; 2EBP A; 1BB9 A; 2HBW A; 1JQQ A; 2K9G A; 2K2M A; 2FPF A; 1ABQ A; 4HXJ A; 1I1J A; 1ZUU A; 2LJ1 A; 1K0S A; 4OMQ A; 2L3P A; 1UFF A; 2EYW A; 3SEM A; 2M51 A; 2J6K A; 2VVK A; 3VS2 A; 2KRS A; 3QWY A; 4GBQ A; 2A37 A; 1YWP A; 2X3W D; 1AZG B; 1UHF A; 1NEB A; 1X6B A; 2SEM A; 1E6H A; 1MV3 A; 2ESW A; 1ZBJ A; 2I0N A; 2DNU A; 4F17 A; 2GTJ A; 2LQN A; 2CH4 A; 2JMA A; 1W1F A; 5IXB A; 4AG2 C; 1UJ0 A; 4F16 A; 3ZL7 C; 1EFN A; 1ABO A; 1U5S A; 4OMN A; 5IHK A; 2EGA A; 3GBQ A; 1PKS A; 1UG1 A; 1I0C A; 4GLM A; 1AOJ A; 3H0H A; 2NWM A; 2GTO A; 2RQR A; 2JS2 A; 2ED1 A; 4JZ3 A; 2C0O A; 1N5Z A; 1OEB A; 1WXB A; 3RNJ A; 1JXO A; 3VRZ A; 2OI3 A; 3ULR B; 4Z89 A; 1FMK A; 4CC3 A; 3VS0 A; 1PRM C; 2W10 A; 3QWX X; 4M4Z A; 2D8J A; 2B86 A; 4J9B A; 2DE0 X; 2O31 A; 2LP5 A; 1GCQ A; 4J9F A; 2LJ0 A; 3VRY A; 2EQI A; 1E7O A; 1K1Z A; 1JEG A; 2RF0 A; 3M0S A; 2KE9 A; 1JU5 C; 1PWT A; 1FYN A; 2A08 A; 2D1X A; 2EW3 A; 2CDT A; 1ZX6 A; 4Z88 A; 2O88 A; 1VYV A; 2IIM A; 2GNC A; 1W70 A; 3REA B; 3EHQ A; 1OPK A; 2X3X D; 3M0U A; 4ORZ A; 2DL4 A; 3EG1 A; 1E6G A; 2DRM A; 2DL7 A; 1KFZ A; 2CT3 A; 2DMO A; 4JJD A; 2CSI A; 1U06 A; 2KYB A; 1YN8 A; 3EHR A; 1X2Q A; 1GFD A; 2BTT A; 4RTV A; 1GCQ C; 1KIK A; 3UAT A; 2FRY A; 2J7I A; 1X27 A; 1HJD A; 1ZUY A; 4RTT A; 2MCN A; 1UUE A; 2YDL A; 1GCP A; 1QKX A; 2O9V A; 2RQT A; 2NUZ A; 1CKB A; 2A28 A; 2GGR A; 3NHN A; 2DM1 A; 2OAW A; 2P4R A; 3H0F A; 4ESR A; 2KYM A; 4AFU C; 1MV0 B; 1K4U S; 4JJC A; 1RLP C; 4HCK A; 2MOX A; 4RTU A; 2OJ2 A; 4RUG A; 3A98 A; 5EC7 A; 3TSZ A; 4OMM A; 2JM9 A; 4AFQ C; 2O9S A; 2YUN A; 3VS6 A; 2LQW A; 1A0N B; 3R6N A; 2DF6 A; 4LN2 A; 2AZV A; 1TG0 A; 5IHN A; 1GL5 A; 3EG2 A; 2L3Q A; 2J6F A; 1M3A A; 1BBZ A; 1M3B A; 1RLQ C; 1WXT A; 3SHW A; 2E5K A; 2EYY A; 1GRI A; 2W0Z A; 3EGU A; 2LNH B; 1WLP B; 2D8H A; 2ED0 A; 4F14 A; 1QCF A; 5IXF A; 2CT4 A; 2K79 A; 1SEM A; 3RBB B; 2FRW A; 5I11 A; 3UF4 A; 1VYU A; 4R0K A; 1BK2 A; 3EG3 A; 1GBR A; 2ECZ A; 3PE0 A; 4JJB A; 1K0X A; 2KBT A; 1WX6 A; 1CSK A; 5FWC A; 1WA7 A; 1YP5 A; 1GBQ A; 4AG1 C; 3PVQ A; 2RQV A; 4HVW A; 1NYG A; 2DYB A; 1MUZ A; 2AKL A; 2D0N A; 1CKA A; 2L2P A; 4J9I A; 1QLY A; 1KSW A; 1T3L A; 1M30 A; 1HD3 A; 3LH5 A; 1SPK A; 2DRK A; 1X6G A; 4KRT A; 4IIM A; 2DJQ A; 2JXB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BZX A; 4A4E A; 4RTW A; 2G6F X; 4XQ3 A; 4N0A C; 5DLQ E; 2YUO A; 1TUG B; 2EQJ A; 3OW2 A; 2HDA A; 2VWF A; 3UA6 A; 1K9M R; 4M77 D; 3CXC S; 1S1N A; 4M7A G; 1Q86 U; 4JDS A; 2MWP A; 2OTL Q; 1QVP A; 1VA7 A; 2PVO B; 1ZBX A; 1VQP Q; 5HY6 A; 2F5T X; 1B34 B; 3V7S A; 4M7D A; 1IO6 A; 3M9Q A; 4C8Q G; 1O75 A; 3CD6 A; 5GAN j; 2FVU A; 1I4K 1; 4LD9 K; 2KXD A; 4F7U F; 2MIO A; 3ZEH A; 1YIT T; 1VQ6 T; 4OMP A; 1NLO C; 1IRX A; 3JCM g; 4C0Z A; 3RIR A; 2NYS A; 4RTZ A; 2LMJ A; 4J7I A; 3CC4 A; 3VS4 A; 3BW1 A; 2JTF A; 4C8Q C; 4EMK C; 1WHJ A; 1NYF A; 3M0P A; 4XTY A; 2QEX Q; 4KH1 B; 3QHS A; 2QA4 T; 2O4X A; 1N8R R; 1OX8 A; 3S6W A; 1VQ9 A; 1JB0 E; 1LPL A; 1X6O A; 3O8V A; 2GQI A; 3I5S A; 5KYU A; 3A8L B; 2JTE A; 2HL3 A; 3L1A A; 2DIQ A; 5FU6 C; 5GAM g; 3I9Q A; 1UEC A; 2QQS A; 2CS7 A; 1XTD A; 1VQM Q; 1G2B A; 2RH2 A; 2A36 A; 3MP1 A; 3VYH B; 4C0D C; 1BIB A; 1H64 1; 1H3Z A; 1ZUK A; 1Q7Y C; 1ARK A; 2KXC A; 3JB9 J; 1RAF B; 3UDC A; 3PGG A; 5FLX E; 4OB3 B; 2LCS A; 3M57 A; 2E64 A; 4NOY A; 2KAF A; 4LUD A; 4QQ6 A; 3QZ5 B; 1WXU A; 1UJY A; 5IAY A; 3CPW A; 2RB6 A; 2KMT A; 5GMK e; 4AFS C; 3CCE T; 2LTO A; 3RDV A; 1D0X A; 2L0A A; 2XKO C; 5D6X A; 5HK3 A; 2A0F B; 4CC2 A; 3LWI A; 4CC4 B; 1ZSG A; 2IG0 A; 5GJV B; 1PRL C; 2IPO B; 4V2S A; 1RI9 A; 2WSE E; 1JJ2 A; 4Z8A A; 4C92 A; 2DTI A; 4FW1 A; 2EGC A; 2FHD A; 1T3S A; 2F69 A; 2K6D A; 4BI3 A; 4JS5 A; 1Q7Y U; 1UGP B; 5CR2 A; 3OMC A; 3JSC A; 2ENM A; 1BCM A; 5CO7 A; 2FG0 A; 4QW2 A; 1MNE A; 2LDM A; 2HSE B; 1SHF A; 4EIK A; 1M90 C; 1XNI A; 3FB9 A; 1FMV A; 4OB1 B; 1I5L A; 1WPY A; 1AHJ B; 2CSQ A; 3CC4 Q; 3CCJ A; 1VUB A; 3JV3 A; 3MJX A; 4PJO E; 4M78 F; 4LE9 A; 3I56 A; 3J81 E; 1OI1 A; 4DOV A; 2ZPF B; 3JCM c; 4HCC A; 1ZSZ B; 2X4J A; 2M0O A; 3L42 A; 4EMH A; 2LCC A; 1X75 C; 4CRI A; 2H3E B; 2EJF A; 2CUD A; 3GLX A; 5J26 A; 2E65 A; 3ME9 A; 2ZPB B; 5KYX A; 1W2B P; 3KUF A; 3CXC A; 2C0I A; 1QVG P; 4MZP A; 2ABL A; 3CCS Q; 1BI1 A; 3VS7 A; 1OPL A; 5HCK A; 5GMK j; 3QII A; 2MYS A; 3QKJ A; 1N6A A; 2RPN A; 2YRC A; 3MKD A; 3CD6 T; 4BE0 A; 4JRP A; 1TXQ A; 4DEY A; 1KJW A; 2RJF A; 2DXB A; 2KI7 A; 4MZT A; 3C94 A; 3QJY A; 1X69 A; 1NJI U; 1M2V A; 1UDL A; 2CZ7 B; 2HEQ A; 3HP9 A; 3HRT A; 1WDX A; 5C0M A; 1M1K C; 1OQK A; 3MET A; 1JQQ A; 1WHG A; 1ABQ A; 4HXJ A; 1ZUU A; 2V26 A; 2ZPE B; 2LJ1 A; 2CKK A; 2FZC B; 2QQ9 A; 2JOY A; 2L3P A; 3SEM A; 3ZBD A; 4J7F A; 5DM7 R; 1JJ2 P; 4GBQ A; 3CC7 A; 3WXM B; 1QVF S; 1AZG B; 1NEB A; 4RKU E; 1E6H A; 1MV3 A; 2DNU A; 2E3H A; 2X4W A; 2CH4 A; 3EG9 A; 2KQW A; 2L8D A; 1KHI A; 3LWH A; 2EFI A; 4ZN1 A; 3P8H A; 3L2Z A; 2KK4 A; 1VQ7 T; 4QKU A; 5IHK A; 2I2L A; 3BDU A; 4KGZ B; 3V7R A; 2OX7 A; 1PD1 A; 2RQR A; 3CCM Q; 2ZPI B; 1LVK A; 4XU0 A; 5IT9 E; 3KBG A; 3VRZ A; 4KUL A; 2L5Q A; 1K8A C; 1OZ3 A; 1VQ4 Q; 3A5Z B; 3P8B B; 1VIE A; 2JN0 A; 1OU8 A; 4KGV B; 2LJ0 A; 2O4X B; 3VRY A; 4PJO D; 3L2W A; 4M75 A; 3LX7 A; 2KE9 A; 1PWT A; 2A08 A; 2D1X A; 3SWN C; 5GAO q; 5KYU B; 3NTI A; 1C0M A; 4GY5 A; 2O88 A; 4M77 B; 3QXE B; 5M9O A; 6AT1 B; 1R77 A; 2JTM A; 3GOX A; 1PSE A; 1W70 A; 2K5L A; 3REA B; 5FU7 B; 2DL4 A; 1U1S A; 1OUL A; 3X24 B; 2DZ9 A; 2HKQ B; 1MMG A; 2CT3 A; 5GAO p; 2CSI A; 3G4S T; 2XDD A; 1MND A; 4B9X A; 1K8A U; 1WZO A; 2BTT A; 2QYZ A; 1YJW T; 1R0B G; 2DXC A; 1RAG B; 3BFM A; 1RI0 A; 1X27 A; 2DKG A; 2NUP A; 2HQE A; 3CCJ T; 1OX9 A; 3HFN A; 4RTT A; 2VAS A; 4ELZ C; 3I56 T; 1QKX A; 3PIO A; 3QYG B; 1HYO A; 2OAW A; 4L6V 5; 2P4R A; 4ESR A; 2YHT A; 5CQY A; 4PJO A; 2V8J A; 2QDY B; 4ZGE B; 2QG9 B; 2XI9 A; 3TSZ A; 2E41 A; 2MI6 A; 4F7U G; 2LVM A; 5LJ3 f; 4B9W A; 2YUN A; 2WAC A; 3VS6 A; 2LQW A; 4UC4 A; 2LCL A; 1A0N B; 2CP5 A; 2HAX A; 2DF6 A; 1SKU B; 2RO0 A; 3VUB A; 2VXE A; 3EFS A; 3EG2 A; 1ZSZ C; 2J6F A; 3VYG A; 3TU4 K; 5FRM A; 4M7D E; 1RLQ C; 1BBZ A; 3GPL A; 3OW2 S; 1WXT A; 4FW2 A; 5D6Y A; 1WLP B; 2D8H A; 4F14 A; 3FIF A; 4BI4 A; 2CT4 A; 1SEM A; 5KYW A; 1M8V A; 2DET A; 1VYU A; 5CKF A; 3EH2 A; 3DLM A; 4BI8 B; 5CK9 A; 2E12 A; 2NUT A; 1BKB A; 1VQ5 A; 5CAI A; 3QJ6 A; 2XDP A; 3PFS A; 3WVE B; 4R56 A; 2L2P A; 5GAO m; 2R5M A; 4J9I A; 1QLY A; 1RL2 A; 4E7K A; 4BY6 B; 1YIT A; 2QXF A; 2DRK A; 1D09 B; 4ANJ A; 2JNG A; 2BIV A; 1XOV A; 2E70 A; 1V1C A; 4E7Z A; 1IB8 A; 2DA9 A; 1U3O A; 2EJG A; 2EKO A; 3NGP A; 3S3M A; 2VGN A; 5CKH A; 1K9M U; 5CCA A; 4OGC A; 5KYX B; 1VQL T; 2JS0 A; 3OYA A; 4BAC A; 1S72 Q; 2ZZD A; 3JCM h; 2K4Y A; 2KDS A; 3H41 A; 3M4G A; 1SHG A; 2CUB A; 2RHU A; 1W2B S; 4HVV A; 4JRK A; 2GQV A; 2DBK A; 3MCA B; 4LUE A; 1QKW A; 1QVG S; 2V1Q A; 1ACM B; 1YCS B; 4OVA A; 5IHI A; 1ZHI A; 4FYW B; 1Q81 C; 3RER A; 1I5O B; 1M2V B; 2DL8 A; 1YHQ A; 1VQN T; 3MO8 A; 2K3X A; 2PVG B; 3UA7 A; 2KRN A; 3X25 B; 3HSB A; 2EVR A; 5GAM h; 2EYZ A; 1N9R A; 1QCO A; 1N8R U; 3HPW A; 2LZ6 B; 1IZ6 A; 2VKN A; 3FC3 A; 4C92 E; 4J9E A; 4N4G A; 4B6M A; 3CCE A; 3PIP A; 3QYH B; 1LCK A; 4JLI A; 3HRS A; 5GAN 3; 2DX1 A; 2XHC A; 1T0H A; 4M78 G; 3T9N A; 5ECA A; 1AWW A; 3A1P A; 1JJ2 S; 4A4G A; 3OSS C; 1VQO A; 3IQL A; 4D8K A; 2PUO B; 2QQB A; 1Y0M A; 3EG9 B; 4M77 G; 4D8D A; 2KR3 A; 3ER0 A; 1Q81 U; 4ELY C; 1H8K A; 2Y90 A; 4BB7 A; 1QCN A; 3KFV A; 1M4Z A; 1D3B A; 3M55 A; 2JMC A; 2OTJ Q; 2DVE A; 3UT1 A; 4PNO A; 3CCV A; 3VS3 A; 4KH0 B; 5LJ5 g; 1VQ6 Q; 4JPB W; 4M7A E; 1YJ9 T; 3P8D A; 4ATO A; 4M7D D; 4M77 C; 1XJW B; 2KT8 A; 2VYT A; 3OS0 A; 5GJW B; 1PG5 B; 3FJ5 A; 2DVJ A; 1N27 A; 2CGH A; 3OYF A; 1MGQ A; 2XD0 A; 2PQW A; 1YI2 A; 2QA4 Q; 1NPP A; 2PNI A; 2VB6 A; 3VKI A; 1C1A A; 2HL5 C; 2RD1 A; 3M0T A; 4M75 B; 3JCM W; 1VYT A; 1ZQ1 A; 3EG0 A; 3AT1 B; 4X1V A; 2K3B A; 3M54 A; 5IH2 A; 3QSU A; 1M8M A; 4JS4 A; 1YJN T; 5GAN 2; 2KNB B; 1GFC A; 1RAI B; 1J3T A; 1TWB A; 1KHC A; 2RN8 A; 2HCK A; 2RJE A; 1BCO A; 4MMK A; 1AWX A; 3JCM V; 3V7C A; 2DTO A; 2FEI A; 2DL5 A; 3X28 B; 3RUX A; 1LOJ A; 2K57 A; 3QUI A; 2NUP B; 2E1H A; 5I21 A; 2L3R A; 1VQ5 T; 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