The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
110
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structure length |
110
|
Chain Sequence |
MLQERVFHINDRVWLKTGANTWWPAKVTSVTGVEGVDGRSSETGTSTVTVLTYPGTQNKATYKNVDSHSSAITFFEPSSEKAVTANEDLLQAIRNAEEDKESNALRFEPT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of TbTFIIS2-1 PWWP domain from Trypanosoma brucei.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transcription elongation factor S-II
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Trypanosoma brucei
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| total genus |
9
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| structure length |
110
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| sequence length |
110
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K3X A; 3C4S A; 3H6Z A; 5D6X A; 4UC4 A; 2M0O A; 2RI2 A; 3H8Z A; 3ME9 A; 2R5A A; 2F5K A; 3FDR A; 3OYL A; 3LGL A; 2QQR A; 2DAQ A; 3S6W A; 3OYJ A; 1SSF A; 2LTO A; 4CRI A; 2CKK A; 2R58 A; 2B8A A; 2MWO A; 2QQS A; 2RHZ A; 2HQX A; 4QVZ A; 2RJE A; 3BDL A; 5KCH A; 4QQD A; 2LDM A; 3OYC A; 3L2R A; 5J39 A; 2EFI A; 2X35 A; 5IAY A; 4IUP A; 5D6W A; 2RHY A; 2EQU A; 2RHX A; 3OYB A; 4E7K A; 3PNW C; 3OYA A; 1WGS A; 2L8D A; 1N27 A; 2R57 A; 2RO0 A; 5CIU A; 5M9O A; 4C5E A; 3FEO A; 3FC3 A; 3OMG A; 4A4E A; 3KUF A; 3FLG A; 3Q1J A; 3OA6 A; 3UT1 A; 1H3Z A; 3LLR A; 1OYX A; 2VYT A; 3EAE A; 4L59 A; 2D9T A; 2X4W A; 2X4Y A; 4A4G A; 3L2W A; 1WJR A; 3NTK A; 3MEV A; 5IN1 A; 2EKO A; 3LGF A; 5KE2 A; 5KCO A; 2YRV A; 4IUQ A; 4QQ6 A; 3QBY A; 1KHC A; 2BIV A; 2O4X B; 2P0K A; 4B9X A; 3OYG A; 4ZTF A; 4Z02 A; 2BKD N; 5KH6 A; 2GFA A; 5C0M A; 4C5G A; 4BE2 A; 3MO8 A; 4A4H A; 4IKF A; 1G5V A; 4N4G A; 4E7J A; 3PMT A; 4PLI A; 5C6S A; 1MHN A; 2XK0 A; 4IUU A; 3OS0 A; 2RJD A; 4FU6 A; 2GF7 A; 3DB3 A; 3L2V A; 3OMC A; 4PLL A; 2JTF A; 2M1H A; 3LYI A; 3OQ5 A; 4N4I A; 4QQG A; 2PQW A; 3PFS A; 2XDP A; 2RI5 A; 3OYI A; 2LRQ A; 3MP1 A; 3L2U A; 2RI3 A; 1OZ2 A; 4FL6 A; 1WJQ A; 1OI1 A; 2L89 A; 3OYD A; 1WJS A; 4NS5 A; 3MET A; 2EQM A; 2RHI A; 3O8V A; 1XNI A; 3QII A; 4ZTJ A; 3ASK A; 2EQJ A; 3MEA A; 4E7L A; 2IG0 A; 2GFU A; 3GOX A; 2R5M A; 4A4F A; 3OS1 A; 3SD4 A; 4HCZ A; 3LX7 A; 3MEW A; 4E7I A; 4E7H A; 4C5I A; 2DIQ A; 3P8H A; 4BAC A; 2E5Q A; 3MEU A; 3ZEH A; 4BDZ A; 3E9F A; 4OVA A; 3OYN A; 3MP6 A; 3QJ6 A; 2EQK A; 2JZ2 A; 4II1 A; 5FRO A; 3OYE A; 4LD6 A; 4QW2 A; 2RHU A; 3NTI A; 3OYF A; 4IUR A; 4C5H A; 3NTH A; 2WAC A; 3QKJ A; 2E6N A; 1RI0 A; 3OYK A; 3S3M A; 2LVM A; 2DIG A; 3M9Q A; 4Q5W A; 2BUD A; 2HQE A; 3P8D A; 4RG2 A; 4X34 A; 2L3R A; 4BE1 A; 3OY9 A; 3S3N A; 3DB4 A; 2LCC A; 3OYM A; 5J26 A; 4GY5 A; 5KE3 A; 2MWP A; 3OB9 A; 4N4H A; 5D6Y A; 2K3Y A; 3L2Q A; 3L42 A; 3E9G A; 2M16 A; 2G3R A; 2FHD A; 3MP8 A; 4IUV A; 4BD3 A; 3S3O A; 1OZ3 A; 4BDY A; 4BE0 A; 5FRN A; 3DLM A; 2NLU A; 2RJF A; 2RJC A; 3OS2 A; 5FRM A; 3CEY A; 2O4X A; 4IUT A; 3UWN A; 3LH0 A; 3OYH A; 3PMI A; 3F70 A; 4B9W A; 4PL6 A; 2X4X A; 4EDU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D0Q B; 4BUG A; 2SEM A; 3JCM J; 3CME T; 1H92 A; 1JB0 E; 2NYS A; 2B8A A; 2MWO A; 2VC8 A; 2AK5 A; 2EYZ A; 3C12 A; 1QQJ A; 5I2S A; 1K73 C; 5D6W A; 3JB9 H; 4ZN3 A; 4N0A C; 1W4S A; 1HJD A; 1N27 A; 2PTK A; 5LJ5 d; 3NHN A; 4A54 A; 2CZ0 B; 4BY6 C; 3SWN B; 3ER0 A; 1E7O A; 1M1K C; 2CP5 A; 1M3B A; 4MML A; 3SHW A; 2A37 A; 4A53 A; 5FW9 A; 2K9G A; 1PSF A; 1W2B A; 3QXE B; 4EMH A; 3OS0 A; 1B3Q A; 4RCC A; 1WHG A; 4F7U B; 4EPC A; 2YT6 A; 1AD5 A; 2ROL A; 2YUN A; 1WJS A; 3VJP A; 2KDS A; 1WXT A; 4ZGJ B; 4HT9 A; 3O8V A; 1KHI A; 1WA7 A; 4AT1 B; 4LD9 K; 3CCR A; 4E7Z A; 3LX7 A; 1CSK A; 2E5Q A; 1M1G A; 1PKS A; 2HBP A; 4LDW A; 4II1 A; 2DL7 A; 3TCJ A; 2H3J A; 2PVO B; 3HFO A; 1Q7Y U; 3VU3 C; 2RQR A; 4RG2 A; 3G6E Q; 1RAB B; 4ZN1 A; 2KAF A; 4FW1 A; 3SDZ A; 3CCU T; 3CBO A; 2GQI A; 3QSU A; 2QQB A; 2VGM A; 3L42 A; 5KYN A; 3REA B; 1X6G A; 2K6D A; 3UDC A; 2E65 A; 5CR2 A; 4PFP A; 2RJF A; 4J9D A; 4P5N A; 4IIO A; 3CCU A; 3JB9 F; 1BIB A; 1K8A U; 2EYY A; 1P92 A; 1KJW A; 3JSC A; 4D6W A; 2QDL A; 1PG5 B; 2CSI A; 1M90 R; 2QQS A; 2RHZ A; 2J6F A; 3BDL A; 5KCH A; 3M4G A; 2EQU A; 1AHJ B; 4Y92 A; 2HCK A; 4XU3 A; 2PUK B; 1VA7 A; 3TRE A; 3RKX A; 2COY A; 2EYW A; 3A8G B; 4J9C A; 4J9F A; 2EKO A; 1QWE A; 2YRV A; 1ZSZ A; 3EFS A; 2P0K A; 2FPE A; 2DL3 A; 4B9X A; 3URG A; 5A2Q E; 4Z02 A; 5LJ3 d; 4BE2 A; 1W1F A; 2ZAE A; 2E1H A; 2DD5 A; 2KBT A; 5C6S A; 2DRK A; 1YFN A; 1G3W A; 3QWX X; 3TSW A; 1PCX A; 2PU9 B; 3CCL A; 4ESR A; 1PD1 A; 1ZBJ A; 2WSF E; 3MP1 A; 3CCR Q; 3L2U A; 3RDV A; 1YJW T; 1SRL A; 5KYX B; 1WLP B; 3J80 E; 4E7L A; 2KXD A; 2R5M A; 3M0R A; 4A4F A; 4RTV A; 1T3L A; 3SD4 A; 1Y57 A; 2GTJ A; 4R0K A; 2Y4Y A; 4C5I A; 1YJW A; 3OS5 A; 2DTH A; 4LUD A; 5GAN j; 5GAN h; 1V76 A; 2K4Y A; 3E9F A; 2V8I A; 2JZ2 A; 5FRO A; 1SSH A; 4JJN K; 5CKF A; 1VQM A; 4A4K A; 3UAT A; 1WI7 A; 3P8D A; 2QGG A; 1Q7Y C; 2L3R A; 2F69 A; 1YBY A; 4M7D D; 2K57 A; 2EYX A; 2K3Y A; 3CCU Q; 3E9G A; 3S3O A; 1VUB A; 2NUZ A; 3P8B B; 1X6O A; 2AKK A; 1IGQ A; 1CKB A; 2F1L A; 1RAD B; 2RNA A; 1VIF A; 4J6X A; 2V1Q A; 1K8A C; 2MK5 A; 5GAM j; 5GAM h; 2R5A A; 1O9S A; 1ZUK A; 3S6W A; 4EMK A; 1PSE A; 3LW5 E; 4M7D A; 3VKI A; 2D6F A; 4RG8 A; 5LJ5 g; 2QEX T; 4GLK A; 2DTI A; 3TQ7 P; 3JV3 A; 1YHQ T; 1M3C A; 3C95 A; 4JRK A; 3OMG A; 4ZNX A; 2LQN A; 1Y96 B; 3HL8 A; 2OI3 A; 4RTZ A; 2QEX A; 1RAA B; 1QCF A; 1ZA1 B; 1K0S A; 2V8J A; 2FPF A; 4XQ3 A; 3NFC A; 4HXJ A; 2JS0 A; 4QQ6 A; 2D0N A; 1D1B A; 3U23 A; 2W0Z A; 2DXT A; 3RUX A; 4Z89 A; 4E7J A; 1SPK A; 5CKD A; 3PMT A; 3L2Z A; 3CCL Q; 3M5A A; 2DPP B; 3UA6 A; 2BE9 B; 1EIF A; 1M9S A; 3VS7 A; 2JTF A; 3HRS A; 3M55 A; 1OPK A; 2XDB A; 2ZPB B; 4YTL A; 5GMK j; 4M7D E; 5GMK h; 3BY7 A; 1YJW Q; 2E10 A; 2DD4 A; 5A0G A; 4RMO A; 2Z0W A; 3MEA A; 1NG2 A; 4E7I A; 4C0D C; 4J9H A; 1VQM Q; 1AWW A; 2K5F A; 1DJ7 B; 2M9U A; 4QW2 A; 1W70 A; 2BE7 D; 2DVE A; 1NPP A; 1M2V A; 1S72 T; 4LDY A; 2BUD A; 2MPX C; 2VUB A; 2FO0 A; 3OB9 A; 3PTA A; 4N4H A; 5LJ5 e; 1S72 A; 3SFM A; 1OZ3 A; 4HVW A; 4OP0 A; 3CC7 A; 3OS2 A; 3HTR A; 5FRM A; 1R0B G; 3LH0 A; 2PVD B; 3PMI A; 4KBM B; 4FYW B; 2X9H A; 1JBM A; 2CDT A; 3H0F A; 1H3H A; 4OMP A; 2F5K A; 3H41 A; 2YUO A; 1GCQ C; 4JDS A; 1D1C A; 2EIF A; 2X51 A; 1N9S A; 1O75 A; 1ZHI A; 2LNH B; 5J39 A; 2JVV A; 1D09 B; 5GAO p; 1RL2 A; 2QEX Q; 5EG2 A; 4F16 A; 1HD3 A; 1NPR A; 2MOX A; 4M75 C; 3FRN A; 3T9N A; 3UA7 A; 1UGV A; 4AFS C; 3O5Z A; 5LJ3 g; 1ZUU A; 1RAF B; 3GPL A; 2D9T A; 4QVD A; 2KI7 A; 4R55 A; 3MEV A; 5KE2 A; 5KCO A; 1F1B B; 3E19 A; 3OW2 P; 1IO6 A; 3CCS A; 3H0H A; 2DE0 X; 4N4G A; 4OF1 A; 1MMN A; 1BI3 A; 4PLI A; 1GBR A; 3M54 A; 2RK1 A; 4XAX B; 4BY6 B; 1RAI B; 4FU6 A; 3DB3 A; 3KFV A; 3OMC A; 1QCN A; 4JLI A; 1K1Z A; 2ZPH B; 2MIO A; 4JLG A; 1GFC A; 4OMN A; 1NM7 A; 1TXQ A; 2ED0 A; 2MMP A; 4M7A A; 1RAE B; 3VS5 A; 1VYV A; 1M5Q 1; 1MV3 A; 4M78 A; 2KR3 A; 3JRZ A; 2DBK A; 1QKX A; 1NJI R; 5KYU A; 4V2S A; 2DZ9 A; 4DEY A; 2FL7 A; 1WYX A; 4M75 F; 3A98 A; 3CXC S; 2ZPE B; 2BZX A; 1QMC A; 1M4Z A; 4C5H A; 4X34 A; 5IXF A; 1S72 Q; 3M0U A; 3OY9 A; 5KYW B; 3OYM A; 5J26 A; 3CC7 Q; 3OW2 A; 2DA9 A; 2V26 A; 3G4S T; 2RF0 A; 4HA8 A; 1D1A A; 3VS2 A; 1ZSG A; 1KC8 R; 2EYQ A; 2I0N A; 4RKU E; 3OSS C; 4BI3 A; 3F70 A; 1JJ2 P; 4M7A E; 2QTX A; 2HD0 A; 2X4X A; 2HSP A; 1LCK A; 4FSS A; 4D8D A; 3GOX A; 1VQ5 T; 2C06 A; 2K3X A; 1FXX A; 4KH0 B; 1C6V X; 2RH2 A; 1PRM C; 2CUB A; 3FDR A; 4M78 E; 4JRI A; 2LTO A; 4CRI A; 2LJ3 A; 1KIK A; 3WVE B; 4QVZ A; 1VQ7 T; 1VQ5 A; 4C92 C; 2OAU A; 1NBE B; 2DL4 A; 4DOW A; 2VVK A; 4M77 C; 2NUP A; 2RO0 A; 4OMF B; 4RTT A; 3FEO A; 3FC3 A; 1M90 U; 2LNV A; 3EG1 A; 5AT1 B; 4C8Q D; 5IHK A; 2WSE E; 2QYZ A; 3CCS Q; 2J7I A; 2DJQ A; 2VYT A; 1OU9 A; 1X6B A; 1X01 A; 2E6Z A; 5IN1 A; 4J6W A; 4WF2 A; 1ARK A; 3QYH B; 4VUB A; 4PJM A; 5HK0 A; 3EGX B; 3BDU A; 4ORZ A; 5C0M A; 2DZC A; 1Y07 A; 1ZBX A; 3PIP A; 4DA4 A; 3A8L B; 4DBH A; 4C0G A; 3C0C A; 4C8Q A; 2M1H A; 4Z88 A; 4QQG A; 3CXC P; 1JJ2 A; 4JJB A; 1I4K 1; 1QVG S; 3OYD A; 1OI1 A; 1FYN A; 2IIM A; 5GAO q; 4C92 F; 3QII A; 1C1A A; 1VQ4 A; 1BYM A; 3JCM X; 4XTX A; 3QUI A; 4KUI A; 4LN2 A; 4M77 F; 3JCM f; 4A63 B; 3GF5 A; 2ATC B; 2LZ6 B; 2RHU A; 4ZGD B; 3I35 A; 3CPF A; 5HCK A; 2DX1 A; 3QO3 A; 1SRM A; 5GAN 5; 3OSV A; 2RN8 A; 2QAZ A; 1UHF A; 3CPW S; 4BE1 A; 4X1V A; 3CQT A; 2MWP A; 1BI1 A; 3MPU B; 2O88 A; 1WXU A; 2YUQ A; 4XU2 A; 4FM4 B; 1KSW A; 2IVW A; 4C8Q E; 3EFO A; 2CRE A; 3EFR A; 2M02 A; 2CYZ B; 1LVK A; 1K9M R; 2GTO A; 1SHG A; 4CI0 C; 3C4S A; 4D8K A; 1VQ5 Q; 3CXC A; 3HKS A; 1VQP T; 2DXC A; 1MGQ A; 1KG1 A; 4J8O A; 2DER A; 3AT1 B; 3RER A; 2RA2 A; 2DET A; 1QWF A; 4M75 G; 2FYK A; 3OYC A; 1VQ7 Q; 2P4R A; 3HSB A; 1VQP A; 2HDA A; 2JNG A; 2XD0 A; 1B34 A; 5DY9 A; 3VRZ A; 1Q86 R; 1ABO A; 2DMO A; 2KK4 A; 1KK7 A; 3HHT B; 4L59 A; 3JCM e; 1MND A; 1LNX A; 1PNJ A; 4J9G A; 2KQW A; 2ZPF B; 2E5K A; 2DJZ A; 4AFZ C; 3RMQ A; 4A4H A; 1UFF A; 1PM3 A; 1WZO A; 3EG9 A; 4PJO D; 1HYO A; 1I5O B; 2DLP A; 2CP7 A; 3LYI A; 4N4I A; 4ELY C; 8AT1 B; 2PQW A; 3PFS A; 2KY9 A; 2JTE A; 2KE9 A; 4FL6 A; 1VYT A; 3EG2 A; 3M0T A; 3JCM P; 4L6V 5; 2HSE B; 3E1S A; 1FMW A; 4JJC A; 2FRY A; 5GAN 3; 2C0I A; 5GAM d; 3CPW P; 1SEM A; 1RLP C; 4PJO A; 2PZ1 A; 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3MJX A; 1I81 A; 2XKO C; 2O9V A; 1PWT A; 3PIO A; 1R77 A; 3CCV Q; 1BI0 A; 2J06 A; 2XID A; 5D6Y A; 3V8L A; 1VQM T; 2E41 A; 2YRC A; 4BDY A; 2NLU A; 1U1T A; 4IUT A; 2LJ1 A; 1YWO A; 1WHJ A; 1WDX A; 2AT1 B; 4NL2 A; 2CZ7 B; 1T0J A; 5GAN 6; 3R6N A; 4OB3 B; 3JCM Q; 4EMG A; 3PVL A; 1KC8 U; 1WPY A; 1SSF A; 3QJY A; 5J3B A; 3MHX A; 4JZ3 A; 4EIK A; 2DEQ A; 2F2V A; 2DM1 A; 2FPD A; 2EKH A; 1U8R A; 2DTO A; 3OYB A; 1JQQ A; 4JRP A; 2EJG A; 5GJV B; 3WXM B; 3ZL7 C; 2LT4 A; 4B6M A; 4EMK C; 4C92 B; 5GAN f; 4M7D C; 4M77 B; 1Y7X A; 5LJ5 j; 4JUV A; 4FT4 A; 1ZA2 B; 2EJF A; 4C5G A; 1WXB A; 4OGC A; 1TSF A; 1T0H A; 2RJD A; 2CP0 A; 2EGA A; 2LCS A; 4M4Z A; 5CQX A; 3UPU A; 1EX4 A; 1H64 1; 2RI3 A; 3EGD A; 3R6O A; 1ZQ1 A; 1G3T A; 3MET A; 2EQM A; 2NUT A; 2EQJ A; 2QAS A; 4KGZ B; 4FT2 A; 2MI6 A; 2ZPI B; 3V7R A; 4JS5 A; 3M56 A; 1YIT T; 2YRD A; 5GAM f; 4FW2 A; 2YDL A; 3JB9 G; 2GQV A; 3M0P A; 1VQ6 T; 2CP6 A; 4M7D F; 3S3M A; 1YIT A; 1D3B B; 2KYM A; 4FYX B; 1Z9Z A; 3X26 B; 1NJI C; 3LWH A; 4XU0 A; 1VQ6 A; 4OGE A; 1TTH B; 3JCM d; 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