The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
METPLDLLKLNLDERVYIKLRGARTLVGTLQAFDSHCNIVLSDAVETIYQLNNEELSESERRCEMVFIRGDTVTLISTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Architecture of the Lsm1-7-Pat1 Complex: A Conserved Assembly in Eukaryotic Mrna Turnover
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
SM-LIKE PROTEIN LSM1
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| total genus |
15
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-10-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XU3 A; 1D3B B; 1BIA A; 1HXD A; 2EJG A; 4EMK B; 4HT8 A; 4C8Q E; 5GAO r; 4XU0 A; 3SWN A; 5GAM g; 3M4G A; 3EFR A; 5CAI A; 3V8K A; 4C92 B; 1N9S A; 3PGG A; 4C92 D; 1B34 B; 2DXT A; 4M78 D; 2E65 A; 4M78 F; 1U1T A; 4M78 A; 4A53 A; 4M7A A; 4M7A F; 3RKX A; 2YHT A; 1I81 A; 2VXF A; 3JCM c; 5GMK h; 4MMK A; 2QTX A; 3FJP A; 3FB9 A; 5GAN j; 3QHS A; 4JRI A; 3RES A; 4XTV A; 3EFS A; 1I8F A; 3SWN C; 3JCM e; 5GAN h; 1MGQ A; 2ZGW A; 1KQ2 A; 2E64 A; 2DZ9 A; 1WQW A; 2YLB A; 4C92 G; 4M78 E; 1M5Q 1; 4PJO E; 4M75 C; 1U1S A; 4M77 C; 3JCM P; 4XTY A; 2DKG A; 2I2L A; 5GAN 3; 1LJO A; 1TH7 A; 4XQ3 A; 4XU1 A; 1JBM A; 5GMK m; 4XTX A; 2HNI A; 2E10 A; 1WQ7 A; 3RIR A; 3BFM A; 4J6W A; 3JB9 G; 4XTU A; 3V7C A; 4F7U G; 5GAN 5; 4RCB A; 3JCM Q; 3BY7 A; 3JCM W; 2EWN A; 3JB9 I; 4PJO A; 3L2Z A; 3RUX A; 5GAM f; 3RER A; 4M7D E; 3BW1 A; 4M7A C; 4C92 A; 4J5Y A; 4PJO B; 1I4K 1; 1JRI A; 2Y90 A; 1B34 A; 4M78 B; 4C8Q D; 4C8Q F; 1I5L A; 3HSB A; 3SWN B; 3JB9 H; 5GAN e; 2RA2 A; 4N0A A; 2EJF A; 3JCM g; 4EMK C; 1N9R A; 2DVE A; 2DXU A; 4NOY A; 5LJ3 h; 3SB2 A; 5GAO l; 3JB9 J; 3AHU A; 2DZC A; 5GAN 7; 4M7D A; 4M7D C; 4M77 A; 4M75 A; 1Y96 A; 4C92 F; 4F7U A; 4PJO G; 4M78 G; 5GAO m; 2DTH A; 4M7D B; 4OP0 A; 3QSU A; 4EMH A; 5LJ5 e; 1D3B A; 5GMK i; 4A54 A; 3JCM J; 3JB9 F; 5LJ5 h; 4HA8 A; 4C8Q B; 4XTZ A; 1H64 1; 4NL3 A; 5LJ3 g; 5GAO q; 3V7R A; 4PJO C; 4C8Q C; 5LJ3 j; 5GAN f; 4M7A B; 4JLI A; 4X9C A; 4QVD A; 4XU2 A; 5LJ5 f; 4X9D A; 5GAM d; 3V8L A; 3GIB A; 4M7D G; 3QO3 A; 1M8V A; 5GAN d; 5GAN g; 5GAO p; 3INZ A; 2K57 A; 4C8Q G; 4NL2 A; 3QUI A; 5DY9 A; 3JCM f; 2E1H A; 5GAN 2; 3L1A A; 1BIB A; 4J6Y A; 3HFO A; 5GAM j; 5GAN 4; 2VXE A; 4PNO A; 4WF2 A; 3JCM V; 4M7A G; 5LJ3 d; 4J6X A; 4M75 B; 4M77 B; 4F7U F; 5LJ5 d; 4M77 D; 2EAY A; 2DTI A; 4M75 D; 4M75 F; 4M77 F; 3HFN A; 4C92 E; 4M7D F; 4EMK A; 5GAN 8; 2JN0 A; 3JCM b; 3JCM h; 4F7U E; 4V2S A; 2EJ9 A; 2VC8 A; 4N0A C; 3JCM X; 1LNX A; 1X01 A; 4HT9 A; 2DTO A; 4F7U B; 4QVC A; 5GMK e; 1LOJ A; 4JRK A; 4RCC A; 4C8Q A; 5GAM e; 2E41 A; 5GAO n; 5GMK l; 3RKW A; 4M75 G; 4M77 G; 4M75 E; 4M77 E; 5LJ3 f; 4M78 C; 1WNL A; 2DEQ A; 4MML A; 2YLC A; 3V7S A; 3VU3 C; 4Y91 A; 4C92 C; 5I21 A; 2FYK A; 1WPY A; 2RD1 A; 4PJO F; 5LJ5 j; 4PJO D; 5LJ5 g; 2RB6 A; 3JB9 D; 3V8J A; 4DQ2 A; 4M7A D; 1KQ1 A; 1YCY A; 5GAM h; 4XTW A; 5GAN 6; 2CGH A; 3FIF A; 5LJ3 e; 4JUV A; 3BDU A; 3JCM d; 5GMK j; 1Y96 B; 1HK9 A; 4EMG A; 4M7A E; 2FB7 A; 2DJZ A; 4M7D D; 3RKY A; 2RM4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XU3 A; 1ZUK A; 1VQ4 Q; 1YN8 A; 1NYG A; 4BDY A; 2E5Q A; 1VQ8 Q; 1NEB A; 2YHT A; 4QQD A; 2OI3 A; 2DYB A; 2GNC A; 2MMP A; 3QHS A; 1K8A U; 4XTV A; 2MPX C; 4E6R A; 4PL6 A; 1RAC B; 2ZPF B; 5A0L A; 1N6A A; 1IHV A; 3TEE A; 4XU1 A; 3I55 T; 3N5B B; 2FVU A; 1X69 A; 2V26 A; 4EIK A; 1M90 U; 5GAM f; 1FMK A; 2K4Y A; 4M78 B; 4OGC A; 4C8Q F; 4E47 A; 1WX6 A; 1AZE A; 3OYJ A; 1YHQ Q; 1TXQ A; 1Y57 A; 4LDY A; 2RI2 A; 2O9V A; 2DEU A; 4M7D A; 4RTU A; 2EFI A; 2EQU A; 4BUG A; 4C0F A; 2V1R A; 5LJ5 e; 2YRV A; 5IN1 A; 5LJ5 h; 3UWN A; 1VQ9 A; 3FLG A; 1AWO A; 4ORZ A; 3LLR A; 2CP3 A; 4NS5 A; 3V7R A; 2MIO A; 1IGU A; 2A08 A; 4RTZ A; 5GJW B; 4C0D B; 2H3E B; 1NM7 A; 3P8D A; 3TRE A; 2C0T A; 4E2F B; 1IHW A; 2LVM A; 4NL2 A; 1K9M C; 2I0N A; 3G6E Q; 3MHX A; 4WF2 A; 1JU5 C; 4M7A G; 3LYI A; 1YNZ A; 1RLP C; 4EMK A; 1VQM A; 1ABQ A; 2VAS A; 1PSE A; 2JTF A; 3OA6 A; 2KI7 A; 5M9O A; 2DL3 A; 5GAO n; 4OMF B; 1M1F A; 2GCX A; 1XTD A; 1VQP Q; 4OB0 B; 2LQW A; 2EIF A; 3CD6 A; 5CK9 A; 3MEA A; 3GBQ A; 2YT6 A; 2HDA A; 2YWW A; 2PVD B; 1GCP A; 2LC4 A; 1BIA A; 1YI2 Q; 1M2V B; 2DVJ A; 2VV5 A; 1X2Q A; 3CC7 A; 2KXC A; 2CZ0 B; 5J26 A; 3X28 B; 3EGD A; 2JZ2 A; 3TU4 K; 4M78 F; 1YBY A; 3EGU A; 1H3H A; 1Q7Y U; 4IUT A; 1Z9Q A; 1UJY A; 2HCK A; 5GAN h; 4BY6 C; 3VS1 A; 4PLI A; 3I5R A; 1C0M A; 1OQK A; 3OMC A; 3MKD A; 1Q86 U; 2R5A A; 1QW1 A; 2C06 A; 5CKB A; 1GXI E; 3SFM A; 3JB9 G; 5GAN 5; 2L3R A; 3BY7 A; 4M7D E; 3CCJ T; 5KCO A; 2ROL A; 1JRI A; 3Q1J A; 2HKQ B; 2V8I A; 3JB9 H; 1KD1 U; 2LDM A; 4N0A A; 5HK0 A; 2YRC A; 1VQ8 T; 1VQ5 A; 3U23 A; 3CCV A; 1M3C A; 4MZP A; 3CD6 T; 3MJX A; 1G3T A; 3CCS A; 4FYX B; 2RI3 A; 4NL3 A; 1KD1 C; 1I0C A; 5GAN f; 5I11 A; 3CCR T; 3CXC P; 3V8L A; 1VIE A; 2DL8 A; 2M1H A; 3QYH B; 3NFC A; 1V76 A; 1MHN A; 3M58 A; 1D0X A; 1VQP A; 4GBQ A; 1D09 B; 3G4S A; 3MET A; 1Z9Z A; 3OYN A; 2GFU A; 4D6W A; 5KYY B; 5LJ5 d; 2DX1 A; 3CEY A; 1QP3 A; 1BKB A; 2D0N A; 3VYH B; 1B3Q A; 2LJ1 A; 1JEG A; 2A7Y A; 1VQL T; 1K8A C; 4Y92 A; 4DBH A; 1YP5 A; 2JTM A; 2QDY B; 2EYX A; 1SPK A; 5LJ5 g; 4IUP A; 3PMT A; 1JQQ A; 2RHZ A; 2GFA A; 1HSQ A; 5GMK j; 2MF2 A; 1HK9 A; 1U3O A; 2JMC A; 5D6W A; 1MMD A; 3JV3 A; 3MP6 A; 2ZPH B; 1TU0 B; 5HCK A; 2PTK A; 3SD4 A; 3CCV T; 3M4G A; 1K73 R; 2XID A; 3M0U A; 1M90 C; 2E12 A; 3JCM c; 2PUO B; 3J80 E; 2B8A A; 2X35 A; 2GTJ A; 2D9T A; 2J6O A; 2DXC A; 5EC7 A; 2OX7 A; 5CIU A; 4DOW A; 4KT0 E; 2DD4 A; 5GMK m; 1EZZ B; 1UB4 A; 1UGS B; 2K5F A; 3O8V A; 2E10 A; 4MDX A; 4YTL A; 2V1Q A; 1RAG B; 4RCB A; 2RH2 A; 2RO0 A; 2DYI A; 2EGA A; 2JS0 A; 5CKD A; 2KBT A; 4DA4 A; 3JCM g; 1ZQ1 A; 2DVE A; 1OOT A; 4BDZ A; 1E6H A; 1M4Z A; 1QQJ A; 2FRY A; 2ZAE A; 4JJC A; 2DA9 A; 2L3S A; 4BE1 A; 3GPL A; 1GFD A; 1K0S A; 1AEY A; 1VUB A; 2AZS A; 3J7A F; 1Y0M A; 2D1X A; 2DF6 A; 4DBQ A; 4IUV A; 4XTZ A; 4E7K A; 3CC2 A; 4MZM A; 1TSF A; 2LNV A; 1BK2 A; 2F5K A; 2IVW A; 2JVV A; 5GAN 2; 2RJE A; 3URG A; 2FZC B; 3JCM V; 2X4W A; 3RMQ A; 4M77 F; 3RMS A; 4ZTF A; 2HAX A; 1QLY A; 2P0Q A; 3CQT A; 3I56 Q; 4F7U B; 2OTJ Q; 1SSH A; 5FW9 A; 2LMJ A; 1OX8 A; 1W70 A; 2A37 A; 3L2V A; 4J9B A; 1AWW A; 1NJI R; 1WHL A; 4J9E A; 3GF5 A; 3M0S A; 4OVA A; 5CO7 A; 2DRK A; 2P0K A; 2LCS A; 4JRP A; 1VQK T; 2CGH A; 1Y96 B; 3DB4 A; 2DMO A; 3CCR A; 3RKY A; 1RI0 A; 2NWM A; 4EMK B; 3SWN A; 4ELZ C; 1N9S A; 3PGG A; 1K73 U; 1QCO A; 1ZBX A; 3EHQ A; 1RL2 A; 3J81 E; 4E7H A; 1QVF S; 4JRI A; 4JZ3 A; 5I2S A; 3NHN A; 3ULR B; 1ZA1 B; 4FYV B; 1WXU A; 1T3L A; 2OAW A; 2E6N A; 2JNG A; 4IIM A; 4AFZ C; 5IXB A; 3CC2 Q; 4M7A C; 2LQ8 A; 2YUQ A; 3VUB A; 3G4S Q; 2KGT A; 3OMG A; 3EG9 B; 1VYU A; 2CZ6 B; 4LDV A; 2CH4 A; 1N27 A; 4ESR A; 3AHU A; 3OBW A; 3GLX A; 4OB2 B; 5CR2 A; 2DNU A; 2Z0W A; 3HP9 A; 3CCJ A; 4PK4 A; 2X4J A; 3QDR B; 3CCS T; 2K2M A; 3E1S A; 2CS7 A; 4AG1 C; 3I5S A; 3WVD B; 1YIT T; 4JLI A; 1YCS B; 1JJ2 S; 2EYZ A; 1MV3 A; 3A5Z B; 4ZNX A; 2DK3 A; 3VYG A; 1PM3 A; 4N4I A; 3DKM A; 5FRN A; 4MDW A; 2C0I A; 2BZ8 A; 1IB8 A; 1YIT Q; 2K2V A; 5L8R E; 3UA7 A; 3RKW A; 3QWY A; 2D0Q B; 4AMC A; 2RB6 A; 2X4Y A; 3LW5 E; 1PKT A; 1AWX A; 3G6E T; 3OYA A; 3FIF A; 1TG0 A; 2R5M A; 3S3M A; 4O5V A; 5KYX A; 2EJG A; 4FYY B; 1Q81 R; 3UAT A; 1SSF A; 1RAD B; 2ECZ A; 1BBZ A; 5D6X A; 4L6V 5; 2QQA A; 3R6O A; 1GCQ C; 4RUG A; 2QXF A; 3NMZ C; 2JUF A; 5GAN j; 4B9W A; 1VQP T; 2AKL A; 3G4S T; 4JLG A; 5FU7 B; 2VGM A; 4JS4 A; 3PNW C; 1KHC A; 3HTR A; 3C0C A; 4N4G A; 1B07 A; 1IRE B; 3CCQ Q; 4LDX A; 4BI4 A; 1QKW A; 3RIR A; 5IHI A; 3MP8 A; 3CC4 A; 2VVK A; 1KSW A; 1QWF A; 2RK2 A; 4D8D A; 1ZA2 B; 2O9S A; 3TVT A; 3FDR A; 2P0P A; 2BE7 D; 1KG1 A; 1S72 Q; 3L2Q A; 1OU9 A; 2O01 E; 4J9H A; 3X24 B; 3M0Q A; 2G6F X; 2MK5 A; 3ASK A; 4C8Q B; 3JAM E; 1SRM A; 4J7F A; 2P4T A; 1M3A A; 1SEM A; 3EGD B; 2RF0 A; 1X27 A; 4X9D A; 1YJ9 Q; 3NGP A; 2NYS A; 1MMA A; 1V1C A; 1RAE B; 3NTI A; 2NUZ A; 2K57 A; 1YIJ T; 3HFO A; 4PNO A; 2KRN A; 3OQ5 A; 3GNG A; 3HFN A; 3H8Z A; 3JCM b; 3QZ5 B; 4QQ6 A; 2J6K A; 1D0Z A; 5J39 A; 2CT4 A; 4VUB A; 3VS2 A; 4JJB A; 1YHQ A; 3AT1 B; 3QYG B; 2K9G A; 3TCJ A; 4M77 E; 2XI9 A; 3HRT A; 1WPY A; 3H41 A; 4A4H A; 1BCM A; 2RPN A; 1ZX6 A; 3LWH A; 2WSF E; 1M1K R; 3ZL7 C; 2DAQ A; 3CBO A; 2YUN A; 1HXD A; 2O4X A; 3M5A A; 5GAO r; 5GAM g; 4HCC A; 1M27 C; 4HVV A; 3EFR A; 2DRM A; 1NZ9 A; 2DXT A; 3RKX A; 4Q5W A; 5A2Q E; 2Y4Y A; 4DOV A; 2HL5 C; 1NE8 A; 2QYZ A; 1YJW T; 3CME T; 4ZGD B; 3CCJ Q; 1W2B S; 3CXC S; 3OYI A; 1M5Q 1; 1G83 A; 1U1S A; 2LQK A; 5GAN 3; 3UA6 A; 4FSX A; 3OYL A; 2HNI A; 5IT9 E; 1B7T A; 1GBQ A; 4J6W A; 1T0J A; 1VQO A; 1VQ9 T; 2X51 A; 4PFZ A; 3CD6 Q; 4J5Y A; 4M4Z A; 2DL4 A; 3HKS A; 5J3B A; 1G3Y A; 1YJ9 T; 1W2B P; 1VQ6 A; 2PZ1 A; 4A4K A; 1YIJ Q; 3P8H A; 4PJO G; 1WA7 A; 3M54 A; 3ER0 A; 1ZHI A; 2LP5 A; 1RI9 A; 1WHJ A; 1LPL A; 3QJY A; 2DD5 A; 1QKX A; 2YDL A; 3CCE T; 1M3B A; 2FHD A; 3NTH A; 2FPF A; 3VUZ A; 3C95 A; 4AG2 C; 2MI6 A; 4FIB A; 1VQN T; 2E6Z A; 2DXB A; 4LDW A; 3CPW A; 3OYF A; 2IPO B; 3CC4 T; 2WAC A; 5CVI A; 1K9M U; 4OML A; 4V2S A; 1AWJ A; 1C1A A; 2ABL A; 1UFF A; 5D7U A; 1EX4 A; 4C8Q A; 3FRN A; 2E41 A; 3OYE A; 2DE0 X; 4LUE A; 1JJ2 A; 3REA B; 1UDL A; 3QXE B; 2LT4 A; 1JXO A; 3JCM d; 3VRZ A; 2XU8 A; 1MND A; 4BY6 B; 3TSW A; 2XIC A; 1KK7 A; 3OSS C; 5EG2 A; 4RTY A; 4C8Q E; 1CSK A; 1PD0 A; 4PFP A; 1YJN Q; 4LD9 K; 1M90 R; 1S72 A; 2RHX A; 4A53 A; 1P92 A; 1VQO Q; 1I81 A; 4RTX A; 1AZG B; 4JS5 A; 1M2V A; 4E7J A; 1TUG B; 1VQK Q; 3CPW S; 1W6X A; 4M77 C; 3QKJ A; 3CCQ A; 1VQL Q; 1D1C A; 4ME7 A; 4J9D A; 2DIG A; 1WHM A; 1TH7 A; 4FT2 A; 4J83 A; 4XQ3 A; 1VQN A; 3QJ6 A; 1X6B A; 3MO8 A; 3JSC A; 3OYD A; 3CMA Q; 1BI3 A; 2O31 A; 4FYW B; 1VQM Q; 1A0N B; 4B6M A; 4Z88 A; 1FMW A; 1M8M A; 1VQ7 A; 5IXF A; 3MCA B; 1N8R C; 2EBP A; 2HEQ A; 4A4E A; 2SRC A; 2JT4 A; 3QSU A; 4LDU A; 1NBE B; 1DJ7 B; 5DLQ E; 5FWB A; 3WXM B; 2ZPG B; 1NLP C; 2NLU A; 3H0F A; 3BDL A; 5GAO p; 4R55 A; 3CC7 Q; 1U8R A; 1UG1 A; 1RLQ C; 4LXC A; 5IH2 A; 2QQB A; 4C5G A; 2OTL Q; 4E7S A; 4A4G A; 1ARK A; 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