The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
82
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structure length |
76
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Chain Sequence |
SHMSPLRVGSRVEVIGKGHRGTVAYVGATLFATGKWVGVILDEAKGKNDGTVQGRKYFTCDEGHGIFVRQSQIQVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Dynactin-1
|
| publication title |
Key interaction modes of dynamic +TIP networks.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Structural protein
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| total genus |
10
|
| structure length |
76
|
| sequence length |
82
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-07-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3E2U A; 1WHG A; 2HL3 A; 1WHK A; 2HQH A; 2COW A; 2E4H A; 3RDV A; 1TOV A; 1WHJ A; 1WHM A; 2CP3 A; 2CP5 A; 2Z0W A; 2HKN A; 2COZ A; 1IXD A; 2HKQ B; 1WHH A; 1TXQ A; 2E3I A; 2CP6 A; 2E3H A; 2CP7 A; 2QK0 A; 2COY A; 4B6M A; 3TQ7 P; 1LPL A; 1WHL A; 2CP0 A; 2M02 A; 2HL5 C; 2CP2 A; 2MPX C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M51 A; 1Y0M A; 1AZE A; 2O88 A; 5IHK A; 2EQJ A; 2HMA A; 2LQ8 A; 4M7A F; 4RTU A; 1GXI E; 1KSW A; 5GMK j; 2VB6 A; 4EMK C; 2PNI A; 4BI3 A; 2KXC A; 1YIT Q; 3QZ9 B; 3EHR A; 3QSU A; 2KRN A; 5GMK h; 1WHH A; 4JLI A; 4ME7 A; 2K79 A; 2DYB A; 3MO8 A; 1WI7 A; 1GCP A; 2E1H A; 3E19 A; 2QEX A; 2XU8 A; 1JXO A; 2FHD A; 1Q7Y R; 4M7D F; 4QW2 A; 3OW2 P; 5GAN 5; 2CP3 A; 3E9G A; 3VV0 A; 4M77 D; 3VS5 A; 3MCA B; 1BKB A; 3M0P A; 2V8I A; 1H64 1; 4PJJ A; 3BW1 A; 3BY7 A; 3CCM A; 3I9Q A; 4VUB A; 1G3Y A; 4L6V 5; 2F5T X; 2EFI A; 3LWH A; 3CC4 T; 3D7S B; 2O9V A; 2ZCF B; 2E12 A; 1VQM Q; 5FW9 A; 1X43 A; 4OMO A; 1SEM A; 1Y96 B; 3JB9 G; 4XTX A; 2DIQ A; 2COZ A; 2L2P A; 2LQN A; 4PL6 A; 1V29 B; 2YWW A; 1WHL A; 1VQL T; 4XU0 A; 5KE3 A; 3CC7 Q; 3G4S Q; 4XTW A; 2KVQ G; 1P92 A; 5I11 A; 3FB9 A; 2D9T A; 3UA6 A; 1GCQ C; 3RDV A; 3Q1J A; 1VQ5 Q; 1OUL A; 3QDF A; 4MZP A; 2HAX A; 2QAZ A; 3RUX A; 3FJP A; 5FLX E; 1UTI A; 3O8V A; 4J83 A; 1E6H A; 2O01 E; 2J05 A; 4BY6 C; 2RNA A; 3WVD B; 1QCN A; 5GAN 2; 2QDY B; 1N9R A; 2W0Z A; 2K57 A; 4J9C A; 3CC2 Q; 1G8X A; 3OBW A; 1EIF A; 2DJQ A; 2F5K A; 3VUZ A; 3KXT A; 4F7U A; 2OAW A; 2XDD A; 2PUK B; 4OGE A; 2QAS A; 1JU5 C; 4M77 F; 4IUP A; 1G2B A; 4BAC A; 2QQS A; 4PJM A; 1M5Q 1; 1AWX A; 1VIF A; 1M90 U; 2PUO B; 2R57 A; 3JCM c; 2HNI A; 2FPF A; 1SRM A; 2CZ7 B; 3QHS A; 1VQP A; 1BI1 A; 2O9S A; 1AD5 A; 3EFO A; 3G6E Q; 3P8B B; 5GAO l; 5AYF A; 1I8F A; 2DVE A; 3SB2 A; 1QW1 A; 4CC3 A; 4HCZ A; 5I22 A; 2EVR A; 3JCM b; 2ROT A; 1YCY A; 3A98 A; 4M7D A; 1WHG A; 4RCB A; 2RI3 A; 1VQM T; 1UHC A; 2PU9 B; 5FWC A; 4C5I A; 3CPW S; 1O9S A; 1B07 A; 5CKF A; 3VKI A; 1AWJ A; 4LXC A; 2D0N A; 3EG2 A; 4O5V A; 7AT1 B; 2CH4 A; 2A3L A; 2JTE A; 2EGC A; 2LQW A; 3G4S T; 4AFS C; 3J81 E; 2IIM A; 2FZK B; 4J9G A; 3OMG A; 1Q7Y U; 1IRE B; 1YWP A; 1BI0 A; 5C6S A; 1BB9 A; 3QYG B; 3U23 A; 2MOX A; 1MND A; 4PJO B; 5HK3 A; 3VJP A; 3OYB A; 3X24 B; 2RQU A; 1VQ4 T; 2E10 A; 2XK0 A; 4AMC A; 4CRI A; 3A8M B; 5IXB A; 1K9A A; 1M9S A; 2OI3 A; 2NUT B; 1VQ6 Q; 5CIU A; 3CC2 T; 3VYG A; 2RK1 A; 2RHZ A; 3OBY A; 3PTA A; 4E6R A; 1Q86 U; 2KEA A; 4MDW A; 3P8D A; 3I35 A; 4M75 G; 4C8Q C; 3FLG A; 3CCR Q; 1T3L A; 4R0K A; 4XQ3 A; 4FU6 A; 2KI7 A; 3LH0 A; 3E2U A; 1UEB A; 1VQO Q; 4QT7 A; 5IAY A; 4PJN A; 2QA4 Q; 3M56 A; 3VS6 A; 3M4Y A; 2J6O A; 4C92 D; 1VIE A; 1YWO A; 4M77 A; 3G6E T; 2NUZ A; 2DET A; 1BI2 A; 1RAE B; 3RKW A; 1QLY A; 5L8R E; 1R8O B; 4FW2 A; 1RLP C; 2DF6 A; 1E7O A; 5KYN A; 1PD1 A; 5GAM g; 3GNF B; 3ZBD A; 2DYI A; 2GFU A; 4N4H A; 2CZ6 B; 2F1L A; 3QUI A; 3EGX B; 4AT1 B; 2J6K A; 3CQT A; 2EIF A; 2Z0W A; 3QO3 A; 2RPN A; 3SDZ A; 3VS1 A; 1VQK T; 1PNJ A; 3MET A; 2ZPF B; 1WXT A; 2MWO A; 1KK7 A; 2VXE A; 4D8K A; 3DB4 A; 4RKU E; 1W4S A; 3HFO A; 1D3B B; 2LJ0 A; 3JCM e; 2DPP B; 2FL7 A; 1H3H A; 5LJ5 g; 5GAN h; 1S72 T; 1IZ6 A; 1OU8 A; 3CCU A; 3QDR B; 2ZPB B; 1YJN Q; 1FMK A; 4HVW A; 3CMA A; 1M2O A; 3QBY A; 3ASK A; 4EMH A; 2R58 A; 3SHW A; 2HEQ A; 3EAE A; 3GNG A; 5LL6 S; 5GMK m; 3M58 A; 3HKS A; 2V1Q A; 2HSE B; 2DD5 A; 2YDL A; 5GAN 4; 1QKW A; 4BE1 A; 3V7S A; 2D8H A; 4X1V A; 3OYE A; 3MPU B; 2M16 A; 5LJ3 e; 4C92 F; 2RB6 A; 2DBK A; 3JB9 I; 2F2V A; 5IXF A; 3VS0 A; 1ZHI A; 4EPC A; 3M0T A; 1WA7 A; 3RMQ A; 2LX9 A; 1KD1 R; 1M1G A; 1ZSZ B; 4OB1 B; 2EWN A; 1IHW A; 5KYW B; 4QQ6 A; 1VQO T; 1C6V X; 3OYN A; 5D6Y A; 1TUD A; 1ZSG A; 2C0O A; 4NS5 A; 2YXY A; 4C5H A; 1YJ9 Q; 2HBW A; 1BIB A; 5CR2 A; 4M78 C; 1D0Y A; 1M90 C; 1OOT A; 3OYI A; 3A8G B; 2P0K A; 3OYY A; 1GL5 A; 6AT1 B; 2GGR A; 2QTV A; 4OVA A; 3HTR A; 1QWF A; 1VQ9 A; 3OYG A; 1X01 A; 1NEB A; 3OW2 A; 4ZTJ A; 4BI4 A; 2EYY A; 2GQV A; 3GF5 A; 1ABQ A; 5EG2 A; 4BB7 A; 3JCM X; 4J9F A; 1BCO A; 4M75 E; 2VV5 A; 1Y07 A; 3G71 Q; 3L2R A; 1GFD A; 4Y91 A; 2DL5 A; 1WXB A; 3MHX A; 3M0S A; 3CCV Q; 1X6O A; 5GJW B; 2F2X A; 3PMI A; 2EJG A; 2LRQ A; 3HRU A; 2NYS A; 1YJN T; 1MNE A; 5GAN 6; 3HRS A; 4KUD K; 3L2Q A; 4RTZ A; 1WDX A; 1GBR A; 4FCY A; 2KRS A; 3H9N A; 1OYX A; 3KFV A; 3VS4 A; 1M3C A; 2ED1 A; 3R6N A; 2QEX Q; 1FWZ A; 2DAQ A; 1GFC A; 1LCK A; 5HK0 A; 1WIE A; 1KIK A; 2YRV A; 2DL8 A; 2MAM A; 3MEV A; 4C0F A; 4OMM A; 3HL8 A; 3CCQ A; 2E6N A; 4LDV A; 4LUE A; 3CBP A; 4XK8 E; 3TRE A; 1IXD A; 4FYX B; 2KT1 A; 2ZPG B; 3CCM Q; 3OS2 A; 3CCE A; 4C8Q G; 2AKL A; 3P8H A; 3HPW A; 2VYT A; 3JV3 A; 1B3Q A; 1YN8 A; 3OS5 A; 5KYX B; 1BYM A; 1Q86 C; 4Q5W A; 2EKO A; 3I56 A; 2NLU A; 3GOX A; 5FU6 B; 4C92 A; 1YJ9 T; 4JRK A; 1N6A A; 4RTW A; 4ELZ C; 4ATO A; 4LDX A; 3M0Q A; 1HK9 A; 1QVP A; 5KYY A; 1UGR B; 3WVE B; 2K4Y A; 2E5K A; 1T3S A; 1HSQ A; 4XTZ A; 4GY5 A; 2K5L A; 3SEM A; 4LNP A; 2WSF E; 2RN8 A; 4HVV A; 3LYI A; 4PFZ A; 1QVG P; 1IO6 A; 4OMN A; 1KHC A; 4DEY A; 4J6X A; 2CGH A; 1YIJ A; 2FEI A; 3KBG A; 2E70 A; 3A8H B; 3QG1 A; 3OYF A; 3CCS T; 4DEX A; 4DBR A; 4PK4 A; 2JTF A; 2C0I A; 5IT9 E; 1RAB B; 1KG1 A; 3EGU A; 4JS4 A; 1KD1 U; 2JM9 A; 1LNX A; 1M1K C; 2M9U A; 3NPF A; 2MI6 A; 3TU4 K; 4LDU A; 4ZGD B; 1MMN A; 2F2W A; 1D1C A; 1N9S A; 2D6F A; 4PLL A; 5LJ3 f; 2LX7 A; 1UGP B; 3L2W A; 2QYZ A; 2D1X A; 1M90 R; 3EGD A; 1W1F A; 2HQE A; 4OMQ A; 4LD9 K; 1NM7 A; 2ECZ A; 3WXM B; 2MWP A; 3E1S A; 4JLG A; 3JCM W; 2LNH B; 4OP0 A; 3JCM Q; 1PKT A; 2EGE A; 2XDB A; 1W2B A; 4J7I A; 4F7U F; 2QXF A; 2OTJ A; 2RHY A; 1VYT A; 2EKH A; 3CBM A; 3I55 Q; 3S3M A; 4JPB W; 1NG2 A; 2J6F A; 2DK3 A; 2CP0 A; 5A0D A; 1QP3 A; 4Y92 A; 4JJB A; 3KUF A; 4C5G A; 4ZNX A; 2JTM A; 4NOY A; 1TUC A; 2COW A; 4M4Z A; 1VA7 A; 1UJ0 A; 2HCK A; 4C0D B; 1U1S A; 4LDW A; 2GTO A; 4JRI A; 2CP5 A; 4RTV A; 3RR6 A; 2ZZD A; 4RTT A; 1BI3 A; 4JZ3 A; 5IH2 A; 3DLM A; 4M7D C; 2ZPI B; 3CME T; 2FVU A; 1KQS P; 4Y28 E; 2DL4 A; 4CC7 A; 1KFZ A; 3CCL T; 5DLO A; 4QVD A; 2DLP A; 2O4X B; 5M9O A; 4M78 G; 4J8O A; 2EW3 A; 2HQX A; 1WNL A; 2EGA A; 3SWN B; 4JS5 A; 2G6F X; 3JB9 H; 2BIV A; 3EHQ A; 2V8K A; 3ZL7 C; 2A28 A; 3NTK A; 4A63 B; 1V76 A; 2KR3 A; 3H0H A; 1PM3 A; 1K1Z A; 1RAG B; 3FDR A; 2D0Q B; 2QQA A; 4M7A B; 1QMC A; 1YNZ A; 4M75 B; 1VQN A; 2X3X D; 4C8Q E; 1Q86 R; 4OMF B; 2AKK A; 3MJX A; 5LJ3 j; 2AK5 A; 4ZN1 A; 4EMK B; 1BBZ A; 1YP5 A; 3OYC A; 1H92 A; 1OEB A; 3OW2 S; 5LJ3 h; 2DXC A; 4X9C A; 5FRM A; 3RIR A; 4A53 A; 4N4I A; 4JRP A; 1QVF P; 4ELY C; 2QQR A; 4PJO D; 2B8A A; 4OGC A; 1K73 U; 3I55 T; 1YHQ Q; 2HKQ B; 1RI9 A; 1WFW A; 3R6O A; 2KGT A; 5J26 A; 4R55 A; 2RQR A; 3QWY A; 2OTL Q; 1M1K R; 4KH0 B; 2QDL A; 1NBE B; 4M77 C; 2I0N A; 2K3B A; 3LH5 A; 2X51 A; 3CXC A; 1Q82 C; 4DBQ A; 2P4T A; 3RKY A; 1B7T A; 4EMG A; 1G3S A; 1YIT T; 3LX7 A; 3UA7 A; 4ANJ A; 1HXD A; 2QGF B; 2COY A; 4B6M A; 5CKD A; 4J9H A; 1FMV A; 1G3T A; 3CC4 A; 1ZUK A; 4RUG A; 2VAS A; 5GAO n; 4JRQ A; 2XI9 A; 1I0C A; 4E7I A; 4BDY A; 1OU9 A; 1B34 B; 2RJC A; 1M30 A; 2MIO A; 3PFS A; 4JDS A; 2DER A; 2DM1 A; 1YJW Q; 2CDT A; 3LGL A; 1ZA2 B; 1FMW A; 3LLR A; 3CMA Q; 3AT1 B; 1PD0 A; 3EH2 A; 1PKS A; 3SFM A; 1RAF B; 1XJW B; 2PTK A; 1M1F A; 1VQL A; 4FYW B; 2XHC A; 1PSF A; 2NUP B; 4BY6 B; 1EX4 A; 3JB9 J; 3M53 A; 1IRX A; 2BTT A; 3NHN A; 1BCM A; 3PIP A; 1Y96 A; 3C95 A; 4PJO F; 1I1J A; 1ACM B; 5LJ3 d; 2RQW A; 1YI2 Q; 5GAN f; 3T9N A; 4EIK A; 2W10 A; 1KD1 C; 2ZPE B; 1X2K A; 1X6G A; 1JRI A; 3CC7 T; 3QZ5 B; 1M3A A; 4E2F B; 2RI5 A; 4AFQ C; 3GIB A; 4M78 E; 1VQ5 T; 1Z9Z A; 1ZBX A; 2H3E B; 2LJ3 A; 4E7S A; 1W2B P; 1HJD A; 2AIR B; 5GAO q; 1QQJ A; 3FJ5 A; 5DLQ E; 1YHQ T; 3HSB A; 4AFZ C; 2FG0 A; 2HD0 A; 2YLB A; 3QKJ A; 3C12 A; 2MPX C; 4FM4 B; 1BIA A; 2OTL T; 1TH7 A; 2HZY A; 2P0Q A; 1UB4 A; 3M55 A; 5GAN 7; 2O31 A; 4DA4 A; 1QCO A; 3L2U A; 2YT6 A; 5CKB A; 2QG9 B; 1LJO A; 4JZ4 A; 4YTL A; 1D0Z A; 2JNG A; 2DE0 X; 3NGP A; 3OYA A; 4M7A G; 4OB3 B; 3PT9 A; 2VWF A; 2FZG B; 1D1A A; 3RMS A; 2GBQ A; 1TU0 B; 2V8J A; 4DOV A; 1OQK A; 1T0H A; 3X25 B; 2KMT A; 8AT1 B; 4C0Z A; 1VQ8 Q; 3CCJ Q; 2SRC A; 5FU7 C; 4RCC A; 5EC7 A; 1VQM A; 2DXT A; 2YHT A; 4CC2 A; 1UE9 A; 4BI8 B; 2RHU A; 4RG8 A; 8ATC B; 2JT4 A; 4M7D G; 1VOM A; 1YJW T; 4MZT A; 2YSQ A; 5GAO p; 5GJV B; 3L2Z A; 2DXU A; 1PHT A; 5FRN A; 4RTY A; 3NMZ C; 2P84 A; 4XU1 A; 4HKE A; 3G4S A; 3TVT A; 4B9X A; 2VGM A; 3ZFJ A; 3CD6 Q; 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5J3B A; 1I81 A; 2J06 A; 1KQS A; 4KT0 E; 2A36 A; 1YBY A; 1KJW A; 3EFR A; 2OJ2 A; 2EAY A; 1S72 A; 3CD6 T; 5LJ5 e; 3EGX A; 1MV0 B; 3QJ6 A; 1AVZ C; 4N0A A; 4GBQ A; 2HKN A; 2IPO B; 1VUB A; 2JJ9 A; 2QQB A; 4M7A E; 2OTJ Q; 1RAH B; 4HT8 A; 1UGV A; 1VQ7 Q; 5GAO m; 3OS0 A; 2G3R A; 2RQV A; 3INZ A; 2X3W D; 1ZUY A; 1D3B A; 2LT1 A; 4A4G A; 3RER A; 2AHJ B; 3OS1 A; 3HP9 A; 3VS7 A; 1LVK A; 5GAN d; 4ORZ A; 2E5Q A; 4AFU C; 4OMP A; 2E65 A; 1R77 A; 4M7D E; 2L5Q A; 4M78 B; 1D09 B; 3HRT A; 1OZ3 A; 3FIF A; 1VQO A; 1JQQ A; 1QVF A; 1GBQ A; 1CKB A; 3JB9 F; 5CKH A; 1U3O A; 1N8R R; 5DM7 R; 2ENM A; 4C0G A; 5IN1 A; 2M1H A; 1Q82 U; 1QP2 A; 5KYU B; 1IGQ A; 1V1C A; 4RTX A; 2RHI A; 1RAI B; 2DMO A; 4K11 A; 4IUV A; 2YUQ A; 1C0M A; 4IIM A; 1ZSZ A; 1SRL A; 2Y90 A; 2LNV A; 5KYW A; 1M4Z A; 3RES A; 1VQN Q; 3GLX A; 2VUB A; 4QKU A; 1X6B A; 3TSZ A; 2KSS A; 3BE3 A; 2RH2 A; 1BK2 A; 2XKO C; 1VYV A; 2K2V A; 3RBB B; 1R0B G; 2LC4 A; 2DIL A; 1RUW A; 4QVZ A; 2EQI A; 4XTY A; 5A0L A; 2K3Y A; 1UGQ B; 1ZLM A; 2LT4 A; 2VXF A; 4P5N A; 3M0U A; 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