The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
64
|
structure length |
64
|
Chain Sequence |
b'SHMRRRVRAILPYTKVPDTDEISFLKGDMFIVHNELEDGWMWVTNLRTDEQGLIVEDLVEEVGR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
High Resolution Crystal Structures of the P120 Rasgap SH3 Domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RAS GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Signal transduction
|
| total genus |
18
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| structure length |
64
|
| sequence length |
64
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KYM A; 1JXM A; 2FRW A; 2GTO A; 2RN8 A; 1I0C A; 2AKL A; 3VS4 A; 1H92 A; 2YUO A; 2J05 A; 4LE9 A; 1G2B A; 3EGU A; 2ED1 A; 1ABO A; 1GCQ A; 3R6N A; 1A0N B; 1AOJ A; 1T3L A; 4CC2 A; 2O9V A; 1X43 A; 1SRM A; 1Z9Q A; 1I1J A; 2JTE A; 1UGV A; 2PZ1 A; 2VWF A; 2YUQ A; 1UHC A; 4RTT A; 2NWM A; 1AEY A; 1SRL A; 2DA9 A; 2HBW A; 3PVQ A; 5EC7 A; 4HVV A; 1GFC A; 2RQU A; 2DYB A; 4RTY A; 1FMK A; 1WI7 A; 2ECZ A; 2ESW A; 4CC7 A; 1VYT A; 1U3O A; 3M0U A; 2DRK A; 1ARK A; 2EGC A; 1JXO A; 2JT4 A; 1AZG B; 2K79 A; 2MOX A; 1WIE A; 1YNZ A; 5FWB A; 1CKB A; 2DX1 A; 1NM7 A; 2ABL A; 2RNA A; 1M8M A; 2K7A A; 2DF6 A; 4R0K A; 2KRM A; 2D8J A; 3ULR B; 5IH2 A; 4J9G A; 2RQW A; 3EG0 A; 1H8K A; 1ZUY A; 1K4U S; 1U5S A; 1W6X A; 2LZ6 B; 4HXJ A; 4CC4 B; 2ENM A; 1GCQ C; 2DBM A; 2KNB B; 2CUB A; 2KBT A; 2DIL A; 2MIO A; 4LN2 A; 1UE9 A; 2YSQ A; 1ZX6 A; 4ESR A; 1AWJ A; 1RLQ C; 2O88 A; 1TUD A; 2KRO A; 2DLP A; 2E5K A; 4GLM A; 2EYZ A; 4J9B A; 4Y92 A; 4J9H A; 3VS2 A; 2F2X A; 1NYF A; 2KXC A; 4JJB A; 4IIO A; 2M51 A; 2YUN A; 1X2K A; 2GNC A; 1PRM C; 4RTX A; 5HCK A; 2EYX A; 3NHN A; 5I22 A; 1LCK A; 1OPK A; 2AK5 A; 2HCK A; 1X69 A; 1PKS A; 4J9E A; 1AWO A; 4RTV A; 2YUP A; 3TVT A; 1WDX A; 2W10 A; 2LX7 A; 2CT4 A; 1U06 A; 3SHW A; 5GJW B; 1NYG A; 1SEM A; 3PE0 A; 2EBP A; 1WXB A; 4F16 A; 4OMP A; 4Z8A A; 2EYY A; 1UJ0 A; 1GBR A; 2FPE A; 1CSK A; 5IHK A; 2DL4 A; 2C0O A; 4J9D A; 2FG0 A; 2C0T A; 1K9A A; 1WFW A; 1GRI A; 2JMA A; 3JV3 A; 4A63 B; 5IXB A; 2EGE A; 2FPD A; 1YCS B; 2RQV A; 1SSH A; 1ZUK A; 4DEY A; 1GBQ A; 2SEM A; 2EGA A; 2X3X D; 1QKW A; 2IIM A; 1QWE A; 2SRC A; 3VS1 A; 1ZLM A; 2C0I A; 2A36 A; 2KEA A; 1QWF A; 2DRM A; 2KE9 A; 2L2P A; 2B86 A; 2D8H A; 4JJD A; 2CH4 W; 1PRL C; 1UDL A; 2K2M A; 3NPF A; 2BZX A; 2LP5 A; 2ROL A; 5IHN A; 2L3S A; 3KFV A; 1RLP C; 1NEG A; 1KJW A; 1K0X A; 2AZV A; 1N5Z A; 1HJD A; 2NUZ A; 4E6R A; 1NLP C; 1OV3 A; 3U23 A; 2EPD A; 1JQQ A; 3UA7 A; 1J3T A; 1WA7 A; 1BB9 A; 1WXT A; 2A28 A; 3QWY A; 1Z9Z A; 1JEG A; 2CRE A; 1VA7 A; 2GGR A; 2BTT A; 1ZUU A; 1SHF A; 2LMJ A; 1FYN A; 1OPL A; 1IO6 A; 5GJV B; 2A08 A; 2D0N A; 1K76 A; 4HVU A; 3RNJ A; 2DMO A; 4F14 A; 2KRN A; 2DL3 A; 4AFQ C; 1SPK A; 2W0Z A; 4GBQ A; 1YN8 A; 3O5Z A; 3H0F A; 2LCS A; 1NG2 A; 1K1Z A; 2DL8 A; 1HD3 A; 3I9Q A; 4WCI A; 4AFZ C; 1T0J A; 3VRY A; 2KRS A; 3FJ5 A; 3NMZ C; 1X27 A; 3EHR A; 2OI3 A; 2V1Q A; 4FSS A; 2CUD A; 4JZ3 A; 4EIK A; 4AG2 C; 3NGP A; 1KIK A; 1UUE A; 1B3Q A; 1I07 A; 3M0Q A; 2GTJ A; 1T3S A; 2EYW A; 3VS0 A; 2X3W D; 1NLO C; 4LUD A; 1MV0 B; 3C0C A; 1UG1 A; 2G6F X; 4Z88 A; 2CDT A; 1PWT A; 2YT6 A; 1M3B A; 2DBK A; 3PVL A; 4OMM A; 1GL5 A; 4JJC A; 1AD5 A; 2MCN A; 2JM9 A; 2JM8 A; 3TSZ A; 1EFN A; 2HEQ A; 2DVJ A; 2RPN A; 3UF4 A; 1JO8 A; 2CSQ A; 1Y0M A; 1UTI A; 2J6K A; 3VS6 A; 4CC3 A; 2FEI A; 3I5S A; 3EG2 A; 4HCK A; 2ROT A; 3I5R A; 2K3B A; 2J6F A; 2RQR A; 2RF0 A; 1AVZ C; 2L0A A; 1HSQ A; 2VVK A; 2KGT A; 2F2V A; 1KFZ A; 2O31 A; 5L23 A; 2FO0 A; 2XMF A; 2VKN A; 1H3H A; 3M0S A; 4D8K A; 2BZ8 A; 3EG3 A; 1WXU A; 2PTK A; 2KYB A; 4JZ4 A; 2JW4 A; 2AZS A; 2I0N A; 3VS5 A; 4RTW A; 1JU5 C; 5I11 A; 1W1F A; 2ED0 A; 2PNI A; 3A98 A; 2YDL A; 1YWO A; 2CH4 A; 2L3Q A; 1VYV A; 2LJ1 A; 3REA B; 1MUZ A; 1YP5 A; 3M0R A; 1OOT A; 2LNH B; 1PNJ A; 4M4Z A; 3VRZ A; 1K0S A; 1W70 A; 4J9I A; 1KSW A; 1X2Q A; 4QT7 A; 1ABQ A; 2JS0 A; 2EVR A; 4HVW A; 4X1V A; 2JS2 A; 3H0I A; 1V1C A; 1ZSG A; 2M0Y A; 5FWC A; 2LJ0 A; 3UA6 A; 4ORZ A; 2OJ2 A; 1BK2 A; 5IHI A; 3QWX X; 4OMN A; 1GFD A; 4OMQ A; 1UFF A; 4J9C A; 4DEX A; 2RMO A; 4AFS C; 1QKX A; 4D8D A; 4RTZ A; 1WYX A; 3M0P A; 1UJY A; 1E7O A; 2F2W A; 2J7I A; 3IQL A; 2LQN A; 3THK A; 1PKT A; 1BU1 A; 3RBB B; 2J6O A; 2EW3 A; 1UHF A; 2FRY A; 3REB B; 1XOV A; 3GBQ A; 2DE0 X; 1RUW A; 3CQT A; 3ZL7 C; 1X6G A; 4RUG A; 2JMC A; 1OEB A; 2JXB A; 1AZE A; 2DJQ A; 1PHT A; 2DNU A; 2P4R A; 2QDL A; 3SEM A; 2J06 A; 3H41 A; 2D1X A; 2DL7 A; 2KT8 A; 1SHG A; 3UAT A; 2A37 A; 2KR3 A; 2KXD A; 1NEB A; 2CT3 A; 2HSP A; 3M0T A; 1QLY A; 3TSW A; 4OMO A; 3EHQ A; 3LH5 A; 2EKH A; 2LQW A; 1TG0 A; 2AKK A; 1RI9 A; 4F17 A; 5IXF A; 4LUE A; 1S1N A; 2CSI A; 1CKA A; 2DM1 A; 1WLP B; 1B07 A; 4OML A; 1BBZ A; 5FW9 A; 1M3A A; 2O9S A; 4AG1 C; 2DL5 A; 1E6G A; 1TUC A; 1M3C A; 2V1R A; 4ZNX A; 3I35 A; 1YWP A; 2O2O A; 4IIM A; 1G83 A; 3EG1 A; 2LJ3 A; 4J9F A; 2RQT A; 1X6B A; 4Z89 A; 4RTU A; 2H8H A; 2K6D A; 5ECA A; 2BZY A; 1AWX A; 1Y57 A; 4JPB W; 1QCF A; 1WX6 A; 4LNP A; 1M27 C; 1M30 A; 2HDA A; 4K11 A; 4AFU C; 2GBQ A; 3VS7 A; 3H0H A; 1VYU A; 2FPF A; 1E6H A; 2KT1 A; 2EQI A; 2OAW A; 1T0H A; 1ZBJ A; 2K9G A; 1UEC A; 1GCP A; 2L3P A; 2GQI A; 3VS3 A; 1MV3 A; 4KRT A; 1AWW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FLG A; 3FIF A; 1OX8 A; 2LVM A; 2HL3 A; 1PD1 A; 3L2Z A; 1I5O B; 3E1S A; 5GMK e; 4BE2 A; 4M7D G; 1LOJ A; 4D6W A; 1H92 A; 5I2M A; 3QJ6 A; 3EH2 A; 2FL7 A; 5LJ3 h; 1JJ2 A; 3OYH A; 1YIT Q; 3V7C A; 4M75 E; 1BIB A; 2Z0W A; 1X43 A; 1SRM A; 1RAG B; 4DBF A; 4QQG A; 1RAF B; 3JRZ A; 3GNG A; 1FXX A; 4M7D C; 4M7A F; 3QYH B; 4PK4 A; 2DA9 A; 1M90 U; 2OTL Q; 2QG9 B; 3JCM V; 3GNF B; 1PM3 A; 1C0M A; 1SF9 A; 4M78 A; 1VQL T; 3JCM g; 2VAS A; 2ECZ A; 1V29 B; 4F7U B; 3UPU A; 4XTY A; 3ZEH A; 4HT8 A; 4OF1 A; 4CC7 A; 1VYT A; 3M0U A; 1M2V A; 2RM4 A; 2EGC A; 3JB9 D; 1JXO A; 2MWP A; 3INZ A; 2KSS A; 1AZG B; 1M90 R; 1WIE A; 4C0F A; 1CKB A; 2A0F B; 1NM7 A; 2ABL A; 2RNA A; 3BFM A; 3OMG A; 3SFM A; 5KYX A; 2D8J A; 3QXE B; 4J9G A; 4FT2 A; 3CPF A; 2COZ A; 2Y4X A; 4FSX A; 3CC7 A; 2R5A A; 4ZGD B; 2FB7 A; 1WGS A; 2ENM A; 3KBG A; 2CUB A; 4ANJ A; 4EMK A; 2JUF A; 2YSQ A; 1AWJ A; 2O88 A; 2DD4 A; 1N6A A; 2DLP A; 1LPL A; 1VQ4 A; 4MZM A; 1WHM A; 4NL3 A; 2XG8 D; 2F2X A; 4RCC A; 1NYF A; 4C8Q D; 4JJB A; 2RJF A; 2FZC B; 2XDP A; 1VQ9 T; 1X2K A; 4RTX A; 1OU9 A; 1LCK A; 4IUQ A; 1X69 A; 4PJO A; 4F7U E; 2GF7 A; 2JNG A; 1DJ7 B; 3RIR A; 1U06 A; 3SHW A; 2CP6 A; 5GAN 7; 5GJW B; 2R58 A; 3CME T; 1SEM A; 4NS5 A; 4F16 A; 1WXB A; 4QVZ A; 3X25 B; 4C0D C; 2DIG A; 2I2L A; 5IT9 E; 3GF5 A; 4M75 A; 2C0O A; 2LTO A; 5KYY A; 4C92 G; 1WFW A; 1GRI A; 2RI2 A; 3J80 E; 4A63 B; 3M55 A; 1VQO Q; 3S6W A; 5FRN A; 4M7A G; 2FPD A; 1R0C B; 1G3Y A; 3E9G A; 3LLR A; 3A5Z B; 1SSH A; 1VOM A; 3G7Z A; 2X51 A; 3OYY A; 2X3X D; 4R55 A; 5GAO r; 2DFU A; 1PG5 B; 3QZ9 B; 1ZLM A; 2DXB A; 1P92 A; 3P8D A; 2KE9 A; 1HK9 A; 2D8H A; 4YTL A; 4F04 B; 1LVK A; 4PJO C; 2BZX A; 5EG2 A; 4C92 C; 3D7S B; 3JAM E; 4ZGJ B; 4N4I A; 1W2B P; 4ELZ C; 1K0X A; 1YIJ Q; 1N5Z A; 1ZSZ B; 3U23 A; 1WPY A; 1OUL A; 1WZO A; 1JQQ A; 3CCS A; 1OU8 A; 1V76 A; 3OYK A; 1WA7 A; 2A28 A; 3OS0 A; 1Z9Z A; 1JEG A; 2OTJ A; 2BTT A; 3UT1 A; 5GMK j; 1QW1 A; 1ZUU A; 1SHF A; 3NFC A; 3X26 B; 1VIF A; 1VQ8 Q; 1FYN A; 2RD1 A; 5J39 A; 1TSF A; 1MMN A; 3QG1 A; 3V8J A; 1K76 A; 3OW2 S; 1IGQ A; 4O6J A; 4F14 A; 2KRN A; 1YCY A; 3QHS A; 5GAN e; 1WHK A; 2DL8 A; 2WSE E; 2CZ7 B; 4OB2 B; 4F7U A; 3OBY A; 2VYT A; 4EMH A; 2FHD A; 2KRS A; 4A4G A; 3FJ5 A; 3MHX A; 2OI3 A; 2V1Q A; 4L6V 5; 5GAN 4; 4FSS A; 4FYX B; 2KVQ G; 2JJ9 A; 3OYM A; 3CC2 A; 3LH0 A; 4AG2 C; 1UUE A; 3KXT A; 1B3Q A; 1T3S A; 4NOY A; 5FRO A; 3QO3 A; 2X3W D; 4ATO A; 5FRM A; 1BI1 A; 3DLL A; 3C0C A; 3DKM A; 4Z88 A; 1IGU A; 1PWT A; 1M3B A; 1FMW A; 3ME9 A; 2YRD A; 3CEY A; 2JM8 A; 1EFN A; 2HEQ A; 6AT1 B; 1JBM A; 4LD6 A; 4XTU A; 1IB8 A; 4KUD K; 1YJW T; 2RF0 A; 2QQR A; 5A0D A; 3A8L B; 4XU2 A; 3RKY A; 1M1K C; 2VVK A; 3MPU B; 1OZ3 A; 3DB4 A; 3CCV A; 2DXT A; 2COW A; 5GAM d; 1N9S A; 1EX4 A; 2FO0 A; 2DXU A; 2XHC A; 2HNI A; 1M5Q 1; 1ACM B; 3EG3 A; 2QTV A; 2KY9 A; 3Q1J A; 3G6E A; 1MMG A; 2PTK A; 4XU1 A; 2CZ6 B; 4C0Z A; 4CI0 C; 1M2O A; 2PNI A; 3MP8 A; 3M57 A; 3A98 A; 5I21 A; 4X9D A; 1YJW A; 3GPL A; 4BUG A; 1K0S A; 2RHI A; 3E2U A; 2RJE A; 3VUB A; 3G71 A; 2ZPE B; 2EVR A; 2QA4 Q; 1Y07 A; 5CAI A; 5FWC A; 3LW5 E; 4C8Q B; 1NJI C; 1BK2 A; 4M7A D; 4OMN A; 2GCX A; 1GFD A; 4OMQ A; 2H3J A; 3CXC P; 2YLC A; 3MEA A; 5KYU B; 1Q95 G; 4RTZ A; 4J6W A; 1X75 C; 2RB6 A; 1PSE A; 1E7O A; 2F2W A; 2J7I A; 5L8R E; 1YJ9 T; 2LQN A; 3A8H B; 2QQA A; 1PKT A; 2RJD A; 2QXF A; 1QVF P; 9ATC B; 1MHN A; 3FB9 A; 3RMQ A; 2MWO A; 1UHF A; 4J83 A; 2DE0 X; 5LJ5 h; 3AHU A; 3QKJ A; 4IUU A; 2P84 A; 3OQ5 A; 1K9M U; 4KGX B; 3CCJ A; 1PHT A; 4PFO A; 3CD6 Q; 3SEM A; 3HFO A; 2HKN A; 2IPO B; 2NUT A; 4HCB A; 1SHG A; 2K57 A; 1WHG A; 4HA8 A; 4WTO B; 2DD5 A; 5GAN 5; 1KQS S; 2CGH A; 2KDS A; 3G4S A; 2CT3 A; 4J5Y A; 3RR6 A; 1K9M R; 1VQK T; 4LDW A; 3EHQ A; 5CIU A; 1G3W A; 2EKH A; 1K8A C; 3RES A; 4LUE A; 4WF2 A; 5I2S A; 3PIP A; 1YJN T; 1CKA A; 4IUP A; 1BBZ A; 5GAM f; 5FLX E; 3C94 A; 5GAN j; 1E6G A; 4NL2 A; 3LWH A; 1TUC A; 3CCL Q; 1QCN A; 5FU6 C; 4LD9 K; 1UGQ B; 1OX9 A; 3EG1 A; 2LJ3 A; 1VQM T; 1WHJ A; 4XTX A; 1X6B A; 1QMC A; 3P8B B; 1WJS A; 1Q82 C; 4MDW A; 4JPB W; 3EFR A; 2ZPH B; 1M27 C; 2HDA A; 4FYY B; 1R8O B; 1YJN A; 2F1L A; 5M9O A; 3VS7 A; 2KI7 A; 2ZGW A; 2FPF A; 2KT1 A; 2EQI A; 5CO7 A; 3EFS A; 2D0Q B; 2OAW A; 5CCA A; 4MDX A; 2K2V A; 3JCM e; 2GQI A; 1M1G A; 3M56 A; 2HQX A; 1QP3 A; 4M77 E; 4MZT A; 5CKF A; 2E41 A; 1OQK A; 2PUO B; 1I0C A; 1VQM A; 2AKL A; 3OA6 A; 1RI0 A; 2YLB A; 2J05 A; 1G2B A; 3EGX B; 1ABO A; 1GCQ A; 1T3L A; 2O9V A; 3V7R A; 4JS4 A; 3QJY A; 4Y91 A; 2VV5 A; 4IUR A; 1UHC A; 3NTK A; 1W2B A; 1D1B A; 3PVQ A; 5EC7 A; 4HVV A; 4RG2 A; 2RQU A; 4HCZ A; 2M02 A; 4ZN3 A; 4RTY A; 4M7D F; 1FMK A; 1LNX A; 2HKQ B; 2GFU A; 3MO8 A; 3P8H A; 4RCB A; 2DRK A; 3I56 T; 2M1H A; 3OYN A; 1M8M A; 3OS5 A; 2DF6 A; 4R0K A; 4FT4 A; 5J3B A; 3ULR B; 5IH2 A; 2DER A; 2R57 A; 1N8R U; 5KCH A; 1XQH A; 1U5S A; 1W6X A; 4CC4 B; 2HQE A; 2DTH A; 1GCQ C; 3CC4 Q; 3JCM X; 2KBT A; 4M78 E; 2MIO A; 3OYI A; 3GP8 A; 2QQS A; 1UE9 A; 2E65 A; 4FW1 A; 3QPH A; 5GAM h; 2DYI A; 4JUV A; 3HRT A; 1N8R R; 2KRO A; 3CPW S; 1VQP Q; 1LJO A; 4GLM A; 1ZQ1 A; 4J9B A; 2KXC A; 2COY A; 1C1A A; 2YUN A; 2GNC A; 2VGM A; 5HCK A; 1R77 A; 4X34 A; 2HCK A; 1PKS A; 5IN1 A; 4RTV A; 4M7A B; 1VQ6 Q; 3LGF A; 5GAO n; 4M77 A; 1VQN Q; 2EBP A; 4OMP A; 4Z8A A; 1UJ0 A; 2QAS A; 1BKB A; 1O75 A; 1GBR A; 4J8O A; 1YI2 Q; 2CS7 A; 4MMK A; 3MKD A; 3RER A; 2VXE A; 4RG8 A; 2CYZ B; 3JV3 A; 2D9T A; 1JB0 E; 2LX9 A; 2RH2 A; 4PLL A; 1TUG B; 3HFN A; 4DBR A; 2EGA A; 2G3R A; 1QWE A; 5CVI A; 2SRC A; 3VS1 A; 1KC8 C; 2A36 A; 2KEA A; 5GAO p; 2DRM A; 1VQ8 A; 1PRL C; 3ASK A; 3QII A; 5DY9 A; 2LP5 A; 4ZTJ A; 5LJ3 e; 3A8G B; 2L3S A; 3KFV A; 1QP2 A; 1QVG P; 1I81 A; 3CC7 T; 2WAC A; 4UC4 A; 4M77 C; 4KGZ B; 2AZV A; 4PJO F; 1HJD A; 2PVD B; 4C92 F; 2NUZ A; 4E47 A; 3JCM c; 1XTD A; 3OBW A; 5FU7 B; 3QDF A; 3UA7 A; 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