1C1AA

Crystal structure of rsv two-domain integrase
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDRIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDITQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active two-domain derivative of Rous sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RSV INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Rous sarcoma virus
total genus 59
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1c1aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1c1aA01
4FLYA 4HCCA 1ASUA 1BIUA 1UA0A 3K2PA 1C0UA 3H08A 3KLGA 1EXQA 1LAWA 4CK2A 4F8RA 3K5LA 4RG8A 4CE9A 2G8VA 4CF1A 1RCHA 3NAEA 3U3GA 4FM1A 1HYVA 4Q0BA 1D5AA 2AJQA 1IHVA 3DM2A 3NFAA 4WE1A 4KV8A 4CEZA 2I5JA 4HHTA 1O1WA 3HVTA 3NGIA 2X6SA 3VQEA 4KHSA 4FZZA 3QESA 5J2QA 3HPHA 3QERA 4ZTFA 4FJ9A 1KVBA 2A1RA 3KJVA 1RILA 3OYCA 5KTQA 3DLRA 3KIOA 4CEAA 3OYAA 2OPSA 4FLZA 4KHQA 1VSDA 4E7HA 1VSFA 1Z25A 1HNIA 1RT6A 4E1MA 2YNFA 5C25A 5C42A 3O4QA 1S1WA 4DSEA 3SV3A 3QNNA 1TK8A 3K58A 4DTSA 1XHXA 1XHZA 3S3OA 4R5PA 4FJIA 4Z0UA 1NKBA 1A5WA 1B9FA 3AVAA 4DTNA 4DU3A 5J2NA 3ZT1A 4BE0A 4RW8A 3NH2A 1X9WA 4KHWA 3HJFA 3S9HA 3O3GA 4F2SA 4K8ZA 1RTHA 3ZSVA 4CJ5A 2BGGA 4PUOA 3PV8A 1J54A 3P1GA 4ELVA 2G8FA 2HHQA 4OGEA 1QE1A 2BANA 5HP1A 1XC9A 4OLBA 1C1BA 1REVA 3EYZA 4AHRA 1KRPA 1S1TA 1IO2A 3V4IA 4KAZA 4DFKA 1L5UA 3DOLA 1TL1A 3S3MA 3OYMA 2PY5A 4CJVA 3T19A 4DFJA 1U49A 2OPRA 4OPKA 4BACA 4B9SA 1VRUA 3MXMA 2JGUA 3SV4A 2VWJA 4LSLA 1NJYA 1JLGA 3WNGA 1C0MA 4BE1A 4OKKA 2OPQA 1RT2A 3DMJA 1L3VA 5J1EA 4FXDA 1JL2A 1BI4A 5KI6A 4Y1CA 3T1AA 3MEDA 4CFAA 4CHOA 2KZMA 1ZYQA 3ZSZA 3LALA 4O0IA 1HJRA 4C8NA 1JLQA 1C0TA 4W5RA 3V6DA 4LSNA 3LWLA 4KTZA 3LAMA 2ZE2A 1NKEA 3RTVA 3OYNA 3EZ5A 2QKBA 1RBRA 1WLJA 1J53A 1X9SA 2X6NA 3L2QA 4HUEA 2YHBA 3RRHA 2B5JA 3WNHA 3OYBA 4FM0A 1ZBIA 1S1XA 1TVRA 3SQ1A 3SQ4A 2EX3A 3SUPA 1Z26A 2B4JA 4LD0A 4FLTA 3HP9A 4KREA 5KGXA 3AO1A 3TARA 1CLQA 1T03A 1J5OA 4DTMA 4CEBA 4CGDA 1G15A 2X74A 4JS4A 1S6PA 4FLVA 1SL0A 5E41A 3QNOA 1SKSA 2OZSA 1IKXA 1S1VA 1KLNA 2PYLA 3OJUA 5HRNA 4DLGA 3MEEA 1YVUA 3I8DA 2P51A 3LP0A 1CXQA 3DLHA 4HUFA 4F2RA 1WSGA 3IRXA 1YT3A 3VQBA 2GUIA 4CFDA 2ATQA 2G8KA 3JYTA 5DK5A 3THVA 1C6VX 3EY1A 3K5MA 3MAQA 4AHTA 3AA2A 5J2PA 4H4MA 4OKJA 1BCMA 4PY5A 3SUQA 4KRFA 1TKTA 4IG0A 4O5BA 4JLHA 3HPOA 2P5OA 4B9LA 5JS1A 1HYSA 3AVGA 3AA4A 3AVLA 1KLMA 4CHZA 1NJWA 5FRNA 5DMRA 2HHUA 1TL3A 3SI6A 2OYQA 3RMCA 3DRPA 4FW2A 3ISNC 3F73A 3K5OA 4RW7A 3KLFA 4F3TA 4DLEA 3TR8A 2D0BA 3KLIA 3SPZA 4QCLA 1I39A 3I0SA 4N56A 4CGIA 4FZXC 4CEEA 3OYGA 3SYZA 4DF4A 1BCOA 2IC3A 1CXUA 3C95A 3V9XA 4NCBA 1JL1A 1RT4A 1TKZA 1JLAA 3OYFA 3L2WA 4ELTA 4FJNA 4KI4A 1QS4A 2BE2A 1SKRA 4HVJA 1TAUA 1CZBA 1IHWA 4N76A 2P1JA 3HXMA 4ELUA 3ZSQA 1ITGA 4KPYA 2HHWA 3HT3A 4DTJA 3QEXA 2OZMA 3C6UA 3HL8A 4OKEA 3CM6A 1L3TA 3NGZA 4CJEA 3OYKA 4FJ8A 4PA1A 5CZ1A 4KHYA 4CFBA 1LW0A 5FROA 3LDSA 2E4LA 4CF2A 1RT3A 3P83D 4I2PA 2G8UA 1D8YA 3IS9A 4KHUA 2R7YA 1EKEA 4DQSA 4M3RA 4BE2A 5I42A 2KFZA 1WAFA 4DTUA 3PX6A 3FFIA 1TK0A 4CECA 4C8OA 4CJSA 4AHVA 4O55A 1IKVA 3NF7A 4FJJA 1RDBA 1KSPA 1S5JA 3AA3A 5CYMA 3OS1A 1R0AA 3B6PA 3TAPA 4CEOA 3U6FA 1JXEA 4OGCA 3VA0A 3KKRA 3SNNA 2VG5A 1Y97A 4CHPA 1BI4B 4QAGA 4CHNA 4DFMA 3O3HA 3L8BA 4M3TA 3A2FA 2FBXA 2HNDA 4KTWA 4DU1A 1RTIA 2XRIA 1IH7A 4DFPA 2G8IA 2KW4A 2Q3SA 4CESA 3NHGA 4DTRA 3SCXA 1BHLA 4CIEA 4EZ9A 4IG3A 1LAVA 3M8QA 3IG1A 1NOYA 4B9NA 1NK6A 4W5OA 4CGJA 3LPUA 1RBTA 2IS3A 3VQ6A 4B9MA 1A5VA 3LWMA 4I9QA 3DLKA 5SWMA 4E7IA 3ASMA 3SQ2A 1S9GA 4AHUA 1QMCA 2Z1JA 3ZT3A 1RT1A 4CGGA 5HRSA 2XY8A 3KK1A 3QLHA 1ZBLA 4Z4CA 1SL2A 1FKPA 1NK8A 3K59A 3OYLA 1B9DA 2ITGA 2EHGA 3TI0A 4NCAA 2DFEA 3DRSA 2YKNA 3AVNA 3BDPA 1QSSA 4M3XA 1A5XA 1C6VA 1KTQA 2X78A 3DOKA 2HNYA 3O4NA 3VQ9A 4E7KA 5EU7A 3KTQA 4N41A 4DF8A 2PZSA 4K8XA 2KTQA 4DG1A 4CHQA 4GVMA 3PX0A 3OYDA 5HLFA 4Q5VA 1RBVA 3TAFA 2Y1JA 2DFHA 2YHAA 5HRRA 4W5QA 3ZSYA 3AV9A 1JLCA 3ZT4A 4BDPA 4CF0A 4B08A 4FJHA 2Z1HA 3AO5A 1I3AA 3K57A 4EZ6A 3KLHA 2O4IA 3LAKA 3WNEA 3OYJA 3ALYA 4HTUA 4DTXA 1T8EA 5HRPA 4DQPA 3UIQA 1JLBA 4KTQA 4E1NA 4C8KA 4DTOA 2OPPA 3SPYA 4HCBA 1XWLA 3T3FA 4ICLA 1C1CA 3D45A 3NH0A 4DSJA 1TK5A 4FJLA 1SL1A 4BWMA 4FJGA 4CJPA 3VN5A 2ETJA 1HQEA 3AO4A 2WONA 3MXJA 4M3UA 4CFCA 2W42A 1QTMA 1U04A 5CY4A 3ULDA 3JSMA 1DLOA 4YNQA 3AVBA 1X9MA 4IBNA 4M41A 4FK4A 2XHBA 2F8TA 4DQIA 4Z4GA 3VQ7A 4CEFA 3SZ2A 4OLAA 3HP6A 2FBVA 3LZJA 2KQ2A 1W0HA 5KGWA 3V9WA 3QEWA 3ZSXA 3G10A 3AO2A 2OA8A 4DS4A 4M3ZA 5HBMA 3OS2A 1EP4A 4CJKA 1N6QA 3AVMA 2HMIA 2HVIA 2BDPA 1RTDA 3CFRA 1WN7A 3NF9A 1S9EA 2RKIA 1FKOA 5I3UA 3OYEA 3NBPA 2VWKA 5CZ2A 3O3FA 1W9HA 4KKOA 4CJ3A 2F8SA 2XO7A 4I7FA 4BDYA 3CM5A 3OVNA 2QKKA 4FJMA 1YTUA 4CJQA 1EX4A 1BIZA 3NF8A 4FYDA 3DRRA 4FW1A 2RN2A 1SUQA 3AO3A 1HNVA 4MQ3A 4CK1A 3QETA 4J2EA 3TANA 3VQQA 4FM2A 3OYHA 5D3GA 1KCFA 3TABA 1TGOA 4KHNA 4CJTA 3HVRA 1TKDA 3DLGA 4I9LA 3TAGA 1XI1A 3RR8A 1BGXT 3L2UA 1YTAA 1D9FA 4ZTJA 4B8CA 4FJKA 1WSIA 3SUNA 1ASVA 1RBSA 4LH5A 2XY7A 4OJRA 1U48A 4J2DA 1KVCA 2YNHA 2O4GA 2FC0A 4YFUA 1BL3A 1VRTA 2YKMA 4Z4HA 3OYIA 4FLXA 4DSKA 1U45A 4RW9A 3V9UA 1ASWA 3NH1A 4LH4A 1NKCA 1LV5A 2G8WA 2F96A 3ZT2A 1S6QA 1VSKA 4HUGA 4AH9A 4CIGA 1NK4A 2IDOA 3CFPA 4FLUA 2HW3A 4PWDA 1NK9A 2QK9A 4I2QA 4H8KA 4OPJA 1LWFA 5SZTA 3L2RA 4E0DA 2IGIA 2A1SA 3S3NA 1QQCA 1VSEA 3AVKA 3CG7A 5D7UA 1UAXA 5J2MA 1KFSA 4DWIA 4KO0A 1NK0A 2WOMA 4O4GA 3ZSRA 1RT5A 1ZBHA 2NUBA 2VG6A 3RR7A 4CIFA 3QEVA 4B9VA 4H4OA 3VQAA 3SJJA 4RW6A 3KLEA 5C24A 2D5RA 4B9TA 4AHSA 3DLBA 1DTTA 3KD1E 4NYFA 2DY4A 4E19A 4AHCA 2RPIA 1FXXA 2LSNA 4IDKA 3QEPA 3U3YA 4DSIA 1JKHA 3PO5A 1RBUA 4FVMA 3VQPA 1K6YA 1JLFA 1WAJA 2HNZA 1WSFA 1VK0A 3V1RA 3HSTB 3C94A 3V1OA 3QEIA 1JLEA 5CYQA 3TAEA 3IAYA 3OY9A 4PQUA 3QO9A 1TV6A 3RMAA 3SUOA 3PUFA 1JXBA 2G8HA 1TAQA 1RDCA 3NGYA 4JS5A 4C8LA 4BDZA 1RNHA 4RW4A 3HO1A 3HK2A 1HQUA 3I0RA 4KB0A 1GOAA 4B9UA 4CF9A 4DMNA 4J2BA 1NK5A 3HYFA 3ZSOA 1IKWA 4CJUA 1LWEA 3RRGA 1U47A 1C1AA 4UQGA 4M3YA 2HHVA 4TSXA 2Z1GA 3LZIA 4IFVA 4JRQA 4AILC 3SQ0A 4E89A 4B3OA 1HRHA 3KK2A 2YV0X 1QSYA 4CK3A 1U4BA 1Q9YA 3MXIA 3C6TA 1UA1A 4DU4A 4J2AA 4FCYA 4GW6A 1L3UA 4KB1A 3F9KA 1VSJA 4ID1A 3AVHA 2JLEA 3LP3A 4F4KA 1NJZA 1WSHA 4LY7A 2DTUA 4KI6A 2HHSA 1EETA 4FJXA 2ZD1A 1X1PA 3BGRA 1L3SA 1HMVA 3LPTA 5FDLA 3RMBA 5KRTA 4M3WA 3PX4A 3V9ZA 1HPZA 4NCGA 4IFYA 3VQ5A 4CHYA 4EP5A 1NK7A 1FK9A 3P5JA 3DYAA 4N47A 4DSFA 3PY8A 4CJ4A 4Z4IA 3V9SA 1T7PA 1VSMA 3QIOA 3L3UA 2YNGA 3NF6A 2RF2A 3M8SA 3K5NA 4DSLA 3RMDA 3TAMA 4FJ5A 1BQMA 2IAJA 4E7JA 1SKWA 4CF8A 2D0AA 1RTJA 2GBZA 3ZSWA 1QHTA 3V81A 4OVLA 4EP4A 4FK0A 4GMJB 1DTQA 1LWCA 4QOZB 5JS2A 1WNSA 1UOCA 4MFBA 2Z1IA 4ZHRA 4BWJA 1T05A 1NJXA 2VG7A 4XIUA 3AVFA 3B6OA 3VQ8A 2HHTA 3CYMA 1UWBA 3OS0A 3ZCMA 4CJWA 4FLWA 4FZYA 1MU2A 5KRSA 2E6MA 4DQRA 4G1QA 2HB5A 3MECA 2GV9A 3HPGA 3HM9A 5HROA 4Y1DA 3ITHA 4CERA 3D0PA 4W5NA 1GOBA 1ZBFA 2PYJA 4CJLA 2KFNA 3E01A 2QXFA 4KFBA 4F3OA 3L3VA 3AVIA 2B6AA 3AVJA 2HVHA 3ZT0A 2P5GA 3KKSA 3WNFA 4M42A 2E6LA 2Y1IA 1F21A 3RWUA 1Q9XA 1IG9A 4N5SA 3OJSA 1ZBUA 4E7LA 1N5YA 4CGFA 4ID5A 4CJFA 3L2VA 1D9DA 3AA5X 1GOCA 3KD5E 1VSLA 3PO4A 4Z4EA 4O44A 1KFDA 1RDAA 3LANA 4NYNA 2XY6A 4CGHA 2FBTA 4W5TA 1KVAA 3VQDA 2XY5A 4Z4FA 4IKFA 1S1UA 1CZ9A 2D0CA 2DFFA 3NDKA 4FK2A 1WSJA 4DTPA 5FRMA 2IOCA 4M45A 3TWHA 4C8MA 1B92A 1IKYA 3M8RA 1BISA 3AVCA 4O0JA 3TAQA 1J9AA 1QSLA 2ZQBA 3QIPA 3VA3A 2FBYA 4B8AB 1LW2A 1TKXA 4JRPA 4E3SA 4CCHA 2HHXA 1HYZA 1Q8IA 4DS5A 3DLEA 1VSHA 1BQNA 3CQ8A 1SV5A 3LP1A 4CJRA 3V1QA 3MEGA 3DI6A 1RT7A 2YNIA 3VQ4A 3M8PA 3LP2A 5T7BA 4DQQA 4L8RB 3NCIA 5K14A 3G0ZA 3VQCA 4FJ7A 4CEQA 4CEDA 3KK3A 1NOZA 3CFOA 1RDDA 1WSEA 3NE6A 3QINA 1VSIA 2KZZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NTHA 4HCCA 3C7NB 1K76A 2ECZA 3TTDA 1UA0A 3K2PA 1C0UA 4MDBA 3M0QA 3PMTA 4KRTA 4RG8A 4IO8A 2X3XD 1VQ7Q 1RCHA 3FB9A 1YHQT 5D6YA 4FM1A 4ELZC 3MN5A 4D8DA 2ZWHA 1RAAB 2EYWA 3DKMA 5GIPA 1IHVA 3DM2A 4HHTA 1O1WA 3HVTA 3NGIA 2UXBK 3FDRA 4KHSA 3HZ6A 3EGDB 3ZX0A 1OU9A 2RB6A 4B1VA 3O5ZA 2UYTA 4KH1B 3RMSA 2W6KA 5KTQA 4IFEA 3A0IX 1VQKA 4KHQA 5DY9A 2LVMA 2A41A 5KYNA 4AM7A 3J7YP 1RT6A 2BE9B 4M7DB 1TUYA 4NS5A 2YNFA 1S1WA 4JHDA 4E1MA 5C25A 4DSEA 1YJNN 2KXCA 3BFMA 5CKEA 4N0AA 1OPKA 3TSZA 1YJNQ 5AZJB 4M77F 4DV5K 1NKBA 1A5WA 1RDWX 3AVAA 4DTNA 3ZT1A 1X9WA 4U67L 3EN9A 4WFBL 2COYA 5KYWB 1H641 5AQKA 4XH1A 4M77C 3JCMW 4IUQA 4C5EA 3PV8A 2BIVA 3M0UA 4J9GA 3P1GA 1Q86O 5BR9A 9ATCB 2HHQA 3Q1JA 4OGEA 4MDWA 2OTLT 1VQNT 2BANA 1CKAA 1OZ3A 1C1BA 1KRPA 4OLBA 2DRKA 1IO2A 3QMLA 4WCEL 2JM8A 3T19A 2OTJT 1VRUA 2IIMA 4V2SA 2JGUA 1ZSGA 2DTHA 3GIBA 4LSLA 2LT4A 3CPWA 3BF1A 2PBDA 1AEYA 4PKHA 2HBLA 4BE1A 3ULEA 4OKKA 2CGHA 1RT2A 2OPQA 1JU5C 3FIFA 4OMFB 1HJDA 3DMJA 1KG1A 3WQTA 2ESWA 4KBMB 2DE0X 1M8VA 3P4IA 2H3EB 1MWKA 3I5RA 1XMOK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NTH A;  4HCC A;  3C7N B;  1K76 A;  2ECZ A;  3TTD A;  1UA0 A;  3K2P A;  1C0U A;  4MDB A;  3M0Q A;  3PMT A;  4KRT A;  4RG8 A;  4IO8 A;  2X3X D;  1VQ7 Q;  1RCH A;  3FB9 A;  1YHQ T;  5D6Y A;  4FM1 A;  4ELZ C;  3MN5 A;  4D8D A;  2ZWH A;  1RAA B;  2EYW A;  3DKM A;  5GIP A;  1IHV A;  3DM2 A;  4HHT A;  1O1W A;  3HVT A;  3NGI A;  2UXB K;  3FDR A;  4KHS A;  3HZ6 A;  3EGD B;  3ZX0 A;  1OU9 A;  2RB6 A;  4B1V A;  3O5Z A;  2UYT A;  4KH1 B;  3RMS A;  2W6K A;  5KTQ A;  4IFE A;  3A0I X;  1VQK A;  4KHQ A;  5DY9 A;  2LVM A;  2A41 A;  5KYN A;  4AM7 A;  3J7Y P;  1RT6 A;  2BE9 B;  4M7D B;  1TUY A;  4NS5 A;  2YNF A;  1S1W A;  4JHD A;  4E1M A;  5C25 A;  4DSE A;  1YJN N;  2KXC A;  3BFM A;  5CKE A;  4N0A A;  1OPK A;  3TSZ A;  1YJN Q;  5AZJ B;  4M77 F;  4DV5 K;  1NKB A;  1A5W A;  1RDW X;  3AVA A;  4DTN A;  3ZT1 A;  1X9W A;  4U67 L;  3EN9 A;  4WFB L;  2COY A;  5KYW B;  1H64 1;  5AQK A;  4XH1 A;  4M77 C;  3JCM W;  4IUQ A;  4C5E A;  3PV8 A;  2BIV A;  3M0U A;  4J9G A;  3P1G A;  1Q86 O;  5BR9 A;  9ATC B;  2HHQ A;  3Q1J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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