1C1AA

Crystal structure of rsv two-domain integrase
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDRIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDITQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
source organism Rous sarcoma virus
publication title Crystal structure of an active two-domain derivative of Rous sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RSV INTEGRASE
total genus 59
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1c1aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1c1aA01
4QOZB 4FVMA 4AH9A 2IOCA 1RNHA 4CEEA 1F21A 1QSYA 2FC0A 3BGRA 4JRQA 1D5AA 4HUEA 3M8PA 3KLHA 5JS2A 5I3UA 4CEFA 3LPTA 2P5OA 4KREA 3SZ2A 4DTOA 4DWIA 4Z4FA 1WSGA 2HVIA 1DTQA 4PWDA 3PUFA 2YKMA 1WAFA 1QSLA 4DSKA 4PY5A 5J2PA 1Z26A 3V81A 1N6QA 4OGCA 2DFFA 4OVLA 3RR8A 2XY5A 4CHZA 1BIZA 3P1GA 2PZSA 4CGGA 3VN5A 1SL0A 3CFOA 4JS5A 4M3TA 4KRFA 1NKEA 3DRSA 5HP1A 1Q9YA 1WSEA 4CFAA 2P1JA 1VSMA 4CJVA 4DQQA 3U6FA 4LSLA 4Z4EA 2O4GA 3IS9A 3HM9A 5FRMA 4E7JA 1WSHA 4B3OA 4QAGA 4I7FA 4OLBA 3LP1A 1ZBLA 1BISA 1VK0A 4M3YA 1RDDA 2LSNA 1HJRA 4FZYA 4KHUA 3S3NA 1WLJA 1YVUA 4BE2A 1NK5A 1NJWA 1KLNA 1RTIA 3LP3A 1D9FA 4HUGA 3KIOA 4CF2A 3CQ8A 4Z4GA 2IAJA 4FLTA 3AA4A 4CHNA 1BCOA 3MECA 3T3FA 1NOZA 3TAQA 1NKCA 3VQQA 1J5OA 4M3ZA 3ISNC 2XY6A 3HVTA 4DFPA 1BI4A 1TKXA 4CJQA 4F3TA 4E0DA 3L8BA 2YHBA 4KTWA 4DU1A 5C25A 1CZBA 4FJGA 3HSTB 3VQAA 3NF6A 3HP9A 2OA8A 4B9LA 4ELVA 2QXFA 1LW0A 1RT4A 3KLEA 3V9ZA 1C0MA 2DFEA 1NK8A 2KZZA 4CGDA 3SQ0A 3AVHA 4RW9A 4B9VA 2GUIA 4FJ7A 2YKNA 4CFCA 3MEEA 1VSJA 1EX4A 3RMBA 2D0BA 4DQPA 2VG5A 1C6VX 2G8HA 3RMCA 3NF8A 3SNNA 4CF1A 3FFIA 3S3MA 4AHTA 4Z4CA 1DLOA 2KQ2A 3QEWA 1JLEA 2YNFA 3ZSYA 3U3YA 4CF8A 4IFVA 1L3TA 3HYFA 1VRUA 3CG7A 3UIQA 1VSLA 4R5PA 3SV3A 3B6OA 3OYEA 3SV4A 4C8MA 2KZMA 4PUOA 4KHYA 1QE1A 3ZT2A 1NK4A 4DTJA 1EXQA 3P83D 4XIUA 3O4QA 4LH4A 1DTTA 4LH5A 1JL2A 4CGFA 4C8OA 4FJKA 4CF9A 3NF9A 3NFAA 4FJJA 3ASMA 1JLCA 1RT1A 5HRPA 2VWJA 1Y97A 4H4MA 1QQCA 1UWBA 5J2MA 4MQ3A 1U4BA 2Z1GA 3SUOA 2ZD1A 3KK3A 3AVNA 4F2RA 4OKEA 4OLAA 3NBPA 1FXXA 1VRTA 1XC9A 1TK5A 3VQ9A 4E7HA 1CXUA 1S9GA 1FK9A 4LSNA 4Q0BA 4IKFA 2IDOA 3AV9A 1T05A 1YTAA 3C95A 1T7PA 1UA0A 4IBNA 2HHVA 1CZ9A 3CFRA 2OYQA 1JLAA 3K59A 3TABA 1TKZA 4RG8A 3OYIA 4FLUA 2RN2A 1S1WA 2X6NA 3G0ZA 2ETJA 5CYMA 3S9HA 1C1BA 2Q3SA 1QTMA 3CM5A 2HHWA 4CHYA 2YNHA 4HTUA 4FLYA 3PV8A 4CJEA 3ZSWA 1J9AA 3ZT3A 2HW3A 1A5VA 4OPKA 1CLQA 2F8SA 2XHBA 1RTJA 5CYQA 3OYKA 3KTQA 4BWMA 4CJRA 3LDSA 4CHPA 4RW8A 4Y1CA 4CIFA 1JXBA 1RBSA 3OVNA 4B9MA 3OYFA 4KHQA 1S6PA 3NHGA 3DRRA 4BE0A 4DTXA 1X1PA 5CZ2A 4CK3A 3M8SA 3KJVA 3ZSOA 4C8KA 1VSEA 3NH0A 2WOMA 1XWLA 5HRRA 3PX6A 4O4GA 4DU3A 1HRHA 1SUQA 2OPQA 5CZ1A 4Y1DA 4N56A 3HPHA 2B5JA 4QCLA 1IG9A 3PO5A 4AHSA 2G8UA 2EHGA 3DLBA 1X9MA 1TVRA 4M42A 4JS4A 2Y1IA 5D3GA 3V4IA 2YHAA 4PQUA 2W42A 1I39A 1JLQA 2Z1HA 4C8NA 2D5RA 3WNHA 5HRSA 1SKRA 4TSXA 4DFKA 1HNVA 1C0TA 4CIEA 3NDKA 4FLWA 2OZSA 3KKSA 3QLHA 4J2EA 4M3RA 2JGUA 3SCXA 2O4IA 3AVGA 5HLFA 3U3GA 1RTDA 4I9LA 1SV5A 4DSEA 1S9EA 4IG0A 4FXDA 3V9SA 2KFNA 3OS1A 4FM0A 4N41A 1VSDA 3NGYA 1U47A 3VA3A 1O1WA 3KLFA 1GOBA 3OYHA 3NCIA 3KLIA 3RRGA 1TAUA 3PO4A 4EZ6A 4WE1A 5K14A 4IG3A 1B92A 4DS4A 4E3SA 4CESA 1BL3A 2HNZA 3LWMA 3ALYA 4BDYA 4F3OA 1MU2A 3ULDA 5SZTA 3V9XA 3S3OA 3PX0A 1S1TA 1RDAA 1NK9A 4FJXA 2VG7A 4AHUA 2YV0X 4DG1A 3AA2A 2G8KA 2DFHA 4L8RB 3K2PA 3L3VA 1RDCA 3LANA 3K5NA 4C8LA 2X6SA 3O3GA 3O3FA 4DTRA 3CFPA 1VSIA 4KFBA 3ZT0A 3TAFA 4OKKA 5T7BA 4B9UA 4FZZA 2DTUA 1REVA 4DSJA 4KB0A 2E4LA 3DOLA 3PX4A 2HHSA 3TAEA 4K8XA 3OYNA 1HNIA 2Z1JA 3AVMA 1L3VA 3NGZA 3WNGA 5KGXA 1RBRA 2G8FA 3ZT4A 3KD1E 1RBUA 4DQSA 4ZTFA 3RTVA 4J2AA 3HK2A 1T8EA 4F2SA 3MEGA 3ZCMA 2KTQA 1TKDA 1NJYA 3MAQA 3BDPA 1KVAA 2D0CA 3AVIA 3KK2A 3V6DA 3I8DA 1XI1A 1U45A 1L5UA 4F4KA 1WSIA 3OS2A 1WAJA 1HYZA 2E6MA 3TAGA 3DM2A 3O4NA 2DY4A 3LAMA 3NAEA 4DQIA 1HPZA 4MFBA 2RKIA 2XY8A 3OJUA 4KTQA 3TANA 2AJQA 2HHTA 4W5TA 3L2WA 4DF8A 3RMAA 3K5OA 3NF7A 1RBTA 3HL8A 3T1AA 4B9TA 1JLGA 1RTHA 1LWEA 4KHWA 3V9UA 4M45A 3K57A 1B9FA 4HHTA 5C24A 2ITGA 2BE2A 2Y1JA 3SI6A 4DTNA 3K58A 2FBYA 1LAVA 2JLEA 4CJUA 1FKPA 4E1NA 4KI6A 5D7UA 3MEDA 1JXEA 4H8KA 3L2QA 4CFBA 3V1RA 3HVRA 1SL1A 2P5GA 1KVBA 1QS4A 4NYFA 1NOYA 2FBXA 2HB5A 3F73A 2XRIA 3VQ4A 4YNQA 3QERA 1D8YA 1TAQA 4CERA 1JL1A 1WSFA 5EU7A 5KI6A 3L2RA 1C0UA 4W5RA 3SQ4A 3KKRA 3KD5E 1XHXA 2PYLA 4DMNA 3HP6A 4CEBA 4Z4IA 3H08A 4ICLA 3C6TA 3ITHA 3QINA 4DTPA 2HNYA 4B8CA 3VQ8A 3AVLA 1G15A 4O55A 1ASVA 1Q8IA 2RPIA 4FJMA 4B9SA 1LAWA 1NK7A 1TGOA 4CJ5A 3D0PA 1R0AA 3LP2A 1W9HA 3QIPA 4LD0A 2VWKA 2HMIA 4RW7A 2F8TA 2NUBA 1QHTA 1VSHA 3P5JA 4CEOA 3AVBA 1LW2A 3OYGA 4YFUA 4NCAA 3TWHA 3MXIA 4CFDA 4BDZA 3SQ1A 3DLKA 4I2PA 4K8ZA 5J2NA 2HNDA 2I5JA 1ZBUA 4E7LA 3AVJA 3DLGA 3HPOA 5FROA 1ASWA 3OYAA 1UAXA 1UA1A 3VQ6A 4KHSA 1LV5A 2KW4A 4FK2A 3AVAA 5KRSA 5DMRA 4CIGA 3KK1A 3DMJA 3LWLA 4E7IA 1U48A 3RMDA 4CF0A 4N5SA 4CEZA 3T19A 3SQ2A 3CM6A 4AILC 1IHWA 3AVCA 1YT3A 3OYBA 5E41A 1NJXA 1KSPA 3M8RA 4FJ9A 4CJTA 3RWUA 1KLMA 4KB1A 3IG1A 4RW6A 1TK0A 4NCBA 1FKOA 4B08A 3THVA 2PYJA 1S1VA 4NCGA 1X9SA 1ZBHA 1I3AA 3SUQA 4FJIA 5CY4A 2G8WA 4FK4A 4CK2A 2HHXA 3AO3A 2X78A 3EYZA 4DLEA 3RRHA 1IH7A 1K6YA 4EP4A 3AO2A 3ZSXA 4AHCA 2B6AA 4GVMA 4DLGA 2ATQA 3AA3A 1JKHA 1LWCA 1LWFA 2YNIA 5FRNA 3L2VA 3EZ5A 5DK5A 3V1QA 4CHOA 4DS5A 3QEVA 3SPYA 4CCHA 4LY7A 3OJSA 4Q5VA 1A5WA 2OPPA 3V9WA 4HVJA 4JRPA 4KTZA 3RR7A 4AHVA 4W5OA 1XHZA 3PY8A 2QK9A 5HROA 1TL3A 4EP5A 4ELTA 4W5QA 3F9KA 1BIUA 3ZT1A 4ELUA 3C6UA 3AO5A 2ZQBA 4BDPA 3A2FA 1TKTA 1RT6A 4OGEA 3SYZA 3ZSVA 2EX3A 3DLHA 4F8RA 2G8IA 2A1SA 1BI4B 2D0AA 3DI6A 4FJNA 3OYJA 2FBVA 1JLFA 4PA1A 4KI4A 4O5BA 2GBZA 4FLVA 1NKBA 4CE9A 1HQEA 4FJLA 4CGIA 1IHVA 1TK8A 1IKYA 3QEIA 1GOCA 5I42A 1TV6A 1RBVA 3DYAA 4FCYA 1D9DA 3IAYA 3OYMA 1Z25A 1IKVA 4DSFA 3EY1A 3HJFA 3QIOA 1ASUA 3TAMA 3G10A 3WNFA 2R7YA 3QETA 5HBMA 5C42A 3B6PA 4FJ5A 1KCFA 1ITGA 4CHQA 1SL2A 1RT7A 4Z4HA 2QKBA 1HMVA 3DLEA 3LP0A 1T03A 3M8QA 3VQPA 3LZJA 2B4JA 4CGHA 1RILA 1B9DA 3VQ7A 4OPJA 1RCHA 4KKOA 4DTSA 2BDPA 5KTQA 4ZTJA 3OYLA 3VQCA 3D45A 4FW2A 1S5JA 4DSIA 3V1OA 4CJ4A 3QO9A 3O3HA 1J54A 1S1UA 1VSFA 5JS1A 4CGJA 1U49A 4UQGA 3WNEA 1C1AA 1SKWA 1N5YA 4FZXC 2IGIA 1CXQA 1RT2A 3E01A 3MXJA 4CJKA 4FK0A 4IDKA 1ZBFA 3OYDA 3L2UA 3AA5X 4M41A 3LAKA 4FM2A 1NK6A 3DLRA 1IO2A 1KVCA 1WN7A 1ZBIA 4N47A 4CEDA 3MXMA 4NYNA 2F96A 3LPUA 1S6QA 4DTUA 3I0SA 1KFDA 2XO7A 1EETA 3HPGA 4O44A 3K5LA 4CJPA 2IS3A 3DRPA 3IRXA 4JLHA 4ID1A 1L3SA 1SKSA 3TAPA 2HHQA 3JSMA 4EZ9A 4IFYA 4ID5A 3VQDA 4E1MA 1A5XA 1BQMA 1KTQA 1BGXT 3I0RA 1JLBA 4J2BA 1W0HA 4FJHA 5HRNA 4I9QA 3QEPA 2GV9A 4CJ3A 1RT3A 4Z0UA 4OJRA 1RT5A 4B8AB 3QNNA 2KFZA 1C6VA 4OKJA 3SPZA 2E6LA 4E19A 4GW6A 2X74A 2VG6A 4RW4A 1UOCA 3KLGA 3JYTA 5J1EA 3QESA 3AO1A 3HO1A 1BCMA 1QMCA 3AO4A 4BE1A 5J2QA 4DSLA 3QNOA 5KRTA 1EP4A 3DOKA 4CEQA 2Z1IA 3ZSRA 4O0IA 3C94A 4CJFA 3NH2A 3VA0A 4DF4A 3ZSZA 1NK0A 2A1RA 4CK1A 3K5MA 4H4OA 3SJJA 2PY5A 2OZMA 1WNSA 3CYMA 3VQBA 2XY7A 4DFJA 3SUPA 4KPYA 3LZIA 4DFMA 2FBTA 4I2QA 1KFSA 4DQRA 4ZHRA 4J2DA 4DU4A 4FM1A 2BANA 4DTMA 2G8VA 2WONA 4E7KA 2BGGA 1HYSA 4KAZA 3NH1A 4O0JA 4AHRA 2HVHA 4FJ8A 4M3UA 3QEXA 4B9NA 3TI0A 4CJSA 1IKWA 4BWJA 3L3UA 2QKKA 3SUNA 1YTUA 5FDLA 3OY9A 1U04A 3AVKA 4HCBA 4FLXA 3ZSQA 2OPSA 5KGWA 3VQ5A 5SWMA 3HT3A 3OS0A 4CECA 4GMJB 1VSKA 4CJWA 3HXMA 3NE6A 1NJZA 1L3UA 1J53A 2RF2A 4FW1A 4HUFA 4KV8A 1C1CA 2OPRA 1GOAA 2HHUA 4E89A 4M3WA 4KO0A 4N76A 1KRPA 2P51A 4M3XA 3AVFA 1EKEA 4KHNA 1BHLA 1TL1A 2ZE2A 4FYDA 1X9WA 4W5NA 4HCCA 1BQNA 3LALA 4CEAA 4CJLA 1RDBA 3OYCA 1Q9XA 2IC3A 1IKXA 4FLZA 2YNGA 4G1QA 1QSSA 3VQEA 1S1XA 4BACA 3TR8A 1ZYQA 1HQUA 1HYVA 1WSJA 3TARA 3NGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5M1PA 1YI2Q 1VQNT 2YUNA 4M78E 3CJ9A 3VENA 4CZKA 2HQHA 1J3TA 1F21A 2SRCA 4K41A 1R0BG 3BGRA 5GMKh 4A54A 1V4TA 4FWSA 5M9OA 2HDAA 3M8PA 1VYVA 5JS2A 4CEFA 1BIBA 4G9ZA 3ULRB 1XQSC 1N9RA 4ATOA 1M1KO 4Z4FA 2FZGB 3QICA 3PUFA 3CCSA 1QSLA 2COWA 4N4IA 3FZHA 4PY5A 1OULA 4OGCA 4NXNK 1WHGA 5EVZA 4JPBW 1K8KA 4M7AF 2DL5A 2PZSA 4J7FA 4NL2A 3CFOA 2DERA 1NKEA 2E5KA 1TUYA 3DWLA 2P0PA 1K9MO 3OB9A 3SFMA 4CFAA 3I55T 1ZA2B 3HM9A 4DR7K 2CH6A 5LY3A 4B1YB 1WSHA 2F69A 3D2FA 2RHIA 4M7AA 3A8YA 4H03B 1WJSA 3O4WA 3REAB 1YFNA 4C92F 1RTIA 4HVWA 3R9PA 4EAHD 1D9FA 3CXCA 2HAXA 4JKHA 1MWKA 4CHNA 1BCOA 3NTIA 4A4KA 1W7AA 3WVDB 4EIKA 4M3ZA 1VQLA 2XY6A 4UY8O 2GBQA 2P9UA 1WGSA 3ZX2A 5FLXE 4BC3A 2W40A 3M6GA 5EOYA 5IHNA 2DBKA 3QDKA 4QS8A 2A28A 3NF6A 1OH7A 4JNEA 1G8XA 1LW0A 4PFZA 4B6MA 1W97L 1C0MA 4F7UE 2D9TA 2DFEA 3N4PA 4CGDA 1NK8A 3NTKA 4BC4A 4CBWA 5KYUB 1M1KC 4B9VA 2PVOB 2YKNA 3RMBA 1BU1A 1WHKA 1N34K 4DQPA 2JM8A 2VG5A 2HD0A 2ZZDA 2YI1A 3SNNA 1P8ZA 1ZA1B 4X62K 3M59A 4Z4CA 1GLAG 4FSXA 1SEMA 3HRGA 3GNGA 2Q0UA 4PFPA 1K9MC 1JLEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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