The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
104
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structure length |
104
|
Chain Sequence |
GSSGSSGGTQLEKLMENMRNDIASHPPVEGSYAPRRGEFCIAKFVDGEWYRARVEKVESPAKIHVFYIDYGNREVLPSTRLGTLSPAFSTRVLPAQATEYAFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
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| publication title |
Solution structure of the TUDOR domain of Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
13
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature |
ec
3.1.31.1: Micrococcal nuclease. |
| pdb deposition date | 2006-12-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SD4 A; 3MP6 A; 4N4G A; 4L59 A; 4IUV A; 5M9O A; 4C5I A; 3O8V A; 4PLI A; 3S3N A; 4IUR A; 3LGL A; 3S3O A; 3LGF A; 2QQR A; 3OS1 A; 3PFS A; 1WJS A; 5FRN A; 3MEW A; 3LH0 A; 4A4E A; 4IUT A; 5J39 A; 2RI2 A; 2XDP A; 3OS0 A; 3OYN A; 3OYB A; 3L2V A; 3L2U A; 4LD6 A; 2RJC A; 2RJD A; 2HQX A; 2R58 A; 2RHZ A; 2MWP A; 3H6Z A; 3MP8 A; 5D6W A; 3MEA A; 3OYD A; 5FRM A; 2QQS A; 4GY5 A; 3OYA A; 2GFA A; 2K3Y A; 2LTO A; 3ASK A; 4IUQ A; 5D6X A; 4PL6 A; 4E7H A; 3FDR A; 4NS5 A; 3E9G A; 3L2W A; 2HQE A; 3NTH A; 3LYI A; 4HCZ A; 4II1 A; 2X4Y A; 3S6W A; 2X4W A; 2RJF A; 3MET A; 4C5E A; 2M16 A; 4C5H A; 2RI3 A; 2M1H A; 4IUP A; 3UT1 A; 1KHC A; 2RO0 A; 3PMT A; 4QQG A; 3KUF A; 2O4X B; 3L42 A; 1H3Z A; 3OYL A; 4BD3 A; 4PLL A; 2LRQ A; 2BIV A; 3DB3 A; 3P8H A; 2EQK A; 3OYK A; 4FL6 A; 4QQD A; 1N27 A; 3OYM A; 4QVZ A; 3M9Q A; 4UC4 A; 5KE3 A; 2L3R A; 4BE0 A; 2B8A A; 2RI5 A; 4OVA A; 3CEY A; 3OQ5 A; 2O4X A; 3OMG A; 2BKD N; 4Z02 A; 1WGS A; 2JTF A; 3P8D A; 2X35 A; 3H8Z A; 3OYH A; 1WJQ A; 4RG2 A; 1RI0 A; 5D6Y A; 1SSF A; 4X34 A; 2E6N A; 4N4I A; 3QKJ A; 4E7K A; 4B9W A; 2L8D A; 2RHY A; 3ZEH A; 1G5V A; 2EQJ A; 3GOX A; 4BE1 A; 3DB4 A; 4E7L A; 3ME9 A; 1OZ2 A; 3L2R A; 2GFU A; 4B9X A; 3QBY A; 4EDU A; 3NTK A; 1WJR A; 4IUU A; 4ZTF A; 3OA6 A; 1XNI A; 4FU6 A; 3OY9 A; 2WAC A; 2EQM A; 3LLR A; 1OYX A; 2M0O A; 5KH6 A; 2E5Q A; 3Q1J A; 1MHN A; 2RHI A; 5C0M A; 3MP1 A; 5KCH A; 2XK0 A; 5J26 A; 3QJ6 A; 5KE2 A; 4CRI A; 5IAY A; 4BDZ A; 3LX7 A; 2JZ2 A; 3OYI A; 3MO8 A; 3NTI A; 2RHU A; 4A4G A; 5C6S A; 2K3X A; 3QII A; 4ZTJ A; 3BDL A; 2PQW A; 2P0K A; 2RJE A; 4E7I A; 2IG0 A; 2LDM A; 2BUD A; 5KCO A; 2F5K A; 3OYE A; 4E7J A; 3F70 A; 2R5A A; 3PMI A; 3L2Q A; 2EKO A; 4BE2 A; 2G3R A; 1OZ3 A; 2R57 A; 3OB9 A; 2GF7 A; 3OMC A; 3OYG A; 4BAC A; 3DLM A; 2CKK A; 5CIU A; 5FRO A; 2RHX A; 2VYT A; 3FEO A; 2FHD A; 3E9F A; 3FC3 A; 3OYF A; 2D9T A; 3S3M A; 3FLG A; 4N4H A; 2DIQ A; 2R5M A; 2YRV A; 4IKF A; 3C4S A; 3OYJ A; 3UWN A; 4QW2 A; 3MEU A; 1OI1 A; 2X4X A; 4A4H A; 2DIG A; 2EQU A; 2LVM A; 2MWO A; 4BDY A; 3EAE A; 4QQ6 A; 2DAQ A; 2LCC A; 3PNW C; 3MEV A; 2NLU A; 4A4F A; 3OYC A; 2L89 A; 3OS2 A; 4C5G A; 2EFI A; 5IN1 A; 4Q5W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N0A C; 2KNB B; 1X43 A; 3RKW A; 1VQ5 A; 3HP9 A; 5GAN 6; 4BI3 A; 3JAM E; 1M2V B; 5M9O A; 1WHM A; 1X6B A; 3S3N A; 1M1K U; 3CPF A; 3MEW A; 1K4U S; 4RG8 A; 1VQ6 A; 1NPR A; 3VKI A; 5HCK A; 4D6W A; 1VQP Q; 2KVQ G; 2KDS A; 3D7S B; 4N0A A; 5GAN 8; 2GFA A; 1RUW A; 1SF9 A; 2LJ0 A; 5GAN h; 2YRD A; 1I81 A; 3VU3 C; 2D6F A; 5KYU B; 4RCB A; 2E10 A; 4L6V 5; 4C5E A; 1Q82 C; 3FIF A; 3CCV Q; 1H3H A; 4D8D A; 3V8L A; 2EW3 A; 2YUP A; 2BIV A; 4A54 A; 1BYM A; 2DEQ A; 2KR3 A; 1GCQ A; 1Y57 A; 3UDC A; 4D8K A; 1Y7X A; 1YHQ T; 3OQ5 A; 4RMO A; 1HD3 A; 1VQN A; 5GMK l; 2D0Q B; 3I35 A; 4C0D B; 1VQM A; 4OMP A; 2RQR A; 3I56 Q; 1WPY A; 5ECA A; 1Z9Z A; 4C92 G; 1M1G A; 1XNI A; 4FU6 A; 1B34 A; 3OY9 A; 1A0N B; 1D1C A; 3HL8 A; 3CCJ Q; 2EGA A; 2JMC A; 2DL5 A; 3M53 A; 1NZ9 A; 4TVR A; 3NTI A; 2CZ1 B; 3QII A; 1AWW A; 1QP3 A; 1UUE A; 4DEY A; 1V76 A; 1WI7 A; 4P5N A; 1VQ7 T; 3VV0 A; 1AD5 A; 2AT1 B; 3GBQ A; 4O5V A; 1VQ9 A; 1M27 C; 5GAO n; 4CC3 A; 1HK9 A; 1MV3 A; 2YDL A; 2D9T A; 5GAO q; 1TH7 A; 3TCJ A; 3RES A; 3CC2 T; 1PD1 A; 3EGX A; 2HKQ B; 3R6N A; 2LVM A; 3BY7 A; 4PKC C; 1YJW A; 3H0H A; 2V8I A; 5IN1 A; 4Q5W A; 2L3P A; 3ZL7 C; 5IXB A; 2PZ1 A; 2F5T X; 4N4G A; 1KQ2 A; 2K6D A; 1KC8 U; 1XQH A; 4OB1 B; 2C06 A; 5CKD A; 1UHF A; 4J5Y A; 4PJO G; 4IUT A; 3EH1 A; 2Y4Y A; 2QGG A; 3EH2 A; 4JRQ A; 3A8M B; 1VQP T; 5GJW B; 2E64 A; 2ZPE B; 1QWE A; 2K3Y A; 2LTO A; 1M3B A; 4M75 F; 2IVW A; 5I21 A; 1SHF A; 5FU6 C; 2F69 A; 2HZY A; 2RO0 A; 3CCL Q; 4C8Q C; 1QLY A; 2NUT A; 3CCE Q; 2H8H A; 3CD6 A; 3P8H A; 3EHR A; 1YHQ A; 4JRP A; 3VS2 A; 5L8R E; 2MF2 A; 3QYG B; 1N6A A; 1IRX A; 2JXB A; 1TSF A; 1OX8 A; 1B34 B; 4C8Q A; 3SB2 A; 2DPP B; 1B07 A; 5D6Y A; 2C0O A; 4ZNX A; 2QTV A; 1J3T A; 3TQ7 P; 3GOX A; 1U3O A; 3CME A; 1AZG B; 4B9X A; 1BI2 A; 1D0X A; 1RI9 A; 2ZZD A; 5GAM f; 2WSC E; 2YLC A; 3JB9 F; 2OTJ T; 3C95 A; 3Q1J A; 4M7A G; 4IIM A; 1KG1 A; 1NLO C; 3CCJ T; 4CRI A; 4J9I A; 4QVC A; 1RAB B; 5GAM e; 4J9C A; 4RTW A; 1NEG A; 2CZ6 B; 4E7S A; 3OW2 A; 3EFO A; 1Q95 G; 2RD1 A; 1VQ7 A; 1YCY A; 1VQO Q; 2MOX A; 2LNV A; 1M9S A; 1KD1 C; 4LDU A; 1YIT A; 1RL2 A; 2VYT A; 5GAN 7; 4ZN3 A; 3G4S Q; 1UJY A; 2EKH A; 4AFU C; 4OMO A; 1IGQ A; 3OSV A; 3MEU A; 2RNA A; 4EMH A; 1UTI A; 3OYC A; 1M3A A; 1RAH B; 1PSE A; 4JLG A; 1GCP A; 4HVV A; 3O8V A; 2COY A; 4CI0 C; 5FRN A; 2QTX A; 2QGF B; 1TS9 A; 1NPP A; 2AK5 A; 4HT8 A; 3MP8 A; 4OB0 B; 1Q81 U; 1KIK A; 2DM1 A; 4IUQ A; 2MYS A; 1FXX A; 5FLX E; 3V8K A; 3HFO A; 2HKN A; 3CMA Q; 2KYB A; 3CCR T; 2GQV A; 1OEB A; 5FU6 B; 2KE9 A; 2AZS A; 4HVW A; 3CPW P; 4PJL A; 1KJW A; 3CCL T; 3KXT A; 4M7D D; 4LUE A; 1V1C A; 2K5L A; 5LJ5 j; 2LRQ A; 3CCE T; 1S1N A; 2ZPB B; 4QQD A; 1N27 A; 2XIC A; 4XU3 A; 4ZN1 A; 2CP6 A; 3CCM Q; 1M3C A; 2B8A A; 2DE0 X; 4C0Z A; 2FPE A; 4X34 A; 4ESR A; 3REB B; 2L8D A; 3O5Z A; 3L2R A; 3GNG A; 1OQK A; 2LQW A; 1WIE A; 2OTJ A; 1VQK Q; 3E19 A; 3EFO B; 3HRU A; 4CC2 A; 5DLO A; 3CCJ A; 1RAD B; 2EYW A; 3H41 A; 1TOV A; 2WSF E; 3IQL A; 4A4K A; 3LX7 A; 2JZ2 A; 4FCY A; 2GCX A; 3EG9 B; 2LJ1 A; 4M78 F; 1Q86 C; 3F70 A; 3PMI A; 1FWZ A; 4BE2 A; 3OMC A; 1OZ3 A; 5LJ5 d; 4XU0 A; 3SHW A; 2FHD A; 4M75 E; 1O9S A; 1CKB A; 1RAC B; 3QZ5 B; 2D1X A; 2HAX A; 3G4S T; 3MCA B; 2EAY A; 2V1R A; 1QCF A; 4RTV A; 3EAE A; 2DAQ A; 1WFW A; 1S72 Q; 2EFI A; 2P0Q A; 2A3L A; 5GMK j; 3MP6 A; 2F2V A; 2LP5 A; 3VRZ A; 3LGF A; 3LW5 E; 2CSI A; 4C92 C; 8AT1 B; 3JB9 J; 3SWN A; 3CCQ Q; 4WCI A; 1YI2 A; 2RH2 A; 3MEA A; 4PFP A; 1R0B G; 3JB9 H; 2DL3 A; 2DJZ A; 5IHN A; 2YUN A; 3HPW A; 5GAN 2; 2XHC A; 4PL6 A; 3CCR A; 2XI9 A; 2E5K A; 2HD0 A; 2DO3 A; 2X4Y A; 2A36 A; 3JV3 A; 2L2P A; 2QDY B; 3CCS A; 1ZUK A; 4AMC A; 3CCE A; 4XTW A; 2DIL A; 4Y28 E; 3OYK A; 4Z88 A; 5KYY A; 5CR2 A; 1YIJ A; 3OYM A; 3QWY A; 2VXE A; 4WTO B; 2RQU A; 4WF2 A; 1PHT A; 4OVA A; 4L5G A; 3CCM T; 2BE9 B; 2PU9 B; 5HK3 A; 3OYH A; 1RI0 A; 2ESW A; 4N4I A; 3M54 A; 1N8R R; 2DL4 A; 1SPK A; 1K73 R; 2K57 A; 3V7R A; 5AT1 B; 5I2S A; 4PJO C; 1VQK T; 3JCM Q; 1YFN A; 3M57 A; 1WLP B; 4EPC A; 2JTM A; 1B7T A; 4PJO A; 1JO8 A; 1I0C A; 4KBM B; 2DYB A; 2DTI A; 3GNF B; 3CXC A; 2GBQ A; 1ZX6 A; 1QCN A; 4C8Q D; 2DNU A; 2YUQ A; 3FJ5 A; 2FYK A; 5DLQ E; 3DKM A; 3CCU A; 4XTY A; 3JCM d; 5CVI A; 1OI1 A; 2P84 A; 4RTX A; 1S72 T; 1AHJ B; 2F2X A; 4QKU A; 2DZC A; 3OSS C; 4XTZ A; 2FRY A; 4XTX A; 1U1T A; 2D8H A; 3S3O A; 1VYT A; 3M4Y A; 1KFZ A; 4C92 B; 2ZGW A; 3L2U A; 2QA4 Q; 1NEB A; 3NHN A; 2Y90 A; 4PFO A; 5CQY A; 1ABQ A; 4R55 A; 1ZUY A; 4M7A C; 2E41 A; 1D09 B; 9ATC B; 2CYZ B; 3QHS A; 4AFZ C; 2BZ8 A; 5LJ3 j; 1YJN T; 4M7D F; 4LD9 K; 2KRO A; 1G3T A; 1WXU A; 1GRI A; 4OGE A; 1K76 A; 2QI2 A; 2DD4 A; 1AWX A; 2BZX A; 2DLP A; 4V2S A; 2FEI A; 4BB7 A; 3WVE B; 1G3W A; 4M7A A; 3OYL A; 4JJB A; 3LWH A; 2BZY A; 3QXE B; 3FRN A; 4M78 E; 3HKS A; 3CCM A; 2RF0 A; 4A53 A; 1M2V A; 5GAO r; 2RI5 A; 1QVF P; 1LVK A; 2DL7 A; 1UFF A; 2XDD A; 4DBR A; 2FZC B; 1JQQ A; 2YHT A; 1TU0 B; 2PVO B; 4MML A; 1SRL A; 1KQ1 A; 5EG2 A; 4AG1 C; 5GAN j; 1WHG A; 6AT1 B; 1TUC A; 1PKT A; 4LDX A; 2GQI A; 1VQL Q; 1ZHI A; 4E7L A; 3ME9 A; 4EDU A; 1AEY A; 5CAI A; 1M90 R; 2WAC A; 2CT4 A; 4PJO B; 1JXO A; 4XU1 A; 3M0T A; 5KYU A; 3SEM A; 1JB0 E; 2ABL A; 5LJ3 d; 4JJN K; 4LN2 A; 2LC4 A; 1ZA2 B; 1E6G A; 1QVG S; 4CC4 B; 4C0D C; 2LDM A; 1U8R A; 1K1Z A; 1YJ9 A; 2MIO A; 4MDX A; 2MCN A; 2CSQ A; 1P92 A; 4M78 B; 2CKK A; 5DY9 A; 3E1S A; 2QQB A; 3NFC A; 2DIQ A; 3JCM P; 4BY6 B; 3CC4 T; 4BDY A; 5GAN d; 1U06 A; 3QWX X; 4M75 G; 4OB2 B; 1UEB A; 2KRN A; 3NPF A; 4HXJ A; 2JS0 A; 3OS1 A; 5GMK m; 5AYF A; 3OYB A; 2XMF A; 3L2Z A; 4JUV A; 3OYD A; 1Q7Y R; 4F16 A; 3CBM A; 2YXY A; 1ZSZ C; 3KBG A; 4JDS A; 2K7A A; 2CH4 A; 4HCC A; 1YJN A; 1QCO A; 4M7A B; 2J7I A; 1ZBX A; 2OAW A; 1FMW A; 2KT8 A; 2MMP A; 4II1 A; 2X4W A; 2LQK A; 3PMT A; 5LJ3 e; 2X9H A; 2M02 A; 1X27 A; 5I2M A; 2LMJ A; 4OB3 B; 1BKB A; 1VYU A; 2OI3 A; 5A0L A; 3JB9 G; 2O4X A; 1RAE B; 1WJQ A; 1NM7 A; 4AG2 C; 2P4T A; 5GAM g; 1G5V A; 2VC8 A; 2J6F A; 4LE9 A; 1VQL T; 1W4S A; 1WJR A; 1YP5 A; 1G8X A; 1H8K A; 2EQM A; 3LLR A; 2BTT A; 1W2B P; 2E5Q A; 3MP1 A; 2KK4 A; 3V7C A; 2KSS A; 4ELY C; 1M5Q 1; 5CK9 A; 4RKU E; 1K8A C; 5C6S A; 1BCO A; 2PQW A; 3QUI A; 2CZ0 B; 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2OJ2 A; 1Y71 A; 2YSQ A; 2E65 A; 1BIB A; 2KEA A; 2J6O A; 2HQH A; 3PT9 A; 5IT9 E; 3ZBD A; 4Y91 A; 2OX7 A; 3EGD B; 2R57 A; 3MKD A; 3I56 T; 3PIO A; 4MZT A; 3GPL A; 1OPL A; 1UG1 A; 3M56 A; 1Q82 R; 2DET A; 3TU4 K; 2P4R A; 1IHW A; 1ZSG A; 3BDU A; 4A4H A; 2DIG A; 2EQU A; 1PKS A; 4AT1 B; 2V8J A; 4C5G A; 2VUB A; 5A0G A; 1D1A A; 1UE9 A; 4DBQ A; 5GAM h; 2IIM A; 4GBQ A; 3A1P A; 1GXI E; 3EG9 A; 5J39 A; 1K8A R; 4LD6 A; 2I2L A; 3CC7 Q; 3H6Z A; 4ATO A; 1HYO A; 3CC2 A; 3EHQ A; 4BUG A; 4X1V A; 1GBQ A; 3FJP A; 2V8K A; 2CH4 W; 1KK7 A; 3MET A; 1UGV A; 1JEG A; 1K9A A; 2M51 A; 3PTA A; 2ZAE A; 2HNI A; 1VQP A; 4ANJ A; 1M90 U; 1UJ0 A; 1Y96 B; 4Z02 A; 5I11 A; 1WGS A; 4E47 A; 1W2B S; 3C12 A; 2E6N A; 4R56 A; 1N5Z A; 4FM4 B; 3PVL A; 4M75 C; 1PSF A; 3CCV A; 2B86 A; 4ZTF A; 4JJD A; 1KC8 C; 3MPU B; 3UPU A; 2QDL A; 2FRW A; 3OYY A; 2ZPG B; 1Y0M A; 1MHN A; 2C0T A; 2KBT A; 2KXD A; 1EFN A; 7AT1 B; 3QDR B; 3SFM A; 2JVV A; 1JJ2 P; 4J83 A; 3MJX A; 4DOV A; 3VRY A; 1IO6 A; 3I56 A; 2FPD A; 1ZLM A; 2LT1 A; 3VUB A; 2AIR B; 4XQ3 A; 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