The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
GSSGSSGGTQLEKLMENMRNDIASHPPVEGSYAPRRGEFCIAKFVDGEWYRARVEKVESPAKIHVFYIDYGNREVLPSTRLGTLSPAFSTRVLPAQATEYAFAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
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| publication title |
Solution structure of the TUDOR domain of Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
13
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature |
ec
3.1.31.1: Micrococcal nuclease. |
| pdb deposition date | 2006-12-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KUF A; 1WJR A; 2BUD A; 3BDL A; 4ZTF A; 5FRM A; 3OYA A; 2EQU A; 2RHI A; 3ME9 A; 4IUR A; 4BE1 A; 3S3N A; 3E9F A; 5KCH A; 2L3R A; 3LX7 A; 3OS1 A; 3DB3 A; 3CEY A; 3OB9 A; 3FC3 A; 3NTK A; 3S6W A; 2RHZ A; 3MEW A; 2L89 A; 4BDZ A; 4PL6 A; 2K3Y A; 3UWN A; 3P8H A; 3MP1 A; 3MP6 A; 3OYL A; 2K3X A; 4BAC A; 4E7J A; 4E7K A; 2RI3 A; 4NS5 A; 2EQJ A; 2EQM A; 2P0K A; 4IUU A; 3L2Q A; 2G3R A; 4C5E A; 2JTF A; 2X4Y A; 2XK0 A; 4C5I A; 5J26 A; 1WJS A; 4IUV A; 4L59 A; 5IN1 A; 3OYI A; 2R58 A; 1KHC A; 1XNI A; 2QQS A; 3PMI A; 2RHY A; 2RHU A; 4Q5W A; 4C5G A; 3LYI A; 4BE0 A; 5IAY A; 3EAE A; 3QII A; 2EFI A; 2LDM A; 4IUT A; 3UT1 A; 3NTI A; 4A4H A; 2GF7 A; 4QQD A; 2WAC A; 4A4F A; 2RHX A; 3OMG A; 3OYD A; 2RJC A; 4UC4 A; 4QQG A; 3OS0 A; 3H6Z A; 3L2U A; 3OYF A; 3OY9 A; 2RJE A; 4GY5 A; 2PQW A; 4CRI A; 2D9T A; 2FHD A; 3OYC A; 3NTH A; 5FRO A; 3L2V A; 3SD4 A; 5KE2 A; 3P8D A; 2MWO A; 4E7L A; 2X4X A; 2RI5 A; 2XDP A; 3H8Z A; 3QJ6 A; 3FLG A; 5M9O A; 3OYM A; 3GOX A; 1G5V A; 2O4X A; 2MWP A; 2RJF A; 5KH6 A; 3PFS A; 2M1H A; 3FEO A; 2BKD N; 3L2W A; 2X35 A; 4X34 A; 2EKO A; 3OYH A; 2O4X B; 1WGS A; 3OMC A; 2HQE A; 4N4H A; 4EDU A; 3MEA A; 2B8A A; 4RG2 A; 4Z02 A; 4E7I A; 3MEV A; 3E9G A; 4FL6 A; 1MHN A; 3O8V A; 3S3O A; 3C4S A; 3OQ5 A; 4PLI A; 2RO0 A; 3F70 A; 2EQK A; 3QBY A; 1OZ2 A; 3QKJ A; 3MO8 A; 4B9W A; 2E5Q A; 2R5A A; 5J39 A; 1H3Z A; 2M0O A; 2DIG A; 1WJQ A; 4IUP A; 3LLR A; 4A4E A; 2LTO A; 3ASK A; 4QW2 A; 5C6S A; 4FU6 A; 2VYT A; 4IKF A; 4ZTJ A; 3PNW C; 4OVA A; 4IUQ A; 5D6Y A; 5KCO A; 2CKK A; 2GFA A; 3Q1J A; 4HCZ A; 4B9X A; 1OYX A; 3OYE A; 2IG0 A; 1OI1 A; 3MET A; 3LH0 A; 2LRQ A; 2HQX A; 4II1 A; 3OYJ A; 1RI0 A; 2R5M A; 2RI2 A; 2L8D A; 4BE2 A; 5FRN A; 2QQR A; 1SSF A; 3LGL A; 3OYK A; 3DLM A; 3OYN A; 2R57 A; 4N4G A; 2NLU A; 3OS2 A; 3OYB A; 4E7H A; 2X4W A; 3MEU A; 4N4I A; 5CIU A; 2F5K A; 3LGF A; 4BDY A; 3DB4 A; 2E6N A; 4LD6 A; 2DAQ A; 4BD3 A; 1N27 A; 4PLL A; 5D6W A; 3OYG A; 3M9Q A; 5D6X A; 3PMT A; 5C0M A; 2LVM A; 5KE3 A; 2BIV A; 4QVZ A; 4A4G A; 1OZ3 A; 4QQ6 A; 2LCC A; 3OA6 A; 3L2R A; 2JZ2 A; 2M16 A; 2YRV A; 3MP8 A; 4C5H A; 3L42 A; 3FDR A; 2RJD A; 3ZEH A; 3S3M A; 2GFU A; 2DIQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAM d; 2JMA A; 1VIF A; 1FWZ A; 3VS5 A; 2CP5 A; 2X51 A; 4PJO C; 3KFV A; 4BE1 A; 3SB2 A; 1QVG S; 1BI2 A; 1KD1 C; 3QPH A; 1Y96 A; 2EYQ A; 2Z0W A; 1FXX A; 2L89 A; 1ZUU A; 3GIB A; 4PL6 A; 3QG1 A; 3CPW A; 4OB0 B; 1PD0 A; 3URG A; 3CCR Q; 1LPL A; 4KGX B; 2EAY A; 4PJN A; 3CMA A; 5L8R E; 1LJO A; 5DM7 R; 2Y90 A; 5KYY B; 4PJO D; 3UAT A; 5LJ5 j; 4M75 G; 2IVW A; 1K73 U; 3OBW A; 4FT4 A; 3DKM A; 1C0M A; 4J9G A; 3M0S A; 2DYB A; 2K2M A; 4DEX A; 2PQW A; 1ZSZ C; 1OX9 A; 1QVG P; 1K4U S; 2ZPB B; 4CC3 A; 4WF2 A; 1KJW A; 1N8R R; 1YIT T; 4NOY A; 2X35 A; 4X34 A; 3OYH A; 5IHI A; 2B8A A; 4J9H A; 1RAB B; 2FPD A; 2A36 A; 3O5Z A; 4PLI A; 1WPY A; 4JRP A; 1VQ4 T; 1H3Z A; 2X3X D; 1RAD B; 2D8J A; 2J6F A; 1MND A; 2LTO A; 3CCM A; 2JM8 A; 2E1H A; 2DMO A; 2HMA A; 2DXC A; 5LJ5 h; 2HEQ A; 5LJ3 e; 2P84 A; 3CCU A; 2DRK A; 3EFO B; 3NHN A; 1VQ9 Q; 1XJW B; 3OS2 A; 4C8Q C; 1KQ1 A; 3CC2 A; 5LJ3 f; 1RL2 A; 1PSF A; 1BYM A; 5FLX E; 5D6W A; 2JNG A; 3RMQ A; 2DXU A; 3CCS T; 2LT4 A; 4C0G A; 3CCE A; 2DPP B; 4EMK A; 1I4K 1; 4PFP A; 1RAE B; 1WXU A; 3PE0 A; 4PJO A; 2QK0 A; 4KBM B; 4C8Q D; 1WYX A; 4JDS A; 1M3A A; 1U06 A; 1QWF A; 2DYI A; 2A37 A; 3KBG A; 4FYX B; 3NTK A; 1E6H A; 4M7D E; 3MP1 A; 4MZT A; 2YSQ A; 2HQH A; 2YXY A; 3VUB A; 5D7U A; 4F04 B; 3M0P A; 2RHY A; 1KK7 A; 5CR2 A; 2EJ9 A; 3HRU A; 1K73 C; 4LUE A; 4HVV A; 2NUT A; 2DLP A; 2XG8 D; 2GTJ A; 3CME A; 1UDL A; 4UC4 A; 1NM7 A; 3EG9 A; 4ELZ C; 3OYF A; 2O31 A; 4L5G A; 3P8D A; 4ZGE B; 4R0K A; 2QEX Q; 1M1K U; 3ULR B; 4F7U E; 3HRS A; 1W70 A; 2RJF A; 3HP9 A; 4OMM A; 2CP0 A; 2V8K A; 3EGU A; 3OMC A; 4HT8 A; 3G4S A; 3N5B B; 2CZ0 B; 4JPB W; 1TG0 A; 3JB9 G; 3OQ5 A; 2EQK A; 3V7R A; 2DVJ A; 3CC4 Q; 2XDB A; 5HKC A; 2DJQ A; 1UJY A; 3JCM g; 2FRY A; 1AOJ A; 1EFN A; 4BY6 C; 1RI9 A; 4F14 A; 2OAU A; 5A2Q E; 2E65 A; 1M90 R; 3E2U A; 4C8Q A; 3CC7 A; 3FB9 A; 1RI0 A; 4DA4 A; 5FRN A; 2R57 A; 1T0H A; 1VQ7 Q; 1VQM A; 3QO3 A; 4M7D B; 3ZBD A; 1RAC B; 3CCL Q; 4CC4 B; 1YHQ Q; 1D3B B; 2MI6 A; 2DTI A; 2F1L A; 4JZ4 A; 1VQL Q; 2KXC A; 3LH5 A; 4ORZ A; 3I5R A; 2DBM A; 2FL7 A; 3VUZ A; 1HYO A; 1SPK A; 3LW5 E; 2RQR A; 4JZ3 A; 4D8K A; 3QXE B; 1BIB A; 1WX6 A; 2O9V A; 4PK4 A; 2OJ2 A; 3X24 B; 1G3Y A; 1MMD A; 5GAN g; 2C0I A; 4BAC A; 2PUK B; 1Q86 U; 3JB9 I; 4F7U B; 4XTW A; 4M75 E; 3I55 T; 2W10 A; 1XNI A; 3J7A F; 2KSS A; 1T3S A; 1M2V B; 1PWT A; 4A4F A; 1KHI A; 4J6W A; 1IHV A; 1VQP T; 2DZC A; 3H0I A; 4C92 A; 2HZY A; 3IQL A; 2D9T A; 9ATC B; 5LJ5 f; 4PJO G; 3M57 A; 3GOX A; 1N6A A; 2EGC A; 2ZZD A; 2CH4 W; 1AD5 A; 5L23 A; 1YIT Q; 1MV3 A; 3EG0 A; 4FSX A; 2K5F A; 4ZGD B; 3CMA T; 1TUC A; 1UB4 A; 1UGS B; 2ECZ A; 4DBQ A; 5KYW B; 1BIA A; 3VS4 A; 3TEE A; 2PVD B; 4E47 A; 3VS7 A; 1LOJ A; 2DA9 A; 4AFS C; 2SEM A; 4BB7 A; 2NUP B; 4YTL A; 1OYX A; 2CUB A; 2C0O A; 2KAF A; 1NE8 A; 1X6B A; 3GNF B; 3I56 A; 1KD1 R; 4D6W A; 4OF1 A; 5LJ3 d; 1OPK A; 1YJ9 A; 1I5L A; 4BDY A; 3CCQ A; 1G2B A; 1NJI U; 3M53 A; 2FZG B; 3EFR A; 4M75 B; 2CZ6 B; 3JAM E; 3NMZ C; 1EX4 A; 2BE9 B; 1VQN A; 4HCB A; 2JZ2 A; 4M7D F; 5GAN 7; 3VS6 A; 1X01 A; 2CDT A; 3RR6 A; 1K8A C; 3CCM T; 1M4Z A; 1YCS B; 1XQH A; 2EQU A; 4Y91 A; 1ZSG A; 3CBM A; 4PFZ A; 4E7Z A; 5KCH A; 1Q95 G; 2QYZ A; 3CCU T; 5A0D A; 4FT2 A; 2XU8 A; 1XTD A; 4JJB A; 1S72 Q; 1JJ2 S; 1Q86 C; 3MP6 A; 3CC2 T; 3EH2 A; 2JTF A; 4HKE A; 4C8Q G; 5GAM e; 3CCE T; 4AFQ C; 2QQ9 A; 1D0Z A; 4LD9 K; 4F7U F; 2AZS A; 2LJ3 A; 5CQX A; 3RDV A; 2F2X A; 1NZ9 A; 4Y92 A; 4B6M A; 1VQK A; 2DEQ A; 3NTH A; 1AZG B; 2LQN A; 2FPE A; 2DL8 A; 1IHW A; 1I5O B; 4M78 C; 2KRM A; 3JV3 A; 1JJ2 P; 5GMK l; 1X6G A; 4LNP A; 4Z8A A; 2L3P A; 3MEV A; 1R77 A; 1MNE A; 3O8V A; 4M7A C; 1A0N B; 4HCK A; 3C12 A; 4B9W A; 2LP5 A; 5J39 A; 2DEU A; 2QI2 A; 3C0C A; 4M78 D; 1I1J A; 2HCK A; 1VIE A; 1VQ6 A; 2E5K A; 5KCO A; 1PCX A; 3X28 B; 1YIJ A; 5GAO r; 3QWY A; 2L8D A; 2QQA A; 2KY9 A; 4M7A D; 4C92 G; 3VV0 A; 4C0D B; 3EGD A; 2KYM A; 5IH2 A; 1H8K A; 2K5L A; 2D0Q B; 2RM4 A; 1NYF A; 4A53 A; 3G4S T; 4BD3 A; 3JCM V; 2JUF A; 3M9Q A; 5LL6 S; 3QYG B; 1QKW A; 4AMC A; 1K0X A; 1OZ3 A; 2YRV A; 4OP0 A; 2KT8 A; 3FDR A; 2J7I A; 3SEM A; 3V8J A; 4QKU A; 2K2V A; 3BDL A; 4M75 F; 2CUD A; 1NPR A; 4MZM A; 1YI2 A; 1R0C B; 3BE3 A; 2QTX A; 3GPL A; 1JO8 A; 1SG5 A; 2CP2 A; 2D1X A; 4BDZ A; 4E7J A; 1VQM T; 7AT1 B; 1Y96 B; 1TU0 B; 4LN2 A; 2G3R A; 2HSP A; 2M02 A; 4AG2 C; 4L59 A; 3OYI A; 1ZQ1 A; 2EQI A; 3I55 Q; 1UE9 A; 3G71 A; 1C6V X; 1ZA2 B; 3EAE A; 1Z9Q A; 2RHX A; 1E6G A; 2HKN A; 1TXQ A; 1VQP Q; 1I81 A; 3LWI A; 1OPL A; 1WHJ A; 4GY5 A; 2DET A; 1NG2 A; 2FHD A; 2DX1 A; 1YJW A; 5GAO p; 2F2W A; 2JJ9 A; 5GAO q; 1K9M C; 2YDL A; 1PNJ A; 4M77 C; 3UF4 A; 2HL3 A; 3V8L A; 1HSQ A; 3A1P A; 3REB B; 2VB6 A; 2YWW A; 3EHR A; 4J9F A; 3UA6 A; 2ED1 A; 3SDZ A; 1JEG A; 3FJP A; 2QDY B; 2O01 E; 2R5A A; 4ATO A; 4M77 D; 1WJQ A; 3M56 A; 3U23 A; 4RTV A; 2EIF A; 2QXF A; 5CK9 A; 3OBY A; 4FU6 A; 2KNB B; 4HVU A; 2E3H A; 2ENM A; 1PSE A; 1P92 A; 2RI2 A; 4FYY B; 1Q7Y R; 2KXD A; 2DER A; 1VQ5 A; 5KYU A; 3UPU A; 3HFO A; 1UGR B; 1RUW A; 3JRZ A; 4A63 B; 1C1A A; 3OSV A; 1K0S A; 4RTU A; 5DY9 A; 1JXO A; 2LT1 A; 3QZ5 B; 4O5V A; 1JXM A; 3UA7 A; 5LJ3 g; 3TSW A; 4EMK B; 2GBQ A; 3S3M A; 4QVD A; 1EZZ B; 1AWW A; 2DO3 A; 4OB1 B; 4ZN3 A; 2LCS A; 2EVR A; 3CCM Q; 5FRM A; 4PJO B; 3R6N A; 3CEY A; 2JW4 A; 3OB9 A; 3S6W A; 3I56 T; 2DIL A; 4O6J A; 3GLX A; 1YJ9 T; 1O9S A; 3VYG A; 2EYX A; 2RI3 A; 3CCQ T; 4C5E A; 4BI4 A; 4RTT A; 3JCM X; 4MZP A; 3CCJ A; 2DXB A; 1Q82 U; 3CCE Q; 3PMI A; 4JLG A; 4JRQ A; 2V26 A; 2LQW A; 4Z89 A; 2YRC A; 4FYW B; 2RNA A; 2GF7 A; 2RK2 A; 4KH0 B; 4QQD A; 1B7T A; 3OMG A; 1QVG A; 3JB9 F; 1G3W A; 2PUO B; 4ZNX A; 2RJC A; 3OS0 A; 1ZA1 B; 2LNV A; 4LXC A; 4KGV B; 3NGP A; 3OYC A; 2JTM A; 4FCY A; 3EG9 B; 3CCV A; 4E7L A; 2GQI A; 2GQV A; 2KYB A; 1G5V A; 4DEY A; 2M1H A; 4Z02 A; 1MHN A; 1Y7X A; 2NUZ A; 3A8H B; 3SWN A; 2G6F X; 5GJW B; 4XAX B; 3QBY A; 1Z9Z A; 2OTL A; 3MO8 A; 2AKL A; 1TS9 A; 5CAI A; 5GAN 8; 2ROL A; 4C92 E; 3SHW A; 4F16 A; 3Q1J A; 1K8A R; 1AT1 B; 1V1C A; 2IG0 A; 1OI1 A; 3MET A; 5FU7 B; 4BE2 A; 4EPC A; 5KYX A; 2A0F B; 2MOX A; 5ECA A; 3RES A; 4J5Y A; 4JJN K; 1V29 B; 4MDW A; 3LGF A; 3CD6 T; 4ZGJ B; 3G4S Q; 2DAQ A; 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4OGC A; 5GJV B; 2XDD A; 3M0Q A; 2BE7 D; 1ZLM A; 4C8Q F; 3L1A A; 3HSB A; 5GMK h; 1WJR A; 1QCO A; 4ZTF A; 1B34 A; 3MHX A; 1GXI E; 3UDC A; 5GAN h; 2FEI A; 2YLC A; 3PT9 A; 1MGQ A; 1K9M R; 2B86 A; 2XI9 A; 3QJY A; 2LJ0 A; 4EMG A; 1Q81 R; 1VQ9 A; 2JM9 A; 1PKT A; 1EIF A; 4RMO A; 1U8R A; 2F2V A; 2ZPH B; 2LDM A; 2XIC A; 1OUL A; 2CH4 A; 3JSC A; 3HFN A; 8AT1 B; 2EJG A; 3M0T A; 1GCQ A; 1K1Z A; 2RJE A; 4MDX A; 4J9E A; 4IIM A; 4XK8 E; 2RQU A; 1X27 A; 3FRN A; 2X4X A; 4QVC A; 2RI5 A; 5GAM g; 4J9B A; 2O4X A; 2RB6 A; 2KDS A; 2BTT A; 2J05 A; 1X2K A; 1U1T A; 4E2F B; 1TWB A; 3VS0 A; 4C92 F; 1OQK A; 3CCJ T; 4CC2 A; 1WXT A; 1UGV A; 1FMW A; 5LJ5 e; 1IGU A; 2HKQ B; 2OI3 A; 1TUG B; 2DIG A; 3X26 B; 1M1K C; 1U5S A; 4Y28 E; 3PNW C; 5GAN 2; 3TRE A; 1OU8 A; 1M2O A; 4M7D D; 1SSF A; 4X1V A; 1FMK A; 1WFW A; 3DLM A; 4E7H A; 1ZHI A; 2X4W A; 3RBB B; 3CD6 Q; 3C94 A; 2PVO B; 1M1G A; 3EGD B; 4PLL A; 1VQ4 Q; 1B3Q A; 4FW2 A; 3QYH B; 1JB0 E; 2E41 A; 1WHK A; 5GAN 6; 2EW3 A; 5D6X A; 3RUX A; 4XTU A; 2MCN A; 1KG1 A; 2OTL T; 4BI8 B; 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