The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
b'RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
16
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M7A B; 3GIB A; 5GAO n; 3BW1 A; 4M77 C; 4C92 C; 2YLB A; 4M75 F; 3JCM b; 3V8J A; 4C8Q C; 3AHU A; 3L1A A; 4HA8 A; 1LJO A; 5GAO q; 4JRK A; 2VXE A; 3V8K A; 4M78 D; 5GAN g; 5GAM j; 1Y96 B; 5GAM e; 3JCM P; 3JB9 J; 1KQ2 A; 4PJO C; 2E41 A; 2DXU A; 4PJO E; 4M7D A; 4A54 A; 1TH7 A; 5LJ5 j; 3M4G A; 4M7D G; 5LJ5 e; 4PNO A; 4XU2 A; 3JCM Q; 4PJO B; 3JCM c; 5GAN 2; 5GAO r; 2EJG A; 2CGH A; 2RM4 A; 3HSB A; 5GMK m; 4J6Y A; 5GAN d; 3JCM X; 4M7A F; 1M8V A; 4M7D C; 5GAN 6; 3SWN B; 4XTU A; 5GAM g; 4MMK A; 4XU3 A; 4M7D B; 1M5Q 1; 3QHS A; 2EJF A; 1N9R A; 4F7U E; 3JB9 H; 5LJ3 f; 3V7R A; 1I5L A; 4M78 C; 3JCM f; 2YHT A; 3PGG A; 5LJ5 g; 2HNI A; 4M77 E; 4C92 E; 3QUI A; 4M75 D; 4N0A A; 4XQ3 A; 4F7U B; 5GAN 4; 5CAI A; 1B34 A; 5DY9 A; 1JBM A; 2VC8 A; 4C8Q E; 2EWN A; 5I21 A; 3QO3 A; 4M7A A; 4M77 B; 4C92 B; 5GAM d; 1H64 1; 4C8Q B; 1D3B B; 3FB9 A; 3RKY A; 4N0A C; 3BFM A; 3V7C A; 2DZ9 A; 5GAO l; 2I2L A; 2FYK A; 5LJ5 d; 2E64 A; 4M75 A; 4RCC A; 4XTW A; 2Y90 A; 2QTX A; 4M75 G; 3V8L A; 4QVC A; 1WQ7 A; 5GAN 5; 3BDU A; 1I4K 1; 1YCY A; 4EMK A; 4M7A D; 4M7D E; 1U1S A; 4HT9 A; 4F7U F; 2DZC A; 4M75 C; 3HFO A; 4JLI A; 4DQ2 A; 5GAN 7; 3JCM J; 5LJ3 h; 1BIB A; 2JN0 A; 4OP0 A; 5LJ3 g; 4M77 F; 4C92 F; 5GAN f; 1WPY A; 3SB2 A; 3SWN A; 3JCM h; 1KQ1 A; 4X9C A; 1I81 A; 4M78 E; 4C8Q F; 3JB9 F; 4EMK C; 1LNX A; 2YLC A; 1I8F A; 2ZGW A; 3RER A; 2FB7 A; 4M78 B; 3JCM V; 4V2S A; 4PJO F; 2DXT A; 4XTV A; 4F7U A; 4M7A G; 4J5Y A; 4PJO D; 1U1T A; 3V7S A; 4F7U G; 4X9D A; 2E10 A; 3JB9 I; 5LJ3 j; 2K57 A; 5LJ3 e; 1Y96 A; 4XTY A; 5GAM f; 4M7A C; 3L2Z A; 3JCM e; 1D3B A; 2DJZ A; 2DTO A; 3FIF A; 1WNL A; 1B34 B; 3INZ A; 2DKG A; 5GAO p; 4QVD A; 5LJ5 f; 4WF2 A; 5GMK h; 3EFR A; 5GAN 3; 4PJO A; 1JRI A; 5GMK l; 1MGQ A; 4PJO G; 4M75 E; 4XTX A; 5GAN h; 1HXD A; 4M78 F; 3FJP A; 4NOY A; 4RCB A; 4XTZ A; 3RIR A; 4M77 D; 2DTI A; 2EJ9 A; 3EFS A; 3RUX A; 3VU3 C; 2DVE A; 3JCM g; 4M75 B; 4C92 D; 1X01 A; 5GAN 8; 4M7D F; 2DTH A; 1WQW A; 4C8Q D; 3JB9 D; 4A53 A; 4JRI A; 3RKW A; 4HT8 A; 2DEQ A; 2EAY A; 3RKX A; 4EMH A; 2E1H A; 2VXF A; 1BIA A; 5GMK j; 4EMK B; 5GMK i; 3SWN C; 4JUV A; 4XU0 A; 5GMK e; 3HFN A; 2E65 A; 4EMG A; 3JCM W; 1N9S A; 3QSU A; 5GAO m; 2RA2 A; 1LOJ A; 4M77 A; 4M78 A; 5LJ3 d; 4C92 A; 5GAN j; 5GAM h; 5GAN e; 3BY7 A; 4XU1 A; 3JCM d; 4M77 G; 4M78 G; 4Y91 A; 4C8Q A; 4C92 G; 1HK9 A; 4M7A E; 2RB6 A; 4C8Q G; 4MML A; 3JB9 G; 4J6X A; 4J6W A; 4NL3 A; 4NL2 A; 5LJ5 h; 2RD1 A; 4M7D D; 3RES A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QI2 A; 1YIJ A; 3QWY A; 1KHC A; 3M9Q A; 1DJ7 B; 2BIV A; 4B9W A; 1X75 C; 5GAN g; 2LQN A; 1SG5 A; 1M2V A; 3M0P A; 3L2U A; 2DXU A; 1PSF A; 2LMJ A; 4AFQ C; 4XU2 A; 2RK1 A; 2QQR A; 1VQ8 A; 2KAF A; 2DX1 A; 1YI2 A; 2BKD N; 2RJF A; 2QA4 Q; 2IVW A; 4ORZ A; 1Q86 U; 4J9E A; 1WGS A; 2CP3 A; 2HNI A; 4Q5W A; 3S6W A; 1BK2 A; 3CCQ Q; 2R58 A; 4ZTJ A; 1RL2 A; 1M1K R; 1D0Z A; 1YIJ T; 3O8V A; 3LH0 A; 4KH0 B; 4BY6 C; 1RLP C; 3RBB B; 3J7A F; 2NUP B; 3OYJ A; 2MCN A; 2X35 A; 2KR3 A; 4M7D E; 3SHW A; 4KBM B; 5FRO A; 1VQ8 T; 4DA4 A; 3SEM A; 4OP0 A; 4C92 F; 4RTY A; 4X9C A; 4KUL A; 3OS2 A; 1M90 R; 2BZ8 A; 2YLC A; 2MF2 A; 4ME7 A; 2HQX A; 3PNW C; 1IRX A; 4XTV A; 3MHX A; 4IUP A; 3CCS Q; 1M90 C; 5FW9 A; 4BE2 A; 2YT6 A; 5EG2 A; 2R5A A; 3CME Q; 5EC7 A; 2L3P A; 4IIO A; 3M58 A; 5IHK A; 4QVD A; 3OMC A; 2CT4 A; 3OQ5 A; 3X26 B; 2XD0 A; 2HAX A; 1MGQ A; 2JJ9 A; 4RKU E; 1KIK A; 4BI8 B; 1H8K A; 1RLQ C; 3OY9 A; 5LJ3 g; 3EGD B; 2DPP B; 3EGX B; 4MZP A; 3HRT A; 2FEI A; 4C8Q D; 3L2W A; 2EAY A; 3RR6 A; 5GMK e; 2CP5 A; 1QP2 A; 3EFO A; 4WTO B; 5GAN j; 3CCM T; 2EQK A; 3M0S A; 1HSQ A; 4DBR A; 4J6X A; 2CSQ A; 4C92 C; 1UGR B; 3CC2 A; 3ME9 A; 2CP0 A; 2KI7 A; 2WAC A; 2J05 A; 4JRK A; 2GF7 A; 1YIT Q; 1VYU A; 2J6O A; 1N5Z A; 4PJN A; 4A4E A; 4PNO A; 3J81 E; 3A8L B; 1OV3 A; 1GFD A; 5GJW B; 1M1K U; 4M7A F; 3PE0 A; 3CXC A; 2ZPE B; 1WHJ A; 2KY9 A; 4DEX A; 4HCK A; 1BI3 A; 2YHT A; 2FRW A; 5KYU B; 2DD4 A; 4OGE A; 2EGA A; 3QG1 A; 5GJV B; 3CC2 T; 4JLG A; 1VQ7 T; 1TS9 A; 1EZZ B; 2LC4 A; 4CC3 A; 5FU7 B; 2QDY B; 2E3I A; 1K0S A; 4M75 A; 4FYV B; 4IIM A; 3TEE A; 2OTJ T; 2PVO B; 1OQK A; 1M90 U; 1GBQ A; 4OB1 B; 1I4K 1; 2MAM A; 4A4H A; 4EDU A; 1OPL A; 1TTH B; 3NMZ C; 5GAN 7; 1VQK T; 5KYY A; 5GAN f; 3SB2 A; 5A0L A; 2ZGW A; 3OYL A; 4M78 B; 2EYQ A; 1ZUK A; 3FJ5 A; 4BDZ A; 3V7S A; 1TWB A; 4R55 A; 4X9D A; 4C5I A; 5LJ3 j; 4XK8 E; 3I55 Q; 3PT9 A; 4M7A C; 2K2M A; 3S3O A; 4NS5 A; 4J9D A; 2MYS A; 4J83 A; 2V26 A; 1V29 B; 1VQP T; 4F14 A; 3RIR A; 4M77 D; 3PIP A; 4M75 B; 1X01 A; 1QCF A; 3OYC A; 3RKX A; 2OX7 A; 2V8I A; 2XI9 A; 1V76 A; 1BIA A; 1YHQ A; 4XU0 A; 2DIL A; 2FZK B; 2JM8 A; 5D6Y A; 1NYG A; 2E5Q A; 1AHJ B; 2GGR A; 2L3S A; 1MUZ A; 4XU1 A; 4HCZ A; 2RB6 A; 3M57 A; 4M7D F; 2F1L A; 4X1V A; 3GNG A; 2LQ8 A; 3OYM A; 4LE9 A; 3KBG A; 2DO3 A; 3CCU Q; 3A8G B; 4HCB A; 1KQ2 A; 1I07 A; 2AIR B; 4LDU A; 3SD4 A; 1E6H A; 2NYS A; 2VGN A; 4PFZ A; 1WX6 A; 3LW5 E; 5GAN d; 2LJ1 A; 5GAN 6; 1XTD A; 2V1R A; 1EX4 A; 3VUZ A; 4AG1 C; 1VQO Q; 5LJ3 f; 3V7R A; 3PGG A; 4D6W A; 3G4S A; 1JBM A; 4OML A; 4M7A A; 1IGU A; 2CH4 W; 3QKJ A; 1PD0 A; 2HBP A; 4E7Z A; 4LDV A; 5L8R E; 4CC7 A; 1QQJ A; 5A0D A; 4M75 G; 2YWW A; 2EQU A; 4F7U F; 1UFF A; 3TCJ A; 1Y0M A; 2YRC A; 3P8B B; 1KD1 R; 1KQ1 A; 1I81 A; 4OMM A; 2CP6 A; 2VWF A; 4PK4 A; 1VQ9 T; 1IO6 A; 5CKD A; 1K8A R; 2EYY A; 3CCV Q; 2PQW A; 1BCM A; 5IAY A; 3JB9 I; 2HD0 A; 4J9F A; 1K8A C; 2DTO A; 1FWZ A; 4RTW A; 1JJ2 A; 3G71 Q; 1MNE A; 2DL5 A; 4LXC A; 3VU3 C; 5AYF A; 9ATC B; 1IHV A; 3KFV A; 4PFP A; 2DAQ A; 2AKL A; 3OA6 A; 2FRY A; 1MMG A; 2VKN A; 4GY5 A; 2DJQ A; 2P0Q A; 4EMG A; 1N9S A; 5CVI A; 1VQ4 T; 2D8J A; 1PC0 A; 3M56 A; 5LJ3 d; 1JEG A; 5GAM h; 2F2X A; 5FWB A; 2ZPG B; 1UGS B; 1BB9 A; 2RD1 A; 1Q81 R; 2CSI A; 1UG1 A; 2QTV A; 2RI5 A; 2CRE A; 3MEW A; 1YFN A; 3EH1 A; 2QGF B; 2HBW A; 2D1X A; 2DRM A; 2OAW A; 4BE0 A; 2CZ1 B; 4M7D A; 3QZ9 B; 1E6G A; 1R77 A; 3JCM X; 3TRE A; 2LZ6 B; 2QG9 B; 2O9S A; 2I0N A; 1FX7 A; 2EFI A; 4RUG A; 3RDV A; 3QUI A; 2D0N A; 3I56 A; 3KUF A; 4FM4 B; 3RMQ A; 3E9G A; 2H8H A; 2BE7 D; 3E19 A; 4RTX A; 4PKC C; 1TUD A; 3QWX X; 2CDT A; 1KD1 U; 3G6E A; 4XTW A; 3CBO A; 3V8L A; 3BDU A; 3L2Q A; 3NTH A; 1K8A U; 2V1Q A; 3VS0 A; 5DLQ E; 1ZSZ C; 1M1G A; 5IXB A; 1ZX6 A; 4RTV A; 3AT1 B; 2JN0 A; 2KT8 A; 4M7D B; 1WPY A; 3JCM h; 5IXF A; 4LD6 A; 4OMP A; 1PSE A; 2QAZ A; 2X4J A; 3JB9 F; 2RH2 A; 1YCS B; 3L42 A; 1IRE B; 1JO8 A; 3ASK A; 1Y57 A; 4F7U A; 4II1 A; 1H3H A; 2J7I A; 2HMA A; 1BI0 A; 2DK3 A; 2FPD A; 2D6F A; 2CUB A; 3NGP A; 1VQM A; 2ZPH B; 4WF2 A; 1JRI A; 2LT1 A; 3H6Z A; 2YRD A; 4A4F A; 1FMV A; 1ARK A; 1WHM A; 3CCR Q; 4DBF A; 1CKB A; 1OEB A; 1WQW A; 3VKI A; 5KE3 A; 2HZY A; 2E1H A; 5KE2 A; 3S3N A; 1Q81 U; 1VQ6 A; 2E65 A; 5IHI A; 3M59 A; 7AT1 B; 4IUT A; 4EPC A; 4F17 A; 1ZBX A; 3OS5 A; 4MML A; 3CCE Q; 2DBM A; 3RES A; 1PRL C; 4HVV A; 1M3C A; 3AHU A; 2K3B A; 1VQM T; 2XDP A; 4N4I A; 4L5G A; 1UHF A; 3MPU B; 1W1F A; 4PL6 A; 2FHD A; 2DFU A; 4M7D G; 5LJ5 e; 3JCM Q; 3JCM c; 3T9N A; 5GAO r; 2A0F B; 4OVA A; 1AWO A; 3SWN B; 4IUU A; 2NUT A; 1A0N B; 1VIF A; 2X3X D; 4E7L A; 4L6V 5; 4C92 E; 1B34 A; 2LT4 A; 4FW1 A; 1VQL T; 3VS3 A; 1SKU B; 4PFO A; 1QKW A; 2DZ9 A; 4JJC A; 2P4R A; 3TQ7 P; 4D8D A; 3P8H A; 2LCS A; 1SHF A; 1WQ7 A; 3UPU A; 1OZ3 A; 2YDL A; 4LUE A; 1U5S A; 1YJW T; 1V1C A; 4PJL A; 5KYW B; 1OUL A; 1SEM A; 2HSE B; 4RTU A; 5CKE A; 2DA9 A; 3RER A; 3CPF A; 2XG8 D; 2HSP A; 1AEY A; 2E4H A; 2FZG B; 2NUT B; 3TVT A; 4F7U G; 4ZN3 A; 3HRU A; 2EYZ A; 3OYG A; 2K57 A; 4E7S A; 3J80 E; 3EG1 A; 2DJZ A; 1W70 A; 1WNL A; 1B34 B; 1R0C B; 3FJP A; 4NOY A; 1KC8 R; 1QMC A; 3EFS A; 2DVE A; 3OYK A; 1S72 Q; 3PMT A; 4JRI A; 3RKW A; 3CC7 A; 3VRZ A; 5GMK i; 2ED0 A; 2L0A A; 3JCM W; 5FU6 B; 4MZM A; 2RJD A; 4AG2 C; 5KYX A; 4M7A E; 1UGP B; 5J3B A; 4JJN K; 2GFA A; 3OYB A; 1YWP A; 1M2O A; 3UT1 A; 5GAO n; 1QVF A; 1BI1 A; 1X27 A; 1LJO A; 3EG9 A; 4ANJ A; 5GAO q; 4J7I A; 2RJC A; 2RQV A; 1G3W A; 3LYI A; 5A2Q E; 3CXC P; 3CEY A; 2QA4 A; 3CC7 T; 1PKS A; 1WHH A; 1W6X A; 1QVP A; 2JS0 A; 2FVU A; 5D7U A; 3CCQ A; 1OZ2 A; 2DL7 A; 4JRP A; 3ZL7 C; 1MMD A; 3QII A; 1M8M A; 1ACM B; 5KYX B; 2X9H A; 4N0A C; 4QW2 A; 2RHI A; 4RCC A; 3OS0 A; 4J8O A; 3LX7 A; 3OMG A; 4N4H A; 1ZHI A; 3MO8 A; 2HQE A; 2HDA A; 3CXC S; 1FMW A; 2O88 A; 4QQG A; 2QA4 T; 1UB4 A; 2JT4 A; 1KSW A; 1OU9 A; 2O4X A; 2X51 A; 4C8Q F; 4FT2 A; 2DL8 A; 2SEM A; 3CCQ T; 1C1A A; 1MHN A; 2RK2 A; 1U1T A; 4KT0 E; 3MET A; 4Z02 A; 3X20 B; 1EFN A; 1KC8 U; 4HXJ A; 2RHU A; 1D1A A; 1VUB A; 5GAN 3; 4Z8A A; 3H8Z A; 1M2V B; 2M1H A; 4O5V A; 1YJ9 Q; 2PUK B; 5I2M A; 4LD9 K; 2HEQ A; 3C94 A; 4IUR A; 2OJ2 A; 2GCX A; 2VXF A; 3CCM A; 3EHR A; 5GMK j; 2E12 A; 1ZQ1 A; 3GF5 A; 3CCS T; 3BY7 A; 3FRN A; 4Y91 A; 4DBQ A; 5L23 A; 5CQY A; 3CME T; 1YI2 Q; 4KUD K; 1J3T A; 3SDZ A; 5M9O A; 4C8Q C; 1AWW A; 1YIT A; 4M78 D; 3M0Q A; 2E41 A; 2PU9 B; 1TH7 A; 3QDF A; 2DET A; 2D9T A; 2QEX Q; 1BYM A; 2IIM A; 2RM4 A; 3GLX A; 2KYB A; 3UAT A; 4J6Y A; 2FG0 A; 2OI3 A; 4RTT A; 2P4T A; 4F7U E; 1WHL A; 4CC2 A; 4X34 A; 1NEG A; 4M75 D; 1VQ7 A; 2F2V A; 3M0R A; 2YXY A; 1M3A A; 2C0I A; 2LQW A; 4E2F B; 3FB9 A; 2OTJ A; 1YIT T; 3MEU A; 1B07 A; 4JDS A; 2JTF A; 1KHI A; 2LRQ A; 3H0H A; 1HD3 A; 2ROL A; 1VQK A; 3WVE B; 2QXF A; 3ZEH A; 3HL8 A; 2JMC A; 2M16 A; 4JLI A; 2F69 A; 2YUP A; 4M77 F; 4ELZ C; 1JB0 E; 2AHJ B; 5IT9 E; 2K3X A; 1KQS A; 8ATC B; 2RQR A; 3GNF B; 3EFO B; 2CH4 A; 4GBQ A; 1VA7 A; 4R0K A; 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