The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
b'MDETGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVKATANGKTYERQGFVPAAYVKKLD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Gallus gallus
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| publication title |
Study of the structure and dynamics of a chimeric variant of the SH3 domain (SHA-Bergerac) by NMR spectroscopy
pubmed doi rcsb |
| total genus |
7
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JJD A; 1I0C A; 5I11 A; 2EYY A; 3M0T A; 2I0N A; 1VYT A; 2K2M A; 3SHW A; 5EC7 A; 2ESW A; 2DBM A; 3QWY A; 1SEM A; 4GLM A; 2JTE A; 2B86 A; 2LQW A; 2DE0 X; 3EG1 A; 1GCQ C; 1ARK A; 1U3O A; 3C0C A; 4HVW A; 1M8M A; 1JO8 A; 2K9G A; 2D1X A; 2M0Y A; 1YWO A; 2LJ0 A; 2MCN A; 2HDA A; 2E5K A; 1AZG B; 3I5R A; 4RTV A; 2LCS A; 1K76 A; 3EG0 A; 1Y57 A; 4LUD A; 1TG0 A; 4DEY A; 1HSQ A; 2CH4 A; 2RNA A; 3SEM A; 1T3S A; 1GRI A; 2RQV A; 1UJ0 A; 4J9C A; 2DL4 A; 4KRT A; 3RNJ A; 2LP5 A; 2CUD A; 1RLP C; 3M0Q A; 1ZBJ A; 2DVJ A; 1CSK A; 1M3C A; 1BBZ A; 3PVL A; 2EYW A; 1M3A A; 2PZ1 A; 2ROL A; 2EGA A; 1H92 A; 4GBQ A; 4D8D A; 1WA7 A; 1OPK A; 1AD5 A; 2V1Q A; 1V1C A; 3REA B; 3M0U A; 2GTO A; 1PWT A; 2JMA A; 2GNC A; 2F2X A; 3EHR A; 4J9B A; 2KXD A; 2OI3 A; 5IHN A; 1H8K A; 1I1J A; 2X3W D; 3UAT A; 1K4U S; 1YCS B; 5L23 A; 2YSQ A; 1BB9 A; 2EYX A; 2EGC A; 2YUN A; 2YUQ A; 2M51 A; 1X6G A; 2ED1 A; 3NPF A; 1AWJ A; 1M27 C; 1QKX A; 4OMP A; 2CSI A; 2DMO A; 1TUC A; 2LJ1 A; 4F17 A; 4AG2 C; 3JV3 A; 3EHQ A; 1AWW A; 2XMF A; 4OML A; 2RPN A; 3VS4 A; 2MIO A; 3M0P A; 3VS6 A; 2LX7 A; 1UHF A; 5HCK A; 4M4Z A; 2BZ8 A; 2K79 A; 3M0R A; 2YUO A; 3UA6 A; 5FW9 A; 1B3Q A; 1OEB A; 2H8H A; 2F2W A; 1Z9Q A; 3EGU A; 2VWF A; 1VYU A; 1UUE A; 1NG2 A; 3TSZ A; 2JW4 A; 2CDT A; 4LN2 A; 1X69 A; 1YNZ A; 4D8K A; 2OJ2 A; 2AZV A; 2KNB B; 2ROT A; 1MV0 B; 2GGR A; 1NEG A; 2LJ3 A; 2J05 A; 5GJV B; 3TVT A; 2DF6 A; 2YDL A; 1W1F A; 2FG0 A; 2DM1 A; 1NEB A; 1SRM A; 2KRN A; 2AZS A; 1HD3 A; 3VRY A; 1UGV A; 1KIK A; 1QWF A; 4RTW A; 2K3B A; 2EBP A; 4E6R A; 3A98 A; 1LCK A; 1SHG A; 1NYG A; 2L2P A; 2J06 A; 2DNU A; 1ZUY A; 1T0J A; 1UE9 A; 3VS2 A; 2D8J A; 1UG1 A; 2CRE A; 3VS7 A; 1JEG A; 2KEA A; 1HJD A; 1YP5 A; 2KT1 A; 3LH5 A; 2QDL A; 1EFN A; 3IQL A; 5IHK A; 4JZ3 A; 2GTJ A; 1WXU A; 1GL5 A; 1QKW A; 2O31 A; 4HCK A; 2EVR A; 1X27 A; 1H3H A; 4Z88 A; 3PVQ A; 1WXT A; 4J9E A; 2JXB A; 1QWE A; 3H0F A; 1NLO C; 2PNI A; 1SSH A; 1JXO A; 4JZ4 A; 4ESR A; 3H41 A; 4QT7 A; 2KYM A; 1G83 A; 1K0S A; 3NGP A; 5GJW B; 1PKT A; 2DX1 A; 4F16 A; 2EYZ A; 1M30 A; 1NM7 A; 4OMN A; 1SPK A; 2EPD A; 4K11 A; 2ENM A; 2C0O A; 4HXJ A; 2EQI A; 2FEI A; 1AWX A; 4AFQ C; 2DBK A; 1WIE A; 1CKB A; 1WFW A; 1AOJ A; 4AFS C; 1X6B A; 1QCF A; 4J9G A; 2CH4 W; 1FMK A; 1RI9 A; 4AG1 C; 1SHF A; 2KRM A; 1UEC A; 2DRK A; 2G6F X; 2DIL A; 1NLP C; 2X3X D; 2OAW A; 2JS0 A; 2AK5 A; 4OMQ A; 2LMJ A; 3VS5 A; 1WLP B; 3NMZ C; 1ZSG A; 1XOV A; 2DYB A; 1PRL C; 2F2V A; 2HBW A; 1ZX6 A; 1E6H A; 2NWM A; 2EGE A; 4J9F A; 1UFF A; 2A37 A; 2SEM A; 4LE9 A; 3REB B; 2BZX A; 4A63 B; 4J9D A; 1UTI A; 4HVU A; 1B07 A; 5IXF A; 1UHC A; 2AKK A; 2D0N A; 2YT6 A; 1ZLM A; 2J6O A; 2SRC A; 3M0S A; 2FRW A; 2EW3 A; 2CT4 A; 4AFU C; 1PKS A; 2ECZ A; 2PTK A; 4FSS A; 2RQR A; 1J3T A; 2LQN A; 3PE0 A; 2HSP A; 2DLP A; 2ABL A; 2BZY A; 2EKH A; 1BK2 A; 4HVV A; 5IXB A; 1G2B A; 2A08 A; 5IH2 A; 4CC3 A; 1ABO A; 1KFZ A; 1GCQ A; 2RQU A; 2FPE A; 1W6X A; 1CKA A; 2HCK A; 2NUZ A; 1U5S A; 4J9H A; 2RN8 A; 3EG3 A; 3CQT A; 2LNH B; 2MOX A; 4ORZ A; 4RTT A; 1WXB A; 3QWX X; 2IIM A; 1VA7 A; 2A28 A; 1OPL A; 4Z89 A; 1GBQ A; 3O5Z A; 2GQI A; 3GBQ A; 3VRZ A; 3KFV A; 2W10 A; 2O9V A; 4RTZ A; 2CUB A; 3H0H A; 3UA7 A; 2KBT A; 4Y92 A; 1KSW A; 2CT3 A; 3NHN A; 4JJB A; 1UDL A; 2DL7 A; 3VS1 A; 2JM8 A; 2AKL A; 1AZE A; 3I9Q A; 2VKN A; 4OMM A; 1JU5 C; 3I35 A; 4JJC A; 2FPD A; 2O9S A; 2DRM A; 1JXM A; 2LZ6 B; 1E7O A; 1E6G A; 2P4R A; 4F14 A; 1OOT A; 1W70 A; 1TUD A; 1Z9Z A; 2KGT A; 1WX6 A; 2L3Q A; 3EG2 A; 2RF0 A; 1Y0M A; 1GFC A; 1OV3 A; 1UJY A; 1FYN A; 2K7A A; 2HEQ A; 1MUZ A; 1ZUK A; 1K1Z A; 5FWB A; 1K9A A; 2RMO A; 2L3S A; 1GCP A; 2J6F A; 2W0Z A; 4X1V A; 1WI7 A; 1ZUU A; 2GBQ A; 1AWO A; 2BTT A; 2KT8 A; 4RTY A; 4CC7 A; 1PHT A; 1GFD A; 1X2Q A; 2A36 A; 2ED0 A; 4J9I A; 4WCI A; 2KRS A; 3RBB B; 3U23 A; 1YN8 A; 2V1R A; 2JS2 A; 2FRY A; 2L3P A; 2KE9 A; 2JMC A; 1PRM C; 2FPF A; 1BU1 A; 3ZL7 C; 1T3L A; 2KRO A; 1JQQ A; 2DA9 A; 4JPB W; 2C0T A; 1WDX A; 2DJQ A; 2K6D A; 5IHI A; 4EIK A; 4RUG A; 3TSW A; 1RUW A; 3I5S A; 2C0I A; 2YUP A; 1SRL A; 2D8H A; 4RTX A; 2DL8 A; 2FO0 A; 1WYX A; 1A0N B; 1PNJ A; 1GBR A; 3UF4 A; 4CC2 A; 2KYB A; 1ABQ A; 1K0X A; 2RQT A; 4R0K A; 4OMO A; 1AEY A; 2J7I A; 2J6K A; 2O2O A; 4AFZ C; 4ZNX A; 1YWP A; 1U06 A; 3THK A; 1QLY A; 1I07 A; 2O88 A; 2L0A A; 1AVZ C; 3VS0 A; 5I22 A; 1X2K A; 1KJW A; 4IIM A; 1T0H A; 2DL5 A; 4CC4 B; 5FWC A; 2DL3 A; 1NYF A; 3ULR B; 3FJ5 A; 4RTU A; 1RLQ C; 3VS3 A; 5ECA A; 3H0I A; 1M3B A; 1S1N A; 1IO6 A; 2JT4 A; 4DEX A; 1MV3 A; 4LUE A; 1N5Z A; 2JM9 A; 2VVK A; 2KR3 A; 2CSQ A; 2KXC A; 4IIO A; 4LNP A; 1VYV A; 3R6N A; 1X43 A; 2RQW A; 4Z8A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IRX A; 2XG8 D; 4CRI A; 1YHQ T; 3OW2 P; 3OSV A; 4FM4 B; 2KSS A; 5EC7 A; 3V7S A; 1N6A A; 1VQ7 A; 1VQL A; 5AT1 B; 2JTE A; 4GY5 A; 4OB3 B; 1GCQ C; 2DTH A; 1ARK A; 1KG1 A; 3C0C A; 2Y4X A; 2ZPF B; 3FDR A; 2HQE A; 4LDW A; 3MP6 A; 4A4G A; 2K9G A; 1MMD A; 3CD6 Q; 4M75 E; 3TU4 K; 1YJN A; 1VQ6 T; 2DTO A; 2LJ0 A; 1Q7Y C; 1TH7 A; 5CK9 A; 3DB4 A; 5J26 A; 3JCM X; 3JCM d; 1G3S A; 4IUV A; 1GXI E; 2CH4 A; 1T3S A; 2HZY A; 2RQV A; 4J9C A; 3CMA Q; 5LJ3 g; 2YHT A; 1YIJ Q; 3M0Q A; 1YI2 T; 1VQ8 T; 1G3W A; 2FYK A; 1BBZ A; 5GAN 3; 2EYW A; 1VQ9 T; 2QTV A; 3OYB A; 3EGX A; 3RER A; 1FXX A; 1AD5 A; 4IKF A; 3JB9 F; 4IUT A; 3ZFJ A; 3M0U A; 2E6Z A; 2O01 E; 2GNC A; 2F2X A; 5IHN A; 3C94 A; 3EAE A; 3MCA B; 1YJW Q; 2YUQ A; 2M51 A; 3JCM V; 2RH2 A; 2E12 A; 3EG9 A; 5D6W A; 2DMO A; 3JCM f; 4C92 A; 3PMT A; 1WGS A; 4PJO E; 4Z02 A; 2MIO A; 3CXC A; 3M59 A; 4MML A; 2PQW A; 1N8R R; 3M0R A; 3UA6 A; 5KCO A; 4J83 A; 2H8H A; 2PU9 B; 4RMO A; 4R55 A; 1VYU A; 5LJ3 h; 2LT4 A; 1NG2 A; 4C8Q F; 5GMK l; 2JW4 A; 3CCE Q; 4LN2 A; 1YIJ A; 3CD6 T; 2XD0 A; 4J8O A; 1QVP A; 1WHG A; 1RAH B; 2X4W A; 1U1T A; 2NYS A; 4M78 G; 2KNB B; 3HRS A; 4PL6 A; 8ATC B; 3M58 A; 2X4X A; 2RHZ A; 3RR6 A; 4BE0 A; 1W1F A; 2DM1 A; 1KC8 R; 4KGV B; 1M1K R; 4A4F A; 2FZC B; 1KC8 C; 2EJF A; 3MKD A; 4E6R A; 4EMK C; 4MZP A; 2EQK A; 4M75 B; 2D8J A; 3OYG A; 4ZN3 A; 4VUB A; 4M7A B; 1WPY A; 3P8H A; 3HKS A; 2FZK B; 1OU9 A; 1VQM Q; 2OTJ T; 1K8A U; 3LH5 A; 5A0D A; 1PC0 A; 1EFN A; 3EG9 B; 3IQL A; 4AMC A; 3LGL A; 3S3O A; 3ZBD A; 4M78 F; 4X9C A; 1QP2 A; 3MHX A; 4M7A A; 2RI3 A; 3M4G A; 3I56 A; 1UEB A; 1QWE A; 3P8B B; 3KXT A; 4C8Q B; 3G4S Q; 1F1B B; 3HTR A; 2AT1 B; 1VQ4 A; 3OYK A; 4QT7 A; 3DLL A; 1KQ2 A; 3EH2 A; 5GJW B; 1X75 C; 2EPD A; 1K73 C; 2ENM A; 4XTY A; 3CCQ Q; 3QZ5 B; 2Y4Y A; 2DBK A; 2AIR B; 1WIE A; 1BCM A; 1OX9 A; 1M1F A; 4J7I A; 2QG9 B; 3OQ5 A; 2YLC A; 1NJI U; 3VU3 C; 4UC4 A; 4AG1 C; 2GFA A; 5IN1 A; 3J81 E; 1SHF A; 2KRM A; 3A8M B; 2G6F X; 4OB1 B; 1NLP C; 2MI6 A; 2OAW A; 2VAS A; 2RJE A; 1FWZ A; 3QPH A; 3VS5 A; 1HK9 A; 3X24 B; 2VGN A; 4A63 B; 5CQY A; 1VQN Q; 1UTI A; 1BI1 A; 2HSE B; 5KYX A; 2AKK A; 2YT6 A; 2ZCF B; 2J6O A; 2NUT B; 3HRT A; 2CT4 A; 4AFU C; 2K57 A; 3S6W A; 1NPR A; 2YLB A; 2CP2 A; 4M7D D; 2RQR A; 4JRI A; 4BDZ A; 5GAN 6; 4C92 G; 2COW A; 3FEO A; 1YJ9 Q; 5D7U A; 1Q7Y R; 4HKE A; 2CZ0 B; 3MEV A; 1ABO A; 4A4K A; 1VQP T; 4FT2 A; 1WQ7 A; 2OTL Q; 4M7A E; 3CXC P; 2RQU A; 2DVE A; 4WTO B; 1W6X A; 2HCK A; 2QQ9 A; 4C5E A; 1JJ2 A; 3V8K A; 1N27 A; 4J9H A; 2RN8 A; 2IVW A; 2KVQ G; 3CQT A; 2X51 A; 3PMI A; 2MOX A; 4ORZ A; 3QWX X; 1VQO Q; 5CKD A; 2D0Q B; 3I55 Q; 1GBQ A; 3VRZ A; 3CCV Q; 2CUB A; 4PJO B; 1BIB A; 1ZQ1 A; 3HRU A; 4N0A C; 4Y92 A; 4FT4 A; 1KSW A; 2CT3 A; 4JJB A; 2HD0 A; 3QO3 A; 4E7S A; 3GNG A; 2JM8 A; 1C1A A; 2VKN A; 3JCM c; 3I35 A; 1VQK A; 4NL2 A; 1M8V A; 4C0G A; 2FPD A; 4EMK B; 1QVG A; 4XTW A; 3BDU A; 4F14 A; 1W70 A; 5LJ3 e; 3PFS A; 1TUD A; 1WX6 A; 2L3Q A; 3EG2 A; 2GCX A; 3ZEH A; 3V8L A; 2F5K A; 3AT1 B; 2QA4 Q; 3CPW P; 2HEQ A; 5GAO n; 1C6V X; 5FWB A; 5GAN 5; 2EKO A; 1D0Y A; 1P92 A; 4BI3 A; 1GCP A; 1G8X A; 4QVD A; 4RG2 A; 1BI0 A; 4X1V A; 3MEA A; 4XTV A; 4P5N A; 1D1C A; 4C0D C; 3CCJ T; 4CC7 A; 1VQL Q; 1WHL A; 2M16 A; 2V8K A; 1X2Q A; 2A36 A; 4J9I A; 1KD1 U; 5EG2 A; 2RHY A; 3U23 A; 2LX9 A; 3RBB B; 5GAN 8; 4JS5 A; 4E7I A; 4N4H A; 2L3P A; 2JMC A; 3A8H B; 4M78 A; 2FPF A; 4BAC A; 3ZL7 C; 1ZBX A; 4R56 A; 3CC4 T; 1T3L A; 2H3J A; 2DA9 A; 2DJQ A; 5IHI A; 4EIK A; 4RUG A; 3TSW A; 2ZPG B; 4ZTF A; 2YUP A; 2RI2 A; 4M7A F; 4L6V 5; 1BCO A; 3CCE A; 4M77 C; 2DZC A; 1R8O B; 1YIT T; 1JRI A; 2RQT A; 4R0K A; 3CMA T; 2XU8 A; 1LOJ A; 4DOW A; 1KD1 C; 4BY6 C; 2J6K A; 2O2O A; 3THK A; 1NBE B; 1Q82 U; 2O88 A; 1RAC B; 2HQH A; 3M9Q A; 1AVZ C; 1LVK A; 1W2B P; 3OYY A; 5I22 A; 1KQS P; 2RI5 A; 1KJW A; 3QJ6 A; 2YRD A; 2DJZ A; 4E7H A; 2A7Y A; 3HFO A; 2JOY A; 7AT1 B; 1TUG B; 2KQW A; 5GMK e; 2A0F B; 3JCM e; 3FJ5 A; 4XK8 E; 2EYQ A; 3H6Z A; 4PFZ A; 1RLQ C; 3VS3 A; 4BE1 A; 5ECA A; 3H0I A; 1XJW B; 5KYN A; 2JT4 A; 4E7J A; 1MV3 A; 4LUE A; 4PFP A; 1Y96 A; 3FIF A; 2DXU A; 1O9S A; 3TEE A; 2JM9 A; 2VVK A; 2QGF B; 3MP8 A; 4PLL A; 3R6N A; 1X43 A; 2RQW A; 3OYM A; 2P84 A; 3ASK A; 1NE8 A; 3A8G B; 2EYY A; 3M0T A; 2DO3 A; 4PFO A; 2I0N A; 1VYT A; 2K2M A; 2HL5 C; 2PVD B; 2MPX C; 3T9N A; 4PJM A; 3I56 T; 1YIT Q; 4J5Y A; 3QXE B; 2B86 A; 2DE0 X; 3UT1 A; 1U3O A; 4M7A C; 2HNI A; 3OYH A; 4M77 F; 1D3B A; 1K9M U; 2QQA A; 1WHK A; 5KH6 A; 1PM3 A; 2LCS A; 3CME A; 4LUD A; 3WXM B; 2OAU A; 3PGG A; 3SEM A; 1M1K U; 1VQ7 T; 2EAY A; 1GRI A; 1UJ0 A; 1VQP A; 4KUD K; 2K3Y A; 4KRT A; 1IHW A; 1RLP C; 3RDV A; 2OX7 A; 1XTD A; 2DAQ A; 2E10 A; 4M78 C; 2QQS A; 2FVU A; 2PZ1 A; 4C5H A; 4L59 A; 3X25 B; 1H92 A; 2JUF A; 1I81 A; 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