The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
CGAEYVRALFDFNGNDEEDLPFKKGDILRIRDKPEEQWWNAEDSEGKRGMIPVPYVEKYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Changing protein backbone topology: Structural and dynamic consequences of the backbone cyclization in SH3 domain
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Protein binding
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| molecule keywords |
Proto-oncogene C-crk
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| total genus |
8
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HBW A; 2KE9 A; 4HVU A; 3EG0 A; 3PVL A; 1I07 A; 1ABQ A; 1GBQ A; 2DBK A; 3LH5 A; 2BZY A; 3I5R A; 2GGR A; 1PNJ A; 1UUE A; 3PVQ A; 2EQI A; 2YT6 A; 2DL5 A; 1OPL A; 2I0N A; 2KGT A; 4GLM A; 3ZL7 C; 2OI3 A; 2F2X A; 4LE9 A; 1GCQ A; 1QKX A; 4LN2 A; 4ORZ A; 3VS0 A; 1NYG A; 1Y57 A; 1B3Q A; 1SPK A; 4OMP A; 2SEM A; 3UA7 A; 2KRS A; 2SRC A; 1SRL A; 2FRY A; 4Z88 A; 2IIM A; 1PRM C; 2EW3 A; 2EKH A; 3SEM A; 2RN8 A; 1RUW A; 1E6G A; 2JMA A; 1U3O A; 1FMK A; 2PTK A; 1W70 A; 2J6O A; 2CRE A; 2DRK A; 2LNH B; 3A98 A; 4CC7 A; 2DNU A; 1UG1 A; 2EGC A; 4JJB A; 2DJQ A; 2X3W D; 2YUN A; 1UDL A; 2ED1 A; 1X27 A; 1M27 C; 5FWC A; 5EC7 A; 2L0A A; 2JMC A; 2HDA A; 4JPB W; 3NMZ C; 3RNJ A; 2K9G A; 2RQT A; 1WXU A; 4RTW A; 4AFQ C; 1SHG A; 3KFV A; 2OJ2 A; 2AZV A; 1GFC A; 3VS4 A; 1ZX6 A; 1KSW A; 2ENM A; 2KRM A; 3UF4 A; 2L3S A; 3M0T A; 1JQQ A; 1T3L A; 1GRI A; 1EFN A; 1NEG A; 1SHF A; 1AVZ C; 4F14 A; 4E6R A; 1JXM A; 3REB B; 3U23 A; 1ZUY A; 1ZUK A; 2KT1 A; 1AWO A; 1BBZ A; 2JM8 A; 4AG1 C; 4J9I A; 2EBP A; 2K79 A; 3M0R A; 2LZ6 B; 1X6B A; 2M51 A; 5I11 A; 2EPD A; 1TUC A; 1VYV A; 4DEY A; 2F2V A; 2PZ1 A; 2GTO A; 1JO8 A; 2A28 A; 3M0S A; 1W6X A; 2VKN A; 5FW9 A; 1AWX A; 2DA9 A; 4M4Z A; 4A63 B; 2F2W A; 4HXJ A; 3TSW A; 2KEA A; 2CSQ A; 2CSI A; 2GQI A; 2DL3 A; 2DLP A; 5L23 A; 4D8K A; 2RNA A; 2ROL A; 1NLO C; 2V1R A; 1M3C A; 2LCS A; 1QWF A; 1XOV A; 2CT3 A; 4J9G A; 4OMM A; 1A0N B; 3H0F A; 2O9S A; 3ULR B; 2CUD A; 2EYZ A; 1M8M A; 1AEY A; 1WYX A; 4OMQ A; 1PKS A; 2A36 A; 3NGP A; 2BZ8 A; 4J9C A; 1ZSG A; 4OMO A; 2LJ0 A; 3M0Q A; 3NPF A; 3C0C A; 2MCN A; 4HCK A; 2O31 A; 1AWW A; 2FPE A; 3PE0 A; 2FPD A; 4RTV A; 2D8H A; 2G6F X; 1RLQ C; 1WXB A; 2AZS A; 1AWJ A; 5ECA A; 5I22 A; 2K6D A; 1WX6 A; 2C0T A; 2RPN A; 1K9A A; 2J6K A; 1M3B A; 1V1C A; 2ABL A; 1GCP A; 2DX1 A; 4RTT A; 2J6F A; 1K0S A; 1GCQ C; 2EVR A; 1K76 A; 3H0H A; 4JZ3 A; 1VYU A; 1QLY A; 2YDL A; 1QWE A; 2J06 A; 1LCK A; 4GBQ A; 2A37 A; 1U5S A; 4RUG A; 4D8D A; 3H41 A; 1WA7 A; 2DBM A; 4ZNX A; 2HEQ A; 2BZX A; 5GJW B; 1SSH A; 3QWX X; 1RI9 A; 1T0H A; 1WFW A; 1RLP C; 2JW4 A; 1AD5 A; 4K11 A; 3I5S A; 2EGA A; 2GNC A; 1GFD A; 3REA B; 4J9D A; 1U06 A; 2X3X D; 2DE0 X; 1ABO A; 5IHN A; 1UTI A; 3VS5 A; 1KJW A; 3VRY A; 3VS6 A; 2JT4 A; 1AZG B; 1OOT A; 3VS3 A; 3SHW A; 1N5Z A; 1YWO A; 5IXB A; 1H3H A; 1ZLM A; 1J3T A; 1PKT A; 2J05 A; 2RMO A; 1MV0 B; 3UA6 A; 2W10 A; 1WIE A; 1BB9 A; 1T3S A; 4CC3 A; 2LJ1 A; 1YN8 A; 2CUB A; 3EHQ A; 2DYB A; 2DRM A; 2KBT A; 4R0K A; 3GBQ A; 2KRN A; 1PWT A; 1M3A A; 1NG2 A; 3JV3 A; 2FG0 A; 3IQL A; 2RQV A; 3EG3 A; 2RF0 A; 1UEC A; 4OMN A; 3RBB B; 5GJV B; 5IHI A; 2FRW A; 4CC4 B; 5IHK A; 1PHT A; 2YUQ A; 1VYT A; 2CT4 A; 2EYW A; 2LX7 A; 3TVT A; 1K0X A; 3R6N A; 2AKL A; 2D8J A; 1X2Q A; 2DIL A; 1UE9 A; 3EG1 A; 1TUD A; 1UHC A; 2W0Z A; 2CH4 A; 4Y92 A; 2OAW A; 2MOX A; 1JXO A; 2NUZ A; 4J9H A; 1BK2 A; 1YP5 A; 4EIK A; 2YUO A; 2C0I A; 5HCK A; 3M0P A; 5FWB A; 1Z9Q A; 2RQW A; 2LQW A; 3H0I A; 4KRT A; 2GBQ A; 3O5Z A; 5IH2 A; 3THK A; 1AOJ A; 4FSS A; 2EGE A; 2K7A A; 2YSQ A; 2VVK A; 1BU1 A; 4IIM A; 3EGU A; 1QCF A; 2CDT A; 2RQR A; 4Z89 A; 1S1N A; 1PRL C; 1H8K A; 2KXC A; 1K4U S; 2DMO A; 1KFZ A; 2L3Q A; 2D1X A; 2XMF A; 2KYB A; 1YCS B; 2BTT A; 1CSK A; 3EHR A; 2DL7 A; 2KXD A; 2H8H A; 4LUD A; 1W1F A; 3VRZ A; 4DEX A; 4AFS C; 1UJ0 A; 2K3B A; 3UAT A; 2B86 A; 1G83 A; 2KRO A; 1H92 A; 1MV3 A; 3VS7 A; 1HD3 A; 2HSP A; 1UGV A; 1OPK A; 2O2O A; 3I35 A; 1CKA A; 1UFF A; 2QDL A; 1OEB A; 2L3P A; 4J9E A; 1WXT A; 1X2K A; 1UHF A; 1NLP C; 1ARK A; 2JTE A; 2P4R A; 3EG2 A; 4JJD A; 1WDX A; 3VS2 A; 2LJ3 A; 1WI7 A; 2DL8 A; 3CQT A; 2K2M A; 2JXB A; 2VWF A; 3NHN A; 2A08 A; 1SRM A; 2LQN A; 4RTU A; 4F16 A; 1NM7 A; 4Z8A A; 4JZ4 A; 2LMJ A; 4WCI A; 1WLP B; 3VS1 A; 2HCK A; 2L2P A; 2E5K A; 2M0Y A; 2J7I A; 4J9B A; 1TG0 A; 1NEB A; 4J9F A; 1YNZ A; 1I0C A; 2DVJ A; 1AZE A; 1YWP A; 4HVV A; 4JJC A; 1GL5 A; 4RTY A; 1X69 A; 1M30 A; 2C0O A; 1K1Z A; 1X43 A; 2D0N A; 1CKB A; 2O88 A; 1IO6 A; 1I1J A; 2DF6 A; 3TSZ A; 4CC2 A; 4LUE A; 1OV3 A; 1UJY A; 2DL4 A; 2YUP A; 3FJ5 A; 2JS0 A; 1MUZ A; 2RQU A; 2KR3 A; 1E7O A; 4ESR A; 2FEI A; 4QT7 A; 2O9V A; 1FYN A; 3I9Q A; 1G2B A; 4AFZ C; 2EYY A; 2ROT A; 4RTZ A; 4OML A; 2ED0 A; 2ECZ A; 1ZBJ A; 4X1V A; 1VA7 A; 2FPF A; 2KT8 A; 5IXF A; 2PNI A; 4AG2 C; 1ZUU A; 2MIO A; 2KYM A; 1Y0M A; 2NWM A; 2V1Q A; 1E6H A; 2FO0 A; 4HVW A; 1JEG A; 3QWY A; 4AFU C; 1Z9Z A; 4LNP A; 2ESW A; 1GBR A; 2LP5 A; 2EYX A; 4RTX A; 1HJD A; 2JM9 A; 1B07 A; 2AKK A; 1KIK A; 1T0J A; 2DM1 A; 3M0U A; 1NYF A; 2KNB B; 1QKW A; 1X6G A; 4F17 A; 1HSQ A; 2AK5 A; 1SEM A; 2GTJ A; 2CH4 W; 1JU5 C; 4IIO A; 2JS2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RKU E; 1VQP Q; 3CCE A; 3MKD A; 1VQL Q; 2DBK A; 3CC4 Q; 2LRQ A; 2BZY A; 2E65 A; 4F7U E; 3BDU A; 3QUI A; 4BE1 A; 2YT6 A; 2DZC A; 3SWN A; 2FL7 A; 3CCR Q; 2XU8 A; 1M2V A; 1IHW A; 1VQ7 A; 5DLO A; 4FYX B; 1QKX A; 3CME T; 4LN2 A; 4ORZ A; 3CCU T; 2XG8 D; 1TWB A; 2HAX A; 2SEM A; 3LLR A; 3UA7 A; 2LC4 A; 4X9D A; 3MP1 A; 5GAO q; 4IUV A; 1FMV A; 1PRM C; 2EW3 A; 4M77 F; 3RIR A; 1RL2 A; 3SEM A; 2O4X B; 3NFC A; 5HKC A; 3JCM J; 2E64 A; 3JCM W; 5KYW B; 3CEY A; 3V8L A; 2PTK A; 2QGF B; 1NJI R; 3HKS A; 3UWN A; 4FU6 A; 1UG1 A; 2EGC A; 3LW5 E; 3RR6 A; 3KUF A; 4C92 D; 1WZO A; 3CCM A; 1VQ8 T; 2ZZD A; 1D1C A; 5EC7 A; 2HDA A; 2HSE B; 3NMZ C; 1Q95 G; 2K9G A; 4LXC A; 1WXU A; 4AFQ C; 1SHG A; 3KFV A; 1FX7 A; 1GFC A; 1ZX6 A; 1KSW A; 3CXC S; 2L3S A; 1JQQ A; 3CXC A; 1GRI A; 4LD6 A; 1FMW A; 1VIF A; 3CCJ A; 4M7A E; 1M9S A; 5GAN 3; 3JB9 J; 1YFN A; 1WQW A; 4M78 G; 2DER A; 2KVQ G; 1ZUK A; 1Y96 A; 4QQD A; 1JB0 E; 2KSS A; 2DPP B; 1K8A C; 1VQL T; 4M7D C; 3QHS A; 3M0R A; 1X6B A; 2M51 A; 4E7J A; 2CP0 A; 1TOV A; 2VGM A; 4KH0 B; 3A8M B; 3MPU B; 4C92 B; 5LJ3 j; 2NLU A; 4RG8 A; 3DLM A; 1H3Z A; 2EQK A; 1Q86 U; 5GAO n; 2VKN A; 2Z0W A; 2QQB A; 5FW9 A; 2F2W A; 2CZ1 B; 4HXJ A; 4M75 C; 4C8Q D; 3N5B B; 5KCH A; 2GQI A; 2DL3 A; 3LYI A; 1Q82 U; 4D8K A; 1VQP A; 2ROL A; 2MWO A; 4OGC A; 1M3C A; 1VQL A; 5FU6 B; 3CMA T; 1M1K C; 4HKE A; 1XOV A; 1BI3 A; 3CC4 A; 3H0F A; 4B9W A; 2F69 A; 4NL2 A; 1I8F A; 5CQX A; 2JTF A; 4C5G A; 1PKS A; 4DBH A; 2BZ8 A; 2P0K A; 1ZSG A; 4OMO A; 4B9X A; 3SFM A; 5GAN 5; 3MEU A; 4OB1 B; 4Y91 A; 2FPE A; 2HQE A; 1YJN A; 1MMA A; 4Y28 E; 3CME A; 3EGX A; 1WXB A; 3GLX A; 1RAC B; 3MHX A; 4DBQ A; 2MPX C; 1WX6 A; 1RAH B; 3EGD A; 3EH1 A; 1WHM A; 1KQ1 A; 2J6F A; 3OS5 A; 1GCQ C; 5LJ5 f; 3QDF A; 1VYU A; 1ZA1 B; 2YDL A; 4A4F A; 2A37 A; 4FT4 A; 4D8D A; 3H41 A; 2QEX A; 4ZNX A; 5KYU A; 3QWX X; 5GAM e; 3OA6 A; 2E12 A; 5CR2 A; 1RI9 A; 4TVR A; 3QJY A; 4A4K A; 2GQV A; 2VV5 A; 3A8G B; 3I5S A; 3M59 A; 5GAO l; 1X75 C; 3RMQ A; 1VQO T; 4FYY B; 3REA B; 4J9D A; 1U06 A; 2LTO A; 3P8B B; 1ABO A; 2DIG A; 2R5M A; 4ZN1 A; 1UTI A; 3OSV A; 1D0X A; 1W2B P; 4E7I A; 4QQG A; 4O6J A; 1OOT A; 3I56 Q; 3M9Q A; 2OAU A; 4RG2 A; 2PQW A; 2E3H A; 2F5T X; 2A3L A; 5M9O A; 1PKT A; 1WPY A; 3AT1 B; 3EFS A; 3V7S A; 3JB9 I; 1WIE A; 2M16 A; 1T3S A; 3CC4 T; 5LJ5 d; 2KQW A; 4VUB A; 4KT0 E; 2DRM A; 5D6X A; 2KRN A; 4YTL A; 1NG2 A; 4LDV A; 2RF0 A; 1YIT A; 1UEC A; 2XD0 A; 3OYF A; 2FRW A; 4CC4 B; 3G6E A; 1VQ9 A; 4IUR A; 2RB6 A; 4BE2 A; 1PD0 A; 2MYS A; 2LX7 A; 5IT9 E; 1HYO A; 1K0X A; 1PCX A; 3G6E T; 2DIL A; 3S3M A; 3MP6 A; 4ME7 A; 1TUD A; 2E4H A; 1WQ7 A; 2IPO B; 5I2M A; 1D0Y A; 1IRX A; 3TQ7 P; 2MOX A; 2NUZ A; 1M1F A; 4DA4 A; 2CYZ B; 4EIK A; 2QXF A; 5GMK l; 2A7Y A; 2HNI A; 1BI1 A; 3PGG A; 3H0I A; 4KRT A; 2ZPF B; 4PFO A; 5IH2 A; 5LJ3 f; 3CCJ Q; 4A4G A; 1RAD B; 4MML A; 2K7A A; 2YSQ A; 3S3O A; 2ZPE B; 4V2S A; 1MMG A; 2CDT A; 3OBW A; 4Z89 A; 3ZEH A; 1R0C B; 5GAM j; 1KFZ A; 1WJS A; 5GAO p; 4JLI A; 2D1X A; 3C95 A; 2XMF A; 2KYB A; 4ZGD B; 1YCS B; 2COZ A; 1OZ3 A; 2IVW A; 2KXD A; 3QYH B; 3DKM A; 1MMN A; 2K3B A; 3UAT A; 1G83 A; 3CCM T; 4DOV A; 2CZ0 B; 4F7U F; 3QO3 A; 1G8X A; 4OB0 B; 1AHJ B; 2RHY A; 4M7A B; 1WHK A; 2O2O A; 5CCA A; 3I35 A; 4OVA A; 2OTL T; 2JN0 A; 4XK8 E; 4FCY A; 4N0A A; 1WXT A; 1Q7Y R; 5AYF A; 1QP2 A; 1D1A A; 1WDX A; 1HK9 A; 1VQO A; 1UGR B; 2K5L A; 2CP2 A; 2LJ3 A; 3CQT A; 2K2M A; 1KD1 C; 2JXB A; 3A8L B; 1OQK A; 1Y96 B; 5CKE A; 1K8A R; 2K3X A; 3OYL A; 1IRE B; 2LMJ A; 1WLP B; 2VUB A; 4PJO C; 3JSC A; 4M77 E; 3JB9 G; 3RDV A; 3DB3 A; 4PJO D; 4XTY A; 1NEB A; 4J9F A; 1W2B S; 1OUL A; 4M77 A; 4F7U G; 3JCM X; 2COW A; 1BIB A; 2QGG A; 3M5A A; 4JS5 A; 1RI0 A; 1M90 U; 1G5V A; 1O9S A; 2DF6 A; 4PJJ A; 3TSZ A; 4CC2 A; 2QEX Q; 2E70 A; 3M58 A; 3R6O A; 1QVF P; 4GLK A; 5LL6 S; 1H64 1; 1YIJ T; 1MUZ A; 3HRS A; 5GAO m; 4BD3 A; 2FEI A; 1QVF A; 2O9V A; 3QXE B; 1QP3 A; 4AFZ C; 4J8O A; 4ANJ A; 3E9F A; 4RTZ A; 5LJ5 h; 4OML A; 2PU9 B; 3EH2 A; 4JUV A; 2HKN A; 2DEQ A; 1NPP A; 4J7F A; 4HVW A; 4AFU C; 4QVC A; 1Z9Z A; 2XDB A; 1XQH A; 2EYX A; 1KQ2 A; 1HJD A; 3M0U A; 3P8D A; 4OGE A; 1QKW A; 2BE9 B; 2V26 A; 5GAN d; 3TRE A; 2JS2 A; 3ER0 A; 1FWZ A; 1P92 A; 4HVU A; 3PVL A; 4R55 A; 3LGF A; 2JJ9 A; 1YIT Q; 1GBQ A; 2O01 E; 3CCV A; 3PTA A; 2OTJ A; 3I5R A; 1B34 A; 3CBP A; 2DL5 A; 4C0G A; 4F7U A; 3CCJ T; 3OY9 A; 1C1A A; 3ZL7 C; 3LGL A; 4KUD K; 5CKH A; 5GAM h; 1Y57 A; 4FT2 A; 1B3Q A; 1SPK A; 3CPF A; 2KRS A; 2O4X A; 2SRC A; 1Y07 A; 3M56 A; 4RCC A; 4CI0 C; 3QPH A; 2DTO A; 1E6G A; 1G3Y A; 2JMA A; 4M7D F; 2V8K A; 3CCL T; 5KYX A; 3EG9 B; 5CIU A; 4DBF A; 3L2Q A; 3L2V A; 2DNU A; 2LDM A; 3JAM E; 3PIO A; 2YRD A; 1I5O B; 2YUN A; 1Q86 R; 1UDL A; 2ED1 A; 5KE2 A; 2K2V A; 3T9N A; 4ZTJ A; 5J39 A; 4JPB W; 3OMG A; 3BE3 A; 4LDY A; 1KQS A; 2YRC A; 1X01 A; 5A2Q E; 1GXI E; 5GAN 4; 3VS4 A; 1KQS P; 2ENM A; 3UF4 A; 4ZGE B; 3M0T A; 1T3L A; 1VQK Q; 1NEG A; 1SHF A; 4C0F A; 4Z02 A; 4C5I A; 4MZM A; 4F14 A; 2RJE A; 3L2Z A; 3SDZ A; 4E6R A; 5AT1 B; 1JXM A; 3REB B; 3DLL A; 1ZUY A; 2KT1 A; 1AWO A; 2AIR B; 1BBZ A; 2JM8 A; 2JZ2 A; 3FIF A; 4J9I A; 3CMA A; 1YI2 A; 2RHI A; 1OYX A; 4XU0 A; 2PUO B; 4OB2 B; 4BE0 A; 2L5Q A; 2DXT A; 2F2V A; 3H8Z A; 3M0S A; 3FC3 A; 1W6X A; 1WNL A; 1M1K U; 3G6E Q; 2DA9 A; 4A63 B; 1VQ7 T; 1VQ9 Q; 2WSC E; 2CSI A; 4FSX A; 1YI2 Q; 1VQM T; 3E19 A; 2DLP A; 1ZHI A; 2Y4Y A; 3OSS C; 4C8Q C; 3AHU A; 2HL5 C; 2RNA A; 3JCM g; 1LJO A; 1R0B G; 3UDC A; 1QWF A; 2XHC A; 2K57 A; 3OYI A; 2GFA A; 3BY7 A; 3OYY A; 4IKF A; 2X4W A; 3ULR B; 5LJ3 h; 1R77 A; 3CC7 A; 3FB9 A; 1AEY A; 1M8M A; 3M53 A; 1Y71 A; 3NGP A; 8ATC B; 2P4T A; 2ZPH B; 4J9C A; 2HBP A; 1LOJ A; 1V29 B; 3M0Q A; 2DO3 A; 1YBY A; 1K73 R; 1Y7X A; 5EG2 A; 4M75 D; 1BKB A; 2O31 A; 2RJC A; 3QYG B; 2JUF A; 3PE0 A; 2LT1 A; 1M90 C; 2FPD A; 3DB4 A; 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