The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
CGAEYVRALFDFNGNDEEDLPFKKGDILRIRDKPEEQWWNAEDSEGKRGMIPVPYVEKYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Changing protein backbone topology: Structural and dynamic consequences of the backbone cyclization in SH3 domain
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Protein binding
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| molecule keywords |
Proto-oncogene C-crk
|
| total genus |
8
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2C0O A; 1N5Z A; 1Z9Z A; 2DF6 A; 1AZG B; 2GQI A; 2LJ1 A; 1ZX6 A; 1PRL C; 4JJD A; 1AD5 A; 1AVZ C; 2CRE A; 1SRM A; 2H8H A; 4EIK A; 2D1X A; 4LUD A; 3EGU A; 2KYM A; 3UAT A; 1WIE A; 2O88 A; 3VRY A; 2J6K A; 2ROT A; 4CC7 A; 2DM1 A; 2JS0 A; 1K4U S; 1ABO A; 2FPF A; 2FPE A; 3THK A; 2J6F A; 3IQL A; 3EG1 A; 2PZ1 A; 2GNC A; 2EGA A; 1MV0 B; 1E7O A; 1ZUY A; 1NM7 A; 2OJ2 A; 2V1R A; 3KFV A; 4ORZ A; 3REA B; 5GJW B; 4JPB W; 4RTV A; 1U06 A; 2RPN A; 2LNH B; 4E6R A; 2RQV A; 3H0H A; 1H92 A; 2A36 A; 2XMF A; 3PVL A; 2DLP A; 1AOJ A; 1FMK A; 2VWF A; 2OI3 A; 1WFW A; 1BBZ A; 2CH4 W; 1W70 A; 2BZX A; 4Z88 A; 5I11 A; 2KT1 A; 1I07 A; 2DL8 A; 2KYB A; 2F2V A; 3EG3 A; 1PWT A; 3RNJ A; 1X2K A; 1AEY A; 1GFC A; 1NLP C; 1CKB A; 4AG2 C; 1YCS B; 1SHG A; 1G83 A; 2YUO A; 3VS5 A; 2F2X A; 2KXC A; 3NHN A; 2LQW A; 4K11 A; 3M0T A; 4HVU A; 3ZL7 C; 1MV3 A; 1GCQ A; 4RTU A; 1BU1 A; 2KT8 A; 4JJC A; 1WA7 A; 1JEG A; 2KRS A; 2W10 A; 2MIO A; 1K76 A; 1BB9 A; 3LH5 A; 3U23 A; 1JU5 C; 1W6X A; 2EGE A; 4JZ3 A; 5I22 A; 1QWF A; 2DRM A; 2JTE A; 4J9G A; 1UTI A; 4OMQ A; 3I5S A; 2GGR A; 1M3B A; 5IH2 A; 2AZV A; 4HVW A; 2JMA A; 4RTW A; 2K9G A; 1E6G A; 2LJ3 A; 5FWB A; 1PNJ A; 1T3L A; 1WXT A; 2DIL A; 1WYX A; 4OML A; 1JXO A; 1XOV A; 2AK5 A; 2PTK A; 2YT6 A; 2KXD A; 1X43 A; 4J9D A; 1PKT A; 2KEA A; 4J9E A; 3PE0 A; 3H41 A; 2EYY A; 4IIM A; 3TSW A; 1SSH A; 3ULR B; 1OOT A; 4RUG A; 1NG2 A; 2EBP A; 2LMJ A; 3VS2 A; 2CUB A; 3VS3 A; 2RNA A; 2BZY A; 4D8K A; 2ED1 A; 2RQU A; 3TVT A; 1A0N B; 4OMM A; 1NLO C; 1TUC A; 1K9A A; 2CSQ A; 1E6H A; 4Y92 A; 3RBB B; 4GBQ A; 1UJY A; 1KSW A; 1VYT A; 1H8K A; 2CT3 A; 2IIM A; 2JW4 A; 1OPL A; 5ECA A; 2A37 A; 3NPF A; 2JT4 A; 4D8D A; 4IIO A; 1RUW A; 1X27 A; 2KRM A; 2EGC A; 2KGT A; 2KNB B; 4J9B A; 4RTZ A; 2KBT A; 2YUN A; 5HCK A; 2A08 A; 2DJQ A; 2DNU A; 1V1C A; 1UG1 A; 4DEY A; 1GL5 A; 1BK2 A; 1VYV A; 1NYG A; 1GBQ A; 1HD3 A; 1PRM C; 2CT4 A; 3I5R A; 2CSI A; 2D0N A; 2JMC A; 3M0S A; 2A28 A; 2JS2 A; 1X6B A; 2OAW A; 4WCI A; 1SPK A; 4A63 B; 1OEB A; 2LCS A; 2HBW A; 2DVJ A; 1CKA A; 2QDL A; 1Y0M A; 2AKK A; 2MOX A; 1Z9Q A; 2EYZ A; 1K0X A; 1I0C A; 4AFU C; 2CUD A; 4ESR A; 1TG0 A; 2X3X D; 2HEQ A; 2RQR A; 1ARK A; 2FO0 A; 2LZ6 B; 1WXU A; 3CQT A; 2F2W A; 1T0J A; 1U5S A; 2O9V A; 4CC2 A; 2HDA A; 2L3Q A; 2L0A A; 2DBM A; 4CC4 B; 3C0C A; 1GBR A; 2ED0 A; 2D8J A; 2L2P A; 1YWO A; 1PHT A; 3NMZ C; 3M0U A; 2L3P A; 2G6F X; 1M3C A; 1SHF A; 1NEG A; 1AWO A; 1X6G A; 2BTT A; 2YSQ A; 4R0K A; 2CH4 A; 2J06 A; 2J7I A; 5L23 A; 2RN8 A; 2SEM A; 4Z8A A; 2P4R A; 4AFZ C; 2K3B A; 2DE0 X; 1MUZ A; 3I35 A; 2E5K A; 2RMO A; 3EG0 A; 1UGV A; 3VS4 A; 1UE9 A; 1AZE A; 4M4Z A; 1SRL A; 1T3S A; 1H3H A; 2D8H A; 1YP5 A; 4HCK A; 4RTX A; 3VS0 A; 4J9H A; 2ENM A; 2J05 A; 1QWE A; 2FG0 A; 1UHF A; 5IXB A; 1VYU A; 4LUE A; 3EHR A; 4JJB A; 2W0Z A; 4J9I A; 5FW9 A; 2M0Y A; 2RF0 A; 5IHK A; 4AG1 C; 1U3O A; 1QKX A; 2NUZ A; 1M8M A; 4F16 A; 1W1F A; 3VRZ A; 4LN2 A; 1SEM A; 2JM9 A; 1ABQ A; 1WLP B; 2MCN A; 4DEX A; 4Z89 A; 1JXM A; 1M3A A; 4KRT A; 1GFD A; 1ZUU A; 2LJ0 A; 4X1V A; 2EQI A; 2DL7 A; 3SEM A; 1RI9 A; 3TSZ A; 2K7A A; 2RQT A; 1RLP C; 4OMO A; 2JXB A; 1GRI A; 1FYN A; 2EYX A; 3M0P A; 1UDL A; 1YNZ A; 1ZUK A; 4LNP A; 5FWC A; 2EPD A; 2NWM A; 1B3Q A; 1ZLM A; 1WDX A; 1B07 A; 2DYB A; 1WXB A; 2EKH A; 1CSK A; 1QLY A; 2FRW A; 2O2O A; 3VS7 A; 2ABL A; 2DBK A; 2GBQ A; 1JQQ A; 1K1Z A; 1TUD A; 1X69 A; 2HCK A; 1GCP A; 3UA7 A; 1X2Q A; 2EYW A; 4FSS A; 4J9F A; 1AWJ A; 2DX1 A; 2K79 A; 2K6D A; 2FPD A; 1GCQ C; 2RQW A; 2M51 A; 3PVQ A; 3I9Q A; 1Y57 A; 2DRK A; 3EHQ A; 3JV3 A; 2K2M A; 2VKN A; 1NEB A; 1M30 A; 2KRO A; 1ZSG A; 2FEI A; 5EC7 A; 4ZNX A; 1WI7 A; 3VS6 A; 2YUP A; 3REB B; 4OMN A; 1UEC A; 1OV3 A; 4HVV A; 2GTO A; 2HSP A; 1K0S A; 1AWX A; 1G2B A; 2VVK A; 2CDT A; 1NYF A; 2B86 A; 1YN8 A; 5GJV B; 2YUQ A; 2PNI A; 5IHI A; 3EG2 A; 3VS1 A; 4HXJ A; 2AZS A; 2C0I A; 4F17 A; 1KJW A; 3O5Z A; 1KFZ A; 2ESW A; 4GLM A; 1UFF A; 2KR3 A; 2JM8 A; 2FRY A; 2YDL A; 3UF4 A; 2DL4 A; 1QCF A; 1QKW A; 2DA9 A; 2EVR A; 2O31 A; 2EW3 A; 2V1Q A; 2KRN A; 3H0F A; 4QT7 A; 4AFQ C; 1ZBJ A; 2O9S A; 3SHW A; 2BZ8 A; 1AWW A; 4OMP A; 1UUE A; 2DL5 A; 1I1J A; 3FJ5 A; 4F14 A; 1J3T A; 3M0Q A; 2C0T A; 2ROL A; 1EFN A; 1HSQ A; 3UA6 A; 2ECZ A; 3H0I A; 1T0H A; 3QWY A; 4RTT A; 1KIK A; 2L3S A; 4J9C A; 4AFS C; 2J6O A; 1IO6 A; 1UHC A; 3A98 A; 1WX6 A; 2DL3 A; 3QWX X; 1OPK A; 1YWP A; 1JO8 A; 2DMO A; 2LQN A; 3NGP A; 4JZ4 A; 2KE9 A; 3GBQ A; 4RTY A; 1LCK A; 1PKS A; 2GTJ A; 4LE9 A; 1M27 C; 4CC3 A; 1S1N A; 2LP5 A; 1HJD A; 2AKL A; 1UJ0 A; 1VA7 A; 2X3W D; 2LX7 A; 5IHN A; 2I0N A; 2SRC A; 3M0R A; 1RLQ C; 5IXF A; 3R6N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PJM A; 4M7D G; 3QUI A; 1QCN A; 2R57 A; 5GAN f; 2E6Z A; 2YRC A; 1ZX6 A; 2EKO A; 4C5E A; 2QQA A; 4HT9 A; 3CC2 T; 4A4K A; 4JJD A; 1AVZ C; 2CRE A; 4LUD A; 4ZTJ A; 2DZ9 A; 2IPO B; 2O88 A; 2ROT A; 1N8R U; 2DM1 A; 3FEO A; 3DB4 A; 1G3T A; 1VQL A; 4M7A E; 4BE1 A; 2HMA A; 1M90 C; 1UGS B; 1WHL A; 1VQK A; 4FIB A; 1OZ2 A; 2FPE A; 5CKB A; 1MMG A; 3OSV A; 4BUG A; 2P0P A; 1LVK A; 4O5V A; 2QTV A; 1YI2 Q; 1NM7 A; 3EAE A; 4J8O A; 2DIQ A; 1IXD A; 1VUB A; 3CD6 T; 1U06 A; 2RPN A; 4E6R A; 1D0Y A; 3JB9 G; 4A4H A; 3I55 T; 2MI6 A; 3N5B B; 4MZT A; 3PVL A; 3TQ7 P; 4LD6 A; 4FSX A; 1AOJ A; 1W2B P; 2VWF A; 3RMQ A; 3CCS Q; 2I2L A; 5AT1 B; 3LW5 E; 5KYN A; 1C0M A; 2KT1 A; 1I07 A; 2CZ0 B; 4KBM B; 1ZSZ B; 3EG3 A; 2MF2 A; 2VB6 A; 2EJF A; 2BKD N; 2RO0 A; 1NLP C; 1Q7Y U; 3CEY A; 1SHG A; 1G83 A; 4OGE A; 2XD0 A; 1RAF B; 3ZL7 C; 1BU1 A; 3QYG B; 1W2B S; 2K5L A; 2A0F B; 4WF2 A; 3CXC P; 1FMW A; 3U23 A; 3I56 A; 5FRN A; 3EH2 A; 2EGE A; 5I22 A; 2QA4 A; 1QWF A; 1KQS P; 4J9G A; 3LGL A; 1VQK Q; 3QG1 A; 4M7D C; 1M90 R; 4GY5 A; 4ZN3 A; 2DER A; 1VQ4 Q; 4HKE A; 1VQ8 Q; 4M7A B; 3G4S A; 2DIL A; 3JCM J; 1M1K U; 3T9N A; 4N0A C; 2Y4X A; 1PKT A; 1ZSZ A; 3PE0 A; 2X51 A; 3TRE A; 1SSH A; 1YBY A; 1YJN A; 2XID A; 3CC4 T; 3VUB A; 2EBP A; 3OBY A; 1RAI B; 2HKN A; 5GAN e; 4EDU A; 1KHI A; 2BZY A; 4D8K A; 2ED1 A; 5KH6 A; 2CP7 A; 1WZO A; 1YFN A; 4OMM A; 1R0B G; 3CCE Q; 1E6H A; 2LNV A; 1HXD A; 4GBQ A; 1M90 U; 3ASK A; 1D09 B; 4C8Q G; 4IIO A; 1RUW A; 2LQ8 A; 4M75 F; 1KC8 U; 2FB7 A; 1PCX A; 2KNB B; 4FYV B; 4IUQ A; 4M78 D; 2KBT A; 2YUN A; 2XIC A; 3E9F A; 1VYV A; 4PJO D; 1GBQ A; 3OYC A; 5CR2 A; 3I5R A; 3V8L A; 2DTO A; 2D0N A; 3V8J A; 2OAW A; 4WCI A; 1BI1 A; 2XDD A; 4LDU A; 3OW2 P; 4M75 C; 4M78 E; 1Z9Q A; 2DK3 A; 3G6E T; 5D6X A; 3V7C A; 3G4S Q; 1OQK A; 4ESR A; 1D1A A; 1TG0 A; 4C92 E; 2HEQ A; 2KQW A; 3CMA T; 1ARK A; 4F04 B; 2F2W A; 1T0J A; 2O9V A; 5GAN 6; 4JRP A; 3JCM h; 4A53 A; 2EWN A; 4J6W A; 2MYS A; 2RJD A; 3S3N A; 2QGF B; 1YHQ T; 5GAO l; 3AT1 B; 4PJO C; 1NEG A; 2RHU A; 4FYW B; 2BTT A; 2E41 A; 4Z8A A; 5HY6 A; 1HK9 A; 4AFZ C; 4M75 D; 4PJJ A; 3G71 Q; 4QQ6 A; 1RAH B; 2RMO A; 5KCO A; 2X4Y A; 3CC2 A; 1SRL A; 3X26 B; 2EFI A; 5HKC A; 2D8H A; 3JB9 D; 1RAC B; 1YP5 A; 4HCK A; 4RTX A; 1M1K C; 1WJR A; 4R56 A; 3VJP A; 3KXT A; 1QWE A; 2AT1 B; 1UHF A; 2FG0 A; 5DM7 R; 3PIP A; 4PK4 A; 1VYU A; 1VQP Q; 1ZBX A; 3TEE A; 4E7H A; 4C8Q D; 2M0Y A; 2RF0 A; 4LDX A; 4HCB A; 4AG1 C; 1VQ8 T; 1U3O A; 2P0K A; 5GAO n; 1M8M A; 2F1L A; 4BDY A; 1D0Z A; 2MPX C; 5HK0 A; 3JCM b; 1OX9 A; 1V29 B; 1WLP B; 2DZC A; 3NTK A; 1QVG P; 4PJO F; 1GFD A; 2LJ0 A; 3OYE A; 1M4Z A; 2DL7 A; 2EQI A; 1RI9 A; 1W2B A; 5C0M A; 2K7A A; 3G1J A; 1WPY A; 3D7S B; 3UDC A; 4C92 A; 4Q5W A; 1BI3 A; 2EQK A; 2DVE A; 4M7D D; 5GAN d; 5GAN 4; 1Q7Y C; 5FWC A; 2NWM A; 3CCJ Q; 2JVV A; 4M7A C; 4V2S A; 1CSK A; 3CC7 A; 5M9O A; 2EYQ A; 2DBK A; 2GBQ A; 1JQQ A; 1K1Z A; 4QVC A; 2QQB A; 2LTO A; 1EX4 A; 3MEW A; 4M78 C; 4FSS A; 2VGM A; 4BB7 A; 4B9X A; 3CC4 Q; 5KE2 A; 3J7A F; 2E3H A; 3LWI A; 2DRK A; 3JV3 A; 4LDV A; 1KC8 R; 2KRO A; 2E12 A; 1VQN T; 5KYW B; 2YUP A; 4EMK A; 3REB B; 1N6A A; 3HHT B; 4OMN A; 2DET A; 5KYU A; 4HVV A; 1MGQ A; 2F69 A; 1RI0 A; 2HSP A; 1K0S A; 1AWX A; 4A4F A; 4F7U A; 1Y96 B; 3L42 A; 2B86 A; 2HKQ B; 1VQ9 Q; 2YUQ A; 2E4H A; 2VAS A; 3EG2 A; 1I5O B; 3M59 A; 4ZTF A; 3VS1 A; 5CK9 A; 3QDR B; 3CCR A; 4HXJ A; 3VYH B; 3O5Z A; 4HCZ A; 2ESW A; 1UFF A; 2YDL A; 3I56 T; 2V1Q A; 5LJ3 d; 4QT7 A; 2EQM A; 4AFQ C; 4WTO B; 2GQV A; 1Q86 R; 1EIF A; 3JCM e; 1AWW A; 1QVF P; 3FJ5 A; 4RKU E; 2V8J A; 1VQ5 T; 1UEB A; 2C0T A; 3CD6 Q; 2FZK B; 3URG A; 3CCR Q; 3UA6 A; 1T0H A; 3CCL A; 3L2Z A; 1RAB B; 2FHD A; 1Q82 C; 4EMK B; 4XTU A; 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4Z88 A; 3CCM T; 1GXI E; 5GAO q; 1R77 A; 3X24 B; 5GAO r; 3EGD B; 3CCE A; 4FT4 A; 3HRT A; 1GFC A; 4FCY A; 3VU3 C; 5GMK m; 2HL3 A; 5A0L A; 4XQ3 A; 4HVU A; 4OB0 B; 2WSF E; 2QEX Q; 3V7S A; 2CKK A; 1YJ9 A; 4JJC A; 1O75 A; 1WA7 A; 2KRS A; 2MIO A; 1VQ7 A; 1BB9 A; 2LT4 A; 1KK7 A; 2GFU A; 4C5H A; 2OTL A; 1W6X A; 3CBO A; 2DTH A; 4N4G A; 2JTE A; 1XTD A; 1UTI A; 3I5S A; 1D3B A; 4ATO A; 4HVW A; 1U8R A; 2IG0 A; 1E6G A; 2L3R A; 3UWN A; 5FWB A; 3QYH B; 1PNJ A; 1T3L A; 1BI0 A; 3HP9 A; 4NL3 A; 3OYL A; 1TS9 A; 4M75 A; 2PQW A; 4PKC C; 2BUD A; 1B34 B; 2ZGW A; 3CBP A; 4QKU A; 3PTA A; 4OML A; 4A4E A; 2E64 A; 1XOV A; 3G7Z A; 4II1 A; 2KXD A; 4M77 G; 1X43 A; 4JRK A; 4J9D A; 4FM4 B; 1QVF A; 3CXC S; 1NBE B; 1YIJ T; 3CCQ A; 2EYY A; 1OOT A; 4RUG A; 1NG2 A; 3OYH A; 2LMJ A; 3VS2 A; 2K4Y A; 2E10 A; 2RNA A; 3EFS A; 3MKD A; 2DYI A; 4FU6 A; 4FT2 A; 1K9M R; 2LT1 A; 3OS5 A; 4UC4 A; 1NLO C; 3V8K A; 3MJX A; 2E5Q A; 2KDS A; 3BW1 A; 1VOM A; 4Y92 A; 4N4I A; 2NUP B; 4C0Z A; 2CT3 A; 2DFU A; 2JW4 A; 1OPL A; 3NPF A; 3CME A; 2E1H A; 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