The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
QGPHMALRKEAERQALAQLEKAKTKPVAFAVRTNVGYNPSPGDEVPVEGVAITFEPKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEVGFIPSPVKLDSLRLLQEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
|
| publication title |
Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 3.6 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Oryctolagus cuniculus
|
| molecule tags |
Membrane protein
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| total genus |
24
|
| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PKS A; 1GBR A; 2J6K A; 1ZLM A; 1B07 A; 3I9Q A; 1GBQ A; 3UA7 A; 2EGE A; 3PVQ A; 3H0F A; 2BZY A; 1IO6 A; 1M3C A; 2KGT A; 2JT4 A; 3EG0 A; 2A08 A; 1X6G A; 2NUZ A; 4OMM A; 1WXB A; 2B86 A; 4CC2 A; 1Y57 A; 3TSW A; 2FPD A; 2LX7 A; 3M0U A; 1KSW A; 1OPL A; 2V1Q A; 2YUP A; 1AVZ C; 1NG2 A; 2F2X A; 1K0S A; 4RTZ A; 1YNZ A; 2CSQ A; 2YUO A; 2IIM A; 2K2M A; 5FWB A; 5GJW B; 1AOJ A; 1X2Q A; 2LMJ A; 4JJD A; 2DRK A; 3VS6 A; 2KBT A; 1ARK A; 4CC4 B; 1WA7 A; 2C0O A; 2L3P A; 2J6O A; 1B3Q A; 2HSP A; 2JM9 A; 1HD3 A; 2DBK A; 1NM7 A; 3THK A; 1HSQ A; 2J05 A; 2BTT A; 4QT7 A; 1ZUU A; 2NWM A; 2ENM A; 2EGA A; 1QKW A; 2K7A A; 1UGV A; 1S1N A; 4CC7 A; 1T3L A; 1KIK A; 4RTT A; 4J9E A; 4OMP A; 3JV3 A; 2BZX A; 3M0P A; 2FPE A; 2DVJ A; 2RPN A; 2DBM A; 2K6D A; 2GBQ A; 2O9S A; 1H8K A; 4IIM A; 2FEI A; 1UUE A; 3VS3 A; 3IQL A; 2DLP A; 2RN8 A; 2CH4 A; 3QWX X; 2FRW A; 3H0H A; 4RTX A; 1G83 A; 1LCK A; 1AZE A; 1CKA A; 2LJ0 A; 2YT6 A; 5IH2 A; 2DE0 X; 3REB B; 2AKK A; 3C0C A; 2J06 A; 4IIO A; 1NLO C; 2VWF A; 1VYT A; 1AWJ A; 4Y92 A; 2JS0 A; 4F16 A; 2KEA A; 2OJ2 A; 2CDT A; 2KYB A; 1TUC A; 1PWT A; 1I07 A; 2ABL A; 2CT3 A; 1UE9 A; 1WIE A; 3TVT A; 4R0K A; 1NYF A; 1UFF A; 3NPF A; 4HVV A; 1QKX A; 3UA6 A; 4HXJ A; 4RUG A; 2D8J A; 1CSK A; 1U06 A; 1TG0 A; 2EYY A; 2A36 A; 2JS2 A; 2LCS A; 1U3O A; 1UHC A; 1M27 C; 4WCI A; 2KT8 A; 2J6F A; 2KR3 A; 1GCP A; 1E6G A; 4K11 A; 1JQQ A; 1KJW A; 2RQU A; 1SHF A; 4Z88 A; 2YDL A; 3M0R A; 1QWE A; 2GTJ A; 2DA9 A; 1VA7 A; 1VYV A; 1GFC A; 3EHR A; 1X69 A; 4M4Z A; 4GBQ A; 2YUN A; 4CC3 A; 4KRT A; 2JXB A; 4J9D A; 2DL8 A; 1CKB A; 1WXU A; 1JO8 A; 1SRM A; 1YCS B; 2DRM A; 4D8K A; 2JMA A; 2AK5 A; 2CT4 A; 2P4R A; 1T3S A; 3H41 A; 2JTE A; 4AFU C; 3PVL A; 2O88 A; 4ORZ A; 1OOT A; 1SSH A; 2LJ3 A; 1K4U S; 1SPK A; 4ZNX A; 2K79 A; 1ABQ A; 4HCK A; 4RTW A; 1NEG A; 1AWW A; 2M51 A; 1W6X A; 3UF4 A; 3ZL7 C; 5FWC A; 3M0Q A; 1T0H A; 2EPD A; 2LZ6 B; 2D8H A; 1GL5 A; 3I5R A; 5IHK A; 5IHI A; 1ZSG A; 1WI7 A; 5GJV B; 4LUE A; 2GNC A; 3REA B; 5L23 A; 5IHN A; 1I0C A; 1UJY A; 4LE9 A; 5EC7 A; 2RQR A; 4E6R A; 4OMO A; 4LN2 A; 1JXO A; 4AFQ C; 2GTO A; 2KT1 A; 2RQT A; 4JJB A; 3NGP A; 2XMF A; 1WYX A; 1GFD A; 2EQI A; 5I22 A; 2AKL A; 1K0X A; 1UG1 A; 2DL7 A; 3ULR B; 1W1F A; 2KRS A; 1TUD A; 1K76 A; 3CQT A; 3VRZ A; 2MIO A; 2RMO A; 2LQN A; 4AFS C; 1M3A A; 2KRM A; 2X3W D; 2QDL A; 5ECA A; 4HVU A; 2VKN A; 4AFZ C; 2OAW A; 1QLY A; 2C0I A; 2G6F X; 1H3H A; 2V1R A; 3UAT A; 1ABO A; 3NMZ C; 2EYW A; 2DMO A; 2D0N A; 3SEM A; 1BU1 A; 1UHF A; 3VS7 A; 1SRL A; 2O31 A; 4ESR A; 2OI3 A; 1AWX A; 1BBZ A; 1AZG B; 3EG3 A; 4Z8A A; 2L0A A; 2FO0 A; 2KRN A; 1Z9Z A; 1OV3 A; 2EYZ A; 2KYM A; 3NHN A; 3EGU A; 1JU5 C; 1WXT A; 1EFN A; 2K9G A; 2HCK A; 3RNJ A; 1RI9 A; 1GCQ A; 2L3Q A; 1RLP C; 1K1Z A; 1SEM A; 2RQW A; 1X27 A; 3RBB B; 1I1J A; 1GRI A; 1YN8 A; 4OML A; 2A28 A; 1J3T A; 1H92 A; 5HCK A; 2A37 A; 2EGC A; 4X1V A; 2DL5 A; 2DM1 A; 2SRC A; 1XOV A; 2CH4 W; 1OPK A; 2AZV A; 3LH5 A; 2E5K A; 2I0N A; 2HDA A; 4F14 A; 2HEQ A; 2EBP A; 4D8D A; 2DL4 A; 4AG1 C; 1HJD A; 1AD5 A; 2DYB A; 2KXD A; 2ED1 A; 2KRO A; 2BZ8 A; 4AG2 C; 5FW9 A; 3EG1 A; 2W0Z A; 3VS4 A; 4EIK A; 2MOX A; 2L2P A; 1NEB A; 1M3B A; 3EHQ A; 4JJC A; 2PTK A; 4JZ3 A; 2GGR A; 2YUQ A; 4DEY A; 5I11 A; 1PNJ A; 2YSQ A; 3A98 A; 1X6B A; 3EG2 A; 1T0J A; 3PE0 A; 2MCN A; 1RLQ C; 4J9F A; 1M8M A; 1ZUK A; 3SHW A; 1RUW A; 2CUD A; 4RTY A; 3VS5 A; 1PRM C; 1NYG A; 1Z9Q A; 1BK2 A; 4J9G A; 1M30 A; 2FPF A; 1SHG A; 1OEB A; 1QWF A; 2D1X A; 2VVK A; 4J9I A; 3M0T A; 3TSZ A; 4RTV A; 1VYU A; 1NLP C; 2CSI A; 1UJ0 A; 2FRY A; 1UEC A; 1UTI A; 2EW3 A; 4LNP A; 2JMC A; 1X43 A; 2LJ1 A; 2ROT A; 2DIL A; 2RNA A; 1YP5 A; 1YWP A; 1V1C A; 1YWO A; 2CRE A; 2K3B A; 4J9C A; 3R6N A; 1U5S A; 4RTU A; 2C0T A; 4A63 B; 2KE9 A; 2LQW A; 1N5Z A; 1WX6 A; 4JPB W; 2F2W A; 4OMQ A; 1UDL A; 2M0Y A; 1MV3 A; 1MV0 B; 3I5S A; 1MUZ A; 2RF0 A; 2DX1 A; 1WLP B; 2CUB A; 2JM8 A; 4LUD A; 2PZ1 A; 1ZBJ A; 1E6H A; 3VS1 A; 2EYX A; 1GCQ C; 1X2K A; 1BB9 A; 1JEG A; 2EKH A; 3H0I A; 2W10 A; 1PRL C; 2L3S A; 3VRY A; 3KFV A; 2ROL A; 4JZ4 A; 2DF6 A; 2PNI A; 2DJQ A; 1AEY A; 1K9A A; 1A0N B; 1QCF A; 2JW4 A; 1G2B A; 3QWY A; 2GQI A; 1JXM A; 2LP5 A; 1ZX6 A; 3O5Z A; 1AWO A; 4GLM A; 3U23 A; 4DEX A; 2H8H A; 2ED0 A; 2DNU A; 4Z89 A; 4HVW A; 2HBW A; 2X3X D; 1E7O A; 1PKT A; 1WDX A; 2LNH B; 3FJ5 A; 2EVR A; 1ZUY A; 1FYN A; 4OMN A; 4FSS A; 5IXB A; 2ECZ A; 2FG0 A; 2DL3 A; 2O9V A; 1PHT A; 1FMK A; 2J7I A; 4F17 A; 1W70 A; 5IXF A; 3I35 A; 4J9B A; 3VS2 A; 1Y0M A; 3VS0 A; 2O2O A; 1WFW A; 2F2V A; 3M0S A; 2ESW A; 2RQV A; 1KFZ A; 2AZS A; 3GBQ A; 4J9H A; 2KNB B; 2SEM A; 2KXC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GBR A; 3CCQ T; 3JCM c; 1Q82 C; 1VQ9 T; 2X51 A; 4XU3 A; 1VQO Q; 5LJ5 h; 3L2W A; 2YXY A; 1IO6 A; 1M3C A; 1NJI C; 1ZSZ A; 4EMK B; 3J81 E; 5GMK h; 3PTA A; 4J8O A; 5CKF A; 1VQM T; 1TWB A; 2JT4 A; 1Q95 G; 2QXF A; 4FW2 A; 4A4E A; 3QBY A; 4OMM A; 1WXB A; 2B86 A; 1Q82 U; 3TSW A; 2LX7 A; 2GCX A; 1VQ4 T; 1NJI U; 2HD0 A; 3QKJ A; 4C8Q B; 1NG2 A; 4HCZ A; 1K0S A; 4RTZ A; 4C0F A; 2RJE A; 6AT1 B; 3OBY A; 3HHT B; 1X2Q A; 4JJD A; 4MZM A; 2Y4Y A; 4DOW A; 3CCV T; 2D9T A; 2ZPG B; 1LVK A; 2J6O A; 1B3Q A; 3EFR A; 1HD3 A; 1YIJ A; 4F7U A; 2J05 A; 2CP3 A; 2K3X A; 4QT7 A; 4A4K A; 3OYA A; 5I2M A; 3VU3 C; 4M75 B; 4EDU A; 3P8B B; 5A2Q E; 3OSS C; 1T3L A; 4MML A; 4N4I A; 3RUX A; 1VQP Q; 2BZX A; 2D0Q B; 2RPN A; 2QTX A; 3HRS A; 2O9S A; 1H8K A; 1YHQ Q; 4VUB A; 2LVM A; 3QJY A; 2RN8 A; 4TVR A; 2WSE E; 3QWX X; 3VJP A; 1G83 A; 5GAO n; 2BUD A; 3CCR A; 1YJN A; 1KC8 U; 4JRP A; 3EGX A; 3M54 A; 5IH2 A; 1G3S A; 2NUT B; 4KH1 B; 4FYV B; 3JCM e; 3C0C A; 3RR6 A; 3CCQ Q; 4IIO A; 1NLO C; 5HK0 A; 2VWF A; 1M1F A; 1RL2 A; 1AWJ A; 2JS0 A; 4F16 A; 2COZ A; 3V7R A; 3L2U A; 2R5A A; 4A54 A; 1YIT Q; 1VQN Q; 2ABL A; 1G8X A; 1SKU B; 2JVV A; 1Q81 C; 1UFF A; 1M8V A; 3UA6 A; 4HXJ A; 4A4G A; 1U06 A; 4Y28 E; 2A36 A; 3E9F A; 2LCS A; 2MAM A; 2YWW A; 4BI4 A; 3QYH B; 3LWH A; 1M27 C; 2J6F A; 1Q81 U; 2KR3 A; 1M2O A; 4OF1 A; 4K11 A; 1JQQ A; 3M0R A; 4YTL A; 5J3B A; 3MHX A; 1VA7 A; 2M9U A; 3CME Q; 2EQJ A; 3G6E Q; 2HMA A; 1D3B A; 3JB9 G; 2CP0 A; 2JXB A; 1CKB A; 3OY9 A; 3GNG A; 4L6V 5; 1SRM A; 2DYI A; 3QYG B; 3L2Z A; 4D8K A; 2P4R A; 1RAI B; 2DPP B; 3A8L B; 1VQK T; 3PVL A; 2MK5 A; 2HKQ B; 3H8Z A; 1SPK A; 4BE2 A; 1AWW A; 3DLL A; 3DB4 A; 1UB4 A; 4E7J A; 1R0B G; 2EPD A; 1RAA B; 4J6X A; 3OYE A; 3CD6 A; 4ELY C; 4C8Q A; 1GL5 A; 3G1J A; 2PVG B; 5IHI A; 1KG1 A; 2AT1 B; 3ME9 A; 1QVP A; 4M77 E; 4OB0 B; 2GNC A; 1WHM A; 3REA B; 1M90 C; 3CC4 A; 5IHN A; 1UJY A; 4LE9 A; 3RKW A; 1JRI A; 1FMW A; 1M2V B; 3RIR A; 3ZEH A; 5LJ5 g; 4E6R A; 2E65 A; 4OMO A; 4LN2 A; 3OYF A; 1JXO A; 3NGP A; 1IGQ A; 2NYS A; 1M90 U; 3M5A A; 3OYM A; 4M75 A; 3CC7 A; 2AKL A; 1UG1 A; 3L42 A; 2DL7 A; 1KQ2 A; 3CQT A; 4M78 E; 4PJJ A; 3VRZ A; 4QQ6 A; 3E1S A; 2OTL Q; 3OYB A; 1WJQ A; 2KRM A; 5ECA A; 2QDL A; 3JCM P; 4R55 A; 2VGM A; 3QJ6 A; 2G6F X; 4L59 A; 2LCC A; 3NMZ C; 3GPL A; 4ESR A; 1OU9 A; 4KGX B; 3CCR T; 1BBZ A; 4FIB A; 1Y71 A; 4PJO E; 1BCO A; 4Z8A A; 1Q7Y C; 2KRN A; 1Z9Z A; 2CP5 A; 3NHN A; 2NUT A; 3CMA T; 5DY9 A; 1N6A A; 1RI9 A; 1GCQ A; 4PLL A; 3OYN A; 1SEM A; 1Q7Y U; 3CCE Q; 1I1J A; 3FB9 A; 2CP2 A; 1S72 A; 1YN8 A; 3L2Q A; 1NE8 A; 3I55 Q; 3M9Q A; 2FYK A; 2BIV A; 4E7K A; 1KHC A; 3LH5 A; 2I0N A; 2HDA A; 4N0A A; 1BIA A; 1BKB A; 2OAU A; 4PFO A; 4LDW A; 3H6Z A; 2WAC A; 2DL4 A; 4IUT A; 1OYX A; 2LTO A; 4HA8 A; 1VQ6 Q; 4AG2 C; 1BI2 A; 3LGL A; 3QZ5 B; 1BCM A; 2MOX A; 1WGS A; 2PTK A; 4B9W A; 2H3J A; 1PSF A; 5GAN 7; 3VYH B; 2YUQ A; 1YIJ Q; 5I11 A; 3FRN A; 4C5E A; 4J9F A; 1M8M A; 1TUG B; 3OYD A; 4PJN A; 1JJ2 P; 1PRM C; 4HCB A; 2E6Z A; 1Z9Q A; 1JJ2 A; 4M77 G; 3ASK A; 2FPF A; 2VUB A; 2M0O A; 1OEB A; 2D1X A; 2Y4X A; 2YLB A; 1C0M A; 3LGF A; 5CQY A; 3PIO A; 4RTV A; 2FRY A; 1IHW A; 1UEC A; 4C5I A; 4LNP A; 2JMC A; 2LJ1 A; 2DIL A; 4X34 A; 3CD6 T; 4E7L A; 1YP5 A; 4Z02 A; 4F7U E; 1EZZ B; 3M4G A; 1YJN Q; 1YWO A; 1X75 C; 2K3B A; 5GAN 3; 2L3R A; 4M78 G; 1NZ9 A; 1YJ9 A; 4PJO D; 4EPC A; 3CC4 T; 2C0T A; 4ZGD B; 2KE9 A; 1M2V A; 1K73 R; 3OYI A; 2MF2 A; 1YJW Q; 1WHG A; 1IZ6 A; 2F2W A; 5GAN j; 2QQR A; 2M0Y A; 1MV0 B; 2LCL A; 4QVZ A; 2YLC A; 3CC7 T; 1ZBJ A; 3VS1 A; 2CS7 A; 5KYW B; 4PJO G; 2E41 A; 1PRL C; 1PSE A; 2K5L A; 4JLG A; 3VRY A; 3KFV A; 2DF6 A; 4P5N A; 4XTX A; 7AT1 B; 2PNI A; 5C0M A; 2RM4 A; 3HKS A; 2JW4 A; 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1C6V X; 2DVJ A; 2K6D A; 1W2B S; 1N8R C; 2FEI A; 4OB1 B; 1S72 Q; 3M55 A; 1HXD A; 2K3Y A; 1G3Y A; 3QPH A; 2YRC A; 1LCK A; 2E3H A; 3HFO A; 1YI2 Q; 2QGF B; 5KYW A; 2CZ0 B; 4DBH A; 1N8R U; 3A8H B; 2X4W A; 3M4Y A; 1RAH B; 3UPU A; 2CKK A; 5GMK i; 4CI0 C; 2E5Q A; 1BYM A; 4D6W A; 4IUP A; 3REB B; 4JRI A; 2AKK A; 1OX9 A; 3QII A; 3FJP A; 3RDV A; 5FU6 C; 4Y92 A; 4B6M A; 2E3I A; 3CBP A; 2HQE A; 2QA4 A; 4PJL A; 2EIF A; 2KYB A; 3TU4 K; 5CAI A; 1TUC A; 2PUK B; 4J6W A; 5LJ3 j; 4OGC A; 1PWT A; 1KD1 U; 1LOJ A; 1ZA2 B; 4XTU A; 1NYF A; 1OI1 A; 4LDU A; 4QQD A; 4FM4 B; 4PFP A; 1VQ5 A; 3CCL T; 2JS2 A; 2BE9 B; 4QVD A; 4M7D B; 1WJR A; 4WCI A; 2D6F A; 1VQ8 A; 4C8Q D; 2X4Y A; 1UGP B; 3PMT A; 5CO7 A; 4OB3 B; 2YDL A; 2JJ9 A; 1HYO A; 3MPU B; 1GFC A; 1Y07 A; 4GBQ A; 2YUN A; 3QZ9 B; 4RCC A; 5D6X A; 3BDL A; 1I5L A; 4ME7 A; 1YJ9 Q; 3M53 A; 1JO8 A; 1LJO A; 4JDS A; 2DRM A; 1IRE B; 4C5G A; 4C8Q G; 4M75 D; 2K2V A; 1T3S A; 2O88 A; 5GAO r; 4ORZ A; 4ZNX A; 2K79 A; 5KYY B; 1NEG A; 3G4S Q; 3UF4 A; 5FWC A; 4DOV A; 4KGV B; 2R57 A; 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