The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
QGPHMALRKEAERQALAQLEKAKTKPVAFAVRTNVGYNPSPGDEVPVEGVAITFEPKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEVGFIPSPVKLDSLRLLQEQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the voltage-gated calcium channel Cav1.1 at 3.6 angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Oryctolagus cuniculus
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| total genus |
24
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| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZUK A; 1K76 A; 3H41 A; 2OAW A; 2LQW A; 5IXB A; 2LNH B; 1WLP B; 2AKK A; 2DNU A; 1N5Z A; 5EC7 A; 2JS2 A; 2L3Q A; 5GJV B; 1UJ0 A; 1PHT A; 4AG2 C; 2X3W D; 2O9S A; 3UA6 A; 2YUQ A; 1ZX6 A; 2VWF A; 2EYW A; 2C0T A; 1I1J A; 4OMN A; 4HXJ A; 2JXB A; 3REB B; 2A28 A; 2JT4 A; 4D8D A; 1T3L A; 2FO0 A; 1X43 A; 1G83 A; 5ECA A; 4ESR A; 1CSK A; 1VYU A; 3CQT A; 2P4R A; 4JPB W; 1QLY A; 1YNZ A; 4LNP A; 2EGE A; 2HBW A; 2RN8 A; 3TSZ A; 2DL8 A; 2I0N A; 1X6B A; 2OI3 A; 1NYG A; 1UFF A; 2JMA A; 1UHC A; 2JS0 A; 2F2W A; 2KEA A; 4LE9 A; 2PZ1 A; 3VS3 A; 1UE9 A; 3NHN A; 2DE0 X; 1B3Q A; 1GL5 A; 1RLP C; 2J05 A; 1VYT A; 1EFN A; 1AWX A; 2DL3 A; 5GJW B; 1X69 A; 4AG1 C; 1S1N A; 2KXD A; 1WI7 A; 4LN2 A; 3ZL7 C; 1HSQ A; 1Z9Z A; 4RTW A; 1GCP A; 1OV3 A; 1IO6 A; 1UEC A; 2KRO A; 2L2P A; 3VS4 A; 2JTE A; 1V1C A; 1KFZ A; 2KGT A; 2JW4 A; 2CUB A; 3VS5 A; 1PRM C; 1H8K A; 2DMO A; 1M27 C; 2QDL A; 1UJY A; 2LQN A; 1YWP A; 1W1F A; 2EQI A; 4RTU A; 2O88 A; 2YT6 A; 3VRZ A; 1W6X A; 2BZX A; 2J06 A; 2FPE A; 2SEM A; 2NWM A; 3NPF A; 2RQR A; 1X2Q A; 3GBQ A; 1AWW A; 3M0R A; 4J9F A; 4GBQ A; 1OPK A; 4AFS C; 2MOX A; 2F2X A; 5IHI A; 2FG0 A; 1OPL A; 2F2V A; 2AK5 A; 2DRK A; 2DBM A; 3O5Z A; 2GTO A; 1T0H A; 2GTJ A; 5IH2 A; 2AKL A; 1OEB A; 2CSQ A; 1WDX A; 4RTZ A; 2ED0 A; 1KSW A; 3EG2 A; 3IQL A; 4KRT A; 1ZBJ A; 2ROL A; 4HVU A; 4RTV A; 1SRM A; 2KRM A; 2C0I A; 2IIM A; 2GBQ A; 2FEI A; 3R6N A; 2KE9 A; 1NG2 A; 2ECZ A; 4RTY A; 2LZ6 B; 3VS6 A; 4E6R A; 2YUO A; 1W70 A; 1PKT A; 2EW3 A; 1AVZ C; 2FRY A; 3FJ5 A; 3M0S A; 2MCN A; 2A37 A; 1SSH A; 1E7O A; 1ZUY A; 4RUG A; 3I35 A; 3UAT A; 1NYF A; 2CDT A; 2ENM A; 3M0P A; 3I9Q A; 2CSI A; 2KBT A; 2KNB B; 4M4Z A; 2RF0 A; 1WYX A; 2FRW A; 2DIL A; 2FPD A; 3QWX X; 3UA7 A; 1B07 A; 1SRL A; 5IHK A; 2D8J A; 1UTI A; 1UDL A; 2W0Z A; 3EHQ A; 5IHN A; 4AFZ C; 1AZE A; 2AZS A; 4HVV A; 1VA7 A; 2EKH A; 4CC2 A; 1X27 A; 1RLQ C; 3I5S A; 2J6F A; 2KR3 A; 4OMP A; 2GNC A; 2VVK A; 2DL4 A; 3VS7 A; 2CH4 A; 3NMZ C; 1GRI A; 2RQT A; 3LH5 A; 1UHF A; 4X1V A; 1NLO C; 4IIM A; 1TUD A; 1ZSG A; 2ABL A; 3H0H A; 1UUE A; 1GFD A; 1G2B A; 1ZUU A; 2NUZ A; 1WXT A; 2K9G A; 1CKB A; 4F16 A; 2DX1 A; 3REA B; 1K4U S; 3C0C A; 2KYM A; 2DA9 A; 1NEB A; 1SHG A; 4D8K A; 3RNJ A; 1YN8 A; 2VKN A; 1HJD A; 3VS0 A; 1LCK A; 1I0C A; 2PTK A; 2DM1 A; 4OML A; 4ZNX A; 1MV0 B; 2YDL A; 2DL5 A; 2G6F X; 2DBK A; 2DF6 A; 4JJB A; 4K11 A; 1SHF A; 4CC7 A; 4OMQ A; 2DRM A; 1I07 A; 2KRS A; 3KFV A; 2JM9 A; 1Y0M A; 1YWO A; 2RMO A; 4LUD A; 3EHR A; 1OOT A; 3SHW A; 2W10 A; 2GQI A; 2K2M A; 4J9H A; 3M0U A; 3UF4 A; 2FPF A; 4JJD A; 2O31 A; 1HD3 A; 3EGU A; 1ZLM A; 3RBB B; 4CC3 A; 2D0N A; 1H3H A; 4DEY A; 1ABQ A; 3TVT A; 1FYN A; 2HCK A; 3H0F A; 2J7I A; 1E6H A; 2L0A A; 4J9G A; 2LX7 A; 1QCF A; 2O9V A; 4JZ4 A; 4F14 A; 5I11 A; 4FSS A; 2LP5 A; 1JU5 C; 2L3P A; 1J3T A; 1PRL C; 1GBR A; 1K9A A; 1WFW A; 1MV3 A; 1UG1 A; 1JO8 A; 1X2K A; 2LMJ A; 1FMK A; 1VYV A; 1YP5 A; 2EPD A; 2MIO A; 2K3B A; 2DYB A; 3EG3 A; 3VRY A; 1AWJ A; 2LJ0 A; 2KXC A; 2LJ1 A; 1YCS B; 3NGP A; 2HDA A; 1WA7 A; 2EBP A; 4OMM A; 5I22 A; 2O2O A; 1BU1 A; 1A0N B; 2CUD A; 2RQV A; 2RQU A; 2M0Y A; 2ROT A; 2D1X A; 2AZV A; 3ULR B; 1QKW A; 4F17 A; 1T0J A; 2EYX A; 3JV3 A; 4J9B A; 1SPK A; 2SRC A; 3U23 A; 1Y57 A; 2K7A A; 2E5K A; 3QWY A; 1M3B A; 2B86 A; 3PVQ A; 2RPN A; 2DLP A; 4EIK A; 2V1R A; 3A98 A; 1M3C A; 2CT3 A; 2KRN A; 2A36 A; 2DJQ A; 5IXF A; 1WXU A; 1NM7 A; 2CRE A; 4Z88 A; 3M0T A; 2GGR A; 2A08 A; 2J6O A; 4HCK A; 1AOJ A; 2X3X D; 1BBZ A; 5FWC A; 4J9D A; 4J9I A; 1RI9 A; 2H8H A; 2LCS A; 4GLM A; 1Z9Q A; 1BK2 A; 1X6G A; 1MUZ A; 1RUW A; 2BTT A; 2YUP A; 1U5S A; 1KIK A; 1AEY A; 2J6K A; 3EG0 A; 2K6D A; 1M3A A; 1H92 A; 1U06 A; 2D8H A; 1WIE A; 2DL7 A; 1XOV A; 1TG0 A; 4AFQ C; 3SEM A; 4ORZ A; 5L23 A; 2C0O A; 2RQW A; 1K1Z A; 2KYB A; 2HEQ A; 1TUC A; 3M0Q A; 1SEM A; 5HCK A; 1M8M A; 1KJW A; 4JJC A; 1AZG B; 2DVJ A; 2ED1 A; 2YSQ A; 2CT4 A; 3THK A; 1AWO A; 4JZ3 A; 2XMF A; 4HVW A; 1GBQ A; 1QKX A; 1PNJ A; 1JEG A; 1JQQ A; 1NEG A; 4RTT A; 4IIO A; 4J9C A; 2EYZ A; 1QWE A; 2JMC A; 5FW9 A; 3TSW A; 4Z89 A; 4R0K A; 1BB9 A; 1AD5 A; 4J9E A; 2EYY A; 1GCQ A; 2YUN A; 1NLP C; 4OMO A; 1K0S A; 2PNI A; 4Y92 A; 2M51 A; 1K0X A; 1ARK A; 2V1Q A; 1GFC A; 4LUE A; 1M30 A; 3I5R A; 1JXO A; 1ABO A; 1UGV A; 2EVR A; 1PKS A; 2KT8 A; 4DEX A; 1CKA A; 3H0I A; 4AFU C; 2K79 A; 2RNA A; 3VS1 A; 4CC4 B; 4Z8A A; 4RTX A; 2LJ3 A; 2ESW A; 1QWF A; 2BZY A; 1JXM A; 1GCQ C; 4WCI A; 1T3S A; 2JM8 A; 1E6G A; 2L3S A; 2CH4 W; 3PE0 A; 1WX6 A; 3PVL A; 2EGC A; 4QT7 A; 5FWB A; 2EGA A; 2BZ8 A; 2OJ2 A; 2KT1 A; 1PWT A; 1U3O A; 4A63 B; 1WXB A; 2HSP A; 3VS2 A; 3EG1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZAE A; 2OAW A; 1ZA1 B; 2X4W A; 3CCM T; 1OUL A; 2MWP A; 2HD0 A; 2DNU A; 1YI2 A; 5GMK l; 3LX7 A; 4N4G A; 4MDX A; 4OB1 B; 1MHN A; 2O9S A; 2DD5 A; 3G71 T; 2X51 A; 3OMC A; 1ZX6 A; 4M7D G; 1I1J A; 4OMN A; 1Q7Y C; 4ZGD B; 2YRD A; 1I8F A; 2QXF A; 2A28 A; 2L3R A; 2JT4 A; 3L2R A; 3V7R A; 2VXF A; 1K9M C; 1OI1 A; 1G83 A; 4ESR A; 3QDF A; 3HHT B; 3KXT A; 5GMK i; 1VYU A; 3CQT A; 3H8Z A; 4JPB W; 3CC7 T; 1ZSZ B; 1HYO A; 4M7D C; 2EGE A; 2HBW A; 3TSZ A; 1UEB A; 3QJ6 A; 1KD1 U; 1VQ9 A; 4C5I A; 2YRV A; 3LLR A; 3CC2 Q; 3RIR A; 1KQ1 A; 2RD1 A; 4L5G A; 2JS0 A; 3CCR A; 1N9R A; 3VS3 A; 1UE9 A; 4M78 F; 2QK0 A; 4F04 B; 1EFN A; 4XTV A; 5GJW B; 4M75 B; 2P0K A; 3CCQ Q; 4AG1 C; 1WI7 A; 3ZL7 C; 1QCN A; 2ZZD A; 4KGX B; 1KQS P; 4XTW A; 4NL2 A; 2L2P A; 4IUQ A; 2DK3 A; 4N4I A; 3I55 Q; 2CGH A; 1LJO A; 2CUB A; 3VS5 A; 1I5L A; 1M27 C; 4EMK C; 1ZSZ A; 3OS2 A; 4HT9 A; 3CME Q; 4RTU A; 5GAN 8; 4C5G A; 2J06 A; 2MF2 A; 4FL6 A; 4JJN K; 5GAO r; 3OYN A; 4B9W A; 3BE3 A; 3GBQ A; 3CCV A; 1N9S A; 1VQ6 T; 1Y96 B; 1OPK A; 1VQP Q; 5IHI A; 2FG0 A; 2F2V A; 4M75 A; 5GAO l; 5CR2 A; 4QVC A; 1T0H A; 1H3Z A; 3UT1 A; 1OEB A; 3DLL A; 3VV0 A; 1KSW A; 5LJ3 e; 2HKN A; 2MPX C; 4KRT A; 1KQS S; 4O6J A; 2D0Q B; 3M54 A; 1I81 A; 1ZQ1 A; 4Q5W A; 2GBQ A; 2QAZ A; 2LZ6 B; 3OS5 A; 1WZO A; 2E3H A; 4RTY A; 1W70 A; 1PKT A; 1M1K R; 2EW3 A; 3VU3 C; 2MCN A; 2A37 A; 3CEY A; 5GMK e; 1Y96 A; 3I35 A; 4M77 D; 3UAT A; 3M0P A; 2G3R A; 1H64 1; 1VQL A; 3MEV A; 2M02 A; 2L5Q A; 2RF0 A; 2V8K A; 1WYX A; 1JRI A; 2E3I A; 3CBM A; 4EMK B; 4HKE A; 3E1S A; 1RAC B; 5IHN A; 3JCM J; 3MPU B; 2RI2 A; 3JCM c; 2HL3 A; 4HVV A; 2OTJ T; 1X27 A; 1RLQ C; 3M5A A; 1M1K U; 3I5S A; 2RH2 A; 2KSS A; 1OZ3 A; 1JBM A; 3OYM A; 2CH4 A; 3NMZ C; 3LH5 A; 3QJY A; 1YJW T; 5GAN 5; 1NLO C; 1ZSG A; 2MK5 A; 3H0H A; 1EX4 A; 2F5K A; 4JUV A; 1G2B A; 1ZUU A; 1Y7X A; 3QG1 A; 2DX1 A; 3REA B; 4EMK A; 2PUO B; 3C0C A; 1PC0 A; 4M7D D; 2DA9 A; 1WJQ A; 2K2V A; 3QII A; 1NJI R; 3RNJ A; 2QG9 B; 1G3W A; 1YN8 A; 5C0M A; 1HJD A; 1LCK A; 1I0C A; 5CVI A; 2GQV A; 1JB0 E; 2VXE A; 3T9N A; 4CI0 C; 1M4Z A; 1QMC A; 2LQK A; 1VQ4 A; 3KFV A; 1VQK A; 2K57 A; 2JM9 A; 3PT9 A; 3QUI A; 3EHR A; 3RKW A; 1NJI U; 3JCM d; 1O9S A; 2VGM A; 1KD1 C; 1ZLM A; 2DXU A; 5J26 A; 5KYU B; 1YI2 Q; 5HY6 A; 4FIB A; 2D0N A; 4FW1 A; 2QEX T; 3EFS A; 5FU6 C; 4BE0 A; 2LX7 A; 1QCF A; 2O9V A; 4FSS A; 2LP5 A; 2VUB A; 4TVR A; 3DB4 A; 2CP7 A; 3OSV A; 1YHQ T; 1GBR A; 5GAN d; 3JB9 G; 5D6X A; 1K9A A; 1BI0 A; 1WFW A; 1BIB A; 1FWZ A; 4DOV A; 2ZPF B; 4C92 D; 3BFM A; 3OYC A; 1KQS A; 2EQK A; 1NPP A; 2LQ8 A; 5GAM e; 4C0D B; 2DYB A; 4FYX B; 1AWJ A; 5KYU A; 2KXC A; 2DAQ A; 1YCS B; 2HBP A; 4XTY A; 3CD6 T; 2QYZ A; 2VAS A; 1G3T A; 1WHM A; 1VQ9 Q; 4F7U F; 3RKX A; 3FC3 A; 1PD1 A; 2FHD A; 3JCM h; 4OP0 A; 3OBW A; 2RHZ A; 2RQU A; 1IHV A; 1VQO A; 2VV5 A; 1QKW A; 1Q81 R; 4F17 A; 3G1J A; 3JV3 A; 4M77 E; 5CK9 A; 2DIG A; 4PLI A; 4A54 A; 3L2U A; 1WJR A; 2RPN A; 3A8L B; 4BB7 A; 1RAF B; 4O5V A; 5D7U A; 4XTZ A; 3A98 A; 4C8Q D; 2DJQ A; 1Q86 R; 2V26 A; 2AIR B; 4PJL A; 1WXU A; 1VOM A; 4J6W A; 4Z88 A; 5GAN h; 3EG9 B; 2J6O A; 4L59 A; 4HCK A; 1BBZ A; 2HSE B; 2H8H A; 2LCS A; 3HFN A; 1Q81 U; 1UGS B; 1MUZ A; 2LTO A; 3HRU A; 2YUP A; 1U5S A; 1KIK A; 3M55 A; 1AEY A; 1IXD A; 3GIB A; 3CCJ A; 2DXT A; 2OTL T; 3GPL A; 2CZ7 B; 3LH0 A; 2HNI A; 1Q86 U; 4ORZ A; 4JRP A; 4M7A G; 2YLB A; 4II1 A; 4M7D E; 4Y28 E; 3EG9 A; 1M1K C; 2HEQ A; 3HSB A; 1QP3 A; 3NTH A; 1TUC A; 3OSS C; 1WHH A; 5HCK A; 1U8R A; 1M8M A; 2ED1 A; 1VQ6 A; 2LT1 A; 3SB2 A; 2YSQ A; 4M7A C; 2NLU A; 3QYH B; 3C12 A; 3VYG A; 3S6W A; 1TSF A; 1GBQ A; 2F69 A; 3JSC A; 4BE2 A; 5LJ5 e; 3OYJ A; 5GMK m; 4RTT A; 2V8J A; 4IIO A; 5GAO q; 3CXC P; 3CCR T; 4J7I A; 2EWN A; 1K0X A; 4PJO G; 3X26 B; 3QBY A; 4LUE A; 3SWN B; 1NE8 A; 3I5R A; 2P4T A; 4A4K A; 2MI6 A; 2JUF A; 5CAI A; 1MMA A; 4V2S A; 4A4H A; 3VKI A; 2L8D A; 4CC4 B; 1QWF A; 4EMG A; 4A4F A; 2YXY A; 4JRK A; 4C92 E; 4PJO C; 1NJI C; 5LJ3 d; 2LX9 A; 1C6V X; 1T3S A; 3FDR A; 3EH2 A; 2ZPE B; 1E6G A; 2JN0 A; 3CCV T; 3HRT A; 4EDU A; 2OTJ A; 3PE0 A; 5FWB A; 2WSE E; 4RG2 A; 3JB9 D; 1Q95 G; 4P5N A; 3CXC S; 3HRS A; 3SWN A; 4FYV B; 1AHJ B; 5I2M A; 1LPL A; 5IAY A; 3DKM A; 4RKU E; 4M7A B; 3LGF A; 2RI3 A; 2LQW A; 5GAN 7; 5IXB A; 1N5Z A; 5EC7 A; 2JS2 A; 4KH0 B; 2DD4 A; 1WHL A; 2X3W D; 4C8Q E; 2YUQ A; 2HKQ B; 2VWF A; 2EYW A; 1C1A A; 5J3B A; 3G4S T; 2JXB A; 1VQL T; 2DET A; 2E41 A; 2X4J A; 3CCS Q; 4D8D A; 2DVE A; 5GAO m; 1X43 A; 2HQE A; 4M7A A; 2KI7 A; 5ECA A; 1UGR B; 3JCM f; 1R0B G; 2P4R A; 5A0D A; 4BDZ A; 5KYN A; 1QLY A; 1JJ2 P; 1M90 R; 4PJO B; 3CCM Q; 2RN8 A; 3C95 A; 3M4G A; 5GMK h; 3LW5 E; 2OI3 A; 4MZP A; 1VQ7 T; 4XAX B; 1NYG A; 1UFF A; 4BY6 B; 2M1H A; 2JMA A; 2QEX A; 2P0P A; 1UGP B; 3CC4 A; 2DPP B; 5KYX B; 1RLP C; 1Q81 C; 2J05 A; 1VYT A; 1F1B B; 2DL3 A; 1S1N A; 2JZ2 A; 2DYI A; 4PL6 A; 1OV3 A; 3GLX A; 2KRO A; 4E7I A; 1V1C A; 1KFZ A; 2CP5 A; 4GLK A; 4BD3 A; 2K4Y A; 1Q82 U; 1Q86 C; 4PJO A; 2LQN A; 1YWP A; 1W1F A; 2CYZ B; 4DOW A; 2O88 A; 2YT6 A; 3OW2 P; 5GAN 3; 2JTF A; 2BZX A; 1IGU A; 4ME7 A; 2DJZ A; 4DQ2 A; 3NPF A; 2XI9 A; 3G6E A; 1N8R R; 1VQ4 T; 9ATC B; 3JCM b; 3M0R A; 1D1A A; 3WXM B; 4J9F A; 3V7C A; 4EMH A; 1VQK T; 5KYX A; 4GBQ A; 3M56 A; 3A8G B; 1IRX A; 1OPL A; 4A4G A; 4FW2 A; 1ZSZ C; 1WHJ A; 3O5Z A; 4M75 G; 5A2Q E; 1KHC A; 1G3S A; 5AYF A; 2DTI A; 2KDS A; 3WVE B; 2AKL A; 2DEQ A; 3Q1J A; 5GAM d; 1WDX A; 2ED0 A; 4C0G A; 3EG2 A; 3IQL A; 4HVU A; 1D0X A; 1IHW A; 3CXC A; 3ASK A; 3R6N A; 1N8R U; 2ECZ A; 1ZA2 B; 1OX8 A; 1OYX A; 2F5T X; 1UB4 A; 3CMA A; 2K3X A; 3M0S A; 4M75 C; 3OYL A; 1E7O A; 1ZUY A; 3MO8 A; 3OW2 S; 1PSF A; 3ZBD A; 4RCB A; 3RER A; 1TH7 A; 3I9Q A; 2ZPI B; 2KBT A; 4M4Z A; 4M78 G; 3TCJ A; 1VQ6 Q; 2RJC A; 4RG8 A; 3NFC A; 2OTL A; 2DIL A; 2FPD A; 3QWX X; 3MCA B; 1SRL A; 2D8J A; 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