The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Splicing
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| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
9
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| structure length |
75
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| sequence length |
83
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| chains with identical sequence |
p
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E1H A; 2E65 A; 1X01 A; 2RB6 A; 3EFR A; 3V7R A; 4M7D D; 4M7D F; 4M77 A; 5GMK m; 4M7A F; 5GMK e; 2RD1 A; 3PGG A; 3QO3 A; 5GAN 8; 4M78 E; 4RCB A; 4F7U E; 3BY7 A; 4EMG A; 5LJ5 d; 3JB9 G; 5GMK j; 3QHS A; 4PJO D; 1JBM A; 4M77 B; 2DTI A; 4J6W A; 5LJ3 d; 5GAO m; 1WQW A; 2YLB A; 4JRI A; 3INZ A; 5CAI A; 1Y96 A; 2RM4 A; 3JCM W; 4MMK A; 4M77 C; 4C8Q G; 4XU2 A; 3JCM d; 1I4K 1; 2EJF A; 3BW1 A; 4C92 A; 3V7C A; 5GAN d; 2E41 A; 5GMK i; 3BDU A; 1M5Q 1; 4JLI A; 4XQ3 A; 3V8K A; 1Y96 B; 1KQ2 A; 5GAN 2; 1BIB A; 2DZC A; 2DXU A; 2VC8 A; 3V7S A; 4M75 B; 4C8Q E; 4C92 B; 5LJ3 h; 4M77 F; 1N9S A; 5GAN 3; 1I81 A; 4N0A C; 4C92 C; 1MGQ A; 4PJO E; 4OP0 A; 3L2Z A; 1HK9 A; 4M78 G; 4F7U G; 3JCM c; 2DTH A; 3RUX A; 5I21 A; 4J6Y A; 4MML A; 4XTV A; 5GAM h; 4M7A D; 4C8Q A; 5LJ3 j; 1TH7 A; 2YHT A; 3QSU A; 4XTU A; 4M75 F; 4C92 F; 5GAN 4; 2CGH A; 5GAM e; 4XTY A; 3JCM J; 3SB2 A; 2VXF A; 4EMK A; 3BFM A; 3SWN C; 4M7D G; 5GAM j; 2DZ9 A; 4N0A A; 1WNL A; 4M7A G; 1KQ1 A; 2E10 A; 1D3B A; 2K57 A; 2DJZ A; 3JCM V; 4C8Q C; 2DXT A; 3AHU A; 4M78 A; 5DY9 A; 4F7U A; 4M7D E; 4PJO G; 3RIR A; 1WPY A; 5LJ5 h; 3JCM b; 1LOJ A; 4J6X A; 4NL3 A; 4JUV A; 3JCM X; 4M7A E; 4EMK C; 4M77 D; 3RKX A; 4X9C A; 3JB9 J; 2DTO A; 5GAN 5; 3JCM Q; 2FB7 A; 4PNO A; 3RES A; 4XU1 A; 4F7U B; 5LJ5 e; 5GAN h; 3JCM h; 3JB9 I; 1N9R A; 3HFN A; 5GAO p; 1BIA A; 5LJ3 e; 3SWN A; 4M78 C; 2QTX A; 5GMK l; 4QVD A; 2E64 A; 3FB9 A; 1HXD A; 5LJ5 j; 4M7D A; 1U1T A; 5GAN e; 3JCM e; 2HNI A; 4EMH A; 4V2S A; 4M7A A; 3RKY A; 4M75 D; 1H64 1; 3RKW A; 4C92 D; 2JN0 A; 3SWN B; 5GAO l; 4NL2 A; 5GAM g; 5GAN j; 2EAY A; 1LNX A; 4HA8 A; 4J5Y A; 4PJO A; 3VU3 C; 2I2L A; 4M78 F; 4C8Q B; 4F7U F; 4XTW A; 5GAN 7; 4M77 E; 1YCY A; 5GAN 6; 4M7D C; 5GAM f; 2EJ9 A; 4M7A C; 1WQ7 A; 5GAO n; 3FJP A; 5GAO r; 4M75 G; 4PJO B; 4EMK B; 3V8L A; 3JB9 D; 3JB9 F; 1I5L A; 1B34 A; 4WF2 A; 4A53 A; 2DEQ A; 5GMK h; 3M4G A; 4QVC A; 4PJO C; 4HT8 A; 3JB9 H; 1D3B B; 2Y90 A; 2EJG A; 3FIF A; 4XTX A; 4XTZ A; 4M75 E; 5GAO q; 4C92 E; 4C8Q D; 1LJO A; 4XU0 A; 4C8Q F; 4M78 B; 5LJ5 g; 1B34 B; 5LJ3 g; 3L1A A; 4NOY A; 1U1S A; 3RER A; 4PJO F; 2DVE A; 4Y91 A; 5GAN g; 3JCM g; 4A54 A; 5LJ5 f; 3GIB A; 4HT9 A; 2FYK A; 2YLC A; 4M77 G; 4RCC A; 4X9D A; 5LJ3 f; 3V8J A; 4M75 A; 1I8F A; 2ZGW A; 4M7D B; 5GAN f; 4M78 D; 3JCM f; 4JRK A; 1M8V A; 4M7A B; 2DKG A; 2VXE A; 2RA2 A; 5GAM d; 3HSB A; 4DQ2 A; 3QUI A; 3EFS A; 4C92 G; 2EWN A; 3HFO A; 1JRI A; 4M75 C; 4XU3 A; 3JCM P; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S3N A; 4GLM A; 2RHI A; 3CEY A; 1M2V A; 1ZA1 B; 2BUD A; 3L2W A; 4BE2 A; 2DMO A; 4X1V A; 2JUF A; 4FT4 A; 5CAI A; 5GAN 2; 1YJ9 T; 5CCA A; 1NPR A; 4J7F A; 2DXU A; 2KYM A; 1SEM A; 2WSC E; 3M0S A; 4OB1 B; 1M3A A; 5GJV B; 3I56 Q; 2GQV A; 1VYV A; 2V8I A; 3OYJ A; 4XTV A; 2MWP A; 3L2R A; 3HL8 A; 2J6O A; 2D0Q B; 2B8A A; 3MCA B; 5EC7 A; 2NUT A; 3E9G A; 4Z88 A; 4A4H A; 3LW5 E; 4QVZ A; 1WNL A; 2JS0 A; 4C8Q C; 1M1K C; 1VQP A; 2E6N A; 1RI9 A; 1R8O B; 4BAC A; 2DBM A; 2FPD A; 3ZL7 C; 3QWX X; 3CCE Q; 4B6M A; 3RMQ A; 1VQK Q; 1WHH A; 2HNI A; 4M75 D; 2NUP B; 3KFV A; 2K4Y A; 2DRK A; 3M0U A; 1TUG B; 4B9X A; 4JJD A; 3JB9 F; 2HQE A; 1MV3 A; 3VS6 A; 2KRO A; 2I0N A; 3JSC A; 3UA6 A; 1K8A U; 3CC4 A; 1FMK A; 5CKF A; 4DBF A; 1KHC A; 2DFU A; 3HRT A; 1K1Z A; 4X9D A; 3QKJ A; 1K73 U; 1Z9Q A; 4M78 D; 2Z0W A; 1YI2 Q; 1ZUK A; 2DBK A; 4LD9 K; 1CKA A; 1WFW A; 3QJ6 A; 1K9A A; 3JCM P; 2E65 A; 1QKW A; 3EFR A; 4RKU E; 1NJI U; 5AYF A; 4IKF A; 1GFC A; 1BCM A; 5KE3 A; 2EGA A; 5CVI A; 2DTI A; 2JMC A; 2M02 A; 1QVG A; 1G3W A; 2F5K A; 4XU2 A; 1I4K 1; 3M0P A; 3CMA Q; 1NLO C; 1S1N A; 4MDW A; 2R5M A; 1I81 A; 1I0C A; 5D7U A; 1YBY A; 4N4I A; 4RTW A; 2JW4 A; 2HQX A; 4QQG A; 4CC2 A; 3VYH B; 1V76 A; 1M3B A; 5GAN 4; 3EGX B; 2OTL A; 3H0F A; 4ZGE B; 2ZPF B; 1PHT A; 3SB2 A; 2A28 A; 1XJW B; 3REA B; 3OMG A; 2EYX A; 4R56 A; 1W2B A; 1FX7 A; 4E7S A; 4JUV A; 2HSE B; 3L2U A; 2C0O A; 4LUD A; 1YI2 T; 4XU1 A; 5ECA A; 4J9H A; 3PIO A; 3GPL A; 3CC7 T; 4HVW A; 4RTY A; 2RJC A; 3A8O B; 1TWB A; 2LMJ A; 4VUB A; 4HA8 A; 3HRS A; 3JRZ A; 1YCY A; 1X6G A; 3KBG A; 4LD6 A; 4RTX A; 4JJC A; 3OYD A; 4UC4 A; 1QVG P; 2QEX Q; 1W1F A; 4FYX B; 1K9M U; 2FVU A; 4C92 E; 1Q81 R; 3CMA T; 2K5F A; 3CD6 A; 1GCQ C; 1GFD A; 4BE1 A; 2EGE A; 2KGT A; 1D0Y A; 2HDA A; 2YLC A; 3NPF A; 4AG2 C; 1I5O B; 2LQ8 A; 5GAN f; 1M8V A; 3CCL A; 2NLU A; 2BZ8 A; 2FRY A; 1YIT A; 4M75 C; 3UPU A; 2RB6 A; 3X28 B; 4M7D F; 4M7A F; 4XK8 E; 4F7U E; 3CCJ A; 5LJ5 d; 1WLP B; 1SPK A; 1KD1 R; 4C8Q G; 4B9W A; 2CP7 A; 1BIB A; 2EYZ A; 1BBZ A; 1NEB A; 3PIP A; 3L2Z A; 3RR6 A; 2DTH A; 4NS5 A; 3VKI A; 2QEX T; 4ELY C; 3FLG A; 1W70 A; 1TS9 A; 1PSE A; 2CZ6 B; 5FWC A; 2O4X A; 1OX8 A; 1M2V B; 4EMK A; 4LDX A; 2MYS A; 3OYB A; 3CCS A; 3AHU A; 5HY6 A; 3F70 A; 4ZN3 A; 3OS2 A; 1U8R A; 5I11 A; 5LJ5 e; 2P0P A; 3EG2 A; 1Q82 C; 2ROT A; 4ORZ A; 2K2M A; 3CPW P; 1UEB A; 5CIU A; 2CDT A; 1CKB A; 2JTF A; 3TEE A; 2P0Q A; 1H3H A; 4CRI A; 1AWX A; 2GFA A; 3RMS A; 1Y71 A; 1W6X A; 2NUT B; 3THK A; 5L8R E; 2PTK A; 4QT7 A; 5GAO n; 4PJO B; 2LCS A; 3JB9 D; 1X69 A; 4IUT A; 2DEQ A; 4PJO C; 2EJG A; 1LJO A; 1ZQ1 A; 1D1B A; 4FW2 A; 1T3S A; 5LJ3 g; 2HQH A; 2X9H A; 2E3I A; 1WGS A; 1D09 B; 1OQK A; 3G6E Q; 1B7T A; 2OTJ A; 1T3L A; 1A0N B; 1QVG S; 4PJL A; 3OYE A; 5HK3 A; 2XMF A; 4PKC C; 2ZPB B; 5GMK m; 2QGF B; 2RK1 A; 4OMQ A; 4HKE A; 5HKC A; 4D8K A; 1JBM A; 2YSQ A; 3JV3 A; 2YLB A; 2DYI A; 2DET A; 1ZBX A; 2K5I A; 2E41 A; 1WHL A; 2E4H A; 3L2Q A; 1Y96 B; 3J80 E; 1X6B A; 2YUQ A; 1WXB A; 2CRE A; 1AOJ A; 1M30 A; 2RI5 A; 1RLP C; 1OUL A; 2DXB A; 2KNB B; 5GAM h; 4C8Q A; 4A63 B; 1VQN Q; 4C0Z A; 1QCO A; 4J9E A; 2DZ9 A; 5KYN A; 3X26 B; 2CT3 A; 1AD5 A; 1QCN A; 1WPY A; 2JXB A; 1LOJ A; 5KH6 A; 3E1S A; 1KD1 U; 5GAN 5; 3JCM Q; 4PNO A; 1RAH B; 3OSV A; 2KRS A; 2DL5 A; 1GBR A; 1YCS B; 1VQ5 A; 2CUB A; 4C0G A; 1UEC A; 4HVV A; 3HRU A; 2YWW A; 5GAO l; 2E5Q A; 1I1J A; 2F2V A; 5D6X A; 3QYH B; 3LH5 A; 1QP2 A; 4E2F B; 1VQO Q; 5CR2 A; 5GAO r; 4M75 G; 4PLL A; 2KMT A; 3EFO B; 2VKN A; 1NZ9 A; 2HL5 C; 4XTX A; 3LWI A; 2J6K A; 2CP3 A; 3PMI A; 3CPW S; 1YHQ Q; 4GBQ A; 1RAF B; 1B34 B; 1KQS A; 1U1S A; 2X35 A; 1WYX A; 1JB0 E; 1JQQ A; 2CH4 A; 3VS1 A; 4IIO A; 4F14 A; 3QJY A; 1Y07 A; 2CP0 A; 2DD5 A; 3P8H A; 1Q86 C; 3ZFJ A; 1VQN T; 2ZPG B; 1UGV A; 3EHR A; 3H8Z A; 1ARK A; 2EWN A; 2LT4 A; 1Q95 G; 1BB9 A; 4BDY A; 1XNI A; 4PJN A; 2DK3 A; 1ZHI A; 4M7D D; 2RQW A; 3NHN A; 2KRN A; 1H92 A; 1M90 U; 1M2O A; 3H41 A; 2EGC A; 5GMK j; 1M1G A; 4M77 B; 1H8K A; 1VQM Q; 4M77 C; 1NG2 A; 5GAN d; 1VQ9 A; 2QA4 A; 4XQ3 A; 5DM7 R; 2KR3 A; 4FYW B; 4C5G A; 5GAN 3; 5CQX A; 3S6W A; 4ZTF A; 1JXM A; 3EH1 A; 3J7A F; 3JCM c; 3MHX A; 2BIV A; 4J6Y A; 1ZLM A; 2H3J A; 4CC3 A; 3ER0 A; 5CO7 A; 1PNJ A; 3RDV A; 2RJE A; 2RQV A; 1VQL Q; 4PFO A; 4PJO G; 1MHN A; 1KIK A; 2GTJ A; 1VIE A; 4FYV B; 5IXB A; 3OYM A; 3VS7 A; 4OMO A; 3OYY A; 4F17 A; 2MIO A; 3RES A; 3DKM A; 3QYG B; 3JCM h; 3T9N A; 2M51 A; 4LNP A; 3OBW A; 2L3Q A; 2VGM A; 1JEG A; 1ZSZ B; 5GAN e; 5DLQ E; 2LX7 A; 3SEM A; 5GAM g; 3U23 A; 1ZSZ C; 2R5A A; 3A8M B; 2CT4 A; 4C0D B; 1VQM T; 2EJ9 A; 1GCQ A; 3M56 A; 2O9V A; 9ATC B; 1K8A R; 4EMK B; 4EPC A; 2EVR A; 4HCZ A; 1ZA2 B; 1MNE A; 1K73 R; 1VA7 A; 4Z89 A; 4PJO F; 1YJ9 Q; 2GNC A; 4RCC A; 5A2Q E; 4F04 B; 3M55 A; 1QVF A; 2OAU A; 4M75 A; 1NLP C; 2COZ A; 2E6Z A; 3HTR A; 3TSZ A; 2EQJ A; 1UJY A; 2A36 A; 1JXO A; 2DXC A; 4II1 A; 2MMP A; 1TUC A; 2YXY A; 3H0H A; 3KUF A; 4JRQ A; 2FEI A; 1TOV A; 1UE9 A; 4E47 A; 1LCK A; 2H8H A; 3PGG A; 5FU6 C; 2V1R A; 1B07 A; 1UUE A; 1SSF A; 4OVA A; 3FC3 A; 2RM4 A; 5CK9 A; 4MDX A; 2ENM A; 2L0A A; 4FIB A; 3HPW A; 4KBM B; 4DEY A; 4Q5W A; 4JLI A; 2NUZ A; 1ZBJ A; 2HMA A; 1SF9 A; 1C0M A; 1VQ6 Q; 2AZV A; 1PD0 A; 2HCK A; 2Y4Y A; 2DO3 A; 5LL6 S; 1K0S A; 3C95 A; 4L59 A; 1TH7 A; 1RAI B; 4CC4 B; 2HD0 A; 4IUV A; 3SWN C; 5GAM j; 4BUG A; 3QZ5 B; 3C0C A; 4JPB W; 1HYO A; 2DXT A; 2XG8 D; 4M7D E; 4E7L A; 2AKL A; 1S72 A; 3JCM b; 4M7A E; 1QVF P; 4HCB A; 3RKX A; 1U06 A; 2RI3 A; 2W10 A; 4Y28 E; 1HJD A; 2A7Y A; 2DL7 A; 3HFN A; 1YJN A; 4QVD A; 3CCM Q; 5I2M A; 4R0K A; 3CCL T; 4C92 D; 5EG2 A; 3OMC A; 4PJO A; 4C8Q B; 1K9M R; 1YIT T; 3SFM A; 5CKH A; 4MZP A; 2X4W A; 5I22 A; 5J3B A; 3D7S B; 1SKU B; 2RHZ A; 2YDL A; 3QZ9 B; 4PK4 A; 5IN1 A; 1VQ6 T; 2YUN A; 3G71 A; 2FPF A; 3JCM g; 3VYG A; 1KC8 C; 4M77 G; 1KHI A; 4F16 A; 1AWW A; 2CKK A; 2M0O A; 2DKG A; 1EX4 A; 1TG0 A; 2O31 A; 3EFS A; 2DPP B; 1T0J A; 4JS4 A; 2F69 A; 2KSS A; 1X01 A; 3A1P A; 3OYH A; 2C0T A; 4PLI A; 1YP5 A; 2M16 A; 4RCB A; 1PG5 B; 2B86 A; 1F1B B; 1Y96 A; 3CCS T; 5A0G A; 1N8R U; 3CCM T; 3V7C A; 3CCV A; 1BKB A; 1KK7 A; 2MI6 A; 1RAC B; 4ATO A; 2LRQ A; 4AMC A; 2J06 A; 4PJM A; 4M77 F; 3CC7 Q; 1G5V A; 3N5B B; 2VVK A; 2OI3 A; 2SEM A; 2GF7 A; 4OGE A; 2PZ1 A; 4FSX A; 2KVQ G; 4KUL A; 4N0A A; 2QDY B; 1KSW A; 2QAZ A; 3VRZ A; 4EIK A; 3OYN A; 1OI1 A; 3LH0 A; 3VRY A; 3OY9 A; 1YIJ Q; 1UGP B; 2PVO B; 5IAY A; 2KQW A; 2C0I A; 5GAO p; 2LQW A; 2KI7 A; 2W0Z A; 3LX7 A; 3PMT A; 2QDL A; 1M27 C; 3C4S A; 1JO8 A; 4RUG A; 2A08 A; 2Y4X A; 3EFO A; 2EW3 A; 3A5Z B; 1VQ7 Q; 1QVF S; 1X6O A; 4ANJ A; 3CCQ Q; 1X75 C; 1B34 A; 1VQ4 A; 4A4K A; 1VQ8 Q; 4DA4 A; 2Y90 A; 2YRV A; 2K3X A; 2YUP A; 2L5Q A; 1UB4 A; 5A0D A; 1G8X A; 2LJ3 A; 3G4S A; 3CBM A; 4X34 A; 2XDP A; 3GIB A; 1O75 A; 2FYK A; 2ZPH B; 1I07 A; 5LJ3 f; 1JJ2 A; 1BI2 A; 3S3M A; 4AFU C; 2K6D A; 3CCU A; 3OYG A; 2FG0 A; 3HSB A; 4K11 A; 1SSH A; 2L2P A; 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