The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
91
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structure length |
87
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Chain Sequence |
TQFEKLMENMRNDIASHPPYAPRRGEFCIAKFVDGEWYRARVEKVESPAKIHVFYIDYGNREVLPSTRLGTLSPAFSTRVLPAQATE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Staphylococcal nuclease domain-containing protein 1
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| publication title |
Crystal structure of human P100 tudor domain
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
24
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| structure length |
87
|
| sequence length |
91
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.31.1: Micrococcal nuclease. |
| pdb deposition date | 2006-12-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OMC A; 2BIV A; 2RJC A; 2YRV A; 4NS5 A; 3BDL A; 2EFI A; 2EQJ A; 3OYC A; 3LLR A; 5IN1 A; 3MO8 A; 3C4S A; 4IUQ A; 3OS1 A; 3L2Q A; 1WJQ A; 2BUD A; 2EQU A; 3EAE A; 4QQD A; 3LX7 A; 4IUR A; 3NTK A; 1KHC A; 2RI3 A; 3OYE A; 3OS2 A; 3KUF A; 2R58 A; 2IG0 A; 2RI2 A; 3P8H A; 3S6W A; 4B9W A; 1OYX A; 3FEO A; 4C5I A; 3DB3 A; 2EQK A; 3OB9 A; 5C0M A; 3MEV A; 3OYD A; 2M0O A; 3OYG A; 3LGL A; 4A4F A; 4BDY A; 4ZTF A; 5FRM A; 3PMT A; 3FDR A; 3OYL A; 4LD6 A; 3OYN A; 4C5H A; 4IUP A; 2LCC A; 4E7K A; 1RI0 A; 1H3Z A; 2QQS A; 4UC4 A; 4BAC A; 4A4G A; 2RHU A; 4QW2 A; 3MEU A; 3OQ5 A; 2RJD A; 3OYF A; 1WJR A; 2RHI A; 4Z02 A; 1OZ3 A; 3OYH A; 2X4Y A; 2QQR A; 3OYJ A; 3MP6 A; 3L2V A; 3P8D A; 3H6Z A; 4N4H A; 3ZEH A; 2R5M A; 2O4X B; 4E7H A; 2X4W A; 4FU6 A; 4QVZ A; 2WAC A; 3E9F A; 2R5A A; 4N4G A; 3L42 A; 3OYB A; 2DIG A; 2E6N A; 2HQX A; 5KCH A; 2K3X A; 2L8D A; 2M1H A; 3NTI A; 1XNI A; 2LRQ A; 2NLU A; 3GOX A; 5IAY A; 4C5G A; 1WGS A; 4PLL A; 3FLG A; 2L89 A; 3QKJ A; 2DIQ A; 2RI5 A; 3F70 A; 2PQW A; 3QBY A; 4RG2 A; 3OYK A; 3LYI A; 4E7J A; 3OMG A; 3DB4 A; 2LTO A; 2GFA A; 4BE1 A; 3S3N A; 3SD4 A; 2GF7 A; 2E5Q A; 2EQM A; 4BE0 A; 2CKK A; 2XDP A; 5J39 A; 1SSF A; 3PMI A; 2FHD A; 4IUU A; 2HQE A; 4PL6 A; 4Q5W A; 2RJF A; 4BE2 A; 4QQG A; 4X34 A; 3E9G A; 3OY9 A; 3S3M A; 5CIU A; 3QII A; 4IUV A; 4E7I A; 4FL6 A; 3L2U A; 4HCZ A; 3MEW A; 4GY5 A; 3OYI A; 5D6X A; 4A4H A; 3UT1 A; 2EKO A; 3OYM A; 3MEA A; 2X4X A; 4IKF A; 4L59 A; 4EDU A; 2F5K A; 2RHZ A; 1OZ2 A; 3DLM A; 3OA6 A; 5C6S A; 2L3R A; 5KH6 A; 2LVM A; 3LH0 A; 3QJ6 A; 2D9T A; 2JTF A; 4B9X A; 2MWP A; 2MWO A; 2JZ2 A; 4II1 A; 3ME9 A; 2RHY A; 2VYT A; 5KCO A; 3OS0 A; 1WJS A; 4C5E A; 3O8V A; 1G5V A; 3H8Z A; 3CEY A; 3LGF A; 4CRI A; 2RHX A; 2XK0 A; 3Q1J A; 4E7L A; 1N27 A; 4OVA A; 2GFU A; 2DAQ A; 3FC3 A; 2RJE A; 2K3Y A; 4ZTJ A; 4N4I A; 3L2R A; 2B8A A; 3MP1 A; 3NTH A; 3MET A; 4BDZ A; 2BKD N; 1MHN A; 5FRO A; 5KE2 A; 5J26 A; 2RO0 A; 3OYA A; 3PFS A; 2M16 A; 5FRN A; 1OI1 A; 2P0K A; 2G3R A; 4QQ6 A; 4IUT A; 5D6W A; 3UWN A; 4BD3 A; 5KE3 A; 5M9O A; 2O4X A; 3L2W A; 5D6Y A; 2R57 A; 2X35 A; 3PNW C; 3M9Q A; 3MP8 A; 3ASK A; 4PLI A; 2LDM A; 4A4E A; 3S3O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QCN A; 2ZPI B; 2AZV A; 2DXT A; 1UHC A; 4AFS C; 2E10 A; 2VGN A; 1QVG A; 5CO7 A; 1KD1 C; 3R6O A; 1KC8 C; 3OB9 A; 1UGS B; 3PMT A; 2EGE A; 2DYI A; 2F2W A; 4M78 G; 5KYN A; 1H3Z A; 3CXC S; 1M4Z A; 2JUF A; 4MZT A; 2RHI A; 3OYH A; 1KD1 U; 5GAN 4; 1KC8 U; 3P8D A; 4M78 A; 1X75 C; 2K6D A; 1JJ2 S; 3WVE B; 2LX7 A; 4GBQ A; 5A2Q E; 2E3H A; 2WAC A; 1PKT A; 4MDW A; 1SRL A; 2KDS A; 2RK1 A; 2KMT A; 1G83 A; 1OEB A; 4M7A E; 5FU6 C; 5FWB A; 2DXB A; 1ZA2 B; 4RTX A; 4GLM A; 1WHH A; 2QAZ A; 1UG1 A; 2ROL A; 4AFU C; 1YJN Q; 2LTO A; 4BE1 A; 1OPK A; 4RTZ A; 1KQ2 A; 3M58 A; 1BI0 A; 4KT0 E; 1BCO A; 4E2F B; 1JU5 C; 3QZ9 B; 3WXM B; 4M77 D; 5CIU A; 3BY7 A; 3VS1 A; 3OW2 A; 4IUV A; 4PK4 A; 1D0Z A; 1OOT A; 3O5Z A; 3DKM A; 2AIR B; 2QEX T; 3MEA A; 4VUB A; 4WTO B; 3TSZ A; 1XOV A; 1U8R A; 2FRW A; 2LVM A; 4OB1 B; 1VQK A; 3H9N A; 3M53 A; 1MND A; 1D3B B; 1WZO A; 2DD5 A; 2QDL A; 2YHT A; 2IVW A; 2ZAE A; 3CCU A; 3CEY A; 3LGF A; 4JJN K; 2XK0 A; 3MCA B; 2DXC A; 4LDV A; 3JCM c; 1BIA A; 2EGC A; 2W0Z A; 2K79 A; 4Y91 A; 3A8M B; 4FT2 A; 5M9O A; 3REA B; 1BI3 A; 1M27 C; 1SG5 A; 2Z0W A; 2JS0 A; 3M9Q A; 3QSU A; 2LDM A; 1VQN Q; 3HPW A; 1YIT T; 2MYS A; 3JCM W; 1BB9 A; 2JM8 A; 4TVR A; 3EG0 A; 3M0R A; 1W2B A; 2CP0 A; 2IPO B; 2K4Y A; 2RI3 A; 4GLK A; 1VQ6 Q; 4HCK A; 5IHK A; 3H0I A; 1UEB A; 4C5I A; 5HKC A; 1OX9 A; 5CQY A; 5C0M A; 3OS5 A; 8AT1 B; 1UEC A; 2QQS A; 2V8K A; 1AWX A; 1NZ9 A; 3OYJ A; 3L2V A; 1YJN T; 5I22 A; 3H6Z A; 2EVR A; 4KGV B; 3CBP A; 4DBQ A; 1G3W A; 4DBR A; 1Q81 C; 3MKD A; 2O9S A; 2R5A A; 4JRP A; 2RB6 A; 1ZUU A; 2L0A A; 1I0C A; 1XNI A; 1K8A U; 2RM4 A; 3CCJ T; 1WGS A; 3FRN A; 2K9G A; 5GMK l; 3LYI A; 4C8Q F; 1WQ7 A; 1Q81 U; 1ZA1 B; 3DB4 A; 2DRK A; 3CCR Q; 1SSF A; 4N0A A; 2A0F B; 3GNF B; 3BFM A; 3TSW A; 5D6X A; 3TVT A; 1AT1 B; 3UDC A; 4IIM A; 3OA6 A; 5KH6 A; 2JOY A; 1LOJ A; 1WLP B; 2JTF A; 1I5L A; 1KHI A; 1NJI C; 2JZ2 A; 1SEM A; 1VQN T; 4M78 C; 3Q1J A; 2DJZ A; 3C0C A; 1PSF A; 3FC3 A; 4BB7 A; 2HL3 A; 3L2R A; 1NM7 A; 2J6F A; 3I55 T; 1VQ9 A; 3X25 B; 2JMA A; 5LJ3 f; 1NJI U; 2CYZ B; 5LJ3 j; 4M77 B; 2LX9 A; 3JCM e; 1C1A A; 1KQS S; 3RKX A; 2DYB A; 4PLI A; 1X27 A; 7AT1 B; 3S3O A; 5GAN e; 1WI7 A; 2RJC A; 4M7D E; 4M7A G; 3A8H B; 1D1C A; 1X69 A; 2DIL A; 1AWJ A; 1PRM C; 3SWN B; 3EH2 A; 5KYW B; 1SF9 A; 1B3Q A; 4ME7 A; 4M7A A; 2MCN A; 4HT8 A; 2HSP A; 3OYG A; 1UJ0 A; 1M2V A; 1QVF P; 2MAM A; 2DXU A; 4A54 A; 2XDB A; 2A08 A; 1RAF B; 4F7U E; 3M57 A; 2CZ7 B; 1ARK A; 1FYN A; 1D3B A; 3CCR T; 2P0Q A; 1MMN A; 2EJF A; 3VRY A; 5KYY A; 2RA2 A; 3ZFJ A; 1K0S A; 2OI3 A; 2HQX A; 2ZPG B; 3G4S A; 2L8D A; 2M1H A; 3WVD B; 3CD6 A; 5IAY A; 4LE9 A; 4EMH A; 2EJ9 A; 1WHL A; 1JBM A; 2O88 A; 1AD5 A; 3CC2 Q; 2LZ6 B; 4BE0 A; 3JB9 G; 1T3S A; 1YCS B; 2HMA A; 2V8J A; 2EJG A; 3MJX A; 4QQG A; 1VQ4 Q; 2D1X A; 4E7I A; 4J9E A; 3HFO A; 2DNU A; 5CKF A; 3L2U A; 2EYX A; 5GAM h; 2PTK A; 4M78 D; 5FU6 B; 3SFM A; 4ORZ A; 2DZC A; 3CPW S; 4A63 B; 5GAN 6; 4KBM B; 1OU8 A; 1U06 A; 3CC4 Q; 1Q86 C; 3CME A; 2I0N A; 2DX1 A; 3V7C A; 3ULR B; 2E1H A; 4OB2 B; 2NYS A; 4DQ2 A; 5A0L A; 3H41 A; 1PHT A; 3MET A; 4JS5 A; 2HAX A; 5J26 A; 4V2S A; 3QXE B; 1B7T A; 3EFS A; 1Q7Y R; 1OI1 A; 4FW2 A; 1Q86 U; 4XTY A; 4IUT A; 2RF0 A; 4P5N A; 2X35 A; 4J5Y A; 3VRZ A; 1UFF A; 1OV3 A; 3MO8 A; 3EGX B; 1KSW A; 1NYG A; 2K5L A; 4DBF A; 5CKE A; 3I5R A; 1KJW A; 1VQO Q; 4IUR A; 3LW5 E; 4HVU A; 4NOY A; 4M75 E; 1UHF A; 5GAO p; 4DOV A; 1B07 A; 3RR6 A; 2LMJ A; 1M30 A; 1YHQ Q; 4A4G A; 2O31 A; 3OYF A; 1YBY A; 2P4R A; 2PUK B; 3CC2 T; 2B86 A; 3C95 A; 1P92 A; 2KEA A; 2X4W A; 1XTD A; 2V26 A; 1VQ4 T; 4MDX A; 2LJ3 A; 5GMK m; 3G6E A; 3CCQ Q; 3NTI A; 2ABL A; 2LRQ A; 3FJ5 A; 4LD9 K; 5LJ5 f; 4X1V A; 3VJP A; 5LJ5 j; 1ZX6 A; 2DIQ A; 2PNI A; 3QBY A; 4JLI A; 3CC4 T; 3QZ5 B; 3EG9 A; 4M7D G; 1EIF A; 1TWB A; 4BY6 C; 1AEY A; 2FHD A; 2HQE A; 4BE2 A; 4M7A C; 3JCM d; 2E3I A; 1NE8 A; 4GY5 A; 2VKN A; 1UGP B; 3SWN A; 3UT1 A; 1IRX A; 2AKL A; 2QA4 Q; 2E5K A; 3JCM b; 1HD3 A; 2L3R A; 2GQI A; 1N9S A; 2DK3 A; 2NUZ A; 2XD0 A; 4E47 A; 5DLO A; 3V7S A; 4E7L A; 1MV3 A; 2EBP A; 4F7U G; 1VQL A; 5FW9 A; 4J6W A; 1KK7 A; 1VQO T; 2K2V A; 1FXX A; 3URG A; 2RO0 A; 1V29 B; 3CCL A; 4DEX A; 1Q82 R; 3MPU B; 4A4E A; 4M78 B; 1VQ8 A; 3KFV A; 1VQP Q; 1YHQ T; 1YWO A; 1WIE A; 2EIF A; 4XU0 A; 4BI3 A; 2EQU A; 1W6X A; 3I56 A; 1GBR A; 4M77 F; 3OS2 A; 2IG0 A; 1SHF A; 2RI2 A; 1S72 Q; 2YWW A; 5IHI A; 3DB3 A; 4CI0 C; 2W10 A; 3C12 A; 3PIO A; 1ZSZ A; 4F14 A; 3OSV A; 1D1B A; 1VQM A; 1N8R R; 2KK4 A; 2OTL Q; 5FU7 C; 2ED0 A; 1QVG P; 2QQR A; 2Y90 A; 1YN8 A; 3AHU A; 4Z88 A; 1ZUK A; 1IGQ A; 1QCO A; 2RMO A; 1LNX A; 4FIB A; 2GCX A; 2QGG A; 4FYX B; 2LQK A; 2DD4 A; 1QKX A; 4M7A D; 1W70 A; 3CCV A; 1GRI A; 3OMG A; 1C0M A; 1ZQ1 A; 1WA7 A; 2GFA A; 3S3N A; 2XDP A; 2HL5 C; 4O6J A; 2DEQ A; 3EGX A; 2KT1 A; 1NPP A; 2GGR A; 2DL4 A; 2RD1 A; 4FYW B; 5LJ5 d; 2X4X A; 4RTY A; 3TCJ A; 4M75 G; 3DLM A; 1BI1 A; 1I4K 1; 4HVW A; 1X43 A; 3N5B B; 4DA4 A; 3EFR A; 2DVJ A; 2P0P A; 2NUP A; 1VQP T; 1G5V A; 1RLQ C; 4LDX A; 4M75 A; 3OW2 P; 2QQ9 A; 2DO3 A; 4ESR A; 4KUD K; 2KNB B; 1UGV A; 3FJP A; 2B8A A; 1IRE B; 4OMM A; 1RAA B; 1KQ1 A; 3QWY A; 1S72 T; 1M1G A; 2HDA A; 1GFD A; 1HXD A; 2KAF A; 2ROT A; 3PIP A; 2CUD A; 4WCI A; 4LNP A; 3JB9 D; 3LLR A; 5IN1 A; 1G3S A; 3C4S A; 2OTL T; 5GAN 3; 4L6V 5; 1JO8 A; 3EG1 A; 1I5O B; 2QK0 A; 5CVI A; 1BYM A; 5KYU B; 2R58 A; 3CCM A; 2HCK A; 2D6F A; 3S6W A; 4M7D C; 2CDT A; 2X51 A; 3JAM E; 1TUC A; 2EQI A; 1PSE A; 1X6O A; 1WPY A; 2RQW A; 1TOV A; 2ZPH B; 1W2B P; 4PFP A; 1KIK A; 2L3S A; 4K11 A; 5GAM g; 1VQ5 Q; 4FM4 B; 3CMA Q; 2BTT A; 1ZLM A; 3IQL A; 5GAN 5; 3RER A; 1M2O A; 4XK8 E; 1HK9 A; 4OP0 A; 2V1Q A; 4QT7 A; 2OTJ A; 3REB B; 1YI2 A; 4J9I A; 3CXC A; 4C5G A; 1X6G A; 3FLG A; 2JW4 A; 1YIT Q; 1JJ2 A; 4A4K A; 1UTI A; 3HRS A; 3OSS C; 1SPK A; 4E7S A; 2VAS A; 3SD4 A; 2E5Q A; 2EQM A; 4MML A; 1PKS A; 2CP2 A; 3S3M A; 3QII A; 5GAN h; 5DY9 A; 1SRM A; 4PKC C; 1TUD A; 2RHZ A; 1ZSZ C; 2GBQ A; 4ZGD B; 2RN8 A; 1AWW A; 3RNJ A; 5KCO A; 2RHY A; 3VYG A; 4BY6 B; 4KH0 B; 1O75 A; 2KXD A; 4M7A B; 1E7O A; 3CCS A; 3A8O B; 4OVA A; 2DM1 A; 3TU4 K; 1JXM A; 2FPF A; 3E2U A; 2M9U A; 4IIO A; 2QAS A; 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1CKB A; 1CKA A; 1K73 U; 2DPP B; 3H8Z A; 4XU2 A; 4CRI A; 1YJW A; 4LUE A; 3SDZ A; 4LDU A; 4C0G A; 2KRS A; 2GTJ A; 1I81 A; 2DA9 A; 4XQ3 A; 2I2L A; 4NL3 A; 2JJ9 A; 2QQB A; 4AG1 C; 2K57 A; 1JQQ A; 2KYM A; 2M16 A; 4C92 E; 4LDY A; 2DFU A; 1PM3 A; 3JB9 I; 1VQ7 A; 2KBT A; 3EGU A; 2X3W D; 2FYK A; 2V1R A; 4JJD A; 1M8V A; 3INZ A; 1YIJ A; 2LP5 A; 2VXF A; 4JJB A; 2AK5 A; 3OS1 A; 2LNH B; 1M3B A; 2GQV A; 2KYB A; 1VA7 A; 3GLX A; 4JRQ A; 2FPE A; 5FLX E; 1KC8 R; 4EMK C; 4J9D A; 2RH2 A; 4DBH A; 1KQS A; 1YJ9 Q; 3P8H A; 2RQT A; 4M75 D; 3CCE A; 2HSE B; 4ZN3 A; 3RKY A; 4LD6 A; 2KE9 A; 1EX4 A; 2ZGW A; 3EG9 B; 3CC7 T; 2BZY A; 2HEQ A; 2YUP A; 3PT9 A; 4M7D B; 2J06 A; 2RNA A; 3H0F A; 3SB2 A; 4XTX A; 4E7H A; 1PG5 B; 2HQH A; 4PJO E; 3G71 T; 1Y0M A; 2DLP A; 2K3X A; 5GJW B; 2GTO A; 1F1B B; 1O9S A; 1N9R A; 1X01 A; 4J7I A; 2E70 A; 2EAY A; 1BU1 A; 1PC0 A; 2O01 E; 5HK0 A; 4J6Y A; 2F5T X; 4F7U B; 2EYY A; 3E9G A; 2G6F X; 2D0Q B; 1S1N A; 1WFW A; 2IIM A; 2K3B A; 4OMF B; 4KUL A; 2MI6 A; 5C6S A; 4B9X A; 1K0X A; 3A98 A; 1I1J A; 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