The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
GQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cooperation of Escherichia coli Hfq hexamers in DsrA binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein hfq
|
| molecule tags |
Chaperone
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
15
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| structure length |
62
|
| sequence length |
62
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JB9 G; 3QSU A; 1JBM A; 1U1T A; 1WPY A; 4F7U F; 4C8Q E; 4C92 A; 5GAM h; 5LJ5 d; 3JCM h; 5LJ3 d; 4A54 A; 5GAN 3; 2YHT A; 3HFO A; 4XTX A; 4XQ3 A; 4OP0 A; 2EAY A; 5GAN g; 2HNI A; 4X9C A; 4C92 F; 3V7C A; 1D3B B; 3EFR A; 4M77 C; 2DEQ A; 4M75 D; 3JCM P; 3SB2 A; 4XU2 A; 4M7A A; 4C92 E; 5LJ5 g; 3SWN C; 5GAO l; 4M7A C; 3JCM Q; 3HFN A; 5GAO r; 1BIA A; 3JB9 D; 2DTO A; 5GAN 8; 3RUX A; 5GAN 2; 3AHU A; 4C8Q C; 4M7A F; 2I2L A; 3V8L A; 4PNO A; 4M75 G; 5DY9 A; 2RM4 A; 4C8Q F; 2EJG A; 3QO3 A; 1I81 A; 3FJP A; 1BIB A; 4N0A C; 3SWN B; 2DTH A; 3INZ A; 4M7A B; 4M75 A; 1M5Q 1; 1X01 A; 3RKY A; 1I5L A; 3BW1 A; 3QHS A; 3VU3 C; 3V8K A; 2RA2 A; 4Y91 A; 1MGQ A; 4C8Q B; 5GAO m; 2DXU A; 2EJF A; 5GAN h; 3M4G A; 4C92 C; 3JCM W; 2QTX A; 4XU1 A; 3PGG A; 5GAM j; 4XTW A; 2YLC A; 3BDU A; 4PJO D; 4EMH A; 4PJO E; 4QVD A; 4F7U B; 5GAO n; 2FYK A; 1M8V A; 2DVE A; 3RIR A; 4M75 E; 4A53 A; 5GMK l; 3JB9 F; 5LJ5 h; 2DTI A; 1WQW A; 5LJ3 h; 1WNL A; 5GMK i; 4C92 B; 3EFS A; 2E1H A; 4M78 G; 5LJ5 j; 4PJO G; 2VC8 A; 5LJ3 j; 4JRK A; 1YCY A; 5GAN 5; 2E10 A; 1N9R A; 3RKX A; 2K57 A; 4NL3 A; 4J5Y A; 1B34 A; 1HK9 A; 1LJO A; 4M78 A; 2RB6 A; 4PJO A; 3L1A A; 4WF2 A; 3QUI A; 5GMK m; 2E65 A; 4JLI A; 2FB7 A; 2CGH A; 4XU0 A; 3V7S A; 1JRI A; 1KQ2 A; 5GMK h; 4J6X A; 4M7D D; 4M75 C; 4PJO F; 4M7D E; 3FB9 A; 3RES A; 3JCM J; 4JUV A; 4XTZ A; 5GAN 4; 2Y90 A; 4M75 F; 4XTY A; 5GMK j; 4EMK A; 4M78 D; 5GAN 7; 4M78 E; 1B34 B; 3RKW A; 4XTV A; 3FIF A; 3JCM c; 5GAN j; 3JB9 J; 1Y96 A; 5GAM f; 4PJO B; 3JB9 H; 3JCM f; 2DKG A; 3JCM b; 4M7D G; 4M75 B; 4M77 D; 2DZC A; 5GAM e; 4M77 E; 1I4K 1; 5GAM d; 3JCM d; 3JCM e; 4HT9 A; 4MML A; 4M7D A; 1D3B A; 4EMK B; 4HT8 A; 3L2Z A; 2VXE A; 4HA8 A; 3BY7 A; 4NL2 A; 5GAO q; 4QVC A; 1Y96 B; 4NOY A; 4M7D F; 4C8Q D; 1N9S A; 2DZ9 A; 5GAO p; 4M77 G; 4M78 C; 5LJ5 e; 5GAN 6; 4XU3 A; 1TH7 A; 4PJO C; 5I21 A; 5LJ3 e; 1KQ1 A; 2YLB A; 2RD1 A; 4JRI A; 5GAM g; 4RCC A; 3JCM g; 2DJZ A; 4J6Y A; 4M78 F; 2EJ9 A; 2ZGW A; 4M7D B; 2VXF A; 4M77 A; 4M7A G; 4F7U E; 5CAI A; 4V2S A; 2DXT A; 1WQ7 A; 3HSB A; 4XTU A; 4C8Q G; 1H64 1; 3GIB A; 4M78 B; 3SWN A; 4M77 F; 3V8J A; 4C92 D; 4EMK C; 1I8F A; 3BFM A; 4DQ2 A; 2E41 A; 5LJ3 g; 3RER A; 5GAN f; 4RCB A; 4C8Q A; 3JB9 I; 4F7U G; 4J6W A; 5GMK e; 1HXD A; 4M77 B; 1U1S A; 4MMK A; 1LOJ A; 4X9D A; 3V7R A; 5GAN e; 1LNX A; 5GAN d; 4N0A A; 2E64 A; 3JCM V; 2JN0 A; 4F7U A; 4C92 G; 2EWN A; 4EMG A; 4M7D C; 5LJ5 f; 4M7A D; 4M7A E; 5LJ3 f; 3JCM X; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DRK A; 4XTX A; 2CT4 A; 3V7C A; 3M59 A; 3SEM A; 2ZPH B; 4E7I A; 1IGU A; 5HCK A; 3T9N A; 3HRU A; 1WZO A; 3QWY A; 1KK7 A; 4O5V A; 4J7I A; 4YTL A; 2ROT A; 2F2X A; 4FM4 B; 2EYZ A; 2BZY A; 1RAI B; 1YI2 T; 2PNI A; 1H8K A; 2CSI A; 3CCE T; 4HVW A; 4KH1 B; 5A0L A; 1X2Q A; 2M1H A; 4LE9 A; 1HJD A; 3RNJ A; 1QVF A; 1X75 C; 2CRE A; 4ZNX A; 3CCM A; 4HVU A; 3VUZ A; 1VQ5 A; 2FZG B; 3FJ5 A; 3H9N A; 5FLX E; 1D0X A; 3OW2 S; 1RLQ C; 2VV5 A; 2E65 A; 2SRC A; 4XU0 A; 2CGH A; 1U5S A; 2DXB A; 2GFU A; 2LX9 A; 2YRC A; 3X26 B; 1NZ9 A; 1UJ0 A; 2Y90 A; 1ZHI A; 4JS5 A; 2CP0 A; 2O4X A; 2QXF A; 3REA B; 2HL5 C; 2COW A; 2K5F A; 4ZGJ B; 1YI2 Q; 4Z88 A; 1VQK A; 3KXT A; 2K5I A; 1ZBJ A; 3ZEH A; 3CCE Q; 2ATC B; 3EFO A; 1Y96 B; 2PTK A; 1Y7X A; 3WXM B; 1GCQ A; 1G83 A; 1N8R R; 2WSE E; 4XTU A; 1IZ6 A; 1MMN A; 3A5Z B; 5M9O A; 2OTL T; 3HTR A; 5DLQ E; 1ZA2 B; 4RTT A; 2HBW A; 3QXE B; 1QVG P; 3JCM X; 3CC7 T; 1UHC A; 2MI6 A; 1K9M R; 1NLO C; 3HFO A; 1WXB A; 2HNI A; 4CRI A; 1OU9 A; 2CZ7 B; 3I5R A; 5CKB A; 2XDP A; 5FRO A; 3CCQ A; 5GAO r; 4Y92 A; 3OBY A; 1YJN T; 2E6Z A; 5FU7 C; 1KJW A; 8AT1 B; 1D1A A; 3QO3 A; 1WJQ A; 2RNA A; 3DLM A; 2OTL Q; 5CQX A; 3G4S T; 5DLO A; 4AG1 C; 4QKU A; 2QTX A; 3GOX A; 3S6W A; 1GL5 A; 6AT1 B; 4PJO E; 3CBP A; 2MWO A; 1G3W A; 1M1K R; 1VA7 A; 4X1V A; 2GFA A; 5LJ5 j; 1NJI U; 2DL4 A; 5LJ3 j; 1VQO T; 4BDY A; 2IPO B; 3L2U A; 1YIJ A; 2YUP A; 2O9V A; 1YJN Q; 2LCC A; 4E7J A; 3C95 A; 3C94 A; 2LT1 A; 4Z02 A; 5DM7 R; 2KE9 A; 3FB9 A; 5I11 A; 3G4S Q; 2MF2 A; 2ENM A; 1VQM A; 5GAM f; 2F2V A; 1YCS B; 4IIM A; 3REB B; 1QVP A; 2M0Y A; 1CKB A; 4OB1 B; 3JCM e; 3CPW A; 1UGS B; 2Y4X A; 2DIQ A; 1NYF A; 3OA6 A; 1RAE B; 1VQO Q; 5GAO p; 2D6F A; 1QCN A; 2EQJ A; 1ZSZ C; 2YLB A; 1M90 U; 4M78 F; 3UPU A; 1S1N A; 3CCR A; 2M9U A; 1Q82 U; 2DX1 A; 1QP3 A; 3ZL7 C; 4BD3 A; 5L8R E; 2RHZ A; 3G1J A; 1M4Z A; 2RJE A; 5GJW B; 3VRZ A; 3RER A; 4LDW A; 2MWP A; 1OX8 A; 2EQU A; 4N0A A; 1T3S A; 1VQ8 T; 4MZP A; 2EWN A; 3A1P A; 2JT4 A; 4M7A E; 1WPY A; 3OSS C; 4RG2 A; 2K4Y A; 3VS5 A; 5EC7 A; 1NLP C; 2LCL A; 1FWZ A; 4C92 F; 3LH0 A; 2DEQ A; 1TTH B; 5I22 A; 2LQK A; 3J81 E; 4LDV A; 2RJD A; 2HQX A; 3MEW A; 4JJN K; 1W2B P; 1Q7Y U; 3HL8 A; 1VIF A; 1ZA1 B; 2KRO A; 2KXD A; 1UFF A; 2DTH A; 2K3Y A; 1VQ8 Q; 2LCS A; 1H3Z A; 5EG2 A; 5LJ5 h; 2DTI A; 1FMV A; 2FL7 A; 2X35 A; 3HP9 A; 5LJ3 h; 4C0Z A; 4ME7 A; 2E1H A; 1AOJ A; 3PTA A; 5KYY A; 3OYA A; 4DOW A; 1YI2 A; 2OJ2 A; 1HK9 A; 3GLX A; 1PWT A; 2QG9 B; 3CCE A; 5IHK A; 3JCM J; 3CXC A; 5CKF A; 4OB2 B; 3L42 A; 2NWM A; 4NS5 A; 4PJO B; 4DA4 A; 1Y96 A; 1J3T A; 2D0N A; 2VGM A; 3L2R A; 2HQH A; 1K9A A; 1R8O B; 2J05 A; 4RTU A; 1M27 C; 4MML A; 2HBP A; 4HT8 A; 3L2Z A; 4JJB A; 4NL2 A; 2DAQ A; 3RMQ A; 4M7D F; 4J7F A; 2DZ9 A; 2M0O A; 4M77 G; 4JZ4 A; 5GAN 6; 2JMC A; 4BUG A; 2EJ9 A; 2ZGW A; 4M7A G; 2DK3 A; 3E2U A; 1IHV A; 3QDF A; 2KRS A; 1U3O A; 4OMP A; 4BI4 A; 5D6X A; 3NGP A; 4RMO A; 1A0N B; 3J7A F; 3CC4 T; 3E9G A; 2YRV A; 2JJ9 A; 2E64 A; 3Q1J A; 4F7U A; 1N5Z A; 4N4I A; 2NUZ A; 5LJ5 d; 2OTJ T; 3JCM h; 5LJ3 d; 3EGU A; 5L23 A; 1MMD A; 5GAN g; 5CQY A; 4X9C A; 2QEX A; 2EIF A; 3M53 A; 3QBY A; 1Q86 U; 5D6Y A; 3LWH A; 2KT1 A; 5DY9 A; 3MEV A; 1HSQ A; 3OYB A; 4M7A B; 3CC4 Q; 1VIE A; 2EKH A; 3GNF B; 3R6O A; 1RL2 A; 2OTJ Q; 1IB8 A; 1UGV A; 2B86 A; 4E6R A; 2DPP B; 5GMK l; 4IUQ A; 1R0B G; 2CH4 W; 3OS0 A; 3UT1 A; 1YHQ T; 3MEA A; 1LCK A; 2AK5 A; 1AZG B; 3G4S A; 2E10 A; 4FW1 A; 2K57 A; 4FT2 A; 3M0T A; 4M78 A; 1NE8 A; 2DVJ A; 5FU6 B; 1KHI A; 5AYF A; 3VS6 A; 4E7Z A; 1VQ5 T; 4ANJ A; 1I07 A; 2QDY B; 2RI2 A; 3EGX A; 5J39 A; 3M4Y A; 1VQO A; 3JCM c; 3PT9 A; 3LGL A; 3TEE A; 1UEB A; 1X43 A; 2JNG A; 4MZM A; 5GAM e; 2CKK A; 3JCM d; 2JUF A; 2HQE A; 1M90 C; 3LWI A; 3EG0 A; 1YHQ Q; 4QVC A; 2QTV A; 1VQK T; 4IKF A; 1Q82 C; 1WI7 A; 3M0P A; 1KQ1 A; 1QW1 A; 3OS5 A; 3KBG A; 3CD6 T; 2F1L A; 4FU6 A; 1W70 A; 3GIB A; 2CUD A; 5D7U A; 3JB9 I; 3N5B B; 3EG2 A; 3A8H B; 2JN0 A; 4KUI A; 4OF1 A; 4C5H A; 2O4X B; 1U8R A; 3JB9 G; 1WHJ A; 2ZAE A; 4PKC C; 1AWO A; 1C6V X; 4A54 A; 1YWO A; 1VQK Q; 3QJ6 A; 2CP7 A; 3PE0 A; 2CH4 A; 2CP5 A; 1YJ9 Q; 3EFO B; 4M77 C; 1UDL A; 2AIR B; 1NBE B; 3GF5 A; 3CD6 Q; 3QDR B; 1PC0 A; 4LNP A; 4M7A C; 2BE7 D; 3PIO A; 1W6X A; 1ZLM A; 2CZ0 B; 4C0D C; 3UWN A; 4KBM B; 3DLL A; 1VQ7 A; 1PM3 A; 2FRY A; 4IUR A; 2V26 A; 3INZ A; 3QZ9 B; 4Y28 E; 2DXU A; 4HCZ A; 2CZ1 B; 1PKS A; 8ATC B; 3GBQ A; 1PKT A; 4PJO D; 3C0C A; 1K4U S; 4QVD A; 3QG1 A; 2V8J A; 3OMG A; 2FYK A; 2JS2 A; 2FEI A; 1G8X A; 5CK9 A; 1WQW A; 2ED0 A; 5FU6 C; 2QAZ A; 1KFZ A; 2OAU A; 2XD0 A; 4PJO A; 2GNC A; 1TOV A; 1BKB A; 1B3Q A; 1XTD A; 1KD1 U; 3VYH B; 3ZFJ A; 2XKO C; 4PFZ A; 2XU8 A; 3RDV A; 2ZZD A; 2LNV A; 4E7S A; 1RAD B; 4CC7 A; 1MNE A; 1R77 A; 2GCX A; 3LH5 A; 1N8R C; 4EMK B; 1X6O A; 1VQM T; 2L3R A; 3BY7 A; 2RQR A; 2CUB A; 2A08 A; 1OZ3 A; 3QKJ A; 5CKD A; 1JJ2 P; 2OI3 A; 4IUU A; 2J6O A; 3M5A A; 4KT0 E; 4PK4 A; 2O88 A; 3TRE A; 3FRN A; 1QVG S; 4DEY A; 3SWN A; 3HHT B; 5KYX B; 2QQA A; 5KYU B; 5IH2 A; 3OS1 A; 5GMK e; 1K0X A; 3KUF A; 4M7A D; 2KNB B; 2VVK A; 3QSU A; 2WSC E; 5GAM h; 1VQM Q; 2P4T A; 3PVL A; 1Q86 C; 2A28 A; 1WYX A; 1EFN A; 1GCQ C; 4KUD K; 2K3B A; 2LJ1 A; 1DJ7 B; 3CC4 A; 1MMG A; 1M90 R; 3NFC A; 1TS9 A; 4M7A A; 1QKX A; 2ZPE B; 1JXM A; 3H41 A; 1Q82 R; 1KC8 C; 4J9H A; 1YN8 A; 1UUE A; 4C0F A; 3CMA A; 1UGP B; 2L0A A; 2R5A A; 4JRP A; 1WX6 A; 2E70 A; 1S72 A; 2EJF A; 2ESW A; 1MHN A; 1TUG B; 2BZ8 A; 2YUN A; 1VQ9 A; 2Y4Y A; 1JU5 C; 4JS4 A; 3D7S B; 3H0I A; 3M0U A; 2H8H A; 2KEA A; 1QWE A; 1Z9Z A; 3H6Z A; 2HCK A; 2QI2 A; 4J5Y A; 3EH1 A; 4FIB A; 4AFU C; 3RES A; 4RKU E; 4XTY A; 1YHQ A; 1OEB A; 4M78 E; 3RKW A; 3EHQ A; 4BY6 B; 2X4X A; 2O01 E; 4LUE A; 2LQW A; 3OMC A; 1V1C A; 2Z0W A; 4LUD A; 5GAM d; 3GP8 A; 4E2F B; 1RAA B; 4FSS A; 3NMZ C; 5GAO q; 1YIT T; 4NOY A; 2NUT A; 1O75 A; 2RN8 A; 3OYK A; 3EH2 A; 4RCC A; 3MEU A; 2D8H A; 2D1X A; 5KYY B; 2EGE A; 2DMO A; 1D0Y A; 5LJ3 g; 4RCB A; 1M30 A; 4F7U G; 2EGC A; 3VS2 A; 1YJ9 A; 1PSE A; 1LVK A; 1QWF A; 2RK1 A; 2JTM A; 3CD6 A; 1JBM A; 1U1T A; 4QQG A; 1M8M A; 1GXI E; 1YIT Q; 3RMS A; 3CBM A; 2MMP A; 4KRT A; 2CP3 A; 4UC4 A; 1W2B S; 2KMT A; 4OML A; 1YP5 A; 1GFD A; 2R57 A; 3JCM Q; 2E3I A; 3JB9 D; 2QEX T; 2KGT A; 1ZUK A; 4C8Q F; 4MZT A; 4N0A C; 3OYF A; 3PNW C; 2KQW A; 3V8K A; 4Y91 A; 3M4G A; 3HKS A; 4F7U B; 2FHD A; 5GAO n; 1QP2 A; 4E7L A; 4A53 A; 4HCB A; 4PJL A; 5GMK i; 2DYB A; 4M78 G; 1BU1 A; 5GAN 5; 1Q86 R; 4FYV B; 1AHJ B; 2QEX Q; 3L1A A; 4WF2 A; 2DBK A; 1QVF P; 1PG5 B; 2QQR A; 1KQ2 A; 2P4R A; 4M7D E; 2YUO A; 4OMN A; 4TVR A; 2CYZ B; 4EMK A; 1KC8 R; 1H3H A; 1M1G A; 3H0F A; 1Q81 U; 3M0Q A; 2LMJ A; 2F2W A; 1Y0M A; 1AZE A; 3WVD B; 2MPX C; 1E6G A; 3UF4 A; 3OB9 A; 5KYX A; 3H8Z A; 2KYM A; 4JRI A; 5KYU A; 1M3B A; 3UAT A; 4FW2 A; 2KVQ G; 2JMA A; 4M78 B; 4EDU A; 2LJ0 A; 2CSQ A; 3VS0 A; 5HK3 A; 5GAN f; 4PL6 A; 1P92 A; 3BE3 A; 2P0K A; 3OYD A; 3H0H A; 3EGX B; 4EMG A; 2JXB A; 3X25 B; 2DL5 A; 2HSE B; 1PSF A; 4IUT A; 4PJN A; 5GAN 3; 4OP0 A; 2E6N A; 4ZN3 A; 2K7A A; 1Y07 A; 2IIM A; 1RI9 A; 3EFR A; 4ZN1 A; 2NYS A; 2QYZ A; 3TCJ A; 1FMK A; 4KGZ B; 2F69 A; 1TUC A; 3V8L A; 2M02 A; 2KT8 A; 2RHI A; 1BIB A; 1FYN A; 2BIV A; 1WDX A; 2J06 A; 2ABL A; 1I5L A; 3CXC S; 5GAO m; 1VQ7 T; 3TU4 K; 4O6J A; 1G3T A; 3CCS A; 3JCM W; 1ZSG A; 5IXB A; 2YLC A; 3OYH A; 2WSF E; 1PNJ A; 1HYO A; 1M2O A; 1RAF B; 1X27 A; 2YDL A; 3E9F A; 2RK2 A; 1FX7 A; 4OGE A; 4PJO G; 4LDX A; 2LP5 A; 1XOV A; 2L3P A; 4C5E A; 2RB6 A; 4ESR A; 1KIK A; 3QUI A; 1JQQ A; 2L3S A; 4FYY B; 1X2K A; 4JUV A; 1GBR A; 2HL3 A; 4PLL A; 4M75 F; 2DNU A; 3VS7 A; 2VKN A; 4XTV A; 1ZUU A; 2LDM A; 4BE2 A; 1VQ7 Q; 3OYI A; 3DKM A; 1T0H A; 3LLR A; 2VGN A; 2DM1 A; 2K2V A; 1VYT A; 4OB0 B; 2JZ2 A; 2QGG A; 3FDR A; 4J9F A; 4VUB A; 3L2V A; 4C8Q D; 2GTJ A; 2DL3 A; 4M78 C; 4II1 A; 3CC2 T; 3M0S A; 2RF0 A; 3CPW P; 1G3S A; 3I5S A; 4M7D B; 3O8V A; 2X3W D; 4J9D A; 1XJW B; 2RI5 A; 1TUD A; 1SG5 A; 1BCM A; 1XNI A; 1MUZ A; 3I9Q A; 1M3C A; 4L6V 5; 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