The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
104
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structure length |
104
|
Chain Sequence |
GSHMLEMAGALDASQMSNLPPSTLNLSLTGVMAGDDDSRSIAIISKDNEQFSRGVNEEVPGYNAKIVSIRPDRVVLQYQGRYEVLGLYSQEDSGSDGVPGAQVR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure of Homology Region (HR) Domain of Type II Secretion System.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
General secretion pathway protein C
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Dickeya dadantii
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| total genus |
13
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-01-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNV A; 2Y4X A; 3OSS C; 2IVW A; 2Y4Y A; 2LC4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N8R R; 4XU1 A; 3R6O A; 1WDX A; 3V7R A; 1VQN T; 2DBM A; 2J6F A; 1K1Z A; 4PL6 A; 3RR6 A; 1YJN A; 4M77 G; 3OBW A; 1OI1 A; 1YCY A; 1U5S A; 1AOJ A; 4C0F A; 3RKW A; 2V1Q A; 1VQ4 T; 2JNG A; 2R58 A; 1V76 A; 2F5K A; 3CMA Q; 4PJO C; 3CCL Q; 1RUW A; 3ZFJ A; 3Q1J A; 3EFS A; 3HRS A; 3CBO A; 2K3B A; 1WJS A; 1Q7Y U; 2DVE A; 4FW2 A; 3G6E A; 4DOW A; 5KYY A; 2DET A; 3OS2 A; 3FB9 A; 1ZA1 B; 4PJO B; 1M90 U; 2EAY A; 2DX1 A; 3OA6 A; 2ZZD A; 4NOY A; 2X3X D; 1BI3 A; 2DL3 A; 3RMQ A; 4NL3 A; 1I8F A; 3EGX A; 2VC8 A; 3MO8 A; 2XMF A; 1M1G A; 4JRQ A; 1M1K U; 1RAB B; 3CXC S; 4JS4 A; 5HY6 A; 3ASK A; 2KDS A; 3EFO A; 2QQA A; 3TVT A; 1G5V A; 4IIM A; 2YLC A; 3EG1 A; 2O9V A; 1UJ0 A; 3S6W A; 4RMO A; 2H3E B; 5CCA A; 4JDS A; 1BU1 A; 4EPC A; 5IXB A; 1VQ7 T; 1I1J A; 1I5O B; 2NUP B; 4JLG A; 3CD6 Q; 2LQK A; 2KYM A; 1IO6 A; 4RG2 A; 2C0I A; 2QEX Q; 4OB3 B; 4KBM B; 5KH6 A; 1TOV A; 3TQ7 P; 2PVD B; 5LJ3 f; 2KXD A; 4M7A F; 1RAD B; 2G3R A; 1S72 Q; 1VYU A; 4XTU A; 3G4S T; 3OYI A; 3VS1 A; 4M75 D; 4MZT A; 3JAM E; 3WXM B; 3V8L A; 2RQW A; 4CC4 B; 2FVU A; 5FWC A; 5GMK j; 4HCB A; 1YIJ Q; 1PSE A; 4J9F A; 1RL2 A; 2DA9 A; 1G3Y A; 1D0X A; 2QDL A; 3KXT A; 2PUO B; 5KYY B; 2HBP A; 2RQT A; 4M77 C; 3CCM Q; 3L2V A; 3OW2 P; 2K5L A; 2NYS A; 1Q95 G; 1ABO A; 2FPF A; 3EGX B; 3X24 B; 4FM4 B; 3VJP A; 1FMK A; 3DB4 A; 2EJ9 A; 2DTI A; 4J6Y A; 1M8V A; 4J7F A; 2COW A; 2D8H A; 5C0M A; 3EFO B; 3OS5 A; 2K2M A; 2KRO A; 2YWW A; 1I07 A; 3M5A A; 5D6X A; 1OOT A; 1QVF P; 3CCR Q; 4J6W A; 3A8G B; 1WA7 A; 4OMF B; 2DL5 A; 4Z8A A; 1S1N A; 3SB2 A; 1NEG A; 1BCM A; 1X6G A; 3M58 A; 4HCZ A; 3E9G A; 3EHR A; 1K8A C; 3I9Q A; 1FX7 A; 2L3S A; 1UFF A; 2YHT A; 4DBF A; 3HKS A; 2EYZ A; 2ABL A; 4BI4 A; 3QO3 A; 4NL2 A; 1QLY A; 3CCS T; 4JRI A; 2KR3 A; 1NM7 A; 3RER A; 2XDP A; 3RBB B; 2DK3 A; 2GTO A; 4LD9 K; 3CME T; 1J3T A; 3OYE A; 2KI7 A; 2WSC E; 4PJL A; 1YHQ T; 2DD5 A; 2JMA A; 4VUB A; 3SEM A; 4OB1 B; 4QQ6 A; 3CCE Q; 4J9B A; 2JM8 A; 4F17 A; 2KRN A; 4BE2 A; 3VKI A; 3PE0 A; 4BB7 A; 1Z9Z A; 1UGP B; 4DBR A; 5GAO p; 4R0K A; 1E6G A; 2DEQ A; 2NUZ A; 5KCH A; 4JS5 A; 1VA7 A; 1PRM C; 3V7C A; 4F16 A; 1GBR A; 3H0I A; 2QA4 Q; 1IXD A; 5D6W A; 3JB9 D; 1WX6 A; 4A4F A; 2R5A A; 2LCL A; 3EG2 A; 2VWF A; 4Z02 A; 1W2B S; 1EFN A; 2QQ9 A; 4J9E A; 2COY A; 4EIK A; 5A2Q E; 2EQK A; 3VS2 A; 1VQ9 A; 1JJ2 S; 2JVV A; 1CKB A; 2EVR A; 2E6Z A; 3OW2 A; 1YIT T; 4E6R A; 5LJ5 f; 3CCU Q; 1KQS P; 2DF6 A; 2LQ8 A; 2RJD A; 4JZ3 A; 2C0T A; 1MGQ A; 2ZPE B; 2X4J A; 2E64 A; 4LE9 A; 2HEQ A; 1HYO A; 1M5Q 1; 3C4S A; 4EDU A; 1M1F A; 1EIF A; 1M90 C; 5L23 A; 3GPL A; 1QCO A; 1QVF A; 2K57 A; 5A0D A; 1BCO A; 4FT2 A; 3V7S A; 3HRU A; 1Q82 R; 1F1B B; 1XJW B; 3HPW A; 1M1K C; 1LPL A; 3LGF A; 5C6S A; 4M78 C; 4WF2 A; 2LQN A; 3PMT A; 2CS7 A; 1RLQ C; 3GP8 A; 2V8J A; 1YP5 A; 2QQB A; 1WHH A; 2EYY A; 1JRI A; 4D8D A; 1UUE A; 1RLP C; 1WYX A; 2YT6 A; 3VS4 A; 3QUI A; 1W70 A; 4F7U G; 1QWE A; 3TU4 K; 1YJN Q; 1C6V X; 4J9H A; 2JZ2 A; 5GMK h; 5GMK i; 1H3H A; 1ZUK A; 1MND A; 4QVZ A; 1SG5 A; 3ER0 A; 5DLO A; 1UEC A; 1VQM Q; 2C0O A; 1VQK A; 2R57 A; 2BUD A; 3VRZ A; 3CCJ A; 4QW2 A; 2VXF A; 4TVR A; 1TTH B; 3N5B B; 3A8O B; 5IT9 E; 2KXC A; 4PJO D; 4KH1 B; 1QVG S; 3KUF A; 3GNG A; 1BI1 A; 4KGX B; 2AZV A; 1MMG A; 2D8J A; 2O31 A; 2XD0 A; 3GNF B; 3G6E Q; 1TUD A; 4IUR A; 1X69 A; 2X51 A; 4PLI A; 2JM9 A; 2CH4 A; 1H92 A; 4F7U A; 4B9W A; 4K11 A; 4F7U E; 2JJ9 A; 5GAO q; 1I4K 1; 2FPE A; 4L6V 5; 3VS0 A; 5GMK e; 1T0H A; 2JOY A; 2PQW A; 1UHC A; 2RD1 A; 2YRD A; 2V8I A; 4C0D C; 5GAN e; 1PKS A; 2OTJ A; 2E10 A; 3RNJ A; 1YJ9 A; 4E47 A; 1X2Q A; 1ZSZ C; 2RQV A; 5A0L A; 1KQS A; 1UGV A; 4C0D B; 2GF7 A; 2DYB A; 3OYM A; 3JCM e; 2PTK A; 3X28 B; 2HQE A; 1AWJ A; 3QII A; 2K6D A; 4IIO A; 1LVK A; 2KT1 A; 2M1H A; 2JS0 A; 2E5K A; 5LJ3 j; 2A7Y A; 5IAY A; 3CMA T; 2RHI A; 3CCL T; 3JCM X; 2DVJ A; 3OBY A; 2HQX A; 4DQ2 A; 4M7D G; 2JTF A; 2EYW A; 2ESW A; 2E3I A; 3LYI A; 2P84 A; 3OYB A; 1G2B A; 1HK9 A; 2DL8 A; 1JXO A; 1YJW A; 1UGQ B; 1SEM A; 2RHY A; 2JMC A; 3KFV A; 4M77 D; 1M2O A; 2XG8 D; 4BY6 C; 4F7U B; 2EFI A; 3HTR A; 1Q82 U; 4Z89 A; 1JBM A; 2L2P A; 5ECA A; 1I0C A; 2J6K A; 1M30 A; 1RAH B; 5J39 A; 2HZY A; 1LNX A; 2RQU A; 4BY6 B; 4C8Q G; 3M0R A; 1FMV A; 1R8O B; 4J9D A; 1VOM A; 3G71 A; 2ENM A; 4M7D A; 1H64 1; 3CD6 T; 2YUO A; 2YSQ A; 1VQP A; 1VQL A; 4M7D E; 5AYF A; 6AT1 B; 2QDY B; 5CK9 A; 2QEX T; 2LTO A; 4ZGE B; 4LNP A; 1WXU A; 2A28 A; 1NEB A; 1WFW A; 4PJN A; 2PU9 B; 3PT9 A; 1M90 R; 1D1B A; 3CC4 A; 1YIJ T; 2KT8 A; 4FSX A; 2V8K A; 2LRQ A; 2CP5 A; 4FYW B; 1V1C A; 4KGV B; 4RTZ A; 2L0A A; 1N5Z A; 5KYW A; 2O2O A; 4Q5W A; 3JB9 F; 1KG1 A; 2XIC A; 5HCK A; 2XID A; 5FLX E; 2LCC A; 2X9H A; 1MMA A; 1K76 A; 5HK3 A; 5FU7 B; 3JSC A; 4OML A; 2HNI A; 4M7D C; 3SHW A; 2RPN A; 2RK1 A; 1D1C A; 5L8R E; 2RNA A; 3CCR T; 2MF2 A; 3EG0 A; 1UGS B; 2DXB A; 3M4Y A; 1OZ2 A; 2EPD A; 4M7D B; 4JZ4 A; 4PK4 A; 3LW5 E; 1UG1 A; 2DKG A; 4XU3 A; 1IB8 A; 1YI2 A; 2B8A A; 2VAS A; 4C92 F; 1QCN A; 1KFZ A; 2XU8 A; 4JJC A; 2QQR A; 4FIB A; 3JCM V; 1VQ9 Q; 2VXE A; 3HHT B; 1E6H A; 4JPB W; 4OF1 A; 4C8Q C; 2GGR A; 3QYG B; 1VQ4 A; 5LJ5 j; 5GAM f; 2J6O A; 5IHK A; 2NUT A; 3M56 A; 4LD6 A; 4OMP A; 4AFQ C; 4C8Q B; 4AFZ C; 2JN0 A; 2DTH A; 2LVM A; 1TS9 A; 2DFU A; 4N4H A; 4XTZ A; 3G1J A; 3OMC A; 4WCI A; 3REB B; 3CCE T; 5KYW B; 1LCK A; 2HD0 A; 2CT3 A; 1NZ9 A; 1ZX6 A; 2BKD N; 1WPY A; 2KY9 A; 2D0N A; 1KC8 C; 2FEI A; 2MI6 A; 2DNU A; 3EGD A; 2NUP A; 3VS6 A; 1BI2 A; 2KAF A; 2JXB A; 4M78 D; 1PD1 A; 3JRZ A; 3FRN A; 4FCY A; 2QA4 T; 4LN2 A; 4R56 A; 5LJ3 h; 2CP6 A; 4QVD A; 2XDB A; 4PJO F; 4AG2 C; 1QVG P; 1Y57 A; 3UWN A; 7AT1 B; 1T3L A; 1YWP A; 4ORZ A; 5I2M A; 2FZK B; 1IGU A; 4M7A G; 2AIR B; 3M0Q A; 3QG1 A; 4RTW A; 3MCA B; 3NFC A; 1TG0 A; 1VQK Q; 5GAO n; 1C0M A; 3CCJ Q; 3CCU T; 1Y7X A; 2M16 A; 2EQM A; 1SHG A; 2E6N A; 1BYM A; 2E70 A; 2GQI A; 2P4R A; 2MAM A; 1U1S A; 2DJZ A; 4P5N A; 5LJ3 e; 2NUT B; 5FRN A; 4E7J A; 4M77 A; 4M77 E; 3PGG A; 1PC0 A; 2DAQ A; 3J80 E; 1FWZ A; 2KGT A; 1NBE B; 3FEO A; 1YBY A; 3QHS A; 4C5G A; 5LJ3 g; 4M7A A; 2AKL A; 4CC2 A; 4X9C A; 4M7A E; 3QJ6 A; 2M51 A; 2F2W A; 1Q82 C; 4Y91 A; 3EH1 A; 4LDW A; 1R77 A; 3EGD B; 2WSF E; 2X4Y A; 2W10 A; 4J6X A; 2OTJ Q; 1AZE A; 3MP8 A; 3QXE B; 5GAN 6; 1YJ9 Q; 3DB3 A; 2RJF A; 3EG3 A; 2SEM A; 3AHU A; 4ZN3 A; 2L5Q A; 1RI9 A; 1GFC A; 1TSF A; 2EGE A; 3VS5 A; 4HT8 A; 3I35 A; 4ZTJ A; 5FRM A; 3ULR B; 5AT1 B; 2MOX A; 4OMO A; 1VQM T; 4BI3 A; 1VQ5 A; 2ZGW A; 2CH4 W; 3L2Z A; 2QAZ A; 1C1A A; 1WHG A; 4XTY A; 2ZPH B; 3H6Z A; 4L5G A; 2E41 A; 3OYJ A; 2FRY A; 2EQJ A; 3CCV A; 1VUB A; 2CP2 A; 2EIF A; 3VS3 A; 3G6E T; 3GLX A; 2LNH B; 1YJW Q; 2K2V A; 5A0G A; 2JT4 A; 1JU5 C; 4FU6 A; 1YCS B; 3CPW S; 2XHC A; 1WNL A; 5KE2 A; 2YUP A; 2EGA A; 1RAE B; 4M7A C; 2NWM A; 4M77 B; 3KBG A; 5KE3 A; 2M9U A; 3O5Z A; 2CDT A; 1NPR A; 4N4G A; 2EKO A; 3H9N A; 2DIG A; 4OMQ A; 5KYU A; 2KQW A; 4M7A B; 1PG5 B; 2RK2 A; 2ZPG B; 1A0N B; 3G71 Q; 5CAI A; 3L2U A; 1VQP Q; 1VQL Q; 2MWO A; 3G7Z A; 2FZG B; 4BAC A; 1OEB A; 3BY7 A; 3JB9 H; 4DEX A; 1OQK A; 1VQO Q; 2E12 A; 1H8K A; 5GAN 7; 5FU6 C; 3WVD B; 3M57 A; 1G3S A; 5LJ5 h; 2HL5 C; 4LDV A; 2E65 A; 4D8K A; 4M78 G; 1M27 C; 2QGG A; 1VQ6 A; 1KD1 R; 4KUD K; 2ATC B; 2DO3 A; 2RN8 A; 3GIB A; 4BE1 A; 5CR2 A; 2K3Y A; 3LX7 A; 2JW4 A; 3A8H B; 4GY5 A; 2QGF B; 1SSH A; 2LC4 A; 1WXT A; 1KC8 R; 1D0Z A; 1AD5 A; 2KRS A; 2HKQ B; 4QQG A; 4FYY B; 2LT1 A; 5CKB A; 4X9D A; 3I55 A; 3MEV A; 2DMO A; 3CCQ A; 1MV0 B; 3CC2 A; 1PM3 A; 5LJ5 e; 1JEG A; 3EFR A; 4M78 A; 1TXQ A; 4A54 A; 4M78 E; 2R5M A; 4C5H A; 1Q81 R; 4M7D D; 3H0F A; 8ATC B; 5KYU B; 2DPP B; 5LJ5 g; 3A5Z B; 3NPF A; 5LJ3 d; 2RO0 A; 1G8X A; 2J06 A; 3ZL7 C; 4HCC A; 2D1X A; 1EX4 A; 1RAF B; 2E5Q A; 1MMD A; 2EJG A; 3WVE B; 3PFS A; 2Z0W A; 2A08 A; 4GLM A; 2FYK A; 2DRM A; 1YI2 Q; 4FL6 A; 2K4Y A; 4OGC A; 4IUQ A; 2XI9 A; 3FJ5 A; 1MUZ A; 1M2V A; 2LQW A; 4JLI A; 2AK5 A; 5DY9 A; 1YWO A; 1W6X A; 4ATO A; 3V8J A; 5DM7 R; 3QPH A; 4RTY A; 1VQ4 Q; 3OSV A; 1OUL A; 4C8Q D; 4E2F B; 4MDX A; 3H0H A; 3M0S A; 3L1A A; 5GAM j; 3QWY A; 4X34 A; 3RDV A; 1KIK A; 2DEU A; 2EWN A; 3UPU A; 2DM1 A; 1N9S A; 1WJR A; 2DXT A; 1IGQ A; 4DBH A; 4EMK C; 2CUB A; 3X25 B; 5J3B A; 2QQS A; 4JRK A; 3CBM A; 4HA8 A; 2OTL T; 3MP1 A; 1K9M R; 2F5T X; 3QSU A; 1MV3 A; 2XK0 A; 3OMG A; 1G83 A; 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5GAN f; 2ZCF B; 4XU2 A; 4O6J A; 3OYG A; 4JJD A; 2W0Z A; 3OYA A; 4AG1 C; 4M7A D; 2K79 A; 1HXD A; 2EQI A; 3M59 A; 1VQ8 A; 3VV0 A; 1E7O A; 4E7L A; 2EBP A; 2GNC A; 1K9M U; 3JB9 I; 4XQ3 A; 4Y92 A; 3EAE A; 3JCM f; 2CRE A; 2O01 E; 3QDR B; 3C0C A; 4XAX B; 5IN1 A; 1YJ9 T; 1FYN A; 3CC7 A; 2JTE A; 3CXC A; 3I5R A; 3LH0 A; 2K7A A; 3QKJ A; 5I11 A; 3RUX A; 1EZZ B; 5FWB A; 2GBQ A; 2RJC A; 1S72 T; 2CP7 A; 1VIE A; 2IG0 A; 5GAN 8; 1JB0 E; 2I0N A; 3OW2 S; 1GRI A; 1Y96 B; 5GAM h; 2OI3 A; 3RKY A; 3OB9 A; 4OGE A; 2D9T A; 1U8R A; 3DKM A; 1VQ6 Q; 1SF9 A; 1NYF A; 5LL6 S; 2DTO A; 4MZP A; 3OYY A; 1XOV A; 4ME7 A; 4C8Q A; 2QI2 A; 1K73 R; 3D7S B; 4C8Q E; 3GBQ A; 3CCM T; 4C5I A; 1YJW T; 3FDR A; 1QVF S; 3C12 A; 4GBQ A; 2FPD A; 2PNI A; 4RUG A; 4LDX A; 2LX9 A; 1OPK A; 1HSQ A; 3JCM J; 1W2B P; 1AWW A; 1NYG A; 3QZ5 B; 2LCS A; 3I55 Q; 3M0P A; 2DL7 A; 4HVU A; 3CCQ Q; 4WTO B; 3CC2 Q; 2AHJ B; 2VKN A; 4L59 A; 3GF5 A; 1BK2 A; 4R55 A; 1Y0M A; 2D6F A; 4AFU C; 1JQQ A; 4AT1 B; 1JJ2 P; 5GAM e; 1M3A A; 1K0X A; 2LMJ A; 4XTW A; 3G71 T; 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