The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
b'GSHMLEMAGALDASQMSNLPPSTLNLSLTGVMAGDDDSRSIAIISKDNEQFSRGVNEEVPGYNAKIVSIRPDRVVLQYQGRYEVLGLYSQEDSGSDGVPGAQVR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
General secretion pathway protein C
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| publication title |
Solution Structure of Homology Region (HR) Domain of Type II Secretion System.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Dickeya dadantii
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| molecule tags |
Transport protein
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| total genus |
13
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-01-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OSS C; 2Y4Y A; 2Y4X A; 2LNV A; 2IVW A; 2LC4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JPB W; 2EYY A; 1GBR A; 5IAY A; 3VRY A; 3MO8 A; 2EYQ A; 4M77 D; 2I2L A; 3RIR A; 2DL4 A; 3CPW P; 2GCX A; 4KGX B; 1M3B A; 1HK9 A; 5KE2 A; 3CXC A; 4J9I A; 1ZSZ A; 3NTH A; 3OYJ A; 1V29 B; 5KCO A; 3TRE A; 2K3B A; 1UGV A; 5FU6 C; 3OYH A; 2DRK A; 1RI0 A; 2EQM A; 1FMK A; 1G3W A; 3EG3 A; 1SHG A; 3QZ9 B; 1VOM A; 2EGC A; 5GAN f; 2C0T A; 1OOT A; 1ZSZ B; 1PRL C; 2RF0 A; 1AWO A; 1LCK A; 4C92 A; 1YJ9 Q; 1FMW A; 4L6V 5; 3V8J A; 2DTH A; 2RHZ A; 1E6H A; 1NZ9 A; 4EMH A; 3CCM Q; 2HDA A; 2MWP A; 2YRD A; 2KQW A; 1VQO Q; 2QQS A; 3I56 T; 2B8A A; 3P8B B; 4PFP A; 1K73 R; 3P8D A; 4FYY B; 1YIJ Q; 5J3B A; 2OX7 A; 1PCX A; 1I4K 1; 5AYF A; 1M9S A; 3M9Q A; 1AZG B; 4M77 A; 2E4H A; 2RHX A; 2V26 A; 2FEI A; 1TG0 A; 5IHK A; 5LJ5 j; 4GY5 A; 5EG2 A; 3MHX A; 2YUQ A; 1FMV A; 1N8R U; 2VV5 A; 1Q82 C; 4J9D A; 2KYB A; 5KYU A; 1OUL A; 2H3J A; 2DD5 A; 2ED1 A; 3D7S B; 3NMZ C; 4LD6 A; 1S1N A; 2LDM A; 2XKO C; 4C92 C; 2CKK A; 4F7U G; 3CQT A; 3QYG B; 3CCJ A; 1VQL Q; 4AFU C; 2IVW A; 2SRC A; 4PNO A; 4VUB A; 2X35 A; 1PNJ A; 3MEV A; 4IKF A; 3M58 A; 2L0A A; 1TS9 A; 2HKQ B; 2C0O A; 1WJQ A; 2HAX A; 4FCY A; 4C8Q B; 2FG0 A; 4FIB A; 1M3C A; 4ATO A; 2I0N A; 2P0P A; 2FB7 A; 4ZGE B; 2Y90 A; 4BY6 B; 1UGP B; 4RTU A; 1QVF P; 2JOY A; 5GAO l; 2M16 A; 3VRZ A; 1OU8 A; 1PG5 B; 1KHI A; 2EW3 A; 2BUD A; 3JCM J; 4M7D G; 5GAN e; 4NOY A; 1VQ6 Q; 5HCK A; 3HTR A; 4ORZ A; 4MZP A; 2EYX A; 4LUD A; 3E2U A; 5LJ3 d; 3ASK A; 3CCE T; 2IPO B; 2ECZ A; 3OYD A; 2EKH A; 1YI2 T; 3M56 A; 2GTJ A; 1Z9Q A; 1VQ7 T; 1JRI A; 1IRE B; 1EFN A; 1M1K U; 1YNZ A; 2DKG A; 2YRC A; 2AZV A; 2LNH B; 4HKE A; 5IN1 A; 4M78 F; 1U8R A; 1XJW B; 2CSI A; 3CEY A; 4EMK B; 4PJO G; 3DB4 A; 2EIF A; 3I9Q A; 3AHU A; 2LJ3 A; 1M30 A; 3OW2 P; 1VQP Q; 2JM9 A; 4DBH A; 1YIT T; 2RMO A; 4BE1 A; 4KGZ B; 5FU7 B; 4LN2 A; 1XTD A; 1Q82 R; 5CK9 A; 3A8G B; 3BDL A; 5LJ5 g; 5I2S A; 4C92 E; 3BY7 A; 1W4S A; 1JU5 C; 2YSQ A; 2JMC A; 2J6O A; 3LX7 A; 1IGU A; 1QP3 A; 2FPF A; 2HMA A; 4R0K A; 1M1K C; 4WCI A; 4HCC A; 4GBQ A; 4PK4 A; 1G5V A; 4CC7 A; 2BIV A; 1BB9 A; 2HEQ A; 2X4X A; 4NL3 A; 1MMN A; 3E1S A; 3JCM V; 1U06 A; 1VQK A; 4JRQ A; 1Q86 U; 1OPK A; 3OS5 A; 3C94 A; 1UJ0 A; 2O01 E; 2CUB A; 2EJ9 A; 4LDV A; 4UC4 A; 3CC2 T; 1OPL A; 3LWI A; 4M4Z A; 2CP5 A; 2M51 A; 2DM1 A; 1UHC A; 2E3I A; 2ZAE A; 1IHW A; 1K9M U; 5IXF A; 2RA2 A; 4JLI A; 2DEQ A; 2CZ6 B; 1OX9 A; 4EMG A; 1Q7Y C; 1QVP A; 5HK3 A; 2CH4 W; 3GPL A; 4M77 F; 2HSP A; 1N6A A; 2XDP A; 4FU6 A; 2LMJ A; 5KH6 A; 3L2R A; 1UGS B; 4CC3 A; 1ZQ1 A; 2DNU A; 2L3S A; 4MDW A; 4PJL A; 4IUV A; 4QVZ A; 1Q86 C; 4IUQ A; 1VQ8 A; 1G3T A; 2EJG A; 2O2O A; 2EFI A; 4A4F A; 3INZ A; 2F2X A; 1D1A A; 3JRZ A; 3CCS Q; 2DX1 A; 1E7O A; 2K5I A; 2M02 A; 4M7D D; 1VQN T; 2F69 A; 4ELZ C; 2K2M A; 4IIM A; 1R0B G; 2X9H A; 5GAN 8; 5AT1 B; 4CC2 A; 3EGX A; 1RAI B; 4IIO A; 7AT1 B; 3QUI A; 2RI2 A; 3LLR A; 2BZY A; 4LD9 K; 1NPP A; 1YHQ Q; 1D0X A; 3PGG A; 3CCR A; 1XOV A; 1M1K R; 4GLM A; 2DL3 A; 4IUU A; 1Y71 A; 3OMC A; 3QWX X; 4C0D C; 1QVG S; 4PJO D; 2QEX T; 4F7U B; 2COW A; 3M4Y A; 3VS0 A; 3PIO A; 3CD6 A; 2DD4 A; 3ER0 A; 1MHN A; 3CCV Q; 2K2V A; 4KGV B; 1OZ3 A; 1RAH B; 4TVR A; 2QAS A; 1UUE A; 2SEM A; 5I22 A; 1BIA A; 1GCP A; 1D0Y A; 3I55 T; 2EQU A; 2PNI A; 1IGQ A; 4JJB A; 3OA6 A; 2FRY A; 1W70 A; 2YHT A; 3WXM B; 3HRU A; 2ROT A; 3QZ5 B; 2Y4X A; 4M7D A; 4HA8 A; 4JZ4 A; 3I55 Q; 3SD4 A; 3CME A; 3ULR B; 3RKX A; 1N9R A; 1Q7Y R; 2MAM A; 3QDF A; 3JCM b; 1JXM A; 2DJZ A; 3QJY A; 3G71 T; 4B9W A; 1D09 B; 2A7Y A; 2LJ1 A; 4OP0 A; 1MMG A; 4M7A G; 4LE9 A; 5ECA A; 1W2B P; 1WIE A; 2QGF B; 1YBY A; 1YCY A; 3G71 Q; 3QBY A; 1FWZ A; 1Q86 R; 1S72 Q; 1ZHI A; 2JN0 A; 2NUZ A; 2CZ7 B; 4LDU A; 4C5E A; 1UGR B; 1CKA A; 2RHU A; 4PJO A; 2O4X B; 3SB2 A; 1KQS P; 1A0N B; 2G6F X; 1X2Q A; 3DLL A; 1UDL A; 4E7K A; 2K57 A; 3RDV A; 4KH1 B; 4HCK A; 2E64 A; 4PFO A; 1R8O B; 4JZ3 A; 5CVI A; 4OGC A; 4E2F B; 5CKD A; 4M75 B; 4PJO B; 2DXU A; 2E12 A; 5IT9 E; 1QKX A; 3V8L A; 2VAS A; 2XIC A; 4PLL A; 5GAN 3; 3OYM A; 3J81 E; 1BI1 A; 4C5G A; 3CC4 Q; 5M9O A; 1I07 A; 2RH2 A; 4BUG A; 4MZM A; 3SWN A; 2KBT A; 1YCS B; 4O5V A; 1VYU A; 2WSC E; 1VIF A; 2JT4 A; 1SRL A; 3G1J A; 2IG0 A; 1I81 A; 4FL6 A; 3JB9 I; 1VQ4 Q; 1PKS A; 2CP7 A; 3S6W A; 4OMF B; 3M0T A; 3RUX A; 5KYY B; 3FB9 A; 2PQW A; 5L8R E; 2KVQ G; 3G4S Q; 1YJW T; 2CP3 A; 3M0U A; 3CCL Q; 1G3S A; 1Q81 C; 4EIK A; 3CMA T; 3TEE A; 4HVW A; 3LYI A; 4N0A A; 3CCQ A; 1YJW Q; 3OS1 A; 3EG9 B; 1BBZ A; 5GAO q; 4J9G A; 4E7Z A; 3A1P A; 1WYX A; 4D8K A; 1AD5 A; 2P84 A; 2YLB A; 4A4H A; 2F5K A; 3CMA Q; 2RO0 A; 2OTJ A; 1U3O A; 5FWB A; 4PL6 A; 4PFZ A; 1AOJ A; 4XU1 A; 2DYI A; 1MV3 A; 5LJ5 h; 1Y57 A; 2R58 A; 1KHC A; 4C8Q G; 2BZX A; 5A0G A; 1M5Q 1; 4IUT A; 1TWB A; 2LRQ A; 2AKK A; 1YWO A; 2RJD A; 4F7U F; 2DL8 A; 2XG8 D; 2XMF A; 3C4S A; 1WXB A; 3RER A; 3RMS A; 2NUP B; 2FPD A; 2JTF A; 3PTA A; 1BIB A; 1Q95 G; 5IXB A; 2KXD A; 4E7I A; 2EJF A; 2RJC A; 2L8D A; 2P4T A; 3EG1 A; 1NPR A; 1VQ5 A; 1ZX6 A; 1QVG A; 2J6K A; 1D3B B; 4M7A D; 2KNB B; 4J83 A; 4YTL A; 1LJO A; 3FIF A; 2E65 A; 2P0K A; 3JAM E; 3QO3 A; 4C0F A; 2F1L A; 1QQJ A; 2D8H A; 2DAQ A; 1SG5 A; 2QGG A; 3CC7 A; 3L42 A; 5CQY A; 5FRN A; 1GFC A; 5L23 A; 1UEB A; 2MCN A; 1FX7 A; 1G83 A; 3TCJ A; 1BK2 A; 4ME7 A; 2KI7 A; 3O5Z A; 1KD1 U; 3G6E Q; 1VQ9 Q; 4X1V A; 2QI2 A; 1GBQ A; 2QQ9 A; 4X34 A; 2JXB A; 5DLQ E; 2ZCF B; 2QK0 A; 1KC8 U; 2HQE A; 3IQL A; 4J6W A; 3V7C A; 1I8F A; 3E9F A; 3GNG A; 4HT9 A; 5LJ5 f; 1ZUY A; 3SEM A; 2OTL T; 3CCU A; 4PJO F; 1W6X A; 2QA4 A; 3AT1 B; 4M7A A; 3NTK A; 1TSF A; 1RAA B; 2F2W A; 2OTL Q; 3RKW A; 1V1C A; 4DEY A; 2D0N A; 3H8Z A; 2DA9 A; 2GGR A; 5FW9 A; 1BI0 A; 1RAC B; 1SEM A; 1X2K A; 2WAC A; 1K76 A; 2A28 A; 5GAM d; 4PJJ A; 1G3Y A; 3EFO B; 4M7A B; 2EYZ A; 1VIE A; 4FW1 A; 1YJN A; 4XAX B; 2ZGW A; 2M9U A; 5FU6 B; 2MI6 A; 5D6X A; 1VQM A; 4XU3 A; 2LQK A; 1KC8 C; 2DIG A; 2CH4 A; 1I5L A; 1PKT A; 2ZPE B; 2VKN A; 2CP0 A; 4EDU A; 5I21 A; 1YJ9 T; 4FW2 A; 3UAT A; 3CCM T; 3MET A; 1JJ2 S; 3HL8 A; 4M78 C; 2EGE A; 4C8Q D; 1VQO T; 1ZA2 B; 1UG1 A; 2W10 A; 3LWH A; 1YIJ T; 2OAW A; 4BI3 A; 5CAI A; 3J7A F; 2M1H A; 1GCQ A; 4Y28 E; 2LP5 A; 3Q1J A; 1C1A A; 4XK8 E; 4DQ2 A; 1WQW A; 3JCM W; 1FYN A; 3EFS A; 2LVM A; 1K0X A; 1ZSZ C; 4F04 B; 2KE9 A; 4MZT A; 2ZPG B; 2NYS A; 4FSS A; 4OB3 B; 4BD3 A; 4JRI A; 3I56 A; 2VUB A; 1AT1 B; 1X69 A; 3I35 A; 1VQL T; 4LUE A; 5LJ5 e; 2E6Z A; 3FLG A; 4XTX A; 1KQ1 A; 3FC3 A; 4C8Q A; 4J9B A; 2PVG B; 4ZNX A; 2OJ2 A; 2RI3 A; 4RTX A; 2E5Q A; 1MNE A; 3VS1 A; 3CCJ Q; 1WQ7 A; 5KYN A; 3HRS A; 5GAN 2; 4DEX A; 4AFQ C; 1ZBX A; 1KC8 R; 1JEG A; 4M77 C; 3H0H A; 1N8R C; 1VQ6 T; 4J9E A; 3CXC P; 4XQ3 A; 4DBR A; 3RKY A; 2YXY A; 3TVT A; 4M78 E; 2AHJ B; 3HFN A; 5FWC A; 4J6Y A; 3L2Q A; 2BZ8 A; 2C06 A; 4Z88 A; 2K6D A; 4HCB A; 2FYK A; 2PZ1 A; 2VVK A; 4QT7 A; 2BTT A; 3VYG A; 1TOV A; 2PTK A; 1PM3 A; 3NPF A; 5GAN j; 1LVK A; 3JB9 J; 4EMK A; 4E6R A; 2J6F A; 2RI5 A; 2L89 A; 8ATC B; 4MDX A; 2A0F B; 4RTT A; 2E1H A; 1WDX A; 1VQP T; 3BW1 A; 1SHF A; 3OSV A; 5LJ3 h; 2EPD A; 2EQI A; 4M7A F; 4M75 G; 1M2V B; 4J5Y A; 3M54 A; 3CCE A; 1BCM A; 1NJI U; 3OB9 A; 3H41 A; 1OV3 A; 3VUZ A; 1TU0 B; 1YI2 A; 1VQ7 A; 3WVD B; 1BCO A; 4Y92 A; 1GXI E; 2KMT A; 1RAE B; 2AIR B; 2LCS A; 5I2M A; 3ZL7 C; 1JB0 E; 2DER A; 2X4Y A; 1X01 A; 2KRN A; 3HHT B; 3TSW A; 4PJN A; 3A8O B; 2M0O A; 2JTE A; 1U5S A; 2VGN A; 3VS6 A; 4EMK C; 2DL7 A; 5GAM j; 1YIT A; 2GF7 A; 1NBE B; 5CCA A; 1RAD B; 4KUI A; 3RNJ A; 3S3M A; 5I11 A; 2A37 A; 5GMK m; 3JCM X; 1OI1 A; 4XTV A; 4M77 E; 2LX9 A; 2COY A; 2V8K A; 2VB6 A; 1Z9Z A; 1JJ2 A; 3MEU A; 3JCM d; 1VQK Q; 2DXB A; 3EHR A; 3L2Z A; 4EPC A; 4RTW A; 2FZK B; 2OAU A; 1N8R R; 3OYL A; 3RES A; 5FRM A; 2FHD A; 2QQR A; 2A3L A; 4B9X A; 1WHL A; 4XTU A; 3OYC A; 3J80 E; 2F5T X; 4FM4 B; 1H8K A; 5DM7 R; 2FVU A; 4II1 A; 4XU2 A; 1AWW A; 3FJ5 A; 2DBK A; 3MP1 A; 1F1B B; 3JSC A; 2ABL A; 1WHK A; 2QQA A; 1ARK A; 2CGH A; 5LJ3 f; 1NEB A; 3CC2 A; 5HY6 A; 3UWN A; 5GMK h; 2DMO A; 4JDS A; 2O88 A; 1RAF B; 5GAO n; 3A5Z B; 3M59 A; 3OYY A; 5A0L A; 3CCS T; 4DOW A; 4Z89 A; 2GTO A; 2J05 A; 3PT9 A; 4A53 A; 2X4J A; 2NWM A; 5DLO A; 3HP9 A; 4HXJ A; 3PMI A; 2L2P A; 4O6J A; 1PD0 A; 3CPF A; 4C8Q F; 2RN8 A; 1K9M C; 1VYT A; 2RQR A; 2KAF A; 3QYH B; 2RJE A; 5D7U A; 2NUT A; 1YHQ T; 2CYZ B; 2LTO A; 2DIL A; 4F7U A; 2DO3 A; 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4J7F A; 5KYX B; 2JS2 A; 2ZPI B; 1WZO A; 2H8H A; 1UJY A; 1RLP C; 1LNX A; 2DLP A; 3G4S T; 1QVF S; 2HQH A; 2EQJ A; 1NYF A; 3CCL T; 4PJO C; 3FJP A; 2LNV A; 3C0C A; 3EG9 A; 4J9C A; 4C92 G; 1KQ2 A; 4C5I A; 2XDB A; 1RUW A; 3C12 A; 3OBY A; 1WJR A; 1SKU B; 2DTO A; 3OSS C; 2RK1 A; 4QKU A; 1QWF A; 5IHN A; 3S3N A; 1NEG A; 5GMK e; 3CBM A; 2PUK B; 2KY9 A; 1BYM A; 1I0C A; 1WXT A; 2CS7 A; 2JVV A; 4A63 B; 2HBP A; 1K8A U; 3H9N A; 1YJW A; 3KXT A; 3SWN C; 2NUP A; 3OW2 S; 2RHY A; 3CMA A; 2DZ9 A; 4QVD A; 1OU9 A; 1ABQ A; 4E47 A; 3X20 B; 4LNP A; 1D3B A; 3JV3 A; 1NG2 A; 2YUP A; 3CPW A; 2K79 A; 3NTI A; 2CSQ A; 3M0Q A; 4M7D E; 3THK A; 1NLP C; 4N4H A; 4N0A C; 1M27 C; 2O9V A; 2KRS A; 4QQ6 A; 1K73 U; 1K8A C; 1I1J A; 1VQ5 Q; 3OY9 A; 1ZSG A; 3EG0 A; 3OYE A; 1EZZ B; 4HVV A; 4OMN A; 4NS5 A; 1R0C B; 4KH0 B; 1X6G A; 3G6E T; 5D6Y A; 1VQ9 T; 4PJO E; 1U1T A; 5GAN d; 3VS4 A; 3PE0 A; 3CC7 Q; 3OBW A; 1H92 A; 4R56 A; 1CKB A; 2YLC A; 3PFS A; 4Q5W A; 2E70 A; 2CT4 A; 3JCM g; 2RK2 A; 1AZE A; 5C0M A; 1N27 A; 4RUG A; 3OYG A; 3CBP A; 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