The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
GSHMLEMAGALDASQMSNLPPSTLNLSLTGVMAGDDDSRSIAIISKDNEQFSRGVNEEVPGYNAKIVSIRPDRVVLQYQGRYEVLGLYSQEDSGSDGVPGAQVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure of Homology Region (HR) Domain of Type II Secretion System.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Dickeya dadantii
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| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
General secretion pathway protein C
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| total genus |
13
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-01-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LC4 A; 3OSS C; 2IVW A; 2Y4X A; 2Y4Y A; 2LNV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KHC A; 4PJM A; 2QDY B; 3I35 A; 3EGX B; 2ENM A; 1T0J A; 2E70 A; 4J5Y A; 2JN0 A; 3FB9 A; 1YCY A; 4A63 B; 2CP2 A; 4FM4 B; 1YJW A; 2JVV A; 2DZC A; 3CBO A; 1ZA2 B; 2ZPF B; 4OB1 B; 4M77 E; 2FEI A; 2ZCF B; 1VQK Q; 1K9M U; 4LDV A; 4C92 B; 3MHX A; 5LJ3 h; 3V8L A; 5LJ3 g; 3CPW P; 1OZ3 A; 2J7I A; 4Z88 A; 2G3R A; 3I5S A; 4ORZ A; 5KE2 A; 3QJ6 A; 3JCM V; 1VQP A; 1VQN Q; 4F7U E; 1ACM B; 3REA B; 1KQ2 A; 1OU8 A; 4BUG A; 3DLM A; 2DTO A; 4PJJ A; 3EG1 A; 1VQ6 T; 2F1L A; 1UEC A; 4JLI A; 1NBE B; 4M78 D; 4RG2 A; 2AKL A; 2RHU A; 2DF6 A; 1QKX A; 4J9G A; 1VQ7 A; 3NHN A; 2JTF A; 4L6V 5; 4BE1 A; 1WHM A; 8ATC B; 2YLB A; 4E7H A; 1TWB A; 1OX9 A; 3LH0 A; 2DM1 A; 3QDR B; 5EG2 A; 2LNH B; 3M56 A; 1Q95 G; 2X4Y A; 2D0Q B; 3RIR A; 2EYZ A; 1TUD A; 1VA7 A; 1M5Q 1; 1ZQ1 A; 4ZGJ B; 1UGS B; 4M77 D; 5CQX A; 2GQV A; 4XAX B; 2CP7 A; 4JS4 A; 1QVF A; 2WSF E; 3RNJ A; 5HY6 A; 3QYH B; 4C8Q F; 3SDZ A; 3CCQ A; 4E6R A; 3BE3 A; 2F2X A; 4KUD K; 4M7A D; 2JMC A; 3CCQ T; 2P0K A; 2QYZ A; 2QQR A; 2IG0 A; 2DL4 A; 2K3B A; 1X2K A; 1I5L A; 3VV0 A; 1B34 A; 1KJW A; 4XTX A; 2VVK A; 2MMP A; 1HYO A; 1R0B G; 2RJF A; 3CPW A; 2DVE A; 1AHJ B; 1QVF P; 2IPO B; 2CSI A; 4OGC A; 4MMK A; 3G71 Q; 5CKH A; 3SWN C; 3SD4 A; 5GAO p; 4M7D E; 3LWI A; 5C0M A; 2LQN A; 4QVC A; 5CO7 A; 1V76 A; 3VS5 A; 1HXD A; 1WJS A; 5FRN A; 5D6Y A; 3VKI A; 2VGM A; 5GAN j; 3A98 A; 4M75 F; 1QP3 A; 1JQQ A; 1Y96 A; 3REB B; 3A8O B; 3EGX A; 4FT2 A; 4IUR A; 3GBQ A; 4PJO G; 1YP5 A; 3G71 A; 5L8R E; 1BYM A; 1VQO A; 1FMV A; 5IH2 A; 2ZPG B; 2D1X A; 2K5F A; 2E3I A; 3OSV A; 1UGP B; 2DYI A; 2KMT A; 2J6O A; 2EQM A; 2ABL A; 2YRC A; 3GLX A; 2COZ A; 4Y92 A; 4C5H A; 2RHI A; 2KSS A; 1PSE A; 2LX7 A; 4FYV B; 1XOV A; 1S72 T; 2L3R A; 4GLK A; 2QG9 B; 3TEE A; 1RAD B; 4JDS A; 4PKC C; 5I2S A; 4GBQ A; 4RG8 A; 3CPF A; 3NGP A; 4X1V A; 3CCQ Q; 4J6W A; 5M9O A; 2HAX A; 5CQY A; 3A8H B; 1X2Q A; 2XIC A; 5J39 A; 3L2V A; 1M2V B; 2DMO A; 2BZX A; 1SHG A; 2BUD A; 2CGH A; 4II1 A; 1QVG P; 1N8R R; 4PJO C; 5LL6 S; 1E7O A; 4ME7 A; 2CZ1 B; 1BKB A; 1HSQ A; 5KYY A; 2ROT A; 2RI2 A; 2L0A A; 1YN8 A; 2E64 A; 3V7C A; 1TOV A; 2DL8 A; 1VQ5 Q; 4OMM A; 1XQH A; 2P84 A; 4KGV B; 2HMA A; 3QWY A; 4C92 A; 1GFC A; 4OF1 A; 1MNE A; 2LZ6 B; 3HPW A; 3JSC A; 3AHU A; 1MMG A; 1WJR A; 4JRK A; 3I55 T; 4HKE A; 4QQD A; 5HK3 A; 2MCN A; 4RTT A; 5KYW A; 3JRZ A; 5GAO r; 2KYB A; 1JXO A; 1ZUY A; 5LJ3 j; 2OTJ A; 3EFO A; 2KAF A; 3DB3 A; 1IHV A; 1VQ6 Q; 1VQN A; 2DRM A; 1RAC B; 2PZ1 A; 1I5O B; 3SHW A; 3HRS A; 4TVR A; 4J83 A; 2L3P A; 3OYM A; 3F70 A; 3BFM A; 1D0Z A; 4N4H A; 3TVT A; 3NTI A; 2OTL T; 1YBY A; 1V1C A; 3MEW A; 1K9M C; 1K9M R; 4F17 A; 4HVW A; 1AEY A; 2J05 A; 1ZBJ A; 1D3B A; 3C0C A; 2V1R A; 1VQP Q; 4MZT A; 1I4K 1; 1AVZ C; 2QTX A; 2DO3 A; 1TXQ A; 4DBH A; 3OW2 P; 1B07 A; 2DA9 A; 1K8A U; 3OS0 A; 4M7A B; 1VQK A; 2H3J A; 2AIR B; 3CC4 Q; 4JS5 A; 3CD6 A; 4EDU A; 5IHN A; 5IHK A; 3VS2 A; 4AG2 C; 4PJO D; 3OA6 A; 5ECA A; 2Y4X A; 4OVA A; 2M9U A; 3X20 B; 1WI7 A; 4JZ3 A; 4P5N A; 1ZUU A; 1K1Z A; 1MV0 B; 1R77 A; 5DY9 A; 4XTY A; 5GAN h; 2YUO A; 4M78 E; 2X9H A; 2PQW A; 3CCL T; 4EMG A; 1W1F A; 4RTY A; 3IQL A; 2CZ0 B; 4QVD A; 3OS1 A; 3GIB A; 3MCA B; 4M77 F; 3M54 A; 2X3X D; 3PGG A; 5FW9 A; 2YRV A; 2ESW A; 2K5I A; 1WXT A; 4X9D A; 1ZSZ A; 5J26 A; 3V7S A; 3M4G A; 2WSC E; 3INZ A; 2RH2 A; 2MF2 A; 3JCM X; 4A4G A; 5GAN e; 2MI6 A; 2QEX Q; 3CMA Q; 1PWT A; 3OMC A; 3MO8 A; 4LDW A; 4KH0 B; 1RAF B; 1PHT A; 3CXC S; 4LE9 A; 4ATO A; 5GMK h; 2B8A A; 5KYY B; 2EBP A; 4EIK A; 4RTW A; 3BY7 A; 5GAM e; 4LUD A; 4M77 B; 2LX9 A; 1OUL A; 1VUB A; 1BI1 A; 2ZGW A; 4JRI A; 4NL2 A; 3L2R A; 1OI1 A; 3M0T A; 2A0F B; 1BK2 A; 2DXB A; 4OB3 B; 3VJP A; 4C5G A; 2E10 A; 2VB6 A; 4HVU A; 3ULR B; 3M0R A; 2PNI A; 4BY6 B; 1BCM A; 2AK5 A; 3TSW A; 1NEG A; 1YIT Q; 1VYU A; 5GAM f; 1NPR A; 1FMK A; 2E6N A; 2VGN A; 1FX7 A; 4PJL A; 2VXE A; 4M7A E; 2RI3 A; 2LT1 A; 2RMO A; 2RI5 A; 3CCS A; 2DER A; 5FRO A; 3VYG A; 1SHF A; 1M9S A; 1YNZ A; 4EMK A; 2HSP A; 2E5K A; 4A4K A; 3HRU A; 3RUX A; 3CCS T; 1SG5 A; 3UAT A; 2O01 E; 4D8D A; 2NUP B; 2AHJ B; 3OS2 A; 1BIB A; 3PE0 A; 1JB0 E; 5LJ5 g; 2LTO A; 1X6G A; 4N0A A; 1MUZ A; 3HSB A; 3VS3 A; 4J6Y A; 1JU5 C; 1Y07 A; 1KQS A; 5FU6 C; 2RM4 A; 1H92 A; 2D0N A; 1NG2 A; 2L3Q A; 2QA4 T; 1UGQ B; 4OB2 B; 3R6N A; 2G6F X; 4M78 A; 2YUP A; 4KGZ B; 1WIE A; 2M02 A; 1IRE B; 4Z89 A; 3OYA A; 2RD1 A; 2V8J A; 2DVJ A; 4EMH A; 1VQ6 A; 2KE9 A; 2KY9 A; 2MWO A; 2VYT A; 1YJW Q; 1VYT A; 2K3X A; 2V8K A; 1KSW A; 5GJV B; 4LXC A; 2MPX C; 4L5G A; 1NZ9 A; 1SRM A; 5FLX E; 1MMN A; 4BI3 A; 1QCN A; 3M4Y A; 3R6O A; 5I11 A; 3EGU A; 2OJ2 A; 2CP0 A; 2KVQ G; 3JCM b; 2EJF A; 2KQW A; 1BCO A; 3E9F A; 3GPL A; 1N9R A; 3HFN A; 2JUF A; 4M77 G; 1XJW B; 1WLP B; 1SPK A; 1W6X A; 1WQ7 A; 2WAC A; 1H64 1; 2HQX A; 1B7T A; 2LNV A; 1MND A; 2EJ9 A; 1TUC A; 3OYY A; 3H41 A; 3JCM P; 2DBM A; 4A4E A; 4MML A; 5KCO A; 2IVW A; 4ZGD B; 1YIT A; 1M90 U; 3A8G B; 4R56 A; 1M4Z A; 4DOW A; 2FO0 A; 3QYG B; 3G1J A; 2LDM A; 1NLP C; 3EH1 A; 4ZNX A; 1ZSZ C; 3HP9 A; 1H3H A; 4C0Z A; 2X3W D; 1IGQ A; 3X25 B; 3CCV A; 1C6V X; 2V8I A; 1OU9 A; 1SF9 A; 3CME Q; 1U06 A; 2KT8 A; 2LMJ A; 1KD1 R; 1QLY A; 1UGV A; 4C92 E; 4ELY C; 3HRT A; 3QHS A; 1B3Q A; 3LGF A; 1VQP T; 3SB2 A; 1I1J A; 2FPF A; 1KD1 C; 5LJ5 e; 1RI0 A; 5A0G A; 2R58 A; 4AG1 C; 5FU7 C; 1YI2 A; 1FYN A; 2DIG A; 4XQ3 A; 3RKY A; 2EQK A; 1X75 C; 3NFC A; 3FLG A; 2JM9 A; 3RBB B; 3CCR A; 3QDF A; 1JO8 A; 4IKF A; 1K76 A; 3MEU A; 1YI2 Q; 4ANJ A; 3G7Z A; 4E2F B; 1YIJ A; 1Y7X A; 5IXF A; 2ECZ A; 4CC7 A; 3S3M A; 1G83 A; 2CS7 A; 4J9F A; 3G71 T; 3C94 A; 2XDP A; 1YIJ T; 1RLP C; 2O88 A; 2DJZ A; 3M0U A; 4RTX A; 4F04 B; 4PLI A; 1M2O A; 1IZ6 A; 3G4S A; 2K7A A; 3ZEH A; 5CKB A; 1ARK A; 1M1K R; 4FSX A; 2KR3 A; 3CME A; 1BU1 A; 4LDY A; 4ZGE B; 1VQ5 T; 1VQ4 Q; 3UDC A; 3V8J A; 4EMK B; 1H8K A; 2F5T X; 2RF0 A; 3VYH B; 1VQ9 A; 1WPY A; 1PC0 A; 2MIO A; 1J3T A; 1GXI E; 2RPN A; 2RA2 A; 1QVG A; 3RKW A; 3CXC P; 1Q82 R; 1T0H A; 1M3B A; 2RHZ A; 3MP8 A; 2DXT A; 3VRY A; 1FMW A; 4GY5 A; 2EYX A; 1OPK A; 3ASK A; 2GF7 A; 3MP1 A; 3JCM Q; 1YI2 T; 4HXJ A; 3O5Z A; 4DQ2 A; 1NYG A; 5EC7 A; 1Y71 A; 3ZBD A; 3C12 A; 4XU1 A; 4V2S A; 3VS6 A; 1WNL A; 4BD3 A; 1X6B A; 2V1Q A; 2PUO B; 1G3Y A; 4OP0 A; 4HCK A; 3FJP A; 4HVV A; 2QI2 A; 3I55 A; 4ZN1 A; 2AZV A; 5LJ5 h; 3EG0 A; 4FW1 A; 4M7A C; 2FVU A; 1H3Z A; 3QZ5 B; 3J81 E; 1RUW A; 2DX1 A; 3AT1 B; 5GAM d; 3PIP A; 2A7Y A; 2QDL A; 1W2B P; 1QVP A; 2DL7 A; 1YJ9 A; 2KRS A; 1D1C A; 4L59 A; 3VUB A; 3M58 A; 1YJN A; 2O2O A; 3EG9 B; 4M78 F; 3EHQ A; 1YJ9 T; 1AWX A; 1TS9 A; 1M90 C; 2ROL A; 1LPL A; 1FWZ A; 2O4X A; 3FRN A; 4C0D B; 5I21 A; 2DLP A; 4IUT A; 1R0C B; 4BB7 A; 3V8K A; 1VQ9 Q; 2DFU A; 4C8Q E; 1EX4 A; 1TTH B; 1G8X A; 1M1K C; 2H3E B; 3ER0 A; 1BB9 A; 1PNJ A; 2GFA A; 3M9Q A; 4HA8 A; 2OTJ Q; 2EVR A; 2EAY A; 3PFS A; 5D6W A; 2QEX T; 3CMA T; 3FIF A; 3J80 E; 4E7I A; 4RTZ A; 2RK2 A; 5KYW B; 4F7U A; 1ZBX A; 2DL3 A; 2LJ1 A; 2BE9 B; 2CT3 A; 4XTW A; 1OEB A; 2HDA A; 1U1T A; 1VQO Q; 3X28 B; 3M0Q A; 1Y57 A; 4A54 A; 1MMD A; 2ZAE A; 1K0S A; 2ED0 A; 2EJG A; 2A28 A; 4M7D G; 2OAW A; 4M77 A; 4M7D D; 2DEQ A; 1RAE B; 1I8F A; 2AT1 B; 5I2M A; 3T9N A; 3VUZ A; 3QXE B; 1QWE A; 5GAM h; 2EGA A; 3KFV A; 2NLU A; 1QQJ A; 4WTO B; 3MJX A; 5AT1 B; 3SWN B; 2NUP A; 2K57 A; 1M1K U; 1EZZ B; 2JXB A; 2J6K A; 4E7S A; 1UUE A; 4O6J A; 2NUT B; 5LJ5 j; 4J9C A; 3OY9 A; 1D1A A; 2OTL A; 1VQL T; 4PK4 A; 2W0Z A; 5GAN g; 3KXT A; 1IXD A; 1HK9 A; 3CCU Q; 2CYZ B; 1V29 B; 2YSQ A; 4E7K A; 2LCC A; 4BE0 A; 1RLQ C; 5C6S A; 3URG A; 1RAG B; 1E6G A; 2E4H A; 3L2U A; 1BIA A; 1C1A A; 1DJ7 B; 1SSH A; 3QPH A; 2CP3 A; 3UPU A; 4ZN3 A; 2QAZ A; 3EFO B; 4IUQ A; 3LGL A; 2E65 A; 4C92 F; 1VQK T; 2VKN A; 3CPW S; 1HD3 A; 5GJW B; 3E19 A; 3PVL A; 3L2Q A; 3A1P A; 2ZZD A; 3N5B B; 1VQL Q; 4RCC A; 3OQ5 A; 4PNO A; 1VQ8 A; 2M0Y A; 2O31 A; 4CC3 A; 2L5Q A; 4DEY A; 1Q82 U; 4C8Q A; 2BTT A; 2QQ9 A; 3CCR Q; 4JLG A; 2GFU A; 4M7D F; 1O75 A; 4MDX A; 1TUG B; 3BDU A; 1M2V A; 4J7I A; 2RQW A; 1IRX A; 3PIO A; 1T3L A; 4AMC A; 2EGC A; 3JCM f; 3VS0 A; 3CD6 Q; 2K9G A; 2PUK B; 5HK0 A; 3CCE Q; 1MHN A; 1BI0 A; 4GLM A; 1N8R C; 2FZK B; 2RB6 A; 4J9I A; 2CUD A; 4PLL A; 2ZPI B; 1KQS S; 4QQG A; 3PNW C; 3OYJ A; 2Y4Y A; 2QA4 A; 3JCM e; 2HBP A; 4PJO E; 1ABQ A; 2VWF A; 2X4W A; 1SKU B; 3CCV Q; 2MK5 A; 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2EYY A; 3C4S A; 2MWP A; 3JB9 D; 3MKD A; 4HCC A; 4M4Z A; 1D09 B; 4AFS C; 1CKB A; 4HCZ A; 3RDV A; 5IAY A; 3QKJ A; 3I56 Q; 4M7A F; 4YTL A; 1NEB A; 1UDL A; 1K8A C; 4NS5 A; 4J7F A; 4B6M A; 4J9D A; 5LJ3 f; 1G5V A; 1X69 A; 2KXC A; 2K2V A; 3LYI A; 4PFZ A; 5GAO n; 2M51 A; 3Q1J A; 3S3O A; 2CP6 A; 1K73 R; 2LCL A; 4C0G A; 3TRE A; 4LUE A; 1OV3 A; 3OYL A; 5IT9 E; 2OTJ T; 1NE8 A; 1AZG B; 1Y96 B; 2DNU A; 3CCM A; 4LN2 A; 2RQU A; 4Y91 A; 4IUV A; 4JJC A; 1EIF A; 3EFS A; 4E7Z A; 1U1S A; 4RUG A; 3H0I A; 2DEU A; 2DET A; 1YJN T; 1WXU A; 1MGQ A; 5KYU B; 2C06 A; 2SEM A; 1ZHI A; 4BDY A; 3MPU B; 1AT1 B; 3OW2 A; 3OYE A; 2CRE A; 2EPD A; 1SRL A; 4M75 G; 3CXC A; 1ABO A; 4PJN A; 2XID A; 1QMC A; 1WX6 A; 2DE0 X; 4BY6 C; 2PTK A; 4E7J A; 1N27 A; 1XNI A; 1SEM A; 1QVG S; 2XD0 A; 1BI3 A; 2KRN A; 3OBY A; 2COY A; 1PKS A; 2EFI A; 2JOY A; 1ZA1 B; 1RAH B; 1X6O A; 2YWW A; 2PVO B; 2JTE A; 2YUQ A; 4KH1 B; 4NOY A; 4N4G A; 2CKK A; 5J3B A; 5CK9 A; 1W2B S; 2HBW A; 3THK A; 3E9G A; 4KT0 E; 4B9X A; 1Q7Y R; 1Q7Y C; 3L2Z A; 1KQS P; 4EPC A; 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