The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
GSHMLEMAGALDASQMSNLPPSTLNLSLTGVMAGDDDSRSIAIISKDNEQFSRGVNEEVPGYNAKIVSIRPDRVVLQYQGRYEVLGLYSQEDSGSDGVPGAQVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Dickeya dadantii
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| publication title |
Solution Structure of Homology Region (HR) Domain of Type II Secretion System.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
General secretion pathway protein C
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| total genus |
13
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-01-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNV A; 2LC4 A; 2Y4X A; 2IVW A; 2Y4Y A; 3OSS C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K4Y A; 1UJ0 A; 3OYM A; 4KH1 B; 2LNH B; 1SSF A; 3HRT A; 1OV3 A; 1UG1 A; 5CR2 A; 4E7L A; 4AT1 B; 4HVV A; 4LDX A; 1BIB A; 3OYY A; 5FRO A; 2EYX A; 4ORZ A; 1M90 R; 1D1C A; 4XTY A; 4A4H A; 3OBW A; 1LCK A; 3CCV Q; 3OS0 A; 4X34 A; 3CCR A; 4LD9 K; 4ZGE B; 1LPL A; 1RL2 A; 2K2M A; 2MAM A; 2C0I A; 5CKF A; 3J80 E; 3V8J A; 2GTO A; 5KE2 A; 1KJW A; 5GAM e; 4J7F A; 1VQ9 T; 1KD1 R; 1AWW A; 1PM3 A; 2V8I A; 1OUL A; 1VQ4 A; 4XTW A; 2CP6 A; 2HQE A; 2QAZ A; 3MEA A; 3QYH B; 3OSS C; 1AZE A; 4HT8 A; 1ZSG A; 5GAO p; 4LUD A; 4M7D G; 3CD6 A; 3QJY A; 2FZC B; 3BDU A; 1OZ2 A; 1VQP Q; 1YI2 A; 1YIT T; 1XTD A; 3JB9 I; 2YLC A; 3HP9 A; 1N27 A; 3SWN B; 3PIO A; 4FT2 A; 1VQK Q; 2RN8 A; 4JZ3 A; 2NUP B; 5IAY A; 3SWN A; 3NPF A; 3INZ A; 4XU2 A; 1S72 A; 4E6R A; 4JS4 A; 4C92 C; 4HCC A; 1KC8 R; 4XTX A; 1JEG A; 3CPW S; 3ZEH A; 1VOM A; 4M7D D; 2XDB A; 2JTE A; 1ZUU A; 2KSS A; 2KE9 A; 3ZBD A; 5KYW B; 2AK5 A; 2YWW A; 3L2V A; 2MWP A; 4PLI A; 2RQT A; 1VQN A; 5CQX A; 1WI7 A; 2EKO A; 4Y92 A; 1GFC A; 3C12 A; 1YN8 A; 3OS5 A; 1R77 A; 3GIB A; 1V1C A; 1PHT A; 2I2L A; 2OAW A; 2O4X A; 3VS1 A; 5CVI A; 1HD3 A; 1ZQ1 A; 4RCC A; 4OB2 B; 4ME7 A; 5FLX E; 2IG0 A; 2D0N A; 2DFU A; 4M4Z A; 1ZA1 B; 1AT1 B; 2RB6 A; 2DF6 A; 3EHQ A; 3LGF A; 2KI7 A; 1C0M A; 3LX7 A; 2DYB A; 5DY9 A; 1M90 U; 1AVZ C; 1WDX A; 2BE9 B; 1R0B G; 2FRW A; 2XG8 D; 1TTH B; 1SPK A; 4RTW A; 2GNC A; 3QPH A; 4PJO C; 3OSV A; 2PZ1 A; 1KD1 U; 4QVD A; 3CPW P; 1C1A A; 2QTV A; 1NEG A; 3EG9 A; 4F16 A; 1YI2 Q; 3A98 A; 2LT1 A; 2MIO A; 3JB9 G; 4OF1 A; 1Y96 B; 1TSF A; 1ZX6 A; 5I21 A; 3CC4 T; 3CME T; 3JCM e; 4E7S A; 4EDU A; 3OQ5 A; 4FYY B; 1Q82 R; 1Y96 A; 1ZSZ C; 5D6X A; 1S72 Q; 5EC7 A; 4DA4 A; 4ATO A; 1K0X A; 3CPW A; 1B7T A; 2RPN A; 1W6X A; 2P0P A; 2DBM A; 1BU1 A; 3NFC A; 1N9R A; 3QSU A; 1NPP A; 3DLL A; 3L2Q A; 2J6O A; 1U3O A; 3V7C A; 4Z89 A; 2ZCF B; 3PVL A; 2VAS A; 1KC8 U; 3OYJ A; 1NBE B; 1NM7 A; 1MMA A; 2EWN A; 1YWO A; 1UE9 A; 2YRV A; 2EAY A; 5FU7 B; 4RUG A; 4IUV A; 4J9D A; 4OB3 B; 3UF4 A; 2QA4 T; 3CCJ A; 4M7A G; 4A4F A; 1WXB A; 4XQ3 A; 2FPD A; 5J26 A; 2NWM A; 2CUD A; 3JB9 J; 2CKK A; 4X9D A; 1UGS B; 4B9W A; 3QWX X; 2YUN A; 3X26 B; 1UB4 A; 3OY9 A; 2EYZ A; 2JTM A; 2BZX A; 1YJ9 A; 3V7S A; 4PFO A; 3QWY A; 3QDR B; 1YJW A; 1K8A R; 3QJ6 A; 4M78 F; 2DL5 A; 3H0I A; 4LDU A; 2A36 A; 2DTH A; 2LTO A; 2W0Z A; 2JM9 A; 4NOY A; 3CCM A; 1IB8 A; 1O75 A; 3SDZ A; 3QDF A; 5LJ5 e; 3CMA Q; 3MCA B; 3G4S Q; 4C8Q B; 4M75 F; 5GAM f; 2CP2 A; 4XTU A; 1PRM C; 4M78 B; 3PMT A; 2DXC A; 4C8Q A; 4M75 E; 4JJC A; 4ELZ C; 4N4I A; 1LVK A; 2CT3 A; 1BK2 A; 2E64 A; 1BYM A; 3RKW A; 3C0C A; 4J6X A; 2RQU A; 1VQO Q; 4MMK A; 2CH4 W; 3CC7 A; 2V1R A; 4E7J A; 4JPB W; 4PL6 A; 5HY6 A; 1VQ5 A; 2E6Z A; 2K57 A; 1SRM A; 1M90 C; 3FDR A; 4RTV A; 1WX6 A; 1QP3 A; 5GAN 8; 2EJ9 A; 2A3L A; 1NZ9 A; 5GAN e; 1M2V B; 2ENM A; 2AT1 B; 1U06 A; 2EYW A; 2OTL A; 1Q82 U; 4M77 F; 4BE0 A; 4ZN1 A; 4BE1 A; 1UGP B; 2NYS A; 3G1J A; 2C06 A; 1BI0 A; 2P4R A; 4LDW A; 2DXT A; 1FYN A; 3M0R A; 3M53 A; 5FWC A; 1KD1 C; 2CP0 A; 2KYB A; 1M1F A; 1YBY A; 2KRS A; 3M0T A; 1KIK A; 5I2S A; 4EMH A; 4HVU A; 2LT4 A; 2B8A A; 4M77 B; 1ABO A; 2E5Q A; 2WSC E; 3VS5 A; 2EKH A; 3CQT A; 5CKB A; 3RKX A; 3CCJ Q; 2HZY A; 4XK8 E; 3RNJ A; 2V8K A; 3JCM c; 4AFQ C; 1UJY A; 3EGD B; 1NG2 A; 1WFW A; 2X4J A; 3ME9 A; 5KYU B; 3EGD A; 4QVC A; 3A8M B; 3FIF A; 3QYG B; 2CS7 A; 2KXD A; 5LJ3 e; 3AT1 B; 1EZZ B; 1N9S A; 1YJ9 Q; 1VQ9 A; 3O8V A; 1K9A A; 4QT7 A; 3OYA A; 1KC8 C; 2RJF A; 2COZ A; 3MP8 A; 1UHF A; 2VUB A; 1UGV A; 1FMV A; 2RF0 A; 5KCH A; 2CDT A; 3P8B B; 3L42 A; 3SD4 A; 1SRL A; 2D1X A; 2FVU A; 4J8O A; 1YIT A; 1AOJ A; 1K8A U; 3GF5 A; 5HK3 A; 1WHH A; 3L1A A; 1TUD A; 4CC7 A; 2RHY A; 3CCL T; 1Q7Y R; 2ZPF B; 4KBM B; 1JRI A; 1XQH A; 1FMW A; 4E7I A; 3L2Z A; 2RNA A; 3CCS T; 4M7D E; 3MP6 A; 1SSH A; 1WHJ A; 1KSW A; 5GMK e; 1RI9 A; 3OYC A; 4AFU C; 5GAO l; 4E7K A; 5IXB A; 3OYN A; 2LP5 A; 4C5E A; 2FL7 A; 3JCM V; 3E9F A; 1OOT A; 5GAN 2; 1VQL Q; 5FU7 C; 5HCK A; 2O9S A; 2FZK B; 3R6N A; 3EFO B; 2YRC A; 1ZBJ A; 2QQS A; 1ARK A; 2V1Q A; 4HCB A; 4OMM A; 1EFN A; 1RAG B; 1J3T A; 4RTY A; 4C92 B; 4PKC C; 3VS4 A; 2KRM A; 5L8R E; 1K1Z A; 4MZT A; 4BB7 A; 4RMO A; 1LNX A; 3GNF B; 1RI0 A; 1Y7X A; 4LDY A; 3RBB B; 2XI9 A; 2CUB A; 3I56 T; 3GP8 A; 3OMG A; 3CC2 Q; 5IHK A; 2E5K A; 2LMJ A; 3UA6 A; 4J7I A; 1G3Y A; 1Q82 C; 2QGF B; 2K3B A; 4J5Y A; 3THK A; 7AT1 B; 1M1K R; 3D7S B; 1BI1 A; 1VQ9 Q; 5IHI A; 3VS3 A; 2DM1 A; 1WYX A; 5GMK j; 4BDZ A; 2DVE A; 2KRO A; 1MMG A; 1WHG A; 2HNI A; 1U1S A; 1ACM B; 2LJ3 A; 4M78 C; 1M3A A; 1CKA A; 2RHU A; 3EAE A; 4RTT A; 1YNZ A; 1UGQ B; 3M0S A; 1RAA B; 1ZUY A; 4J9F A; 2OAU A; 4XTV A; 1HJD A; 1YFN A; 2P4T A; 4Z8A A; 3CC4 A; 3CME A; 4M75 C; 4HA8 A; 1VQ8 T; 2XDD A; 1Q81 R; 3OYG A; 1WHM A; 1FXX A; 1ZA2 B; 1I0C A; 2CT4 A; 2OX7 A; 2RI2 A; 1H3H A; 4ZN3 A; 5LJ5 f; 1X2K A; 2KEA A; 5GMK m; 4J9C A; 3JB9 F; 5GAO r; 4JLG A; 2JOY A; 3HL8 A; 3JV3 A; 4ZGD B; 4NL3 A; 2JS2 A; 1Q7Y U; 4PJO B; 2K3X A; 2RJE A; 3OW2 A; 3T9N A; 4C0Z A; 1RAC B; 1U5S A; 4PJO A; 2DE0 X; 2DZ9 A; 2O88 A; 4MZP A; 3JCM X; 2VV5 A; 1TOV A; 2K3Y A; 5D6W A; 4RTU A; 2KK4 A; 1GL5 A; 2M51 A; 2DTI A; 1K8A C; 2VXF A; 2ZPB B; 2ZPE B; 3C95 A; 4LN2 A; 2RA2 A; 3MO8 A; 1ZSZ B; 1S1N A; 1MMD A; 1GCQ A; 4Q5W A; 2MOX A; 2QA4 A; 5GAN f; 4KRT A; 1RAB B; 1TWB A; 3MET A; 3G71 T; 3S3M A; 1WJR A; 1ZSZ A; 4MZM A; 1QVP A; 4TVR A; 2KNB B; 2VC8 A; 4F17 A; 1UFF A; 1I07 A; 2JUF A; 2QEX Q; 4O6J A; 2XIC A; 3CCE Q; 5A2Q E; 1JQQ A; 1HSQ A; 3JCM P; 1WZO A; 2A08 A; 3MHX A; 2L5Q A; 3P8H A; 4RTX A; 4DBF A; 1PRL C; 5GAM d; 1K0S A; 1T3S A; 1Z9Z A; 4Z88 A; 3KBG A; 4M7A F; 1T0J A; 4OMN A; 4M7A E; 3EG2 A; 3DB3 A; 2LDM A; 2M0Y A; 4PJL A; 2DTO A; 2HSP A; 1JXM A; 1KK7 A; 4QKU A; 3OBY A; 2EGC A; 1NE8 A; 5LJ3 f; 3A1P A; 1M1K U; 1YJN T; 2MF2 A; 3EH2 A; 3A8G B; 2LJ0 A; 3HFO A; 3I5R A; 3NHN A; 5A0L A; 2A37 A; 2DA9 A; 3VS6 A; 1SKU B; 1PC0 A; 4X1V A; 3NTH A; 3G6E T; 2RK1 A; 1G5V A; 5GMK i; 3TQ7 P; 3CC4 Q; 2KT8 A; 3CME Q; 4J9H A; 2CP7 A; 1WNL A; 2F5T X; 2JZ2 A; 3MPU B; 2JMC A; 3CCU Q; 3PFS A; 2YDL A; 4M7D C; 1VQ7 Q; 3JSC A; 4FU6 A; 4JJD A; 1U8R A; 2NUZ A; 2HSE B; 2DD4 A; 1VQ6 T; 1PKT A; 4JLI A; 3BFM A; 1Q81 U; 1G3T A; 2OTJ T; 2SRC A; 4DQ2 A; 1M30 A; 2EBP A; 1H8K A; 3GPL A; 3IQL A; 4J6Y A; 5KYX B; 3REA B; 2NUP A; 5LL6 S; 3BDL A; 4IIO A; 2R57 A; 2RQW A; 2X35 A; 5KYX A; 2KMT A; 3M0Q A; 3ULR B; 2DO3 A; 3I55 T; 1CSK A; 2YXY A; 3CBM A; 4A53 A; 3RMS A; 3NTK A; 2Y4Y A; 2E10 A; 2QQB A; 1GXI E; 2AZV A; 1BIA A; 2EVR A; 3V8K A; 2QI2 A; 1JJ2 S; 3EFR A; 5KYW A; 1Q7Y C; 2IVW A; 4QQD A; 1SEM A; 4R55 A; 1KG1 A; 3HHT B; 2LCL A; 3VV0 A; 1TS9 A; 4FYW B; 1D0X A; 1G83 A; 3L2R A; 2FPE A; 4O5V A; 1OU8 A; 3MEV A; 3VRZ A; 1EX4 A; 3CCR Q; 1AWJ A; 1VQM T; 1ZBX A; 2RM4 A; 2XKO C; 3Q1J A; 3NGP A; 2RQV A; 1OI1 A; 1PSF A; 2LJ1 A; 1QWE A; 3PVQ A; 3JCM b; 1QVG P; 1I5O B; 2DXU A; 2L89 A; 3ZL7 C; 2PNI A; 1M8V A; 2L2P A; 3V7R A; 1QP2 A; 3CCL A; 2XD0 A; 4FYV B; 3SFM A; 1VQ4 Q; 1G3S A; 2VGN A; 1E6H A; 1N5Z A; 2X4W A; 4J9I A; 1D1A A; 4N4H A; 3CD6 Q; 2X51 A; 4WF2 A; 3PTA A; 2BZ8 A; 2GGR A; 1M27 C; 4EMG A; 1X01 A; 1QCO A; 1OPK A; 2P0K A; 4JRQ A; 4IIM A; 2EQK A; 2QGG A; 2ZGW A; 2VGM A; 1M1K C; 3NTI A; 1JJ2 P; 1GBR A; 4F7U G; 2KVQ G; 3M4Y A; 3EG3 A; 5KCO A; 2X9H A; 4MML A; 2PUO B; 4IUP A; 5FRM A; 5EG2 A; 2RI5 A; 3H9N A; 1X27 A; 3UPU A; 3FRN A; 3RKY A; 3M9Q A; 1X75 C; 3I56 A; 3RUX A; 4Z02 A; 3OYD A; 4OMQ A; 1VQN Q; 1RAI B; 4A4K A; 4IUQ A; 3MP1 A; 3CBP A; 2VVK A; 1I8F A; 1NLP C; 2VKN A; 1VQP T; 1Q81 C; 1M4Z A; 2BE7 D; 1TG0 A; 1QWF A; 2K5I A; 3V8L A; 2GQV A; 1VQK T; 1JB0 E; 2QQR A; 4M7A C; 2J7I A; 4J9E A; 1MV3 A; 2C0T A; 2E3H A; 3LW5 E; 4OMO A; 4PFZ A; 3PT9 A; 5LJ5 d; 2DIL A; 4IUT A; 2RHX A; 2MPX C; 1IO6 A; 1X6B A; 2QQ9 A; 2QDY B; 3A5Z B; 3QZ5 B; 1NJI R; 2HQH A; 2GFU A; 2C0O A; 2CZ7 B; 4JUV A; 2LVM A; 1Z9Q A; 4E7H A; 4BI3 A; 4KH0 B; 1LOJ A; 1JU5 C; 2KDS A; 2VB6 A; 2HKQ B; 1OQK A; 1ZHI A; 1VQ8 A; 2WSE E; 5HK0 A; 5CAI A; 2GQI A; 1WHK A; 4C0F A; 2DRM A; 5I22 A; 1B07 A; 1VA7 A; 3SEM A; 1IXD A; 3OB9 A; 5GAN d; 4BY6 B; 2QG9 B; 4HXJ A; 1W2B S; 1OPL A; 1QKX A; 5KE3 A; 2CSQ A; 3RER A; 2RD1 A; 4J9G A; 5FWB A; 5GAN 4; 4M78 A; 3DKM A; 1MMN A; 1D1B A; 3DLM A; 3OYH A; 5GAM h; 3M0P A; 2RO0 A; 2B86 A; 1YHQ T; 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3U23 A; 5GAN 3; 2DJZ A; 4PLL A; 4EMK C; 3E9G A; 2F1L A; 2M1H A; 2CH4 A; 2CP5 A; 2J6F A; 1SG5 A; 3CMA T; 1B3Q A; 2FG0 A; 5A0D A; 3G4S T; 2CZ1 B; 5M9O A; 2HBW A; 3G7Z A; 3JCM h; 3AHU A; 3EFO A; 1Q86 R; 2JMA A; 4DOV A; 4OGE A; 1OU9 A; 4OP0 A; 4C92 A; 2YUO A; 1RAD B; 1VQO T; 1RAF B; 3GLX A; 2EQM A; 1VQM A; 3J7A F; 1WQ7 A; 5FRN A; 2FHD A; 2KGT A; 1OEB A; 2DEQ A; 2FPF A; 3PNW C; 2X3W D; 5GJW B; 1R8O B; 2IIM A; 1AWX A; 1WPY A; 2HEQ A; 8ATC B; 3EH1 A; 5C0M A; 3DB4 A; 1VYU A; 4DBQ A; 4C5H A; 2DIQ A; 2D8H A; 3RIR A; 2JT4 A; 3LH5 A; 4BY6 C; 2QQA A; 1IHV A; 4V2S A; 1QCN A; 2DL7 A; 3VS7 A; 3TCJ A; 2LQN A; 4RG8 A; 3CCJ T; 1YIT Q; 3MEW A; 4BI4 A; 1AD5 A; 4RCB A; 5C6S A; 2YUQ A; 2CGH A; 2P0Q A; 1A0N B; 2JS0 A; 2HL3 A; 1QQJ A; 5CKD A; 4C8Q G; 4GLK A; 2ZAE A; 2DD5 A; 4M78 G; 4GY5 A; 1BCO A; 3OYI A; 1WHL A; 3EGX B; 2L3Q A; 4D6W A; 1BI3 A; 2K5L A; 2E41 A; 5A0G A; 2HCK A; 3ZFJ A; 4CI0 C; 3QKJ A; 1NJI C; 1QVF S; 2DL8 A; 3J81 E; 4F7U F; 5LJ5 h; 1IGU A; 4F7U E; 1VIF A; 2K79 A; 4C8Q D; 2RQR A; 3BY7 A; 3UDC A; 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