The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
|
Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of
the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-11-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQP Q; 3CCE Q; 3G71 Q; 1K9M R; 1Q86 R; 1N8R R; 3CCU Q; 1VQ7 Q; 1VQ8 Q; 1YIJ Q; 3CCL Q; 1M90 R; 1QVF P; 3CCQ Q; 3OW2 P; 1YHQ Q; 1Q7Y R; 3CCR Q; 1VQ4 Q; 1KC8 R; 2QA4 Q; 1JJ2 P; 1S72 Q; 1VQM Q; 1YJN Q; 3CCM Q; 3G4S Q; 1KD1 R; 1YJ9 Q; 1VQ9 Q; 1QVG P; 2OTL Q; 1KQS P; 1VQO Q; 1K73 R; 3CC7 Q; 3G6E Q; 1YIT Q; 1VQ5 Q; 3I56 Q; 1YI2 Q; 3CC4 Q; 1Q82 R; 1VQK Q; 3CC2 Q; 2QEX Q; 3CD6 Q; 1K8A R; 1VQL Q; 3I55 Q; 3CPW P; 2OTJ Q; 3CCJ Q; 1VQ6 Q; 3CMA Q; 1M1K R; 1VQN Q; 3CME Q; 3CXC P; 3CCS Q; 3CCV Q; 1W2B P; 1NJI R; 1YJW Q; 1Q81 R; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M2V A; 2LX7 A; 3X25 B; 4AMC A; 1UHF A; 1SPK A; 1YFN A; 1K0X A; 4HVU A; 2K2V A; 2DVE A; 1PSF A; 2V26 A; 4F7U E; 5CKH A; 7AT1 B; 1X01 A; 5FU7 C; 4C92 G; 2RB6 A; 2VV5 A; 4LN2 A; 4OMP A; 3CQT A; 2Z0W A; 2P4R A; 3BDL A; 3EG9 B; 1BI0 A; 4CC7 A; 2JTF A; 2JM9 A; 5L8R E; 2KR3 A; 3VS0 A; 5EG2 A; 1Y0M A; 5GAO m; 3RKY A; 3QSU A; 1S72 Q; 2L3P A; 1YJN Q; 1G83 A; 3CCM Q; 3G4S Q; 1VQ9 Q; 2BZ8 A; 4J9H A; 3SDZ A; 1K8A C; 2C0T A; 3EG3 A; 1JXM A; 5ECA A; 2KK4 A; 4RCB A; 1Q81 U; 1H3Z A; 3THK A; 1WLP B; 3CME Q; 3CCV Q; 2M9U A; 1JO8 A; 3GLX A; 1V76 A; 4MDW A; 1TSF A; 2JW4 A; 2HQX A; 3RDV A; 1BB9 A; 2L3Q A; 1D1B A; 2R58 A; 3SEM A; 1BU1 A; 1RAH B; 5KYW B; 4NL2 A; 4PFO A; 3MEU A; 2QA4 A; 1K73 R; 4JRK A; 1KQS A; 1PHT A; 2OTL A; 4FT4 A; 3VRZ A; 2CDT A; 2XI9 A; 1I8F A; 4IUP A; 3OS0 A; 1YIT A; 3GNF B; 3JB9 I; 1VQP Q; 3PVQ A; 2NYS A; 4HKE A; 4J8O A; 5FU6 C; 3JSC A; 1G3T A; 3JCM g; 2RF0 A; 2B8A A; 1JQQ A; 2EGC A; 1TUD A; 4E7S A; 5GAO r; 4E6R A; 5KCH A; 2XDB A; 1ZX6 A; 1KQ2 A; 5GAN j; 5GMK l; 1XOV A; 1VQK A; 4PJO E; 3NTH A; 4DEY A; 2L2P A; 4Y92 A; 1IGQ A; 2RI5 A; 4M77 C; 1FMK A; 3QYH B; 1UUE A; 2O31 A; 2RM4 A; 4FL6 A; 1ABO A; 4DQ2 A; 4PJM A; 1TU0 B; 4PJJ A; 2BTT A; 2A7Y A; 2JMA A; 2VGM A; 3S6W A; 4BY6 B; 3OYB A; 1YJW Q; 4KH0 B; 4J5Y A; 2RQU A; 2ZPE B; 4A4K A; 2AK5 A; 2HMA A; 3BE3 A; 4PL6 A; 1YI2 T; 1BI3 A; 4XAX B; 3GPL A; 1ZBX A; 4M77 E; 5LJ5 j; 4BI3 A; 3VYH B; 5C6S A; 3EHR A; 3OYC A; 2VKN A; 4YTL A; 2KAF A; 2COY A; 4N4I A; 2RJE A; 1F1B B; 3JB9 J; 2LCC A; 3GP8 A; 3OMC A; 4ZN3 A; 1QVF S; 1MMD A; 3TSW A; 1G2B A; 4FW1 A; 2L8D A; 3OYM A; 1C6V X; 1GXI E; 1HYO A; 4C8Q B; 2B86 A; 2LNH B; 2K5F A; 2XDD A; 4IIO A; 3HTR A; 1WXU A; 2CP7 A; 5FW9 A; 1VYT A; 1YWO A; 1JBM A; 3LGF A; 1VQ5 A; 1VQ6 Q; 5GAN e; 3OYJ A; 4M75 G; 1VQ7 Q; 4ZTJ A; 4DBF A; 4EPC A; 1YIJ Q; 2CT4 A; 3I5R A; 4FM4 B; 2ROT A; 4OB1 B; 2ED0 A; 2GFU A; 2P84 A; 2XID A; 3HSB A; 3I55 Q; 3CD6 A; 3OS2 A; 5GAN 4; 1AD5 A; 4M78 F; 2QA4 T; 4ZTF A; 2KQW A; 3H0H A; 3GIB A; 2YLB A; 5GAM j; 2OTL T; 3CCU Q; 5DLQ E; 3V8J A; 3CCR Q; 1YIT T; 4RMO A; 5LJ5 g; 2J6F A; 2F2X A; 5LJ5 e; 2COW A; 4ATO A; 5CCA A; 1EFN A; 1OOT A; 3MO8 A; 2QEX A; 2G3R A; 1BI1 A; 9ATC B; 4JZ4 A; 4C8Q A; 3EGX A; 4M7D C; 3JCM X; 3QKJ A; 1VQ8 Q; 5LJ3 d; 4RTZ A; 1NEG A; 2AHJ B; 3PNW C; 3OYG A; 3BW1 A; 4ZNX A; 4E7Z A; 4QW2 A; 4MZM A; 1VQ4 A; 2X9H A; 2EVR A; 2QDY B; 1MMN A; 5C0M A; 2CZ7 B; 2EKH A; 1HSQ A; 2DRM A; 3LH5 A; 4XK8 E; 4R55 A; 4GLM A; 2K2M A; 5FLX E; 2QI2 A; 3AHU A; 3S3O A; 2ATC B; 2MF2 A; 1O75 A; 2HAX A; 2WAC A; 3L2V A; 4OF1 A; 1IZ6 A; 1M8V A; 4JJB A; 2ZPF B; 3EFR A; 3X28 B; 3FEO A; 1WHG A; 1PD0 A; 2GF7 A; 4J9G A; 2DMO A; 3CC4 Q; 1FXX A; 2O9S A; 5GAN 7; 1IRE B; 4NOY A; 2EKO A; 2LVM A; 3E19 A; 1M27 C; 5FRO A; 3DLM A; 4JS5 A; 3MEW A; 1YCY A; 2JS0 A; 3H41 A; 5GAM e; 2EYX A; 1ZA2 B; 3I56 T; 1W70 A; 2RPN A; 2HD0 A; 5J39 A; 2HBW A; 2OAU A; 2RJD A; 1UGP B; 2FO0 A; 3C12 A; 4M77 G; 2EQU A; 4C0F A; 2JM8 A; 1N8R R; 1VQM T; 2C0I A; 3CBM A; 4XU1 A; 1S1N A; 2ECZ A; 3P8B B; 2EGE A; 3RMQ A; 2E41 A; 1VQ5 T; 3Q1J A; 5GAN h; 4Q5W A; 1YJ9 Q; 3M0S A; 5CQX A; 1M3A A; 5GAN 6; 3VS2 A; 2OTJ Q; 4R0K A; 3SHW A; 1OZ2 A; 2XHC A; 5IHN A; 2FHD A; 2RK1 A; 1MMA A; 4RUG A; 2MAM A; 1SKU B; 2DTO A; 3RMS A; 4FYW B; 2K4Y A; 2KRS A; 4LE9 A; 1UDL A; 2LMJ A; 4DEX A; 2QGG A; 2CUD A; 2EIF A; 2E12 A; 1PG5 B; 2LJ3 A; 2VAS A; 3OBW A; 3A8L B; 4QVZ A; 2H8H A; 2BUD A; 1Q95 G; 2G6F X; 1KFZ A; 1WDX A; 3VKI A; 1UJY A; 5LJ5 h; 2RH2 A; 3EH1 A; 1H8K A; 2RQR A; 2XD0 A; 4OMQ A; 3G71 A; 4J9E A; 3R6O A; 3J81 E; 1D3B B; 2OJ2 A; 4ZN1 A; 2JT4 A; 2QEX T; 1TG0 A; 4BDY A; 4XTV A; 3CC7 Q; 4RG2 A; 8AT1 B; 3VS6 A; 1BKB A; 4J7F A; 1VQ4 T; 3L2Q A; 2DBM A; 2CRE A; 1Q86 R; 4IUR A; 3RES A; 2Y4Y A; 3MKD A; 1G3Y A; 4C92 E; 5I21 A; 1M1G A; 1I07 A; 1Y96 A; 1BBZ A; 2YUQ A; 3ASK A; 1QCN A; 2RHX A; 4F7U B; 1GBR A; 4Z89 A; 1VQL A; 1VA7 A; 2DM1 A; 1IB8 A; 2NUZ A; 5A2Q E; 4GY5 A; 4MZT A; 4N0A C; 3CCS A; 1KC8 U; 4EMK B; 1OPL A; 1GCP A; 2RMO A; 1TUC A; 4PNO A; 2DL3 A; 3CCQ A; 2COZ A; 4PJN A; 1EZZ B; 2E5K A; 3VU3 C; 2HSP A; 3NTI A; 1OX8 A; 1WI7 A; 4X9C A; 4JPB W; 4FT2 A; 5GAN 3; 2LT4 A; 3ULR B; 3VS1 A; 4M7D G; 5GAM h; 2EYQ A; 4J9D A; 1D1A A; 1IO6 A; 2QYZ A; 1Q81 C; 3OMG A; 2FRY A; 1D3B A; 5KYY B; 2X3W D; 2DPP B; 2KXC A; 1QVF A; 1ZSZ C; 2FZC B; 1U5S A; 4QKU A; 5GAO n; 1MHN A; 2EYZ A; 1P92 A; 2I0N A; 2RO0 A; 1OYX A; 3PE0 A; 4M7A E; 1WHL A; 1JXO A; 1U8R A; 2DJQ A; 1Y07 A; 4DOW A; 3CC2 A; 3CCL T; 2DIL A; 5HK3 A; 1W2B P; 3OYL A; 1ZUY A; 3M53 A; 4M78 C; 1H64 1; 2XG8 D; 4M78 D; 3KFV A; 4LD6 A; 1WJR A; 3TQ7 P; 3M5A A; 3LGL A; 2K3B A; 4F7U A; 1T3L A; 3JB9 D; 2ZPG B; 1MGQ A; 2FRW A; 2DO3 A; 1YHQ T; 4EMK A; 1FX7 A; 1BIB A; 2E10 A; 1QCF A; 2ZAE A; 4PJO B; 2F2W A; 1TWB A; 5IXB A; 3O8V A; 2E6Z A; 1K0S A; 1Q7Y R; 1X2K A; 5CKD A; 4FCY A; 2RHZ A; 5DY9 A; 3QO3 A; 3I5S A; 1LJO A; 5GAO p; 1YI2 Q; 3G71 T; 1X27 A; 5FWB A; 1CSK A; 2RHY A; 5KYY A; 1G3W A; 2A08 A; 1OU9 A; 3CMA A; 3SWN B; 2RQW A; 1Z9Z A; 2L5Q A; 5GAN f; 1GBQ A; 1RLP C; 2V1R A; 2ZPB B; 2JS2 A; 3RNJ A; 2RQV A; 2E70 A; 1O9S A; 3MCA B; 1OEB A; 3QYG B; 5CKF A; 4B9X A; 1WHJ A; 1WQW A; 4OP0 A; 2BE7 D; 2ENM A; 4KUI A; 4J9C A; 3ME9 A; 1XQH A; 2DXT A; 3CXC P; 5A0L A; 3JAM E; 3PIP A; 4N4G A; 1M3B A; 4C5G A; 1M3C A; 1SSH A; 3OYD A; 1M90 R; 4XU2 A; 2FYK A; 2LX9 A; 2YDL A; 2DXC A; 1JJ2 P; 2L89 A; 4AT1 B; 1VQL T; 2BE9 B; 4M75 E; 2X4J A; 1AWJ A; 4BI4 A; 3CCS T; 2CH4 A; 2QTX A; 2WSC E; 1G8X A; 2O9V A; 5LJ5 f; 2HDA A; 4PLI A; 4PJO A; 1E7O A; 1W2B A; 3RR6 A; 4AFZ C; 2MMP A; 2KNB B; 4D8K A; 5KYX A; 4HXJ A; 1LNX A; 5IHI A; 2MYS A; 4ZGE B; 5AT1 B; 3P8H A; 2M1H A; 4BE0 A; 1ZUK A; 2AZS A; 2P4T A; 4C8Q F; 1YIT Q; 4FIB A; 3SWN A; 3PMT A; 2DZ9 A; 2VXE A; 3OA6 A; 1D0Y A; 2L3R A; 2DEQ A; 2DNU A; 3NGP A; 2QQA A; 1TS9 A; 2FVU A; 4RG8 A; 1KG1 A; 3CC2 T; 1U06 A; 5IXF A; 1M2O A; 3QZ9 B; 4C5I A; 4LDW A; 6AT1 B; 4MML A; 4C0D B; 1A0N B; 4OMM A; 2IPO B; 3INZ A; 2JJ9 A; 5GAN d; 4WTO B; 4HA8 A; 2QAZ A; 4KRT A; 1VQN Q; 3SFM A; 5I2S A; 4KGZ B; 2CH4 W; 3A8G B; 1OQK A; 3JRZ A; 3MEA A; 4E7J A; 1YN8 A; 4M7A G; 1UB4 A; 2YT6 A; 4KBM B; 4KUD K; 4HVW A; 4IIM A; 1QKW A; 5GAM f; 3JCM e; 1S72 A; 4EMG A; 5CK9 A; 3G6E Q; 2MK5 A; 1N5Z A; 3PFS A; 3QII A; 4XU0 A; 5KYU B; 1JU5 C; 1Q86 U; 3QUI A; 2O01 E; 3HFN A; 4QQ6 A; 4CRI A; 2RD1 A; 2QG9 B; 1I5L A; 3CME A; 3CCV A; 4A4H A; 1ZSG A; 3CEY A; 1MUZ A; 1UE9 A; 2QAS A; 2BZY A; 3UA6 A; 4B6M A; 3NFC A; 1JJ2 A; 1GCQ A; 3C95 A; 4OMF B; 2DTI A; 5LJ5 d; 1RAA B; 3X24 B; 3I56 Q; 1Q82 R; 2GTJ A; 1CKB A; 4J7I A; 3A98 A; 3UDC A; 1HD3 A; 1UGR B; 4M78 G; 2F1L A; 1M1K R; 1KQ1 A; 4Y28 E; 2RN8 A; 4EMH A; 2EYW A; 4NL3 A; 3ZEH A; 2QQS A; 5IN1 A; 1VQP A; 1X2Q A; 5D6X A; 4XTW A; 1IXD A; 1BCO A; 5GAN 2; 5IAY A; 1GFC A; 4N4H A; 1VQM Q; 2D6F A; 2AZV A; 1OPK A; 2DET A; 2X3X D; 2AKL A; 1VQ5 Q; 3KBG A; 1WPY A; 1VOM A; 1ABQ A; 1AT1 B; 2EAY A; 1R0B G; 2DRK A; 3UT1 A; 3GBQ A; 2NUP B; 1KHC A; 3FRN A; 4IUV A; 2JN0 A; 4GBQ A; 5HK0 A; 4Z02 A; 3EGX B; 3L2W A; 2SEM A; 1SRM A; 2CP3 A; 5KYU A; 3M56 A; 3JCM b; 1U1S A; 4QT7 A; 2DE0 X; 2KEA A; 2EBP A; 1YCS B; 2EJF A; 3CPW P; 1VIF A; 5GAO l; 5GAM d; 1YJW A; 3OYK A; 1SHG A; 1K9A A; 3P8D A; 1NEB A; 4IUU A; 3HRS A; 3OS5 A; 1T0H A; 2JTE A; 4A4F A; 2PU9 B; 1ZQ1 A; 1M8M A; 1PNJ A; 4FSX A; 4F17 A; 3GOX A; 2QEX Q; 2LCS A; 1KHI A; 3V7R A; 1R8O B; 1RAD B; 2RHI A; 4KUL A; 1N9S A; 1EIF A; 1Q7Y U; 2EJ9 A; 4ZGD B; 3E2U A; 2YSQ A; 5FRN A; 1TXQ A; 3M9Q A; 2YRD A; 4IUQ A; 2PUK B; 2CT3 A; 2FZK B; 4Y91 A; 2DXU A; 1WHM A; 3JB9 F; 4LD9 K; 2YLC A; 4MMK A; 5CVI A; 1PKT A; 4RTT A; 3OB9 A; 1AWW A; 2RNA A; 2NUP A; 1QWE A; 3JV3 A; 1UG1 A; 1VQ6 A; 2E65 A; 2WSF E; 1RAI B; 3JCM h; 2A0F B; 2A36 A; 1VQ7 A; 2LQW A; 3QDR B; 3HL8 A; 1OZ3 A; 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1I5O B; 4BUG A; 3G71 Q; 3JCM V; 4RTX A; 1FYN A; 3PVL A; 2GQV A; 1KSW A; 1UGQ B; 3FC3 A; 5GJW B; 3CD6 T; 1AEY A; 2IG0 A; 1QVG P; 3OYI A; 3CXC S; 2PNI A; 2P0P A; 2W10 A; 2C06 A; 4A53 A; 4WCI A; 4ANJ A; 2E6N A; 5CIU A; 1JRI A; 1Q81 R; 2KT1 A; 4QQG A; 1JJ2 S; 5LJ3 g; 2O88 A; 5IT9 E; 1YBY A; 3PTA A; 1ZLM A; 5GMK i; 1LCK A; 3QXE B; 1Q82 U; 4LUE A; 1VQ6 T; 1KD1 R; 1N9R A; 4JJD A; 4PJO F; 1AZE A; 2GFA A; 1M1K U; 1YJ9 A; 4M7A A; 1I4K 1; 1VQL Q; 2VUB A; 3NHN A; 1FWZ A; 4KGX B; 2OTJ A; 1WIE A; 3CCS Q; 4DA4 A; 4HCC A; 3M0P A; 2DL5 A; 2NWM A; 1PM3 A; 2ZGW A; 1ZBJ A; 1WFW A; 1VQO T; 1K1Z A; 3OW2 P; 2O2O A; 2LDM A; 3J7A F; 3I55 T; 2K57 A; 4M75 B; 4WF2 A; 3C4S A; 4DBH A; 1HK9 A; 1SEM A; 2GBQ A; 3UAT A; 2QXF A; 3JCM W; 2EGA A; 4J6X A; 1K9M R; 4ESR A; 1MV3 A; 2HZY A; 2CP6 A; 2RI2 A; 4AFU C; 5M9O A; 4X9D A; 3UWN A; 3M59 A; 3QWY A; 3CC7 A; 1Y7X A; 3EGD A; 1PC0 A; 3JCM f; 1VQ8 T; 4CI0 C; 2QTV A; 5D6Y A; 1GFD A; 1X75 C; 2IVW A; 8ATC B; 4JJN K; 1UFF A; 4XTZ A; 3JB9 H; 1G3S A; 4X34 A; 1QCO A; 2XKO C; 3RUX A; 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