The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
105
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structure length |
105
|
Chain Sequence |
MSQFTLYKNKDKSSAKTYPYFVDVQSDLLDNLNTRLVIPLTPIELLDKKAPSHLCPTIHIDEGDFIMLTQQMTSVPVKILSEPVNELSTFRNEIIAAIDFLITGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Toxin
|
| source organism |
Vibrio fischeri
|
| publication title |
Structural and Thermodynamic Characterization of Vibrio fischeri CcdB.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CcdB
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| total genus |
16
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| structure length |
105
|
| sequence length |
105
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-08-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01845 | CcdB | CcdB protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TCJ A; 4ME7 A; 5CKB A; 5CQY A; 1X75 C; 3JSC A; 1VUB A; 5CO7 A; 5DLO A; 2MF2 A; 1NE8 A; 5HK0 A; 5HKC A; 4MZP A; 5CKD A; 1M1F A; 5CR2 A; 4HKE A; 2KMT A; 4VUB A; 3HPW A; 4ELY C; 5CKF A; 5CCA A; 2VUB A; 5HK3 A; 5CKE A; 3JRZ A; 5CKH A; 4MDX A; 4MZM A; 5CK9 A; 4OF1 A; 4ELZ C; 5CQX A; 2C06 A; 3NFC A; 3VUB A; 1UB4 A; 4MZT A; 3G7Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RQU A; 3JCM d; 3MET A; 4CC4 B; 3CCR T; 2D0Q B; 1TSF A; 4RTX A; 4M78 A; 2K9G A; 2K6D A; 3CC7 Q; 3OYE A; 3CD6 T; 3VU3 C; 1IRX A; 1J3T A; 2EYX A; 1UG1 A; 1QLY A; 5GMK e; 4E7I A; 4PK4 A; 1VQ9 T; 2ROT A; 1Q82 R; 2OX7 A; 2EJG A; 3L2V A; 2DZC A; 1QKX A; 5GMK j; 1NZ9 A; 2RHX A; 2MAM A; 3MEU A; 3MCA B; 3M55 A; 1UGP B; 1UEC A; 1RUW A; 5AYF A; 1TUC A; 1PD1 A; 2KK4 A; 1GBR A; 2CKK A; 3MJX A; 3X28 B; 1M30 A; 3GP8 A; 5GAN 2; 5LJ5 g; 2RQR A; 1UB4 A; 1BIB A; 4BI3 A; 5CVI A; 1P92 A; 2ZPE B; 5LJ5 f; 4C92 C; 4NL3 A; 4XTV A; 1XOV A; 1VYT A; 3A1P A; 5GAN 7; 2C0T A; 2HBP A; 2RQT A; 2QA4 A; 3REB B; 1N8R C; 4C92 F; 1NBE B; 4OB1 B; 2HD0 A; 3VUB A; 4L6V 5; 2DER A; 3OQ5 A; 1M3B A; 2DL3 A; 2FHD A; 4IUT A; 4M4Z A; 4EMK B; 4PNO A; 1YI2 T; 1IO6 A; 1QVF S; 4C5H A; 3A8G B; 2QA4 T; 2V8J A; 1AWO A; 1VQ8 A; 4FM4 B; 3VRZ A; 2XIC A; 4OMF B; 4PKC C; 3I35 A; 3FDR A; 1U3O A; 2RHY A; 3BFM A; 2OAU A; 3ASK A; 1VQO Q; 4XTY A; 1NM7 A; 3CCR Q; 1M1K R; 1QVF P; 1FX7 A; 4F16 A; 4HVW A; 1ZX6 A; 2ECZ A; 4QVC A; 1XJW B; 3TEE A; 2MIO A; 2P0P A; 3M0P A; 3UAT A; 1D0Y A; 1AZG B; 3DLM A; 3BE3 A; 3OS2 A; 2X4Y A; 1JXM A; 2LCL A; 3QSU A; 1VQ4 A; 1WHJ A; 1SSF A; 3I9Q A; 3GBQ A; 2RI5 A; 2QQ9 A; 1WHH A; 2DXT A; 2DEU A; 1MV3 A; 1I5O B; 3JB9 G; 2NUP B; 3GOX A; 2QQA A; 1H3H A; 3E1S A; 1NYG A; 2QK0 A; 2DL7 A; 3MEV A; 3QWY A; 4D6W A; 2DMO A; 2EFI A; 2COZ A; 2HNI A; 4IUQ A; 1PG5 B; 1ZQ1 A; 4EPC A; 1KQS A; 5CQY A; 5FU6 B; 2HCK A; 1W2B S; 2CS7 A; 2XI9 A; 2IIM A; 4KGZ B; 3EH1 A; 3VS5 A; 2ROL A; 2EVR A; 1IGQ A; 2KRM A; 2CUD A; 2DAQ A; 2FZG B; 4QVZ A; 4AFQ C; 4JRI A; 3OSV A; 4ZGE B; 2KI7 A; 2XHC A; 3JB9 D; 4IKF A; 2KEA A; 3CBP A; 4E7S A; 2HQH A; 1YI2 Q; 2QI2 A; 3CME A; 1FXX A; 5I22 A; 5D7U A; 3CQT A; 2FZK B; 1M1K C; 1YHQ Q; 3BDU A; 2YUO A; 3OYF A; 2KXC A; 3UA7 A; 1GCQ C; 3JCM J; 5DY9 A; 1VQ5 A; 2FZC B; 3G4S T; 2YRD A; 1M8V A; 1MMD A; 2LC4 A; 2X51 A; 1D0X A; 1VQK A; 3S3N A; 2ATC B; 3I5S A; 2O88 A; 2AKL A; 2GQV A; 1NG2 A; 3M59 A; 3CME T; 3LGL A; 2DL8 A; 2KSS A; 4N4I A; 3LW5 E; 1S72 Q; 4C5I A; 1VQ5 T; 1ZA2 B; 4FIB A; 3OB9 A; 2GF7 A; 5DLQ E; 5J26 A; 2XMF A; 1TS9 A; 5KCO A; 2DET A; 2QDY B; 3CCL A; 1VQK T; 3M0U A; 2FYK A; 1PNJ A; 4ZTJ A; 3CCQ T; 1MND A; 2M16 A; 4EMK C; 1HD3 A; 1WHM A; 1U1T A; 3PGG A; 3KUF A; 1YIT T; 5CKB A; 1OV3 A; 3CPW S; 4XTW A; 3VYG A; 4FYX B; 4HXJ A; 1ACM B; 3EAE A; 1SPK A; 1QP3 A; 3CCL T; 1EZZ B; 3SFM A; 1X01 A; 2VKN A; 3CXC A; 3CC2 A; 3MKD A; 3VS4 A; 1KG1 A; 3REA B; 2AZS A; 1OZ2 A; 5GAO m; 4XTZ A; 2D9T A; 4J6Y A; 1ABO A; 2CSQ A; 1C0M A; 2JN0 A; 4MML A; 3CPW P; 5J39 A; 2DO3 A; 3PMI A; 1YWO A; 3OMC A; 1I81 A; 2XID A; 3CC2 T; 2C0I A; 5CAI A; 5GMK m; 1YJN Q; 3V7R A; 4F7U E; 4QKU A; 5DM7 R; 2WSC E; 1X27 A; 2DL4 A; 1VQL A; 1ZUK A; 2LJ0 A; 4PFP A; 1WQ7 A; 2FRY A; 4NS5 A; 4DOV A; 3CCE A; 2KRS A; 3I5R A; 3C4S A; 4C0Z A; 2P4R A; 1VQ6 A; 1C6V X; 2JUF A; 1W1F A; 2HKQ B; 2MCN A; 2V8K A; 2O01 E; 2CGH A; 2RI3 A; 1YWP A; 3G4S Q; 3P8B B; 1VQL T; 3JAM E; 3EGX A; 3CCE T; 1B07 A; 4PJO D; 5FU6 C; 1NJI R; 1VQ6 T; 3OYL A; 4A4G A; 1GCQ A; 5DLO A; 5GAN j; 3V8L A; 2OTJ A; 2CZ0 B; 3KXT A; 4OB2 B; 1Y07 A; 1OI1 A; 4Y92 A; 5J3B A; 2E41 A; 2K4Y A; 3SHW A; 2K7A A; 1RAA B; 3CCQ Q; 1Z9Q A; 4MMK A; 4X1V A; 1KD1 R; 2RI2 A; 1ZUY A; 1Q81 C; 2O31 A; 1WDX A; 3C95 A; 2OTJ T; 1UGR B; 3JCM b; 3M56 A; 4OMN A; 1G3W A; 1Y7X A; 2EGA A; 3HPW A; 4HCB A; 5IHI A; 3PVQ A; 3M0S A; 4DEX A; 2DLP A; 2BKD N; 5A0D A; 1BYM A; 3G71 Q; 1YIJ A; 5CKH A; 4IUU A; 4K11 A; 5IXB A; 4OF1 A; 1KHC A; 2F2X A; 2QGG A; 2F5K A; 2RK2 A; 3VUZ A; 4BD3 A; 2K2M A; 3WVE B; 1M90 R; 2DRM A; 1DJ7 B; 2L3P A; 1VQP A; 5KCH A; 4ATO A; 1YIJ T; 3A5Z B; 2YUQ A; 4QQ6 A; 1UGQ B; 3ZBD A; 5FRN A; 2VXE A; 1K8A R; 2KR3 A; 5KE3 A; 5KYU B; 1PKT A; 1M2V B; 2BZ8 A; 3OS0 A; 2F2V A; 1AHJ B; 4OMP A; 1BU1 A; 2X3W D; 4XTX A; 4RKU E; 2XU8 A; 4X9D A; 4JLI A; 4ZN1 A; 1M1K U; 4D8K A; 2BZY A; 4RTU A; 1UDL A; 5D6W A; 3CC4 A; 2A36 A; 5KYY B; 2DBK A; 1ZSZ C; 1VOM A; 2NUP A; 4C0D B; 2M1H A; 3DB3 A; 4WTO B; 5LJ5 d; 2FPD A; 3I56 T; 1AZE A; 4E7Z A; 1KD1 C; 5IH2 A; 1YJ9 T; 2BE7 D; 3CC4 T; 2IPO B; 2QQS A; 3C94 A; 3RMS A; 1YJW A; 4RTT A; 1BKB A; 1UJY A; 4BY6 C; 1K4U S; 3QZ5 B; 4OMM A; 3RIR A; 1W6X A; 5GAN 5; 3CCJ Q; 2RK1 A; 2EQK A; 2QGF B; 4FCY A; 1YJW T; 3R6N A; 1M90 C; 3H9N A; 3L1A A; 1QVP A; 3H41 A; 1I0C A; 2LVM A; 4JJB A; 5GAM j; 2EQJ A; 2EGE A; 2IG0 A; 2LX7 A; 3FJP A; 4JJD A; 4RTV A; 3OY9 A; 2ZPB B; 1BI3 A; 2YHT A; 5IHN A; 1JBM A; 1F1B B; 1MGQ A; 2LQN A; 2LQW A; 4J9G A; 1K8A C; 1E6H A; 2F2W A; 1KQ1 A; 1C1A A; 2XK0 A; 3A8H B; 3P8D A; 3L42 A; 2ZPF B; 1PD0 A; 3CBM A; 3GNF B; 4F7U B; 2KRN A; 2K3B A; 3H8Z A; 3H6Z A; 3H0H A; 5CKF A; 2ZCF B; 3EG0 A; 2PUK B; 1LPL A; 3GLX A; 2JMC A; 1IGU A; 3VS2 A; 3CCM Q; 3CPF A; 3HSB A; 2PVD B; 1VIF A; 4LDV A; 3HFN A; 4PJM A; 1Q86 R; 3QKJ A; 3M58 A; 3JCM P; 3FB9 A; 1QWE A; 1HK9 A; 2EIF A; 2BIV A; 1WIE A; 4DBR A; 2E6Z A; 2HMA A; 2FRW A; 2LMJ A; 2O2O A; 4FSS A; 4J9E A; 3OYY A; 4JUV A; 1UGV A; 4PL6 A; 3JRZ A; 1G3Y A; 4J9F A; 2CH4 A; 2E5K A; 1GFC A; 1ZLM A; 8ATC B; 2ZGW A; 4ZGD B; 3I56 Q; 3QDR B; 1YJ9 Q; 3I55 A; 4EIK A; 4J7F A; 2EYZ A; 3UF4 A; 2QEX Q; 3OYB A; 1RL2 A; 1QCN A; 1H3Z A; 3SWN B; 4J7I A; 4F7U G; 4GBQ A; 4A4K A; 1HJD A; 4CC7 A; 4OMQ A; 1RAG B; 1Q81 U; 3OSS C; 3I55 T; 2B86 A; 4LDU A; 2M02 A; 4RCC A; 5C6S A; 1D3B A; 3MEW A; 1K73 U; 4PJO E; 1QCO A; 1NPP A; 1PRM C; 1VQN A; 2A0F B; 2J06 A; 2VV5 A; 3JV3 A; 1JU5 C; 2HDA A; 1UJ0 A; 2A08 A; 1R0B G; 2YUP A; 2KYM A; 3L2Z A; 4WCI A; 1QKW A; 2JTE A; 2LP5 A; 1QVF A; 1Q86 C; 3QPH A; 2RJF A; 3U23 A; 3PT9 A; 3EGX B; 1D0Z A; 1WHK A; 5CKE A; 2JM8 A; 3S3M A; 2Z0W A; 1UEB A; 5KYN A; 1AWX A; 1M27 C; 4DOW A; 1JRI A; 3G7Z A; 1D1A A; 3OYH A; 2GFA A; 1U8R A; 1RLP C; 1UGS B; 1X69 A; 4LD6 A; 3MP6 A; 3CBO A; 3VS1 A; 4BE0 A; 1LOJ A; 3QUI A; 4KRT A; 3EFS A; 5ECA A; 1Y96 A; 1HSQ A; 3QYG B; 4IIO A; 5GAM g; 4B9X A; 2COW A; 3CCS A; 5L8R E; 2VUB A; 1AT1 B; 1EX4 A; 4MDX A; 2JVV A; 1H64 1; 1JQQ A; 5GAM f; 6AT1 B; 2CRE A; 2OTL Q; 2EAY A; 4YTL A; 5KYX B; 2QG9 B; 5A0G A; 1VQ7 Q; 3ER0 A; 3CCS T; 5GAN 3; 2PVG B; 4RG2 A; 1NLO C; 3VYH B; 4ELY C; 3MO8 A; 1VQM A; 1OZ3 A; 1LJO A; 1XTD A; 2DJZ A; 2KRO A; 2XDB A; 1YN8 A; 3GIB A; 4F7U F; 2F69 A; 3G6E A; 1Q7Y R; 4J83 A; 2L3R A; 3CCV Q; 4KH0 B; 2X4W A; 1KQ2 A; 3FIF A; 3D7S B; 3CCU A; 1H8K A; 4LDW A; 1K0X A; 3OW2 S; 4ME7 A; 2IVW A; 2KAF A; 1X75 C; 1AOJ A; 3J80 E; 5KYU A; 1XNI A; 1M90 U; 1M2V A; 2RF0 A; 1Q82 C; 1VQM T; 3RNJ A; 2G6F X; 1VQ8 T; 1MMN A; 2EWN A; 1ARK A; 1MNE A; 2CYZ B; 1TUD A; 1KJW A; 4Q5W A; 3S6W A; 3CD6 Q; 4BDZ A; 4A53 A; 4X9C A; 2DIL A; 3LX7 A; 1X6B A; 3CCU T; 1BBZ A; 1RAH B; 1K8A U; 1VQ9 Q; 2OJ2 A; 5KYY A; 3CEY A; 3VS6 A; 3OW2 P; 4JJN K; 2FPE A; 2R57 A; 2H3E B; 1PSE A; 2AT1 B; 5FU7 C; 1I8F A; 1YBY A; 4BE2 A; 3BDL A; 3H0I A; 4HCK A; 3OYK A; 2VAS A; 1PSF A; 1VQ4 T; 5D6Y A; 1PKS A; 1PRL C; 1FWZ A; 2NUT B; 5KE2 A; 3CMA A; 1BB9 A; 3VV0 A; 2NUZ A; 5L23 A; 2JS2 A; 2K5F A; 2D8H A; 3LH5 A; 1KHI A; 1PHT A; 2X35 A; 2PZ1 A; 2JJ9 A; 2MWO A; 1QWF A; 3LWH A; 4FT4 A; 1K1Z A; 2A28 A; 2RH2 A; 1ZHI A; 2XDP A; 1ZA1 B; 1PM3 A; 3VJP A; 1NLP C; 2GNC A; 1W2B P; 1Q7Y C; 1G8X A; 2I0N A; 2DKG A; 1WPY A; 3CPW A; 5CIU A; 5A2Q E; 4DBF A; 4E7L A; 1T0J A; 1Q95 G; 3IQL A; 3QO3 A; 4N0A C; 3TRE A; 3OYD A; 5KYW A; 3JB9 H; 2QA4 Q; 1WNL A; 1UFF A; 4XU3 A; 3HRT A; 1ZBX A; 2LCS A; 3OYA A; 1X6G A; 4F7U A; 4JZ3 A; 2E3H A; 3QXE B; 2V26 A; 4AG1 C; 1M3A A; 2K2V A; 9ATC B; 4MDW A; 1SHG A; 4PJO B; 1KFZ A; 3O5Z A; 4R56 A; 3MPU B; 2E5Q A; 2KXD A; 3NHN A; 2E4H A; 5FRM A; 3QWX X; 5GAN h; 3S3O A; 2X3X D; 4HCC A; 1A0N B; 2CUB A; 3L2R A; 4BUG A; 5GAN 6; 4OGC A; 2WSF E; 1FMW A; 1D09 B; 2D0N A; 1SRL A; 2E65 A; 4FT2 A; 2FEI A; 3M4Y A; 1KQS S; 5FWB A; 1Q86 U; 2YRC A; 1T3L A; 4FL6 A; 2R58 A; 3VRY A; 4FU6 A; 4XK8 E; 2LNV A; 3JB9 F; 1VQ4 Q; 4JZ4 A; 1QVG S; 1ZSG A; 3SWN A; 1GRI A; 3M4G A; 2KNB B; 2FG0 A; 3M54 A; 4OML A; 4F14 A; 3E19 A; 5EG2 A; 4PJO G; 1SRM A; 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3BY7 A; 5LJ3 h; 3X24 B; 4PFO A; 1VQP T; 4D8D A; 2LJ1 A; 4N4G A; 2RO0 A; 3KFV A; 5HK0 A; 1NJI C; 3HFO A; 4M7D G; 2QDL A; 3OYN A; 2EJ9 A; 4M75 G; 1MHN A; 3A98 A; 4RTW A; 2KMT A; 3EH2 A; 1VQL Q; 1OYX A; 3M53 A; 4DBQ A; 3PTA A; 2OAW A; 3GPL A; 2WAC A; 3CCE Q; 1KC8 C; 4M78 D; 3NPF A; 4AFS C; 1GL5 A; 3PIO A; 4B6M A; 1VQ6 Q; 2DK3 A; 3FJ5 A; 2KBT A; 3G1J A; 4M7A G; 4EDU A; 2NUT A; 2G3R A; 3TSZ A; 1BK2 A; 2AHJ B; 2M0Y A; 3HKS A; 2DIG A; 5GAM d; 1GFD A; 1X43 A; 2YWW A; 4J9I A; 4M7D D; 1JB0 E; 4JS4 A; 2L2P A; 4M75 D; 4AG2 C; 4OP0 A; 2OTJ Q; 3RDV A; 2CZ7 B; 3TCJ A; 5GAM e; 4LUE A; 2YLC A; 2VB6 A; 1WZO A; 1AEY A; 1UHF A; 4E2F B; 4LE9 A; 2O9S A; 3RMQ A; 4M7A D; 3EHR A; 4M77 A; 3VKI A; 2JMA A; 1IHW A; 5LJ5 j; 3CC7 A; 1ZBJ A; 5KYW B; 4II1 A; 3EFR A; 4EMG A; 2QAZ A; 3V7S A; 1Y57 A; 4FW1 A; 3RKW A; 1N6A A; 5LJ3 e; 5GAN g; 1YIJ Q; 4E47 A; 4IUR A; 2D1X A; 2DX1 A; 4PJO A; 8AT1 B; 4Y91 A; 5GAN f; 3LH0 A; 2EQI A; 3CC7 T; 4E7H A; 5LJ3 j; 2EYW A; 2MYS A; 4BI8 B; 2DXB A; 5GAN 8; 4LXC A; 1VQP Q; 2CDT A; 3THK A; 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