The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
76
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structure length |
76
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Chain Sequence |
MIPPINFIFKLLQQHTPVSIWLFEQTDIRLQGQIRGFDEFMNIVLDDAVQVDAKNNKRELGRILLKGDNITLIQAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
|
| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| total genus |
8
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| structure length |
76
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| sequence length |
76
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I8F A; 2DEQ A; 3JB9 D; 3RKX A; 5GAO m; 5LJ3 e; 3RIR A; 4EMK C; 5GAN d; 3FIF A; 3HSB A; 4N0A A; 4M78 C; 4M78 A; 4Y91 A; 2DTO A; 1WPY A; 3GIB A; 1D3B A; 3RES A; 3JCM V; 5GAM e; 3V8J A; 4M7A D; 2HNI A; 3SWN A; 4M7D A; 3JCM P; 1BIA A; 4XTZ A; 4C92 G; 4M77 D; 4M75 F; 4XTW A; 4M7A E; 3JCM Q; 3RUX A; 4M75 E; 4QVD A; 2EJG A; 3JCM h; 5GMK j; 2FB7 A; 4PJO A; 4C8Q B; 1HXD A; 4V2S A; 4NL2 A; 1JRI A; 2DXU A; 5I21 A; 5GMK i; 4NL3 A; 3QHS A; 5GMK m; 2CGH A; 4JUV A; 3EFS A; 3BY7 A; 3VU3 C; 4WF2 A; 5GAN f; 3BFM A; 5LJ5 j; 3FJP A; 3HFO A; 4M78 F; 4X9D A; 5GMK h; 3AHU A; 3QUI A; 3JCM g; 4M77 B; 3BDU A; 2K57 A; 5GAN e; 4C8Q D; 4M78 E; 4M7D F; 4C92 A; 4N0A C; 3EFR A; 2QTX A; 2DTI A; 3QO3 A; 4M75 D; 1BIB A; 1I81 A; 4M7D E; 5DY9 A; 3V8L A; 5LJ5 h; 4XU0 A; 3SWN C; 4F7U B; 2RM4 A; 4M7D C; 5LJ3 j; 1U1T A; 1YCY A; 2VXE A; 5GAN 3; 2DXT A; 3L2Z A; 5GAO n; 5GAN 5; 1WQ7 A; 3SB2 A; 2DZC A; 5GAM j; 2EJ9 A; 3JB9 J; 4M7A A; 1HK9 A; 5GAN 4; 3INZ A; 4PJO F; 3RKW A; 4QVC A; 3JB9 G; 4C8Q G; 3V7S A; 1I5L A; 3JCM c; 1M5Q 1; 3RKY A; 5LJ3 h; 5GAO q; 2I2L A; 2RD1 A; 2VC8 A; 5LJ5 g; 4PJO E; 2EWN A; 4PJO C; 4M7A G; 4M78 D; 5GAM h; 5CAI A; 2YLC A; 5GAN 6; 4XQ3 A; 4M75 B; 4F7U A; 4M7D D; 4M77 G; 3PGG A; 2RA2 A; 3JCM d; 1X01 A; 4C92 F; 5GAO r; 3FB9 A; 2EAY A; 1KQ2 A; 5GAN 7; 1WQW A; 2Y90 A; 5GAN 8; 5LJ3 g; 2JN0 A; 4A53 A; 4C92 E; 3V7R A; 2DJZ A; 4C92 C; 4F7U G; 1LOJ A; 5GAM g; 1N9S A; 4MML A; 4J6W A; 2EJF A; 1U1S A; 4HA8 A; 4PJO D; 3BW1 A; 4C8Q A; 4EMK B; 4J5Y A; 5GAN j; 4HT9 A; 5LJ5 f; 1I4K 1; 4M78 B; 4EMG A; 4XU3 A; 4J6X A; 1D3B B; 4M75 A; 2ZGW A; 4EMH A; 4XU1 A; 1N9R A; 3JB9 H; 4JRK A; 2E1H A; 3SWN B; 4DQ2 A; 4JLI A; 2VXF A; 4M7A C; 4M7D B; 2YLB A; 4HT8 A; 5LJ5 d; 4XTX A; 4XTY A; 5GAO l; 1MGQ A; 3JCM W; 5GAN h; 4M77 A; 1Y96 B; 2E10 A; 4M75 G; 4C92 D; 3JCM f; 3V7C A; 1H64 1; 1B34 B; 4XTU A; 2YHT A; 2E64 A; 4F7U E; 2E65 A; 5GAM f; 3JCM e; 2E41 A; 4EMK A; 2DKG A; 5LJ3 d; 4PNO A; 4PJO B; 3JCM b; 5GAN g; 2DVE A; 4X9C A; 2DTH A; 5GAM d; 1KQ1 A; 3JB9 F; 1LNX A; 3JB9 I; 3QSU A; 4C8Q F; 3L1A A; 4M78 G; 1Y96 A; 5GMK e; 4C8Q E; 3JCM X; 1TH7 A; 2FYK A; 4M7A F; 4C8Q C; 1M8V A; 4C92 B; 4M7D G; 5GMK l; 1B34 A; 4XTV A; 2DZ9 A; 4M75 C; 4M77 F; 4RCC A; 3HFN A; 1JBM A; 4J6Y A; 3V8K A; 5LJ5 e; 5GAO p; 3RER A; 1WNL A; 4M77 E; 2RB6 A; 4MMK A; 5GAN 2; 4RCB A; 4M77 C; 4A54 A; 4F7U F; 1LJO A; 4M7A B; 3M4G A; 4OP0 A; 5LJ3 f; 4NOY A; 3JCM J; 4JRI A; 4XU2 A; 4PJO G; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KBM B; 3A98 A; 4A4H A; 2KY9 A; 1KIK A; 2QEX T; 1VQL A; 4M77 D; 2EYX A; 3OBW A; 4A4F A; 3QDR B; 3OSV A; 2K5L A; 3VS4 A; 1VQ4 T; 3GNF B; 2JS0 A; 2RHX A; 3EH1 A; 2LQ8 A; 4V2S A; 3PIO A; 3CC2 A; 3LW5 E; 3HFO A; 1KD1 R; 3JCM g; 5I2S A; 2J05 A; 1GRI A; 3LGF A; 2GQI A; 2QDL A; 1BIB A; 1XQH A; 3OMG A; 1G3W A; 2HBW A; 5FWC A; 5GAN 5; 1WQ7 A; 4NS5 A; 1E6G A; 2DA9 A; 2L89 A; 3LLR A; 1UHF A; 3G71 T; 1QWE A; 2COW A; 3A8O B; 4DEY A; 2LJ3 A; 4ME7 A; 3CPW S; 3P8D A; 2RA2 A; 1D1C A; 3MO8 A; 2MYS A; 3FB9 A; 1YI2 Q; 5LJ3 g; 3H0F A; 1H3Z A; 1VQK Q; 4C92 C; 2QI2 A; 5KCH A; 1N9S A; 4J6W A; 4D8D A; 3HPW A; 1VQ8 A; 4C5I A; 2KNB B; 4PJO D; 4KH1 B; 3EHR A; 3TSW A; 4E7K A; 2VXF A; 3ASK A; 2H8H A; 2DVJ A; 5D7U A; 1YWP A; 3OYI A; 2YHT A; 4J9G A; 4OGC A; 2BTT A; 2LQK A; 2DL4 A; 1U06 A; 3CCE T; 1H8K A; 4OML A; 2K79 A; 3OYB A; 1VIF A; 1UGP B; 1JXM A; 1TH7 A; 5KYX B; 2HKN A; 1GBQ A; 2F69 A; 1UDL A; 4FW2 A; 1M2V A; 1CSK A; 1ZA2 B; 2KGT A; 1WX6 A; 2KRO A; 2QAS A; 4DBH A; 3H41 A; 3I55 A; 2QA4 Q; 2V26 A; 3RIR A; 3P8B B; 3FJ5 A; 4M78 A; 3I56 T; 5J39 A; 2WAC A; 2XHC A; 2LCL A; 4XTZ A; 4C92 G; 1NPR A; 2L5Q A; 1Q82 R; 5CCA A; 1I07 A; 3NPF A; 3OQ5 A; 3OSS C; 1UHC A; 1IHV A; 3VU3 C; 1RL2 A; 3CCS A; 3OW2 P; 3QZ5 B; 4X9D A; 2JOY A; 2HL5 C; 4ZGJ B; 4HVW A; 2JS2 A; 3CC4 T; 3EG2 A; 2L8D A; 4M7D E; 2KRS A; 5D6X A; 2VXE A; 2MI6 A; 2DZC A; 4M7A A; 3WVE B; 1QW1 A; 2PZ1 A; 1BCM A; 3CXC A; 2B86 A; 4PL6 A; 2LTO A; 1ZLM A; 1X27 A; 4M7A G; 3OYC A; 5CAI A; 2VUB A; 3VYG A; 1K9M C; 2JXB A; 2LT4 A; 4C92 F; 1KQ2 A; 4J9I A; 1N6A A; 5GAN 8; 1X6G A; 3CCQ Q; 2GNC A; 2CT4 A; 2HL3 A; 4LUE A; 1C6V X; 2MCN A; 1QP2 A; 4HT8 A; 2QXF A; 1MGQ A; 1PRL C; 3MHX A; 2DPP B; 2EFI A; 2ZAE A; 1UEC A; 2EGA A; 2KT1 A; 1VYT A; 5GAM d; 1UGR B; 2XID A; 3H6Z A; 1K9M U; 3L1A A; 2HD0 A; 3H0H A; 3G6E Q; 1F1B B; 4M7A F; 1OZ2 A; 1KG1 A; 1P92 A; 4LUD A; 4RTZ A; 2K3X A; 5L8R E; 2IG0 A; 1JJ2 S; 3M4G A; 3HTR A; 2HQH A; 3H8Z A; 3EHQ A; 1AOJ A; 1KQS P; 1WPY A; 2KEA A; 1D3B A; 2P0K A; 2OAU A; 2R5M A; 2JNG A; 2KRM A; 1RAE B; 1N8R R; 3JCM P; 4AFZ C; 2V1R A; 4O5V A; 1NM7 A; 1Y0M A; 3I5S A; 3M0Q A; 2EYZ A; 1GFC A; 3M53 A; 3VUZ A; 2CRE A; 4GLM A; 3CCL T; 1O9S A; 1TXQ A; 2PTK A; 2D0N A; 4JJC A; 3QHS A; 1SHF A; 5GAN f; 2K5I A; 3CCM Q; 1YJN T; 2X51 A; 2CSI A; 3QKJ A; 5GAN 3; 4J8O A; 3S6W A; 1S1N A; 1RAG B; 2PQW A; 1M5Q 1; 4QQG A; 2EWN A; 5GAM h; 1M2V B; 3L2R A; 1WLP B; 1OU8 A; 3GOX A; 4FIB A; 1W2B S; 1U5S A; 2MPX C; 2E12 A; 4FYW B; 3V7R A; 1NE8 A; 1NZ9 A; 2JTE A; 2O9S A; 4PFP A; 1S72 T; 3CBM A; 2FZC B; 4M78 B; 3CCV Q; 3QG1 A; 4XTX A; 2BKD N; 3JCM W; 2DLP A; 2GCX A; 1MUZ A; 1Z9Q A; 1VQN T; 1Q81 R; 2DL8 A; 2GTJ A; 3CMA T; 3E1S A; 3QJY A; 4XAX B; 1VQ9 T; 3G4S A; 4ZGD B; 4HCZ A; 2PU9 B; 4PFZ A; 3EFO A; 4JZ4 A; 3MEU A; 4X9C A; 3QSU A; 1YJW Q; 1VQ6 T; 3M4Y A; 5GJV B; 2RI3 A; 2QEX A; 1VQM T; 2KVQ G; 3URG A; 4PLI A; 4MMK A; 2LQW A; 1PRM C; 4C0F A; 1VQP Q; 4Z88 A; 4M7A B; 2WSC E; 1VQ4 A; 2EGC A; 2OTJ Q; 1Q95 G; 3E9G A; 4OMO A; 3VS7 A; 2M9U A; 2RH2 A; 1UJ0 A; 2HNI A; 3SWN A; 3QDF A; 2COZ A; 5HK0 A; 2X9H A; 3DLM A; 1WZO A; 1BI3 A; 1ZUU A; 1JO8 A; 3G71 A; 5C0M A; 3CCR T; 3QUI A; 2E5Q A; 1AT1 B; 2QTX A; 2DTI A; 3S3M A; 4F7U B; 1QVF A; 5GAO n; 1WXB A; 2DJQ A; 2R57 A; 1I5L A; 2CS7 A; 2F1L A; 4AFU C; 2RD1 A; 3I55 T; 4JZ3 A; 3SEM A; 4PJM A; 4M78 D; 3NGP A; 5GAN 6; 4BAC A; 1FX7 A; 3H9N A; 1XNI A; 4GLK A; 4J7F A; 4C92 E; 2Y4Y A; 4OMQ A; 2ZPH B; 2ESW A; 3CXC P; 4MML A; 4ELZ C; 3MPU B; 1KK7 A; 4QT7 A; 3CCE A; 4FT2 A; 2L3P A; 2ATC B; 1VQ5 T; 1D3B B; 2ZGW A; 1BBZ A; 2CKK A; 4M4Z A; 1ACM B; 3PIP A; 2R58 A; 5IHI A; 4BI3 A; 3PVL A; 5AT1 B; 2AT1 B; 1VIE A; 1X2Q A; 4PNO A; 5KE3 A; 4ORZ A; 2LJ1 A; 2EQJ A; 2P0Q A; 3M58 A; 1Q86 U; 3I9Q A; 3I56 A; 1PCX A; 3OBY A; 1QVG S; 2CSQ A; 2XK0 A; 4IUQ A; 2XD0 A; 1VQO T; 2JMC A; 4A54 A; 3VKI A; 1YNZ A; 2EKO A; 3VV0 A; 2OTL T; 1QCO A; 2B8A A; 4F04 B; 4C0D C; 3ZBD A; 2WSF E; 2NWM A; 4F14 A; 1VQL Q; 3HSB A; 2KAF A; 1VYV A; 3E9F A; 3EG0 A; 3PFS A; 4GBQ A; 1PKT A; 4M7D A; 2V1Q A; 5I2M A; 3MET A; 2DMO A; 4R0K A; 1K0X A; 1FYN A; 2EJG A; 1YFN A; 1ZSG A; 5ECA A; 3OYJ A; 1OQK A; 3OYA A; 1TU0 B; 1K73 C; 2YUO A; 3MJX A; 3QZ9 B; 4E6R A; 3QO3 A; 3HL8 A; 1WA7 A; 1V76 A; 1ZUY A; 3L2Z A; 3MEV A; 3EFO B; 3JB9 J; 1G3T A; 2YRD A; 4IIM A; 4CC7 A; 1WHG A; 4QVC A; 1PD0 A; 8ATC B; 2AHJ B; 1XOV A; 3OA6 A; 2CT3 A; 1ZSZ B; 2D8H A; 3CME Q; 2LMJ A; 3OS1 A; 3TCJ A; 2MAM A; 1T0J A; 1VQK T; 1N8R C; 1VQ8 Q; 4J9H A; 3CC7 Q; 3HKS A; 2EYY A; 1K73 U; 5DLO A; 4PJN A; 2FL7 A; 4HA8 A; 4EMK B; 2RHY A; 1V1C A; 3OB9 A; 3QXE B; 2HKQ B; 3SWN B; 5J3B A; 1X6B A; 3PMT A; 2QTV A; 4BY6 C; 4FCY A; 2RJF A; 4A4E A; 1B34 B; 2CP6 A; 1R8O B; 3HRU A; 1BI2 A; 1PD1 A; 2O88 A; 3CD6 Q; 1NYF A; 2W0Z A; 4E7I A; 1N8R U; 1UUE A; 1NG2 A; 1KQS S; 4QW2 A; 3FDR A; 1K0S A; 3CBO A; 1W70 A; 5CKD A; 1EIF A; 2P4R A; 3EG3 A; 2M51 A; 3ZFJ A; 2K2V A; 2RQU A; 2E4H A; 2XU8 A; 3RDV A; 4DA4 A; 3FIF A; 3QII A; 4J83 A; 5GAM e; 5J26 A; 2HCK A; 1R0C B; 2YWW A; 3UPU A; 1JQQ A; 1YJN A; 3S3O A; 2MOX A; 3A1P A; 3OS5 A; 4O6J A; 1OU9 A; 3PTA A; 4OVA A; 3CCS Q; 2E70 A; 1X6O A; 1Q81 C; 3REB B; 2ZPI B; 3G4S T; 1M4Z A; 2CGH A; 1NJI R; 3BY7 A; 1WYX A; 2DX1 A; 3BFM A; 4A4K A; 3A8H B; 1TUD A; 2LX9 A; 3EGD B; 4C8Q D; 1WJQ A; 1HJD A; 1M8M A; 1GCQ A; 3M55 A; 2QG9 B; 2K4Y A; 1BI1 A; 2DK3 A; 3I35 A; 5GAM j; 5D6W A; 4A63 B; 3JB9 G; 4JS4 A; 5L23 A; 1ABQ A; 1S72 A; 4J9F A; 2XG8 D; 4WCI A; 1YJ9 T; 3KUF A; 1QVF P; 4J9C A; 3CCQ T; 1Q81 U; 1KC8 U; 2K5F A; 2K7A A; 2DJZ A; 1VQN A; 3CMA A; 3X20 B; 1VQ9 A; 4FT4 A; 4FW1 A; 4EMG A; 2FPE A; 4J6X A; 4M75 A; 4EIK A; 4JRK A; 4M7D B; 1VQ6 A; 2VB6 A; 4PJJ A; 4JRP A; 2DRK A; 1VQ7 Q; 1Y96 B; 1NPP A; 4M75 G; 3JCM f; 1Y7X A; 5D6Y A; 1VQM A; 3U23 A; 1WXT A; 2BZ8 A; 1MNE A; 4AMC A; 5IXB A; 2RN8 A; 4ZNX A; 1HYO A; 4L59 A; 4BD3 A; 1KQ1 A; 2AKL A; 4OMF B; 4OGE A; 3JB9 F; 3NTH A; 3G6E T; 2XI9 A; 3C12 A; 4CRI A; 2YDL A; 3ER0 A; 3OYN A; 2KE9 A; 2L0A A; 1I1J A; 4XTV A; 3J7A F; 1TS9 A; 1JBM A; 1HD3 A; 2DL7 A; 5LJ3 f; 1I5O B; 1RAF B; 1D1B A; 2F2W A; 1PSF A; 4M78 C; 1TTH B; 4D6W A; 1TG0 A; 1AZE A; 1AZG B; 3CCR A; 4FYX B; 2E3H A; 4M75 F; 2HMA A; 1YHQ A; 2MWO A; 4EDU A; 2DBK A; 4RTX A; 4ELY C; 3CPW A; 3M5A A; 4C92 A; 1JEG A; 3EFR A; 2ED1 A; 5CQX A; 4E7S A; 1WXU A; 1T3L A; 1YIJ Q; 3CXC S; 3RKW A; 2C0O A; 3TVT A; 4JJB A; 3PMI A; 2FVU A; 2QQR A; 1OPK A; 1VQ5 A; 1MMG A; 7AT1 B; 4M7D D; 2NYS A; 2LNV A; 1QCF A; 5GAN 7; 2Y90 A; 1BI0 A; 5A0D A; 1PKS A; 1IRE B; 4ESR A; 1WJS A; 3FRN A; 2RHU A; 2E6N A; 1X43 A; 2NUP A; 3CCV T; 3OYF A; 3JB9 H; 4CC4 B; 1XTD A; 9ATC B; 3TU4 K; 5IXF A; 4LE9 A; 2E64 A; 1YCS B; 2DKG A; 1VQO A; 3JCM b; 2DRM A; 5KCO A; 1YJW T; 2OTL A; 3RBB B; 5IAY A; 3NTI A; 4LD9 K; 3QYH B; 6AT1 B; 3HFN A; 1VQ4 Q; 3EG1 A; 4X1V A; 1PSE A; 3DB4 A; 3RKX A; 3T9N A; 1IRX A; 3HP9 A; 5GAN d; 2QGG A; 1M3C A; 5LL6 S; 3L2V A; 4CC2 A; 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