The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
GKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGYVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Unspecific Hydrophobic Stabilization of Folding Transition States
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN
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| molecule tags |
Cytoskeleton
|
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
11
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-11-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H0H A; 4A63 B; 2KGT A; 3QWY A; 2J6O A; 2ED0 A; 4R0K A; 3SHW A; 3VS3 A; 2DMO A; 4E6R A; 1WXU A; 1UTI A; 1Y57 A; 2YDL A; 2AKK A; 5FWC A; 3VS7 A; 1UDL A; 5IXB A; 2HSP A; 2LQW A; 1NLO C; 1CKA A; 1YP5 A; 4J9G A; 2O9S A; 3THK A; 2JT4 A; 2YT6 A; 2KXC A; 1ZSG A; 2KXD A; 1J3T A; 1I1J A; 2CRE A; 4RTU A; 2MOX A; 5IHN A; 1AOJ A; 1OOT A; 1NYF A; 1T3L A; 4JPB W; 3ZL7 C; 4F16 A; 2ENM A; 2EPD A; 2EGE A; 1MV3 A; 2KRN A; 1RUW A; 2RQT A; 2K6D A; 4OMM A; 1SRL A; 2DJQ A; 2KYB A; 3CQT A; 3EHQ A; 4RTZ A; 1BU1 A; 2B86 A; 1H92 A; 2CH4 A; 2GBQ A; 1QKW A; 1AWX A; 1U5S A; 4D8D A; 1SPK A; 1YCS B; 2K9G A; 2O2O A; 1JU5 C; 2L0A A; 2YUP A; 3VRZ A; 2DA9 A; 3JV3 A; 4RTT A; 2DBK A; 2GQI A; 3TSZ A; 2HCK A; 2LP5 A; 1GRI A; 2KBT A; 2EYY A; 2DL3 A; 3NPF A; 1U06 A; 2L3S A; 2J05 A; 3H0F A; 3NHN A; 1TG0 A; 4FSS A; 4RTV A; 1UJ0 A; 2LMJ A; 2V1R A; 1AWO A; 1H8K A; 2KRM A; 2X3X D; 2IIM A; 2KT1 A; 3EG0 A; 1HJD A; 1X69 A; 3UA6 A; 2FPE A; 1ABQ A; 4LE9 A; 3I9Q A; 5I11 A; 4J9H A; 4ZNX A; 2MCN A; 4HVU A; 1CSK A; 2FPD A; 1IO6 A; 3EG3 A; 1WXB A; 1WX6 A; 1T0J A; 1TUD A; 2YUQ A; 4AFU C; 4OMO A; 1K4U S; 2KE9 A; 3NGP A; 4OMP A; 1M3B A; 2NUZ A; 1AZG B; 1M8M A; 1XOV A; 2JS2 A; 2M51 A; 2EYZ A; 1VA7 A; 1Y0M A; 1X27 A; 1PNJ A; 3SEM A; 5GJV B; 2D8H A; 4K11 A; 2K7A A; 2PTK A; 2E5K A; 2F2V A; 1M3A A; 2I0N A; 2GNC A; 1OPL A; 4IIM A; 4J9C A; 2RNA A; 1ZUU A; 3EHR A; 1PWT A; 2C0I A; 4DEY A; 1A0N B; 4ORZ A; 2KRS A; 2RQW A; 2OJ2 A; 3I5R A; 2EVR A; 1K0S A; 4F14 A; 1OPK A; 2AKL A; 4AFZ C; 2VKN A; 3M0Q A; 2CT4 A; 2P4R A; 2DL4 A; 2PNI A; 3RNJ A; 1G2B A; 2LZ6 B; 1U3O A; 2EYX A; 1AD5 A; 2AK5 A; 1ZUK A; 1K1Z A; 3VRY A; 1WA7 A; 2BZY A; 1GBR A; 2DRM A; 2CUD A; 4HVV A; 2RF0 A; 2DNU A; 4LN2 A; 1UHC A; 1WXT A; 4J9F A; 2JTE A; 1M27 C; 1UHF A; 1I0C A; 3H41 A; 2DX1 A; 2DL7 A; 1GL5 A; 1UGV A; 5GJW B; 4JZ3 A; 2O31 A; 1T0H A; 2SRC A; 1GFC A; 1RI9 A; 1QKX A; 1RLQ C; 1WI7 A; 3PE0 A; 2X3W D; 2PZ1 A; 1UUE A; 2O9V A; 2FPF A; 2MIO A; 2ROL A; 2JM9 A; 4WCI A; 1QCF A; 2CSQ A; 3M0U A; 4AFQ C; 1SHF A; 3TSW A; 1HD3 A; 5FW9 A; 1YWO A; 4F17 A; 2RMO A; 5EC7 A; 1JO8 A; 2JS0 A; 2A28 A; 2FRY A; 3PVL A; 2FO0 A; 4JJD A; 2DF6 A; 2ROT A; 2V1Q A; 1UEC A; 1PRM C; 1NG2 A; 2LJ0 A; 2JMA A; 1NEB A; 4EIK A; 1NM7 A; 4CC4 B; 1GFD A; 3R6N A; 2ESW A; 1ZBJ A; 2L3P A; 1X6G A; 4LNP A; 3O5Z A; 1WLP B; 4Z88 A; 1E6H A; 2EGC A; 1JEG A; 1KSW A; 4AFS C; 1X2K A; 1ABO A; 4GBQ A; 3A98 A; 2K79 A; 1UJY A; 3VS5 A; 3GBQ A; 1E6G A; 2CSI A; 2M0Y A; 4J9D A; 2L3Q A; 2W10 A; 2VWF A; 4KRT A; 3REB B; 2LCS A; 4RTX A; 1OV3 A; 3UA7 A; 1AEY A; 2LX7 A; 1EFN A; 2EQI A; 2BZX A; 2JW4 A; 2HDA A; 2NWM A; 4ESR A; 2LJ3 A; 1G83 A; 3C0C A; 1JXM A; 2CDT A; 2KEA A; 2EW3 A; 1RLP C; 2DE0 X; 4AG2 C; 1VYT A; 1KJW A; 2J06 A; 1E7O A; 2F2X A; 5HCK A; 1ZLM A; 2HBW A; 1QLY A; 4CC2 A; 5IXF A; 5IH2 A; 2LQN A; 3VS0 A; 2L2P A; 2A08 A; 4DEX A; 4QT7 A; 1H3H A; 2K3B A; 2D0N A; 3U23 A; 3NMZ C; 4HCK A; 2W0Z A; 4CC7 A; 2D1X A; 2GTJ A; 4JJC A; 2GTO A; 1GCP A; 3TVT A; 2A36 A; 3VS4 A; 4J9B A; 1BB9 A; 4AG1 C; 2AZS A; 1JXO A; 2KNB B; 4J9E A; 2J6F A; 2K2M A; 1FMK A; 3I5S A; 2KRO A; 1KFZ A; 1K9A A; 2KR3 A; 2JMC A; 2KT8 A; 1AWW A; 2XMF A; 2DL8 A; 2F2W A; 5IHK A; 2O88 A; 2H8H A; 4HXJ A; 4Y92 A; 2RQV A; 4OMN A; 1NYG A; 1PKT A; 2YUN A; 2DLP A; 1X2Q A; 1YN8 A; 2CT3 A; 1BK2 A; 2J6K A; 2DL5 A; 2RQU A; 2SEM A; 2FRW A; 1VYV A; 2AZV A; 1WFW A; 1SHG A; 2C0T A; 1FYN A; 3VS6 A; 1UFF A; 4JJB A; 4Z89 A; 1VYU A; 5L23 A; 1M3C A; 3QWX X; 1PRL C; 2LJ1 A; 1AWJ A; 1B3Q A; 2DBM A; 3EG1 A; 3M0P A; 3VS2 A; 1PHT A; 4IIO A; 1YWP A; 2OI3 A; 1LCK A; 2EBP A; 3M0S A; 2DM1 A; 3VS1 A; 1W1F A; 3RBB B; 1SEM A; 2CUB A; 4RTY A; 1GCQ A; 1UG1 A; 1JQQ A; 1HSQ A; 1V1C A; 3REA B; 1AVZ C; 2FG0 A; 1NLP C; 3IQL A; 4JZ4 A; 2EYW A; 1S1N A; 2C0O A; 1K0X A; 2CH4 W; 4J9I A; 3PVQ A; 1CKB A; 2RPN A; 2JM8 A; 3FJ5 A; 1SSH A; 1ARK A; 2ED1 A; 1QWF A; 3EG2 A; 4RUG A; 1NEG A; 1X43 A; 2A37 A; 1PKS A; 1Z9Z A; 2DRK A; 1K76 A; 2ECZ A; 4OMQ A; 4GLM A; 3LH5 A; 4M4Z A; 2RQR A; 5IHI A; 4CC3 A; 2HEQ A; 1WIE A; 2QDL A; 1MUZ A; 2EGA A; 4RTW A; 4D8K A; 2G6F X; 1AZE A; 2J7I A; 4LUD A; 5FWB A; 2BZ8 A; 2DVJ A; 2VVK A; 3H0I A; 1ZX6 A; 1OEB A; 1B07 A; 1ZUY A; 1W6X A; 2KYM A; 1KIK A; 1T3S A; 1I07 A; 2ABL A; 3I35 A; 1TUC A; 3M0R A; 2FEI A; 1X6B A; 1WDX A; 1GCQ C; 2DYB A; 2YUO A; 2D8J A; 1QWE A; 2JXB A; 1Z9Q A; 2LNH B; 3EGU A; 3M0T A; 1GBQ A; 2GGR A; 1MV0 B; 3KFV A; 1BBZ A; 4OML A; 5I22 A; 1W70 A; 3UAT A; 2OAW A; 2YSQ A; 4X1V A; 3UF4 A; 1WYX A; 2BTT A; 5ECA A; 1YNZ A; 1M30 A; 4LUE A; 2DIL A; 1UE9 A; 2RN8 A; 4Z8A A; 3ULR B; 1N5Z A; 1SRM A; 2EKH A; 4HVW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DIG A; 1YJN T; 1FWZ A; 3CCR A; 1KC8 R; 4JRQ A; 2E6Z A; 4E7H A; 4E7L A; 2J6O A; 3SHW A; 3VS3 A; 1UTI A; 1MGQ A; 3I55 A; 1OI1 A; 3A8G B; 5IXB A; 5M9O A; 2HSP A; 4N0A A; 2LQW A; 3CBO A; 4AT1 B; 4FYW B; 1KG1 A; 3HSB A; 2EIF A; 5KYX A; 1VQ4 Q; 2DXB A; 4M7A G; 3OS2 A; 2L8D A; 3C4S A; 1I1J A; 4M75 E; 3UPU A; 1UGR B; 4II1 A; 4JPB W; 2FB7 A; 1RUW A; 2RQT A; 2VUB A; 4LDV A; 1SRL A; 3CQT A; 5GMK m; 5EG2 A; 2X4W A; 3EHQ A; 2IG0 A; 4RTZ A; 3UDC A; 1RAB B; 5GMK i; 2GBQ A; 5A0D A; 1U5S A; 1N9R A; 3R6O A; 1YIT A; 3JRZ A; 2L0A A; 2YUP A; 3VKI A; 3VRZ A; 2DA9 A; 3JV3 A; 4RTT A; 3M9Q A; 3JB9 G; 2CZ6 B; 2CYZ B; 2LP5 A; 1GRI A; 3JCM f; 2EYY A; 2R57 A; 2QK0 A; 3WXM B; 3BFM A; 5KYU A; 3NPF A; 5GAN g; 3WVE B; 1U06 A; 2EFI A; 4M77 A; 3FIF A; 4O6J A; 3CC7 A; 2OTL Q; 2V1R A; 3EFS A; 4C92 G; 2KRM A; 3AHU A; 2KT1 A; 3EG0 A; 4LD9 K; 3VUB A; 3UA6 A; 4LE9 A; 1P92 A; 5I11 A; 4ZNX A; 4OGC A; 2HL5 C; 2QDY B; 4BE2 A; 1DJ7 B; 1CSK A; 1QVF A; 1IO6 A; 1Y07 A; 2BIV A; 2YUQ A; 4LDU A; 3JCM h; 1K9M C; 1PC0 A; 1G3S A; 4C8Q A; 1K4U S; 3NGP A; 1QQJ A; 3ME9 A; 4C0G A; 5I2S A; 1KD1 U; 2WSC E; 1AZG B; 2HQH A; 2A3L A; 1PD0 A; 2JS2 A; 3X24 B; 3G4S T; 1NZ9 A; 3JCM c; 1OX8 A; 5FRM A; 4A4K A; 3CMA Q; 3EGX B; 2D8H A; 1VQ6 Q; 3OYG A; 2NUP A; 1YIJ Q; 1Q81 R; 2K7A A; 1VQO A; 2E5K A; 2F2V A; 4TVR A; 3MPU B; 3QUI A; 2RHX A; 2GNC A; 4WTO B; 1ZQ1 A; 4IIM A; 2XID A; 1X75 C; 4N4H A; 2C0I A; 2BE7 D; 4ORZ A; 2RQW A; 3L1A A; 1YJN Q; 2AKL A; 2VKN A; 2CT4 A; 2KSS A; 2DL4 A; 3RNJ A; 1G3Y A; 2LZ6 B; 1WGS A; 3OYC A; 1YBY A; 3A5Z B; 3HRS A; 3OYL A; 4LDW A; 4KGX B; 1K9M U; 4RG2 A; 1WA7 A; 3E19 A; 4C92 E; 1GBR A; 2DRM A; 1NBE B; 4LDY A; 4HVV A; 3NTK A; 4XTX A; 1PSE A; 2RH2 A; 5KYX B; 1I8F A; 5GAN 2; 1I0C A; 1VQM A; 3SWN B; 2HBP A; 3H41 A; 3KBG A; 5L8R E; 4JRK A; 4Z02 A; 5J26 A; 5GJW B; 1JJ2 S; 1WQ7 A; 5D6Y A; 2AT1 B; 2YWW A; 1QKX A; 3CCS A; 3PE0 A; 2MK5 A; 2CP7 A; 3LLR A; 4XTZ A; 3FDR A; 5A0L A; 4PJO D; 2CSQ A; 3CCR T; 1TOV A; 4F7U G; 2KAF A; 4BDZ A; 3HKS A; 2GCX A; 1BYM A; 4F17 A; 5KYY A; 2RMO A; 5GAM f; 2A28 A; 3EH1 A; 3CCJ T; 3LW5 E; 1BCM A; 2PVD B; 3SWN C; 1ZSZ A; 2K4Y A; 2QQ9 A; 2V1Q A; 1BIB A; 2LRQ A; 5KYU B; 2LJ0 A; 2JMA A; 3JAM E; 1NM7 A; 1S72 A; 4CC4 B; 3CC4 Q; 3E2U A; 2K5I A; 1VQ7 T; 2YLC A; 1GFD A; 2I2L A; 4FW1 A; 1R77 A; 1YFN A; 2P0Q A; 3V7C A; 4ZGD B; 3EFR A; 2JTM A; 4IUV A; 5GAM h; 3LYI A; 1LJO A; 1VQ5 T; 5CCA A; 4M7A F; 2CSI A; 5DM7 R; 1WPY A; 4J9D A; 2L3Q A; 2RA2 A; 4XK8 E; 2W10 A; 4C8Q B; 3ASK A; 4RTX A; 4XU3 A; 4FIB A; 2EQI A; 4M75 A; 2DTO A; 3FRN A; 5GAO p; 1RAC B; 3CD6 A; 1G83 A; 4MDW A; 2EJG A; 2DEQ A; 1R8O B; 3CC7 T; 2CDT A; 4F7U E; 1RLP C; 2BKD N; 3MP8 A; 4MZP A; 4E2F B; 4BI3 A; 3JCM J; 2J06 A; 5HCK A; 4CC2 A; 1VQK A; 2HQE A; 4BI4 A; 2QEX T; 4M7D D; 2DYI A; 4PJL A; 3J81 E; 2A08 A; 4DEX A; 3G6E T; 3JCM d; 4HCK A; 4C8Q C; 2D1X A; 3TQ7 P; 4DBF A; 3RER A; 5C0M A; 3CCE T; 4PKC C; 1UGQ B; 2GTO A; 1GCP A; 1BI0 A; 2A36 A; 3VS4 A; 3HRU A; 2AZS A; 2R5A A; 2KNB B; 2J6F A; 5GAO n; 4ZTF A; 4WF2 A; 4IUP A; 2JMC A; 5CK9 A; 3OYA A; 3EG9 B; 1VQO T; 1WHM A; 2XG8 D; 2F2W A; 2CP6 A; 5IHK A; 2MYS A; 4M78 D; 2O88 A; 4M78 F; 3C95 A; 2M16 A; 4L5G A; 3CCR Q; 4XQ3 A; 1YN8 A; 1WHK A; 1M1K R; 1LPL A; 2J6K A; 1C1A A; 2RQU A; 4BE0 A; 2E4H A; 2MMP A; 4OB1 B; 5CR2 A; 1BKB A; 4JJB A; 2DER A; 3I55 Q; 1M3C A; 2LJ1 A; 1V76 A; 1ZA1 B; 1B3Q A; 1RAG B; 3M0P A; 4QQ6 A; 4XTV A; 2DM1 A; 2QYZ A; 3RDV A; 5KYY B; 4RCC A; 3L2V A; 2LCC A; 3RBB B; 1SEM A; 2E64 A; 5D6W A; 3PTA A; 2VAS A; 1EX4 A; 2QTX A; 4RTY A; 1M2V A; 2CP3 A; 2RI3 A; 3RES A; 1V1C A; 3QYG B; 2FG0 A; 1ZSZ B; 2V8J A; 2EYW A; 1KQ1 A; 2C0O A; 2ZCF B; 3CXC S; 3OS1 A; 1KQ2 A; 2JM8 A; 3FJ5 A; 1ARK A; 1QVF P; 5LJ3 j; 4FYX B; 4LD6 A; 3GF5 A; 4J6W A; 1YIJ A; 5CIU A; 9ATC B; 3LH5 A; 4C5H A; 1YIT Q; 2RQR A; 4C92 A; 1ZA2 B; 1JRI A; 3VJP A; 4CC3 A; 2HQX A; 1IGQ A; 2G6F X; 1ZHI A; 1YJN A; 2J7I A; 3L42 A; 4DOV A; 1Y71 A; 4CRI A; 1M2O A; 2DXC A; 4N4I A; 3CC7 Q; 2KYM A; 1M1F A; 4C5I A; 1T3S A; 5GMK h; 1I07 A; 5KCO A; 4OP0 A; 3I35 A; 1TUC A; 1ZSZ C; 2EAY A; 3M0R A; 4EDU A; 3OMG A; 1M9S A; 3DLM A; 3OB9 A; 3OQ5 A; 2RHI A; 2OTJ T; 2OAU A; 1W70 A; 3X28 B; 2OAW A; 1D0Y A; 2BTT A; 2HZY A; 1M30 A; 2QG9 B; 2DIL A; 3D7S B; 5GAM d; 2RJE A; 1UE9 A; 2CP5 A; 3ULR B; 4Z8A A; 1N5Z A; 1BI2 A; 2EKH A; 3C12 A; 4HVW A; 2PU9 B; 4BD3 A; 5GAO l; 5DLQ E; 3M54 A; 2R5M A; 1VQO Q; 3QWY A; 1Y57 A; 4E7J A; 1N9S A; 2AKK A; 3CCV T; 1UDL A; 2NYS A; 1KHI A; 3E1S A; 2RHZ A; 2O4X A; 2CZ1 B; 3S6W A; 1AHJ B; 4FYY B; 1M1G A; 3PMI A; 4JLG A; 2P0P A; 3G71 T; 3ZEH A; 1ZBX A; 1Q82 C; 1Y7X A; 2KXD A; 1J3T A; 1TTH B; 2MOX A; 3FC3 A; 4EPC A; 4F16 A; 2RHY A; 2ZPE B; 3CBM A; 5CKB A; 3EGD B; 1MV3 A; 1D1B A; 3OYY A; 2XU8 A; 2K6D A; 4OMM A; 1QMC A; 4OMF B; 1YJ9 T; 1Y96 A; 2AIR B; 1BU1 A; 5GMK l; 4RMO A; 3M59 A; 2CH4 A; 1VQM Q; 3SDZ A; 3LH0 A; 5DLO A; 1K73 R; 3INZ A; 2DD4 A; 3M56 A; 2O2O A; 1JU5 C; 4JS5 A; 3G4S A; 4A4E A; 5CQY A; 2GQI A; 3I56 T; 1Q7Y C; 3CCS Q; 1C6V X; 4OB0 B; 3GPL A; 2X4X A; 4M7A C; 1BIA A; 1Q82 U; 1IRX A; 1MMA A; 2QI2 A; 1TG0 A; 1QP2 A; 4RTV A; 2HMA A; 2V8K A; 5J3B A; 1AWO A; 5GAN j; 2X3X D; 1MMG A; 2GFA A; 3RUX A; 1X69 A; 3TRE A; 2FPE A; 2QAS A; 4C92 B; 2ZPI B; 3M5A A; 4A54 A; 2VXF A; 3ZFJ A; 2RB6 A; 4J9H A; 3GNG A; 1KK7 A; 4HCC A; 3P8D A; 2E3I A; 3MO8 A; 4OMO A; 1IB8 A; 2KE9 A; 4B6M A; 1S72 Q; 2JJ9 A; 1UGP B; 1Q7Y U; 4PJO G; 2V8I A; 2HSE B; 3QKJ A; 3M55 A; 1X27 A; 1M8V A; 1PNJ A; 4AMC A; 4DBR A; 5GAN 7; 1YHQ T; 7AT1 B; 1QW1 A; 3QJ6 A; 3RMS A; 1D09 B; 3BE3 A; 3A8L B; 1ZUU A; 2ZZD A; 4XU2 A; 4DEY A; 1A0N B; 4C92 C; 3OW2 S; 1QVG P; 4QVD A; 4PLI A; 1OPK A; 4AFZ C; 4KH0 B; 5GAO m; 1YCY A; 1JBM A; 2PNI A; 3OBW A; 3OBY A; 5GMK j; 3CCV Q; 1TWB A; 5KE2 A; 2EWN A; 3FB9 A; 2AK5 A; 3CD6 Q; 2IVW A; 3QO3 A; 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