The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
82
|
structure length |
82
|
Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U4 snRNA
|
| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
13
|
| structure length |
82
|
| sequence length |
82
|
| chains with identical sequence |
n
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAN d; 1TH7 A; 5GAN 6; 2E65 A; 1Y96 B; 3JCM h; 1JBM A; 4WF2 A; 1N9R A; 5GMK i; 3JB9 H; 2EWN A; 4C92 E; 4EMK A; 2I2L A; 5GMK e; 4X9C A; 2HNI A; 4M78 A; 3M4G A; 4C8Q F; 3JCM g; 3JCM c; 4V2S A; 3JCM J; 3JCM V; 1HXD A; 1N9S A; 1U1S A; 3HFO A; 4J5Y A; 3FJP A; 4M78 G; 4XTX A; 3RIR A; 3JCM f; 4C8Q B; 5CAI A; 3SWN C; 4M7D G; 5GAN 5; 5GAO r; 2E1H A; 1YCY A; 3BY7 A; 3RKX A; 5GMK h; 5GAO p; 3JCM X; 3BDU A; 2Y90 A; 1HK9 A; 2YHT A; 3SWN B; 1M5Q 1; 3V7C A; 1BIA A; 3BFM A; 3JCM W; 3QSU A; 4XU3 A; 4M77 C; 2FB7 A; 1I5L A; 4M77 F; 2E41 A; 4OP0 A; 1MGQ A; 4EMG A; 5GAM e; 4M7A D; 3V7R A; 3JCM Q; 4M7A C; 2E10 A; 4M77 B; 1B34 A; 4PJO F; 4NL2 A; 5GAN j; 5LJ5 e; 3QHS A; 4A54 A; 4PJO B; 3JB9 G; 2DTH A; 2CGH A; 4XTY A; 5GAM h; 4NL3 A; 2DEQ A; 3JCM d; 1WQ7 A; 4MML A; 5LJ3 e; 4M75 A; 5GMK l; 4JUV A; 4RCB A; 4C8Q E; 5GAM g; 4M7D A; 2RD1 A; 5LJ5 h; 2RM4 A; 4M75 G; 4X9D A; 4M75 D; 4XTZ A; 1D3B A; 5GAM f; 3JCM P; 3EFS A; 4M75 C; 1KQ2 A; 3JB9 J; 4M78 D; 1LNX A; 5LJ3 h; 4EMK C; 3GIB A; 4NOY A; 5LJ5 g; 4M78 C; 3RKY A; 4Y91 A; 4M7D C; 4M7D D; 2FYK A; 5LJ5 f; 3BW1 A; 4F7U A; 4EMK B; 5LJ3 g; 1LOJ A; 2VXF A; 1WNL A; 5LJ3 f; 4F7U G; 4M77 E; 4C92 A; 4J6Y A; 3HSB A; 1WPY A; 4XU2 A; 3RUX A; 2EJF A; 4M7A E; 4M7A F; 4C92 G; 4PJO E; 4JLI A; 3JB9 I; 4HA8 A; 5GAN 4; 1U1T A; 4M7A B; 4HT8 A; 1LJO A; 1X01 A; 3RES A; 5GMK m; 4XTU A; 5GAM d; 5GAO q; 3JB9 D; 2RB6 A; 3V7S A; 4J6W A; 2E64 A; 2EAY A; 5GAN 2; 1WQW A; 3EFR A; 3AHU A; 1BIB A; 5DY9 A; 4EMH A; 1B34 B; 3PGG A; 5LJ5 d; 4XTV A; 4HT9 A; 2EJ9 A; 4MMK A; 5GAN 3; 2DXU A; 4RCC A; 5LJ3 d; 4PNO A; 4M75 F; 5GMK j; 1JRI A; 2QTX A; 4M78 E; 4M78 F; 3SB2 A; 1Y96 A; 2JN0 A; 4M75 B; 5GAN 7; 4M7D F; 4M7D E; 3RER A; 5GAN e; 1M8V A; 5GAO m; 3JCM e; 2DZC A; 4M78 B; 2DKG A; 4M7D B; 4XQ3 A; 4XU1 A; 1D3B B; 4C8Q A; 4F7U F; 1I8F A; 4J6X A; 3RKW A; 5GAN h; 4C92 D; 5GAO n; 3FIF A; 4XTW A; 4C8Q G; 4C8Q D; 4C92 C; 4F7U B; 5GAM j; 4XU0 A; 3QUI A; 2EJG A; 4C92 F; 2K57 A; 2DTI A; 4C8Q C; 3SWN A; 2VXE A; 4DQ2 A; 4QVD A; 4JRK A; 5GAN g; 4C92 B; 2YLB A; 5GAN f; 1KQ1 A; 5LJ5 j; 3JB9 F; 1I4K 1; 2DTO A; 2VC8 A; 4JRI A; 2RA2 A; 4A53 A; 4M77 A; 3FB9 A; 5LJ3 j; 4N0A A; 5GAN 8; 3L2Z A; 2DZ9 A; 2DXT A; 3V8L A; 4M77 G; 4M75 E; 4M77 D; 2YLC A; 5GAO l; 4M7A A; 4PJO A; 3V8J A; 5I21 A; 4QVC A; 2DVE A; 3QO3 A; 2ZGW A; 4N0A C; 4M7A G; 4PJO G; 4PJO D; 3V8K A; 3L1A A; 1H64 1; 4PJO C; 3HFN A; 3INZ A; 2DJZ A; 3VU3 C; 3JCM b; 1I81 A; 4F7U E; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K76 A; 4RG2 A; 4QQG A; 1WHM A; 2EWN A; 2M1H A; 2AZS A; 1ZQ1 A; 4AFQ C; 1KQS P; 2DBM A; 3JCM V; 4O6J A; 1SRM A; 4J5Y A; 1GCQ C; 1M3B A; 2XIC A; 3CCJ A; 2C0T A; 2Y90 A; 1VQ6 T; 3QSU A; 1YFN A; 3BFM A; 3OYE A; 4E7L A; 3ME9 A; 4JZ3 A; 1B34 A; 2Y4X A; 1E6G A; 4RKU E; 1FXX A; 1VQM Q; 1IXD A; 5A0D A; 3CCJ T; 2KMT A; 4RCB A; 2KR3 A; 1YIJ A; 3MEW A; 4Y28 E; 3CCL T; 2EQM A; 3I55 A; 1YNZ A; 2DL4 A; 4M7D C; 1PSE A; 1V76 A; 3QKJ A; 1VQK Q; 2V1R A; 3TVT A; 2HMA A; 1NJI U; 2BKD N; 2SEM A; 4C92 A; 1ARK A; 2EGC A; 1UJ0 A; 2COY A; 3CCS Q; 1VQN Q; 4IUV A; 1YIJ T; 2M0Y A; 2X3W D; 2D0Q B; 2E64 A; 2VAS A; 4DEY A; 5CKB A; 4EMH A; 3VS0 A; 3PGG A; 1JJ2 A; 2MCN A; 3CC2 T; 1BI2 A; 1Q95 G; 2KSS A; 2DXU A; 3LH0 A; 2KGT A; 2BE9 B; 4QKU A; 2A28 A; 1YI2 T; 5GAN e; 1ABQ A; 2RQU A; 2D8H A; 3J80 E; 2ZPF B; 4KUI A; 4E7I A; 3X20 B; 1R0C B; 1M1G A; 2MPX C; 2LRQ A; 1QVG A; 1IHV A; 5GAN g; 2JTE A; 3MKD A; 1NLO C; 5CR2 A; 2VC8 A; 4JRI A; 3M0U A; 1AHJ B; 2LX9 A; 2FL7 A; 1HYO A; 2EKO A; 3VUB A; 4PJO D; 2P0P A; 1SKU B; 3VS1 A; 2DXB A; 2FZG B; 3CBM A; 1KHC A; 5GMK e; 2K9G A; 2FHD A; 1Q82 R; 2CZ1 B; 5FWB A; 4C5G A; 3PIP A; 1QCN A; 1WHJ A; 2L2P A; 3BDU A; 4KH0 B; 1WGS A; 3OW2 A; 2GNC A; 5C0M A; 1KSW A; 4XAX B; 2C0I A; 3OYY A; 3ER0 A; 3ULR B; 4X1V A; 2KE9 A; 1JU5 C; 1FX7 A; 1WJR A; 1MMA A; 2RI2 A; 5GAN j; 1MMN A; 4HCZ A; 4E7S A; 2DL7 A; 3RMS A; 3QZ5 B; 2EPD A; 4OMO A; 2JS2 A; 5A0L A; 1NEB A; 3OYD A; 2L8D A; 2K7A A; 3P8D A; 1ZUY A; 5GAM f; 2XDB A; 1S72 A; 1KQ2 A; 4J9I A; 4DBQ A; 3CBP A; 4MZM A; 3KXT A; 4EMK B; 1LOJ A; 2VXF A; 4C0F A; 1X27 A; 4J7F A; 2ZPB B; 3G71 A; 2EYX A; 2GTJ A; 3I5S A; 3JB9 I; 1D1B A; 4HA8 A; 2ZCF B; 2D1X A; 4XTU A; 2XHC A; 2H3E B; 1IRE B; 2A36 A; 1VQL T; 3AHU A; 2CZ7 B; 1QKX A; 5DY9 A; 1UEC A; 4MMK A; 2MWP A; 4A63 B; 5GMK j; 1YJN A; 5KYU A; 2P0K A; 3UA6 A; 2O4X B; 5GAO m; 1U3O A; 4C0G A; 2ESW A; 4XQ3 A; 2O9V A; 1Y57 A; 2AK5 A; 1AZE A; 5A0G A; 2QXF A; 3DKM A; 3H9N A; 2DAQ A; 3G6E Q; 1JXM A; 2VB6 A; 1N5Z A; 1T0J A; 2IPO B; 3BDL A; 5IN1 A; 5KYY B; 2EIF A; 1YJ9 A; 5CKF A; 1YCS B; 1MMD A; 2OAU A; 3E9G A; 3CCQ Q; 3CCM A; 1VQO Q; 3LW5 E; 1H8K A; 2OJ2 A; 3QDR B; 1NEG A; 5CVI A; 4A4E A; 4C0Z A; 4PJO C; 4C0D C; 3INZ A; 5FLX E; 4PFO A; 1JEG A; 1J3T A; 1I81 A; 2RO0 A; 1NYG A; 2CUB A; 5D6X A; 3HHT B; 1RAE B; 1YJ9 T; 3OB9 A; 1IZ6 A; 1GCP A; 3EG9 A; 2LQN A; 2DIQ A; 3RIR A; 4LDX A; 5GMK m; 4M78 G; 4DA4 A; 1Q7Y R; 1SHG A; 1U8R A; 3TRE A; 4JS4 A; 1BIA A; 4M77 F; 4Z89 A; 4HKE A; 2KDS A; 4RTV A; 3OYL A; 3IQL A; 5LJ5 e; 3M55 A; 4A54 A; 5GAM h; 3OSV A; 5HK0 A; 3C94 A; 3JCM d; 1YJW A; 4M75 A; 4F17 A; 1PNJ A; 3R6O A; 4VUB A; 1X2K A; 4PK4 A; 3S3N A; 4M78 D; 4EMK C; 5LJ5 g; 4Y91 A; 3VS6 A; 1MHN A; 4F7U A; 2DE0 X; 4ATO A; 2X4W A; 1G2B A; 2ROL A; 4MDX A; 3FRN A; 3DLM A; 1TSF A; 3VYG A; 1M90 C; 1PD0 A; 1VQ5 T; 1VQ4 Q; 4ZGD B; 1LJO A; 3OYJ A; 3MEA A; 1NG2 A; 5ECA A; 3CCV T; 2EAY A; 3RDV A; 3EFR A; 4FIB A; 2QA4 A; 3MEU A; 1PSF A; 1SSF A; 1W70 A; 2FVU A; 5GAN 7; 4M7D F; 4ZGJ B; 5KCH A; 2LX7 A; 4XU1 A; 1G83 A; 5IAY A; 3CCR Q; 1XQH A; 2LVM A; 1QWE A; 3UT1 A; 3RKW A; 2AZV A; 4XU0 A; 3QJ6 A; 2VXE A; 3L2R A; 2LCS A; 1YIT T; 5LJ5 j; 3LWH A; 3G4S A; 1KHI A; 4R55 A; 4HVW A; 1HJD A; 3PE0 A; 2XDD A; 2QQB A; 5CQY A; 4Z02 A; 3BE3 A; 1TTH B; 5GJV B; 5I21 A; 4BE0 A; 3L1A A; 2ED1 A; 1M1K C; 1N8R U; 1KC8 C; 2PVG B; 3QPH A; 3H0I A; 1IGU A; 2E65 A; 1RAD B; 3GNG A; 4X9C A; 2JJ9 A; 3M4G A; 3JCM c; 1KD1 U; 3HFO A; 1N6A A; 2K3Y A; 4KGV B; 2CP2 A; 5GJW B; 1I07 A; 4C5E A; 5GAO p; 3EG3 A; 1QVF A; 3TCJ A; 2IVW A; 2KYM A; 5LL6 S; 5KYY A; 2GQV A; 1OZ2 A; 2D9T A; 1WIE A; 1PM3 A; 4QT7 A; 3NTH A; 1Q7Y U; 4FSS A; 1GFD A; 2NLU A; 2COW A; 3SHW A; 1K9M U; 3M56 A; 4C8Q E; 3QYG B; 3SEM A; 4M78 C; 1WJQ A; 1X6G A; 2AKK A; 2QAS A; 1ZSZ A; 2HCK A; 2RMO A; 2LCL A; 4XU2 A; 1UJY A; 2MWO A; 3EG2 A; 1BK2 A; 1RAG B; 1KK7 A; 5HK3 A; 1KQS S; 4FT4 A; 3EHQ A; 3M0Q A; 2KNB B; 2EQJ A; 1BIB A; 2O01 E; 2RPN A; 2F1L A; 3GP8 A; 1VQP T; 5CO7 A; 1PC0 A; 4RCC A; 4PNO A; 3J7A F; 4QQD A; 1RAC B; 4M7D E; 4OMM A; 2JS0 A; 2ROT A; 3THK A; 1ZX6 A; 3X26 B; 3HPW A; 4PLL A; 5KH6 A; 3PMT A; 3FDR A; 2K3B A; 3LGF A; 5KYX B; 4FM4 B; 3UAT A; 2P84 A; 5HCK A; 3OYF A; 2K57 A; 2M02 A; 4OMP A; 4DQ2 A; 1JO8 A; 1KQ1 A; 1O75 A; 1QW1 A; 5KYW A; 2FZC B; 2DXT A; 4MZT A; 4M77 G; 2YLC A; 1M2V B; 1WYX A; 2JZ2 A; 4N0A C; 4IUU A; 4QW2 A; 3CXC S; 4RTT A; 2HDA A; 1WFW A; 4GLM A; 5IH2 A; 2EYZ A; 2WSC E; 4OB3 B; 3CPW P; 1OV3 A; 2CH4 W; 2YDL A; 3JCM f; 1QCO A; 2GCX A; 2JOY A; 1VQ7 T; 2NYS A; 2DXC A; 1M27 C; 4OP0 A; 4EMG A; 3RMQ A; 4M77 B; 4PJO F; 2EYW A; 3TQ7 P; 1MUZ A; 1VQ8 A; 1K8A C; 1BBZ A; 2K4Y A; 2LJ0 A; 1VQ9 Q; 3QDF A; 1B07 A; 3VS5 A; 4ZN1 A; 2ZAE A; 2DER A; 2XKO C; 2JTM A; 1XTD A; 2A37 A; 4PFP A; 3VS4 A; 3HRS A; 2QK0 A; 2QTV A; 4DBR A; 1D0Y A; 3M0P A; 2L3R A; 3WVD B; 4HVU A; 1VIE A; 5D6W A; 2YSQ A; 2K2V A; 4ELY C; 2QEX Q; 4M7D B; 2BE7 D; 3CC7 Q; 1JJ2 P; 3CME A; 2NUP B; 5GAO n; 3JV3 A; 3QUI A; 2FRW A; 5J39 A; 5D7U A; 4N4G A; 2DPP B; 3ZBD A; 2GQI A; 4FYY B; 1NYF A; 1D09 B; 1PKT A; 1QVG P; 2XID A; 4AT1 B; 2ZGW A; 4M7A G; 4KGZ B; 3I56 A; 1VQ6 Q; 3ZEH A; 3LH5 A; 1GL5 A; 1UE9 A; 1GXI E; 3JCM h; 3DB3 A; 4WF2 A; 1N9R A; 1WJS A; 1VUB A; 2KRS A; 3JCM J; 1OX8 A; 1MND A; 5CAI A; 2F2V A; 3CCJ Q; 3G7Z A; 4FT2 A; 3SWN B; 2RK1 A; 1SG5 A; 2YUP A; 4M77 C; 3CCL Q; 4ANJ A; 2BTT A; 4M7A D; 3CCE A; 3VUZ A; 2HKQ B; 3REB B; 2XMF A; 1QP2 A; 2LCC A; 2L3S A; 1WZO A; 2RI5 A; 3D7S B; 3EGD B; 2DF6 A; 4BDZ A; 4FYW B; 2YRC A; 3TEE A; 4XTY A; 5FRM A; 5LJ3 e; 3OW2 P; 1YIJ Q; 2CT4 A; 4X9D A; 3QJY A; 2JMA A; 1PRL C; 2QG9 B; 4GLK A; 4LD6 A; 4ZTF A; 2ED0 A; 4LDW A; 3TSW A; 5LJ3 g; 3CD6 A; 1V1C A; 4EPC A; 3CC2 Q; 2I0N A; 3LX7 A; 2LTO A; 1YI2 Q; 3EGX B; 2P4T A; 3E2U A; 5HKC A; 1M90 R; 3CC4 A; 1BI0 A; 1K73 C; 5L23 A; 1FYN A; 3OYI A; 4M78 F; 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1SEM A; 3P8B B; 5I2M A; 1K4U S; 5CK9 A; 5L8R E; 4N4I A; 5GAN 3; 3GF5 A; 3WVE B; 2QTX A; 4M78 E; 3OYN A; 2YWW A; 3JCM e; 4PLI A; 2RI3 A; 2J05 A; 1CKA A; 3M0T A; 1M90 U; 2RH2 A; 4BE1 A; 2OTL A; 1GBQ A; 4LNP A; 4BI8 B; 2XDP A; 1S72 T; 2E6Z A; 2DTI A; 2RQV A; 2E5K A; 2IG0 A; 2YLB A; 1UUE A; 3CQT A; 1YJ9 Q; 2RHY A; 2VKN A; 1EIF A; 1OYX A; 1E7O A; 3G71 T; 4JLG A; 2L89 A; 2OTL T; 1NJI C; 3R6N A; 4AFU C; 1NZ9 A; 1FMK A; 3HFN A; 3VRZ A; 3NTK A; 4IUP A; 1PG5 B; 5GAN d; 2GFU A; 4HXJ A; 3A98 A; 2BIV A; 2OAW A; 2DRM A; 1UGQ B; 4TVR A; 1YJN T; 3CXC A; 1XJW B; 1HXD A; 1U1S A; 2PU9 B; 1G3W A; 3FJP A; 1K1Z A; 3RKX A; 2V1Q A; 3PNW C; 3V7C A; 2B86 A; 4PJM A; 4BB7 A; 4J9G A; 1BKB A; 3GPL A; 4J9D A; 2QQA A; 1Y0M A; 3V7R A; 3JCM Q; 2V8K A; 5FU7 C; 1KC8 U; 2P0Q A; 2A08 A; 4RTW A; 1QVF P; 1OI1 A; 4Y92 A; 3MJX A; 4FL6 A; 1VQ5 Q; 1PHT A; 1AT1 B; 1KFZ A; 4JJC A; 1K0S A; 2DYI A; 3CCM T; 1XNI A; 2QDL A; 4HCB A; 4M75 C; 1K8A R; 3CCV Q; 2KT1 A; 3M9Q A; 5FU6 C; 1SRL A; 1AVZ C; 1KJW A; 1Z9Z A; 3OQ5 A; 2VYT A; 3EFO B; 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