The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
64
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structure length |
64
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Chain Sequence |
b'GAMGAKEYCRTLFPYTGTNEDELTFREGEIIHLISKETGEAGWWKGELNGKEGVFPDNFAVQIS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
CD2-associated protein
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| publication title |
The high resolution NMR structure of the third SH3 domain of CD2AP.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Signaling protein
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| total genus |
14
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| structure length |
64
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| sequence length |
64
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HD3 A; 1EFN A; 2KR3 A; 2E5K A; 3PVQ A; 1UGV A; 3EG2 A; 2EVR A; 3I5S A; 3U23 A; 1OOT A; 1K76 A; 2KT1 A; 2K6D A; 1QLY A; 2F2V A; 2HSP A; 1RUW A; 4JJB A; 2C0T A; 1K0X A; 2DL4 A; 2KRO A; 4ORZ A; 1UE9 A; 4DEY A; 1T0J A; 1LCK A; 4CC7 A; 2EGA A; 1AVZ C; 2JMC A; 3M0R A; 3TSW A; 3VS0 A; 2RQU A; 4J9H A; 2CSQ A; 2KYM A; 4J9F A; 1G83 A; 1W6X A; 4RTZ A; 2L2P A; 2CT3 A; 4DEX A; 4Y92 A; 1I1J A; 1AWJ A; 2CH4 W; 2LP5 A; 1K4U S; 1SHF A; 2ESW A; 4ESR A; 2EYW A; 2DIL A; 1VA7 A; 2AZS A; 3EHQ A; 1ABQ A; 1X2Q A; 2FPD A; 3THK A; 4J9I A; 2VVK A; 4HCK A; 2A36 A; 1PRM C; 1WA7 A; 4RTY A; 1ZUK A; 2G6F X; 3EGU A; 1SSH A; 4HVW A; 4WCI A; 4QT7 A; 3VS5 A; 2IIM A; 2L3Q A; 1ABO A; 2DL3 A; 1QWF A; 5IHI A; 3VS7 A; 2RPN A; 2EGC A; 1YP5 A; 1TG0 A; 1OEB A; 5HCK A; 1H92 A; 1NEB A; 1WXT A; 1X6G A; 4JPB W; 1G2B A; 4AFQ C; 2DRM A; 2FEI A; 1W70 A; 4IIO A; 2HCK A; 2CH4 A; 4HVV A; 1M3C A; 3NHN A; 1RLP C; 3ULR B; 2ENM A; 4F14 A; 2AK5 A; 1PKS A; 1RI9 A; 1WYX A; 2J05 A; 5IHN A; 1QWE A; 3NPF A; 3M0U A; 1B07 A; 2BZY A; 4JJD A; 4AFZ C; 3I9Q A; 4OMQ A; 1XOV A; 1GL5 A; 3REB B; 2B86 A; 1PRL C; 1GFC A; 1Y0M A; 1UJ0 A; 2YUO A; 1M8M A; 4LN2 A; 1AZE A; 2FRW A; 2AKL A; 1SRL A; 4F17 A; 4RTW A; 2CDT A; 1MV0 B; 1UEC A; 1ZBJ A; 1PHT A; 1UDL A; 2A08 A; 1GCP A; 4RTT A; 1PKT A; 4Z88 A; 2LQN A; 2KT8 A; 4EIK A; 3UA6 A; 2XMF A; 5I11 A; 4J9D A; 1ZX6 A; 1JXO A; 3A98 A; 3EG0 A; 1BU1 A; 1AZG B; 4OMP A; 2ABL A; 1A0N B; 1YWP A; 1QKW A; 2RNA A; 2RQR A; 4K11 A; 1T3L A; 3SHW A; 4RTV A; 1UHF A; 1RLQ C; 1Y57 A; 2FRY A; 3PE0 A; 4AG2 C; 3H0F A; 2GGR A; 1K9A A; 2BZ8 A; 1JO8 A; 1VYV A; 1NLO C; 3H0I A; 2DE0 X; 1ZSG A; 1W1F A; 2JMA A; 1UFF A; 3O5Z A; 1X69 A; 2KEA A; 1QKX A; 2D1X A; 2DM1 A; 1M3B A; 4GBQ A; 2DJQ A; 2DX1 A; 4RTX A; 4F16 A; 1Z9Z A; 2A37 A; 2JS0 A; 1JQQ A; 2D0N A; 2J6K A; 1YNZ A; 1NYF A; 1WFW A; 4X1V A; 2YUP A; 4J9B A; 1M27 C; 2RF0 A; 3SEM A; 1I07 A; 2KRM A; 2L3S A; 1AOJ A; 2DL7 A; 2JW4 A; 4Z8A A; 2EYZ A; 2YSQ A; 1AEY A; 4JJC A; 1IO6 A; 4RTU A; 1OV3 A; 4CC2 A; 1VYU A; 2DVJ A; 2EGE A; 2BZX A; 1K0S A; 1UG1 A; 1FYN A; 1M3A A; 4HVU A; 2LJ1 A; 5I22 A; 2K9G A; 2LX7 A; 1JEG A; 3VS3 A; 1VYT A; 2V1Q A; 5GJV B; 4KRT A; 3UAT A; 3NGP A; 1OPL A; 3VRY A; 1UUE A; 4LUE A; 2VWF A; 1E7O A; 4ZNX A; 3M0T A; 4LNP A; 1GFD A; 1QCF A; 2K7A A; 5FWC A; 1WX6 A; 3R6N A; 1NYG A; 1TUC A; 2DA9 A; 2FG0 A; 2JS2 A; 2KXC A; 4CC4 B; 2NUZ A; 2PTK A; 3GBQ A; 5L23 A; 4E6R A; 2JT4 A; 1KFZ A; 2HEQ A; 1U06 A; 5IXF A; 1GRI A; 1N5Z A; 2MCN A; 1ZLM A; 2CT4 A; 4J9C A; 1AWO A; 2YDL A; 1U3O A; 2EYX A; 2OI3 A; 2JXB A; 1ZUY A; 1NEG A; 2JTE A; 2LNH B; 2RQV A; 1UJY A; 2FPE A; 1NM7 A; 4JZ3 A; 2MIO A; 2RMO A; 5ECA A; 3EHR A; 1ARK A; 2AZV A; 1TUD A; 2J06 A; 3EG3 A; 1CKB A; 1GCQ A; 2SEM A; 2O9S A; 2K79 A; 2KYB A; 5IXB A; 3LH5 A; 1WLP B; 1S1N A; 1BBZ A; 4JZ4 A; 3VS1 A; 1UHC A; 3I5R A; 4GLM A; 3TSZ A; 2J7I A; 2JM8 A; 1H8K A; 4A63 B; 1WI7 A; 2OJ2 A; 1SRM A; 3IQL A; 2D8J A; 2L3P A; 1B3Q A; 1E6G A; 1JXM A; 3VS6 A; 2KE9 A; 1FMK A; 2LMJ A; 2DBK A; 2DMO A; 2MOX A; 4M4Z A; 2DRK A; 1PWT A; 2EBP A; 3QWY A; 2GBQ A; 1BK2 A; 2X3W D; 2C0O A; 2J6F A; 4AFU C; 2YT6 A; 2DLP A; 3KFV A; 2LQW A; 2K2M A; 2NWM A; 4OMO A; 1AWX A; 2DNU A; 2FO0 A; 1NG2 A; 1GBR A; 2KNB B; 1YCS B; 2YUQ A; 2JM9 A; 3PVL A; 1YN8 A; 4AG1 C; 2H8H A; 1ZUU A; 2EPD A; 1SEM A; 2F2W A; 1AWW A; 2CRE A; 2FPF A; 4RUG A; 4J9G A; 3CQT A; 5IH2 A; 1I0C A; 2CUD A; 2K3B A; 3H41 A; 1X43 A; 2X3X D; 2DBM A; 1MV3 A; 1OPK A; 2C0I A; 4LE9 A; 1Z9Q A; 2KXD A; 3M0P A; 2BTT A; 2O2O A; 3UF4 A; 2PNI A; 3UA7 A; 2LCS A; 2LZ6 B; 4Z89 A; 1E6H A; 1BB9 A; 3VRZ A; 1T0H A; 2V1R A; 2DYB A; 1U5S A; 3TVT A; 2DL8 A; 1H3H A; 3H0H A; 2RQW A; 1MUZ A; 4J9E A; 3RBB B; 2DF6 A; 2F2X A; 3VS4 A; 1WDX A; 2W10 A; 1KSW A; 1V1C A; 2J6O A; 2ED0 A; 1SHG A; 2I0N A; 5FW9 A; 2EYY A; 2M51 A; 2LJ0 A; 1JU5 C; 1T3S A; 3NMZ C; 2SRC A; 3EG1 A; 2ROL A; 1WXU A; 4D8K A; 2AKK A; 3REA B; 2VKN A; 2O9V A; 1UTI A; 4FSS A; 4IIM A; 2EQI A; 2O88 A; 2PZ1 A; 2ROT A; 3RNJ A; 3M0Q A; 2RQT A; 4AFS C; 2A28 A; 2CSI A; 2EKH A; 2OAW A; 2ECZ A; 1CKA A; 5IHK A; 2RN8 A; 1HSQ A; 2W0Z A; 2LJ3 A; 1X6B A; 1KIK A; 2GTO A; 4OMM A; 4HXJ A; 3FJ5 A; 2KRS A; 1NLP C; 1CSK A; 1AD5 A; 1GBQ A; 1X27 A; 4CC3 A; 3QWX X; 2QDL A; 2D8H A; 3I35 A; 4OML A; 1GCQ C; 3JV3 A; 1J3T A; 2DL5 A; 4LUD A; 3M0S A; 2EW3 A; 2L0A A; 2CUB A; 1YWO A; 1SPK A; 1X2K A; 2M0Y A; 2GTJ A; 1KJW A; 4D8D A; 2HBW A; 1HJD A; 2GNC A; 3ZL7 C; 1K1Z A; 1PNJ A; 5GJW B; 2O31 A; 4OMN A; 2HDA A; 2ED1 A; 5FWB A; 3C0C A; 1M30 A; 2KGT A; 2KBT A; 2YUN A; 2P4R A; 1WXB A; 4R0K A; 1WIE A; 3VS2 A; 2GQI A; 2KRN A; 5EC7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AIR B; 1IGU A; 2KR3 A; 2QDY B; 2EAY A; 3PMI A; 3PVQ A; 4M75 C; 3EG2 A; 2EVR A; 1Y96 A; 2DVE A; 1YCY A; 2A7Y A; 3JB9 D; 3JRZ A; 3CMA T; 1QCN A; 4FW2 A; 2HSP A; 4JJB A; 2DL4 A; 4ORZ A; 4LD9 K; 1T0J A; 1VQ8 A; 3VJP A; 2GFA A; 4CC7 A; 3MEU A; 3CCQ A; 2EGA A; 4XAX B; 2R58 A; 3JCM f; 1WHK A; 4X34 A; 2P4T A; 4J9H A; 2KYM A; 3HP9 A; 3CCS Q; 4RTZ A; 1PC0 A; 4C8Q A; 2L2P A; 2CT3 A; 4DEX A; 1S72 T; 1KC8 R; 1I1J A; 1AWJ A; 2R5M A; 1OUL A; 4WTO B; 1K4U S; 5LL6 S; 2EYW A; 3UPU A; 2VYT A; 2AZS A; 5GAN h; 3EHQ A; 3DB3 A; 4M77 E; 2FPD A; 3QKJ A; 5C6S A; 5C0M A; 3CPW A; 3G4S T; 4HCK A; 2A36 A; 5GAN e; 4KH1 B; 1WA7 A; 2RK2 A; 2G6F X; 1U1S A; 3EGU A; 3UWN A; 1NJI R; 1SSH A; 4HVW A; 3CME Q; 3VS5 A; 2IIM A; 1PCX A; 1QWF A; 1TWB A; 5HCK A; 5KYY B; 3EAE A; 1H92 A; 3LW5 E; 4IUP A; 4JPB W; 3L1A A; 2DRM A; 1Q81 C; 4IIO A; 2HCK A; 2OTJ A; 3CD6 A; 2X4J A; 2L3R A; 1WZO A; 3PMT A; 4NS5 A; 1RLP C; 2LCC A; 2ENM A; 3G6E T; 1IB8 A; 3OYY A; 4L5G A; 1Y7X A; 2DZ9 A; 1QVP A; 4FU6 A; 1KHC A; 5IHN A; 1W2B A; 1QVF P; 2A3L A; 3NTH A; 3NPF A; 4AFZ C; 4C92 F; 3C95 A; 3I9Q A; 4OMQ A; 1XOV A; 1YIT T; 1K8A C; 5GAO l; 1ZBX A; 1X6O A; 1KC8 U; 2E12 A; 4M7D B; 1KC8 C; 5KYW B; 2AKL A; 4C0D C; 3M55 A; 4JS4 A; 1JJ2 A; 1UEC A; 1ZA1 B; 2X4W A; 1ZBJ A; 4XQ3 A; 1UDL A; 1VQ6 Q; 1GCP A; 2MPX C; 2LQN A; 1BI3 A; 2I2L A; 2F69 A; 1JXO A; 3EG0 A; 3L42 A; 3M4Y A; 3OYG A; 1VQ4 T; 1YWP A; 2LVM A; 4N0A A; 1NJI U; 1T3L A; 2FZK B; 4PJO G; 1UHF A; 1NJI C; 1RLQ C; 4AG2 C; 3QJ6 A; 1M1F A; 4Y91 A; 2BE9 B; 5FU6 C; 4RKU E; 3EH2 A; 3UT1 A; 2BZ8 A; 1YIJ T; 1JO8 A; 1D3B A; 3H0I A; 3DB4 A; 1IGQ A; 4M7A G; 1UFF A; 3SB2 A; 2E1H A; 2ZPB B; 1QKX A; 3CCR T; 2HNI A; 5FRM A; 2DM1 A; 1M3B A; 4GBQ A; 4PJM A; 3C94 A; 1HK9 A; 2PQW A; 3GP8 A; 2O4X A; 1NYF A; 4J8O A; 4M77 B; 4X1V A; 1HXD A; 2YUP A; 1SSF A; 2RF0 A; 1N8R R; 1I07 A; 2L3S A; 1AOJ A; 5GMK e; 3VUB A; 3R6O A; 2MK5 A; 4FM4 B; 1VYU A; 4J6W A; 9ATC B; 3BE3 A; 4JRQ A; 1WHM A; 5A0D A; 2PU9 B; 3QBY A; 3TU4 K; 1M3A A; 3RES A; 2RI5 A; 4HVU A; 1Q82 C; 2ZAE A; 3FJP A; 4ELZ C; 1WHJ A; 1JEG A; 3M57 A; 2V1Q A; 3OBW A; 4FYV B; 1R0C B; 3EGD B; 1YJ9 A; 3SWN B; 1LOJ A; 3I56 T; 4LUE A; 1VQ5 T; 5GAN 3; 2IPO B; 1WGS A; 2VWF A; 1QCF A; 2K7A A; 2PUO B; 5KYY A; 1W4S A; 3JB9 I; 1PD0 A; 2HQX A; 2JS2 A; 2ZPF B; 4Y28 E; 2PTK A; 3GBQ A; 4F7U A; 1R77 A; 1WJS A; 2JT4 A; 4C0Z A; 3OYC A; 5L8R E; 1UGR B; 3CCE A; 5IXF A; 3X28 B; 3M54 A; 4PJO A; 1JB0 E; 3JCM W; 3OQ5 A; 4QKU A; 4XTW A; 4J9C A; 2YDL A; 4M78 F; 1AT1 B; 4QVC A; 2F5K A; 2LNH B; 4JRK A; 4M7A A; 1NM7 A; 2RMO A; 3QPH A; 3CBO A; 3P8D A; 2DAQ A; 1P92 A; 2SEM A; 3L2Z A; 2K79 A; 2YLC A; 2KYB A; 3LH5 A; 4OB2 B; 4EDU A; 3L2Q A; 1N8R U; 4JZ4 A; 2CP6 A; 3OYF A; 1KK7 A; 3NTK A; 1RAE B; 4A63 B; 3P8B B; 2Y4X A; 4GY5 A; 1VQL T; 3CC2 A; 4J6Y A; 4N0A C; 3BDL A; 1SRM A; 1VUB A; 2EFI A; 2OTL Q; 1FMK A; 2LMJ A; 3OB9 A; 2DBK A; 3LYI A; 4M4Z A; 4PLI A; 2DK3 A; 4MDX A; 3DLM A; 4PFO A; 1BK2 A; 3CCV A; 2MAM A; 4NL3 A; 2C0O A; 2QQA A; 1SF9 A; 3KFV A; 1MMA A; 2ATC B; 2DNU A; 2GQV A; 5KH6 A; 5KYN A; 1VQ8 Q; 1NG2 A; 3CCQ Q; 1K73 C; 3PVL A; 2PVG B; 3OS1 A; 3X20 B; 2MYS A; 5GAM e; 4BUG A; 4J7F A; 2F2W A; 1AWW A; 2CRE A; 1D1A A; 4J9G A; 4C5E A; 2NYS A; 2JVV A; 4VUB A; 4C8Q E; 3V8J A; 2QQR A; 1Z9Q A; 2BTT A; 2DTI A; 3UF4 A; 2K5I A; 1WJR A; 3UA7 A; 2DEQ A; 3PFS A; 2LZ6 B; 3V7R A; 1IRE B; 1BB9 A; 1M2V B; 4P5N A; 2DYB A; 2DIG A; 3RKX A; 3CPW S; 3CCL T; 2B8A A; 2JN0 A; 1H3H A; 5KCH A; 2VAS A; 4J9E A; 1VQP T; 4A4H A; 5CKH A; 2DF6 A; 2CZ0 B; 3VS4 A; 5GAM g; 2E10 A; 1WDX A; 3Q1J A; 2HAX A; 3MJX A; 4XTY A; 2ED0 A; 1SHG A; 1LJO A; 1UB4 A; 2M51 A; 5FW9 A; 2VV5 A; 3CCJ T; 1JU5 C; 3EGX A; 3EG1 A; 4D8K A; 3REA B; 2YRV A; 2VGN A; 1M1G A; 4C92 E; 4IIM A; 3JCM P; 4DBH A; 2XID A; 2PZ1 A; 2RJF A; 3P8H A; 3M0Q A; 3RER A; 1FX7 A; 2DTO A; 2A28 A; 1XTD A; 4WF2 A; 2OTJ Q; 1WHL A; 7AT1 B; 2EQM A; 1HSQ A; 3CD6 Q; 1VQO T; 2GTO A; 2KSS A; 4OVA A; 3VKI A; 1AD5 A; 1GBQ A; 2K5L A; 1Q7Y R; 2QDL A; 1W2B S; 5CVI A; 4OML A; 2CZ7 B; 3CCU A; 1UGS B; 1SPK A; 1X2K A; 1VQN T; 2GTJ A; 1KJW A; 4ZGJ B; 1TOV A; 2HBW A; 4EMK A; 3OBY A; 3ZL7 C; 4C0D B; 1PNJ A; 4BAC A; 5GJW B; 2O31 A; 2V8K A; 3TCJ A; 3JCM b; 4R55 A; 2HDA A; 2HQH A; 4KBM B; 2G3R A; 2KBT A; 1EIF A; 2EQU A; 4O6J A; 1M2O A; 4ZN1 A; 1VIE A; 3VS2 A; 2NUP A; 1QP3 A; 1HD3 A; 2EWN A; 4PLL A; 1YFN A; 1Y96 B; 1I5O B; 5CR2 A; 1OOT A; 2RK1 A; 2K4Y A; 1K76 A; 1VIF A; 2KT1 A; 2C0T A; 1K0X A; 3A8L B; 2JZ2 A; 5CAI A; 1LCK A; 1AVZ C; 2XHC A; 1G3Y A; 2JMC A; 2DER A; 4M77 C; 4BI4 A; 1M9S A; 4C8Q B; 2RQU A; 3JCM V; 2CSQ A; 2QGF B; 1QW1 A; 2QK0 A; 1OI1 A; 3OY9 A; 2ZPH B; 3OW2 P; 1Q7Y U; 4M7D D; 3EG9 A; 5DLQ E; 4HCC A; 2ESW A; 2LT4 A; 2DIL A; 1VA7 A; 2VXF A; 1QVG A; 2A0F B; 4ATO A; 3EFR A; 4PNO A; 5CIU A; 3JCM e; 2VVK A; 4FYW B; 1PRM C; 1D0Z A; 1XNI A; 1V76 A; 3OYM A; 4C92 B; 2LQK A; 2QI2 A; 5LJ3 f; 1QP2 A; 1YJ9 Q; 5IAY A; 1N27 A; 1NEB A; 4N4I A; 5FLX E; 4BDY A; 2FEI A; 1BIB A; 2EQJ A; 1YJN Q; 2CH4 A; 4HVV A; 2DKG A; 2KK4 A; 2L5Q A; 1I81 A; 3JCM g; 2QEX A; 3KBG A; 2AK5 A; 2CP5 A; 4M77 D; 3X26 B; 2RM4 A; 3CCE Q; 2BE7 D; 3UDC A; 3RR6 A; 4PJO E; 1QWE A; 4JRP A; 2NUT A; 3M0U A; 2BZY A; 4JJD A; 4XTU A; 1QMC A; 3QUI A; 4EMK C; 4PL6 A; 1Y0M A; 1KQ1 A; 3ZEH A; 4EPC A; 1UJ0 A; 2YUO A; 1M8M A; 1VQK T; 1MMD A; 2M1H A; 4DQ2 A; 3HRU A; 2FRW A; 4F17 A; 4RTW A; 2CDT A; 4XU2 A; 1VQ7 T; 1MV0 B; 2RHX A; 1D09 B; 3HFN A; 1M90 C; 3OMG A; 1PHT A; 4RTT A; 1PKT A; 5GMK j; 1QQJ A; 2KT8 A; 4EIK A; 2PVO B; 2XMF A; 3BY7 A; 3MPU B; 4JUV A; 4E7Z A; 5I11 A; 1ZX6 A; 3V8K A; 1BU1 A; 3CC2 Q; 1AZG B; 4OMP A; 2ABL A; 2RNA A; 4D6W A; 3CMA A; 1KQS A; 3L2V A; 1TSF A; 3V8L A; 2FRY A; 4MML A; 1D3B B; 2E4H A; 1BKB A; 2F1L A; 3H0F A; 3EFS A; 1YBY A; 3CCV Q; 1ZSG A; 2JTM A; 1I5L A; 2KEA A; 1RAB B; 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