The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
64
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structure length |
64
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Chain Sequence |
GAMGAKEYCRTLFPYTGTNEDELTFREGEIIHLISKETGEAGWWKGELNGKEGVFPDNFAVQIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The high resolution NMR structure of the third SH3 domain of CD2AP.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Signaling protein
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| molecule keywords |
CD2-associated protein
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| total genus |
14
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| structure length |
64
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| sequence length |
64
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Y92 A; 2CH4 W; 1WLP B; 2DE0 X; 4JJD A; 1ZSG A; 2DNU A; 2DM1 A; 2ROT A; 1GRI A; 2KRS A; 2EVR A; 2KXD A; 2O9S A; 1TG0 A; 2RQV A; 3KFV A; 2FPF A; 3NPF A; 3VS3 A; 2KR3 A; 1RLP C; 1UDL A; 2D1X A; 2DBM A; 1MV3 A; 1AVZ C; 1H8K A; 4ORZ A; 3I35 A; 1E7O A; 1UE9 A; 4RUG A; 1K76 A; 4F16 A; 2J6F A; 5FWC A; 1FMK A; 2PTK A; 2FRY A; 2K6D A; 4AFQ C; 3EHQ A; 1AWW A; 1QLY A; 1Z9Z A; 5GJW B; 1AOJ A; 1PWT A; 1CKB A; 3VS5 A; 2FRW A; 3EG1 A; 2J05 A; 2ENM A; 1CKA A; 2EQI A; 1OPL A; 3O5Z A; 1YWP A; 1X2K A; 2ED0 A; 2OJ2 A; 2A08 A; 2VVK A; 3I5S A; 4OMQ A; 2HBW A; 2BTT A; 2L0A A; 4J9I A; 1YWO A; 2D0N A; 2CUB A; 2AKK A; 5GJV B; 2AZV A; 2H8H A; 5IHN A; 2SRC A; 4JJC A; 4HVW A; 2LCS A; 1UHF A; 1WA7 A; 3VS0 A; 4EIK A; 1H3H A; 1OPK A; 2NUZ A; 1T0H A; 1UG1 A; 1PHT A; 4A63 B; 4CC4 B; 2F2V A; 5I22 A; 1SEM A; 3TSZ A; 2KYB A; 5FW9 A; 1WDX A; 2DMO A; 1WXB A; 3U23 A; 1QWE A; 1E6G A; 2AK5 A; 1B07 A; 2LJ1 A; 2DL3 A; 1ZX6 A; 1U5S A; 2DL4 A; 2D8J A; 4K11 A; 1T0J A; 4M4Z A; 4J9H A; 2K7A A; 1VA7 A; 1VYV A; 5EC7 A; 2EW3 A; 1X27 A; 2L3P A; 3M0T A; 4CC3 A; 2J7I A; 4JJB A; 2P4R A; 5HCK A; 1A0N B; 1X2Q A; 1AZE A; 1SRM A; 2EYY A; 1KSW A; 3M0Q A; 2XMF A; 4Z8A A; 3VS1 A; 2RPN A; 2W10 A; 2YDL A; 4D8D A; 1GFD A; 3R6N A; 4J9E A; 3VS4 A; 2DRK A; 1WXU A; 2YSQ A; 2M51 A; 2J06 A; 2DRM A; 1K4U S; 1OV3 A; 3EG3 A; 4RTU A; 4Z89 A; 1HJD A; 4QT7 A; 1AD5 A; 1RI9 A; 2MIO A; 1X43 A; 1ABQ A; 2KRO A; 2CT3 A; 1WFW A; 1JXO A; 2DBK A; 2EGC A; 4RTV A; 3FJ5 A; 1UHC A; 2G6F X; 2HEQ A; 2DA9 A; 5L23 A; 1RUW A; 5I11 A; 1GBR A; 1BB9 A; 3VS2 A; 3VRZ A; 3EG0 A; 3JV3 A; 4CC2 A; 5IXB A; 1W6X A; 2AKL A; 1U3O A; 4ZNX A; 2YT6 A; 3A98 A; 2DL5 A; 2F2W A; 4X1V A; 1JO8 A; 3SHW A; 1AWO A; 1K9A A; 1I07 A; 3M0R A; 1ZUY A; 1K0X A; 2CRE A; 4RTW A; 1E6H A; 1EFN A; 2EYX A; 1BBZ A; 4OMM A; 4AG2 C; 1NM7 A; 2ECZ A; 1K0S A; 4AG1 C; 2CH4 A; 1OEB A; 4R0K A; 3UF4 A; 3EHR A; 1JEG A; 1M3B A; 3RBB B; 2A36 A; 2KRM A; 2W0Z A; 3M0P A; 1ZLM A; 3TSW A; 1UUE A; 2DX1 A; 2KT8 A; 2DVJ A; 2RQR A; 4D8K A; 2K3B A; 1S1N A; 3QWX X; 3VRY A; 1WX6 A; 1WXT A; 3M0S A; 3LH5 A; 4RTT A; 4JZ3 A; 2EYZ A; 1W70 A; 2FG0 A; 1I0C A; 1CSK A; 1XOV A; 3QWY A; 1GCQ A; 2J6O A; 5IHK A; 2DF6 A; 1LCK A; 1ABO A; 1GCQ C; 1BU1 A; 1U06 A; 2JW4 A; 3H0I A; 2IIM A; 1GFC A; 2QDL A; 2FPD A; 1KIK A; 4HCK A; 5ECA A; 4AFU C; 1PRL C; 4F14 A; 1PKT A; 1SPK A; 1VYT A; 1W1F A; 2JM8 A; 2DLP A; 2EGA A; 4AFS C; 2L3Q A; 2DIL A; 1M27 C; 2HCK A; 4RTX A; 1K1Z A; 1WI7 A; 2ROL A; 4E6R A; 3UA6 A; 2E5K A; 2LQW A; 1YN8 A; 2BZ8 A; 3EGU A; 1QCF A; 1IO6 A; 4LUD A; 1ZUU A; 3NHN A; 2KRN A; 3PE0 A; 1X6B A; 3VS7 A; 4HVV A; 2RQT A; 2V1Q A; 2RQW A; 3IQL A; 1UJ0 A; 1YCS B; 4DEY A; 4OML A; 1KJW A; 4ESR A; 4J9B A; 2A28 A; 2LZ6 B; 2KBT A; 1J3T A; 2LJ0 A; 2LJ3 A; 4HVU A; 4WCI A; 1G83 A; 1X69 A; 1UGV A; 4LNP A; 2YUO A; 2RNA A; 2LP5 A; 1M30 A; 2EBP A; 1TUC A; 1UTI A; 2YUQ A; 4J9D A; 2RMO A; 4JPB W; 2BZX A; 1NEG A; 2JMA A; 2JTE A; 2O2O A; 1QWF A; 2C0T A; 1HD3 A; 1SSH A; 2VKN A; 2X3W D; 1YNZ A; 1GBQ A; 1Z9Q A; 2KYM A; 3H0H A; 1AZG B; 1YP5 A; 1QKX A; 3REB B; 1BK2 A; 2K2M A; 2CSI A; 2F2X A; 2K79 A; 1KFZ A; 2LQN A; 2VWF A; 2KGT A; 1UFF A; 2CSQ A; 2LX7 A; 1NEB A; 3CQT A; 1JXM A; 1MV0 B; 4OMP A; 3VS6 A; 2CDT A; 2CUD A; 2JS0 A; 3I5R A; 3RNJ A; 2DL7 A; 2GTO A; 3GBQ A; 2B86 A; 3I9Q A; 2YUP A; 2PZ1 A; 1X6G A; 2ESW A; 1I1J A; 4OMO A; 2MOX A; 3PVL A; 5FWB A; 1SHG A; 4FSS A; 2NWM A; 2D8H A; 1JU5 C; 3M0U A; 1M8M A; 1M3A A; 2JM9 A; 4RTY A; 1T3S A; 2GNC A; 2FPE A; 1UJY A; 1NYG A; 1V1C A; 1AWJ A; 2BZY A; 2O9V A; 3NGP A; 2JMC A; 2EGE A; 3UA7 A; 2FEI A; 2GTJ A; 2RN8 A; 4OMN A; 1SHF A; 2RF0 A; 1VYU A; 1PKS A; 4AFZ C; 2I0N A; 1UEC A; 1Y0M A; 1GCP A; 1JQQ A; 2OI3 A; 4RTZ A; 4Z88 A; 2DL8 A; 4IIO A; 1Y57 A; 1NG2 A; 2RQU A; 2HSP A; 2JS2 A; 2C0O A; 4J9G A; 4F17 A; 2O88 A; 1TUD A; 2FO0 A; 3ZL7 C; 1H92 A; 2V1R A; 1SRL A; 3EG2 A; 1T3L A; 4LE9 A; 3C0C A; 3SEM A; 2GQI A; 2HDA A; 1QKW A; 2CT4 A; 3UAT A; 1OOT A; 3PVQ A; 4HXJ A; 2C0I A; 1PNJ A; 1B3Q A; 3ULR B; 1AWX A; 2AZS A; 1RLQ C; 4KRT A; 1HSQ A; 1NYF A; 2OAW A; 1GL5 A; 2EPD A; 2MCN A; 4GLM A; 2PNI A; 3H41 A; 3TVT A; 2J6K A; 2DJQ A; 2GGR A; 2ED1 A; 1ZUK A; 1WIE A; 2KNB B; 2JT4 A; 1M3C A; 2LNH B; 3H0F A; 2GBQ A; 2K9G A; 1AEY A; 3THK A; 1MUZ A; 2KE9 A; 4LUE A; 2KT1 A; 1N5Z A; 2L2P A; 2SEM A; 2A37 A; 1NLO C; 2YUN A; 2KEA A; 2EKH A; 1WYX A; 2EYW A; 2X3X D; 2ABL A; 4LN2 A; 4J9C A; 2M0Y A; 3REA B; 4IIM A; 1G2B A; 4DEX A; 4J9F A; 1PRM C; 2LMJ A; 1ARK A; 1ZBJ A; 2DYB A; 2O31 A; 3NMZ C; 1NLP C; 5IXF A; 2JXB A; 4GBQ A; 1FYN A; 2KXC A; 5IHI A; 5IH2 A; 4CC7 A; 2L3S A; 4JZ4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TOV A; 2CH4 W; 1D3B B; 3EGX B; 1LOJ A; 1XQH A; 1PM3 A; 2RH2 A; 1ZSG A; 4JJD A; 5DLO A; 4C92 D; 4QVC A; 4F7U G; 1GRI A; 3JB9 G; 3PGG A; 2KRS A; 3GF5 A; 3HL8 A; 2RQV A; 1S72 T; 2FPF A; 1VQ7 Q; 2E12 A; 2KR3 A; 1K9M R; 4QVD A; 3QSU A; 4LDW A; 2DBM A; 4N4G A; 4XTV A; 2RM4 A; 1YJN Q; 4M75 D; 4M7D G; 3MEA A; 3R6O A; 1BI2 A; 5FWC A; 4PJN A; 3Q1J A; 5HKC A; 1NPR A; 5DM7 R; 1QLY A; 4KUL A; 5LJ5 h; 3OW2 A; 1QP3 A; 4F7U A; 3OS5 A; 1AOJ A; 1PWT A; 5GAN h; 1CKB A; 3V7S A; 5KYN A; 3CMA T; 4XU1 A; 1CKA A; 3L2Z A; 4KUI A; 2A08 A; 2KSS A; 4OMQ A; 2HBW A; 3GPL A; 1KK7 A; 1Y7X A; 2BTT A; 3A8H B; 2QEX T; 1VQO A; 3CME Q; 1EX4 A; 3V7C A; 4J9I A; 1Q7Y C; 4IUT A; 1YWO A; 2DXU A; 1OZ3 A; 2DD5 A; 1W2B A; 5GMK j; 2L5Q A; 1VQ8 Q; 5IHN A; 2SRC A; 3C4S A; 2DFU A; 5GAO q; 3CPW S; 3VS0 A; 1QVG P; 4PJO A; 1PHT A; 2COY A; 2CP5 A; 2WSC E; 4F7U F; 5CVI A; 4E7Z A; 1QMC A; 1I5O B; 4B9W A; 4FT4 A; 3TSZ A; 2CS7 A; 3N5B B; 5FW9 A; 1NJI C; 2DMO A; 1D3B A; 2QYZ A; 5CKH A; 2V26 A; 4MMK A; 2MK5 A; 3SFM A; 4C8Q B; 1QCN A; 3SB2 A; 2KDS A; 3MEU A; 2GQV A; 2DL3 A; 1ZX6 A; 4KGZ B; 3CXC A; 2D8J A; 4C0D B; 2HL5 C; 4OB2 B; 3CCQ Q; 1T0J A; 1VA7 A; 5EC7 A; 2EW3 A; 5J3B A; 4Y28 E; 2L3P A; 4N4H A; 4DBQ A; 4CI0 C; 5GAN 3; 1WHH A; 4JJB A; 3OYI A; 1Q86 C; 2FZK B; 4C0Z A; 3CCR Q; 1ZBX A; 2XMF A; 1TTH B; 4FM4 B; 2RPN A; 2W10 A; 4OMF B; 4D8D A; 1GFD A; 2P84 A; 1OI1 A; 3JRZ A; 5GAO n; 3OYD A; 2DRK A; 3QDR B; 4A4E A; 1N8R R; 3PIO A; 4D6W A; 3CCR A; 2J06 A; 2LT4 A; 1VQN T; 1OV3 A; 3EG3 A; 1RI9 A; 1X43 A; 4LD9 K; 2QTV A; 2DBK A; 2VGN A; 4RG2 A; 1UHC A; 2LQ8 A; 4BDZ A; 1RAI B; 3G6E T; 1YBY A; 3MP8 A; 5L23 A; 2HMA A; 5LL6 S; 1K73 C; 3E9G A; 4PK4 A; 3VUZ A; 3EG0 A; 3JV3 A; 3URG A; 1RAG B; 1W6X A; 3CCS Q; 1IZ6 A; 2HKN A; 4JLG A; 1U3O A; 2RJF A; 4ZNX A; 4QVZ A; 4O5V A; 4JJN K; 2JNG A; 3SHW A; 5LJ3 f; 2YHT A; 3M0R A; 2CRE A; 3E19 A; 5CKB A; 1E6H A; 1RL2 A; 3G4S Q; 1RI0 A; 1Y71 A; 1VQP A; 4FSX A; 2K3Y A; 3C94 A; 3EGD B; 4AG1 C; 4FYY B; 3CCR T; 4AMC A; 2CH4 A; 3MHX A; 4M78 C; 1OEB A; 3UF4 A; 3G7Z A; 3OMG A; 2DTI A; 1VQ5 A; 4XQ3 A; 2KT8 A; 4IKF A; 1QCO A; 4PJO D; 3QWX X; 4MZM A; 1WX6 A; 2E4H A; 1F1B B; 1W70 A; 4DBR A; 3HTR A; 1XOV A; 3QWY A; 1GCQ A; 2J6O A; 5AYF A; 2BE7 D; 2DF6 A; 3M54 A; 2RK1 A; 3NTH A; 2DEU A; 3M4Y A; 3LX7 A; 5KCH A; 3CCE A; 1BI3 A; 2CZ1 B; 2EJG A; 4FW2 A; 3EAE A; 2FPD A; 3A8G B; 4HCK A; 4AFU C; 3OYM A; 2RHX A; 2DLP A; 1M1G A; 4FT2 A; 1M27 C; 1WI7 A; 2OTJ A; 4E6R A; 5I2S A; 1R8O B; 5A0L A; 2JJ9 A; 2LQW A; 3JCM X; 1PCX A; 4LUD A; 2E5Q A; 1ZUU A; 1X6B A; 2QTX A; 2VXF A; 4KGV B; 2CZ6 B; 1D1C A; 1QVF S; 2QXF A; 2L8D A; 3CBP A; 3CCS A; 1SF9 A; 1O9S A; 1U1S A; 1ZA1 B; 2HD0 A; 1M8V A; 3CCU Q; 3V8J A; 1VQM Q; 4PJO E; 4ESR A; 2A28 A; 3CPW P; 3CCE T; 2HKQ B; 1V76 A; 2P0Q A; 5HK0 A; 2E3H A; 4HVU A; 4JRQ A; 1X69 A; 2DK3 A; 1BCM A; 2CP6 A; 2JOY A; 2OAU A; 4OB1 B; 3GP8 A; 2YUO A; 5GMK m; 1M30 A; 2EBP A; 3HHT B; 5KH6 A; 2RMO A; 5D7U A; 2JMA A; 1G8X A; 4HCB A; 1VQL T; 1G5V A; 1HD3 A; 3HRS A; 5CQY A; 1SSH A; 2VKN A; 2X3W D; 1M2O A; 1YNZ A; 1QVG A; 1M90 R; 3PNW C; 1Z9Q A; 3JCM h; 5GAM h; 3HRT A; 5GMK l; 1YP5 A; 3REB B; 2OTL Q; 1BK2 A; 2KGT A; 1UFF A; 1EZZ B; 4IUP A; 4MDW A; 3CQT A; 1JXM A; 4PNO A; 1MV0 B; 3BY7 A; 4II1 A; 4M75 E; 3I5R A; 2DL7 A; 2B86 A; 3L2U A; 1I1J A; 4JRP A; 3P8D A; 4OVA A; 4ZGD B; 3CCM A; 2MWP A; 2MOX A; 4DOV A; 2PUO B; 2NWM A; 1VIE A; 3I56 T; 4ZN1 A; 1T3S A; 2DTH A; 4JDS A; 4QQD A; 3OW2 S; 3X26 B; 1V29 B; 5FRN A; 1MND A; 3BDU A; 2GTJ A; 2FYK A; 6AT1 B; 3MKD A; 4KH0 B; 1PKS A; 1QP2 A; 5GAN g; 2RI3 A; 2Y4X A; 2MI6 A; 2V8I A; 4E7S A; 3CCV A; 1Y0M A; 1QVG S; 2HBP A; 4RTZ A; 4RMO A; 1BKB A; 1QVP A; 5CKF A; 1Y57 A; 3EGX A; 4HA8 A; 4C8Q E; 1G3Y A; 1SKU B; 3CC7 T; 2RI2 A; 2HQE A; 2E6N A; 1KHC A; 1VQ4 A; 2DET A; 1SRL A; 1KQS S; 3EG9 B; 1OQK A; 5L8R E; 1Y07 A; 1M90 U; 3PVQ A; 3M56 A; 3ULR B; 1OU8 A; 1RAA B; 1KD1 C; 2E3I A; 2PU9 B; 4KRT A; 4M7D F; 4JRI A; 1VQ6 A; 1RAF B; 2X35 A; 2MCN A; 5GAM j; 3TVT A; 1U8R A; 4IUR A; 1ZUK A; 2CP0 A; 3QBY A; 1RAD B; 2JT4 A; 4PJO C; 2LNH B; 4A54 A; 4J6X A; 4XU0 A; 5CO7 A; 1MUZ A; 4LUE A; 1GXI E; 2KT1 A; 1M1F A; 1NJI U; 3CEY A; 4NS5 A; 1NLO C; 2DO3 A; 4A4K A; 2YLC A; 1BYM A; 5GAN 6; 3LWI A; 2XI9 A; 4IIM A; 4EMK C; 3CMA A; 4DEX A; 2CP3 A; 4J9F A; 1Q81 U; 4PLL A; 1ARK A; 1Q81 C; 1ZBJ A; 4OF1 A; 2E1H A; 2M1H A; 3FB9 A; 2O31 A; 1Q82 C; 5FRM A; 2ZPI B; 1FX7 A; 1LNX A; 5C6S A; 1YJW A; 1QVF P; 2GFU A; 4LDU A; 2DE0 X; 4M7D A; 2R57 A; 2QG9 B; 3JCM f; 2YRD A; 5GAM f; 3GNF B; 2MAM A; 4RCC A; 5GAN 5; 3LGF A; 4QQG A; 2KXD A; 4M77 B; 2L3R A; 3QJY A; 4HCZ A; 5LJ3 d; 1M2V A; 4MML A; 3OYJ A; 4M75 F; 5GAN f; 1AVZ C; 4N0A A; 1Q95 G; 1UE9 A; 4F16 A; 2RJC A; 2HQH A; 2PTK A; 2FRY A; 1XTD A; 1AWW A; 2XK0 A; 4C5E A; 3A5Z B; 1Y96 A; 3MPU B; 1M1K U; 4C5H A; 4ELY C; 3KBG A; 1UB4 A; 3CD6 Q; 1OPL A; 2CP2 A; 3O5Z A; 4RKU E; 1KD1 U; 1W2B S; 2VVK A; 1VQM T; 2QDY B; 2L0A A; 3CCJ A; 1Q7Y U; 2CUB A; 3UPU A; 3H9N A; 4OP0 A; 2AKK A; 2AZV A; 3INZ A; 2H8H A; 2YWW A; 3F70 A; 1WA7 A; 3RES A; 2NUZ A; 3QUI A; 1KD1 R; 1UG1 A; 5GMK e; 1Q86 R; 4X9D A; 4CC4 B; 2F5K A; 5I22 A; 1SEM A; 4DBF A; 3OBW A; 2OTJ Q; 4XTY A; 2C06 A; 2AT1 B; 5CR2 A; 1ACM B; 3CCU T; 3L2R A; 1K8A U; 2NUT B; 3U23 A; 2BKD N; 3CCQ T; 4C8Q G; 2XD0 A; 3ZEH A; 1U5S A; 4EMH A; 4K11 A; 4M4Z A; 1YHQ Q; 2H3E B; 1M9S A; 2J7I A; 1WJQ A; 2B8A A; 4N0A C; 1N9R A; 1AZE A; 2EYY A; 3EFO A; 1YIT T; 3VS1 A; 1NPP A; 2YDL A; 4J9E A; 1IGU A; 1VIF A; 2Y90 A; 1WXU A; 2DAQ A; 1BCO A; 4JRK A; 5KYW A; 2P0P A; 4Z89 A; 4PJL A; 4QT7 A; 1AD5 A; 1I4K 1; 1ABQ A; 1YHQ T; 1BIB A; 2VB6 A; 3FLG A; 2CZ0 B; 1UGP B; 1WGS A; 2YLB A; 3S3N A; 1YI2 Q; 2DA9 A; 1YCY A; 1RUW A; 5D6W A; 2H3J A; 1BB9 A; 1TH7 A; 4O6J A; 3OYA A; 2ATC B; 1OU9 A; 3VRZ A; 3ER0 A; 3TQ7 P; 5IN1 A; 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