The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
b'KELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVADRQGFVPAAYVKKL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
|
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain mutant N47A
rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Structural protein
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| total genus |
12
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| structure length |
56
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| sequence length |
56
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZX6 A; 1QKX A; 2O2O A; 2C0I A; 1GCP A; 1V1C A; 3VS2 A; 1HJD A; 5ECA A; 1K4U S; 1A0N B; 1WXT A; 1X2Q A; 2YT6 A; 2EKH A; 2HBW A; 5IHN A; 2BTT A; 2DE0 X; 4CC7 A; 2K2M A; 1NEG A; 2KYM A; 1M3A A; 2L3P A; 1AZE A; 4DEY A; 2O88 A; 1T3L A; 1KIK A; 3RBB B; 2YDL A; 4CC4 B; 1AWO A; 1W70 A; 4Z89 A; 1H92 A; 3GBQ A; 4OMP A; 2B86 A; 2J7I A; 4LE9 A; 1H8K A; 2A08 A; 2RQV A; 1NEB A; 4IIO A; 1LCK A; 3SHW A; 2ROT A; 4AG2 C; 2JM9 A; 1OPL A; 2KRS A; 2A36 A; 2J06 A; 1ZLM A; 2A37 A; 1SHG A; 1RUW A; 2F2X A; 1YWP A; 4DEX A; 1NYG A; 3H41 A; 1WI7 A; 1UHF A; 3VS1 A; 2RN8 A; 2DX1 A; 3VRZ A; 3FJ5 A; 1TUD A; 2ABL A; 3RNJ A; 4RTY A; 2EYX A; 3TSZ A; 2NUZ A; 4M4Z A; 1UTI A; 2X3W D; 4AFS C; 2RQU A; 2SRC A; 1CKB A; 2VVK A; 2KXD A; 1PHT A; 5IXB A; 1ZSG A; 1MV0 B; 3VS6 A; 1VYU A; 1J3T A; 1QCF A; 3KFV A; 3UF4 A; 2D0N A; 2RNA A; 1NYF A; 3REB B; 1ZBJ A; 2JXB A; 4A63 B; 2DL5 A; 3ZL7 C; 1WFW A; 2LMJ A; 2GQI A; 2JMC A; 1U06 A; 2AZS A; 1GRI A; 1UEC A; 1AVZ C; 2HSP A; 1SEM A; 1CKA A; 2F2W A; 1ABO A; 3H0I A; 1BB9 A; 2YUQ A; 4LUD A; 2AKK A; 2CSQ A; 3H0H A; 2KNB B; 3EG3 A; 2RQW A; 1SRM A; 2M0Y A; 2EYY A; 1WXB A; 3REA B; 4AFU C; 2KRM A; 1GL5 A; 2H8H A; 1AOJ A; 2LQW A; 2KT8 A; 2EBP A; 1PKS A; 3VS0 A; 5GJW B; 1GBQ A; 1Z9Z A; 4CC3 A; 2ECZ A; 2EGA A; 1FMK A; 4Y92 A; 1AWW A; 3C0C A; 1ZUY A; 4J9F A; 3VS3 A; 1JXO A; 2M51 A; 1W1F A; 2CRE A; 2GNC A; 4WCI A; 5I22 A; 1WXU A; 1KJW A; 3CQT A; 1M3C A; 2E5K A; 4J9E A; 1VYV A; 4OMQ A; 3EHQ A; 1KFZ A; 2DF6 A; 1OEB A; 4LUE A; 1FYN A; 1ZUK A; 5IXF A; 4F17 A; 4HCK A; 2LP5 A; 4GLM A; 2MIO A; 2DRM A; 2ROL A; 2LCS A; 1QWE A; 1GBR A; 3PVL A; 2RF0 A; 1BU1 A; 2KR3 A; 2RPN A; 2BZY A; 3TSW A; 1U5S A; 2K3B A; 4FSS A; 2KE9 A; 1I07 A; 2C0T A; 2DJQ A; 2CSI A; 1WDX A; 2BZX A; 2VKN A; 3VRY A; 2LJ1 A; 3NMZ C; 1UG1 A; 1ARK A; 1PRL C; 2D1X A; 1ABQ A; 2V1R A; 4JJC A; 4HXJ A; 4OMN A; 1Z9Q A; 2MCN A; 1GFD A; 2FO0 A; 1K0X A; 1VA7 A; 1WLP B; 2K6D A; 1H3H A; 3UAT A; 1YCS B; 2DL7 A; 2FPD A; 1AZG B; 2KXC A; 4JPB W; 2JW4 A; 1WYX A; 1W6X A; 2EYZ A; 2W10 A; 4JZ3 A; 1YN8 A; 2FPE A; 1HD3 A; 1YWO A; 2GGR A; 2IIM A; 1K1Z A; 1G83 A; 2W0Z A; 3H0F A; 2DNU A; 5IHK A; 3M0U A; 1IO6 A; 2KEA A; 1NM7 A; 3O5Z A; 1E6G A; 2BZ8 A; 1SPK A; 3M0S A; 4R0K A; 1X69 A; 2DVJ A; 1NLP C; 1UHC A; 2DYB A; 2DL8 A; 1OV3 A; 1M8M A; 1T0H A; 4J9C A; 1MV3 A; 2CDT A; 2FRY A; 1X43 A; 4RTX A; 1UFF A; 3PVQ A; 2XMF A; 4F16 A; 2EPD A; 2L3Q A; 3VS4 A; 4JJD A; 1PRM C; 2GTO A; 2J6O A; 2DBK A; 2L0A A; 1GFC A; 2J05 A; 2RQR A; 4EIK A; 2JT4 A; 2DA9 A; 2EQI A; 1UGV A; 2V1Q A; 1NG2 A; 3I9Q A; 5L23 A; 1B3Q A; 2DMO A; 1S1N A; 1XOV A; 3NHN A; 1YP5 A; 5FWB A; 1UDL A; 2DL3 A; 2LX7 A; 4QT7 A; 4OML A; 1HSQ A; 3TVT A; 2EVR A; 3UA6 A; 2LNH B; 1PNJ A; 2CT3 A; 1WX6 A; 1JXM A; 1G2B A; 3I5R A; 4J9D A; 4F14 A; 3EG2 A; 3VS7 A; 1X6B A; 5IHI A; 1KSW A; 2KRN A; 2YUO A; 1VYT A; 2PTK A; 2ENM A; 4D8K A; 2I0N A; 3M0R A; 3SEM A; 1UJY A; 2D8H A; 4RTV A; 2DL4 A; 4J9I A; 2FG0 A; 1PWT A; 3I35 A; 4AFZ C; 2RQT A; 1JEG A; 1OPK A; 1AWJ A; 2DRK A; 1T3S A; 1GCQ C; 4RTT A; 2GTJ A; 1M30 A; 1I0C A; 2CH4 A; 3JV3 A; 1JO8 A; 2DLP A; 1X27 A; 3EHR A; 2P4R A; 1AWX A; 1K9A A; 2DM1 A; 1GCQ A; 1MUZ A; 2EGC A; 1BK2 A; 1QKW A; 4GBQ A; 4OMM A; 4J9H A; 4ORZ A; 1RLP C; 3M0Q A; 1RLQ C; 3M0T A; 4J9B A; 1SHF A; 2ED0 A; 1QWF A; 3M0P A; 1U3O A; 2FPF A; 2DBM A; 2LJ3 A; 1RI9 A; 4AG1 C; 4RUG A; 2HCK A; 2F2V A; 5IH2 A; 2LZ6 B; 4E6R A; 3QWY A; 4ESR A; 1EFN A; 2PNI A; 2GBQ A; 4Z88 A; 1M3B A; 2KYB A; 2CUD A; 2JTE A; 2EYW A; 1I1J A; 2YUP A; 1WIE A; 1PKT A; 1X6G A; 4HVV A; 3EG0 A; 1CSK A; 2C0O A; 2YSQ A; 4JZ4 A; 2HDA A; 3LH5 A; 2JS2 A; 2AK5 A; 1E7O A; 2EGE A; 1Y0M A; 2CH4 W; 2RMO A; 2NWM A; 3NPF A; 2KGT A; 2YUN A; 1TG0 A; 2PZ1 A; 2K79 A; 1JU5 C; 2AZV A; 4X1V A; 1TUC A; 1ZUU A; 2KT1 A; 2O9V A; 3QWX X; 3EG1 A; 5FWC A; 3U23 A; 4CC2 A; 3A98 A; 2HEQ A; 5GJV B; 2K9G A; 4J9G A; 2ESW A; 1UJ0 A; 2FRW A; 2KRO A; 1K0S A; 2L3S A; 1OOT A; 4IIM A; 2LQN A; 2J6K A; 4ZNX A; 4OMO A; 1BBZ A; 2OI3 A; 2K7A A; 1QLY A; 3THK A; 5FW9 A; 4JJB A; 1NLO C; 4D8D A; 2J6F A; 4HVW A; 2EW3 A; 1T0J A; 1YNZ A; 1K76 A; 1SRL A; 2O31 A; 1UE9 A; 2L2P A; 3VS5 A; 1AD5 A; 2CUB A; 2ED1 A; 2X3X D; 2JS0 A; 2CT4 A; 4RTW A; 3R6N A; 1Y57 A; 2MOX A; 4LN2 A; 2AKL A; 1B07 A; 2OAW A; 2O9S A; 1SSH A; 4RTU A; 1WA7 A; 1E6H A; 2FEI A; 2D8J A; 4RTZ A; 2JMA A; 2OJ2 A; 1AEY A; 3ULR B; 5HCK A; 3EGU A; 4AFQ C; 2JM8 A; 2KBT A; 2SEM A; 1N5Z A; 1JQQ A; 3PE0 A; 5EC7 A; 3I5S A; 1M27 C; 2A28 A; 2DIL A; 4KRT A; 4K11 A; 3NGP A; 1X2K A; 4LNP A; 2G6F X; 3IQL A; 2LJ0 A; 2VWF A; 4Z8A A; 4HVU A; 5I11 A; 1UUE A; 2QDL A; 3UA7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FYW B; 4M7A B; 2O2O A; 4MZM A; 1GCP A; 4M7D E; 2K3Y A; 3L2R A; 1K4U S; 1WXT A; 4OB3 B; 1LJO A; 1VQP Q; 2DYI A; 2XDP A; 5CKE A; 4DBF A; 2KYM A; 2V8K A; 2VGM A; 3HSB A; 4CC4 B; 3CEY A; 1H92 A; 5FLX E; 5D6W A; 1S72 Q; 1ZSZ C; 1PC0 A; 4ELY C; 4LE9 A; 3BY7 A; 1YJW T; 2I2L A; 2RJD A; 1OYX A; 3V8J A; 1M5Q 1; 4IIO A; 1VQ6 A; 1IXD A; 2ROT A; 3CC4 Q; 1ZSZ A; 4UC4 A; 3A8L B; 1OPL A; 2RK1 A; 2ZPE B; 1RUW A; 4BE0 A; 3CC2 T; 1KQ2 A; 4M78 C; 2E12 A; 3CCL A; 3DB3 A; 4DEX A; 2CS7 A; 4M75 B; 3SWN C; 3EFO A; 4ELZ C; 2QAZ A; 3VRZ A; 2ABL A; 4ZGE B; 3RMS A; 1FXX A; 4M78 A; 3VU3 C; 4HCB A; 5GMK e; 3SWN A; 4JLI A; 2K4Y A; 3PTA A; 4M7D G; 4M78 E; 2RQU A; 1CKB A; 1MV0 B; 1VYU A; 5GAN h; 5J26 A; 1SF9 A; 1QCF A; 3KFV A; 3REB B; 2RJC A; 1D3B B; 2JXB A; 1RAD B; 1LVK A; 2LMJ A; 2LC4 A; 1W2B P; 1VQ5 T; 2DXC A; 4FL6 A; 2AZS A; 4LDU A; 3OYD A; 3MHX A; 4F7U F; 3OYC A; 2LCC A; 2HSP A; 2X4J A; 1VQ4 T; 1CKA A; 1ABO A; 3H0I A; 2YUQ A; 3EG9 A; 2AKK A; 2CSQ A; 3H0H A; 3EG3 A; 1YFN A; 4PFP A; 2KRM A; 3G4S Q; 3OS1 A; 1D1C A; 4M78 G; 4NL2 A; 1I8F A; 4KGV B; 4C0D B; 2VC8 A; 4E2F B; 2Z0W A; 4LD6 A; 2ECZ A; 2V8J A; 5GAM h; 3VS3 A; 2Y4X A; 2NLU A; 1W1F A; 4KBM B; 2V8I A; 1M3C A; 2E6Z A; 3KUF A; 2E70 A; 4OMQ A; 1KFZ A; 2CP5 A; 3R6O A; 5IXF A; 4X9C A; 5CIU A; 3LLR A; 4E7K A; 2QQR A; 2DRM A; 2LCS A; 2PQW A; 1QWE A; 5A0D A; 3L2U A; 3PVL A; 2RF0 A; 1MMN A; 3X25 B; 2YWW A; 2BZY A; 4D6W A; 5I21 A; 4Q5W A; 1JJ2 A; 5GAN f; 2FB7 A; 2NUP A; 1TXQ A; 4L59 A; 4C92 D; 3VRY A; 5GAO p; 4FSX A; 5HK3 A; 5KCH A; 3HRS A; 5LJ3 h; 4C8Q C; 5FRM A; 2FZC B; 1QVP A; 4HXJ A; 1Z9Q A; 5FRN A; 2HBP A; 3EH1 A; 1WLP B; 2K6D A; 4C8Q A; 1H3H A; 3FJP A; 5KYX B; 2ZPG B; 2FPD A; 4A4G A; 1AZG B; 1TOV A; 3CXC P; 1VQP T; 2K5F A; 4C8Q E; 2W10 A; 1YN8 A; 2IIM A; 2GGR A; 2LT4 A; 1K1Z A; 5GAO l; 4WF2 A; 5LJ5 e; 1G83 A; 2W0Z A; 1TU0 B; 3Q1J A; 8AT1 B; 2CZ6 B; 3JAM E; 4XAX B; 2IG0 A; 5KYN A; 3HL8 A; 2BZ8 A; 3C12 A; 4II1 A; 4IUP A; 3JCM Q; 3M0S A; 1D09 B; 2HL5 C; 5GAN 4; 2JN0 A; 3X26 B; 2DVJ A; 1NLP C; 5GAO r; 1QVF S; 1UHC A; 1YJW A; 1YHQ T; 4DOV A; 3CPW S; 4JS4 A; 5GAN 3; 2CDT A; 1X43 A; 1WJS A; 3BDU A; 3PVQ A; 4LDY A; 2XMF A; 3TCJ A; 1OUL A; 2L3Q A; 4ME7 A; 4JJD A; 3CC2 A; 1XJW B; 3F70 A; 4F7U B; 3CCJ T; 2J6O A; 1UGP B; 1GFC A; 1PG5 B; 2RQR A; 4EIK A; 2DA9 A; 2VUB A; 5GAO q; 4DA4 A; 3HRT A; 3CBO A; 5L23 A; 1Q7Y R; 3NHN A; 5CQY A; 2DL3 A; 3M57 A; 2QA4 Q; 3TVT A; 3VJP A; 1QQJ A; 4PJO D; 1RAE B; 2CT3 A; 5LJ3 f; 2XK0 A; 1OZ3 A; 4ZGD B; 1X6B A; 1YJ9 Q; 1KSW A; 1VYT A; 3L2Z A; 1UGS B; 4TVR A; 5CKH A; 5A0L A; 3ME9 A; 1O75 A; 1VQ5 A; 3I35 A; 4AFZ C; 5CCA A; 1JEG A; 1JRI A; 1FMW A; 4B9W A; 1AWJ A; 2DRK A; 2RJF A; 4RTT A; 1VQ4 A; 5HY6 A; 5A2Q E; 4C92 G; 3GP8 A; 3ER0 A; 4PJN A; 2M02 A; 3OYL A; 2E41 A; 4O6J A; 3G6E Q; 2CP3 A; 3P8B B; 4XTW A; 2PUO B; 3SFM A; 4J9B A; 1WHJ A; 3JB9 D; 1VQO A; 3A8O B; 3CMA Q; 1M1K U; 2FPF A; 2DBM A; 2GFU A; 4A4K A; 2LJ3 A; 1RI9 A; 1WQ7 A; 2WSF E; 2RHZ A; 2PNI A; 1IRX A; 1M3B A; 2EYW A; 1I1J A; 1CSK A; 4A4H A; 3LH5 A; 2DEU A; 2AK5 A; 2EQJ A; 1Y0M A; 4JS5 A; 2RMO A; 3NPF A; 2EJG A; 1M1K C; 3HHT B; 3RKY A; 3L2Q A; 1JU5 C; 4JRP A; 2XDD A; 2AZV A; 1ZUU A; 4KGX B; 3VKI A; 5GAM g; 2PUK B; 2O9V A; 3QWX X; 1VQM Q; 5FWC A; 3U23 A; 1I81 A; 3A98 A; 2QAS A; 1QCN A; 2BKD N; 4IUR A; 3QYG B; 5FRO A; 3JCM J; 3JB9 F; 4M7A D; 1YIT Q; 2LQN A; 3X20 B; 1BBZ A; 4IUU A; 3THK A; 5GAN e; 4PJO G; 3OYH A; 4BE2 A; 4XK8 E; 1NLO C; 4D8D A; 4E7H A; 3QJY A; 2EW3 A; 1T0J A; 2O31 A; 2P4T A; 5DLQ E; 2ED1 A; 1QVG S; 2CT4 A; 4Z02 A; 2F5K A; 3H9N A; 4PLI A; 3C94 A; 2AKL A; 3JCM g; 3V8K A; 1N8R U; 3A8M B; 3VV0 A; 2O9S A; 3OYE A; 3MEW A; 1KC8 U; 4DBR A; 1K9M U; 1YHQ A; 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4A63 B; 4E47 A; 2DL5 A; 2X51 A; 1D3B A; 2ZAE A; 4XTZ A; 2GQI A; 2JMC A; 3RES A; 4BUG A; 3KXT A; 2LRQ A; 3NTI A; 1SSF A; 4R56 A; 3CCV Q; 2V26 A; 1M2V B; 2ATC B; 3OW2 P; 1AVZ C; 2EKO A; 3QJ6 A; 1M90 C; 2F2W A; 2HQX A; 1BB9 A; 4LUD A; 1VQM T; 1PD0 A; 2CZ1 B; 1KD1 R; 1HYO A; 1KQS S; 2P0Q A; 3CBM A; 5GAO m; 2RQW A; 3GF5 A; 2LVM A; 3DLM A; 4N4H A; 2H8H A; 4EMK B; 2MMP A; 3S3N A; 1HK9 A; 3BW1 A; 5KYY A; 5C0M A; 1YIT T; 1WZO A; 4CC3 A; 2OTJ A; 2GQV A; 2KDS A; 3C0C A; 4J9F A; 4R55 A; 2M51 A; 2NUT B; 1YJN Q; 3KBG A; 4M77 F; 3H6Z A; 2GF7 A; 2E5K A; 4J9E A; 1Y96 B; 1M1K R; 3EHQ A; 2DF6 A; 2CKK A; 1FYN A; 4J8O A; 2NYS A; 4ZGJ B; 4QVD A; 4GLM A; 2ROL A; 1GBR A; 2QQ9 A; 3G71 Q; 2KR3 A; 1U5S A; 2P0K A; 1I07 A; 2C0T A; 3BDL A; 2O4X B; 3J80 E; 3FC3 A; 3T9N A; 3CCR Q; 4C5I A; 1UG1 A; 1ARK A; 3EGD A; 1D0Y A; 3QPH A; 5KYU A; 1ABQ A; 1B7T A; 2V1R A; 2BIV A; 1YI2 A; 3NTH A; 2H3J A; 2X4X A; 1EX4 A; 1YCS B; 4BI4 A; 3CCS A; 1G3W A; 1WYX A; 3QZ5 B; 2EYZ A; 5GAN 6; 2VAS A; 2FPE A; 1HD3 A; 1YWO A; 3UPU A; 4JDS A; 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