The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
KELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVADRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain mutant N47A
rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
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| total genus |
12
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| structure length |
56
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| sequence length |
56
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UJ0 A; 3H41 A; 2D0N A; 1I1J A; 1Y0M A; 2A08 A; 1M8M A; 1Y57 A; 1WA7 A; 1GFD A; 5IHN A; 2RPN A; 1PKS A; 3VS6 A; 2K3B A; 3QWY A; 1OV3 A; 4HVU A; 2QDL A; 2EPD A; 1AWW A; 4OML A; 2RMO A; 3TSZ A; 1UUE A; 1VA7 A; 1SEM A; 1SSH A; 2EKH A; 2L3P A; 2O88 A; 1Z9Q A; 4LN2 A; 4LUE A; 1UEC A; 1RLQ C; 4R0K A; 1JQQ A; 4ESR A; 4DEY A; 2I0N A; 3CQT A; 1U06 A; 2JT4 A; 1NYG A; 5FWB A; 1BB9 A; 1U3O A; 2FEI A; 2YUQ A; 1AWO A; 1I07 A; 2J7I A; 2GQI A; 4JPB W; 3UA6 A; 1U5S A; 1KFZ A; 4J9E A; 5FW9 A; 1M27 C; 1IO6 A; 3SHW A; 3JV3 A; 5L23 A; 2DMO A; 2YSQ A; 2CUB A; 2KT8 A; 2KGT A; 2KXC A; 1ZUK A; 2RF0 A; 1I0C A; 3NPF A; 1E6H A; 2RQU A; 2DVJ A; 1TG0 A; 4KRT A; 4D8K A; 1CSK A; 1YP5 A; 2LZ6 B; 2LJ1 A; 1WI7 A; 1SRL A; 2L3Q A; 1UTI A; 2P4R A; 5I22 A; 3TVT A; 2MIO A; 3VS3 A; 1WLP B; 4J9I A; 2EGC A; 2DL3 A; 2HSP A; 1RI9 A; 1G2B A; 1HD3 A; 2EYY A; 4HCK A; 1GFC A; 1T3S A; 2LMJ A; 3PVQ A; 2DIL A; 3ZL7 C; 2A28 A; 1K76 A; 2ROL A; 1NG2 A; 5FWC A; 1X6B A; 1A0N B; 3UA7 A; 2BZY A; 2RQR A; 3UAT A; 2KRO A; 3M0R A; 1AD5 A; 2GNC A; 1JU5 C; 2D1X A; 2GTJ A; 2KYB A; 5IXB A; 1H3H A; 1X27 A; 2JM9 A; 1QKW A; 1AWJ A; 1MV3 A; 3KFV A; 1GCQ C; 3EG1 A; 1WXB A; 2D8H A; 1LCK A; 3GBQ A; 4IIO A; 2EGA A; 1QWF A; 2EQI A; 4JZ4 A; 3REB B; 1H8K A; 2L3S A; 2E5K A; 4JJC A; 1N5Z A; 2DX1 A; 1YWP A; 2F2X A; 1HJD A; 1SPK A; 1OEB A; 2O2O A; 1NYF A; 1E7O A; 3VRZ A; 1WXT A; 1WXU A; 4ORZ A; 4X1V A; 1WX6 A; 4JJD A; 2D8J A; 2X3W D; 4QT7 A; 3O5Z A; 2AKK A; 3H0I A; 2JMA A; 2GGR A; 2SRC A; 2V1Q A; 4JZ3 A; 3VS4 A; 2HCK A; 2EYX A; 4M4Z A; 1ARK A; 2ED1 A; 1UG1 A; 3VS1 A; 2O9V A; 2DNU A; 1OPL A; 4EIK A; 2J06 A; 2FPD A; 4AFU C; 2K79 A; 4RTU A; 2KYM A; 4GLM A; 4OMM A; 3QWX X; 2KR3 A; 4RTY A; 2SEM A; 4RTT A; 2YUO A; 3EHQ A; 3VS0 A; 1UE9 A; 4OMP A; 2DA9 A; 1QKX A; 4F16 A; 1ZBJ A; 2VWF A; 1KIK A; 1AWX A; 5I11 A; 2YUN A; 5EC7 A; 4F14 A; 2A36 A; 1K0S A; 3EHR A; 3LH5 A; 3VS7 A; 1X2Q A; 2J6F A; 4J9B A; 4J9F A; 1NEB A; 2M51 A; 3ULR B; 2DF6 A; 1MV0 B; 2GBQ A; 1J3T A; 2IIM A; 1WDX A; 2RN8 A; 2LJ0 A; 2C0T A; 1JEG A; 2DL7 A; 3PE0 A; 1ZX6 A; 1YN8 A; 2CRE A; 3PVL A; 2KRN A; 2DM1 A; 1PKT A; 2DRK A; 1BU1 A; 1PWT A; 4J9C A; 1CKB A; 2C0I A; 1M3B A; 2FG0 A; 1UGV A; 4HXJ A; 5HCK A; 1CKA A; 1YNZ A; 2L0A A; 3NGP A; 4AFQ C; 1K1Z A; 3M0T A; 1FYN A; 4J9G A; 2RQV A; 4J9H A; 1K4U S; 3A98 A; 1ZLM A; 4CC2 A; 4CC7 A; 1M3C A; 4OMO A; 1SHG A; 1NEG A; 2HBW A; 5IHK A; 1AZE A; 1BK2 A; 2JW4 A; 3EG2 A; 1FMK A; 3TSW A; 1K0X A; 2NUZ A; 2FPE A; 1S1N A; 1KJW A; 2H8H A; 2HDA A; 4FSS A; 3VS2 A; 1WIE A; 2L2P A; 2G6F X; 3I9Q A; 4J9D A; 2J05 A; 2YDL A; 1NM7 A; 2GTO A; 1TUD A; 2LJ3 A; 2DL5 A; 4LUD A; 4D8D A; 1AZG B; 2KEA A; 1QLY A; 2O31 A; 2BZX A; 3VS5 A; 1T0J A; 2CH4 A; 2KRM A; 4E6R A; 4GBQ A; 2J6K A; 1MUZ A; 2AK5 A; 4AG1 C; 1VYV A; 2LQN A; 2EBP A; 2A37 A; 4Z89 A; 1JXO A; 4RTZ A; 4Y92 A; 2DJQ A; 2LQW A; 4HVW A; 4K11 A; 1UDL A; 2KT1 A; 3I35 A; 1WYX A; 2DE0 X; 1NLP C; 1OOT A; 2MCN A; 1QCF A; 1M3A A; 2ENM A; 2JS2 A; 2XMF A; 3C0C A; 3EGU A; 2KBT A; 5IH2 A; 2CUD A; 1HSQ A; 1K9A A; 2CSI A; 1AVZ C; 2KXD A; 3M0P A; 3H0H A; 1E6G A; 2V1R A; 2K9G A; 2FRY A; 3R6N A; 4IIM A; 2HEQ A; 1GBR A; 1W1F A; 2J6O A; 1ABQ A; 1GBQ A; 2EYW A; 2BZ8 A; 3NHN A; 2K6D A; 1VYU A; 2CT4 A; 2B86 A; 1UHC A; 1G83 A; 4ZNX A; 1X43 A; 3VRY A; 1T0H A; 3I5R A; 1T3L A; 1PNJ A; 2FO0 A; 2AZV A; 3H0F A; 4F17 A; 1X2K A; 1W70 A; 4RTX A; 2K2M A; 2MOX A; 2LX7 A; 2K7A A; 1V1C A; 3M0U A; 4LE9 A; 1AEY A; 3EG3 A; 1ZSG A; 2C0O A; 1YWO A; 2FRW A; 3IQL A; 3FJ5 A; 2X3X D; 4RTW A; 3SEM A; 2OI3 A; 1Z9Z A; 2DYB A; 1OPK A; 2EGE A; 5ECA A; 1TUC A; 1W6X A; 2JTE A; 2DL4 A; 1BBZ A; 2CDT A; 4AFZ C; 2DBK A; 4OMN A; 5IXF A; 1M30 A; 4OMQ A; 1H92 A; 2VVK A; 2YUP A; 3THK A; 3M0S A; 3U23 A; 2DLP A; 1ZUY A; 1PRL C; 2RNA A; 4RTV A; 3REA B; 3UF4 A; 5GJW B; 1SHF A; 2KNB B; 3RBB B; 2PNI A; 2LP5 A; 2CT3 A; 1GRI A; 1X6G A; 2JMC A; 2JM8 A; 2ROT A; 2LNH B; 3NMZ C; 1PHT A; 4Z88 A; 1RUW A; 1PRM C; 4HVV A; 4AG2 C; 2VKN A; 3I5S A; 2JS0 A; 2O9S A; 2W10 A; 1YCS B; 2BTT A; 4Z8A A; 1B07 A; 1UJY A; 2EW3 A; 2RQW A; 4AFS C; 1GCQ A; 2F2W A; 2EVR A; 4CC3 A; 2F2V A; 2ABL A; 2YT6 A; 4DEX A; 4JJB A; 1ZUU A; 5IHI A; 1JXM A; 1QWE A; 2OAW A; 2JXB A; 2PZ1 A; 2AZS A; 3M0Q A; 1JO8 A; 1AOJ A; 1VYT A; 2CSQ A; 2CH4 W; 1UHF A; 2AKL A; 2ECZ A; 2M0Y A; 4RUG A; 1UFF A; 2KRS A; 1GCP A; 1WFW A; 2DL8 A; 2OJ2 A; 2NWM A; 1KSW A; 1GL5 A; 2RQT A; 1RLP C; 3RNJ A; 1NLO C; 1SRM A; 2ED0 A; 2EYZ A; 1XOV A; 4LNP A; 2LCS A; 2KE9 A; 2PTK A; 2FPF A; 1ABO A; 2DBM A; 2DRM A; 5GJV B; 2ESW A; 3EG0 A; 4CC4 B; 1EFN A; 2W0Z A; 4WCI A; 4A63 B; 1X69 A; 1B3Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KD1 R; 3MEA A; 2D9T A; 1VQM Q; 1Y0M A; 1IZ6 A; 2QEX T; 1M1K U; 2LQ8 A; 1VQO Q; 2QQS A; 3E2U A; 1OV3 A; 2ATC B; 3TSZ A; 1H64 1; 2KI7 A; 1M2O A; 3M4G A; 3MCA B; 2EKH A; 1RAD B; 2MK5 A; 4LN2 A; 1UEC A; 4ESR A; 1VQL A; 3G6E T; 4DEY A; 1O9S A; 4KUL A; 2E12 A; 1FMV A; 2LTO A; 4J83 A; 2GQI A; 1U8R A; 1U5S A; 3CCJ Q; 4BE0 A; 3FJP A; 5CKF A; 3PIP A; 3PNW C; 1RL2 A; 1XQH A; 1E6H A; 2RQU A; 4C0D C; 3J81 E; 1CSK A; 3KUF A; 5CKB A; 2LZ6 B; 2LJ1 A; 3CCU Q; 5I22 A; 1BI1 A; 2MIO A; 3T9N A; 9ATC B; 3VS3 A; 1VQ5 Q; 3DB3 A; 2HSP A; 1HD3 A; 2XHC A; 2C06 A; 1T3S A; 2L3R A; 3CMA Q; 2LMJ A; 2DIL A; 4M78 F; 4M78 B; 1K76 A; 1YIT Q; 4A54 A; 1X6B A; 4PJO G; 2D6F A; 2KRO A; 1YJW A; 1VQ7 Q; 1JU5 C; 2KYB A; 2JM9 A; 4BUG A; 5LJ3 h; 3CCV A; 5C0M A; 5DY9 A; 4C8Q E; 3KFV A; 3V8K A; 4R55 A; 4FU6 A; 4M75 A; 5GAN d; 1LCK A; 4WF2 A; 4FM4 B; 4DBF A; 5GMK m; 3GBQ A; 2HAX A; 4JDS A; 2EQI A; 3PFS A; 3LWH A; 5HKC A; 1KC8 R; 3OYK A; 1W2B P; 4M75 G; 1M1F A; 1YCY A; 5KCO A; 5DLQ E; 3JB9 H; 4Z02 A; 3JCM h; 1YI2 A; 4E47 A; 1OEB A; 4OGE A; 2BKD N; 4HT8 A; 1E7O A; 2XDD A; 1PD1 A; 3VRZ A; 1K9M R; 4JJD A; 3J7A F; 2X3W D; 1VQN A; 2KMT A; 2DXC A; 1WZO A; 1YJ9 Q; 2OTL A; 2GGR A; 3QDR B; 1M8V A; 3QII A; 3VS4 A; 2M1H A; 2WSF E; 2EYX A; 3OS2 A; 1W2B S; 3CC2 A; 4XQ3 A; 4GLK A; 3RKX A; 2A0F B; 1OU9 A; 4N4G A; 4EIK A; 2J06 A; 4PKC C; 2RHY A; 2K79 A; 4PFZ A; 4GLM A; 4OMM A; 1UGR B; 4PNO A; 2E4H A; 1YHQ Q; 5A2Q E; 4JJN K; 1Q86 C; 3EGD B; 2JN0 A; 4DA4 A; 2DA9 A; 3D7S B; 1MMA A; 1WJQ A; 2VWF A; 3JCM f; 3HRS A; 1BCM A; 2PUK B; 2RB6 A; 4F14 A; 4CI0 C; 2A7Y A; 3QJ6 A; 3HKS A; 1X2Q A; 1U1T A; 2M51 A; 3ULR B; 1MV0 B; 4MDW A; 1H3Z A; 1M1K C; 2DAQ A; 3LYI A; 1VQ4 A; 4BB7 A; 1WDX A; 1PG5 B; 4IUV A; 4QQD A; 1IGQ A; 1WJR A; 3PGG A; 1R8O B; 1JEG A; 2AHJ B; 5AYF A; 3PVL A; 5GAO p; 4PL6 A; 2KRN A; 2DM1 A; 2DRK A; 1PWT A; 2FG0 A; 1UGV A; 4IUU A; 5GAO q; 2RI3 A; 5CQY A; 3QYG B; 2EQJ A; 2B8A A; 3NGP A; 3OMG A; 4PLI A; 1FYN A; 4J9H A; 3EGX B; 3TEE A; 4OMO A; 2JJ9 A; 3BDU A; 5IHK A; 2DZ9 A; 1RAA B; 3LW5 E; 3FRN A; 4ATO A; 4BI8 B; 4FSS A; 2EYQ A; 4M78 D; 1WIE A; 2RJC A; 2YRD A; 3I9Q A; 3M54 A; 3OYJ A; 4J9D A; 1YFN A; 1NM7 A; 3L2W A; 2QGG A; 5LJ3 e; 2KEA A; 1QLY A; 2NUP B; 4M77 A; 3JCM X; 1TSF A; 4GBQ A; 1VQ9 Q; 3RR6 A; 4CRI A; 4Q5W A; 2AK5 A; 1UGS B; 1OUL A; 2LQN A; 3CPF A; 4X34 A; 1QVF A; 1UB4 A; 3GIB A; 5GAN h; 4Y92 A; 4HVW A; 1NJI U; 1ACM B; 1K8A U; 3CPW A; 1AHJ B; 4C5I A; 3I35 A; 3QBY A; 1WYX A; 2HD0 A; 4N0A C; 3ZEH A; 1D1A A; 3KBG A; 1NLP C; 2MCN A; 2V26 A; 2HL5 C; 2XMF A; 3EGU A; 1KC8 U; 2RJD A; 2KBT A; 4FW2 A; 1K9A A; 2CSI A; 2KXD A; 3V8L A; 5CAI A; 4HCC A; 3NTH A; 1D0Y A; 4IUP A; 2K9G A; 4IIM A; 3ZBD A; 1GBR A; 2ZPH B; 4LDX A; 1VQL Q; 5GAN 7; 3OYG A; 1BIA A; 4DOV A; 3NHN A; 1KK7 A; 2LC4 A; 2M9U A; 3F70 A; 2DKG A; 1NE8 A; 1M90 U; 3E9G A; 5AT1 B; 5GAM h; 4EMH A; 1UHC A; 3G7Z A; 4ZNX A; 1I81 A; 5GAO m; 3I5R A; 3VUB A; 2FO0 A; 1IRE B; 5GAN f; 4EMG A; 3SWN A; 1Q82 R; 1YIJ Q; 2KQW A; 3MP1 A; 1VQO A; 1OX9 A; 4KGZ B; 2DZC A; 4BY6 B; 1W70 A; 5GAN 5; 2NUT B; 5KH6 A; 3NTI A; 4N4I A; 2KDS A; 1KD1 C; 2XIC A; 2X3X D; 5GAN 3; 3SEM A; 3A8H B; 2DYB A; 2FHD A; 1JJ2 P; 5ECA A; 2JTE A; 2CP6 A; 2PVO B; 1BBZ A; 1UGQ B; 1LJO A; 2OAU A; 3U23 A; 4OP0 A; 3REA B; 3UF4 A; 4C92 A; 5GJW B; 1XNI A; 3RBB B; 4C8Q C; 1VUB A; 2K57 A; 2LP5 A; 2CT3 A; 3PIO A; 1GRI A; 3VU3 C; 1X6G A; 2CP0 A; 4XTZ A; 1ZQ1 A; 3DKM A; 3TRE A; 2LNH B; 1JJ2 S; 1B34 A; 3M55 A; 4XU0 A; 1G3Y A; 3I5S A; 2VB6 A; 2O9S A; 1OQK A; 4Z8A A; 3CMA A; 2V8J A; 3EFR A; 1YI2 Q; 3OYL A; 1WHJ A; 2R5M A; 3CCR T; 4CC3 A; 4R56 A; 2F2V A; 4LD6 A; 2ABL A; 1QVG A; 4DEX A; 1VQ7 A; 4EMK A; 3BDL A; 3I56 A; 3JB9 I; 3EFO B; 1VQN Q; 1VQ6 T; 1I4K 1; 2LQK A; 2PZ1 A; 3M0Q A; 4XU1 A; 2FB7 A; 2QA4 Q; 2NYS A; 4JLG A; 2M02 A; 4RUG A; 1EIF A; 3PT9 A; 3CD6 Q; 1F1B B; 1BI3 A; 1WFW A; 5M9O A; 2K5L A; 3I55 Q; 5HK3 A; 1RAE B; 1K73 R; 4DBQ A; 4IUQ A; 2RQT A; 3ME9 A; 1RLP C; 5GAN 4; 5FRN A; 4JRQ A; 2DVE A; 4M78 G; 4M77 E; 2E1H A; 2KE9 A; 2VAS A; 1ABO A; 2DBM A; 2JOY A; 4ZGD B; 4L59 A; 3MEW A; 2CZ6 B; 3N5B B; 3LGF A; 4M7D B; 2DYI A; 4QVC A; 5FU6 B; 1K8A C; 3EG0 A; 1V29 B; 2W0Z A; 4WCI A; 1GFD A; 1R0B G; 1SSF A; 1B3Q A; 1D1C A; 1BI2 A; 5FRO A; 4KH0 B; 1UJ0 A; 3H41 A; 1YJ9 A; 4OVA A; 3HPW A; 5GMK i; 4C0D B; 1KC8 C; 4HA8 A; 5IHN A; 3VYH B; 1VQ4 Q; 1PKS A; 3VS6 A; 3QSU A; 1VQ8 Q; 1Y07 A; 2QDL A; 2RMO A; 5GAM e; 1BIB A; 2LNV A; 4M7A A; 2OTJ Q; 2DXT A; 4QVD A; 1XTD A; 1K9M C; 1SSH A; 1Z9Q A; 1JQQ A; 1VQ5 T; 2I0N A; 2RK2 A; 2ZZD A; 1NYG A; 5A0L A; 3RDV A; 3G4S T; 1M90 C; 1AWO A; 3VJP A; 1KFZ A; 5FW9 A; 1IO6 A; 3SHW A; 4X9C A; 2DMO A; 4IUT A; 3A8O B; 2KT8 A; 5FRM A; 2KGT A; 3EH1 A; 4E7I A; 2QQA A; 4JS4 A; 1TOV A; 1I0C A; 3HL8 A; 3CC7 A; 3S6W A; 2K2V A; 5KYX A; 2CP2 A; 5D6X A; 4C0Z A; 2BE7 D; 2L3Q A; 2P4R A; 1SF9 A; 2CP5 A; 1I5O B; 1WLP B; 3PMT A; 4J9I A; 3C94 A; 2EJF A; 4BY6 C; 4XTU A; 1N8R R; 1SKU B; 1Y71 A; 2A28 A; 1M2V B; 4F7U A; 1BCO A; 2RQR A; 3UDC A; 5IN1 A; 2GTJ A; 1VQP Q; 3TU4 K; 2RJF A; 3OYE A; 4ZTJ A; 2DO3 A; 2QK0 A; 5GAO r; 1WXB A; 2D8H A; 4C92 E; 2QQB A; 4IIO A; 1KG1 A; 2E5K A; 3NFC A; 5LJ3 j; 1YWP A; 5LJ5 g; 3FIF A; 3G71 T; 3E19 A; 1HJD A; 1TXQ A; 1RAC B; 2X4Y A; 4J8O A; 3QZ9 B; 2O2O A; 2E6N A; 1WHK A; 3QJY A; 1WXT A; 2QGF B; 4ORZ A; 5GAO n; 2D8J A; 4V2S A; 2YRC A; 3M56 A; 2AKK A; 2COZ A; 1OX8 A; 4DOW A; 1Q86 U; 4EDU A; 3CXC A; 3TQ7 P; 1Q7Y R; 3CCS T; 2R5A A; 2V1Q A; 2XI9 A; 2XG8 D; 2HCK A; 1QQJ A; 2D0Q B; 4PJN A; 3SWN B; 3OYH A; 2O9V A; 2PVD B; 3LH0 A; 4E7J A; 2LT4 A; 2PVG B; 1TTH B; 3C4S A; 3L1A A; 1KQ2 A; 2KR3 A; 4MZT A; 2SEM A; 2YUO A; 3EHQ A; 5CKE A; 1D3B A; 4FYW B; 4OMP A; 4Y28 E; 2DD4 A; 1ZBJ A; 3ZFJ A; 3JCM c; 1KIK A; 1AWX A; 1VOM A; 1K0S A; 3EHR A; 3VS7 A; 4J9B A; 1NEB A; 4M7D C; 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