The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
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sequence length |
164
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structure length |
164
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Chain Sequence |
GSGVDAIATIVELVREVVEPVIEAPFELVDIEYGKIGSDMILSIFVDKPEGITLNDTADLTEMISPVLDTIKPDPFPEQYFLEITSPGLERPLKTKDAVAGAVGKYIHVGLYQAIDKQKVFEGTLLAFEEDELTMEYMDKTRKKTVQIPYSLVSKARLAVKLLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
SOLUTION STRUCTURE AND FUNCTION OF A CONSERVED PROTEIN SP14.3 ENCODED BY AN ESSENTIAL STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE GENE
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CONSERVED PROTEIN SP14.3
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| molecule tags |
Nucleic acid binding protein
|
| source organism |
Streptococcus pneumoniae
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| total genus |
23
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| structure length |
164
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| sequence length |
164
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02576 | DUF150 | RimP N-terminal domain |
| A | PF17384 | DUF150_C | RimP C-terminal SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosome maturation factor RimP, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | GMP Synthetase; Chain A, domain 3 | RimP-like superfamily, N-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IB8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JRP A; 3L2Q A; 3M54 A; 1ZSZ C; 2C06 A; 4RTW A; 4DG8 A; 2BH1 X; 3MEA A; 1SG5 A; 1YWO A; 3REA B; 2DVE A; 3PBK A; 4X9C A; 1ZUY A; 1M9S A; 4JI8 C; 4AQY C; 2FZC B; 1VQ9 Q; 2ZPG B; 2CP0 A; 5FLX E; 1K4U S; 4JJB A; 2RI2 A; 4N4H A; 2QL8 A; 2DRM A; 1MV3 A; 3UT1 A; 2F4V C; 1PCX A; 2ATW A; 1I4K 1; 2YRD A; 3NYR A; 1VQO Q; 1K8A C; 4KRT A; 2SEM A; 4E7K A; 1WXU A; 2XKO C; 4C8Q E; 4RVO A; 2LDM A; 1HSQ A; 2K57 A; 3GF5 A; 2YXY A; 5BUQ A; 1QCF A; 3LAX A; 2CZ6 B; 4BCA A; 4LE5 A; 4DQ2 A; 3CCS Q; 1QVP A; 2ESW A; 2FPE A; 5IT9 D; 4RMN A; 2ED0 A; 2O31 A; 4J6X A; 2HL3 A; 3CCJ A; 3CD6 Q; 4XTU A; 5GAO l; 3G1J A; 1KHI A; 1JB0 E; 4OMQ A; 1NE8 A; 2NCL A; 3CQ3 A; 1YJW T; 1TG0 A; 4DOW A; 1N6A A; 3OYL A; 4WTO B; 4DV3 C; 1X2K A; 2ABL A; 4ZN1 A; 1VQ5 T; 4E7S A; 4R0M A; 4PNO A; 3LNV A; 4II1 A; 4OXI A; 2X4X A; 1U3O A; 1V76 A; 1YJN Q; 4M77 E; 4MDX A; 5LJ5 h; 3CC2 T; 1QKW A; 2IIM A; 4GLK A; 2RHZ A; 3L1A A; 2DL8 A; 1D0X A; 2VWF A; 3S3O A; 3JB9 F; 2JTE A; 4DR2 C; 1I8F A; 4BDY A; 3CCM T; 1GPM A; 1CKA A; 5CQX A; 5GAN 3; 5LJ3 d; 2DVJ A; 5L23 A; 3OMC A; 1QP3 A; 1IBM C; 2L8D A; 1W4S A; 4LF4 C; 5LJ3 g; 1G8X A; 4A4E A; 3LWI A; 4ELY C; 4CI0 C; 1WCJ A; 1R0B G; 1NBE B; 3V7S A; 2LJ1 A; 2CUB A; 2EQK A; 3ZL7 C; 9ATC B; 5GAN 4; 1L2F A; 3PMT A; 2E65 A; 3CCE A; 3OQ5 A; 1M2V A; 4EMK A; 1FMW A; 1ZBJ A; 2PUO B; 5I21 A; 1M2V B; 1BB9 A; 1TUD A; 2BIV A; 4EMK B; 2XR1 A; 3R9W A; 2VUB A; 1XNR C; 3SWN A; 2YLB A; 5LMU C; 3L95 X; 4JJD A; 4M7D A; 2LQN A; 1UGV A; 1PHT A; 4M7D B; 2YRV A; 3OYK A; 1YIT Q; 1G2B A; 1JEG A; 2P2J A; 2DBK A; 2H3J A; 2LP5 A; 4M75 A; 1NYF A; 3E2U A; 4M75 B; 2P20 A; 4B6M A; 3QJ6 A; 2ASB A; 3CCV Q; 1PD1 A; 3DLP X; 2KRS A; 3PVL A; 2PVO B; 4XU0 A; 2QGG A; 3OYE A; 5DM7 R; 1IGU A; 2B86 A; 2OAU A; 2LZ6 B; 1XNI A; 2HQH A; 2HAX A; 3VRY A; 5ADZ A; 2ENM A; 2HQX A; 1VQP Q; 5GAM e; 3JCM Q; 2JNV A; 1Y96 A; 1BU1 A; 1FYN A; 1NPR A; 3MEV A; 2RA2 A; 2RM4 A; 2NWM A; 2YSQ A; 3QHS A; 3GBQ A; 1YNZ A; 2RQT A; 3PFS A; 1BK2 A; 2DK3 A; 3OY9 A; 3CCS T; 4QVC A; 1G3Y A; 1QP2 A; 4QW2 A; 4C92 G; 4RG2 A; 2OX7 A; 4C8Q C; 1Q81 U; 2BZX A; 5CKH A; 3TRE A; 2VAS A; 3OW2 S; 2D1Q A; 2NLU A; 2HNI A; 3CD6 T; 4KH1 B; 1E7O A; 4A4K A; 1K0R A; 3TQ7 P; 1BA3 A; 4M7A F; 1Q7Y C; 1XOV A; 1LCI A; 1RY2 A; 1YJW A; 3HSB A; 1JU5 C; 1VQ5 A; 4RLF A; 1MMN A; 1Q81 R; 3INZ A; 2K3X A; 3VS6 A; 2F69 A; 2ZCF B; 3TSW A; 4JRQ A; 3CC2 A; 2EAY A; 1QWI A; 3MPU B; 1UE9 A; 3H9N A; 1R77 A; 2FHD A; 1VYU A; 3ETC A; 3CMA T; 2OTJ Q; 5AE3 A; 4M77 C; 5D6X A; 3M0S A; 1TS9 A; 4AG2 C; 2RNA A; 2MWP A; 5CZV A; 2KMT A; 1AWO A; 5JRH A; 4LFA C; 1ZQ1 A; 4PLI A; 5GAN e; 2PQW A; 1X69 A; 2D1S A; 2VQE C; 2CSQ A; 1ZSG A; 1M8V A; 2UUB C; 3MEU A; 2OAW A; 2RK2 A; 4M7D F; 4JI4 C; 1KJW A; 2EPD A; 4R56 A; 2VVK A; 2PRO A; 2AZV A; 1WX6 A; 2Y4N A; 2FPF A; 3MET A; 3A8M B; 4NOZ A; 3U23 A; 3QUI A; 2EGC A; 1U1S A; 3OS0 A; 2UUA C; 2M5H A; 1WHL A; 4E2F B; 3L2R A; 3QYG B; 3OYB A; 4FIB A; 1VIE A; 5FLX D; 4AMC A; 5KYX A; 2X9H A; 5FU7 B; 5KYX B; 1VQ7 A; 3O5Z A; 5D7U A; 2OO4 A; 5LJ5 j; 4FSS A; 5IN1 A; 1AMU A; 3M0T A; 2M0Y A; 4LD6 A; 4DV5 C; 1OU8 A; 2O9V A; 5IXB A; 5J39 A; 1QVF S; 2Z0W A; 1N8R R; 3CCV T; 2PVD B; 1I5L A; 2Y4O A; 4WCI A; 2C0T A; 3WVE B; 2K79 A; 3JCM f; 1BIB A; 4DV4 C; 3VRZ A; 2RD1 A; 3X20 B; 1XMQ C; 3E9G A; 2KDN A; 4M78 E; 1PKS A; 1TSF A; 4JI6 C; 5GAN 8; 1W2B P; 5LJ5 f; 2M02 A; 3CQT A; 4B3R C; 4BI8 B; 2F1L A; 3CCQ A; 6AT1 B; 2LQ8 A; 3R6N A; 3OYN A; 2BE7 D; 3CCL Q; 3UAT A; 4KHP C; 4M4Z A; 1WHJ A; 1T0H A; 3CXC A; 4A4G A; 3OW2 A; 4DCS A; 4JRI A; 5AE1 A; 3NGP A; 4YHH C; 2HMA A; 3BY7 A; 2RB6 A; 5IXF A; 4M77 D; 4MMK A; 2BUD A; 2CGH A; 1AD5 A; 3VS1 A; 2QXF A; 1N27 A; 1VQM T; 2J6K A; 4LN2 A; 1QWE A; 2JMC A; 2EGA A; 2EKO A; 1P4E A; 1T3L A; 1W70 A; 4M75 E; 4XU2 A; 4D56 A; 4JPB W; 3P8D A; 2HSP A; 1GFD A; 1KSW A; 1EX4 A; 3NTH A; 5GJV B; 4C5I A; 4L7I A; 2FB7 A; 2KK4 A; 5M9O A; 1JJ2 S; 3CPW S; 2R5A A; 2GQI A; 3A9V A; 4DCV A; 1VQL A; 1PG5 B; 1ULT A; 2KEA A; 1MMG A; 5BR8 C; 1K8A U; 3CMA A; 2QVY X; 1LQL A; 2EQI A; 3CCR A; 2EGE A; 4HKE A; 2QAZ A; 4G36 A; 1D0Z A; 3H0F A; 3OBY A; 4F7U G; 2COZ A; 3NFC A; 4DBH A; 1IRE B; 4C92 A; 1X6G A; 3R44 A; 2QDL A; 3SHW A; 3RKW A; 1VYV A; 1FJG C; 4X64 C; 2FEI A; 2E8C A; 1JXO A; 8ATC B; 3EHQ A; 2CSI A; 2GTO A; 4A54 A; 1ZX6 A; 1M6X A; 1K8A R; 2QYZ A; 3M53 A; 2CZ1 B; 5K85 A; 1K9A A; 3RER A; 2ECZ A; 3EFS A; 4DR6 C; 1JBM A; 1VQ8 Q; 4XTW A; 5A0G A; 3B7W A; 2JJ9 A; 2A36 A; 3PIO A; 1BI3 A; 1M3C A; 2LRQ A; 2X51 A; 4F14 A; 3I5S A; 4BB7 A; 3RG2 A; 2F2W A; 5A19 A; 4DR1 C; 1QVF A; 5A0D A; 3PMI A; 2KAF A; 4DUY C; 3NTK A; 1YI2 Q; 2RJC A; 2HBP A; 3EER A; 2EYZ A; 1PD0 A; 4BC7 A; 5FRN A; 3Q1J A; 3RMS A; 3H8Z A; 3JB9 D; 3A8H B; 1ZA1 B; 4C8Q B; 2RPN A; 1AWJ A; 2AT1 B; 4JUV A; 2FO0 A; 2HDA A; 1N9S A; 1PG3 A; 4ZGD B; 2YWB A; 2CRE A; 1NYG A; 4Z02 A; 3X24 B; 2L3P A; 1IB8 A; 1YHQ T; 2DZ9 A; 4CRI A; 5GAM d; 3CCL T; 2KE9 A; 1R8O B; 2L89 A; 2RHX A; 3JSC A; 5CCA A; 1G3T A; 4E7Z A; 2AHJ B; 3HHT B; 2CT4 A; 5A2Q E; 5GAM g; 4QVZ A; 3RR6 A; 1OYX A; 5BSU A; 2WD9 A; 1WDX A; 4PKC C; 2K5L A; 2ZPF B; 3MEW A; 3PNW C; 4A63 B; 2A28 A; 4J6W A; 3JCM X; 2LCC A; 2LVM A; 5CR2 A; 1PA4 A; 3OYI A; 1KKG A; 3H0H A; 4O6J A; 1WPY A; 2MMA B; 4RCB A; 2JOY A; 5I2M A; 2JMP A; 4PFP A; 4EMK C; 5AT1 B; 1VQM A; 4FM4 B; 3CBM A; 3SWN C; 2SRC A; 1AZG B; 4M7D C; 5DV9 A; 4RM3 A; 5KYN A; 3G4S Q; 2MCQ A; 1RL2 A; 1Q82 C; 4AT1 B; 1Y07 A; 1JJ2 A; 1TH5 A; 3CPW A; 4M75 C; 2QQS A; 3MKD A; 4X66 C; 2EJG A; 1I5O B; 2HKQ B; 3HRS A; 4C0F A; 3LW5 E; 1H64 1; 3LGL A; 3FRN A; 3DAY A; 4A4H A; 1FLO A; 1UB4 A; 2HBW A; 3KBG A; 2VGM A; 3A1P A; 3JV3 A; 5EC7 A; 3WXM B; 2DXU A; 2M5O A; 1VQ6 Q; 4PJO G; 3E7X A; 3VNR A; 3RIR A; 2OPL A; 1XTD A; 2EFI A; 2OPL B; 1KG1 A; 1S1N A; 1IHV A; 3ZFJ A; 1AZE A; 4KT0 E; 2O9S A; 5IFI A; 2UXC C; 1FX7 A; 4QQ6 A; 5GAN d; 1RAE B; 3M57 A; 4KGZ B; 3KXT A; 1F1B B; 1GBQ A; 3NMZ C; 2Y90 A; 1VQN T; 3I08 A; 4BSZ A; 2CP3 A; 5GAN g; 3M0R A; 2Y4X A; 3LUS A; 1DJ7 B; 2R57 A; 2ZZD A; 1VQ8 T; 5KYT A; 2QVZ X; 3V8J A; 5LJ5 e; 2MI6 A; 2XI9 A; 4V2S A; 3M55 A; 2DO3 A; 4C5H A; 1Q7Y U; 1NYE A; 4C8Q F; 2DXC A; 1PSF A; 1MKY A; 2A37 A; 5FU6 B; 1TTH B; 1QVG A; 1HR0 C; 4J5Y A; 4PLL A; 1QCO A; 1KD1 U; 3RBB B; 2PU9 B; 3EFO A; 2JUF A; 1I1J A; 3EFO B; 5GAO m; 2DF6 A; 3CBO A; 3QDR B; 2PUK B; 3TEE A; 1Q7Y R; 1FXX A; 4BE2 A; 5A1G A; 3A5Z B; 1OX8 A; 1V29 B; 1K76 A; 3IQL A; 3AT1 B; 4C92 E; 1RAC B; 1YHQ A; 4RTT A; 4M77 F; 2HCK A; 2KT1 A; 4P5N A; 4M7D D; 4C0D B; 2OJ2 A; 2LT4 A; 4PUG A; 2JM8 A; 3OYA A; 4RTY A; 3VJP A; 2PTK A; 4A53 A; 4M75 D; 4BE1 A; 3HRU A; 5LCI A; 2MF2 A; 1AHJ B; 1UWD A; 1WF3 A; 1AWX A; 2JS2 A; 4L59 A; 3J81 E; 5D6Y A; 1YJ9 T; 2YUP A; 1Q86 C; 3K6R A; 4IUU A; 3RNJ A; 1XS3 A; 1G3S A; 4FUT A; 3QWX X; 1ZBX A; 4KGX B; 2J06 A; 2G3R A; 4KUI A; 5FU7 C; 3AF5 A; 3LLR A; 3JCM b; 3G4S T; 4FYV B; 3ME9 A; 5GJW B; 1M8M A; 1Y57 A; 4FT2 A; 3UWN A; 2DD5 A; 1HXD A; 4JJC A; 2MPX C; 3G7S A; 3V7C A; 5LL6 S; 2E6N A; 4B3S C; 4LDW A; 2CS7 A; 3GR1 A; 3E9F A; 2RJF A; 4HPV A; 2YCB A; 3JAM E; 2DE0 X; 2DD4 A; 3JCM h; 1CKB A; 1OU9 A; 5CZX A; 4RTU A; 2DAQ A; 3OS2 A; 4K11 A; 2RI3 A; 3ZEH A; 2D6F A; 1VQN A; 4BBY A; 2QEX T; 1KQS S; 3OYF A; 3M9Q A; 2WSE E; 2K3B A; 4A4F A; 4OMM A; 3T9N A; 4MDW A; 3I56 T; 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3JB9 H; 2A08 A; 1ML8 A; 2RN8 A; 3CC7 Q; 2KXD A; 1WHG A; 2KRO A; 2NUP A; 3MP1 A; 5LMN C; 4D57 A; 1NJI R; 3M4G A; 2NUP B; 2VKN A; 3I35 A; 3GR0 A; 2ZM6 C; 4ORZ A; 2LCL A; 4DV1 C; 1XNQ C; 3JB9 I; 1MXC A; 4FU6 A; 2DZC A; 2P84 A; 2LJ3 A; 3ASK A; 4DBQ A; 1AWW A; 1U5S A; 3M0Q A; 3LX7 A; 1WGS A; 5KE2 A; 2BJO A; 1I07 A; 4LDX A; 2PT7 G; 2OI3 A; 4M78 F; 1UGR B; 1KQ1 A; 3E1S A; 1YJN T; 1IO6 A; 2A7Y A; 4J9B A; 5I22 A; 2HHH C; 2JW4 A; 2QEX A; 3NPF A; 1W2B S; 3EG9 A; 4Y91 A; 3LWH A; 3OYG A; 5K8F A; 1RAH B; 4KTT A; 3EG9 B; 2DL3 A; 1SSF A; 5CKE A; 1QKX A; 2DXB A; 3I56 A; 3J80 E; 3OS5 A; 1V60 A; 1EZZ B; 4O5V A; 5LJ5 d; 2K9G A; 5BUR A; 3BW1 A; 3PRO C; 1WQW A; 1YN8 A; 4U5Y D; 1LJO A; 3CCM A; 3GOX A; 4PUI A; 5LJ5 g; 2DTI A; 4FW2 A; 4ZN3 A; 1N9R A; 1Y71 A; 4AFZ C; 4GBQ A; 3QXE B; 5BST A; 5KYY A; 4PJM A; 2QQ9 A; 5KYY B; 2YRC A; 1J3T A; 3JCM c; 5DLQ E; 4WV3 A; 3MP6 A; 1X6O A; 3M4Y A; 2DIQ A; 2D0N A; 2VQF C; 3D7S B; 2LX9 A; 5BSR A; 1FMV A; 1QQJ A; 1N8R U; 4M75 F; 2O2O A; 1KK7 A; 5CQY A; 3OYD A; 1Q82 R; 4OB0 B; 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2ED1 A; 1FUG A; 1KD1 R; 4ZNX A; 2KNB B; #chains in the Genus database with same CATH homology 1IB8 A;
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