The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
85
|
structure length |
85
|
Chain Sequence |
GSSGSSGMIAAYENSKWEPVKWENDMHCAVKIQDKNQWRRGQIIRMVTDTLVEVLLYDVGVELVVNVDCLRKLEENLKTMGRLSL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Tudor domain-containing protein 4
|
| publication title |
Solution structure of the TUDOR domain of Tudor domain-containing protein 4
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
9
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| structure length |
85
|
| sequence length |
85
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KCH A; 4BE2 A; 2EFI A; 3OMG A; 1H3Z A; 4IUU A; 4IKF A; 2DAQ A; 2X4W A; 4A4H A; 5FRM A; 3P8D A; 2E6N A; 2LVM A; 2X4Y A; 5C6S A; 2EQJ A; 4BE0 A; 4ZTJ A; 3L42 A; 3QKJ A; 5D6X A; 3L2V A; 4UC4 A; 3LGL A; 2RJF A; 4QQ6 A; 5KE3 A; 1WJR A; 2EQM A; 3L2U A; 2M0O A; 3MP6 A; 3MP1 A; 2RHZ A; 3DLM A; 3FEO A; 4LD6 A; 4OVA A; 3OB9 A; 2EQU A; 2RI2 A; 3DB3 A; 4IUP A; 3P8H A; 2CKK A; 2XK0 A; 3UWN A; 4CRI A; 3OYC A; 2F5K A; 4NS5 A; 3MEV A; 2B8A A; 4N4I A; 4B9X A; 5M9O A; 2DIG A; 4PLI A; 3OQ5 A; 3H6Z A; 4Z02 A; 3OYH A; 4BDZ A; 5KCO A; 4FU6 A; 3DB4 A; 1SSF A; 3E9F A; 5KH6 A; 3OYL A; 3SD4 A; 3EAE A; 4C5I A; 2FHD A; 3OYM A; 1OZ3 A; 1KHC A; 2BIV A; 2R5A A; 2LTO A; 2RHY A; 4QQG A; 2D9T A; 3ZEH A; 2XDP A; 4BE1 A; 1RI0 A; 4B9W A; 5D6W A; 3NTK A; 2R58 A; 2RI3 A; 2EKO A; 4E7L A; 4GY5 A; 3OYK A; 4A4G A; 4BAC A; 2K3X A; 5FRN A; 4II1 A; 4Q5W A; 2L89 A; 4C5G A; 3MP8 A; 3S3O A; 1MHN A; 2LRQ A; 1N27 A; 2RHU A; 2QQS A; 3GOX A; 2IG0 A; 2L3R A; 3MO8 A; 1OYX A; 1WJQ A; 2G3R A; 2WAC A; 3OYD A; 4QVZ A; 3L2W A; 4IUQ A; 3OS0 A; 2RHI A; 3MEA A; 1OI1 A; 1XNI A; 1OZ2 A; 2BKD N; 3QBY A; 3QII A; 3OYN A; 2HQX A; 2HQE A; 2JTF A; 2X35 A; 4FL6 A; 3L2R A; 3NTI A; 3MET A; 3PMI A; 2RJE A; 2P0K A; 4E7I A; 3FLG A; 3OYJ A; 4X34 A; 3S6W A; 3L2Q A; 2O4X B; 5IN1 A; 3S3M A; 3PMT A; 5C0M A; 4QW2 A; 4L59 A; 5KE2 A; 3F70 A; 3Q1J A; 4C5E A; 3M9Q A; 2RJC A; 2GFU A; 1G5V A; 3H8Z A; 4HCZ A; 2MWP A; 4PLL A; 2GF7 A; 5J26 A; 4E7J A; 2VYT A; 3ME9 A; 4E7H A; 2K3Y A; 2YRV A; 4A4E A; 3C4S A; 3FC3 A; 2LCC A; 2RI5 A; 3O8V A; 4IUV A; 4C5H A; 4IUR A; 5FRO A; 3OYA A; 3OYE A; 3QJ6 A; 2DIQ A; 4BDY A; 2RO0 A; 2M1H A; 4QQD A; 3OA6 A; 3MEW A; 3NTH A; 4N4G A; 4A4F A; 3PFS A; 3S3N A; 3LLR A; 1WJS A; 3FDR A; 2MWO A; 5CIU A; 3OYI A; 3OS1 A; 2QQR A; 4EDU A; 3OYB A; 2NLU A; 4PL6 A; 4ZTF A; 3PNW C; 2X4X A; 3LGF A; 4RG2 A; 3UT1 A; 3OMC A; 2JZ2 A; 2L8D A; 4BD3 A; 2E5Q A; 5IAY A; 2RHX A; 3OS2 A; 1WGS A; 2O4X A; 3E9G A; 3MEU A; 3OYF A; 4E7K A; 2LDM A; 2M16 A; 3CEY A; 3LX7 A; 2EQK A; 2R57 A; 5D6Y A; 5J39 A; 2R5M A; 3BDL A; 3LYI A; 2PQW A; 2RJD A; 3ASK A; 3OYG A; 2BUD A; 4IUT A; 3OY9 A; 4N4H A; 3LH0 A; 2GFA A; 3KUF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OTL Q; 1AD5 A; 3G7Z A; 5LJ3 h; 4ANJ A; 1R0B G; 2H3J A; 3QO3 A; 3HFN A; 5D6X A; 3QPH A; 2KQW A; 1JXO A; 2DPP B; 1W4S A; 3VS6 A; 2EQM A; 2RHZ A; 5EC7 A; 2AZV A; 1OV3 A; 2JS0 A; 2I0N A; 2RI2 A; 1YCS B; 4FCY A; 2F5K A; 1AWX A; 4D8D A; 2RQV A; 1OU8 A; 2CS7 A; 2EJG A; 2ESW A; 4M7A B; 1D1B A; 1AOJ A; 4L6V 5; 4PJO C; 3RDV A; 4M77 E; 1M27 C; 2VXF A; 4LN2 A; 4HKE A; 1SEM A; 2D9T A; 3RER A; 2CUD A; 1VQ7 T; 2L3Q A; 4M7A G; 3JCM h; 2DF6 A; 2DZC A; 2HL3 A; 3M59 A; 5FWB A; 2A7Y A; 2RD1 A; 2QQB A; 5CAI A; 2OTL T; 3VS1 A; 2JN0 A; 2CP2 A; 1B7T A; 2JTF A; 3GF5 A; 3CPW P; 4JS5 A; 2K9G A; 2RJE A; 2KGT A; 2YXY A; 3FLG A; 3MPU B; 1KQS P; 1VUB A; 1VQ9 Q; 3JCM J; 1KK7 A; 1AEY A; 3SDZ A; 2LQK A; 5GJW B; 4CI0 C; 1VQO A; 3A8O B; 2KBT A; 2VYT A; 2I2L A; 3C4S A; 2YUP A; 2XG8 D; 4XTU A; 2EBP A; 4DOV A; 2DIQ A; 2RO0 A; 2M1H A; 4CC4 B; 4HCB A; 1MGQ A; 1M2O A; 3OS1 A; 4MZM A; 1IGU A; 3JCM W; 3PNW C; 4QKU A; 4RG2 A; 3OMC A; 2L8D A; 4RKU E; 1YWO A; 1Q82 R; 1J3T A; 1Q81 U; 3OYF A; 1ZA2 B; 2R57 A; 2DJZ A; 4EMH A; 3PTA A; 3X20 B; 3EG9 A; 4LDY A; 1VQN A; 2KRN A; 4X1V A; 1Y96 B; 4FYW B; 1ACM B; 1Q86 R; 1LPL A; 1VQ9 T; 3LGL A; 2L3S A; 4XTX A; 1KD1 R; 1JO8 A; 4C8Q E; 2CH4 W; 3MP1 A; 4RTX A; 1QVG S; 2D0N A; 4AFU C; 1HD3 A; 3DB3 A; 1K9M C; 5GAO l; 1VYV A; 2FL7 A; 2GNC A; 3MEV A; 4FT4 A; 4J9I A; 1VQN Q; 4J8O A; 1RAH B; 2X3W D; 1CSK A; 4HVW A; 4M75 B; 1WLP B; 1SSF A; 3E9F A; 2M51 A; 1XTD A; 2E64 A; 1PKT A; 2DEQ A; 3EHQ A; 1NJI R; 2BIV A; 2QYZ A; 4Z8A A; 2VAS A; 3QUI A; 5IXB A; 3PT9 A; 1ZX6 A; 3SB2 A; 4A4G A; 1KC8 U; 1ZLM A; 4J5Y A; 2XDB A; 3V8J A; 1MHN A; 4C0D B; 2CGH A; 3QWX X; 2LT1 A; 1OYX A; 1WXU A; 3PIO A; 1K73 R; 4MZP A; 1BI1 A; 2K4Y A; 3WVE B; 1BKB A; 4F17 A; 5FU7 C; 4VUB A; 1X01 A; 1WHG A; 4DEY A; 4C5E A; 4JZ3 A; 2EYX A; 1WQ7 A; 2KR3 A; 3UA6 A; 2O01 E; 5I21 A; 3PGG A; 1H3H A; 2LX7 A; 3RBB B; 1YIJ Q; 1UJY A; 3BW1 A; 4HCC A; 3CXC A; 2EAY A; 4RTY A; 3E9G A; 1SRM A; 4F16 A; 1PNJ A; 4K11 A; 5J39 A; 1WDX A; 5D6Y A; 4M78 B; 1M2V B; 1D0X A; 4M75 C; 1WQW A; 2J06 A; 3OYY A; 4C92 G; 2ED1 A; 2E6N A; 2EQJ A; 4EMK A; 1IRE B; 2VUB A; 3CCM A; 1M3B A; 1Q82 C; 1G3W A; 2JXB A; 1YJ9 A; 4LD6 A; 3HRT A; 4C0D C; 4EIK A; 3LWI A; 3OSS C; 2P4R A; 2P84 A; 4NS5 A; 1TG0 A; 1V76 A; 4FSS A; 2JVV A; 1OUL A; 2LX9 A; 4C8Q F; 1X75 C; 2ZCF B; 3V7C A; 4BI3 A; 1YIJ T; 1OZ3 A; 1I1J A; 3CCM Q; 3G71 Q; 2CT3 A; 4M7A D; 2X9H A; 4R56 A; 1RAG B; 1VQ6 A; 1UE9 A; 2HCK A; 3L1A A; 1YJ9 Q; 4IIO A; 1GCP A; 1Y07 A; 2YRD A; 3OYD A; 4PJL A; 3QBY A; 4Y92 A; 1GFD A; 3FJP A; 4PJO A; 1NJI C; 3A8M B; 3EH1 A; 3MET A; 5GJV B; 1W70 A; 2DK3 A; 3L2Q A; 4FW2 A; 1X6O A; 1VQ6 Q; 2O9S A; 2CYZ B; 1D1C A; 1UEC A; 2NUT B; 5GMK i; 2C0O A; 4M78 C; 4AT1 B; 3CD6 A; 2FPF A; 2NYS A; 2BZY A; 1HSQ A; 1K73 C; 1Q81 R; 2X4J A; 2F2X A; 2ZPH B; 4QQD A; 4RMO A; 3CPF A; 3G71 T; 3CCM T; 4A4F A; 2RN8 A; 2EYY A; 5CIU A; 3M0Q A; 5GAO n; 1YJ9 T; 5I22 A; 4J9E A; 2HD0 A; 2P0Q A; 2O4X A; 4F14 A; 2PUO B; 1BIB A; 2L5Q A; 3CD6 Q; 1VA7 A; 1LNX A; 2QK0 A; 5DLQ E; 2GFA A; 5IT9 E; 1OU9 A; 3I55 A; 2DAQ A; 1BCO A; 3M0P A; 4A53 A; 1K76 A; 4OMQ A; 1Y0M A; 1C1A A; 1VQ6 T; 3OSV A; 3RNJ A; 1O9S A; 3FEO A; 4J6X A; 5HKC A; 4F7U E; 3RMS A; 4M77 B; 3OYC A; 1BU1 A; 2IIM A; 3C95 A; 3BY7 A; 4ZNX A; 3OYH A; 1JRI A; 3X26 B; 1PG5 B; 4M7A A; 1M3A A; 1VQL A; 5GAN h; 2WSC E; 3TCJ A; 1D0Y A; 1QWE A; 2DFU A; 4M7D E; 5GAO p; 3X28 B; 4QQG A; 5LL6 S; 2ZPI B; 1M1K R; 3EGD B; 3GNG A; 4BI4 A; 2HQH A; 3JB9 F; 3M58 A; 2C0T A; 4GY5 A; 5GAN e; 3VRZ A; 2Y4Y A; 2LQW A; 2G3R A; 3LWH A; 4IUQ A; 2E1H A; 1NYG A; 1VQL Q; 2RK1 A; 1FX7 A; 2XDD A; 2VVK A; 5CVI A; 3H0I A; 1RAA B; 1K0X A; 2F1L A; 2RQT A; 2K3B A; 3CCE A; 1B07 A; 3R6N A; 4O6J A; 4PFP A; 2EGC A; 4E6R A; 1WYX A; 2P0P A; 5FWC A; 3JCM b; 1KJW A; 4X9C A; 4C5H A; 1OOT A; 2EYW A; 3A8G B; 3CPW S; 3OA6 A; 3A8L B; 4CC7 A; 4N4G A; 1KQS S; 1GCQ C; 1UDL A; 4J9G A; 2MF2 A; 2HAX A; 3OYI A; 4PL6 A; 4ZTF A; 2HSP A; 4M77 C; 2LDM A; 3GLX A; 1VYT A; 2R5M A; 1WHK A; 4HVU A; 2RJD A; 3CMA T; 1EFN A; 3M4Y A; 1UGS B; 4DOW A; 4DA4 A; 2E4H A; 4KRT A; 4C92 D; 1VQL T; 1Q81 C; 4C8Q B; 3OW2 A; 4A4H A; 5C6S A; 1KSW A; 3U23 A; 1YN8 A; 2EIF A; 4C8Q G; 1BK2 A; 4HA8 A; 2DO3 A; 2DMO A; 2CP5 A; 4B9X A; 2LCL A; 3H6Z A; 1B34 B; 1KQS A; 2FPE A; 2HZY A; 2R5A A; 3TQ7 P; 2EKO A; 1WHM A; 5HY6 A; 2VKN A; 2E6Z A; 1ZSZ B; 4RTZ A; 3OYK A; 4GBQ A; 2JTE A; 2Y90 A; 1Q86 U; 1YIT A; 3CBP A; 3AHU A; 1MUZ A; 3L2W A; 2RA2 A; 2DER A; 1TWB A; 1R0C B; 1KD1 U; 1WI7 A; 3H41 A; 3V7S A; 3CC4 T; 1FYN A; 4E47 A; 1PKS A; 1NG2 A; 4J7I A; 5CO7 A; 3CC7 A; 2FO0 A; 4JS4 A; 1QVP A; 3EGX B; 2CZ1 B; 1M1K C; 3M55 A; 3CCS A; 3S3M A; 5KE2 A; 4D8K A; 4B6M A; 4N0A A; 2COW A; 3SWN B; 1YIT Q; 1RAC B; 5J3B A; 2DIL A; 4BDY A; 5KYU B; 4M75 F; 3CC7 Q; 2RB6 A; 3LH5 A; 1BCM A; 1NLO C; 3V8L A; 4ELZ C; 3OYG A; 3THK A; 4PFZ A; 2E5Q A; 2QA4 T; 2CZ7 B; 4C92 A; 4PJO G; 2PQW A; 4LXC A; 3ASK A; 2LJ0 A; 1PSF A; 1M2V A; 3VS5 A; 4WCI A; 2W10 A; 2KI7 A; 1WXT A; 2BE7 D; 4TVR A; 2MCN A; 2PVD B; 1AZG B; 1YCY A; 1VQK A; 3NHN A; 3AT1 B; 3H9N A; 2IVW A; 4J9D A; 5KE3 A; 1ZSZ C; 3UAT A; 1R77 A; 5GAM e; 1YIT T; 3EG3 A; 4J83 A; 2ZPF B; 1A0N B; 2RQW A; 1NEG A; 3JB9 G; 4PLI A; 3RKW A; 1ZA1 B; 3CC7 T; 1U5S A; 2K7A A; 1PM3 A; 1VQK Q; 2DTH A; 3P8B B; 4BE1 A; 1PRM C; 1YBY A; 2XDP A; 2A3L A; 3HPW A; 4GLK A; 4B9W A; 5I2S A; 3I9Q A; 5LJ5 h; 1OPL A; 2R58 A; 4BUG A; 2KMT A; 2CSI A; 8AT1 B; 4BAC A; 3SWN C; 5LJ3 e; 4FIB A; 1PHT A; 5KYW B; 4DEX A; 1NEB A; 2DL3 A; 5LJ5 e; 4M78 F; 1T3L A; 2JMA A; 4OMM A; 1D09 B; 1MMG A; 1TOV A; 3VUB A; 1ZUU A; 2HKQ B; 2DA9 A; 3L2R A; 2D8H A; 1WIE A; 2GCX A; 5LJ3 f; 4P5N A; 5AT1 B; 3OW2 P; 1K9A A; 5GMK h; 3S6W A; 3VS2 A; 4PK4 A; 4RCC A; 6AT1 B; 2AKK A; 1V29 B; 4JDS A; 5GMK e; 2YRC A; 2MIO A; 1E6G A; 4R55 A; 1I5O B; 2FG0 A; 3OYE A; 3JCM e; 1S72 A; 1VQK T; 4ZGE B; 1UUE A; 3MEW A; 2JS2 A; 1E6H A; 1JJ2 P; 2QDY B; 3CC2 A; 4LUD A; 3RKY A; 2CP3 A; 3LGF A; 5CKH A; 1YHQ A; 2KVQ G; 2DRM A; 3JCM f; 3CEY A; 3WXM B; 4AFQ C; 3PE0 A; 5HCK A; 2B86 A; 4FYX B; 3VYG A; 1S72 Q; 2HBP A; 2BZX A; 3IQL A; 5I2M A; 2X4Y A; 4AFZ C; 4F7U B; 3LW5 E; 3MHX A; 4MDW A; 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3ZBD A; 1K8A U; 4C0F A; 4C8Q A; 1VYU A; 3BFM A; 1N8R U; 1TTH B; 1ZUY A; 4E7Z A; 3E2U A; 3MP6 A; 3FB9 A; 3HTR A; 2BE9 B; 2YWW A; 1M30 A; 2NUP B; 3I56 A; 2DET A; 3REA B; 4KBM B; 3JB9 D; 2WSF E; 5L8R E; 1AWW A; 4XK8 E; 3G1J A; 1VQP T; 1X2K A; 1WXB A; 5CKF A; 1HXD A; 3QDR B; 3G6E A; 1B34 A; 1QKW A; 4C5I A; 3OYM A; 4C0Z A; 1SRL A; 2A36 A; 3ZEH A; 1RI0 A; 2QTX A; 4KT0 E; 4KUD K; 2AIR B; 4M78 G; 4EMG A; 1C6V X; 2RI3 A; 4CC2 A; 1NPP A; 1PC0 A; 2Y4X A; 3JCM V; 3VS3 A; 4C0G A; 3CCV A; 4Q5W A; 1NE8 A; 4E2F B; 2KT1 A; 3JSC A; 3CBO A; 3OS0 A; 3JCM Q; 2YDL A; 2DVJ A; 1X43 A; 2CH4 A; 2VGM A; 2PTK A; 3QII A; 3G6E Q; 1Q86 C; 2QXF A; 2DD4 A; 3EGX A; 4JPB W; 1XJW B; 1KD1 C; 3HKS A; 3JV3 A; 3QYH B; 2JW4 A; 5GAN 7; 1NPR A; 3CCV Q; 2YLB A; 2CSQ A; 2LCS A; 3H8Z A; 4KUL A; 2K5L A; 4E7H A; 1HJD A; 5FRO A; 2J6K A; 2NWM A; 1R8O B; 3QZ5 B; 3CCJ A; 4J6Y A; 1PWT A; 2X4X A; 1YP5 A; 2QI2 A; 2GQI A; 5IHI A; 4X9D A; 1DJ7 B; 4XTV A; 1AWO A; 4ESR A; 3M57 A; 1KIK A; 3DKM A; 3KUF A; 3G6E T; 4IKF A; 2E3I A; 1OX8 A; 2O88 A; 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