The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
GSSGSSGTPYRAMYQYRPQNEDELELREGDRVDVMQQCDDGWFVGVSRRTQKFGTFPGNYVAPVSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Vinexin
|
| publication title |
Solution Structure of the SH3 domain of the Vinexin protein
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
8
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| structure length |
70
|
| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JS0 A; 2OAW A; 1T0H A; 2JM8 A; 4J9B A; 2JTE A; 3EG1 A; 2DMO A; 2LQN A; 2YDL A; 1Z9Z A; 3JV3 A; 1UTI A; 2AK5 A; 2OI3 A; 1TUD A; 1X6B A; 2HBW A; 4F14 A; 2J6O A; 1M3B A; 2NWM A; 1H8K A; 4RTT A; 1NLO C; 2J6F A; 2CDT A; 2OJ2 A; 4RUG A; 2EKH A; 2P4R A; 3EG0 A; 3RNJ A; 3U23 A; 2JMA A; 1JU5 C; 2D8J A; 1K1Z A; 1FYN A; 1JXO A; 2CH4 W; 2EGA A; 3TSW A; 1SRM A; 2FPE A; 1GCP A; 1ABO A; 1PRL C; 1AEY A; 5FWB A; 2FRW A; 4OMN A; 1AOJ A; 2KYB A; 4AFQ C; 1M3A A; 1KSW A; 3I5R A; 2ED0 A; 4Z88 A; 2O2O A; 2KXD A; 1AWX A; 3PVL A; 1M30 A; 3NHN A; 4J9H A; 4OMM A; 1B07 A; 2KT8 A; 2CSI A; 1ZUU A; 1GRI A; 2J05 A; 1MV3 A; 1LCK A; 3VS1 A; 4IIO A; 1RI9 A; 2EBP A; 2K6D A; 1HD3 A; 3FJ5 A; 1RLQ C; 1G2B A; 1SHF A; 1X43 A; 2A08 A; 4CC7 A; 1GFC A; 2DNU A; 1OEB A; 2D0N A; 2DM1 A; 5ECA A; 3RBB B; 1SHG A; 2L3S A; 1WYX A; 1BBZ A; 1NEB A; 4J9E A; 2CUB A; 3PE0 A; 4RTX A; 1GFD A; 5IHI A; 2K3B A; 5IHK A; 2O31 A; 5HCK A; 4OMP A; 2FPD A; 1U5S A; 2C0T A; 1JXM A; 2M51 A; 4F16 A; 1X69 A; 1YCS B; 1VYV A; 1UHF A; 3EG3 A; 4D8K A; 1H92 A; 1W1F A; 2RMO A; 4D8D A; 1UHC A; 4LUE A; 2RNA A; 2ENM A; 2RN8 A; 2NUZ A; 1ABQ A; 2HEQ A; 2SRC A; 3SEM A; 1GBQ A; 1T3L A; 1NEG A; 3EG2 A; 1WXU A; 2KYM A; 4HVV A; 1KFZ A; 2DL7 A; 2VWF A; 2DF6 A; 2J06 A; 3PVQ A; 3GBQ A; 2EGC A; 2PZ1 A; 2YT6 A; 1UEC A; 4AG2 C; 2V1Q A; 4CC3 A; 1WDX A; 3UAT A; 2JW4 A; 4J9C A; 2AKK A; 4HCK A; 4OML A; 1X2Q A; 2LNH B; 3KFV A; 4F17 A; 1J3T A; 4JZ3 A; 3A98 A; 1AWW A; 1NYG A; 1UGV A; 4LN2 A; 1AVZ C; 1Y57 A; 2EYW A; 2EYZ A; 2G6F X; 1KJW A; 4AFZ C; 4LUD A; 1E6H A; 3ULR B; 1UG1 A; 2JM9 A; 2KRN A; 2V1R A; 4GBQ A; 3I9Q A; 3VS2 A; 5L23 A; 2LJ3 A; 1BB9 A; 1QCF A; 2CT3 A; 2DIL A; 1VYT A; 1YNZ A; 1MV0 B; 2DL5 A; 4QT7 A; 1PNJ A; 3M0T A; 2X3W D; 2KE9 A; 1E7O A; 1SPK A; 1ZBJ A; 4JZ4 A; 2VVK A; 3VS3 A; 5FW9 A; 2KGT A; 1YWO A; 4FSS A; 1I07 A; 4JPB W; 1W6X A; 1SSH A; 1WXT A; 2JMC A; 3C0C A; 2HSP A; 2KNB B; 1TUC A; 2DRK A; 1PRM C; 2K79 A; 1JO8 A; 3H41 A; 5I22 A; 2SEM A; 3TSZ A; 5IXB A; 1WI7 A; 1ZUK A; 1K76 A; 2EGE A; 2O9V A; 3CQT A; 2CH4 A; 2K7A A; 2AKL A; 1UE9 A; 2I0N A; 4ESR A; 1OPK A; 1YP5 A; 2GQI A; 2L3P A; 1WA7 A; 2B86 A; 2L3Q A; 3VRZ A; 2PTK A; 1JEG A; 1QKX A; 4ZNX A; 1QKW A; 3NGP A; 1K9A A; 3VS4 A; 5I11 A; 2RQR A; 2HCK A; 1I1J A; 2VKN A; 3M0R A; 1X27 A; 4X1V A; 2ABL A; 3I35 A; 2EVR A; 4LNP A; 2DRM A; 2DVJ A; 2EYX A; 2DL8 A; 2F2X A; 3UF4 A; 1NM7 A; 2ECZ A; 1OV3 A; 1YN8 A; 2D1X A; 2K2M A; 2GTJ A; 4RTU A; 2ROL A; 1OOT A; 1T3S A; 1BU1 A; 1E6G A; 1SEM A; 1SRL A; 2HDA A; 4J9I A; 1UJY A; 1X6G A; 3H0H A; 5GJV B; 1H3H A; 2W10 A; 1ZSG A; 2KRO A; 2RQT A; 2EQI A; 4JJD A; 2KBT A; 1AWO A; 2FEI A; 2CRE A; 2RQW A; 3UA7 A; 3EHR A; 1GBR A; 2EYY A; 2O9S A; 3VS7 A; 2DE0 X; 4J9D A; 2KEA A; 1UDL A; 2XMF A; 4A63 B; 2DYB A; 2C0O A; 1GL5 A; 4AG1 C; 1VYU A; 2GNC A; 5GJW B; 2RQV A; 3H0I A; 2ED1 A; 4KRT A; 2BZY A; 2RF0 A; 1AZE A; 3R6N A; 2DBK A; 3THK A; 2MCN A; 3VS5 A; 1PKT A; 3EHQ A; 5EC7 A; 1Y0M A; 2DL4 A; 2E5K A; 1MUZ A; 2DA9 A; 2A36 A; 1ZUY A; 1RLP C; 2DBM A; 2DL3 A; 2ESW A; 2RPN A; 3VS6 A; 1K4U S; 4RTV A; 1QWF A; 3NPF A; 4EIK A; 1HJD A; 2F2W A; 1HSQ A; 2X3X D; 2JS2 A; 2LJ0 A; 1X2K A; 4LE9 A; 1KIK A; 2LJ1 A; 2DLP A; 4AFU C; 1YWP A; 2YUP A; 1NYF A; 4RTW A; 3QWY A; 4E6R A; 4HVW A; 4CC4 B; 1NG2 A; 3ZL7 C; 3EGU A; 1U06 A; 4HXJ A; 3M0U A; 4Y92 A; 1IO6 A; 2LMJ A; 1QLY A; 2AZV A; 4RTZ A; 2MIO A; 1WLP B; 1XOV A; 1N5Z A; 2JT4 A; 1WFW A; 4AFS C; 2FG0 A; 2A28 A; 2H8H A; 2PNI A; 2LCS A; 2K9G A; 2LX7 A; 1B3Q A; 4M4Z A; 3M0S A; 1UFF A; 1JQQ A; 2GBQ A; 2C0I A; 2AZS A; 1GCQ A; 3UA6 A; 1QWE A; 2CUD A; 3VRY A; 4J9G A; 4K11 A; 5IHN A; 5FWC A; 2J6K A; 5IH2 A; 3SHW A; 1BK2 A; 4DEX A; 1G83 A; 2DX1 A; 1CKB A; 1CKA A; 1K0S A; 2BZX A; 1K0X A; 1A0N B; 2CT4 A; 2YUN A; 2MOX A; 3M0Q A; 1M27 C; 1AWJ A; 2GGR A; 3O5Z A; 1AD5 A; 1EFN A; 1PKS A; 2W0Z A; 2YSQ A; 1M8M A; 4R0K A; 2BZ8 A; 2YUO A; 4GLM A; 4JJB A; 2IIM A; 1U3O A; 2FRY A; 1VA7 A; 1NLP C; 2ROT A; 2A37 A; 2LP5 A; 1ZLM A; 2RQU A; 2D8H A; 4IIM A; 2GTO A; 3REB B; 2KT1 A; 4JJC A; 2KRM A; 1RUW A; 3M0P A; 4OMO A; 3I5S A; 3VS0 A; 3LH5 A; 2KRS A; 2O88 A; 1S1N A; 1FMK A; 3TVT A; 4J9F A; 4ORZ A; 4Z89 A; 1I0C A; 3QWX X; 1UUE A; 1WXB A; 4HVU A; 1AZG B; 1ZX6 A; 1T0J A; 2FO0 A; 4RTY A; 1ARK A; 1WX6 A; 2CSQ A; 2JXB A; 2QDL A; 1M3C A; 2EW3 A; 1WIE A; 2FPF A; 2L2P A; 1PWT A; 2BTT A; 3NMZ C; 2M0Y A; 4Z8A A; 4DEY A; 2L0A A; 3H0F A; 1Z9Q A; 2LZ6 B; 2F2V A; 2LQW A; 1UJ0 A; 2KXC A; 2KR3 A; 2YUQ A; 1GCQ C; 1OPL A; 4OMQ A; 2EPD A; 1CSK A; 1TG0 A; 3IQL A; 3REA B; 1PHT A; 1V1C A; 1W70 A; 4CC2 A; 5IXF A; 4WCI A; 2DJQ A; 2J7I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M75 E; 4DBR A; 3G4S T; 4J6X A; 2QQS A; 1M90 C; 1SSF A; 2JM8 A; 5IN1 A; 3EG1 A; 4C8Q G; 1OQK A; 5KCH A; 2OI3 A; 3E19 A; 1M3B A; 2PVD B; 3P8H A; 3RNJ A; 3CCM Q; 5LJ3 e; 1NE8 A; 3OS0 A; 1I81 A; 1ZSZ B; 3QDF A; 4JRQ A; 1M1K C; 4E2F B; 8ATC B; 1GCP A; 1ABO A; 2DTI A; 5GAO q; 1XJW B; 4OMN A; 1Q82 C; 2OTL A; 2KYB A; 3OYC A; 4BE2 A; 4Z02 A; 2VAS A; 2O4X A; 4AMC A; 2YXY A; 4E7Z A; 2ED0 A; 4Z88 A; 2O2O A; 3TRE A; 1AWX A; 3OYK A; 2CSI A; 4C5G A; 2QTX A; 4FM4 B; 5DLQ E; 2DIQ A; 4FCY A; 4IIO A; 1X75 C; 2K5L A; 4JLI A; 1W2B P; 1X43 A; 2DNU A; 3QYG B; 1QVG A; 1VQP A; 5ECA A; 3CCJ T; 3MP8 A; 1YJN A; 1B7T A; 1U1T A; 1FWZ A; 3L1A A; 3OB9 A; 1P92 A; 1NEB A; 2CUB A; 4RTX A; 1D0Z A; 1M2O A; 2RO0 A; 4OGC A; 2JTF A; 3JSC A; 2FPD A; 1VQ6 A; 1YBY A; 2CP3 A; 4F16 A; 1NJI R; 1WJS A; 1VYV A; 2ZPF B; 3EG3 A; 1O9S A; 2OTJ A; 3CC7 T; 4BE1 A; 4D8D A; 3BDU A; 3HKS A; 1MHN A; 1VQM T; 3QJ6 A; 1M1F A; 1H3Z A; 3LWH A; 3SEM A; 3OYL A; 1T3L A; 3GF5 A; 4PKC C; 1WXU A; 2WSC E; 4BD3 A; 2VWF A; 2DF6 A; 3VYH B; 5CAI A; 1W2B S; 2RD1 A; 3GBQ A; 1IGQ A; 3VYG A; 2DFU A; 2YT6 A; 2V1Q A; 4J6Y A; 1WDX A; 5I21 A; 1FX7 A; 1IB8 A; 2CZ1 B; 4DA4 A; 1JJ2 A; 3L2R A; 1MMD A; 3FDR A; 3CMA T; 3KFV A; 2NUT B; 4N4H A; 1Q7Y U; 4PJO E; 1AWW A; 4PL6 A; 4LN2 A; 1RL2 A; 3CCS Q; 2EYZ A; 1KG1 A; 1KJW A; 3FIF A; 4AFZ C; 3D7S B; 4M78 E; 1UG1 A; 2KRN A; 3ULR B; 3LWI A; 1K9M R; 3AHU A; 1B34 A; 2XID A; 1VQN T; 4BDY A; 5L23 A; 3CD6 T; 1MNE A; 1AHJ B; 2L5Q A; 3CPF A; 1KQS P; 1FMW A; 5CIU A; 1BKB A; 1SPK A; 1RAG B; 3PTA A; 4VUB A; 3G6E Q; 1G5V A; 2F5K A; 1I07 A; 5HK3 A; 1VQL A; 1BI1 A; 3ZFJ A; 1SSH A; 1WXT A; 2JMC A; 2LDM A; 3C0C A; 3H41 A; 1JO8 A; 2FB7 A; 3RIR A; 1OI1 A; 1WI7 A; 4ME7 A; 5EG2 A; 5D6Y A; 1Q81 U; 8AT1 B; 3QO3 A; 4EMK A; 2QQA A; 4XTZ A; 2AKL A; 1BIB A; 2I0N A; 2QI2 A; 2M02 A; 1OPK A; 2JZ2 A; 2L3P A; 1WA7 A; 1WHH A; 1WHM A; 2JTM A; 2COY A; 2GF7 A; 3L2V A; 2DTO A; 4M77 E; 1QKX A; 2RI2 A; 5FU6 B; 3OQ5 A; 1N6A A; 3NGP A; 4JS5 A; 4M75 B; 2HCK A; 3BDL A; 5GAO n; 2RK2 A; 1KQS S; 2CP0 A; 2VKN A; 1X27 A; 1I5O B; 2CZ0 B; 2G3R A; 2XKO C; 2DXT A; 2ABL A; 3I35 A; 2DRM A; 2DVJ A; 3ZBD A; 1GXI E; 1N8R U; 3C12 A; 2F2X A; 2MK5 A; 1YN8 A; 2D1X A; 3L2Z A; 4RTU A; 1T3S A; 1BU1 A; 1SEM A; 2DEQ A; 3OYM A; 5HKC A; 3H9N A; 2HDA A; 1XQH A; 3H0H A; 1X6O A; 1H3H A; 2NUP A; 3PMI A; 3C4S A; 5M9O A; 3OY9 A; 1VQ8 A; 2P84 A; 4PFO A; 4JJD A; 4M7D B; 2COZ A; 2XD0 A; 1OYX A; 2VYT A; 4E7J A; 2EYY A; 2O9S A; 1RAD B; 4J9D A; 2VXE A; 5GAN 4; 1K8A U; 1YIT Q; 3WVD B; 4A54 A; 1X01 A; 5CQY A; 4M75 F; 3CME A; 3X28 B; 1AZE A; 3QII A; 4XTX A; 4M75 G; 3THK A; 5GAN 5; 3FLG A; 2QEX T; 5GAM d; 1M1K R; 4MZP A; 4FYX B; 3A8M B; 2A36 A; 1ZUY A; 1RLP C; 2DL3 A; 3LGF A; 2QK0 A; 1Q82 R; 3M54 A; 1YHQ T; 3KBG A; 1HSQ A; 1WQW A; 1X2K A; 4IUU A; 1KIK A; 4FYY B; 3LH0 A; 4PJO A; 4C8Q E; 3P8B B; 3QWY A; 1NG2 A; 2RI5 A; 1WQ7 A; 4HXJ A; 3VU3 C; 3GOX A; 2KVQ G; 4M78 A; 2CP5 A; 5GAN 8; 4M7D F; 4GLK A; 1VQO A; 1QLY A; 4M7D G; 1WHJ A; 1OU8 A; 3CC2 A; 2JT4 A; 4CRI A; 2LCS A; 4HT8 A; 2K9G A; 2JOY A; 3L2Q A; 4M4Z A; 2Y4Y A; 5HK0 A; 4J9G A; 4M7A A; 1S72 Q; 5IHN A; 5KYN A; 4OGE A; 1BK2 A; 1Y07 A; 1WNL A; 1G83 A; 2DX1 A; 3UWN A; 4OMF B; 3JCM V; 3EFO B; 1K0S A; 2MF2 A; 5FRO A; 2ZAE A; 2VGN A; 4PJN A; 1NZ9 A; 2RHU A; 1EFN A; 4DBF A; 1M8M A; 2BZ8 A; 2YUO A; 1YCY A; 4C0D B; 4GLM A; 3OYG A; 2RH2 A; 1V29 B; 3JCM f; 2VC8 A; 2BKD N; 2GQV A; 3EGD B; 1QVG P; 3SWN C; 2HBP A; 2LQK A; 1Q7Y C; 1KD1 U; 4M78 B; 4M77 A; 4J7I A; 1D1A A; 2KT1 A; 4JJC A; 3CCE Q; 3M0P A; 4FU6 A; 3CCL T; 2KRS A; 4L6V 5; 4O6J A; 2ZGW A; 2Z0W A; 1IXD A; 4C92 C; 3ASK A; 1T0J A; 1VIF A; 1PG5 B; 2EQM A; 4BUG A; 1UGQ B; 3G71 T; 1YFN A; 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5GAO m; 4LD6 A; 2DM1 A; 4DBH A; 3JCM b; 3OS2 A; 4ELY C; 3URG A; 4ZTJ A; 4FT2 A; 2OTJ Q; 4X9C A; 4BDZ A; 2ZCF B; 1VQ5 A; 1HXD A; 2LRQ A; 5LJ3 h; 2CP7 A; 4OB1 B; 3CCU A; 1GFD A; 1D09 B; 5IHI A; 5IHK A; 2O31 A; 5HCK A; 4E7L A; 1LPL A; 1TS9 A; 2F69 A; 3T9N A; 2C0T A; 2M51 A; 5KE2 A; 1YCS B; 1ZSZ A; 2PVO B; 4XU2 A; 3E9F A; 1LVK A; 4D8K A; 1Y96 B; 1UHC A; 5AYF A; 1FXX A; 2IG0 A; 3GP8 A; 2RN8 A; 2DAQ A; 4IUT A; 3OYI A; 5D7U A; 1ABQ A; 1VQ9 T; 1OU9 A; 3BY7 A; 2DL7 A; 5KYX B; 2RJF A; 3AT1 B; 4XU0 A; 4KT0 E; 2E10 A; 2PZ1 A; 3E2U A; 4AG2 C; 3M58 A; 3UAT A; 4IUQ A; 3MP6 A; 3RMQ A; 2JW4 A; 3JB9 H; 4ZGD B; 3HFO A; 4FW2 A; 4J9C A; 4OML A; 4F17 A; 1NYG A; 4C8Q F; 5CKF A; 1Y57 A; 2EYW A; 2AT1 B; 2FZG B; 2JM9 A; 3JCM d; 4GBQ A; 1IRX A; 3RES A; 2R58 A; 3I55 T; 5GAN j; 4LDU A; 4EMK C; 4MZM A; 1UGS B; 5CKB A; 3X25 B; 5A2Q E; 1VQL Q; 1QCF A; 4KUD K; 1KD1 C; 3CCQ T; 4N0A A; 3CPW P; 5D6X A; 3CCJ A; 2RHI A; 1WHK A; 1MV0 B; 2DL5 A; 4M7D E; 2X3W D; 3CC4 T; 1E7O A; 3LYI A; 2CP2 A; 4OP0 A; 1ZBJ A; 3VS3 A; 1RAI B; 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