The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
GSSGSSGTPYRAMYQYRPQNEDELELREGDRVDVMQQCDDGWFVGVSRRTQKFGTFPGNYVAPVSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure of the SH3 domain of the Vinexin protein
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Vinexin
|
| total genus |
8
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4RTX A; 1OPL A; 1UFF A; 2AKL A; 1AVZ C; 1RLQ C; 1WX6 A; 1GL5 A; 1T3L A; 1Z9Q A; 1XOV A; 2VVK A; 2JMA A; 4Y92 A; 3M0T A; 1VYU A; 4J9G A; 2ENM A; 2I0N A; 5FW9 A; 1WLP B; 1UHC A; 4OMM A; 1ZUK A; 1W1F A; 2J06 A; 5GJW B; 1NG2 A; 2HCK A; 5HCK A; 2FPF A; 1UJ0 A; 4AG1 C; 2LZ6 B; 2CT3 A; 1WXU A; 2HBW A; 1X6G A; 2KXC A; 4GBQ A; 2AKK A; 2JW4 A; 3ZL7 C; 5IHK A; 1J3T A; 1SPK A; 2JM8 A; 2DL4 A; 1CSK A; 2GGR A; 3FJ5 A; 2YUQ A; 2RQU A; 1W70 A; 3VS2 A; 2KRO A; 3M0U A; 1UDL A; 4RTV A; 5FWC A; 2DNU A; 1QWF A; 5IH2 A; 4HVW A; 2V1R A; 3R6N A; 1LCK A; 2KRM A; 2EQI A; 1WI7 A; 4D8D A; 4ZNX A; 4DEY A; 3KFV A; 3I9Q A; 2BTT A; 4Z8A A; 2DBM A; 2NUZ A; 3A98 A; 1GCQ C; 1S1N A; 2DE0 X; 1K4U S; 1K0S A; 1GRI A; 4CC7 A; 1AWO A; 4F14 A; 1HJD A; 3SEM A; 1WDX A; 2H8H A; 3M0P A; 1PWT A; 3REB B; 1X2K A; 1ZSG A; 2W10 A; 2JMC A; 1E6G A; 3VS6 A; 2LJ0 A; 2K7A A; 1VYT A; 2LQW A; 2A36 A; 2CH4 A; 2HEQ A; 1KSW A; 2F2W A; 1JXM A; 2EKH A; 2JXB A; 2EGE A; 2DLP A; 1QKW A; 1ZUY A; 2A28 A; 1G2B A; 1B07 A; 1FYN A; 2DVJ A; 1TUD A; 4J9F A; 2FPD A; 2YUN A; 1X27 A; 1WIE A; 1I0C A; 4KRT A; 2RNA A; 2J05 A; 2HSP A; 2FO0 A; 2LQN A; 3TVT A; 1YN8 A; 4JJB A; 3H41 A; 2CT4 A; 2CDT A; 2DL5 A; 3M0S A; 1GFD A; 3I5R A; 4IIO A; 3EHR A; 4HVU A; 1NYF A; 4LUD A; 2VWF A; 5ECA A; 1BU1 A; 3M0R A; 1X2Q A; 2L2P A; 2O9V A; 3VS7 A; 1BB9 A; 1I07 A; 3SHW A; 4LN2 A; 1RLP C; 1ZBJ A; 2DBK A; 2ROL A; 4M4Z A; 3QWX X; 4J9B A; 1QCF A; 2L3Q A; 2LJ3 A; 2LCS A; 4AFS C; 1U3O A; 2PNI A; 2RPN A; 1SEM A; 2LX7 A; 1RUW A; 3NGP A; 1PKS A; 4RTU A; 2ABL A; 2MCN A; 4RTT A; 1JXO A; 1JQQ A; 2J7I A; 2KEA A; 5EC7 A; 1VYV A; 2OAW A; 4X1V A; 2SEM A; 1UEC A; 4WCI A; 4EIK A; 2L3P A; 2M51 A; 2CUB A; 2LJ1 A; 1AWJ A; 2KR3 A; 1Y57 A; 2FEI A; 1UE9 A; 1SRL A; 2M0Y A; 4LE9 A; 2O9S A; 2YUO A; 1QKX A; 2A08 A; 2DIL A; 2K6D A; 2C0O A; 1WXB A; 3U23 A; 1MV3 A; 4CC3 A; 1WA7 A; 1YWP A; 4Z89 A; 1GBR A; 3EG2 A; 2RMO A; 1A0N B; 2GBQ A; 1NYG A; 3VS5 A; 1ZLM A; 4K11 A; 2GTO A; 1AD5 A; 2C0I A; 2D8J A; 3CQT A; 4OMN A; 1UGV A; 2KNB B; 2EYZ A; 1G83 A; 2KGT A; 3TSZ A; 1AZG B; 2B86 A; 3LH5 A; 4RTZ A; 3IQL A; 2RF0 A; 5L23 A; 4RUG A; 2DM1 A; 3VS1 A; 2JS0 A; 2L3S A; 1GFC A; 3NHN A; 3RNJ A; 1AWX A; 2CSI A; 2KRN A; 1H8K A; 4JJC A; 1B3Q A; 4HXJ A; 2MIO A; 3JV3 A; 1JO8 A; 1ABQ A; 2EPD A; 1NLO C; 4LUE A; 1TUC A; 2EYY A; 1NEB A; 2DA9 A; 2DRK A; 4AFQ C; 2XMF A; 4D8K A; 2L0A A; 2X3X D; 3EG1 A; 3VS0 A; 2RN8 A; 3UF4 A; 1T3S A; 2EVR A; 4HVV A; 4CC2 A; 2D1X A; 2DYB A; 4OMP A; 4CC4 B; 1WFW A; 2BZ8 A; 4E6R A; 3PVL A; 1JU5 C; 2K2M A; 2KRS A; 3QWY A; 2A37 A; 4J9E A; 4JJD A; 2RQW A; 4A63 B; 1PHT A; 1K76 A; 4FSS A; 2LNH B; 1H92 A; 1M27 C; 2CUD A; 1M3B A; 4DEX A; 2DL8 A; 1N5Z A; 2X3W D; 5IXB A; 2ROT A; 5I11 A; 2LP5 A; 1JEG A; 1UG1 A; 1U5S A; 2RQT A; 2VKN A; 3EHQ A; 1GBQ A; 2G6F X; 3PVQ A; 2K3B A; 4OMO A; 3EG0 A; 2ESW A; 1EFN A; 3PE0 A; 1T0H A; 1TG0 A; 1T0J A; 3ULR B; 1HD3 A; 3NPF A; 3UA7 A; 1AZE A; 1HSQ A; 2SRC A; 2HDA A; 2PZ1 A; 3H0F A; 2JT4 A; 1M3A A; 1PKT A; 1IO6 A; 1PNJ A; 1WXT A; 2PTK A; 1MUZ A; 3NMZ C; 3UAT A; 2JTE A; 1OPK A; 5I22 A; 5FWB A; 2O2O A; 2EW3 A; 3REA B; 1BBZ A; 2C0T A; 1X43 A; 1AOJ A; 2DF6 A; 4R0K A; 3VRY A; 3H0I A; 4AG2 C; 2EGC A; 1RI9 A; 2F2X A; 2EGA A; 2KT8 A; 4J9D A; 2DX1 A; 3THK A; 2DJQ A; 3H0H A; 2V1Q A; 1K0X A; 2F2V A; 2YUP A; 3UA6 A; 4Z88 A; 3VS3 A; 4JPB W; 1YNZ A; 2RQV A; 2ECZ A; 1YP5 A; 2K9G A; 2YSQ A; 1VA7 A; 2KE9 A; 1GCQ A; 2FRW A; 1X69 A; 2GQI A; 2BZX A; 1SHF A; 5IXF A; 2D8H A; 2O88 A; 2ED0 A; 2W0Z A; 1YCS B; 2JM9 A; 2J6F A; 1W6X A; 4HCK A; 2AZS A; 1MV0 B; 2GTJ A; 2P4R A; 3GBQ A; 1QLY A; 1UTI A; 1ZUU A; 1E7O A; 2GNC A; 3VRZ A; 1KIK A; 2IIM A; 2FG0 A; 3C0C A; 3I35 A; 2QDL A; 2RQR A; 1SHG A; 1CKA A; 4ESR A; 2DMO A; 1OOT A; 3M0Q A; 3EGU A; 2J6K A; 2KYM A; 2YDL A; 2J6O A; 4QT7 A; 1K1Z A; 2O31 A; 1BK2 A; 2CSQ A; 1UUE A; 1E6H A; 1K9A A; 2E5K A; 2KYB A; 2OJ2 A; 4JZ3 A; 4JZ4 A; 2D0N A; 1UHF A; 2YT6 A; 1QWE A; 2KBT A; 1SSH A; 1H3H A; 4J9H A; 2K79 A; 4OML A; 2DL7 A; 1SRM A; 3RBB B; 1I1J A; 2OI3 A; 3I5S A; 4RTW A; 2DL3 A; 3VS4 A; 3EG3 A; 1ABO A; 3TSW A; 4AFZ C; 2EBP A; 2LMJ A; 4F17 A; 1PRL C; 5IHN A; 2CH4 W; 2AK5 A; 2AZV A; 2NWM A; 1Y0M A; 2BZY A; 1FMK A; 2FPE A; 4RTY A; 2ED1 A; 2KXD A; 2DRM A; 4J9C A; 1AEY A; 1OV3 A; 1GCP A; 1YWO A; 1ZX6 A; 4GLM A; 3O5Z A; 1KJW A; 1OEB A; 1AWW A; 4IIM A; 1ARK A; 2KT1 A; 1KFZ A; 4ORZ A; 1UJY A; 2FRY A; 1M8M A; 2CRE A; 1U06 A; 4LNP A; 1X6B A; 1NM7 A; 5GJV B; 2EYX A; 2JS2 A; 1NEG A; 2EYW A; 1V1C A; 4OMQ A; 1PRM C; 1M3C A; 1M30 A; 1CKB A; 1NLP C; 1WYX A; 2MOX A; 4AFU C; 4F16 A; 1Z9Z A; 4J9I A; 5IHI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4A54 A; 1K8A U; 5AYF A; 1IGQ A; 2AKL A; 3S3M A; 1YHQ A; 1GL5 A; 5J3B A; 5LJ3 g; 4N4G A; 1KC8 U; 3AT1 B; 2ENM A; 2I0N A; 1I81 A; 2XDP A; 5FW9 A; 1VQ7 T; 4HCZ A; 5LJ5 h; 3H6Z A; 5C0M A; 4II1 A; 3S3O A; 3M9Q A; 5HCK A; 1NG2 A; 4N0A A; 3CCR A; 4E7Z A; 4HKE A; 1WXU A; 2CP6 A; 5FU6 B; 5FLX E; 2X4Y A; 4OGC A; 1B7T A; 4XTZ A; 5FU7 C; 3C95 A; 2QQ9 A; 3AHU A; 3ZL7 C; 1J3T A; 4PKC C; 1CSK A; 2GGR A; 3FJ5 A; 2YUQ A; 3OYJ A; 3OW2 A; 2E3I A; 1MNE A; 2P0Q A; 2QA4 T; 3M0U A; 3JCM b; 4HA8 A; 1WJS A; 3J7A F; 2EKO A; 1VQ5 T; 3TU4 K; 2YWW A; 1TSF A; 2VC8 A; 3CC7 T; 3CBO A; 3OS5 A; 2HQE A; 2Z0W A; 4M77 E; 4E7S A; 2CP2 A; 3HSB A; 4CC7 A; 1AWO A; 3PFS A; 3A5Z B; 2RK2 A; 2QEX T; 3SEM A; 1VQ5 A; 5GAN 7; 3M0P A; 2HL5 C; 3WVE B; 4CRI A; 1RAC B; 4J6W A; 4KGV B; 4M75 F; 5LJ3 h; 1UGR B; 2DTI A; 3RMS A; 2O01 E; 3CCR Q; 3M54 A; 5A0G A; 2KMT A; 2F2W A; 5CR2 A; 2QEX A; 1D0Y A; 2DLP A; 1ZHI A; 4LDV A; 4B6M A; 1TUD A; 4J9F A; 2YUN A; 1X27 A; 3RES A; 3E9G A; 1I0C A; 2J05 A; 2FO0 A; 3M4Y A; 4EPC A; 2LQN A; 6AT1 B; 3H41 A; 2CT4 A; 3M0S A; 1GFD A; 2BE9 B; 1GXI E; 2XDD A; 4IUV A; 2VB6 A; 2COZ A; 3VJP A; 3FLG A; 3G6E T; 3SD4 A; 3T9N A; 1BU1 A; 2V8J A; 3BDU A; 1YJW A; 3Q1J A; 4LN2 A; 1ZBJ A; 4M4Z A; 3QWX X; 1F1B B; 1IHW A; 1QCF A; 2LJ3 A; 1TUG B; 4AFS C; 5KYX A; 3MEV A; 2RPN A; 2RI2 A; 3I55 Q; 3OY9 A; 2K5L A; 2J7I A; 2GFA A; 4DBF A; 1VQ7 Q; 1UEC A; 5L8R E; 4WCI A; 5AT1 B; 3OW2 P; 1N27 A; 4PJJ A; 4BE1 A; 2K4Y A; 4BE2 A; 1M1K C; 2D0Q B; 1QKX A; 4FW2 A; 1VQ9 T; 2C0O A; 1WXB A; 1NPP A; 1QCN A; 5KYW A; 4JDS A; 2DVE A; 4RG2 A; 2RMO A; 2GBQ A; 1KC8 R; 4C8Q E; 3VS5 A; 3CCS A; 3BE3 A; 5GAM d; 1AD5 A; 5CVI A; 2D8J A; 1UGV A; 2P4T A; 2EYZ A; 5J26 A; 3LH5 A; 4BD3 A; 3V8L A; 2RF0 A; 4RUG A; 3D7S B; 4FT2 A; 5LJ3 f; 1VQP Q; 3OSS C; 1VQ4 T; 2L3S A; 1GFC A; 3L2V A; 3NHN A; 3RNJ A; 3JB9 I; 3TEE A; 1MMA A; 4E7I A; 1H8K A; 2MF2 A; 3JCM c; 4HXJ A; 3L1A A; 3JV3 A; 4M77 C; 1M9S A; 2DYI A; 4C92 F; 3CCJ Q; 1ABQ A; 1NLO C; 4C5I A; 2DAQ A; 1TUC A; 4KT0 E; 2EYY A; 3V8J A; 1YIT Q; 4Z02 A; 4D8K A; 2LVM A; 1FMV A; 4RMO A; 1RAG B; 3UF4 A; 1T3S A; 2HAX A; 2D1X A; 3CCV Q; 3OYC A; 1ZQ1 A; 1BIA A; 4FIB A; 1JU5 C; 2K2M A; 4J9E A; 1PHT A; 3M5A A; 2LNH B; 1M27 C; 2CP5 A; 4KUD K; 4AMC A; 3HKS A; 2X3W D; 2ROT A; 3A8H B; 2RB6 A; 2E70 A; 4BB7 A; 2X9H A; 3HTR A; 1GBQ A; 3EG9 B; 4M78 G; 4IUU A; 1EFN A; 3OS0 A; 3G4S T; 3JRZ A; 1WHL A; 1M8V A; 1IRE B; 3CPW S; 4FYX B; 1D09 B; 1AZE A; 1UB4 A; 2R58 A; 3OSV A; 4JUV A; 3QJ6 A; 3P8D A; 4QVD A; 3CCM T; 2PTK A; 1MUZ A; 1N9R A; 2DD4 A; 2X51 A; 2A3L A; 2LT4 A; 2D9T A; 4PJL A; 2C0T A; 1JRI A; 2CS7 A; 3CC2 T; 1JJ2 A; 4R0K A; 5FRM A; 1Q82 U; 2VYT A; 5HY6 A; 3CCM A; 2F2X A; 2KT8 A; 2G3R A; 1IRX A; 2E10 A; 3UA6 A; 1VQK Q; 1ZSZ B; 2EJ9 A; 1KG1 A; 3HL8 A; 2K9G A; 2YSQ A; 4DBR A; 2JNG A; 4IUR A; 1WQW A; 2FRW A; 1X69 A; 5GAN f; 4N0A C; 3QSU A; 3JB9 D; 3LH0 A; 2J6F A; 2KQW A; 1D3B A; 3CCE A; 2COY A; 5IN1 A; 3CPW P; 2CP0 A; 2GTJ A; 2P4R A; 4P5N A; 5LJ5 d; 4ZTF A; 3MPU B; 4EMK B; 1NJI U; 2DEQ A; 2LDM A; 1QLY A; 2X35 A; 3VRZ A; 1KIK A; 2ZPE B; 3QHS A; 3J80 E; 4A4G A; 2DXB A; 4ESR A; 1VQO A; 1RAH B; 1JJ2 P; 2PVO B; 3NTH A; 1AHJ B; 2YHT A; 1BK2 A; 2CSQ A; 2A0F B; 1K9A A; 2EYQ A; 5KYW B; 4KUI A; 4L5G A; 2D0N A; 2YT6 A; 4EMH A; 1SSH A; 1VQ6 Q; 1M1F A; 1I1J A; 2OI3 A; 4XQ3 A; 5KYU A; 3OYA A; 3VS4 A; 3UWN A; 2OX7 A; 4D6W A; 3M57 A; 2LCC A; 1G3S A; 2O4X A; 3TSW A; 1ACM B; 4QKU A; 3GOX A; 1M5Q 1; 2CYZ B; 3CPW A; 4KBM B; 3CPF A; 5GAN 4; 2K3Y A; 1M4Z A; 2R5A A; 1WHM A; 1D1A A; 3GNF B; 3VYH B; 3H8Z A; 2RM4 A; 4LDW A; 4EDU A; 1YCY A; 1Y0M A; 4M7A A; 2DRM A; 5EG2 A; 3OYG A; 5CKB A; 1YWO A; 2IVW A; 3OA6 A; 4GLM A; 2XKO C; 1OU9 A; 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2CZ1 B; 1G3Y A; 1FMW A; 1X2K A; 2W10 A; 1NPR A; 1X75 C; 2JMC A; 3R6O A; 2K7A A; 1VYT A; 2KDS A; 2CH4 A; 1JXM A; 3HFO A; 1S72 Q; 2QQS A; 2JXB A; 1Q86 C; 4HCB A; 2E6N A; 2XHC A; 2I2L A; 3FIF A; 1Q82 R; 2A28 A; 1G2B A; 2X4J A; 4RKU E; 3G6E Q; 1SKU B; 1FYN A; 4C92 D; 2DVJ A; 4BDZ A; 8ATC B; 2EJF A; 3L2U A; 2O4X B; 3SFM A; 2RNA A; 2A7Y A; 2HBP A; 3JB9 G; 5DM7 R; 5D7U A; 3JCM g; 1RAA B; 2DL5 A; 3VU3 C; 2RH2 A; 4M77 F; 3KBG A; 4J7F A; 3EHR A; 5J39 A; 2ZCF B; 3FC3 A; 5ECA A; 3M0R A; 2QDY B; 3CMA A; 4OB3 B; 1N9S A; 3OYK A; 4M75 B; 5D6X A; 3A8O B; 2RJC A; 2K5I A; 4J9B A; 1LPL A; 2LCS A; 2QG9 B; 5GMK e; 1U3O A; 2PNI A; 3G6E A; 1SEM A; 1G5V A; 2ABL A; 1JXO A; 4BY6 B; 5GMK m; 1BI1 A; 4GY5 A; 4X1V A; 1PCX A; 2QXF A; 8AT1 B; 2L3P A; 2CUB A; 1KC8 C; 4O6J A; 2KR3 A; 1WHK A; 3BY7 A; 2QAZ A; 3DLL A; 4XTX A; 4JS5 A; 4ZN3 A; 3NTK A; 2O9S A; 2YUO A; 3M4G A; 2DIL A; 4E47 A; 4C5G A; 3U23 A; 1VQ6 T; 4Z89 A; 1GBR A; 3PIP A; 3TQ7 P; 1NYG A; 4K11 A; 1U8R A; 2GTO A; 3P8B B; 2IPO B; 4OMN A; 1G83 A; 4OF1 A; 3M58 A; 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