The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
70
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structure length |
70
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Chain Sequence |
GSSGSSGTPYRAMYQYRPQNEDELELREGDRVDVMQQCDDGWFVGVSRRTQKFGTFPGNYVAPVSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution Structure of the SH3 domain of the Vinexin protein
rcsb |
| molecule keywords |
Vinexin
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| total genus |
8
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RPN A; 1YWP A; 2D0N A; 4R0K A; 3VS6 A; 2JMA A; 1Y57 A; 3REA B; 1WI7 A; 2DLP A; 1K76 A; 2OI3 A; 1I1J A; 4Z89 A; 1YP5 A; 5ECA A; 2HEQ A; 2LNH B; 3CQT A; 3NMZ C; 1RI9 A; 2IIM A; 1NLO C; 2SEM A; 1VA7 A; 2CUD A; 1X43 A; 2DF6 A; 1WYX A; 1K4U S; 2D8J A; 1MUZ A; 1RLQ C; 1UJY A; 3VRZ A; 3A98 A; 1KFZ A; 1PRL C; 2O31 A; 2RQU A; 2ESW A; 2O88 A; 1ZLM A; 2ED1 A; 2ROT A; 3NGP A; 3C0C A; 2EKH A; 1AOJ A; 4RTW A; 1X6B A; 1OOT A; 2L2P A; 1PKS A; 2KRN A; 1SHF A; 1GCP A; 2DX1 A; 4IIO A; 1ZX6 A; 4LE9 A; 2K2M A; 2YSQ A; 2YDL A; 2F2X A; 3TVT A; 1M8M A; 2RQT A; 1YWO A; 2JXB A; 1QLY A; 1RLP C; 2YUN A; 1YCS B; 2FRY A; 1X6G A; 1QKX A; 1GL5 A; 1GCQ C; 1AD5 A; 3VS4 A; 1VYV A; 1OEB A; 1WIE A; 2KE9 A; 2KRO A; 1MV0 B; 2DBK A; 5GJW B; 2VVK A; 5FWB A; 1AWO A; 2GGR A; 1AWJ A; 3RNJ A; 1SRL A; 3H41 A; 2RQV A; 4J9H A; 2D8H A; 3GBQ A; 1YN8 A; 1GFC A; 4OMN A; 4JZ4 A; 2DM1 A; 3THK A; 1U06 A; 3M0T A; 1M30 A; 4F16 A; 3VRY A; 2C0O A; 3VS2 A; 1AZG B; 4JJB A; 2DVJ A; 2ED0 A; 4ORZ A; 4IIM A; 5I11 A; 2JM8 A; 2KYB A; 1NEG A; 3VS0 A; 4RTV A; 2EYW A; 1HJD A; 4RTZ A; 2JMC A; 1YNZ A; 1AZE A; 2HCK A; 4JPB W; 2PNI A; 2JW4 A; 2DIL A; 1I0C A; 1UG1 A; 1KJW A; 3ULR B; 2BZX A; 1GCQ A; 1PWT A; 3I9Q A; 1FMK A; 2DNU A; 1SHG A; 4LUD A; 2FO0 A; 4J9I A; 4Z8A A; 2FEI A; 1UDL A; 1X69 A; 3JV3 A; 1PRM C; 3NPF A; 4GBQ A; 5IHK A; 2XMF A; 3M0R A; 1AEY A; 4EIK A; 1E7O A; 2DRK A; 2C0I A; 1TUC A; 2GQI A; 2JS0 A; 3FJ5 A; 2DA9 A; 1JO8 A; 1OV3 A; 2GNC A; 2PTK A; 1BB9 A; 2CRE A; 4KRT A; 1I07 A; 1K9A A; 3ZL7 C; 4HVW A; 3RBB B; 4CC4 B; 5IHN A; 2CSI A; 2CSQ A; 2RF0 A; 3EGU A; 3PVQ A; 2GBQ A; 2FPE A; 1WXT A; 2KNB B; 4ESR A; 2O9V A; 2RMO A; 1CKB A; 2KGT A; 1EFN A; 2DYB A; 2EVR A; 2LX7 A; 4LUE A; 4OML A; 4AFQ C; 4OMQ A; 2YT6 A; 4X1V A; 1U3O A; 1GBR A; 1PKT A; 4J9F A; 4M4Z A; 1AWX A; 2BTT A; 2EGA A; 2DL8 A; 1J3T A; 4AFU C; 2VKN A; 2A28 A; 3REB B; 3EG2 A; 1KSW A; 1HSQ A; 2AZV A; 2LZ6 B; 4JZ3 A; 1T3S A; 2LJ1 A; 1JEG A; 1CSK A; 2JT4 A; 4Z88 A; 2KXD A; 4FSS A; 1JU5 C; 1A0N B; 1LCK A; 1H3H A; 2YUQ A; 1NM7 A; 2DL7 A; 2EW3 A; 1T0H A; 2LQW A; 5IXB A; 2H8H A; 2I0N A; 1K1Z A; 2MCN A; 5EC7 A; 1UEC A; 3IQL A; 1V1C A; 2O2O A; 2EPD A; 4AG1 C; 3VS1 A; 2RNA A; 2KYM A; 2BZY A; 2V1R A; 2CUB A; 2D1X A; 2JM9 A; 2RQW A; 4D8K A; 4F17 A; 2CT3 A; 3TSZ A; 2J05 A; 1UGV A; 4CC3 A; 1QKW A; 1TG0 A; 3EG3 A; 4J9D A; 1PHT A; 1VYU A; 2ENM A; 5HCK A; 1Y0M A; 3EHR A; 1X2Q A; 1IO6 A; 2EQI A; 4GLM A; 2AZS A; 4AFS C; 2CDT A; 1E6G A; 1MV3 A; 1QWE A; 1UUE A; 2NUZ A; 1WXB A; 2C0T A; 2PZ1 A; 1ABQ A; 2KXC A; 2B86 A; 2KEA A; 2KBT A; 4RTT A; 1B07 A; 4OMP A; 4DEX A; 4OMM A; 4JJD A; 4AG2 C; 1NYG A; 3UAT A; 4F14 A; 4J9B A; 2J6F A; 2RN8 A; 3M0U A; 2FPD A; 2FPF A; 2A08 A; 2K3B A; 2BZ8 A; 5FWC A; 1HD3 A; 2DBM A; 2V1Q A; 1JQQ A; 1WLP B; 1WXU A; 2KRM A; 3UF4 A; 2CH4 A; 1AWW A; 1WDX A; 2X3X D; 3M0Q A; 2A36 A; 2LJ3 A; 2FG0 A; 2EBP A; 2KR3 A; 2OJ2 A; 3I5S A; 2K9G A; 2DMO A; 4LN2 A; 2LMJ A; 1SPK A; 4D8D A; 2VWF A; 4A63 B; 3I35 A; 2CT4 A; 2K79 A; 2KT8 A; 1W1F A; 2L3S A; 4ZNX A; 1AVZ C; 2O9S A; 1X27 A; 2AK5 A; 4J9C A; 3H0H A; 4RTU A; 1JXM A; 1NG2 A; 2EGC A; 2K6D A; 3H0I A; 2RQR A; 2YUO A; 4JJC A; 2LP5 A; 2NWM A; 3O5Z A; 2E5K A; 2F2V A; 1BBZ A; 3U23 A; 2ROL A; 3KFV A; 4LNP A; 2L3Q A; 2OAW A; 1BU1 A; 5FW9 A; 1GFD A; 4QT7 A; 2HBW A; 1W6X A; 1UTI A; 2DE0 X; 5L23 A; 2AKL A; 1S1N A; 3H0F A; 2MIO A; 1H8K A; 1NEB A; 2DJQ A; 5IHI A; 1ARK A; 1CKA A; 1GBQ A; 1UJ0 A; 2FRW A; 4HVV A; 1QWF A; 1G83 A; 1M3A A; 1Z9Z A; 1U5S A; 3I5R A; 4RUG A; 2DL3 A; 1JXO A; 5IH2 A; 3TSW A; 1ABO A; 2JTE A; 2KRS A; 2QDL A; 3M0S A; 1ZBJ A; 2L0A A; 3NHN A; 1FYN A; 2HSP A; 4HXJ A; 1ZSG A; 4RTX A; 3PVL A; 2LQN A; 1UHF A; 1M3B A; 1SRM A; 1M27 C; 2P4R A; 2CH4 W; 5GJV B; 4WCI A; 1XOV A; 2JS2 A; 2DRM A; 4E6R A; 1Z9Q A; 1BK2 A; 3SHW A; 1RUW A; 5I22 A; 3VS7 A; 1OPL A; 2HDA A; 4OMO A; 2ECZ A; 4DEY A; 4J9G A; 4RTY A; 2F2W A; 2KT1 A; 1T3L A; 1B3Q A; 3EG0 A; 3EHQ A; 3UA7 A; 1M3C A; 1X2K A; 2LCS A; 1T0J A; 2GTO A; 1WX6 A; 3QWY A; 4Y92 A; 2G6F X; 1E6H A; 1SEM A; 2K7A A; 4CC2 A; 2YUP A; 1ZUY A; 2X3W D; 1KIK A; 2EGE A; 3LH5 A; 1OPK A; 2AKK A; 1VYT A; 2J6K A; 2EYY A; 4J9E A; 4CC7 A; 2DL4 A; 4HVU A; 2L3P A; 1GRI A; 4HCK A; 2LJ0 A; 1ZUK A; 1K0X A; 2W10 A; 1NLP C; 1SSH A; 1WFW A; 2J7I A; 1H92 A; 2ABL A; 3QWX X; 4AFZ C; 3VS5 A; 1K0S A; 1UHC A; 1G2B A; 1UE9 A; 5IXF A; 3M0P A; 1PNJ A; 1WA7 A; 3PE0 A; 1ZUU A; 1QCF A; 4K11 A; 2SRC A; 2GTJ A; 2EYX A; 2M51 A; 2M0Y A; 3EG1 A; 2A37 A; 2MOX A; 1NYF A; 1W70 A; 1UFF A; 3VS3 A; 3R6N A; 1TUD A; 1N5Z A; 2DL5 A; 2J6O A; 2EYZ A; 2W0Z A; 2J06 A; 3UA6 A; 3SEM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RPN A; 1YWP A; 2DD4 A; 3SB2 A; 2JMA A; 3OW2 S; 2EAY A; 4IUU A; 1BCO A; 1LPL A; 1PM3 A; 1WHJ A; 1V29 B; 3BDU A; 4JRI A; 3G6E T; 2XDD A; 3SFM A; 1Q82 R; 2IIM A; 1NLO C; 3CCE T; 3QDF A; 2CUD A; 1X43 A; 2DF6 A; 1MUZ A; 2D0Q B; 3M53 A; 4L5G A; 2DXB A; 3X20 B; 2O31 A; 2ESW A; 1OU9 A; 1WPY A; 3T9N A; 3R6O A; 5EG2 A; 2EKH A; 4RTW A; 1QCN A; 2K5I A; 3HTR A; 4BY6 C; 3CMA T; 3E9G A; 2MWO A; 4V2S A; 4BE1 A; 1YI2 T; 4EMK B; 1R8O B; 1WJR A; 4FYW B; 2KMT A; 4QQ6 A; 4M75 C; 2YSQ A; 2NLU A; 3CME Q; 1M8M A; 3I55 T; 1YWO A; 4EPC A; 1VQL Q; 1RLP C; 2IVW A; 1X6G A; 1QKX A; 1FMV A; 1AD5 A; 4C92 B; 3ZBD A; 2DXU A; 2X4W A; 2KRO A; 3CCU A; 4OF1 A; 2DBK A; 5GJW B; 3C95 A; 3VU3 C; 3CC4 A; 2GGR A; 5KH6 A; 2OTL T; 1YJ9 T; 3RNJ A; 3H41 A; 2RQV A; 4J9H A; 4J6Y A; 2D8H A; 2H3J A; 3GBQ A; 1YN8 A; 2RHU A; 3CEY A; 2A7Y A; 3X24 B; 3M0T A; 3CC2 Q; 3I56 T; 5GAN 4; 2EJF A; 1AZG B; 3H6Z A; 2CP5 A; 1F1B B; 4KGV B; 4E7I A; 2HKQ B; 3OW2 A; 2EYW A; 5DLO A; 4RTZ A; 2JMC A; 1YNZ A; 1AZE A; 1OX8 A; 3OYA A; 4E7Z A; 3MEW A; 2VXE A; 4DBF A; 1I0C A; 4RG8 A; 1GCQ A; 1PWT A; 5CKE A; 3RER A; 2DNU A; 4PJO D; 2EWN A; 3OYG A; 1XNI A; 4C0D B; 2FO0 A; 4XTW A; 4C92 G; 2DER A; 4KGX B; 3NPF A; 1HXD A; 1WHK A; 2X4X A; 4EIK A; 2KI7 A; 4FT4 A; 5A0L A; 2HQX A; 5GAN 3; 1E7O A; 3PNW C; 3MEA A; 1N8R R; 2GQI A; 3JB9 I; 2JS0 A; 1I07 A; 1K9A A; 1VQN A; 2CYZ B; 2M0O A; 1NPP A; 3E9F A; 5IHN A; 1UB4 A; 3SWN B; 2CSQ A; 1M5Q 1; 1VQ4 Q; 2E65 A; 5GAN d; 4HCZ A; 2Y4X A; 4XQ3 A; 2RMO A; 1CKB A; 4C8Q A; 3JCM V; 3CCR T; 2KDS A; 4JS5 A; 4BE0 A; 4C92 F; 2WSE E; 2E6N A; 1V76 A; 3OYB A; 1KQS P; 4E2F B; 3CC4 Q; 3EG2 A; 4ZN1 A; 1KSW A; 2E6Z A; 2LJ1 A; 5KYN A; 3G4S T; 1CSK A; 3VUB A; 1YJW T; 4Z88 A; 4JLI A; 2QEX T; 3OY9 A; 1VQM A; 1N9S A; 4F7U G; 4PFZ A; 1RAG B; 2QGF B; 4ZTF A; 2LQW A; 5IXB A; 5J3B A; 3M5A A; 3JRZ A; 1D3B A; 3HFO A; 4VUB A; 4ZTJ A; 1ZQ1 A; 1KHI A; 4ZGD B; 2XI9 A; 2F69 A; 2RNA A; 3QJ6 A; 3CCJ T; 3OSS C; 3KXT A; 1KC8 C; 4M7A G; 2V1R A; 2O4X A; 2YLC A; 2JM9 A; 2J05 A; 2X4J A; 1NJI U; 4EMK C; 1QKW A; 4M75 A; 4J9D A; 1R0C B; 3CC7 A; 1IO6 A; 2EQI A; 2E41 A; 2ZPF B; 3V8J A; 2Y90 A; 1QWE A; 1UUE A; 3SDZ A; 2PZ1 A; 1ABQ A; 5CK9 A; 4M7D G; 2B86 A; 1Q82 C; 4DEX A; 4OMM A; 4F7U F; 2GQV A; 1O9S A; 3G7Z A; 4C92 C; 3N5B B; 4M77 G; 3M0U A; 1VQ6 T; 2K3B A; 3FDR A; 4LD6 A; 4CI0 C; 4A4G A; 3CCU T; 2CH4 A; 3HRS A; 2X3X D; 1JB0 E; 2EBP A; 4M7A F; 3TQ7 P; 3GPL A; 4X9D A; 3I5S A; 3M58 A; 4C8Q E; 1SPK A; 3CCQ A; 4A63 B; 3I35 A; 3EFS A; 2DTO A; 5CCA A; 2DET A; 4ELZ C; 2PUK B; 4X9C A; 1MMG A; 1H3Z A; 2O9S A; 1X27 A; 4RTU A; 3G71 A; 3FJP A; 6AT1 B; 2RQR A; 3BE3 A; 1QVG P; 1K73 U; 1QQJ A; 1K8A U; 2F2V A; 5LL6 S; 4GLK A; 1WHL A; 5CKH A; 1BBZ A; 4DQ2 A; 4M7D F; 3KFV A; 2M16 A; 4LD9 K; 3CCL Q; 4C0D C; 4M77 F; 1D1A A; 3ER0 A; 4FW1 A; 4PJJ A; 2QQ9 A; 2GCX A; 3HKS A; 2DJQ A; 2RA2 A; 2E1H A; 1I8F A; 1UJ0 A; 2FRW A; 1H64 1; 3M59 A; 1G83 A; 1M3A A; 1Z9Z A; 3I5R A; 1BIB A; 2RH2 A; 2OTJ A; 1RL2 A; 5GMK i; 5IH2 A; 5GMK j; 3M0S A; 1ZBJ A; 1AT1 B; 3NHN A; 2XG8 D; 3CCV Q; 4MZM A; 3SWN C; 2JNG A; 2RM4 A; 2RO0 A; 5L8R E; 3CBM A; 9ATC B; 1B34 A; 2CH4 W; 4WCI A; 1YJN A; 1Q81 U; 3EH1 A; 3GOX A; 1Z9Q A; 1BI0 A; 1VQP Q; 4BB7 A; 4RG2 A; 1YIJ Q; 4OMO A; 5KYU A; 2DPP B; 1T3L A; 1B3Q A; 3EG0 A; 3UA7 A; 1X2K A; 8AT1 B; 1LOJ A; 2GTO A; 4Y92 A; 4LDV A; 1E6H A; 1SEM A; 3OS0 A; 1Y07 A; 3BDL A; 4IUT A; 4M78 G; 1ZUY A; 2RB6 A; 4A4K A; 2XHC A; 2X3W D; 1Q86 C; 2DEU A; 4XU2 A; 1VQM T; 1VYT A; 1VQO Q; 2J6K A; 2A0F B; 2EYY A; 3L2R A; 5J39 A; 3AT1 B; 2QXF A; 3A8O B; 1GRI A; 4R56 A; 1MMD A; 3CCE A; 1ZUK A; 5D6W A; 2JZ2 A; 4JRQ A; 1WFW A; 1QW1 A; 2ABL A; 1PC0 A; 3VS5 A; 2RK2 A; 4FM4 B; 1QMC A; 2L8D A; 1WA7 A; 4IUR A; 3EFR A; 1Q95 G; 1JJ2 P; 1FXX A; 1QCF A; 4EMK A; 4K11 A; 3L2W A; 2HQH A; 2VV5 A; 4LXC A; 1P92 A; 2M51 A; 4RCC A; 2FZG B; 3CMA A; 1TOV A; 2OX7 A; 1TUD A; 3PMI A; 3CC7 T; 5GAN 7; 2J6O A; 3OS1 A; 1SF9 A; 2XKO C; 2ZZD A; 3OMG A; 4M78 F; 1SKU B; 4N4H A; 4C92 A; 4OGE A; 2D0N A; 3E2U A; 4R0K A; 3VS6 A; 2QA4 Q; 3REA B; 1WI7 A; 4BDZ A; 2COW A; 2K5L A; 2OI3 A; 2PUO B; 1YP5 A; 2R58 A; 3WVE B; 5FU7 B; 2HEQ A; 3X26 B; 3EFO B; 1RI9 A; 1KK7 A; 1BI1 A; 1TTH B; 1VA7 A; 1WYX A; 4J7F A; 2D8J A; 2FB7 A; 3RMQ A; 3VRZ A; 3OYE A; 4PJN A; 1PRL C; 3CCS A; 1ZLM A; 2ROT A; 2RJD A; 3I56 A; 1AOJ A; 3UPU A; 1X6B A; 3HSB A; 1TS9 A; 2RI2 A; 2RHZ A; 4IUP A; 2GFU A; 3GIB A; 1HK9 A; 1I81 A; 1ZX6 A; 3L1A A; 3G71 T; 1WHG A; 4LE9 A; 2MMP A; 3TU4 K; 3LX7 A; 5HK0 A; 3PTA A; 4B9W A; 1VQ8 Q; 3PIP A; 2LNV A; 1GL5 A; 1QVG A; 2EKO A; 3LGL A; 1GCQ C; 2CZ6 B; 5D6Y A; 3VS4 A; 5GMK h; 3G6E Q; 1W2B P; 1VYV A; 1M4Z A; 1QCO A; 1WIE A; 4PJL A; 3M4Y A; 5A0D A; 1MV0 B; 3QZ9 B; 2YRC A; 2FL7 A; 1LJO A; 2PVO B; 2G3R A; 1AWJ A; 5LJ3 g; 1GFC A; 4JZ4 A; 2DM1 A; 1JJ2 S; 1RAE B; 1KQ1 A; 1M30 A; 3VRY A; 3SWN A; 3TRE A; 4PJO G; 1FMW A; 2DVJ A; 3JCM P; 4ORZ A; 1YI2 Q; 1DJ7 B; 2DK3 A; 2QDY B; 1UEB A; 3QO3 A; 3FLG A; 3RIR A; 4J5Y A; 1N9R A; 2HCK A; 2VXF A; 2JW4 A; 4E7K A; 3ME9 A; 3I55 Q; 1OZ3 A; 3I9Q A; 4ZGJ B; 3CCR A; 1NJI R; 3OQ5 A; 5GMK e; 1SHG A; 2CGH A; 4NL2 A; 2R5M A; 2DZ9 A; 1BI3 A; 4A4E A; 3JV3 A; 5IHK A; 1VIE A; 3M0R A; 1AEY A; 3CCM T; 2XD0 A; 3GNF B; 2OTL Q; 1YJ9 Q; 4GY5 A; 3G4S A; 2BE7 D; 1YJW A; 3JB9 J; 2DA9 A; 3VYG A; 4LDY A; 1NPR A; 1JO8 A; 2QEX A; 4FU6 A; 3I56 Q; 2PTK A; 1Y71 A; 3S3M A; 4PJO F; 4IUV A; 1VQ9 Q; 1QVP A; 4CC4 B; 3NTH A; 1WHH A; 2CSI A; 3QKJ A; 3FRN A; 4ZGE B; 2HQE A; 2KSS A; 3DB3 A; 3CCJ A; 4BAC A; 2O9V A; 2EIF A; 4MDW A; 1C6V X; 5KE2 A; 4C8Q D; 3M54 A; 7AT1 B; 4AFQ C; 5GAO l; 1U3O A; 1M1K R; 4LDU A; 1GBR A; 2CP7 A; 2HKN A; 4L59 A; 4XAX B; 3RDV A; 4DOV A; 1W2B S; 1AWX A; 2BTT A; 2EGA A; 1JJ2 A; 1K73 R; 3C4S A; 1K8A R; 2ZGW A; 4O5V A; 1HSQ A; 2LZ6 B; 2D9T A; 4E7J A; 1JRI A; 2M02 A; 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