The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
b'GSSGSSGTPYRAMYQYRPQNEDELELREGDRVDVMQQCDDGWFVGVSRRTQKFGTFPGNYVAPVSGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Vinexin
|
| publication title |
Solution Structure of the SH3 domain of the Vinexin protein
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
8
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ORZ A; 5IHI A; 1QKX A; 2LQW A; 1K1Z A; 1GRI A; 1PRM C; 1Y0M A; 2HCK A; 3VS6 A; 3M0R A; 1QKW A; 1NLO C; 1UFF A; 1QLY A; 2OI3 A; 2ECZ A; 1KFZ A; 1KIK A; 2CUD A; 4A63 B; 1JO8 A; 2LJ3 A; 4J9E A; 4RTY A; 1UG1 A; 2G6F X; 1YWP A; 1WDX A; 2BZX A; 2NWM A; 1RLQ C; 2CT3 A; 5IHN A; 1WXT A; 2A28 A; 2A36 A; 4Z8A A; 2JMC A; 1RI9 A; 1GFD A; 1RLP C; 2BTT A; 4QT7 A; 2BZ8 A; 4ZNX A; 1CKA A; 1H92 A; 4CC2 A; 1HD3 A; 1K4U S; 2NUZ A; 2L0A A; 2W10 A; 2ROT A; 2D1X A; 2CDT A; 2HSP A; 3FJ5 A; 4K11 A; 4F16 A; 1U3O A; 1WFW A; 2AK5 A; 2DLP A; 2DM1 A; 2YUN A; 2KNB B; 3VS0 A; 2CH4 A; 1MV3 A; 1QWE A; 1T0H A; 3NHN A; 1ZLM A; 5FWB A; 3VRZ A; 1VYV A; 4AFZ C; 1PKT A; 2QDL A; 3M0T A; 2OJ2 A; 4M4Z A; 4GLM A; 2LMJ A; 2GTO A; 2DNU A; 1X6B A; 1PNJ A; 4FSS A; 2KBT A; 2C0T A; 2A08 A; 2DRK A; 2D8H A; 1NLP C; 3I5S A; 2YT6 A; 2VVK A; 1T3S A; 2EKH A; 1M3C A; 4OMQ A; 4LE9 A; 2LP5 A; 1VYT A; 4Z88 A; 2YUP A; 2FPF A; 3H0F A; 3LH5 A; 2PZ1 A; 1NM7 A; 2AKK A; 2E5K A; 2L2P A; 2EBP A; 1WX6 A; 3TSZ A; 2YUQ A; 2DL7 A; 1NYF A; 1UDL A; 1M30 A; 1MV0 B; 1GCP A; 2DRM A; 2DL3 A; 2LCS A; 1GFC A; 3M0Q A; 2K7A A; 1Z9Z A; 1I1J A; 2LJ0 A; 2F2X A; 1ARK A; 2RQT A; 3R6N A; 2V1R A; 2EGE A; 1ZUU A; 1QWF A; 2KRM A; 3EHR A; 1ZBJ A; 1X69 A; 3UF4 A; 4F14 A; 2EPD A; 2M0Y A; 4J9I A; 1GBR A; 4CC3 A; 3CQT A; 2KGT A; 4D8D A; 2YSQ A; 2I0N A; 1CKB A; 1K0X A; 1UUE A; 5L23 A; 1UHC A; 4R0K A; 2SEM A; 3PVQ A; 2K6D A; 2GBQ A; 2J05 A; 2KE9 A; 4J9G A; 2J6O A; 1SSH A; 2H8H A; 5IXB A; 1AZG B; 2SRC A; 1W70 A; 1G83 A; 2DL5 A; 4J9C A; 2KXD A; 2DL8 A; 1YP5 A; 3EHQ A; 2DBM A; 3TSW A; 5I11 A; 1SHF A; 2GQI A; 2X3X D; 4WCI A; 2K3B A; 2K9G A; 4RTW A; 1WIE A; 2LNH B; 1ZUK A; 1OPK A; 4CC7 A; 3JV3 A; 1T0J A; 1OOT A; 1E7O A; 2FRW A; 3M0U A; 1BB9 A; 1E6G A; 2JM9 A; 4RTT A; 2ROL A; 2DVJ A; 3O5Z A; 3H0I A; 1X2K A; 2C0I A; 2LJ1 A; 1UE9 A; 4IIO A; 2LX7 A; 4ESR A; 3A98 A; 2VKN A; 2KRN A; 1I07 A; 2JMA A; 2RF0 A; 2J06 A; 1YN8 A; 4DEX A; 1NG2 A; 1QCF A; 4JJC A; 3THK A; 3UA6 A; 2CT4 A; 2JTE A; 2JM8 A; 2ED1 A; 3EG3 A; 1U06 A; 3I9Q A; 1RUW A; 2PTK A; 1BK2 A; 1BU1 A; 2ABL A; 1OEB A; 1NEG A; 3RBB B; 1E6H A; 1NEB A; 1ZX6 A; 1GCQ C; 1AWX A; 4DEY A; 2KT1 A; 2J6F A; 1ABQ A; 1TUD A; 1K9A A; 2O2O A; 1OV3 A; 1EFN A; 2CUB A; 2KEA A; 3VS5 A; 1SRM A; 4RUG A; 4AG1 C; 4JJD A; 4GBQ A; 1X2Q A; 1LCK A; 3VS4 A; 3PVL A; 1AWO A; 3REA B; 2J7I A; 1YCS B; 2D0N A; 4OMM A; 4LNP A; 1S1N A; 1GL5 A; 1JXO A; 2FG0 A; 3U23 A; 1AZE A; 1BBZ A; 2X3W D; 4OML A; 2EVR A; 2LZ6 B; 4HVW A; 1CSK A; 1Z9Q A; 1VA7 A; 1WXB A; 4J9B A; 1YWO A; 2GNC A; 2L3Q A; 4RTU A; 2FPD A; 2P4R A; 2GTJ A; 3VS2 A; 2O9V A; 1SHG A; 2CSI A; 4HXJ A; 1FYN A; 2OAW A; 3VS1 A; 1KSW A; 4D8K A; 2KRO A; 4X1V A; 1JEG A; 5IH2 A; 1J3T A; 2AZS A; 1X27 A; 2CH4 W; 4AFS C; 3SEM A; 2JXB A; 2MCN A; 2M51 A; 1SPK A; 1K0S A; 4IIM A; 1H3H A; 2KRS A; 1XOV A; 2K79 A; 1GBQ A; 1GCQ A; 1I0C A; 1AVZ C; 2FO0 A; 2EGA A; 1M3B A; 2RPN A; 3EG2 A; 2F2W A; 3C0C A; 3SHW A; 4J9F A; 1IO6 A; 1AOJ A; 3ZL7 C; 3IQL A; 2RN8 A; 2KYM A; 4Y92 A; 1M27 C; 2F2V A; 1HSQ A; 1M8M A; 2YDL A; 1FMK A; 2AKL A; 5GJW B; 2VWF A; 2O31 A; 3EG0 A; 3ULR B; 2O88 A; 1K76 A; 1B07 A; 1ABO A; 5I22 A; 1N5Z A; 1SEM A; 2DF6 A; 5IXF A; 4J9D A; 1JXM A; 2EQI A; 3I5R A; 2DYB A; 3H41 A; 2DA9 A; 4E6R A; 4EIK A; 1UHF A; 1UGV A; 1TUC A; 1JU5 C; 1V1C A; 1G2B A; 2YUO A; 3M0P A; 3M0S A; 3VRY A; 2DL4 A; 4RTV A; 2KT8 A; 1AD5 A; 4JPB W; 5FW9 A; 1X43 A; 2EYY A; 2ENM A; 2AZV A; 3EGU A; 3TVT A; 1PHT A; 1WA7 A; 2RQR A; 2DJQ A; 2HBW A; 2D8J A; 4OMN A; 3VS3 A; 1WXU A; 3REB B; 4F17 A; 3UA7 A; 1B3Q A; 4HVV A; 1PKS A; 2FPE A; 1UTI A; 5FWC A; 2RNA A; 3UAT A; 2DE0 X; 1HJD A; 2MIO A; 1T3L A; 1X6G A; 1OPL A; 2KXC A; 5HCK A; 2CSQ A; 2RQW A; 1NYG A; 4JJB A; 4Z89 A; 2HEQ A; 4HCK A; 3EG1 A; 4OMO A; 2J6K A; 2C0O A; 3PE0 A; 2RQU A; 3KFV A; 1YNZ A; 2EW3 A; 2L3S A; 1Y57 A; 4RTZ A; 1WYX A; 1SRL A; 2JW4 A; 1M3A A; 3NGP A; 4HVU A; 1UEC A; 5IHK A; 2EYZ A; 2B86 A; 2BZY A; 2RQV A; 2O9S A; 1AWJ A; 2RMO A; 1AWW A; 2XMF A; 2FEI A; 3NMZ C; 3QWY A; 3VS7 A; 4AFQ C; 2JT4 A; 2PNI A; 1VYU A; 2L3P A; 4AFU C; 4LN2 A; 1ZUY A; 2EGC A; 2EYX A; 2ESW A; 2DMO A; 1AEY A; 4LUE A; 2K2M A; 2ED0 A; 1JQQ A; 1H8K A; 2KR3 A; 2KYB A; 2EYW A; 3RNJ A; 2DIL A; 4OMP A; 2A37 A; 4LUD A; 5EC7 A; 2DBK A; 1W1F A; 2DX1 A; 2JS0 A; 4JZ3 A; 4KRT A; 1PWT A; 1W6X A; 5GJV B; 3NPF A; 3GBQ A; 4J9H A; 1TG0 A; 4AG2 C; 1UJY A; 2W0Z A; 4CC4 B; 1UJ0 A; 3I35 A; 3H0H A; 4RTX A; 1A0N B; 2LQN A; 5ECA A; 1PRL C; 4JZ4 A; 1MUZ A; 2FRY A; 2JS2 A; 1U5S A; 1WLP B; 1WI7 A; 2IIM A; 2V1Q A; 1KJW A; 2GGR A; 2MOX A; 2CRE A; 3QWX X; 1ZSG A; 2HDA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WVD B; 4EMK C; 2PUO B; 1QKX A; 2LQW A; 4PFP A; 1YIJ Q; 2QYZ A; 3M0R A; 5A0L A; 3MET A; 2NYS A; 1D0Y A; 5A0G A; 1NLO C; 2CUD A; 5KYU A; 4A63 B; 1YIT T; 1UG1 A; 5KYY B; 3PGG A; 3PMI A; 2EQU A; 3I55 T; 3DB4 A; 1K8A R; 2RB6 A; 1BI3 A; 2VXF A; 4ZGJ B; 4C0Z A; 4M77 F; 4QT7 A; 2LRQ A; 4ZNX A; 4LDX A; 4MML A; 2Y90 A; 2CZ7 B; 1Q86 C; 4JLG A; 3SWN C; 2NUZ A; 2L0A A; 1WHJ A; 1VQL Q; 4J8O A; 2CDT A; 4FW1 A; 3CCM Q; 3FJ5 A; 4X9C A; 5GAO n; 3L2R A; 3CCU T; 3PIP A; 1G3Y A; 2DLP A; 3CC2 Q; 2YUN A; 1QVF A; 2HKN A; 1MV3 A; 4EMK A; 3TU4 K; 4XU0 A; 4E7Z A; 3OYJ A; 3NHN A; 3VRZ A; 2OX7 A; 2LDM A; 4AFZ C; 1PKT A; 3SFM A; 3M0T A; 1KHI A; 3V7S A; 2LMJ A; 1WHK A; 4M75 D; 1YJ9 A; 4O5V A; 2K5L A; 3LX7 A; 2NUT A; 2AIR B; 1K9M R; 3OBY A; 4F7U G; 1Y96 A; 4FSS A; 3M56 A; 2C0T A; 2GF7 A; 2A08 A; 1QMC A; 1Q82 C; 3OYC A; 2PUK B; 2FVU A; 1KQS P; 2YT6 A; 3ER0 A; 3DB3 A; 4ELZ C; 3C95 A; 1M3C A; 5CKE A; 2FPF A; 3WVE B; 2PZ1 A; 1NM7 A; 2E3I A; 5GAN 4; 3BDU A; 4M7D E; 3M9Q A; 2EBP A; 2DTI A; 3TSZ A; 2X4X A; 3SWN A; 2YUQ A; 4IUT A; 2ZGW A; 1M30 A; 1EX4 A; 1MV0 B; 4O6J A; 1GFC A; 3V8K A; 2LJ0 A; 3R6N A; 2V8J A; 1MHN A; 4PJO F; 1VQP A; 4F14 A; 2MMP A; 4J9I A; 1RAI B; 2QGG A; 2RD1 A; 4C92 E; 1GBR A; 5I2M A; 4D8D A; 4M78 E; 2I0N A; 2XDB A; 1QVP A; 4BI4 A; 2PU9 B; 3OQ5 A; 5J26 A; 2QAZ A; 3RMS A; 4NL2 A; 4E7K A; 3MEA A; 3JCM J; 4J9G A; 1RAF B; 2H8H A; 2HL3 A; 2E1H A; 2SRC A; 1JBM A; 1G83 A; 4QKU A; 3CCQ A; 3NTI A; 2KXD A; 3DLL A; 3TSW A; 2X3X D; 3G71 A; 3CCV Q; 1OU8 A; 1WIE A; 1JB0 E; 4X9D A; 3OSS C; 5GMK m; 2DKG A; 1OPK A; 4PJL A; 4CC7 A; 3JV3 A; 1T0J A; 1E7O A; 2RK2 A; 1BB9 A; 4RTT A; 1WJS A; 2ZPH B; 3HPW A; 1PCX A; 1B34 B; 1ZSZ C; 1WHL A; 1UE9 A; 3EFO B; 3QYG B; 2X35 A; 1I5L A; 1Y07 A; 2RF0 A; 3UDC A; 1S72 A; 5LJ5 f; 4MDW A; 4JJC A; 3THK A; 3PMT A; 2CT4 A; 1YJN Q; 1U06 A; 2OTJ A; 3I9Q A; 2PTK A; 1BU1 A; 3HRS A; 3V7C A; 1G8X A; 4M7A E; 3LWI A; 1AWX A; 5GMK h; 1TUD A; 2O2O A; 2ZPG B; 1LPL A; 4C8Q F; 2GFU A; 4RUG A; 4FIB A; 4KH1 B; 3OYH A; 3PVL A; 4BE0 A; 1YCS B; 2D0N A; 1ZA1 B; 4LNP A; 3E2U A; 5LJ5 h; 1M1K C; 3OS0 A; 4PLI A; 2Y4X A; 3CD6 T; 1GL5 A; 1TWB A; 1JXO A; 1RAE B; 3G6E T; 1JJ2 S; 1BBZ A; 4LDY A; 3OW2 S; 3M55 A; 4OML A; 3CCJ A; 2EVR A; 5A2Q E; 3J81 E; 1CSK A; 3GNF B; 1WXB A; 4BAC A; 1ZSZ A; 4OB1 B; 3JB9 D; 2JNG A; 2OTL Q; 5IAY A; 2ATC B; 1I8F A; 5KCH A; 2XHC A; 2OAW A; 1KSW A; 4D8K A; 4X1V A; 1JEG A; 4C0G A; 1PC0 A; 3TEE A; 2MCN A; 1K0S A; 1TU0 B; 2PQW A; 2X4Y A; 2KRS A; 2DZC A; 2HL5 C; 1VQO A; 1KC8 U; 2DIG A; 4OVA A; 2E65 A; 1I4K 1; 2QA4 Q; 1AVZ C; 2FO0 A; 1XJW B; 2EGA A; 3EG2 A; 2F5K A; 4J9F A; 2RN8 A; 1XQH A; 1M27 C; 5LJ5 e; 2YDL A; 2KAF A; 5GJW B; 5CAI A; 2O31 A; 3CMA T; 3CCR T; 4HKE A; 4C5I A; 1ABO A; 4M77 E; 1SEM A; 2LCC A; 2Z0W A; 1Y7X A; 1OYX A; 1PSF A; 4EIK A; 1UGV A; 2RO0 A; 4EMG A; 2CP7 A; 4M75 F; 2CGH A; 2LNV A; 1JU5 C; 3VUB A; 1XNI A; 4HT9 A; 1G2B A; 3TQ7 P; 5FU7 C; 1YIJ A; 4JRQ A; 5FW9 A; 1LVK A; 1IRX A; 2ENM A; 2H3J A; 1N9R A; 3OA6 A; 1W2B P; 4C5G A; 2HBW A; 2D8J A; 4PL6 A; 4RMO A; 4BUG A; 3I56 Q; 6AT1 B; 3REB B; 1VQM Q; 4HVV A; 1PKS A; 1Q95 G; 5KYU B; 2EQM A; 1PSE A; 1VQ9 Q; 4JJB A; 2QQS A; 2WAC A; 4Z89 A; 2YRD A; 2X51 A; 4BDZ A; 2HEQ A; 1JJ2 A; 1NJI C; 3EG1 A; 2QG9 B; 2J6K A; 3PE0 A; 2LT4 A; 2NUP B; 2K5I A; 3OBW A; 4M78 C; 1WHG A; 1SRL A; 2JW4 A; 1M3A A; 5EG2 A; 1U1T A; 4Q5W A; 1YJW Q; 1VQL A; 3FEO A; 2XIC A; 4JUV A; 3QDF A; 5IHK A; 2HKQ B; 1TOV A; 2KSS A; 2B86 A; 3CCM A; 4LDU A; 1AWJ A; 2CZ6 B; 4C8Q G; 2ZAE A; 2ZZD A; 2XI9 A; 4BY6 C; 2XG8 D; 2FZG B; 1YHQ A; 2FEI A; 5HKC A; 3NMZ C; 3A8H B; 4AFQ C; 3CC2 A; 3X20 B; 3QII A; 1KQ1 A; 2RK1 A; 1VYU A; 2BE7 D; 1M1G A; 4LN2 A; 4XU3 A; 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1QWE A; 3UT1 A; 1T0H A; 4KUI A; 3RKX A; 3RDV A; 3OSV A; 2YHT A; 4F7U F; 4C8Q B; 4BE1 A; 4II1 A; 3QG1 A; 1VQ7 T; 1K8A U; 2OJ2 A; 4M4Z A; 3L2Q A; 2CKK A; 1KD1 C; 3J80 E; 9ATC B; 1Q81 C; 4BI8 B; 4J6Y A; 2EQJ A; 5I2S A; 3CEY A; 1QVF P; 1IGU A; 3JCM d; 4LD9 K; 1M4Z A; 2DRK A; 1M1K R; 1NLP C; 3G1J A; 2VVK A; 2DJZ A; 3CCS T; 2K4Y A; 3CCV T; 4DQ2 A; 4BD3 A; 4LE9 A; 4J83 A; 4D6W A; 4BB7 A; 3OYA A; 2E5K A; 1WX6 A; 2YXY A; 4JS4 A; 3JCM g; 1VQ5 Q; 2LCS A; 1Z9Z A; 4PLL A; 2F2X A; 1FX7 A; 1EIF A; 1VQ6 T; 2V1R A; 1MMN A; 2EGE A; 1ZUU A; 2EAY A; 3QHS A; 1QWF A; 1VIF A; 4L5G A; 3VUZ A; 4WF2 A; 1N8R U; 3UF4 A; 3QSU A; 2M0Y A; 2KGT A; 2QGF B; 2OTL A; 2MK5 A; 1K9M U; 4OF1 A; 1K0X A; 4ZGD B; 4N4I A; 1ZSZ B; 4FYV B; 1UHC A; 1HK9 A; 3KUF A; 4R0K A; 4PJM A; 2HMA A; 2J6O A; 1SSH A; 3CPF A; 4GLK A; 4A54 A; 2DL5 A; 3URG A; 1PM3 A; 4E7S A; 1YP5 A; 2QA4 A; 2D6F A; 1SHF A; 2COY A; 2GQI A; 4B9W A; 2K9G A; 1QVG A; 4M75 B; 4A4H A; 2E64 A; 5GAN 5; 4FT4 A; 4KH0 B; 3E1S A; 3QJ6 A; 2FRW A; 1R77 A; 2ROL A; 2DVJ A; 3O5Z A; 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