The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
70
|
structure length |
70
|
Chain Sequence |
b'GSSGSSGTPYRAMYQYRPQNEDELELREGDRVDVMQQCDDGWFVGVSRRTQKFGTFPGNYVAPVSGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Vinexin
|
| publication title |
Solution Structure of the SH3 domain of the Vinexin protein
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
8
|
| structure length |
70
|
| sequence length |
70
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3REA B; 2K6D A; 4JJB A; 1JO8 A; 2JMA A; 4Z89 A; 1AVZ C; 1PRM C; 1SRM A; 4J9E A; 2VVK A; 2RQT A; 1I0C A; 1UG1 A; 3EG0 A; 5IXF A; 2YUN A; 3O5Z A; 2EPD A; 3PVL A; 5L23 A; 3SEM A; 3KFV A; 3RNJ A; 2PNI A; 2FPD A; 4X1V A; 4RTT A; 1NYF A; 1HD3 A; 2YUP A; 4HVV A; 1CKA A; 1UTI A; 1AZE A; 4J9D A; 1M30 A; 2DM1 A; 2BTT A; 4A63 B; 1OOT A; 1W6X A; 3REB B; 2GQI A; 3LH5 A; 4AFU C; 1H8K A; 2ROT A; 5GJW B; 4ORZ A; 1BU1 A; 2KGT A; 2AKL A; 2KT8 A; 1QKX A; 1Z9Q A; 4RTU A; 1GBQ A; 2CUB A; 2JW4 A; 1X69 A; 4K11 A; 5FWB A; 1VYU A; 1ZBJ A; 3I35 A; 2RN8 A; 3A98 A; 1K0S A; 1M27 C; 1M8M A; 1V1C A; 4OML A; 2J06 A; 2LJ0 A; 1JQQ A; 3H0I A; 4AFZ C; 1Y57 A; 2AK5 A; 1M3A A; 2EKH A; 1PNJ A; 2C0T A; 2CRE A; 2HDA A; 3EHR A; 1AWO A; 4DEY A; 2DL5 A; 1HJD A; 2E5K A; 3JV3 A; 2CH4 W; 1UJY A; 2ABL A; 2LJ1 A; 1WXU A; 1X43 A; 1X27 A; 1FMK A; 2X3W D; 4JJD A; 1NM7 A; 4RTZ A; 2C0O A; 2D1X A; 2EQI A; 4OMO A; 1SSH A; 4RTX A; 1W1F A; 2CSI A; 4ZNX A; 2EVR A; 2JTE A; 1WA7 A; 2A36 A; 2P4R A; 1OPK A; 4M4Z A; 2RQU A; 4Y92 A; 1E6G A; 1UFF A; 4KRT A; 2I0N A; 1N5Z A; 1ZLM A; 2RQR A; 2K79 A; 1ZUK A; 3R6N A; 4CC7 A; 4HXJ A; 1ABQ A; 4J9H A; 4RTW A; 5GJV B; 2HBW A; 1W70 A; 2LJ3 A; 2JM9 A; 2JS0 A; 3H0H A; 2DL8 A; 1K9A A; 2RNA A; 2YT6 A; 2KXD A; 2J6F A; 4JZ4 A; 3VRZ A; 2RMO A; 3M0Q A; 1AWW A; 1GBR A; 1NLO C; 2EYY A; 5FW9 A; 1ARK A; 1MV3 A; 2DVJ A; 2O2O A; 1PKS A; 3UAT A; 2DJQ A; 1QCF A; 3EG3 A; 1RI9 A; 2BZ8 A; 5I22 A; 2DIL A; 3UA7 A; 3UF4 A; 2KBT A; 1H92 A; 2DL7 A; 1QLY A; 1AWJ A; 1ZUU A; 1WX6 A; 4OMQ A; 4JPB W; 3VS0 A; 1UDL A; 2DL4 A; 2DNU A; 1AOJ A; 1NEG A; 1NG2 A; 3IQL A; 1QKW A; 4D8K A; 2DX1 A; 2W0Z A; 1YWO A; 4CC2 A; 2CDT A; 1UGV A; 2KT1 A; 2J6K A; 2LMJ A; 2NUZ A; 4LNP A; 2DLP A; 1WDX A; 1LCK A; 2IIM A; 3TVT A; 1G2B A; 1YP5 A; 4IIM A; 1X2Q A; 3VS4 A; 3THK A; 1RLP C; 2JMC A; 1BK2 A; 2O9S A; 1QWF A; 2JXB A; 1YN8 A; 1VYV A; 3M0S A; 3PVQ A; 4F17 A; 1AD5 A; 1QWE A; 4EIK A; 2EBP A; 1UE9 A; 2DE0 X; 2X3X D; 3I5R A; 2MOX A; 4HVU A; 1NEB A; 1ZSG A; 2FPF A; 2VKN A; 2KRM A; 5FWC A; 2F2W A; 2AZV A; 5IXB A; 3NGP A; 2V1Q A; 1J3T A; 1YNZ A; 4J9G A; 1SPK A; 1M3B A; 3GBQ A; 1AZG B; 4J9F A; 3EG1 A; 2EYZ A; 4GLM A; 3VRY A; 2EW3 A; 1UUE A; 4RTV A; 2KNB B; 3TSW A; 1OV3 A; 1KFZ A; 2FG0 A; 4AG2 C; 1K0X A; 4HVW A; 3U23 A; 3M0P A; 1OEB A; 2ESW A; 2HEQ A; 2ROL A; 1ZX6 A; 3H41 A; 2BZX A; 1WYX A; 2O9V A; 1KSW A; 4JJC A; 2F2V A; 2KEA A; 2KYB A; 1BBZ A; 4WCI A; 4OMM A; 2AKK A; 1I1J A; 2J7I A; 1B3Q A; 2ECZ A; 2DBK A; 1T3L A; 1SHG A; 2LNH B; 2LX7 A; 2XMF A; 2FRY A; 3H0F A; 3VS7 A; 1TG0 A; 1HSQ A; 3VS2 A; 3EHQ A; 1T0H A; 2SEM A; 3RBB B; 2W10 A; 1Z9Z A; 1UHC A; 2K7A A; 4OMN A; 4RTY A; 5IH2 A; 2DRK A; 1CSK A; 4IIO A; 1JXO A; 2A08 A; 2RF0 A; 3FJ5 A; 1K76 A; 1IO6 A; 5HCK A; 1SRL A; 1RLQ C; 4LN2 A; 2EGA A; 2VWF A; 2D8H A; 3SHW A; 2OI3 A; 1T3S A; 2RPN A; 2OAW A; 3NPF A; 3ZL7 C; 2KRN A; 2EYX A; 2PZ1 A; 2L2P A; 1JEG A; 1WI7 A; 1YWP A; 2L3P A; 2RQV A; 4HCK A; 2L3Q A; 4OMP A; 5IHK A; 3VS6 A; 2MIO A; 2BZY A; 1E7O A; 1Y0M A; 5IHN A; 3VS1 A; 2JS2 A; 3VS5 A; 4Z8A A; 2CT4 A; 2DYB A; 1XOV A; 2NWM A; 2DF6 A; 2D0N A; 2YUQ A; 1E6H A; 2K9G A; 1ABO A; 2RQW A; 1YCS B; 3M0U A; 1S1N A; 1TUD A; 4LE9 A; 1BB9 A; 2FEI A; 4RUG A; 2C0I A; 2FO0 A; 2M0Y A; 4LUE A; 1EFN A; 1X2K A; 1KJW A; 3C0C A; 2GBQ A; 1AEY A; 1G83 A; 3QWY A; 2GTJ A; 1X6B A; 2YDL A; 2LP5 A; 1WFW A; 2FRW A; 1X6G A; 2A37 A; 1GCQ C; 4AFS C; 4F14 A; 3PE0 A; 3I5S A; 4QT7 A; 5ECA A; 2DA9 A; 2K2M A; 2M51 A; 4R0K A; 1K4U S; 2CT3 A; 4CC3 A; 1WIE A; 1NYG A; 4JZ3 A; 1U5S A; 2QDL A; 4J9C A; 1GFC A; 2H8H A; 2EYW A; 3EGU A; 3M0R A; 2GNC A; 2DRM A; 1JU5 C; 2LQW A; 2OJ2 A; 1GFD A; 3M0T A; 2CH4 A; 2MCN A; 2O31 A; 4J9I A; 1SEM A; 1UEC A; 4LUD A; 5IHI A; 1GRI A; 2YUO A; 1M3C A; 5EC7 A; 2L3S A; 2J05 A; 2ENM A; 1WLP B; 2ED1 A; 2DMO A; 2YSQ A; 4E6R A; 2LQN A; 4DEX A; 1I07 A; 2HSP A; 2GTO A; 4CC4 B; 2G6F X; 1NLP C; 1A0N B; 1PWT A; 3VS3 A; 1MUZ A; 1VA7 A; 1U06 A; 3NHN A; 4AG1 C; 2L0A A; 2AZS A; 3CQT A; 2SRC A; 1UHF A; 4GBQ A; 2O88 A; 1KIK A; 1RUW A; 4D8D A; 1VYT A; 4F16 A; 1WXT A; 1GCP A; 2ED0 A; 4ESR A; 4AFQ C; 2KR3 A; 2KE9 A; 3UA6 A; 1AWX A; 3TSZ A; 1PRL C; 2JM8 A; 1GL5 A; 2DBM A; 1ZUY A; 1PKT A; 3EG2 A; 3QWX X; 2CSQ A; 2K3B A; 1PHT A; 1U3O A; 2JT4 A; 2A28 A; 3I9Q A; 2V1R A; 1H3H A; 2KYM A; 1JXM A; 2PTK A; 1MV0 B; 2LCS A; 1OPL A; 2KRO A; 1SHF A; 2D8J A; 1CKB A; 2HCK A; 1WXB A; 2GGR A; 4Z88 A; 1TUC A; 2KRS A; 2EGE A; 1B07 A; 4FSS A; 1GCQ A; 1FYN A; 2J6O A; 1UJ0 A; 3NMZ C; 2F2X A; 2FPE A; 2DL3 A; 2CUD A; 1K1Z A; 2B86 A; 2KXC A; 2EGC A; 5I11 A; 2LZ6 B; 4J9B A; 1T0J A; 3ULR B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DBH A; 1PRM C; 3OYF A; 1PSF A; 3E19 A; 5KYU B; 3CCQ T; 1UG1 A; 5L23 A; 3PIP A; 3O5Z A; 1Q82 R; 2JTF A; 2GFA A; 2PNI A; 2XDP A; 1UTI A; 1AZE A; 4J9D A; 4A63 B; 4JDS A; 2CGH A; 2COZ A; 5CIU A; 2ROT A; 4DOW A; 2EYQ A; 1MMG A; 3WVD B; 3FB9 A; 3CMA A; 3OW2 S; 2VC8 A; 1Z9Q A; 1N8R C; 1VYU A; 3BFM A; 2MPX C; 5CKH A; 3FJP A; 4C0Z A; 4OML A; 5KE2 A; 3L2Z A; 2J06 A; 3N5B B; 2JOY A; 1Y57 A; 3L2Q A; 1M3A A; 2EKH A; 4JLI A; 5GAM g; 3RKX A; 5KYW A; 1QVF P; 3EHR A; 4DEY A; 2DL5 A; 5FU6 B; 2X4W A; 1HJD A; 1QVF S; 2EQU A; 2LJ1 A; 1YHQ A; 1OX9 A; 1UGR B; 2CS7 A; 1X27 A; 4PFP A; 2CP3 A; 3RKY A; 1HYO A; 4JJD A; 1AHJ B; 5I2M A; 1WHL A; 2XK0 A; 3CME A; 3GNG A; 5CQX A; 3GIB A; 4HA8 A; 1SSH A; 2JTM A; 4IUR A; 1VQ6 T; 5HK3 A; 3OYM A; 2EVR A; 3ASK A; 3CCL Q; 2JTE A; 3AT1 B; 3V7R A; 2A36 A; 1K73 U; 3QZ9 B; 4OVA A; 4M4Z A; 2RQU A; 3EG9 B; 4Y92 A; 1UFF A; 1Q81 C; 1ZLM A; 4M78 B; 2MAM A; 3MP1 A; 2K79 A; 1ZUK A; 4CC7 A; 4BE1 A; 2FL7 A; 4LDV A; 1VQN A; 3EAE A; 1YJW A; 4ELZ C; 1UEB A; 1K73 C; 2KY9 A; 4QW2 A; 2LJ3 A; 2JM9 A; 3EGD B; 3TQ7 P; 3QO3 A; 1N27 A; 5IAY A; 2RO0 A; 2YLB A; 1K9A A; 4C92 B; 3CC7 Q; 2RMO A; 2X51 A; 1AWW A; 2AIR B; 1GBR A; 3SWN B; 3PMI A; 2OAU A; 4KUL A; 1MV3 A; 4XK8 E; 1PKS A; 1UGS B; 5CO7 A; 1M1G A; 2QTV A; 3TEE A; 4IUP A; 5GMK l; 2BZ8 A; 1TWB A; 4A4H A; 3ZFJ A; 1YHQ T; 1WHM A; 1H92 A; 2DL7 A; 1AWJ A; 1ZUU A; 1U8R A; 1WX6 A; 1UDL A; 4M77 F; 2DX1 A; 2QTX A; 1UGV A; 3CME T; 2K2V A; 2RJD A; 2E6Z A; 1YP5 A; 2FZK B; 3THK A; 5GAM j; 5CVI A; 1KK7 A; 3DLM A; 2LQK A; 1YN8 A; 5KYN A; 1I81 A; 3PVQ A; 3UWN A; 1VQ5 T; 1QWE A; 1K8A R; 2DE0 X; 2XI9 A; 3G6E A; 5IXB A; 1ZSG A; 2E64 A; 1YJW T; 4KH0 B; 4C92 G; 1LVK A; 1B34 A; 3MJX A; 3FIF A; 4ATO A; 5C6S A; 1KQS A; 2IG0 A; 2E10 A; 4OB3 B; 2EW3 A; 4A4E A; 2B8A A; 1ZSZ C; 2F1L A; 1KFZ A; 4PKC C; 1K0X A; 1QQJ A; 3M0P A; 4VUB A; 2ESW A; 3OYC A; 1QP3 A; 1ZX6 A; 2R5M A; 5FRO A; 2YRD A; 3QZ5 B; 1KSW A; 4ANJ A; 2KEA A; 1WJQ A; 4WCI A; 1TXQ A; 1YIJ A; 6AT1 B; 3CBM A; 2PVO B; 4OMM A; 2YRC A; 2LNH B; 5I21 A; 2FRY A; 1TG0 A; 3VS2 A; 3M5A A; 1F1B B; 1T0H A; 2W10 A; 5LL6 S; 1M5Q 1; 4XTX A; 1LOJ A; 3OBY A; 4IIO A; 4F7U E; 4LDU A; 3P8H A; 2EGA A; 4XQ3 A; 2OI3 A; 2G3R A; 2IVW A; 1T3S A; 2KVQ G; 2X4Y A; 3GF5 A; 4FSX A; 3NPF A; 4EMK C; 3OYL A; 2GQV A; 2EYX A; 2PZ1 A; 3CCS A; 2RQV A; 4IKF A; 5LJ3 d; 2RHU A; 3HRU A; 3CXC P; 4FCY A; 5IHK A; 5FRN A; 3TCJ A; 4BDZ A; 1VQL Q; 4QKU A; 4D6W A; 1E7O A; 3LGL A; 5LJ5 g; 3CXC S; 5IHN A; 2QI2 A; 2DIQ A; 4Z8A A; 3S3O A; 3OBW A; 3SD4 A; 5HKC A; 1XOV A; 3OQ5 A; 1UGQ B; 2D0N A; 4BE2 A; 4RCB A; 2WSF E; 2PQW A; 1G3W A; 4RKU E; 3S6W A; 3CCJ T; 4FT2 A; 4OMF B; 4LE9 A; 4BUG A; 2HQE A; 3AHU A; 4RUG A; 3VJP A; 2M0Y A; 3EH2 A; 3JCM d; 4LUE A; 1YJ9 A; 1WZO A; 1X2K A; 4MML A; 1OX8 A; 4FIB A; 1ACM B; 1S72 T; 3RR6 A; 4A4K A; 2QGF B; 2XHC A; 3QWY A; 2GTJ A; 1X6B A; 3CC2 Q; 4RG8 A; 1X6G A; 1GCQ C; 5FU7 B; 2AT1 B; 1N9S A; 4F14 A; 3PE0 A; 1TSF A; 3EG9 A; 2DA9 A; 3I55 Q; 1Q86 U; 4M78 A; 3OYN A; 1K4U S; 5GAO n; 4PL6 A; 3V8L A; 2ZPH B; 2PVG B; 4BI8 B; 3FC3 A; 1M1F A; 2EYW A; 2VB6 A; 1WGS A; 1XQH A; 2RI5 A; 1FMV A; 4Z02 A; 1GFD A; 2OTL A; 3M0T A; 2D0Q B; 2MCN A; 2O31 A; 1SEM A; 1VQO A; 1UEC A; 3SWN A; 3QYH B; 2NUP A; 5CKB A; 3CBO A; 5EC7 A; 3RUX A; 1K73 R; 1XTD A; 1OYX A; 4A4G A; 2NLU A; 2X4X A; 4BDY A; 2YSQ A; 4C92 F; 2L8D A; 2M16 A; 4WF2 A; 4HT8 A; 2LQN A; 2R5A A; 1Y71 A; 4M7A A; 2GTO A; 1G3T A; 1PG5 B; 2DXB A; 2HBP A; 1YIT Q; 1TH7 A; 2EFI A; 1VA7 A; 3NHN A; 3QSU A; 1MMA A; 2DTO A; 2SRC A; 4M7D C; 1KIK A; 5LJ5 j; 4J8O A; 4D8D A; 5GAN 4; 3G4S A; 1VYT A; 4F16 A; 4ESR A; 1C0M A; 3UA6 A; 3TSZ A; 3WXM B; 2JM8 A; 3E9G A; 3NTK A; 3CCU A; 3L2V A; 3EG2 A; 2CSQ A; 1YI2 Q; 3RKW A; 3JCM f; 3I9Q A; 4E2F B; 1X6O A; 5GAN f; 2PTK A; 4II1 A; 3MEA A; 2YHT A; 3LYI A; 2LCS A; 1OPL A; 2KRO A; 4M7D E; 1CKB A; 2HCK A; 1WXB A; 1QVG P; 3CCR A; 4DBQ A; 3I56 Q; 2VUB A; 4FSS A; 2DZC A; 1OZ3 A; 5LJ3 h; 1QVG S; 3JCM J; 2RB6 A; 2FPE A; 2YWW A; 2L3R A; 2P0Q A; 3OYD A; 1D3B A; 3JCM P; 2V8K A; 3CCQ Q; 3M53 A; 3L42 A; 2EJG A; 2LZ6 B; 3QG1 A; 5LJ3 e; 1WHJ A; 1G3Y A; 2DEU A; 2ZPG B; 3A1P A; 1O75 A; 2JMA A; 4J9E A; 4P5N A; 2VVK A; 4RCC A; 4NL3 A; 1EIF A; 2HKN A; 1VQP A; 5IXF A; 1MNE A; 3RNJ A; 1PSE A; 2FPD A; 4RTT A; 3JCM h; 4J5Y A; 1HD3 A; 4ELY C; 3KXT A; 3UT1 A; 1CKA A; 3V7S A; 3OYI A; 1M30 A; 2A0F B; 2DM1 A; 4ZTF A; 1W6X A; 3REB B; 3VKI A; 2GQI A; 4M7D D; 3LH5 A; 4AFU C; 3DB4 A; 1ZA2 B; 1ZHI A; 5GJW B; 1M90 U; 1JBM A; 3JCM e; 1V29 B; 1BU1 A; 3CCU T; 1WJS A; 1NBE B; 2KT8 A; 4RTU A; 3CD6 Q; 2EQJ A; 3SB2 A; 3CCR T; 2K3Y A; 3L2R A; 3H0I A; 4M75 C; 2RA2 A; 3ZEH A; 2EKO A; 4Q5W A; 5KYY A; 2DYI A; 1AWO A; 3BDU A; 3M4Y A; 4C8Q C; 3CPW A; 4L5G A; 2CH4 W; 2RK2 A; 2VAS A; 1WXU A; 3PIO A; 3KBG A; 3CBP A; 1ZSZ B; 2L5Q A; 1LNX A; 2CYZ B; 1FMK A; 4M75 E; 1VIE A; 2EJ9 A; 3ER0 A; 2D1X A; 1W4S A; 4PJO C; 3OS1 A; 3FLG A; 4N0A C; 4C8Q E; 2LVM A; 2JZ2 A; 2DXC A; 3VV0 A; 4J7I A; 2ZPE B; 3OS2 A; 1WA7 A; 3CCV A; 2ZZD A; 4DOV A; 4RMO A; 5FRM A; 4KRT A; 4N4I A; 2BIV A; 3OMG A; 4PJO E; 2RQR A; 1NE8 A; 3JCM c; 2O01 E; 1UB4 A; 1HK9 A; 4FYX B; 7AT1 B; 2RNA A; 5CKD A; 2AHJ B; 1KHC A; 1ZA1 B; 4LDY A; 1YHQ Q; 4JZ4 A; 3QDF A; 2A3L A; 4C5I A; 1NLO C; 3H6Z A; 2EYY A; 4M75 D; 4KGZ B; 1M2O A; 1RAG B; 2V26 A; 3EG3 A; 3CME Q; 1D0Z A; 3GNF B; 2XID A; 5KCO A; 3UF4 A; 1YFN A; 4JPB W; 3VS0 A; 3QKJ A; 2DL4 A; 4EMH A; 2K3X A; 1Q86 R; 8AT1 B; 4CC2 A; 1VUB A; 4AMC A; 2CDT A; 2O4X B; 2DFU A; 2NUZ A; 1VQ5 Q; 2IIM A; 4C5G A; 1N8R U; 3L1A A; 4PJO D; 1X2Q A; 3OW2 P; 1AT1 B; 2VYT A; 2X9H A; 5A0G A; 3JCM W; 1VQN Q; 2HL5 C; 1YJW Q; 3CCV T; 1VYV A; 3GLX A; 4OB1 B; 4FYW B; 1AD5 A; 4EIK A; 2EBP A; 1UE9 A; 3LX7 A; 2X3X D; 3QHS A; 4HVU A; 1NEB A; 2VKN A; 2FPF A; 1G8X A; 2F2W A; 5EG2 A; 1J3T A; 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